BAB I

PENDAHULUAN

A. Latar Belakang

Flemming (1879) melihat untuk pertama kali membelahnya benda-benda

yang ada di dalam inti. Flemming menggunakan istilah mitosis untuk menguraikan

pembalahan benang-benang (kromosom) dalam inti menjadi separohnya dan

pemisahannya ke inti sel anak. Lalu, sekitar tahun 1880 terlihat adanya mekanisme

reduksi kromosom yang diuraikan oleh ahli lain dengan istilah meiosis yang

diketemukan oleh Farmer dan More. Kemudian Roux (1883) merupakan ahli yang

mula-mula mempunyai dugaan bahwa benda-benda tersebut terlibat dalam

mekanisme keturunan. Benden dan Boveri (1887) melaporkan bahwa jumlah benda

tersebut (kromosom) berbeda antara makhluk hidup yang satu dengan yang lainnya

dan jumlahnya stabil dari generasi ke generasi. Istilah kromosom pertama kali di

kemukakan oleh Weldeyer (1888) dan kromosom berasal dari bahasa latin (krom=

warna, soma= tubuh, badan).

Pada tahun 1865 Mendel menetapkan teori dasar pewarisan sifat

berdasarkan pemulihannya sebelum perkembangan sitologi diketahui. Setelah De

Vries, Correns dan Von Tschemak secara terpisah menguatkan hasil Mendel. Tiga

ahli amerika Serikat, yaitu Cannon, Wilson, dan Sutton melihat adanya kesejajaran

antara unit sifat dari Mendel dan kromosom. Pada tahun 1902 Sutton dan Boveri

menyatakan bahwa faktor keturunan yang ditemukan oleh Mendel itu terletak pada

kromosom. Pada tahun 1933 Morgan menemukan fungsi kromosom dalam

pemindahan sifat-sifat genetik. Beberapa ahli lainnya antara lain Heitz (1935),

Kuwanda (1939), Gritter (1940), dan Kaufman (1948) kemudian menyusul

memberikan keterangan banyak tentang morfologi kromosom.

1
 Bahan genetik yang ada pada setiap jasad akan mengalami proses

perbanyakan sebagai salah satu tahapan sangat penting dalam proses

pertumbuhan sel atau perbanyakan partikel virus. Proses perbanyakan bahan

genetik dikenal sebagai proses replikasi. Studi awal mengenai proses perbanyakan

bahan genetik dilakukan pada jasad yang genomnya berupa molekul DNA.

Meskipun demikian, perlu diingat bahwa pada jasad tertentu, khususnya kelompok

virus rertenru,genomnya berupa molekul RNA. Genom yang berupa molekul RNA ini

juga akan direplikasi meskipun dengan melalui tahapan yang sedikit berbeda

dibanding dengan replikasi genom yang berupa molekul DNA.

Replikasi bahan genetik dapat dikatakan sebagai proses yang

mengawali pertumbuhan sel, meskipun sebenarnya pertumbuhan merupakan suatu

resultan banyak proses yang saling berkaitan satu sama rain. Sel mempunyai

mekanisme replikasi bahan genetik yang direngkapi dengan sistem penyuntingan

(editing) yang sangat akurat sehingga bahan genetik yang diturunkan kepada sel

anakan (progeny) mempunyai komposisi yang sangat identik dengan komposisi

bahan genetik sel induk. Replikasi bahan generik diikuti oleh pembentukan sel-sel

anakan yang membawa duplikat bahan genetik hasil replikasi. Oleh karena itu pada

makalah ini kami akan membahas mengenai struktur kromosom dan replikasi DNA.

B. Rumusan Masalah

1. Apa yang di maksud dengan kromosom?

2. Apa saja struktur dan penyusun dari kromosom?

3. Apa yang di maksud dengan Replikasi DNA?

4. Bagaimana proses replikasi DNA yang terjadi di dalam tubuh makhluk hidup?

2
C. Tujuan

Tujuan makalah ini adalah :

1. Untuk mengetahui pengertian dari kromosom

2. Untuk mengetahui struktur dan penyusun kromosom

3. Untuk mengetahui pengertian Replikasi DNA

4. Untuk mengetahui proses replikasi DNA yang terjadi di dalam tubuh makhluk

hidup

D. Manfaat

Dengan terselesaikannya makalah ini diharapkan dapat memberikan

wawasan kepada rekan rekan mahasiswa yang mempelajari makalah ini khususnya

tentang struktur kromosom dan replikasi DNA . Dan selain dari pada itu atas

terselesaikannya makalah ini juga bertujuan untuk memenuhi tugas mata kuliah

GENETIKA.

3
 BAB II

PEMBAHASAN

A. Pengertian Kromosom

Kromosom adalah pembawa gen yang terdapat di dalam inti sel (nukleus).

Kromosom berasal dari bahasa Yunani, nama kromosom pertama kali

diperkenalkan oleh Walderyer (1888) yang berasal dari kata khoroma artinya warna

soma artinya badan atau tubuh. Jadi kromosom dapat diartikan sebagai badan yang

mudah menyerap zat warna. Sedang Morgan  (1933) menemukan fungsi kromosom

dalam pemindahan materi-materi genetik. Panjang kromosom  berkisar antara 0,2 –

50 mikron dengan diameter antara 0,2–20 mikron. Bentuk kromosom pada setiap

fase pembelahan sel senantiasa berubah-ubah.

Kromosom merupakan pembawa bahan genetik yang terdapat di dalam inti

sel setiap makhluk hidup. Kromosom berbentuk batang panjang atau pendek dan

lurus atau bengkok. Kromosom tersusun atas molekul DNA yang membawa

keterangan genetik, oleh karena itu kromosom mempunyai arti penting dalam

genetika.

Gambar 2.1 kromosom

4
 DNA merupakan persenyawaan kimia pembawa materi genetik. Di dalam

kromosom terdapat 35% DNA dari keseluruhan kromosom. DNA merupakan

molekul hidup dan dapat mengadakan replikasi (menggandakan diri). Karena

mengandung molekul DNA, kromosom pun dapat menggandakan diri. Selain itu,

DNA merupakan tempat penyimpanan informasi genetika yang akan diwariskan

kepada keturunannya. Kromosom dikatakan sebagai benang pembawa sifat, karena

sifat-sifat makhluk hidup pada dasarnya tersimpan di dalam DNA yang terdapat di

dalam kromosom.

Kromosom berfungsi membawa sifat individu dan membawa informasi

genetika, karena di dalam kromosom mengandung gen. Gen-gen pada kromosom

terdapat pada tempatnya yang disebut dengan lokus. Gen merupakan bagian dari

molekul DNA. Agar lebih jelas memahami tentang hubungan dari masing-masing

bagian penyusun kromosom lihat gambar :

Ga

Gambar 2.2 Hubungan bagian-bagian penyusun kromosom

B. Struktur Kromosom

5
 Kromosom merupakan benang-benang pembawa sifat suatu individu yang

memiliki struktur padat yang terdiri dari DNA, RNA, dan protein. DNA merupakan

persenyawaan kimia pembawa materi genetik. Di dalam kromosom terdapat 35%

DNA dari keseluruhan kromosom. DNA merupakan molekul hidup dan dapat

mengadakan replikasi (menggandakan diri). Karena mengandung molekul DNA,

kromosom pun dapat menggandakan diri. Selain itu, DNA merupakan tempat

penyimpanan informasi genetika yang akan diwariskan kepada keturunannya.

