Makalah Bioanorganik
Makalah Bioanorganik
OLEH :
UNIVERSITAS DIPONEGORO
FAKULTAS SAINS DAN MATEMATIKA
JURUSAN KIMIA
2021
KATA PENGANTAR
Puji dan Syukur kami panjatkan ke Hadirat Tuhan Yang Maha Esa, karena
berkat limpahan Rahmat dan Karunia-nya sehingga saya dapat menyusun makalah
ini dengan baik dan tepat pada waktunya. Dalam makalah ini berjudul logam nikel
didalam metabolisme tubuh.
Dalam penyusunan makalah ini tentunya ada banyak pihak yang turut
membantu dalam penyelesaiannya. Oleh karena itu, saya mengucapkan terima kasih
yang sebesar-besarnya kepada:
1. Ibu Sriatun m.Si , selaku dosen pengampu mata kuliah Bioanorganik.
2. Teman-teman yang telah memberikan membantu selama pengerjaan makalah
ini
Saya menyadari bahwa masih banyak kekurangan yang mendasar pada
makalah ini. Oleh karena itu saya mengundang pembaca untuk memberikan saran
serta kritik yang bersifat membangun. Kritik konstruktif dari pembaca sangat saya
harapkan untuk penyempurnaan makalah selanjutnya.
Akhir kata semoga makalah ini dapat memberikan manfaat bagi kita semua.
PENDAHULUAN
1.2 Tujuan
1. Untuk mengetahui manfaat logam nikel dalam metabolisme tubuh.
2. Untuk mengetahui fungsi logam nikel dalam metabolisme tubuh.
1.3 Manfaat
1. Mengetahui manfaat logam nikel dalam metabolisme tubuh.
2. Mengetahui fungsi logam nikel dalam metabolisme tubuh.
BAB II
PEMBAHASAN
2.1 Nikel
Nikel ditemukan oleh Cronstedt pada tahun 1751 dalam mineral yang
disebutnya kupfernickel (nikolit). Nikel adalah unsur kimia metalik dalam tabel
periodik yang memiliki simbol Ni dan nomor atom 28. Nikel mempunyai sifat
tahan karat. Dalam keadaan murni, nikel bersifat lembek, tetapi jika dipadukan
dengan besi, krom, dan logam lainnya, dapat membentuk baja tahan karat yang
keras. Perpaduan nikel, krom dan besi menghasilkan baja tahan karat (stainless
steel) yang banyak diaplikasikan pada peralatan dapur (sendok dan peralatan
memasak), ornamen-ornamen rumah dan gedung, serta komponen industri.
Nikel merupakan komponen yang ditemukan banyak dalam meteorit dan
menjadi ciri komponen yang membedakan meteorit dari mineral lainnya.
Meteorit besi atau siderit, dapat mengandung alloy besi dan nikel berkadar 5-
25%. Nikel diperoleh secara komersial dari pentlandit dan pirotit di kawasan
Sudbury Ontario, sebuah daerah yang menghasilkan 30% kebutuhan dunia akan
nikel. Deposit nikel lainnya ditemukan di Kaledonia Baru, Australia, Cuba, dan
Indonesia.
Nikel berwarna putih keperak-perakan dengan pemolesan tingkat tinggi.
Bersifat keras, mudah ditempa, sedikit ferromagnetis, dan merupakan konduktor
yang agak baik terhadap panas dan listrik. Nikel tergolong dalam grup logam
besi-kobal yang dapat menghasilkan alloy yang sangat berharga.
a. Urease
Sifat dan fungsi enzim urease
Urease adalah sebuah protein yang ditemukan dalam bakteri, kapang,
dan beberapa tanaman tingkat tinggi. Karakteristiknya yaitu pH optimum 7,4
suhu optimum 60˚C dengan spesifikasi enzimatis: urea dan hidroksi urea.
