DAFTAR ISI

DAFTAR ISI ......................................................................................................... iii

BAB 1. PENDAHULUAN ................................................................................... 1
1.1 Latar Belakang .......................................................................................... 1
1.2 Rumusan Masalah ..................................................................................... 1
1.3 Tujuan ........................................................................................................ 1
1.4 Manfaat....................................................................................................... 2
1.5 Keutamaan Penelitian ................................................................................ 2
1.6 Temuan yang Ditargetkan .......................................................................... 2
1.7 Kontribusi Terhadap Ilmu Pengetahuan ..................................................... 2
1.8 Luaran ........................................................................................................ 2
BAB 2. TINJAUAN PUSTAKA .......................................................................... 3
2.1 Gen Driver.................................................................................................. 3
2.2 Oncomine ................................................................................................... 3
2.3 Kaplan-Meier.............................................................................................. 3
2.4 STRING...................................................................................................... 4
BAB 3. METODE PENELITIAN......................................................................... 5
3.1 Waktu dan Tempat Penelitian .................................................................... 5
3.2 Alat dan Bahan ........................................................................................... 5
3.2.1. Alat ................................................................................................... 5
3.2.2. Bahan ................................................................................................ 5
3.3 Prosedur Penelitian ..................................................................................... 5
3.3.1 Oncomine .......................................................................................... 5
3.3.2 Kaplan-Meier..................................................................................... 5
3.3.3 STRING............................................................................................. 6
BAB 4. BIAYA DAN JADWAL KEGIATAN .................................................... 8
4.1. Anggaran Kegiatan .................................................................................... 8
4.2. Jadwal Kegiatan ........................................................................................ 8
DAFTAR PUSTAKA ........................................................................................... 9
LAMPIRAN .......................................................................................................... 10
Lampiran 1. Daftar gen driver ....................................................................... 10
Lampiran 2. Biodata Ketua dan Anggota, Biodata Dosen Pembimbing yang
ditandatangani ...........................................................................................
14
Lampiran 3. Justifikasi Anggaran Kegiatan................................................... 19
Lampiran 4. Susunan Organisasi Tim Peneliti dan Pembagian Tugas .......... 20
Lampiran 5. Surat Pernyataan Ketua Peneliti ................................................ 21

iii
 1

BAB 1. PENDAHULUAN

1.1 Latar Belakang

Kanker merupakan tumor ganas yang menyerang jaringan sel-sel
payudara. Kanker payudara merupakan kematian yang utama bagi wanita di
seluruh dunia. Kanker hingga saat ini menjadi masalah kesehatan di dunia
termasuk Indonesia. Di Indonesia, kanker payudara menempati urutan kedua
kanker paling banyak yaitu (11%), setelah kanker paru paru (12,6%) (IARC,
2019).
Mutasi pada sel kanker dibagi menjadi dua yaitu driver mutation dan
passenger mutation. Driver mutation didefinisikan sebagai mutasi yang dapat
mendorong poliferasi sel dan perkembangan tumor sedangkan passanger
mutation didefinisikan sebagai mutasi yang tidak menyebabkan poliferasi.
Driver mutation dapat terjadi pada onkogen dan gen tumor suppressor.
Identifikasi gen driver kanker merupakan pekerjaan menantang dalam
penelitian kanker dan diprediksi menggunakan beberapa metode komputasi
dan statistik serta divalidasi dengan tingkat ekspresi secara nyata pada kanker.
Metode komputasi digunakan untuk menganalisis gen driver yang terdapat
pada sel kanker payudara. Identifikasi ekspresi gen dapat menggunakan
sebuah platform dimana terdapat database dan web-based yaitu Oncomine.
Hasil analisis ekspresi gen pada Oncomine dapat membandingkan antar gen
yang diteliti lebih lanjut dalam pengaruhnya terhadap kanker payudara
(Rajendran dan Deng, 2017).
Pengukuran fraksi subyek yang hidup selama masa perawatan dapat
dihitung menggunakan metode analisis Kaplan-Meier. Kaplan-Meier dikenal
sebagai estimator batas produk yang merupakan statistik non parametik yang
digunakan untuk memperkirakan fungsi kelangsungan hidup dari data seumur
hidup. Data yang didapat dari analisis Kaplan-Meier dapat dibuat menjadi
kurva kelangsungan hidup dengan menggunakan aplikasi Graphpad Prism
yang dapat digunakan dalam menganalisis berbagai kondisi yang terjadi pada
pasien. Selain itu, Kaplan-Meier dapat digunakan dalam penelitian ketika
membandingkan dua obat dan mencari kelangsungan hidup subyek (Goel et
al., 2010).
STRING merupakan sebuah platform yang berisi tentang informasi
berbagai protein. Basis data STRING bertujuan untuk mengumpulkan,
menilai, dan mengintegrasikan semua sumber informasi interaksi protein-
protein yang tersedia untuk umum, dan untuk melengkapi ini dengan prediksi
komputasi. Tujuannya adalah utuk mencapai jaringan global yang
komprehensif dan obyektif, termasuk interaksi langsung (fisik) maupun tidak
langsung (fungsional). Versi terakhir dari STRING yaitu STRING 11.0 yang
mempunyai data organisme lebih dari dua kali lipat versi
sebelumnya. STRING
 mengimplementasikan sistem klasifiksi terkenal seperti Gen Ontology dan
KEGG (Szklarczyk et al., 2019).
Berdasarkan latar belakang tersebut, kami tertarik untuk menggali
ekspresi dan mutasi gen driver pada kanker payudara dengan menggunakan
platform Oncomine, metode analisis Kaplan-Meier plotter, dan STRING,
untuk mengembangkan, memperluas, dan menggali lebih dalam gen driver
yang berpotensi sebagai target marker kanker payudara
1.2 Rumusan Masalah
Rumusan masalah pada penelitian ini yaitu apa saja gen driver yang
terlibat dalam perkembangan payudara?
1.3 Tujuan
1. Untuk mengidentifikasi gen driver yang terlibat dalam perkembangan
kanker payudara menggunakan platform Oncomine, metode analisis
Kaplan-Meier, dan STRING.
2. Untuk menganalisis mutasi dari gen driver pada kanker payudara dan
kelangsungan hidup pasien yang mengalami mutasi pada gen driver
tersebut.
1.4 Manfaat
1. Sebagai bahan informasi mengenai metode komputasi dalam
mengidentifikasi adanya sel kanker pada pasien.
2. Sebagai bahan informasi dalam bidang identifikasi adanya sel kanker
pada kanker payudara.
1.5 Keutamaan Penelitian
Penelitian ini penting dilakukan guna mengidentifikasi gen driver yang
terlibat pada perkembangan kanker payudara. Identifikasi target marker baru
sangat penting untuk mencegah berkembangnya sel kanker lebih luas. Metode
komputasi ini juga memiliki kelebihan yaitu mudah digunakan dalam
mengidentifikasi adanya sel kanker pada pasien.
1.6 Temuan yang Ditargetkan
Penelitian ini ditargetkan untuk menemukan lima gen driver yang paling
berpotensi dalam perkembangan kanker payudara.
1.7 Kontribusi Terhadap Ilmu Pengetahuan
Penelitian ini diharapkan dapat memberikan kontribusi terhadap bidang
farmasi dengan memberikan informasi mengenai gen driver yang dapat
menyebabkan kanker payudara.
1.8 Luaran
Hasil dari penelitian ini akan dipublikasikan pada Indonesian Journal of
Cancer Chemoprevention (jurnal Nasional Terakreditasi).
 BAB 2. TINJAUAN PUSTAKA