Kromosom dikatakan sebagai benang pembawa sifat, karena sifat-sifat makhluk

hidup pada dasarnya tersimpan di dalam DNA yang terdapat di dalam kromosom.

Gambar 2.3 Kromosom mengandung molekul DNA

Sementara itu, protein penyusun kromosom terdiri atas protein histon yang

bersifat basa dan protein nonhiston yang bersifat asam. Keduanya berfungsi untuk

menggulung kromosom menjadi padat dan mempertahankan keutuhan kromatin

serta berperan sebagai enzim pengganda dan pengkopi DNA menjadi RNA.

Penyusun Kromosom

a. DNA

DNA menyusun kromosom sekitar 35% dari keseluruhan kromosom.

b. RNA.

RNA menyusun kromosom sekitar 5% dari keseluruhan kromosom.

6
c. Protein

Protein ini terdiri atas histon yang bersifat basa dan nonhiston yang bersifat asam.

Kedua macam protein ini berfungsi untuk menggulung benang kromosom sehingga

menjadi pudar dan berperan sebagai enzim pengganda DNA dan pengkopi DNA.

Kromosom pada organisme prokariotik ada yang berupa RNA saja. Ini dapat

dijumpai pada virus mozaik (tembakau). Kromosom dapat pula berupa DNA saja

misalnya pada virus T dan dapat pula mengandung keduanya yaitu DNA dan RNA

seperti pada bakteri Escherichia coli.

a. Struktur kromosom eukariotik berbentuk linier dengan panjang yang melebihi

dari nukleus itu sendiri sehingga harus dipadatkan dalam pengemasannya.

b. Struktur kromosom prokariotik berbentuk lingkar sehingga hanya terdiri dari

sebuah kromosom tunggal

Gambar 2.4 Kromosom pada organisme eukariotik dan prokariotik

7
 Gambar 2.5 Struktur Padat Kromosom

C. Bagian-bagian Kromosom

Suatu kromosom terdiri dari beberapa bagian yaitu kromatid, kromomer,

sentromer atau kinetokor, satelit, dan telomer.

8
9
 Gambar 2.6 Bagian-bagian Kromosom

1. Kromatid

Kromatid adalah salah satu dari dua lengan hasil replikasi kromosom.

Kromatid masih melekat satu sama lain pada bagian sentromer. Istilah lain untuk

kromatid adalah kromonema. Kromonema merupakan filamen yang sangat tipis

yang terlihat selama tahap profase (dan kadang-kadang pada tahap interfase).

Kromonema sebenarnya merupakan istilah untuk tahap awal pemintalan kromatid.

Jadi, kromonema dan kromatid merupakan dua istilah untuk struktur yang sama.

Gambar 2.7 Kromomer dan Kromonema

10
2. Kromomer

Kromomer adalah penebalan-penebalan pada kromonema. Kromomer ini

merupakan struktur berbentuk manik-manik yang merupakan akumulasi dari materi

kromatin yang terkadang terlihat saat interfase. Kromomer sangat jelas terlihat

pada kromosom politen (kromosom dengan DNA yang telah direplikasi berulang kali

tanpa adanya pemisahan dan terletak berdampingan sehingga bentuk kromosom

seperti kawat).

3. Sentromer

Sentromer adalah daerah konstriksi (lekukan primer) di sekitar pertengahan

kromosom. Pada sentromer terdapat kinetokor. Kinetokor adalah bagian kromosom

yang yang merupakan tempat perlekatan benang spindel selama pembelahan inti

dan merupakan tempat melekatnya kromosom.

4. Lengan

Lengan kromosom merupakan badan yang terbagi oleh sentromer. lengan

kromosom tersusun atas selaput, matriks dan kromonemata.

5. Lekukan Kedua

Pada beberapa kromosom terdapat lekukan kedua yang berada di

sepanjang lengan dan berhubungan nucleolus. Oleh karena itu disebut dengan

NOR (Nucleolar Organizing Regions).

6. Satelit

Satelit adalah bagian kromosom yang berbentuk bulatan dan terletak di

ujung lengan kromatid. Satelit terbentuk karena adanya kontriksi sekunder di daerah

tersebut. Tidak semua kromosom memiliki satelit.

7. Telomer

11
 Telomer merupakan istilah yang menunjukkan daerah terujung pada

kromosom. Telomer berfungsi untuk menjaga stabilitas bagian terujung kromosom

agar DNA di daerah tersebut tidak terurai. Karena pentingnya telomer, sel yang

telomer kromosomnya mengalami kerusakan umumnya segera mati.

D. Macam-macam Bentuk Kromosom

Kromosom memiliki bentuk yang berbeda-beda. Berdasarkan letak

sentromer, kromosom dibedakan menjadi:

Gambar 2.8 Macam-macam Bentuk Kromosom

12
1. Telosentrik yaitu sentromer terletak di ujung kromosom sehingga kromosom

hanya memiliki sebuah lengan dan berbentuk seperti huruf I. Kromosom

manusia tidak ada yang berbentuk telosentrik.

2. Akrosentrik yaitu sentromer terletak di dekat ujung kromosom. Satu lengan

kromosom sangat panjang, sedangkan lengan lainnya sangat pendek.

3. Submetasentrik yaitu sentromer terletak di submedian (ke arah salah satu

ujung kromosom) dan membagi lengan kromosom menjadi dua lengan yang

tidak sama panjang. Satu lengan panjang dan satu lengan pendek, seperti huruf

L.

4. Metasentrik yaitu sentromer terletak di tengah, membagi lengan kromosom

menjadi dua lengan yang hampir sama panjang seperti huruf V.

Jenis kromosom berdasarkan jumlah sentromer:

1. Monosentris : adalah kromosom yang hanya memiliki sebuah sentromer.

2. Disentris : adalah kromosom yang memiliki dua sentromer.

3. Polisentris : adalah kromosom yang memiliki banyak sentromer.

4. Asentrik : adalah kromosom yang tidak memiliki sentromer.

Menurut bentuknya, kromosom digolongkan menjadi:

1.      Bentuk bulat

2.      Bentuk cerutu

3.      Bentuk koma

4.      Bentuk batang

5.      Bentuk huruf (V)

6.      Bentuk huruf (L)

E. Tipe Kromosom

13
 Setiap organisme memiliki jumlah kromosom yang berbeda-beda. Sel tubuh

manusia memiliki 23 pasang kromosom homolog. Jumlah macam kromosom

homolog disebut ploid. Pada sel tubuh jumlahnya selalu berpasangan atau 2 set

sehingga disebut  diploid  (di  = dua) atau 2 n. Sel gamet atau sel kelamin memiliki

setengah dari jumlah kromosom tubuh atau 1 set kromosom akibat pembelahan

meiosis. Jadi, sel sperma dan sel telur manusia hanya memiliki 23 kromosom,

sedangkan sel kelamin lalat buah hanya memiliki 4 kromosom. Jumlah kromosom

ini disebut  haploid  atau n.

Setiap makhluk hidup eukariotik selalu memiliki dua jenis kromosom, yaitu

gonosom (kromosom kelamin) dan autosom (kromosom tubuh). Kedua jenis

kromosom ini diperkenalkan kali pertama oleh  T. H. Montgomery.