Aktivitas urease menjadi sangat tidak aktif apabila dipanaskan selama 24 jam
sehingga suhu mencapai 105° C. Berat molekul enzim urease sebesar
483.000, tempat aktifnya metal : nikel (II), spesifik enzim : urea dan
Hydroxyurea, Inhibitor : Logam berat (Pb- & Pb2+). Suhu 10oC akan
mempercepat reaksi dua kali atau tiga kali lebih cepat. Urease ditemukan
terutama dalam kuantitas besar pada jackbean, kedelai, biji tanaman, pada
beberapa jaringan hewan dan pencernaan mikroorganisme. Urease juga
ditemukan pada berbagai macam organisme seperti bakteri, jamur, dan
tumbuhan tinggi. Urease pada lingkungan berperan dalam jalur sistem
transportasi nitrogen. Peran utama urease adalah menyediakan energi internal
dan eksternal bagi organisme untuk menggunakan urea atau hidroksiurea
sebagai sumber N. Enzim urease (urea amidohydrolase) merupakan enzim
yang menghidrolisis urea menjadi CO2 dan NH3. Reaksinya sebagai berikut:
Beberapa tanaman memanfaatkan urease untuk keperluan yang sama.
Urease penting dalam sejarah enzimologi sebagai enzim pertama yang
dimurnikan dan dikristalkan. Sebuah urease luar biasa ditemukan dalam
Helicobacter pylori , yang menggabungkan empat dari enam-subunit enzim
biasa dalam majelis tetrahedral keseluruhan 24 subunit (α 12 β 12). Ini-
molekul perakitan supra diperkirakan memberikan stabilitas tambahan untuk
enzim dalam organisme, yang berfungsi untuk memproduksi amoniak untuk
menetralisir asam lambung. Urease conductometric biosensor untuk
mendeteksi ion logam berat-yang terdiri dari elektroda emas interdigitated
dan selaput enzim terbentuk pada bagian sensitif mereka telah digunakan
untuk estimasi kuantitatif pencemaran air umum dengan ion logam berat.
Pengukuran aktivitas urease sisa telah dilakukan dalam buffer Tris-HNO3
setelah preincubation dalam larutan garam logam-model. Batas deteksi,
tergantung pada waktu preincubation dan rentang dinamis, telah ditentukan
dalam solusi model ion logam berat. Urutan ion logam relatif terhadap
toksisitas mereka terhadap urease adalah: Hg2+ > Cu2+ > Cd2+ > Co2+ > Pb2+
> Sr2+ >. Kondisi untuk aplikasi praktis dari biosensor telah diselidiki dan
kritis dievaluasi untuk optimasi. Urease reaktivasi oleh EDTA setelah
penghambatan oleh ion logam berat. karakteristik kinerja dari biosensor
conductometric dibahas oleh GA Zhylyaka, SV Dzyadevichb, YI Korpana,
AP Soldatkina dan AV El’skayaa di kertas mereka. Enzim urease juga
terdapat pada beberapa jaringan binatang dan pencernaan mikroorganisme.
Urea merupakan molekul yang sangat stabil, normalnya
menghidrolisis sangat lambat utuk menghasilkan asam isosianat dan
ammonia. Urea merupakan salah satu sumber nitrogen non-protein (NPN)
yang umum digunakan adalah urea. Urea dibuat dengan jalan mereaksikan
ammonia dan karbondioksida (Fardiaz, 1992). Urea merupakan sumber
amoniak dari senyawa spesifik, kandungan urea yang tinggi akan dirombak
menjadi basa menguap oleh aktivitas bakteri. Tingginya kandungan urea
akan membentuk sejumlah besar amoniak yang mempengaruhi kenormalan
kandungan total volatile basa. Selama penyimpanan, jumlah amoniak yang
terbentuk relatif tidak dipengaruhi oleh suhu.