2.1 Gen Driver

Saat ini, gen driver merupakan hal penting yang harus diteliti untuk
diagnosis onkologi dan pengembangan obat. Pada manusia, beberapa gen
seperti TP53, BRCA1, BRCA2, PTEN, ATM, p27, Skp2, dan RAD51
merupakan Tumor Suppressor Genes (TSGs) yang terlibat dalam perbaikan
DNA dan mekanisme seluler. Berdasarkan fungsinya TSG dapat
diklasifikasikan menjadi dua kategori yaitu gatekeeper dan caretakers.
Kelompok gen PUM1, B2M, ACTB, RPL13A, LDHA, dan NONO diketahui
sebagai gen yang memainkan fungsi seluler dasar yaitu mengatur atau
mencegah pertumbuhan sel sehingga mutasi pada gen ini mendorong
proliferasi. Sedangkan caretaker berfungsi dalam pemeliharaan sel yang sehat
dengan menyandi produk yang menstabilkan seluruh genom dan melindungi
gen dari peristiwa mutasi (Rajendran dan Deng,
2017).
Dengan berkembangnya teknologi terdapat banyak aplikasi yang dapat
digunakan untuk mengidentifikasi gen driver yang dapat menyebabkan kanker.
Penelitian telah dilakukan terhadap 30.626 gen yang berpotensi sebagai gen
driver mutasi dan banyak dari gen-gen tersebut dapat mempengaruhi fungsi
gen tunggal atau kelompok gen yang mengarahkan pada perkembangan
kanker. Perlu dicatat bahwa perubahan genetik tertentu dapat menyebabkan
efek buruk yaitu transformasi neoplastik. Sebanyak 30.626 gen driver tersebut
diseleksi dengan perangkat lunak driver DB yang menyediakan cara
komprehensif untuk memprediksi gen driver berdasarkan beberapa kriteria
seperti mutasi berulang, akumulasi mutasi dengan dampak fungsional yang
tinggi, eksklusivitas bersama dan spektrum mutasi, data ekspresi gen, dan latar
belakang tingkat mutasi, didapatkan bahwa terdapat 956 gen driver yang
berpotensi menyebabkan kanker payudara. Gen driver disaring kembali
sehingga didapatkan 195 gen driver yang dipilih untuk analisis lebih lanjut.
Dari 195 gen driver terdapat 39 gen yang belum diteliti lebih lanjut dalam
pengaruhnya dalam kanker payudara (Rajendran dan Deng, 2017). Daftar gen
driver dapat dilihat pada Lampiran 1.
2.2 Oncomine
Oncomine adalah sebuah platform yang menyediakan database dan web-
based yang dapat digunakan dalam identifikasi analisis ekspresi gen dan dapat
membandingkan antar gen yang diteliti dengan gen pada pasien normal (Hou
et al., 2017).
Oncomine berisi 65 set data ekspresi gen yang terdiri dari 48 juta
pengukuran ekspresi gen dari 4700 percobaan microarray. Oncomine
menganalisis ekspresi gen dengan membandingkan sebagian besar jenis kanker
dengan jaringan normal serta berbagai sub-tipe kanker. Data yang didapatkan
dapat divisualisasikan dalam bentuk perbandingan antara gen kanker dan gen
 normal. Selain itu, set gen dapat diseleksi untuk keperluan klinis seperti untuk
mencari pasangan target gen dan obat untuk memfasilitasi penemuan target
marker baru dan target terapi (Rhodes et al., 2004).
2.3 Kaplan-Meier
Kaplan-Meier adalah sebuah metode analisis yang digunakan untuk
mengukur fraksi subyek yang hidup selama masa pengobatan. Kaplan-Meier
merupakan cara paling sederhana untuk menghitung kelangsungan hidup dari
waktu ke waktu terlepas dari berbagai kesulitan yang terkait dengan subyek
dan situasi yang terjadi. Prinsip kerja dari Kaplan-Meier yaitu melibatkan
perhitungan kemungkinan terjadinya peristiwa pada titik waktu tertentu dan
mengalikan kemungkinan-kemungkinan ini dengan kemungkinan yang
dihitung sebelumnya untuk mendapatkan estimasi akhir. Kaplan-Meier dapat
digunakan dalam penelitian dalam membandingkan dua obat dan mencari
kelangsungan hidup subyek (Goel et al., 2010).
2.4 STRING
STRING adalah sebuah platform yang berisi tentang informasi berbagai
protein. STRING bertujuan untuk mengumpulkan, menilai, dan
mengintegrasikan semua sumber informasi tentang interaksi antar protein dan
mengolah data tersebut sehingga didapatkan hubungan antar protein dengan
menggunakan prediksi komputasi. Versi terakhir dari STRING yaitu STRING
11.0 yang mempunyai data organisme lebih dari dua kali lipat versi
sebelumnya. STRING mengimplementasikan sistem klasifikasi terkenal
seperti Gen Ontology dan KEGG (Szklarczyk et al., 2019)
 BAB 3. METODE PENELITIAN