1. Kromosom Tubuh (Autosom)

Autosom berfungsi mengatur dan mengendalikan sifat-sifat tubuh makhluk

hidup. Kromosom ini tidak berperan dalam mengatur jenis kelamin. Autosom

terdapat pada individu jantan dan individu betina dengan jumlah yang sama dan

berpasangan (diploid). Pada manusia dengan jumlah kromosom sel somatis 46

buah, memiliki 44 autosom. Selebihnya, 2 kromosom, adalah kromosom kelamin.

Penulisan autosom dilambangkan dengan huruf A sehingga penulisan autosom sel

somatis manusia adalah 44A atau 22AA.

2. Kromosom Kelamin (Gonosom)

Gonosom  memiliki banyak nama lain, di antaranya aelosom atau

heterokromosom atau kromosom kelamin. Kromosom ini memiliki susunan

pasangan yang berbeda pada individu jantan dan betina. Pada manusia gonosom

berjumlah 1 pasang atau 2 buah kromosom.

14
 Gonosom dapat menentukan jenis kelamin makhluk hidup. Jumlahnya

sepasang pada sel somatis. Pada manusia dengan jumlah kromosom sel somatis

46 buah, terdapat 44 autosom dan 2 gonosom. Terdapat 2 jenis gonosom, yaitu X

dan Y. Umumnya pada makhluk hidup, gonosom X menentukan jenis kelamin

betina dan gonosom Y menentukan jenis kelamin jantan. Susunan gonosom wanita

XX dan gonosom pria XY. Oleh karena itu, penulisan kromosom sel somatic (2n)

adalah 44A + XY (pria) atau 44A + XX (wanita). Adapun untuk sel gamet (n) adalah

22A + X atau 22A + Y.

15
 Gamb

ar 2.9 Karyotipe Kromosom Manusia

Berikut adalah jumlah kromosom pada makhluk hidup lainnya :

Tabel 2.1 Jumlah Kromosom Makhluk Hidup

F. Perubahan Kromosom

16
 Perubahan struktur kromosom adalah salah satu bentuk mutasi kromosom

yang terjadi pada suatu individu. Mutasi kromosom akibat perubahan struktur

kromosom melibatkan perubahan banyak gen dalam kromosom. Perubahan ini

dapat memicu kelainan pada individu. Perubahan struktur kromosom ada beberapa

jenis, yaitu:

1. Delesi

Delesi terjadi jika suatu bagian atau segmen dari kromosom patah atau hilang pada

saat pembelahan sel. Kromosom tempat fragmen tersebut berasal kemudian akan

kehilangan gen-gen tertentu.

2. Duplikasi

Duplikasi terjadi Jika bagian segmen yang hilang pada saat delesi tersebut pindah

ke kromosom homolognya. Disebut duplikasi karena pada kromosom homolog yang

menerima patahan terjadi penggandaan gen-gen.

3. Inversi

Inversi terjadi jika sebagian segmen kromosom patah, lalu patahan tersebut

tersambung kembali tetapi dengan posisi terbalik. Ada dua macam inversi, yaitu:

 Inversi perisentrik, bila peristiwa inversi melibatkan perubahan posisi sentromer

dan terjadi pada satu lengan kromosom.

 Inversi parasetrik, bila peristiwa inversi tidak melibatkan perubahan posisi

sentromer dan biasanya terjadi pada 2 lengan kromosom.

4. Translokasi

Translokasi terjadi salah satu bagian kromosom patah, lalu patahan tersebut

tersambung atau menempel pada kromosom lain yang bukan homolognya.

5. Katenasi

17
Katenasi merupakan hasil translokasi dua kromosom tidak homolog sehingga

menyebabkan dua pasang kromosom membentuk struktur seperti lingkaran.

G. Kelainan Pada Kromosom

Penyimpangan kromosom adalah gangguan dalam isi kromosom normal sel,

dan merupakan penyebab utama kondisi genetik pada manusia, seperti sindrom

Down. Beberapa kelainan kromosom tidak menyebabkan penyakit pada operator,

seperti translokasi atau inversi kromosom, meskipun mereka dapat menyebabkan

kesempatan lebih tinggi melahirkan anak dengan kelainan kromosom. jumlah

abnormal kromosom atau set kromosom, aneuploidi, dapat mematikan atau

menimbulkan gangguan genetik. Keuntungan atau kerugian DNA dari kromosom

dapat menyebabkan berbagai gangguan genetik. contoh manusia meliputi:

1. Cri du chat, yang disebabkan oleh penghapusan bagian dari lengan pendek

kromosom 5. "Cri du chat" berarti "teriakan kucing" dalam bahasa Perancis, dan

kondisi itu dinamakan demikian karena membuat bayi terkena tangisan bernada

tinggi yang terdengar seperti orang-orang dari kucing. individu yang terkena

dampak memiliki mata lebar-set, kepala kecil dan rahang, dan cukup untuk

mental sangat terbelakang dan sangat singkat.

2. Wolf-Hirschhorn sindrom, yang disebabkan oleh penghapusan sebagian dari

lengan pendek kromosom 4. Hal ini ditandai dengan retardasi pertumbuhan

berat dan berat untuk keterbelakangan mental yang mendalam.

3. Sindrom Down, biasanya disebabkan oleh tambahan salinan kromosom 21

(trisomi 21). Karakteristik termasuk penurunan otot, stockier membangun,

tengkorak asimetris, mata miring dan keterbelakangan mental ringan sampai

sedang.

18
4. Edwards sindrom, yang merupakan trisomi kedua-paling-sama; Down

syndrome adalah yang paling umum. Ini adalah trisomi kromosom 18. Gejala

termasuk keterbelakangan mental dan motor dan anomali kongenital banyak

menyebabkan masalah kesehatan yang serius. Sembilan puluh persen mati

dalam masa kanak-kanak. Mereka memiliki karakteristik tangan terkepal dan jari

tumpang tindih.

5. Sindrom Patau, juga disebut D-Syndrome atau trisomi-13. Gejala agak mirip

dengan trisomi-18, namun mereka tidak memiliki bentuk tangan yang khas.

6. Idic15, singkatan untuk Isodicentric 15 pada kromosom 15; juga disebut nama

berikut karena berbagai penelitian, tetapi mereka semua berarti sama; LPS (15),

dupliction terbalik 15, Marker ekstra, dup Inv 15, tetrasomy parsial 15

7. Sindrom Jacobsen, juga disebut gangguan penghapusan terminal 11q. Ini

adalah gangguan yang sangat langka. Mereka yang terkena dampak memiliki

kecerdasan normal atau keterbelakangan mental ringan, dengan miskin

kemampuan bahasa ekspresif. Kebanyakan gangguan perdarahan yang disebut

Paris-trousseau sindrom.

8. Sindrom Klinefelter (XXY). Pria dengan sindrom Klinefelter biasanya steril, dan

cenderung memiliki lengan yang lebih panjang dan kaki dan menjadi lebih tinggi

daripada rekan-rekan mereka. Anak laki-laki dengan sindrom sering pemalu dan

tenang, dan memiliki insiden yang lebih tinggi keterlambatan berbicara dan

disleksia. Selama pubertas, tanpa pengobatan testosteron, beberapa dari

mereka dapat mengembangkan ginekomastia.

