MAKALAH EVOLUSI

FILOGENI DAN KLASIFIKASI MAKHLUK HIDUP

Dosen Pengampu:
Rosi Feirina Ritonga, M. Pd

Disusun Oleh :
Shafira Eltasari (1701125022)
Nur Rofiyati (1701125058)
Hilya Aqriba (1701125095)
Arlin Hartanti (1701125103)

PROGRAM STUDI PENDIDIKAN BIOLOGI

FAKULTAS KEGURUAN DAN ILMU PENDIDIKAN
UNIVERISTAS MUHAMMADIYAH PROF. DR. HAMKA
JAKARTA
2020
 KATA PENGANTAR

Puji syukur kami panjatkan kehadirat Tuhan Yang Maha Esa karena
dengan rahmat, karunia serta taufik dan hidayah-Nya kami dapat menyelesaikan
makalah tentang ‘’Filogeni’’ ini dengan baik meskipun banyak kekurangan
didalamnya. Kami berterima kasih pada Ibu Rosi Feirina Ritonga, M. Pd selaku
Dosen mata kuliah Evolusi UHAMKA yang telah memberikan tugas ini kepada
kami.

Kami sangat berharap makalah ini dapat berguna dalam rangka menambah
wawasan serta pengetahuan kami terhadap terhadap pembelajaran Evolusi
selanjutnya. Kami juga menyadari sepenuhnya bahwa di dalam makalah ini
terdapat kekurangan dan jauh dari kata sempurna. Oleh sebab itu, kami berharap
adanya kritik, saran dan usulan demi perbaikan makalah yang telah kami buat di
masa yang akan datang, mengingat tidak ada sesuatu yang sempurna tanpa saran
yang membangun.

Jakarta, 15 Oktober 2020

Penyusun

i
 DAFTAR ISI

KATA PENGANTAR.............................................................................................i

DAFTAR ISI..........................................................................................................ii

BAB I.......................................................................................................................1

PENDAHULUAN...................................................................................................1

A. Latar Belakang............................................................................................1

B. Rumusan Masalah.......................................................................................2

C. Tujuan..........................................................................................................2

BAB II.....................................................................................................................3

PEMBAHASAN.....................................................................................................3

A. Definisi Filogeni...........................................................................................3

B. Hubungan Antara Satu Spesies Dengan Spesies Lain Dalam Pohon

Filogeni................................................................................................................4

C. Kekerabatan Suatu Spesies........................................................................8

D. Mekanisme Evolusi Dari Setiap Kingdom................................................9

E. Hubungan Klasifikasi, Filogeni, Dan Mekanisme Evolusi....................14

BAB III..................................................................................................................17