3.1 Waktu dan Tempat Penelitian

Penelitian ini akan dilakukan selama lima bulan yang berlangsung di
Jurusan Farmasi Fakultas Ilmu-ilmu Kesehatan Universitas Jenderal Soedirman.
3.2 Alat dan Bahan
3.1.1 Alat
Alat-alat yang digunakan dalam penelitian ini yaitu komputer yang
terkoneksi dengan internet untuk mengakses Graphpad Prism Version 8,
Oncomine, Kaplan-Meier, dan STRING.
3.1.2 Bahan
Bahan yang digunakan dalam penelitian ini yaitu ADCY3, ARHGAP
35, ARID2, ASB10, ASH1L, BCL6B, BIRC6, CACNA1C, COL4A2,
DDX11, DNAH12, DNAH14, DSPP, FLG, FLNB, FRMD4A, GOLGA6L2,
GPRIN2, GRIA3, HECTD4, LAMA1, MAST1, MCF2L, MEF2A, NBPF12,
NID1, NRK, OBSCN, PCBP2, PCDH11X, PGR, PIK3CB, PIK3CD,
ROCK2, RYR2, SCAF11, SDK2, STAT6, dan TTN yang akan diamati lebih
lanjut menggunakan Graphpad Prism Version 8, Oncomine dan Kaplan-
Meier.
3.3 Prosedur Penelitian
3.3.1 Analisis Oncomine
Prosedur: Kami membandingkan tingkat mRNA kanker dengan
dataset pasien normal. Dalam penelitian ini, kami memilih perubahan lebih
dari atau sama dengan 1,5 kali lipat, nilai p = 0,05, dan peringkat gen 10%
teratas sebagai ambang batas.
Luaran dan indikator capaian: Luaran yang diharapkan dari
analisis Oncomine yaitu diperoleh lima gen driver yang mempunyai tingat
mRNA lebih dari atau sama dengan 1,5 kali lipat pada sel atau jaringan
kanker dibandingkan dengan sel atau jaringan normal.
Teknik pengumpulan data: Teknik pengumpulan data dilakukan
dengan memasukan gen target ke perangkat lunak Oncomine.
Analisis data: Data yang didapat dari Oncomine disajikan dalam
bentuk grafik ekspresi mRNA gen driver dan dibandingkan antar jaringan
kanker. Kemudian, intensitas median dan data persentil 10 dan 90 dari
Oncomine tentang mutasi gen driver diplot menggunakan perangkat lunak
Graphpad Prism Version 8.
Cara penafsiran: 39 gen driver dimasukan pada Oncomine
menggunakan komputasi sehingga didapatkan data intensitas median yang
dijadikan acuan dalam penetuan penyebab kanker.
3.3.2 Kaplan-Meier
Prosedur: Kami menganalisis kelangsungan hidup keseluruhan
pasien kanker payudara dengan menggunakan plot kelangsungan hidup
Kaplan-Meier. Secara singkat, setiap gen lima gen driver yang
didapatkan
 dari analisis Oncomine diunggah ke dalam database masing-masing untuk
mendapatkan plot kelangsungan hidup Kaplan-Meier, yang mana angka
yang berisiko ditunjukkan di bawah plot utama. Hal tersebut dilihat dari
nilai log rank p-value dan Hazard Ratio (HR) dengan interval
kepercayaan
95%.
Luaran dan indikator capaian: Luaran yang diharapkan dari
analisis Kaplan-Meier yaitu diperoleh perbandingan lima gen driver yang
mempunyai tingkat kelangsungan hidup yang paling sedikit dibandingkan
dengan pasien normal.
Teknik Pengumpulan data: Teknik pengumpulan data dilakukan
dengan memasukan lima gen target yang telah dianalisis dari Oncomine
ke perangkat lunak Kaplan-Meier.
Analisis data: Data yang didapatkan dari Analisis Kaplan-Meier
disajikan dalam bentuk data log rank p-value dan HR. Kemudian, kami
mengeksport data plot sebagai teks dan membuat kurva survival Kaplan-
Meier menggunakan perangkat lunak Graphpad Prism Version 8.
Cara Penafsiran: lima gen driver yang didapatkan dari analisis
Oncomine dimasukan ke perangkat lunak Kaplan-Meier untuk
mengidentifikasi tingkat kelangsungan hidup pasien dengan gen driver
dibandingkan dengan pasien normal. Hasil yang didapatkan dalam bentuk
data log rank p-value dan HR yang kemudian diolah lagi menjadi bentuk
kurva menggunakan Graphpad Prism.
3.3.3 Analisis STRING
Prosedur: Perangkat lunak STRING (https://string-db.org/)
digunakan untuk menghasilkan jejaring keterkaitan yang diprediksi oleh
komputasi untuk gen driver yang akan diteliti. Jejaring keterkaitan ini
didapatkan dengan memperhitungkan tujuh bukti yang berbeda yaitu,
adanya bukti fusi, bukti lingkungan, kejadian bersama, bukti eksperimen,
bukti riset, bukti basis data, dan bukti ekspresi bersama (Deng et al.,
2018).
Luaran dan indikator capaian : Luaran yang diharapkan dari
analisis STRING yaitu diperoleh jejaring keterkaitan antara berbagai gen
driver yang menunjukkan hubungan kekerabatan.
Teknik pengumpulan data: Teknik pengumpulan data dilakukan
dengan memasukkan lima gen target yang telah dianalisis pada perangkat
lunak Oncomine dan Kaplan-Meier.
Analisis data: Data yang didapatkan dari analisis STRING
disajikan dalam bentuk jejaring gen driver yang menunjukkan hubungan
kekerabatan. Kemudian, dari jejaring keterkaitan tersebut diidentifikasi
hubungan antar gen driver tersebut.
 Cara Penafsiran: Gen driver yang didapatkan dari analisis
Oncomine dan Kaplan-Meier dimasukan ke STRING sehingga didapatkan
jejaring gen driver yang dapat diidentifikasi hubungan antar gen tersebut.
 BAB 4. BIAYA DAN JADWAL KEGIATAN