19
9. Sindrom Turner (X, bukan XX atau XY). Pada sindrom Turner, karakteristik

seksual perempuan yang hadir tetapi terbelakang. Orang dengan sindrom

Turner sering memiliki perawakan pendek, garis rambut rendah, fitur mata

normal dan perkembangan tulang dan "menyerah-in" tampilannya dada. XYY

sindrom. XYY anak laki-laki biasanya lebih tinggi dari saudara mereka. Seperti

anak laki-laki dan perempuan XXY XXX, mereka agak lebih cenderung memiliki

kesulitan belajar.

10. Triple-X sindrom (XXX). wanita XXX cenderung tinggi dan kurus. Mereka

memiliki insiden yang lebih tinggi dari disleksia.

H. Pengertian DNA

DNA (deoxyribonucleic acid) atau asam deoksiribosa nukleat (ADN)

merupakan tempat penyimpanan informasi genetik.

Gambar 2.10 Struktur DNA

20
 Pada tahun 1953, Frances Crick dan James Watson menemukan model

molekul DNA sebagai suatu struktur heliks beruntai ganda, atau yang lebih dikenal

dengan heliks ganda Watson-Crick.DNA merupakan makromolekul polinukleotida

yang tersusun atas polimer nukleotida yang berulang-ulang, tersusun rangkap,

membentuk DNA haliks ganda dan berpilin ke kanan.Setiap nukleotida terdiri dari

tiga gugus molekul, yaitu :

 Gula 5 karbon (2-deoksiribosa)

 basa nitrogen yang terdiri golongan purin yaitu adenin (Adenin = A) dan guanin

(guanini = G), serta golongan pirimidin, yaitu sitosin (cytosine = C) dan timin

(thymine = T)

 Gugus fosfat

I. Pengertian Replikasi DNA

Bahan genetik yang ada pada setiap jasad akan mengalami proses

perbanyakan sebagai salah satu tahapan sangat penting dalam proses

pertumbuhan sel atau perbanyakan partikel virus. Proses perbanyakan bahan

genetik dikenal sebagai proses replikasi. Replikasi bahan genetik dapat dikatakan

sebagai proses yang mengawali pertumbuhan sel, meskipun sebenarnya

pertumbuhan merupakan suatu resultan banyak proses yang saling berkaitan satu

sama lain. Sel mempunyai mekanisme replikasi bahan genetik yang dilengkapi

dengan system penyutingan (editing) yang sangat akurat sehingga bahan genetik

yang diturunkan kepada sel anakan (progeny) mempunyai komposisi yang sangat

identik dengan komposisi bahan genetik sel induk. Replikasi bahan genetik diikuti

oleh pembentukan sel-sel anakan yang membawa duplikat bahan genetik hasil

21
replikasi. Sehingga kesalahan dalam proses replikasi bahan genetik dapat

mengakibatkan perubahan pada sifasifat sel anakan.

Mekanisme replikasi bahan genetik sangat kompleks dan melibatkan banyak

protein yang masing-masing mempunyai peranan spesifik. Protein-protein yang

terlibat di dalam proses replikasi bahan genetik dikode oleh gen-gen yang terdapat

di dalam bahan genetik itu sendiri. Oleh karena itu, ada kaitan fungsional yang

sangat erat dan tidak terpisahkan antara proses replikasi bahan genetik dengan

proses ekspresi genetik dan metabolisme sel secara keseluruhan. Hambatan yang

terjadi pada proses metabolisme, misalnya penghambatan produksi energy, dapat

pula mempengaruhi proses replikasi karena replikasi juga memerlukan pasokan

energi.

Replikasi DNA merupakan peristiwa sintesis DNA (autokatalisis) karena

DNA mampu mensintesis diri sendiri. Replikasi DNA dapat terjadi dengan adanya

sintesis rantai nukleotida baru dari rantai nukleotida lama melalui proses

menggunakan komplementasi pasangan basa untuk menghasilkan suatu molekul

DNA baru yang sama dengan suatu molekul DNA lama, proses yang terjadi tersebut

dipengaruhi oleh enzim helikase, enzim polimerase,dan ligase. Replikasi DNA

bersifat semikoservatif, yaitu kedua untai tunggal DNA bertindak sebagai cetakan

untuk pembuatan untai-untai DNA baru, seluruh untai tunggal cetakan

dipertahankan dan untai yang baru dibuat dari nukleotida- nukleotida

Sebelum mekanisme reprikasi DNA dapat dibuktikan secara eksperimental

oleh Matthew Meselson dan Frankrin Stahl pada tahun 1958, ada tiga hipotesis

yang berkembang mengenai mekanisme replikasi DNA.

22
 Gambar 2.11 Tipe Replikasi DNA

1. Model konservatif, yaitu dua rantai DNA lama tetap tidak berubah, berfungsi

sebagai cetakan untuk dua rantai DNA baru. Replikasi ini mempertahankan

molekul dari DNA lama dan membuat molekul DNA baru. Pada replikasi

konservatif seluruh tangga berpilin DNA awal tetap dipertahankan dan akan

mengarahkan pembentukan tangga berpilin baru. Pada replikasi semikonservatif

tangga berpilin mengalami pembukaan terlebih dahulu sehingga kedua untai

polinukleotida akan saling terpisah. Namun, masing-masing untai ini tetap

dipertahankan dan akan bertindak sebagai cetakan (template) bagi pembentukan

untai polinukleotida baru. Sementara itu, pada replikasi dispersif kedua untai

polinukleotida mengalami fragmentasi di sejumlah tempat. Kemudian, fragmen-

fragmen polinukleotida yang terbentuk akan menjadi cetakan bagi fragmen

nukleotida baru sehingga fragmen lama dan baru akan dijumpai berselang-seling

di dalam tangga berpilin yang baru.

2. Model semikonservatif, yaitu dua rantai DNA lama terpisah dan rantai baru

disintesis dengan prinsip komplementasi pada masing-masing rantai DNA lama.

Akhirnya dihasilkan dua rantai DNA baru yang masing-masing mengandung satu

rantai cetakan molekul DNA lama dan satu rantai baru hasil sintesis.

23
3. Model dispersif, yaitu beberapa bagian dari kedua rantai DNA lama digunakan

sebagai cetakan untuk sintesis rantai DNA baru. Oleh karena itu, hasil akhirnya

diperoleh rantai DNA lama dan baru yang tersebar pada rantai DNA lama dan

baru Replikasi ini menghasilkan dua molekul DNA lama dan DNA baru yang

saling berselang-seling pada setiap untai.

