PENDAHULUAN

Ekstraksi DNA adalah proses pemisahan DNA dari komponen sel lain seperti karbohidrat,
protein, lemak dan lain-lain. Ekstraksi DNA secara sederhana dibagi menjadi tiga tahap yaitu
lisis atau perusakan dinding sel, pemisahan DNA dari komponen lain, dan pemurnian DNA
(Corkill dan Rapley 2008).
Metode yang digunakan dalam isolasi DNA antara lain Teknik Random Amplified
Polymorphic DNA (RAPD), metode CTAB, phenol chloroform, salting out, Guanidine
isothiocyanate, Silica gel, dan PCR.Teknik random amplified polymorphic DNA adalah
Teknik pengujian polimorfisme DNA yang didasarkan pada amplifikasi segmen-segmen
DNA acak dengan menggunakan primer tunggal yang sekuen nukleotidanya ditentukan
secara acak (Subandiyah, 2006).Metode CTAB dapat menghasilkan pita DNA berukuran
tebal serta dapat memisahkan DNA dari polisakarida, selain itu diperoleh juga RNA
(Prasetyo, 2008). Metode phenol chloroform adalah metode standar ekstransi DNA tetapi
sudah mulai ditinggalkan karena chloroform bersifat toksin. Metode salting out mengisolasi
DNA dengan garam berkonsentrasi tinggi. Guanidine isothiocyanate adalah metode yang
lebih cepat dari metode sebelumnya tetapi isothiocyanate bersifat toksin. Silica gel adalah
metode yang dapat mengikat DNA dengan perantaraan garam/buffer tertentu (NaI), waktu
yang dibutuhkan cepat tetapi terjadi kekurangan recovery DNA (Barnum 2005). PCR adalah
teknik memperbanyak potongan DNA secara in vitro pada daerah tertentu yang dibatasi
primer oligonukleotida sejumlah dua (Giri, 2004).
Metode yang digunakan untuk mengisolasi DNA pada praktikum kali ini yaitu metode
menggunakan Kit Isolasi DNA Promega, dan metode guanidine isotiosianat. Metode Kit
Isolasi DNA Promega memiliki kelebihan yaitu dapat menghasilkan DNA yang memiliki
kualitas dan kuantitas yang baik, serta mampu menghasilkan isolat DNA genom yang
berukuran besar. Namun metode ini membutuhkan biaya yang besar (Nurhayati. 2017) .
Metode guanidine tiosianat ini memiliki prinsip kerja yaitu melisiskan membran sel dan
membuat RNA larut dalam larutan yang mengandung guanidin tiosianat. Senyawa guanidine
tiosianat merupakan senyawa yang efektif dalam mendenaturasi protein dan dapat
mengaktivasi RNAase selama proses ekstraksi (Mulyani. 2011).
Untuk mengecek seberapa baik kualitas dan kuantitas DNA yang telah diekstraksi, dilakukan
pengecekan menggunakan spektrofotometer dan elektroforesis gel. Pengukuran konsentrasi
DNA menggunakan spektrofotometer pada panjang gelombang 260 nm, dan protein diukur
pada panjang gelombang 280 nm. Kemurnian DNA dapat dihitung dengan membandingkan
A260 nm dengan A280 nm. Batas kemurnian yang biasa digunakan dalam analisis molekuler
pada rasio A260/A280 adalah 1,8-2,0. Jika DNA memiliki kemurnian antara 1,8-2,0 maka
molekul itu memiliki kemurnian yang cukup tinggi (Sambrook, Russel. 1989).