4.1 Anggaran Biaya

Tabel 1. Format Rekapitulasi Rencana Anggaran Biaya
No Jenis Pengeluaran Biaya (Rp)
1 Perlengkapan yang diperlukan 5.900.000
2 Bahan Habis Pakai 128.500
3 Perjalanan -
4 Lain-lain 2.838.000
Jumlah 8.866.500

4.2 Jadwal Kegiatan

Bulan
No. Jenis Kegiatan
1 2 3 4 5
1 Studi Literatur
2 Pengujian mengguanakan ONCOMINE
3 Pengujian menggunakan Kaplan-Meier
4 Pengujian menggunakan STRING
5 Analisis data
6 Pembuatan Laporan dan Publikasi
 DAFTAR PUSTAKA

IARC. 2019. The Global Cancer Obervatory: 2018. URL:

https://gco.iarc.fr/today/data/factsheets/populations/360-indonesia-fact-
sheets.pdf. Diakses tanggal 14 November 2019.
Rajendran, B. K., Deng, C. X. 2017. Characterization of potential driver mutations
involved in human breast cancer by computational approaches. Oncotarget.
8: 50252-72.
Rhodes D, Yu J, Shanker K, Deshpande N, Varambally R, Ghosh D, et al., 2004.
ONCOMINE : A cancer microarray database and integrated data-mining
platform. Neoplasia. 6(1): 1–6.
Seo JS, Ju YS, Lee WC, Shin JY, Lee JK, Bleazard T, et al., 2012. The
transcriptional landscape and mutational profile of lung adenocarcinoma.
Genome Res. 22:2109–19.
Deng Y, He R, Zhang R, Gan B, Zhang Y, Chen G, Hu X. 2018. The expression
of HOXA13 in lung adenocarcinoma and its clinical significance: A study
based on The Cancer Genome Atlas, Oncomine and reverse transcription
quantitative polymerase chain reaction. Oncol Lett. 15(6): 8556–72.
Szklarczyk D, Gable A, Lyon D, Junge A, Wyder, Huerta-Cepas J, et al., 2019.
STRING v11: protein–protein association networks with increased coverage,
supporting functional discovery in genome-wide experimental datasets.
Nucleic Acids Research. 47(D607–D613).
Lampiran 1. Daftar gen Driver