Pada tahun 1958 Matthew Meselson dan Franklin Stahl berhasil

menunjukkan secara empiris bahwa replikasi DNA berlangsung dengan mekanisme

secara semikonservatif. Meselson dan Stahl melakukan eksperimen untuk

mengetahui mekanisme replikasi DNA dengan menggunakan bakteri Escherichia

coli. Pertama kali, bakteri E. coli ditumbuhkan dalam medium yang mengandung
15
nitrogen "berat" yaitu isotop N selama beberapa generasi. Dengan cara demikian

maka molekul DNA induk mempunyai label berupa isotop berat sehingga

molekulnya mempunyai densitas yang lebih tinggi dibanding DNA normal. Sel-sel

yang molekul DNA-nya sudah berlabel tersebut kemudian dipindahkan ke dalam

14
medium baru yang mengandung isotop nitrogen yang "ringan", yaitu N. Pada

selang waktu tertentu setelah dipindahkan ke medium baru, sampel sel dipanen dan

DNA-nya diisolasi. DNA hasil isolasi tersebut kemudian disentrifugasi dengan

ultrasentrifugasi gradien CsCl untuk menentukan densitas molekul DNA-nya. Hasil

pengukuran densitas DNA yang diisolasi pada generasi E. coli yang berbeda

menunjukkan ada perbedaan satu sama lain. Pada generasi pertama, semua DNA

mempunyai densitas molekul hibrid, yaitu densitas yang dihasilkan oleh gabungan
15 14
molekul DNA yang mengandung N dan N. Perlu diingat bahwa sebelum
14
dipindahkan ke medium yang mengandung N (yaitu generasi ke 0), kedua untaian
15
DNA induk mengandung isotop N. Pada generasi kedua, densitas molekul DNA

terdiri atas dua kelompok yaitu yang mempunyai densitas molekul hibrid dan yang

24
mempunyai densitas lebih rendah dibanding dengan densitas molekul hibrid.

Kelompok kedua tersebut terdiri atas molekul DNA yang kedua untaiannya
14
mengandung isotop N. Di bawah ini adalah skema eksperimen Meselson dan

Stahl.

Gambar 2.12 Skema eksperimen Meselson dan Stahl

Hasil eksperimen Meselson dan Stahl tersebut dengan jelas menunjukkan

bahwa molekul DNA anakan terdiri atas satu untai DNA induk dan satu untai DNA

hasil sintesis baru sehingga sesuai dengan model replikasi secara semikonservatif.

Hasil eksperimen tersebut kemudian dikonfirmasi lagi dengan eksperimen kedua.

Dalam eksperimen ini, molekul DNA hibrid didenaturasi dengan pemanasan pada

suhu 1000c, kemudian disentrifugasi dalam gradient CsCl. DNA yang sudah

didenaturasi tersebut menghasilkan dua pita DNA yang terdiri atas untai-tunggal
15
DNA yang mengandung N dan untai-tunggal 14N.

Berdasarkan atas eksperimen seperti yang dijelaskan di atas, dapat diambil

kesimpulan bahwa replikasi DNA berlangsung secara semikonservatif. Meskipun

demikian, bukti-bukti baru menunjukkan adanya penyimpangan dari teori replikasi

25
semacam ini. Diketahui bahwa mekanisme replikasi DNA pada virus tertentu

misalnya virus фX1 74, yang genomnya berupa DNA untai-tunggal, melibatkan

tahapan proses replikasi DNA dengan mekanisme yang berbeda yaitu dengan

model konservatif, meskipun hanya pada tahapan tertentu.

J. Proses Replikasi DNA

Replikasi DNA berlangsung dalam beberapa tahap yaitu: (1) denaturasi

(pemisahan) untaian DNA induk, (2) peng-“awal”-an (initiation, inisiasi) sintesis DNA,

(3) pemanjanan untaian DNA, (4) ligasi fragmen-fragmen DNA, dan (5) peng-“akhir”-

an (termination, terminasi) sintesi DNA. Sintesis untaia DNA yang baru akan dimulai

segera setelah kedua untaian DNA induk terpisah membentuk garpu replikasi.

Proses replikasi dalam molekul DNA dimulai pada suatu titik yang disebut dengan

Origin of Replication (Ori). Pada titik ini, DNA akan membentuk seperti gelembung

kecil, dimana ikatan hidrogen antara basa-basa terputus dan pasangan basanya

terpisah. Heliks mulai membuka uliran, kedua untaian DNA yang baru disintesis

dengan arah geometris yang berlawanan.

Replikasi DNA Secara Singkat (Semi Konservatif)

Gambar 2.13 Proses Replikasi DNA

26
Keterangan: (1) Lagging strand; (2) Leading strand; (3) DNA polimerase; (4) Enzim

DNA ligase; (5) Primer; (6) Primase; (7) Fragmen Okazaki (8) Molekul DNA

polymerase; (9) Enzim helikase; (10) Protein pengikat untaian tunggal; (11)

Topoisomerase.

Langkah-langkah replikasi DNA.

1. Heliks ganda DNA (merah) dibuka menjadi dua untai tunggal oleh enzim

helikase (9) dengan bantuan topoisomerase (11) yang mengurangi tegangan

untai DNA.

2. Untaian DNA tunggal dilekati oleh protein-protein pengikat untaian tunggal (10)

untuk mencegahnya membentuk heliks ganda kembali.

3. Primase (6) membentuk oligonukleotida RNA yang disebut primer (5)

4. Molekul DNA polimerase (3) & (8) melekat pada seuntai tunggal DNA dan

bergerak sepanjang untai tersebut memperpanjang primer, membentuk untaian

tunggal DNA baru yang disebut leading strand (2) dan lagging strand (1).

5. DNA polimerase yang membentuk lagging strand mensintesis segmen-segmen

polinukleotida diskontinu (disebut fragmen Okazaki (7)).

6. Enzim DNA ligase (4) kemudian menyambungkan potongan-potongan lagging

strand.

Penjelasan Proses Replikasi DNA Secara Rinci

1. Inisiasi

27
Pelepasan untai DNA

Replikasi DNA dimulai pada lokasi spesifik disebut sebagai asal replikasi, yang

memiliki urutan tertentu yang bisa dikenali oleh protein yang disebut inisiator DnaA.

Mereka mengikat molekul DNA di tempat asal, sehingga mengendur untuk perakitan

protein lain dan enzim penting untuk replikasi DNA. Sebuah enzim yang disebut

helikase direkrut ke lokasi untuk unwinding (proses penguraian/seperti membuka

resleting) heliks dalam alur tunggal.

Helikase melepaskan ikatan hidrogen antara pasangan basa, dengan cara yang

tergantung energi. Titik ini atau wilayah DNA yang sekarang dikenal sebagai garpu

replikasi (Garpu replikasi atau cabang replikasi adalah struktur yang terbentuk

ketika DNA bereplikasi). Setelah heliks yang terbuka, protein yang disebut untai

tunggal mengikat protein (SSB) mengikat daerah terbuka dan mencegah mereka

untuk menempel kembali. Proses replikasi sehingga dimulai, dan garpu replikasi

dilanjutkan dalam dua arah yang berlawanan sepanjang molekul DNA.

2. Sintesis Primer

28
Sintesis DNA Primer

Sintesis baru, untai komplementer DNA menggunakan untai yang ada sebagai

template yang dibawa oleh enzim yang dikenal sebagai DNA polimerase. Selain

replikasi mereka juga memainkan peran penting dalam perbaikan DNA dan

rekombinasi.

Namun, DNA polimerase tidak dapat memulai sintesis DNA secara independen, dan

membutuhkan 3′ gugus hidroksil untuk memulai penambahan nukleotida

komplementer. Ini disediakan oleh enzim yang disebut DNA primase yang

merupakan jenis DNA dependent-RNA polimerase. Ini mensintesis bentangan

pendek RNA ke untai DNA yang ada. Ini segmen pendek disebut primer, dan terdiri

dari 9-12 nukleotida. Hal ini memberikan DNA polimerase platform yang diperlukan

untuk mulai menyalin sebuah untai DNA. Setelah primer terbentuk pada kedua

untai, DNA polimerase dapat memperpanjang primer ini menjadi untai DNA baru.