PENUTUP.............................................................................................................17

A. Kesimpulan................................................................................................17

B. Saran..........................................................................................................17

DAFTAR PUSTAKA...........................................................................................18

ii
iii
 BAB I

PENDAHULUAN
A. Latar Belakang
Evolusi merupakan bangunan ilmu terbesar, dan perkembangannya sangat
luas. Meliputi pokok bahasan yang beragam dan terdapat bagian-bagian yang
agak ditakutkan. Para ahli biologi evolusi sekarang meneliti evolusi dari
berbagai disiplin ilmu, seperti genetika molekuler, morfologi dan embriologi.
Evolusi adalah proses gradual, suatu organisme yang memungkinkan
spesies sederhana menjadi lebih komplek melalui akumulasi perubahan dari
beberapa generasi. Keturunan akan mempunyai beberapa perbedaan dari
nenek moyangnya karena berubah dalam sebuah evolusi. Semakin bervariasi,
semakin beranekaragam spesies yang dihasilkan, dalam arti semakin banyak
spesies baru yang bermunculan. Spesiasi tidak hanya akan mempengaruhi
terbentuknya spesies baru saja, bisa terbentuknya genus atau bahkan takson
yang baru. Hal ini termasuk dalam makroevolusi.
Makroevolusi adalah kriteria yang mengisahkan peristiwa-peristiwa utama
dalam sejarah kehidupan sebagaimana diperlihatkan oleh catatan fosil. Evolusi
pada skala yang sangat besar ini mencakup asal mula rancangan baru, seperti
rahang vertebrata, postur tegak pada manusia, peningkatan ukuran otak pada
mamalia, ledakan diversifikasi kelompok organisme tertentu setelah beberapa
terobosan evolusi, dan kepunahan massal. Untuk mempelajari urutan-urutan
perkembangan yang ada, para ilmuan biologi melakukan penelusuran terhadap
filogeni makhluk hidup yang ada saat ini dan saling berkerabat dekat..
Filogeni adalah sejarah evolusi kelompok organisme yang saling terkait.
Filogeni diwakili oleh pohon filogenetik yang menunjukkan bagaimana
mereka terkait. Filogenetika diartikan sebagai model untuk merepresentasikan
sekitar hubungan nenek moyang organisme, sekuen molekul atau keduanya.
Salah satu tujuan dari penyusunan filogenetika adalah untuk mengkonstruksi
dengan tepat hubungan antara organisme dan mengestimasi perbedaan yang

1
 terjadi dari satu nenek moyang kepada keturunannya. Konstruksi pohon
filogenetika adalah hal yang terpenting dan menarik dalam studi evolusi.
Pohon filogenetik adalah pendekatan logis untuk menunjukkan hubungan
evolusi antar organisme. Filogenetika dapat menganalisis perubahan yang
terjadi dalam evolusi organisme yang berbeda. Berdasarkan analisis, yang
mempunyai kedekatan dapat diidentifikasi dengan menempati cabang yang
bertetangga pada pohon. hubungan filogenetika diantara gen dapat
memprediksikan kemungkinan yang satu mempunyai fungsi yang ekuivalen.
Berdasarkan latar belakang tersebut perlu dibahas makalah evolusi yang
berjudul filogeni sehingga kita dapat mengetahui filogeni secara jelas.

B. Rumusan Masalah
1. Apa yang dimaksud pengertian dan tujuan dari filogeni?
2. Bagaimana hubungan antara satu spesies dengan spesies lain dalam pohon
filogeni?
3. Bagaimana kekerabatan suatu spesies?
4. Bagaimana mekanisme evolusi dari setiap kingdom?
5. Bagaimana hubungan klasifikasi, filogeni, dan mekanisme evolusi?

C. Tujuan
1. Mahasiwa mampu menjelaskan pengertian dan tujuan filogeni
2. Mahasiwa mampu menunjukkan hubungan antara satu spesies dengan
spesies lain dalam pohon filogeni
3. Mahasiswa mampu menganalisis kekerabatan suatu spesies
4. Mahasiswa mampu menjelaskan mekanisme evolusi dari setiap kingdom
5. Mahasiswa mampu membuat hubungan klasifikasi, filogeni, dan
mekanisme evolusi dalam sebuah mind-map