Terdapat 39 kandidat gen driver baru yang ditemukan pada penyakit

kanker payudara, yaitu :
1. Gen ADCY3 merupakan gen penyandi adenilil siklase-3 yang merupakan
enzim terikat membran dan berperan dalam katalis pembentukan
pembawa pesan kedua cAMP. ADCY3 dapat meningkatkan migrasi,
invasi, dan proliferasi sel kanker melalui jalur cAMP/PKA/CREB (Hong
et al., 2013).
2. Gen ARHGAP35 (Rho GTPase Activating Protein 35) berfungsi sebagai
faktor pengikat dari DNA reseptor glukokortikoid dan bertindak sebagai
regulator dari aktivitas RhoA (Zhao et al., 2014).
3. Gen ARID2 (AT-Rich Interaction Domain 2) merupakan gen penyandi
protein pengikat DNA yang termasuk ke dalam famili mengandung
ARID. Gen ARID2 dapat mengaktivasi transkripsi tergantung ligan
melalui remodeling kromatin (Zhao et al., 2011).
4. Gen ASB10 merupakan gen penyandi protein pengulangan ankyrin dan
SOCS (Suppressor of Cytokine Signaling) box-containing. Gen ASB10
mendegradasi SOCS dan protein pengikat ligase (Dunn et al., 2014).
5. Gen ASH1L (ASH like Histone Lysine Methyltransferase) merupakan gen
penyandi protein aktivator transkripsi dari kelompok trithoraks. Gen ini
melakukan reaksi metilasi dengan Lys-36 dari histon H3 dan juga
monometilasi dengan Lys-9 dari histon H3 (Fujimoto et al., 2016).
6. Gen BCL6B merupakan gen penyandi protein yang bertindak sebagai
penekan transkripsi urutan spesifik yang terkait dengan BCL6. Gen ini
berfungsi sebagai penekan gen dari asam nukleat binding tumor melalui
P53, MAPK, dan jalur yang berhubungan dengan kanker (Zhong et al.,
2016).
7. Gen BIRC6 (Baculoviral IAP Repeat Containing 6) merupakan gen
penyandi protein yang mengandung domain BIR (Baculoviral inhibition
of apoptosis protein repeat) dan domain UBCc (Ubiquitin-conjugation
enzyme E2, catalytic). Protein yang dihasilkan dari gen ini dapat
menghambat apoptosis dengan memfasilitasi proses degradasi dari
protein apoptosis (Crippa et al., 2016).
8. Gen CACNA1C merupakan gen penyandi protein subunit alfa-1 dari
kanal kalsium teraktivasi tegangan. Gen ini dapat meningkatkan
pergantian ion Ca2+ sehingga dapat mempercepat proliferasi, migrasi sel
kanker payudara (Wang et al., 2015).
9. Gen COL4A2 (Collagen Type IV Alpha 2 Chain) merupakan gen
penyandi satu dari enam subunit protein kolagen tipe IV. Gen ini
berfungsi sebagai regulasi dari angiogenesis dan pertumbuhan tumor
melalui jalur pensinyalan interleukin-3, 5 dan GM-CSF (Kuo et al.,
2012).
10. Gen DDX11 (DEAD/H-box helicase 11) merupakan gen penyandi protein.
Protein DEAD box ditandai dengan urutan Asp-Glu-Ala-Asp (DEAD)
yang diduga sebagai RNA helikase. Gen ini berfungsi dalam stabilitas
genom melalui golgi and modifikasi lanjutan dan unfolded protein
response (Wu et al., 2008).
11. Gen DNAH 12 (Dynein Axonemal Heavy Chain 12)
12. Gen DNAH14 memiliki fungsi yang sama yaitu sebagai regulator dan
pengikat ATP. Hal yang membedakan yaitu DNAH12 terdapat pada
kanker prostat, sedangkan DNAH14 terdapat pada kanker ovarian (Tao et
al., 2012; Braun et al., 2013).
13. Gen DSPP (Dentin Sialophosphoprotein) merupakan gen penyandi
protein SIBLING (small integrin-binding ligand N-linked glycoprotein).
Gen ini merupakan faktor penting dalam proses dentinogenesis (Joshi et
al., 2010).
14. Gen FLG (Filaggrin) merupakan gen penyandi protein protein terkait
filamen intermediet yang dapat meng-agregasi filamen intermediet
keratin pada kulit mamalia bagian epidermis. Gen ini berfungsi sebagai
pengikat ion kalsium melalui jalur AhR (Skaaby et al., 2014).
15. Gen FLNB (Filamin B) merupakan gen penyandi protein kelompok
filamin. Protein yang dihasilkan oleh gen ini berinteraksi dengan
glikoprotein Ib alfa sebagai proses untuk memperbaiki cedera vaskular
(Bandaru et al., 2014).
16. Gen FRMD4A (FERM Domain Containing 4A) merupakan gen penyandi
protein mengandung domain FERM yang dapat mengatur polaritas sel
epitel (Fan et al., 2016).
17. Gen GOLGA6L2 (Golgin A6 Family Like 2) merupakan gen pengkode
protein. Gen ini diketahui menjadi gen driver pada kanker payudara dan
karsinoma hepato selular (Darcy et al., 2015).
18. Gen GPRIN2 (G Protein Regulated Inducer of Neurite Outgrowth)
merupakan gen penyandi protein yang berperan dalam pertumbuhan
neurit. Gen ini diketahui menjadi gen driver pada Sindrom Rett dan
kanker payudara (Hou dan Ma, 2014).
19. Gen GRIA3 (Glutamate Ionotropic Receptor AMPA Type Subunit 3)
merupakan gen penyandi protein yang termasuk ke dalam kelompok
reseptor glutamat sensitif AMPA dan pelaku penyunting RNA. Gen ini
bekerja pada transmisi sinaptik eksitatoru melalui jalur pensinyalan
reseptor glutamat (Ripka et al., 2010).
20. Gen HECTD4 (HECT Domain E3 Ubiquitin Protein Ligase 4) merupakan
gen penyandi protein yang terlibat dalam aktivitas ligase dan aktivitas
transferase protein-ubiquitin melalui modifikasi protein dan ubiquitinasi
(Cha et al., 2015).
21. Gen LAMA1 (Laminin Subunit Alpha 1) merupakan gen penyandi protein
subunit alfa 1 dari laminin. Protein yang dihasilkan berperan dalam
banyak proses biologis, seperti adhesi sel, diferensiasi, migrasi,
pensinyalan, pertumbuhan neurit dan metastasis. Gen ini berfungsi dalam
pengikatan reseptor pada kanker dan jalur integrin (De Carvalho, 2012).
22. Gen MAST1 (Microtubule Associated Serine/Threonine Kinase 1)
merupakan gen penyandi protein yang memiliki domain N-terminal
serine/threonin kinase. Gen ini berfungsi sebagai pengikat
ion/ATP/protein (Robinson et al., 2011).
23. Gen MCF2L (MCF2 Cell Line Derived Transforming Sequence Like)
merupakan gen penyandi protein GEF yang berinteraksi dengan Rac1-
terikat GTP dan berperan dalam jalur pensinyalan Rho/Rac (Melchor .,
2009).
24. Gen MEF2A (Myocyte Enhancer Factor 2A) merupakan gen penyandi
protein faktor transkripsi DNA-binding yang dapat mengaktivasi otot
spesifik, gen terinduksi faktor pertumbuhan dan gen terinduksi stress.
Gen ini berfungsi pada diferensiasi neuronal dan survival melalui
pensinyalan P38 MAPK (Clocchiatti et al., 2013).
25. Gen NBPF12 (NBPF Member 12) merupakan gen penyandi protein yang
termasuk ke dalam neuroblastoma breakpoint family (NBPF). Gen ini
berfungsi sebagai situs pengikatan faktor transkripsi CHEA (Vandepoele
et al., 2005).
26. Gen NID1 (Nidogen 1) merupakan gen penyandi protein kelompok famili
nidogen dari glikoprotein membran basal. Gen ini berperan sebagai ikatan
silang dengan matriks ekstraseluler lain pada proses degradasi dan
interaksi ECM-non-integrin (Martino-Echarri et al., 2013).
27. Gen NRK (Nik Related Kinase) merupakan gen penyandi protein yang
terlibat dalam dalam induksi polimerisasi aktin pada embriogenesis. Gen
ini memiliki fungsi mengaktifkan pensinyalan reseptor serine/threonine
dan pengikatan ATP melalui jalur pensinyalan terinduksi TNF-alfa
(Yanagawa et al., 2016).
28. Gen OBSCN (Obscurin, Cytoskeletal Calmodulin and Titin-Interacting
RhoGEF) merupakan gen penyandi protein yang merupakan anggota dari
protein pensinyalan giant sacromeric yang memiliki fungsi menginduksi
titin dan nebulin, mengorganisasi myofibril, dan memperantarai interaksi
antara retikulum sarkoplasma dan myofibril (Shriver et al., 2015).
29. Gen PCBP2 (Poly(RC) Binding Protein 2) merupakan gen penyandi
protein yang bersifat multifungsional. Gen ini memiliki peran dalam
proses transkripsi melalui jalur IFN-alfa/beta terinduksi RIG-I/MDA5 dan
jalur splicing mRNA (Braconi et al., 2011).
30. Gen PCDH11X (Protocadherin 11 X-Linked) merupakan gen penyandi
protein yang mengandung 7 pengulanagan chaderin dalam domain
 ekstraseluler, domain transmembran, dan ekor sitoplasmik yang berbeda
dengan cadherin klasik (Berxet al, 2009).
31. Gen PGR (Progesteron Receptor) merupakan gen penyandi protein yang
termasuk ke dalam superfamili reseptor steroid. Gen ini memiliki peran
dalam mekanisme penekan tumor melalui jalur diperantarai estrogen
(Lancaster et al., 1998).
32. Gen PIK3CB (Phospatidylinositol-4,5-Biphosphate 3-Kinase Catalytic
Subunit Beta) merupakan gen penyandi protein isoform subunit katalitik
dari phosphoinositide 3-kinase (PI3K). Gen ini berfungsi sebagai
regulator siklus sel pada jalur AKT, PTEN, dan PIK3CA (Miller et al.,
2011).
33. Gen PIK3CD (Phosphatidylinositol-4,5-Biphosphate 3-Kinase Catalytic
Subunit Delta) merupakan gen penyandi protein PI3K kelas I yang dapat
ditemukan dalam leukosit. Gen ini berfungsi sebagai faktor pengikat
transkripsi pada pensinyalan PIK (Kok et al., 2009).
34. Gen ROCK2 (Rho Associated Coiled-Coil Containing Protein Kinase 2)
merupakan gen penyandi protein serine/threonine kinase yang dapat
meregulasi sitokinesis, kontraksi otot polos, pembentukan stress serat
aktin dan focal adhesion, dan aktivasi respon elemen c-fos serum
(Morgan-Fisher et al., 2013).
35. Gen RYR2 (Ryanodin Receptor 2) merupakan gen penyandi protein
reseptor ryanodine yang terdapat pada retikulum sarkoplasma otot
jantung. Gen ini berfungsi sebagai pengikat ion kalsium dan pengikatan
kalsium/kalmodulin pada proses aktivasi PKA (Eynden et al., 2015).
36. Gen SCAF11 (SR-Related CTD Associated Factor 11) merupakan gen
penyandi protein yang berfungsi sebagai pengikatan protein/ion
zink/poly(A)RNA pada proses apoptosis (Seo et al., 2012).
37. Gen SDK2 (Sidekick Cell Adhesion Molecule 2) merupakan gen penyandi
protein yang termasuk ke dalam superfamili immunoglobulin. Gen ini
berfungsi sebagai pengikat molekul yang mempromosikan koneksi
sinaptik spesifik-lamina (Ehrich et al., 2006).
38. Gen STAT6 (Signal Transducer and Activator of Transcription 6)
merupakan gen penyandi protein yang termasuk ke dalam faktor
transkripsi STAT. Gen ini berfungsi sebagai regulator pertumbuhan sel
diperantarai IL-4, dan menghambat kematian sel terinduksi IL-4 (Fan et
al., 2016).
39. Gen TTN (Titin) merupakan gen penyandi protein yang ada pada otot
lurik.
Gen ini berfungsi untuk kondensasi dan pemisahan kromosom pada
aktivasi platelet, jalur agregasi (Greenman et al., 2007).
 14