Pembukaan resleting DNA dapat menyebabkan supercoiling (bentukan seperti

spiral yang mengganggu) di wilayah garpu berikutnya. Ini superkoil DNA dibuka oleh

enzim khusus yang disebut topoisomerase yang mengikat ke bentangan DNA

depan garpu replikasi. Ini menciptakan memotong pada untai DNA dalam rangka

untuk meringankan supercoil tersebut.

3. Sintesis leading strand

29
Replikasi DNA untaian pengawal (leading strand)

DNA polimerase dapat menambahkan nukleotida baru hanya untuk ujung 3′ dari

untai yang ada, dan karenanya dapat mensintesis DNA dalam arah 5′ → 3′ saja.

Tapi untai DNA berjalan di arah yang berlawanan, dan karenanya sintesis DNA

pada satu untai dapat terjadi terus menerus. Hal ini dikenal sebagai untaian

pengawal (leading strand).

Di sini, DNA polimerase III (DNA pol III) mengenali 3′ OH ujung RNA primer, dan

menambahkan nukleotida komplementer baru. Saat garpu replikasi berlangsung,

nukleotida baru ditambahkan secara terus menerus, sehingga menghasilkan untai

baru.

4. Sintesis lagging Strand (untai tertinggal)

Pada untai berlawanan, DNA disintesis secara terputus dengan menghasilkan

serangkaian fragmen kecil dari DNA baru dalam arah 5 ‘→ 3′. Fragmen ini disebut

fragmen Okazaki, yang kemudian bergabung untuk membentuk sebuah rantai terus

menerus nukleotida. Untai ini dikenal sebagai lagging Strand (untai tertinggal)

sejak proses sintesis DNA pada untai ini hasil pada tingkat yang lebih rendah.

30
Di sini, primase menambahkan primer di beberapa tempat sepanjang untai terbuka.

DNA pol III memperpanjang primer dengan menambahkan nukleotida baru, dan

jatuh ketika bertemu fragmen yang terbentuk sebelumnya. Dengan demikian, perlu

untuk melepaskan untai DNA, lalu bergeser lebih lanjut kebagian atas untuk

memulai perluasan primer RNA lain. Sebuah penjepit geser memegang DNA di

tempatnya ketika bergerak melalui proses replikasi.

5. Penghapusan Primer

Meskipun untai DNA baru telah disintesis primer RNA hadir pada untai baru

terbentuk harus digantikan oleh DNA. Kegiatan ini dilakukan oleh enzim DNA

polimerase I (DNA pol I). Ini khusus menghilangkan primer RNA melalui ‘5→ 3′

aktivitas eksonuklease nya, dan menggantikan mereka dengan deoksiribonukleotida

baru dengan 5 ‘→ 3′ aktivitas polimerase DNA.

menghilangkan primer RNA

31
6. Ligasi

Setelah penghapusan primer selesai untai tertinggal masih mengandung celah

antara fragmen Okazaki berdekatan. Enzim ligase mengidentifikasi dan menyumbat

celah tersebut dengan menciptakan ikatan fosfodiester antara 5 ‘fosfat dan 3′ gugus

hidroksil fragmen yang berdekatan.

7. Terminasi (pemutusan)

Replikasi ini terhenti di lokasi terminasi khusus yang terdiri dari urutan nukleotida

yang unik. Urutan ini diidentifikasi oleh protein khusus yang disebut tus yang

mengikat ke situs tersebut, sehingga secara fisik menghalangi jalur helikase. Ketika

helikase bertemu protein tus itu jatuh bersama dengan untai tunggal protein

pengikat terdekat.

32
ENZIM-ENZIM YANG BERPERAN DALAM PROSES REPLIKASI DNA

No Nama Enzim Keterangan Fungsi

.

1 Helikase (DnaB) memutuskan ikatan-ikatan hidrogen yang menyatukan

kedua untaian DNA sehingga terbentuk garpu/cabang
replikasi

2 Topoisomerase mengurangi ketegangan superheliks DNA dengan

menciptakan istirahat sementara pada satu atau kedua
untai DNA

3 Primase mensintesis RNA-primer

menghentikan perkembangan garpu/cabang replikasi

untuk mencegah leading strand melampaui lagging strand

·   mengawali pembentukan DNA baru pada leading strand

atau DNA fragmen Okazaki pada lagging strand oleh DNA
Polimerase

4 DNA polimerase·     enzim utama yang mengkatalisi proses polimerisasi

nukleotida menjadi untaian DNA

·     menambahkan nukleotida bebas hanya pada ujung 3'

dari rantai yang baru terbentuk, sehingga terjadinya
elongasi (pemanjangan) pada rantai baru dengan arah
dari ujung 5' ke ujung 3'.

·     menggunakan gugus OH 3' bebas pada RNA-primer

untuk mensintesis DNA dengan arah 5'→3'

·     hanya bisa menambahkan nukleotida ke ujung 3' yang

sudah ada, karena itu butuh primer sehingga nukleotida
dapat ditambahkan

5 DNA ligase ·   menggabung fragmen-fragmen okazaki (lagging strand)

saat proses replikasi

·   menyambung potongan-potongan DNA yang baru

disintesis

Tabel 2.2 Enzim yang berperan dalam Replikasi DNA

Replikasi DNA pada Sel Eukariot

33
 Pada eukariot, proses replikasi DNA adalah sama dengan replikasi dari bakteri

atau DNA prokariotik dengan beberapa modifikasi kecil. Pada eukariot, molekul

DNA lebih besar daripada di prokariot dan tidak melingkar, juga banyak tempat

untuk memulai replikasi.

Tabel 2.3 Macam dan Kemungkinan Peranan DNA polymerase eukaryot

Pada eukariot replikasi DNA hanya terjadi pada fase S di dalam

interfase. Untuk memasuki fase S diperlukan regulasi oleh sistem protein

kompleks yang disebut siklin dan kinase tergantung siklin atau cyclin-dependent

protein kinases (CDKs), yang akan diaktivasi oleh sinyal pertumbuhan yang

mencapai permukaan sel. Beberapa CDKs akan melakukan fosforilasi dan

mengaktifkan protein-protein yang diperlukan untuk inisiasi pada masing-masing

ORI. Berhubung dengan kompleksitas struktur kromatin, fork replikasi pada

eukariot bergerak hanya dengan kecepatan 50 pb tiap detik. Sebelum

melakukan penyalinan, DNA harus dilepaskan dari nukleosom pada fork

replikasi sehingga gerakan fork replikasi akan diperlambat menjadi sekitar 50 pb

tiap detik. Dengan kecepatan seperti ini diperlukan waktu sekitar 30 hari untuk

menyalin molekul DNA kromosom pada kebanyakan mamalia. Sederetan

sekuens tandem yang terdiri dari 20 hingga 50 replikon mengalami inisiasi

secara bersamaan pada waktu tertentu selama fase S. Deretan yang mengalami

34
inisiasi paling awal adalah eukromatin, sedangkan deretan yang agak lambat

adalah heterokromatin.

DNA sentromir dan telomir bereplikasi paling lambat. Pola semacam ini

mencerminkan aksesibilitas struktur kromatin yang berbeda-beda terhadap

faktor inisiasi. Seperti halnya pada prokariot, satu atau beberapa DNA helikase

dan SSB yang disebut dengan protein replikasi A atau replication protein A (RP-

A) diperlukan untuk memisahkan kedua untai DNA.