2
 BAB II

PEMBAHASAN
A. Definisi Filogeni
Filogeni atau filogenesis adalah kajian mengenai hubungan di antara
kelompok-kelompok organisme yang dikaitkan dengan proses evolusi yang
dianggap mendasarinya. Istilah “filogeni” berasal dari bahasa Belanda
fylogenie, yang berasal dari gabungan kata bahasa Yunani Kuno yang berarti
“asal-usul suku, ras”. Hubungan tersebut ditentukan berdasarkan morfologi
hingga DNA. Filogeni sangat diperlukan dalam mempelajari proses evolusi
dan penyusunan taksonomi. Evolusi sendiri dapat diartikan sebagai perubahan
yang berangsur-angsur dari suatu organisme menuju kepada kesesuaian
dengan waktu dan tempat. Jadi evolusi sendiri merupakan proses adaptasi dari
suatu organisme terhadap lingkungannya.
Filogeni adalah sejarah evolusi kelompok organisme yang saling terkait.
Hal ini diwakili oleh pohon filogenetik yang menunjukkan bagaimana spesies
terkait satu sama lain melalui nenek moyang yang sama. Pohon filogenetik
atau pohon evolusi adalah genealogi (silsilah) kemungkinan hubungan
evolusioner di antara kelompok-kelompok taksonomik, atau dapat dikatakan
sebagai diagram percabangan atau “pohon” yang menunjukan hubungan
evolusi antara berbagai spesies makhluk hidup berdasarkan kemiripan dan
perbedaan karakteristik fisik dan/ atau genetik mereka, sebab pohon
filogenetika ini dapat diaplikasikan untuk membuat sistematika biologi,
seperti pohon kehidupan. Selain itu pohon ini dapat digunakan untuk mencari
fungsi dari suatu gen atau protein, riset, medis dll. Para ahli sistematika
menggunakan bukti-bukti yang diperoleh dari catatan fosil dan organisme
yang masih ada untuk merekonstruksi filogeni. Karena susunan genetik dan
penampakan fenotipe organisme yang hidup saat ini mencerminkan episode
makroevolusi masa lalu, para ahli sistematika mendapatkan informasi
filogenetik dengan cara membandingkan spesies modern. Di dalam pohon
filogenetik menunjukan jenjang taksonomi yang dibuat sesuai dengan sejarah

3
 evolusi, dalam filogenetik jangka pendek, struktur anatomis membutuhkan
waktu terlalu lama untuk berubah.
Klasifikasi sistem filogenetik adalah suatu sistem klasifikasi untuk
mencerminkan gambaran urutan perkembangan makhluk hidup menurut
sejarah filogenetiknya, serta jauh dekatnya hubungan kekerabatan antara
takson yang satu dengan takson yang lain, sesuai sejarah evolusi. Sistematika
ini memiliki tujuan lebih dari sekedar organisasi sederhana, agar klasifikasi
menunjukan kedekatan evolusioner spesies.

B. Hubungan Antara Satu Spesies Dengan Spesies Lain Dalam Pohon

Filogeni
1) Konsep Pohon Filogenetik
Dalam pembuatan pohon Filogenetik, terdapat sebuah konsep yang
perlu dipegang terlebih dahulu. Konsep itu mengenai bagaimana
sekelompok makhluk hidup membagi sifat yang dimilikinya satu dengan
yang lainnya. Dalam ilmu Biologi, pembagian sifat ini mempunyai
istilahnya sendiri. Beberapa istilah tersebut adalah:
1. Symplesiomorphy
Merupakan sifat yang dibagi oleh dua atau lebih taksa tapi juga
ditemukan pada taksa nenek moyang yang sebelumnya. Misalnya
pada monyet dan tikus ditemukan terdapat 5 kubu jari, hal ini juga
ditemukan pada kadal. Namun, kedua kelompok ini terdapat pada
taksa yang berbeda.
2. Homoplasy
Merupakan sifat yang dibagi oleh dua atau lebih taksa tetapi tidak
dimiliki oleh nenek moyang yang paling terakhir yang dimilki.
Misalnya saja pada mamalia dan aves. Keduanya berdarah panas,
tetapi pada nenek moyang terakhir sebelum keduanya terpisah sifat
ini tidak ditemukan.
3. Synapomorph

4
 Merupakan sifat yang dibagi oleh satu atau dua taksa yang
mempunyai nenek moyang terakhir yang sama. Misalnya saja pada
kelompok mamalia, semua mamalia membagi sifat mempunyai
rambut dan berdarah panas.

Pohon filogeni atau filogenetik merupakan genealogi (silsilah) atau

diagram yang melacak kemungkinan hubungan evolusioner di antara
kelompok-kelompok taksonomik. Pola percabangan suatu pohon
filogenetik menunjukkan jenjang taksonomik. Dimana posisi cabang
pohon menandakan umur devergensi evolusioner, dengan demikian spesies
taksa yang paling terakhir diturunkan, berada pada cabang paling atas.
Dalam membangun pohon filogeni digunakan catatan fosil dan anatomi
perbandingan. Akan tetapi dapat pula digunakan metode lain yakni
membandingkan DNA dan protein spesies-spesies yang akan dibuatkan
silsilah.