Lampiran 2. Ulot.lala Ketuu t.11111 ,\11~0111, Dlollulu Oo)CII l'cnt.lamping

Uiod11a Kctua
/\. ldentitas Drri
I Nama Lengkap Arif I lnriowon Pratarna
2 Jcnis Kelarnin Laki - laki
1 Pmernm Studi Fnrmas]
-1 NIM IIC01801 I
5 Tcmpat clan Tangga! Lahir Gorontolo, IO November 1999
6 AJ:smat E-mail afifhariaw:innratama@gmail.com
7 Nomor Tclepon / I U' 082292903372

B. Kegiatan Kemahasiswaan Yang Sedang/Pem:ih Oiikuri

No Jenis Kegiatan Status dalam Kcgi.1un Wakru dan Tcmpat .
November 2019 d1
I Training Kader
UKI Fakultas llmu-
Kctua Pclaksana
Aula Dckanat I
llmu Kesehatan Fakuhas llmu-llmu
Keschatan Oktobcr
2
--
Pharnsoed dan
-h

Koordinator Divisi Design 2019 d1 Aula Dekanat

Seminar Kefarmasian Fakultas
llmu-llmu Kesehatan ,

C. Penghargaan Yang Pernah Diterima

Scrnua data yang saya rsikan dan tcrcantum dalam biodatn ini adalah benar dan
dapat dipertanggungjawabkan secara hukum, Apabila dikcmudi:m hari ternyata
Jijwnpa.il.ctiJA=Udi..u1 Jc11~1 l.c11yulaa11, ~YJ l>illll:!l:!UJ' 111c11c1i111J :..ill~i
I
Dcmikian biodata ini soya buat dcngan sebcnarnya untuk mcmcnuhi salah satu
persyaratan dalarn pengajuan PKM-PE.