Proses replikasi DNA eukariot sama dengan replikasi DNA prokariotik

kecuali untuk aspek-aspek dibawah ini:

1. DNA eukariot mempunyai beberapa tempat “Origin Of Replication”, maka

beberapa replikasi fork menghasilkan banyak gelembung sepanjang DNA.

Replikasi fork dibentuk pada urutan mereplikasi secara otonom (ARS) yang

mengandung 11 bp dikenal dengan origin replication element (ORE).

2. Polimerase DNA α dan β adalah enzim-enzim replikasi DNA dalam sel

eukariotik. Polimerase DNA α mempunyai aktivitas polimerase 5'→ 3 ' dan

sintesis primer pada lagging strand kemudian diperpanjang dengan

multisubunit DNA polymerase. Polimerase DNA δ mengoreksi aktivitas

eksonuklease 3’→5’ dan melaksanakan keduanya dan sintesis lagging

strand dalam suatu kompleks bakteri dimer DNA polimerase III. ε

polymerase DNA menghilangkan fragmen utama dari Okazaki pada Lagging

strand. Polimerase DNA γ bertanggung jawab untuk replikasi DNA mt.

3. Telomere, struktur di ujung kromosom eukariotik linear, terdiri dari banyak

salinan tandem urutan oligonukleotida pendek dengan TxGy dalam satu

untai dan CyAx di untai komplementer, di mana x dan y biasanya dalam

rentang 1 sampai 4. Telomerase mengandung RNA yang berfungsi sebagai

35
 template untuk sintesis untai TxGy dari telomer. Komponen protein dari

telomerase bertindak sebagai reverse transkripsi selular untuk sintesis RNA

dan DNA. Setelah perpanjangan untai TxGy oleh telomerase, pelengkap

untai CyAx disintesis oleh DNA polimerase selular, dimulai dengan sebuah

primer RNA.

Replikasi DNA pada Sel Prokariot

Suatu kromosom mengandung satu molekul DNA yang biasanya sangat

besar, misalnya beberapa kromosom bakteri tersusun oleh sebanyak 4 x 10 6

pasang basa. Selain itu dalam banyak hal, DNA berbentuk tertutup atau struktur

lingkar. Beberapa kromosom bakteri berbentuk linier. Hanya sedikit diketahui

mengenai kromosom bakteri linier.

Dari penelitian genetika telah diketahui bahwa inisiasi replikasi terjadi pada

sisi tertentu yang disebut sisi inisiasi atau origin of the chromosome (ori C). Urutan

nukleotida dalam daerah ini mengikat pada berbagai protein untuk menginisiasi

kedua garpu.

Enzim/protein yang berperanan dalam inisiasi replikasi DNA pada prokaryot :

36
 Tabel 2.4 Enzim yang berperan pada replikasi DNA prokaryot

Replikasi kromosom bakteri bisa dibagi ke dalam tiga tahap: inisiasi,

elongasi, dan terminasi. Inisiasi yakni pembentukan garpu-garpu replikasi pada

molekul awal. Elongasi menggambarkan perkembangan garpu-garpu ini

mengelilingi kromosom, serentak dengan sintesis DNA atau pertumbuhan rantai.

Terminasi yakni penggabungan garpu-garpu yang saling mendekati, menghasilkan

dua kromosom sempurna yang dapat berpisah satu sama lain.

Replikasi kromosom bakteri sepanjang 5.000 kb memakan waktu sekitar 40

menit dan terjadi dalam seluruh siklus pembelahan bakteri. Maka, setiap garpu

mereplikasikan sekitar 50kb DNA per menit. (Dalam sel eukariot, replikasi DNA

terbatas pada bagian siklus pembelahan sel mitosis yang disebut fase S, yang bisa

berlangsung selama beberapa jam). Laju replikasi DNA dikoordinasikan dengan laju

pembelahan sel. Maka, kultur bakteri yang tumbuh dalam medium kaya akan

memiliki waktu pembentukan yang pendek dan harus menjalankan replikasi

kromosom lebih cepat daripada yang ditumbuhkan dalam medium miskin dimana

pembentukannya mungkin tiga sampai empat kali lebih lama.

Seperti diketahui, replikasi suatu replikon bisa dibagi ke dalam tiga tahap

yakni inisiasi, elongasi, dan terminasi. Selama fase elongasi, pertumbuhan rantai

DNA berlangsung pada garpy replikasi. Ini adalah tahap yang bagus untuk meneliti

beberapa enzim penting dan protein lain yang terlibat dalam replikasi. Proses

seperti ini yang terjadi dalam bakteri E.coli adalah yang paling dipahami, dan

bermanfaat sebagai prototipe untuk sistem lain. Beberapa enzim dan protein terlibat

didalamnya.

Enzim yang bertanggung jawab untuk sintesis rantai DNA baru pada garpu

replikasi yakni enzim DNA polimerase. Enzim ini memakai untai DNA tunggal yang

37
terbuka gulungannya sebagai templat. Terdapat tiga macam DNA polimerase dalam

E.coli, yakni DNA polimerase I,II, dan III. DNA polimerase I adalah yang paling

melimpah, dan DNA polimerase III adalah yang paling sedikit. Kedua enzim ini

mempunyai peran penting dalam keseluruhan proses replikasi DNA. Peranan

polimerase II belum diketahui dengan jelas.

Fase elongasi dari replikasi DNA dalam bakteri tampak melibatkan banyak

enzim dan protein, yang sebagian bergabung dengan kompleks fungsional terpisah

seperti holoenzim DNA polimerase III. Inisiasi replikasi juga menggunakan beberapa

protein, dan mutasi pada gennya sangat membantu dalam mengidentifikasi protein-

protein ini.

Mutasi yang mempengaruhi replikasi disebut mutasi DNA. Banyak mutasi

yang telah diidentifikasi pada E.coli mengkode untuk berbagai protein yang

berkaitan dengan pertumbuhan rantai DNA pada garpu replikasi. Sebagai contoh,

gen dnaG mengode untuk primase (protein Dna G). Namun sebagian mengkode

protein dengan melibatkan inisiasi siklus replikasi pada ori C. Contoh untuk gen

seperti ini misalnya dnaA, B dan C.

Replikasi DNA kromosom prokariot, khususnya bakteri, sangat berkaitan

dengan siklus pertumbuhannya. Daerah ori pada E. coli, misalnya, berisi empat

buah tempat pengikatan protein inisiator DnaA, yang masing-masing panjangnya 9

pb. Sintesis protein DnaA ini sejalan dengan laju pertumbuhan bakteri sehingga

inisiasi replikasi juga sejalan dengan laju pertumbuhan bakteri. Pada laju

pertumbuhan sel yang sangat tinggi, DNA kromosom prokariot dapat mengalami

reinisiasi replikasi pada dua ori yang baru terbentuk, sebelum putaran replikasi yang

pertama berakhir. Akibatnya, sel-sel hasil pembelahan akan menerima kromosom

yang sebagian telah bereplikasi.

38
 Protein DnaA membentuk struktur kompleks yang terdiri atas 30 hingga 40

buah molekul, yang masing-masing akan terikat pada molekul ATP. Daerah ori akan

mengelilingi kompleks DnaA-ATP tersebut. Proses ini memerlukan kondisi

superkoiling negatif DNA (pilinan kedua untai DNA berbalik arah sehingga terbuka).