2) Pengelompokkan Dalam Penentuan Taksa

Dalam penentuan taksa, diperlukan pengelompokan spesies kedalam
taksa yang lebih spesifik seperti ;
1. Monofiletik yaitu jika nenek moyang tunggalnya hanya
menghasilkan semua spesies turunan dalam takson tersebut dan
bukan spesies pada takson lain.
2. Polifiletik yaitu jika anggotanya diturunkan dari dua atau lebih
bentuk nenek moyang yang tidak sama bagi semua anggotanya.
3. Parafiletik yaitu jika takson itu tidak meliputi spesies yang memiliki
nenek moyang yang sama yang menurunkan spesies yang termasuk
dalam takson tersebut.

5
Monofiletik, polifiletik dan parafiletik di ilustrasikan dalam bagan diatas :
a. Monofiletik
Takson 1 yang terdiri dari tujuh spesies (B-H), memenuhi
kualifikasi sebagai suatu pengelompokan monofiletik, yang merupakan
bentuk ideal dalam taksonomi. Takson tersebut meliputi semua spesies
terutama dan juga nenek moyang bersama yang paling dekat (spesies
B).
b. Polifiletik
Takson 2 suatu subkelompok di dalam takson 1 adalah polifiletik
(spesies E dan G) diturunkan dari dua nenek moyang yang paling dekat
(spesies C dan F).
c. Parafiletik
Takson 3 adalah parafiletik, spesies A dimasukan tanpa
menggabungkan semua keturunan dari nenek moyang tersebut.
Contoh lain adalah pengelompokkan berbagai monofiletik, terdapat
kelompok besar dikotil yang monofiletik yang dinamai, sebagai contoh
misalnya : Oryza sativa (padi), Zea mays (jagung), dan Musa
paradisiaca. Kelompok semacam itu dikatakan sebagai kelompok
monofiletik, yang dapat digambarkan. Kajian di atas membuktikan
bahwa monokots adalah monofiletik dan dikot adalah parafiletik. Satu
contoh lain adalah zaitun (Olea europaea).
Ada juga tumbuhan runjung atau Pinophyta, atau lebih dikenal
dengan nama konifer (Coniferae), merupakan sekelompok tumbuhan

6
 berbiji terbuka (Gymnospermae) dengan ciri yang paling jelas yaitu
memiliki runjung ("cone") sebagai pembawa biji. Kelompok ini dulu
dalam klasifikasi berada pada takson "kelas" namun sekarang menjadi
divisio tersendiri setelah diketahui bahwa pemisahan Gymnospermae
dan Angiospermae secara kladistik adalah polifiletik.

3) Metode Dalam Penyusunan Pohon Filogeni

Dalam penyusunan pohon filogeni memiliki beberapa metode,
diantaranya:
1. Fenetik
Fenetik adalah suatu studi yang mengklasifikasikan berbagai macam
organisme berdasarkan kesamaan atau kemiripan morfologi dan sifat
lainnya yang bisa diobservasi tidak tergantung pada asal evolusi
organisme bersangkutan. Pendekatan metode fenetik memperkirakan
hubungan evolusi berdasar kepemilikan karakter yang sama dan tidak
melakukan upaya untuk membedakan homologi dari analogi Jadi
dalam studi ini, lebih ditekankan adanya proses konvergensi evolusi.
klasifikasi fenetik melakukan pengelompokan taksa berdasarkan
persamaan secara keseluruhan tanpa menghiraukan apakah ciri tersebut
bersifat simplesiomorfik atau synapomorfik. Produk dari klasifikasi
fenetik adalah fenogram. Karena pendekatan yang digunakan berbeda,
hasil dari klasifikasi fenetik dan filogenetik pada taksa-taksa yang
sama akan berbeda pula.