Purwokcno, 1-1 November 2019

(Alif Hariaw:m Pratama)

 15

Biotlutu Auggotu I.
A. ldentitas Diri
I Nama Lengkap Did.')' Rizk')' Febrian
2 Jenis Kelamin Laki-laki
3 Program Studi Farmasi
4 NIM 11(017023
s Tcmpat dan Tanggal Lahir Ciamis, 6 Fcbruari 1999
6 Alamat E-mail dickyrfO l@gmail.com
7 Nomor Telepon/HP 081213615640
B. Kegiatan Kernahasiswaan Yang Sedang/Pernah Diikuti
No Jenis Kegiatan Status dalarn Kegiatan Waktu dnn Ternpat I
I Patient Counselling Kehm Pclaksana 30 September 20 IR di I
Workshop (PCW) Aula Dckanat
UKMJ PIO Fakultas llmu-llmu
Keschaian
2 Islamic Spiritual Ketua Pclaksana 6 Oktober 2018 di
Quotient (ISQ) UKI Gcdung C Farmasi
I
Fakultas llmu-llmu Unsoed
Kcsehatan
3 Studj Banding UKMJ Koordinator Divisi Acara J November 2018 di
PIO Universitas Islam
Indonesia

C. Pcnghargaan Yang Pemah Diterima

No Jenis Pcnghargaan lnstitusi Pembcri Penghargaan Tahun
I. Juara II Jakarta Pencak JKTC 2015
Silat Championship
Kelas
F
-
Sernua data yang saya isikan dan tercantum dalam biodata ini adalah bennr dan dapat
I
dipertanggungjawabkan secara hukurn, Apabila dikcmudian hari ternyata dijumpai
ketidaksesuaian dengan kenyataan, sava sanggup menerima sanksi. Demikian biodata ini saya buat
dengan sebenamya untuk memenuhi salah satu persyaratan dalam pengajuan PKM-PE.
Purwokerto, 1-1 November 2019
Anggota Tim

1.r1.l\l1J[
(Dicky RiLl.y Febrian)
 16

lliodolu i\111,!gol11 2.
A Idenruas Diri
I N:una Lengkap lndah Jaya Cahyani
2 Jenis Kclamin Pcrcmpunn
3 Program Studi Farrnasi
4 NIM IICOlllOI I
s Tcrnpat don Tnnggal Lohir Pangkal Pinong. 22 Juli 2000
6 Alamat E-mail lndah1a)'OCJh)::ini7tagma1I com
1 Nomor Tclcpon I HP 085215349569

B. Kegiatan Kemahasiswaan Yang Scdang/Pcmah Diikuti

No Jcnis Kcgiatan Status dalam Kegiatan Woktu don Tcmpat
I Phann a gen Koordinator Divisi Hurnns IR September 20 19 d
(Pharmacy Genius) Gedung F Facrnas
2 ArOCIL (Apoteker Koordinaror Divisi Acara 16 November 2019 d
Cilik) SON 2 Ocji

C. Penghargaan Yang Pcmah Diterirna

Semua data yang saya isikan dan tercantum dalam biodata ini adalah benar dan
dapar dipcrtanggungjawabkan sccara hukum. Apabila dikemudian hari ternyata
dijumpai ketidaksesuaian dengan kenyaraan, saya sanggup mcncrima sanksi.
Dcmikian biodata ini soya buat dengan scbenarnya untuk memcnuhi salah satu
pcrsyaratan dalam pcngajuan rKM-rC.

Purwokerto, 14 November 2019

Anggota Tim

(lndah Ja)O Cahyani)

Biodata Dosen Pembimbing
A. Identitas Diri
1 Nama Lengkap (dengan Dr. Sarmoko, S.Farm., M.Sc., Apt.
gelar)
2 Jenis Kelamin Laki-laki
3 Program Studi Farmasi
4 NIP/NIDN 198508312010121003/0031088503
5 Tempat dan Tanggal Lahir Lampung Tengah, 31 Agustus 1985
6 Alamat E-mail sarmoko@gmail.com
7 Nomor Telepon/HP 081938030015
B. Riwayat Pendidikan
Gelar Akademik Sarjana S2/Magister S3/Doktor
Nama Institusi Universitas Universitas Nara Institute of
Gadjah Mada Gadjah Mada Science and
(UGM) (UGM) Technology
(NAIST)
Jurusan/Prodi Farmasi Farmasi Biological
Sciences
Tahun Masuk- 2004-2008 2010-2012 2015-2019
Lulus

C. Rekam Jejak Tri Dharma PT

C.1. Pendidikan/Pengajaran
No Nama Mata Kuliah Wajib/Pilihan SKS
1 Imunologi Wajib 2
2 Biologi Molekuler Wajib 2
3 Farmakologi Molekuler Wajib 2
4 Farmakologi Klinik Wajib 2
5 Toksikologi Wajib 2