Superkoiling negatif akan menyebabkan pembukaan tiga sekuens repetitif

sepanjang 13 pb yang kaya dengan AT sehingga memungkinkan terjadinya

pengikatan protein DnaB, yang merupakan enzim helikase, yaitu enzim yang akan

menggunakan energi ATP hasil hidrolisis untuk bergerak di sepanjang kedua untai

DNA dan memisahkannya.

Untai DNA tunggal hasil pemisahan oleh helikase selanjutnya diselubungi

oleh protein pengikat untai tunggal atau single-stranded binding protein (SSB) untuk

melindungi DNA untai tunggal dari kerusakan fisik dan mencegah renaturasi. Enzim

DNA primase kemudian akan menempel pada DNA dan menyintesis RNA primer

yang pendek untuk memulai atau menginisiasi sintesis pada untai pengarah. Agar

replikasi dapat terus berjalan menjauhi ori, diperlukan enzim helikase selain DnaB.

Hal ini karena pembukaan heliks akan diikuti oleh pembentukan putaran baru

berupa superkoiling positif. Superkoiling negatif yang terjadi secara alami ternyata

tidak cukup untuk mengimbanginya sehingga diperlukan enzim lain, yaitu

topoisomerase tipe II yang disebut dengan DNA girase. Enzim DNA girase ini

merupakan target serangan antibiotik sehingga pemberian antibiotik dapat

mencegah berlanjutnya replikasi DNA bakteri.

Seperti telah dijelaskan di atas, replikasi DNA terjadi baik pada untai

pengarah maupun pada untai tertinggal. Pada untai tertinggal suatu kompleks yang

disebut primosom akan menyintesis sejumlah RNA primer dengan interval 1.000

hingga 2.000 basa. Primosom terdiri atas helikase DNA B dan DNA primase.

39
 Primer baik pada untai pengarah maupun pada untai tertinggal akan

mengalami elongasi dengan bantuan holoenzim DNA polimerase III. Kompleks

multisubunit ini merupakan dimer, separuh akan bekerja pada untai pengarah dan

separuh lainnya bekerja pada untai tertinggal. Dengan demikian, sintesis pada

kedua untai akan berjalan dengan kecepatan yang sama.Masing-masing bagian

dimer pada kedua untai tersebut terdiri atas subunit a, yang mempunyai fungsi

polimerase sesungguhnya, dan subunit e, yang mempunyai fungsi penyuntingan

berupa eksonuklease 3’–5’. Selain itu, terdapat subunit b yang menempelkan

polimerase pada DNA.

Begitu primer pada untai tertinggal dielongasi oleh DNA polimerase III,

mereka akan segera dibuang dan celah yang ditimbulkan oleh hilangnya primer

tersebut diisi oleh DNA polimerase I, yang mempunyai aktivitas polimerase 5’– 3’,

eksonuklease 5’ – 3’, dan eksonuklease penyuntingan 3’ – 5’. Eksonuklease 5’-3’

membuang primer, sedangkan polimerase akan mengisi celah yang ditimbulkan.

Akhirnya, fragmen-fragmen Okazaki akan dipersatukan oleh enzim DNA ligase.

Secara in vivo, dimer holoenzim DNA polimerase III dan primosom diyakini

membentuk kompleks berukuran besar yang disebut dengan replisom. Dengan

adanya replisom sintesis DNA akan berlangsung dengan kecepatan 900 pb tiap

detik.

Kedua garpu replikasi akan bertemu kira-kira pada posisi 180°C dari ori. Di

sekitar daerah ini terdapat sejumlah terminator yang akan menghentikan gerakan

garpu replikasi. Terminator tersebut antara lain berupa produk gen tus, suatu

inhibitor bagi helikase DnaB. Ketika replikasi selesai, kedua lingkaran hasil replikasi

masih menyatu. Pemisahan dilakukan oleh enzim topoisomerase IV. Masing-masing

40
lingkaran hasil replikasi kemudian disegregasikan ke dalam kedua sel hasil

pembelahan.

Perbedaan Replikasi DNA pada Sel Eukariot dan Prokariot

Tabel 2.5 Perbedaan Replikasi DNA Sel Eukariot dan Prokariot

BAB III

PENUTUP

A. Kesimpulan

Dari makalah di atas maka dapat di simpulkan :

1. Kromosom adalah suatu struktur makromolekul yang berisi DNA di mana

informasi genetik dalam sel disimpan

2. Struktur kromosom prokariotik berbentuk lingkar sehingga hanya terdiri dari

sebuah kromosom tunggal

3. Struktur kromosom eukariotik berbentuk linier dengan panjang yang melebihi

dari nukleus itu sendiri sehingga harus dipadatkan dalam pengemasannya.

4. Replikasi DNA bersifat semikoservatif, yaitu kedua untai tunggal DNA bertindak

sebagai cetakan untuk pembuatan untai-untai DNA baru, seluruh untai tunggal

cetakan dipertahankan dan untai yang baru dibuat dari nukleotida- nukleotida.

5. Proses replikasi DNA berlangsung melalui beberapa tahapan dasar yaitu (1)

denaturasi (pemisahan) untaian DNA induk, (2) peng-“awal”-an (initiation,

41
 inisiasi) sintesis DNA, (3) pemanjanan untaian DNA, (4) ligasi fragmen-fragmen

DNA, dan (5) peng-“akhir”-an (termination, terminasi) sintesi DNA.

6. Terdapat perbedaan replikasi DNA pada sel eukariot dan prokariot. Salah

satunya adalah DNA eukariot mempunyai tempat “Origin Of Replication” yang

lebih banyak dibanding DNA prokariot.

B. Saran

Sebaiknya lebih dipelajari lagi tentang kromosom dan replikasi sel makhluk

hidup secara mendalam dan diharapkan bagi pembaca dalam pembuatan makalah

selanjutnya lebih melengkapi lagi gambar-gambar dan referensi yang mendukung

mengenain struktur kromosom dan replikasi DNA.

DAFTAR PUSTAKA

Amir, F. M.; Malik, A.; Darmawati; Fikri R. M. 2010. Replikasi DNA.

http://www.scribd.com/doc/32301253/Replikasi-Dna. Diakses pada tanggal
17 April 2015

Junaidi,W. 2009. Replikasi DNA.http://meckzozp.blogspot.com/2009/01/replikasi-

dna-html. Diakses pada tanggal 17 April 2015

Saraswati, D. 2010. Substansi Genetika.http://substansigenetika.net/wp/tag/2-

replikasi-dna, diakses pada tanggal 17 April 2015

Endang, 2014. Pengertian Kromosom Khoroma

http://endankbiologi.blogspot.com/2014/03/pengertian-kromosom
khoroma.html, diakses pada tanggal 17 April 2015

Susanti, Rita. 2011. http://rita-susanti.blogspot.com/2011/12/ pengertian-

kromosom.html. diakses pada tanggal 17 April 2015

42
Wane, 2012. Pengertian Kromosom .http://wanenoor.blogspot.com/2012/12/
pengertiankromosom.html#.VTEDpVIQ3IU. Diakses pada tanggal 17 April
2015

Situs Biologi Indonesia. 2012. Substansi Genetika.

https://biologinunik.wordpress.com/2012/12/17/substansi-genetika/. Diakses
pada tanggal 17 April 2015

43