2. Kladistik/Filogenetik
Kladistik merupakan kebalikan dari fenetik, yaitu merupakan studi
yang mengelompokkan makhluk hidup berdasarkan asal evolusinya.
Kladogram adalah gambaran pohon evolusi hasil studi kladistik.
Pendekatan metode kladistik (filogenetik) mendasarkan hubungan
evolusi pada karakter dari setiap OTU (Operational Taxonomic Units).
Analisis filogenetik digunakan untuk mengikuti perubahan yang terjadi

7
 secara cepat dari suatu jenis dalam suatu group. Jadi merupakan suatu
studi hipotesis akan evolusi suatu organisme.
Klasifikasi kladistik/filogenetik mengelompokkan taksa berdasarkan
garis keturunan (genealogi). Pengelompokan didasarkan pada ciri yang
dimiliki bersama dan tidak dimiliki oleh taksa lainnya (synapomorfik).
Ciri yang simplesiomorfik (ciri ansestor atau ciri primitif yang
diwariskan ke seluruh keturunannya) tidak digunakan dalam klasifikasi
filogenetik karena ciri tersebut tidak dapat menunjukkan hubungan
genealoginya. Produk dari klasifikasi filogenetik adalah kladogram
yang menunjukkan pola percabangan, yang menghubungakan antara
ansestor dengan keturunannya. Tujuan utama dari klasifikasi
filogenetik adalah menghasilkan klasifikasi sebuah taksa yang
mencerminkan sejarah evolusinya.

4) Pembuatan Pohon Filogenetik

Penggambaran pembuatan filogenetik secara molekular dan morfologi
1. Pembuatan secara molekular, Metode sederhana dilakukan dengan cara
membandingkan urutan DNA. Menurut Campbell et all (2003)
langkah-langkah pembuatan pohon filogeni berdasarkan urutan DNA
adalah sebagai berikut:
a. Misalkan ada empat taksa, yaitu taksa A, B, C, dan D yang
mempunyai urutan DNA sebagai berikut:
A – GCTTGTCCGTTACGAT
B – ACTTGTCTGTTACGAT
C – ACTTGTCCGAAACGAT
D – ACTTGACCGTTTCCTT
b. Dari urutan DNA di atas carilah perbedaan urutan DNA nya.
Perbedaan urutan DNA ini dinamakan jarak genetik. Berdasarkan
urutan DNA di atas maka jarak genetik di antara taksa adalah
sebagai berikut:

8
 A B C D
A 2 3 5
B 2 3 5
C 3 3 6
D 5 5 6

c. Kemudian carilah kedua taksa yang paling dekat hubungannya

atau yang paling pendek jarak genetiknya. Dari tabel di atas jarak
taksa A dan B adalah taksa yang paling dekat karena hanya ada
dua urutan DNA yang berbeda.
d. Mulailah pohon filogeni ini dengan cabang yang menghubungkan
A dan B. Masing-masing cabang harus memiliki panjang yang
sama sehingga jaraknya dibagi dua. Jadi 2 ÷ 2 = 1.
e. A B

1 1
f. Selanjutnya taksirlah jarak antara unit AB dengan taksa yang lain.
Hitung jarak rata-rata AB ke C. Jarak dari A ke C adalah 3. Jarak
B ke C adalah 3. Maka rata-rata dari AB ke C adalah 3. Hitung
jarak rata-rata dari AB ke D. Jarak A ke D adalah 5 dan jarak B
ke D adalah 5. Maka rata-ratanya adalah 5.
g. Oleh karena jarak AB ke C lebih kecil dari jarak AB ke D, maka
C ditempatkan setelah A dan B pada pohon tersebut. Masing-
masing cabang (cabang AB dan cabang C) mempunyai panjang
1,5.
h. Terakhir taksirlah jarak ABC ke D. Jarak A ke D adalah 5, jarak
B ke D = 5, dan jarak C ke D = 6. Jadi jarak rata-rata jarak ABC
ke D = 5,3. Sehingga panjang cabang D adalah 5,3 ÷ 2 = 2,7.
(Lubis, 2014)

9
2. Pembuatan secara morfologi, Pada makalah ini penulis akan
membatasi masalah dimana akan ditinjau evolusi dari tumbuhan diliat
dari kompleksitas organ organ penyusunnya secara garis besar.