C.2. Penelitian
No Judul Penelitian Penyandang Dana Tahun
1 Pengembangan Kombinasi Ekstrak Hibah Pekerti 2013
Temulawak, Kunyit, dan Jahe Merah Sebagai (Hibah Penelitian
Agen Anti-Inflamasi dan Imunomodulator Desentralisasi)
Bertarget Molekuler Pada Sel RAW 264,7 yang
Diinduksi Lipopolisakarida
2 Pengembangan kombinasi ekstrak Riset Pemula 2012
temulawak, kunyit, dan jahe sebagai Unsoed
kemoprevensi kanker pada sel WiDr bertarget
pada pemacuan apoptosis
 17

cJpByn Penengenen Efck Samping Obat-Obat Riset lnstitusional 2012

T
Antikanker Dan Formulnsi Sedieannya (DLU Unsocd)
Bcrbasis Tanaman Asli lndoncsin
4 Potcnsi Ekstrnk Etanolik Daun Murbei Risct Pemula 2011
(Morus alba L.) Scbagni Agen Kemoprevensi Unsoed
Kanker Pnyudnrn secara In Silico dan ln
Vitro

C . 3 Pengabdinn Kepada Masynrakat

No Judul Pengabdian kcpada Masynnwt Pcnyandang Dana 'Tahun
Pclatihan Pusat infonnasi dan konscling PKM BerbaSis Rlsct 2014
1
genetika penyaJcit th:il3sscmia Unsocd
Pcnyuluhan kankcr berbnsis tanaman obat Lainnya 2012
2
Indonesia, Keeamatan Gunung Simping
Cilacnp
3 Program Pcngoprimahln Posyandu untuk Lainnya 2011
Kesehatan Ibu, Bnyi baru lahir, Bayi dan
Annie (KIBBLA)

Scmua data ynng saya isilmn don tcrcantum dalam biodalll ini adalah benar dan
dapat dipertanggungjawabkan secara hukum. Apabila di kemudian hari temyata
dijumpai kctidokscsuaian dcngan kcnyataan, saya sanggup menerima sanksi.
Demikian biodata ini saya bunt dcngan scbcnamya untuk memcnuhi salah satu
pcrsyaratan dalam pengajuan PKM Pcnelltian

Purwokerto, 14 November 2019

Dosen Pendamping

)~o~
(Dr. Sarmoko, S.Farm , M.Sc., Apt.)
NIP. 198508312010121003
Lampiran 3. Justifikasi Anggaran Kegiatan

1. Perlengkapan yang dibutuhkan Volume Harga Satuan (Rp) Nilai (Rp)

Penyewaan Jurnal 3 bulan 300.000 900.000

Graphpad Version 8 2 bulan 1.250.000 2.500.000
STRING Analysis 2 bulan 1.250.000 2.500.000
5.900.000
SUB TOTAL (Rp)

2. Bahan Habis Pakai Volume Harga Satuan (Rp) Nilai (Rp)

Pulpen 1 pack 23.500 23.500

Kertas HVS 2 rim 45.000 90.000
Pensil 1 pack 15.000 15.000
SUB TOTAL (Rp) 128.500

3. Perjalanan Volume Harga Satuan (Rp) Nilai (Rp)

- -

SUB TOTAL (Rp) -

4. Lain-lain Volume Harga Satuan (Rp) Nilai (Rp)

Administrasi 85.000 85.000

Proposal 4 eks 20.000 80.000

Laporan Kemajuan 4 eks 20.000 80.000
Laporan Akhir 4 eks 20.000 80.000
Log Book 1 pcs 13.000 13.000
Publikasi 1 kali 1.500.000 1.500.000
Penerjemahan Artikel Kedalam 1 kali 1.000.000 1.000.000
Bahasa Inggris
SUB TOTAL (Rp) 2.838.000

TOTAL 1+2+3+4 (Rp) 8.866.500

Delapan Juta Delapan Ratus Enam Puluh Enam Ribu Lima Ratus Rupiah
Lampiran 4. Susunan Organisasi Tim Peneliti dan Pembagian Tugas

Alokasi Waktu
Program Bidang (Jam/Minggu)
No. Nama/NIM Studi Ilmu Uraian Tugas

Penanggung
Afif Pratama/ 8 jam jawab dalam
1. Farmasi Farmasi
I1C018052 analisis
Oncomine

Penanggung
Dicky Rizky
jawab dalam
Febrian/ 8 jam
2. Farmasi Farmasi analisis
I1C017023
Kaplan-
Meier

Penanggung
Indah Jaya
jawab dalam
3. Cahyani/ Farmasi Farmasi 8 jam
analisis
I1C018011
STRING
 21

Lampiran5. SuratPernyataanKetuaPelaksana

SURAT PERNY ATAAN KETIJA TIM PELAK.SANA

Yang bertanda tangan di bawah ini:

Nama : AfifHariawan Pratama
NTM : T1C018052
Program Studi : Farmasi
Fakultas : Ilmu-Ilmu Kesehatan

Dengan nu menyatakan bahwa proposal PKM-PE saya dengan judul

TDENTTFTKAST GRN DRTVRR PADA KANKER PA YUDARA
MENGGUNAKAN ANALISIS ONCOMINE, KAPLAN-MEIER DAN STRING
yang diusulkan untuk tahun anggaran 2020 adalah asli karya kami dan belum
pemah dibiayai oleh lembaga atau sumber dana lain.

Bilamana di kemudian hari ditemukan ketidaksesuaian dengan pemyataan ini,

maka saya bersedia dituntut dan diproses dengan ketentuan yang berlaku dan
mengembalikan seluruh biaya yang sudah diterima ke kas negara.
Demikian pemyataan ini dibuat dengan sesungguhnya dan dengan sebenar-
benamya.

Dosen Pendamping, Purwokerto, 29 November 2019

•·· ~-enyatakan,
038
• F,1;)572AHF094
'
(Dr. Sarmoko, S.Farm., M.Sc., Apt.) ' o,,,-uH
o 1,.mawan Pratama)
E.ffA¥IUBURUPIAH
~'
NIDN.0031088503 NIM. I1C018052