Struktur Kimia Enzim Urease
Enzim berisi empat domain struktural: tiga dengan novel lipatan
memainkan peran struktural, dan (beta alfa) 8 domain per barel, yang berisi
pusat bi-nikel. Satu ion nikel dikoordinasikan oleh tiga ligan (dengan
hunian rendah ligan keempat) dan yang kedua adalah dikoordinasikan oleh
lima ligan. Sebuah lisin carbamylated menyediakan oksigen ligand nikel
masing-masing, menjelaskan mengapa karbon dioksida diperlukan untuk
aktivasi apoenzyme urease. Struktur ini kompatibel dengan mekanisme
katalitik dimana urea ligates Ni-1 untuk menyelesaikan koordinasi
tetrahedral dan hidroksida ligan Ni-2 menyerang karbon karbonil. Sebuah
kesamaan struktural sangat tinggi antara domain urease katalitik dan bahwa
dari adenosin deaminase seng-tergantung mengungkapkan contoh yang luar
biasa divergensi situs aktif.
b. Ni-Fe hidrogenase
NiFe hidrogenase merupakan hidrogenase yang jumlahnya terbanyak
yang dapat ditemukan.Inti enzim terdiri atas sub-unit alpha dan beta
heterodimer. NiFe hidrogenase terbagi menjadi empat grup yaitu : Grup 1
NiFe hidrogenase, umunya ditemukan dalam Wolinella succinogenes,
Aquifex aeolicus, Thiocapsa roseopersici dan beberapa Desulfovibrio sp.
Enzim ini merupakan enzim yang melekat pada membran sebagai konektor
proses oksidasi H2 dengan reduksi akseptor elektron anaerobik seperti NO3,
SO4, fumarat, CO2 atau O2 (respirasi aerob) sebagai penghasil energi dari
pergerakan proton. Grup 2 Nife hidrogenase, merupakan enzim yang
terdapat dalam sitoplasma dan berperan sebagai sensor sel saat lingkungan
tidak mendukung serta sebagai kontrol proses sintesis hidrogenase untuk
menghasilkan H2. Hidrogenase jenis ini ditemukan dalam Bradyrhizobium
japonicum, Rhodobacter eutropha, Rhodobacter capsulatus, dan
Rhodopseudomonas palustris. Grup 3 dicirikan dengan sifat NiFe
hidrogenase yang dapat melakukan oksidasi dan reduksi kofaktor. Enzim ini
terletak pada sitoplasma dan banyak ditemukan dalam kelompok arkhae
seperti Methanobacter marburgensis. Grup 4 merupakan jenis enzim yang
melekat pada membran dan berfungsi sebagai penghasil dan penyimpan
energi H2. Mayoritas enzim ini dapat ditemukan dalam arkhae termasuk
bakteri Methanosarcinadan Pyrococcus furiosus.
d. CO dehydrogenase
Banyak metanogen bakteri dan acetogen (yaitu penghasil metana dan
asam asetat) mengandung enzim CODH yang mengkatalisis oksidasi CO
menjadi CO2. Dalam biokimia, oksidasi sering disamakan dengan
dehidrogenasi, meskipun CO tidak terdiri dari atom hidrogen.
Reaksi tersebut adalah reaksi enzimatis reversible dan oleh karena itu dapat
berfungsi sebagai metode alternatif fiksasi CO2 (asimilasi) oleh bakteri
fotosintetik.
Gambar 6 sisi aktif enzim CODH
e. Asetil koenzim A
Fungsi biologis lainnya dari enzim adalah untuk mengkatalisis
pembentukan asetil KoA dengan kombinasi KoA dan metil.
Streptomyces
Gambar 8 NiSOD
PENUTUP
3.1 KESIMPULAN
L. Mazzei, M. Cianci, S. Benini, S. Ciurli, Angew. 2019. The Structure of the Elusive
Urease–Urea Complex Unveils the Mechanism of a Paradigmatic
Nickel‐Dependent Enzyme. German