PENGELOLAAN SPESIMEN DAN INTERPRETASINYA

SARS-COV2
⁃ Kelas : riboviria
⁃ Ordo : nidovirales
Sub-ordo: cornidovirinaea
⁃ Family : Coronaviridae
Subfamili : coronavirus
⁃ Genus : Beta coronavirus
Subgenus: sarbecovirus
⁃ Species : SARS-CoV2

STRUKTUR SARS-COV2
⁃ Spike glikoprotein (S)
⁃ Membrane glikoprotein (M)
⁃ Nucleocapsid protein (N) →
PCR
⁃ Envelope
⁃ RNA → RdRp → confirmatory

PATOFISIOLOGI
⁃ SARS-CoV2 (Spike glikoprotein) → ACE2-receptor → endositosis → uncoating →
translasi → replikasi & translasi & transkripsi → nucleus
⁃ assembly & building → RNA virus dibawa ke golgi untuk disatukan dengan protein →
vesikel → eksositosis
JENIS SAMPEL DAN PERSENTASE POSITIF
⁃ Sputum → 97,9%
⁃ Swab nasofaring → 88,6%
⁃ Swab dinding post orofaring → 88,6%
⁃ Feses → 70,8%
⁃ Swab orofaring → 60%
⁃ Swab oral → 46,7%
⁃ Swab anal → 20,5%
⁃ Swab rektal → 17,4%
⁃ Darah → 12,3%
⁃ swab konjungtiva → 1,1%
⁃ Swab vagina → 0%
⁃ Urin → 0%

TRANSPOR SAMPEL → suhu transpor 4°C

Temperatur penyimpanan
⁃ <=5 hari → 4°C
⁃ > 5 hari → -70°C
1. Swab dacron/polyester
⁃ Sampel: Swab naso/orofaring → disimpan dalam wadah yang sama untuk
meningkatkan viral load
2. serum separator tube
⁃ Sampel: serum 2 sampel
⁃ fase akut → minggu pertama
⁃ fase kronik → 2-3 minggu setelahnya
3. vial EDTA → whole blood
4. Stool container → feses
5. Urine collection container →urin

Temperatur penyimpanan
⁃ <=48 jam → 4°C
⁃ > 48 jam → -70°C
1. Kontainer steril
⁃ Sampel: lavase bronkoalveolar, aspirasi trakeal, aspirasi nasofaring, sputum
⁃ indikasi: pasien infeksi berat

Temperatur penyimpanan
⁃ <=24 jam → 4°C
⁃ > 24 jam → -70°C
1. Kontainer steril dengan saline atau VTM
⁃ Sampel: jaringan biopsi/autopsi

PENGAMBILAN SAMPEL
⁃ Menurut WHO 2 lokasi
 ⁃ saluran napas atas → swab oro/nasofaring
⁃ saluran napas bawah → sputum, lavase bronkoalveolar, aspirat endotrakeal
⁃ Waktu pengambilan sampel
⁃ 2 hari berturut turut untuk PDP dan ODP → sampel tambahan jika terjadi perburukan
klinis
⁃ hari 1 dan 14 → kontak erat risiko tinggi (OTG)
⁃ Sampel darah, urin, feses untuk virus → tidak direkomendasikan

ALAT DAN BAHAN DALAM PENGAMBILAN SAMPEL

1. vial spesimen dan vial transport medium
2. adsorbent material → kapas, tisu, selotape, gunting, parafilm
3. leakproof secondary container → ziplock, cryobox, centrifuge tube 50mL, plastic container
4. outer container → thermocol box, ice-box, hard-board box

LANGKAH-LANGKAH DALAM PENGEMASAN DAN TRANSPOR SPESIMEN

1. menggunakan APD lengkap
2. menyegel leher vial sampel dengan parafilm
3. mengemas vial sampel dengan adsorbent material
4. memasukkan vial primer dalam secondary kontainer
5. centrifuge tube (secondary container) dimasukkan kedapan ziplock
6. ziplock dimasukkan kedalam plastic container dan leher kontainer disegel
7. secondary kontainer dilapisi dengan gel pack dan dimasukkan kedalam outer container
8. outer kontainer diberi label
⁃ alamat pengirim, nomor pengirim, nomor penerima
⁃ Biological substance kategori B
⁃ UN 3733, label orientasi, label handle with care
FUNGSI PEMERIKSAAN LAB PADA COVID-19
⁃ surveilans epidemiologi → RT-PCR, antibodi
⁃ Diagnosis → RT-PCR
⁃ Staging, prognosis, monitoring terapi
HAL YANG DIDETEKSI
1. Komponen virus
⁃ RNA virus (molekular) →
oleh NAAT/RT-PCR
⁃ Antigen virus
2. Respon imun
⁃ Respon imun (serologis)→
IgM, IgG, IgA