Gambar Kladogram Evolusi Tumbuhan

Tumbuhan Charophyceans memiliki kekerabatan yang paling

dekat dengan nenek moyang tumbuhan yakni alga hijau berada
dicabang pertama diakrena tumbuhan tersebut merupakan tumbuhan
yang sangat primitf. Pada percabangan berikutdapat dilihat bahwa
terjadi perkembangan yang menyebabkan kemunculan nenk moyang
dari tumbuhan darat. Didalam percabangan pertama, muncul anak
cabang yang membedakan tumbuhan Charophyceans yang sederhana
dengan yang lebih kompleks.
Pada percabangan nenek moyang tumbuhan darat, adanya evolusi
menyebabkan terbentuknya tumbuhan yang lebih kompleks dari
sebelumnya dimana pada percabangan ini bredasarkan taksa ada atau
tidaknya pembuluh. Kemunculan neenk moyang tumbuhan
berpermbuluh menjadi nenek moyang dari tumbuhan Pteridophytes
dan tumbuha berbiji. Setelah itu, munculnya nenek moyang tumbuhan
berbiji menyebabkan terbentuknya cabang baru dimana didasari pada
taksa biji.Dari sini, dibedakan lagi berdasarkan taksa biji tertutup atau

10
 terbuka yang menghasilkan keturunan tumbuhan Gymnospermae dan
Angiospermae.Dari sini dapat dilihat bahwa pembagian cladogram
tumbuhan mengikuti evolusinya.
Gambar diatas menunjukkan bahwa tumbuhan modern pada saat
ini telah memiliki hubungan kekerabatan yang sangat jauh dari
tumbuhan alga hijau. Namun, semua tumbuhan modern diyakini
memiliki satu nenek moyang yang sama dan berasal dari tumbuhan
air. Selain itu jika ditinjau dari ada atau tidaknya pembuluh, tumbuhan
Bryophytes dan Angiospermae tidak memiliki hubungan
kekerabatan.Apabila ditinjau dari asal usulnya, dapat diperkirakan
bahwa semua tanaman mrupakan spesies yang sama (Velda, 2019).

C. Kekerabatan Suatu Spesies

Suatu spesies dapat diketahui kekerabatannya berdasarkan karakter atau
fenotip yang dapat berupa morfologi, anatomi, histologi, fisiologi maupun
molekuler yang dimiliki oleh suatu individu dan merupakan ekspresi gen yang
dipengaruhi oleh lingkungannya. Karakter merupakan subjek yang perlu
diidentifikasi pada suatu spesies agar dapat mengetahui nama dan takson dari
spesies tersebut. Semakin banyak ditemukannya persamaan karakter pada
spesies semakin dekat pula hubungan kekerabatannya. Identifikasi
kekerabatan dengan morfologi yaitu mengamati ciri umum hingga ciri spesifik
yang dimiliki setiap spesies.
Kegiatan mengidentifikasi dapat menggunakan kunci determinasi atau
tanpa menggunakan kunci determinasi, dengan tujuan untuk mengetahui
presentase kekerabatan antar spesies dalam takson. Teknik yang dapat
digunakan berupa pohon filogeni, kladistik, dan kladogram menggambarkan
hubungan kekerabatan suatu spesies dengan nenek moyang yang berkaitan
dengan sejarah evolusi. Adapun dendogram merupakan diagram yang
menggambarkan kekerabatan kelompok spesies yang ditunjukan dengan
besaran presentase (Astuti & Sampel, 2016).

11
 Gambar Kekerabatan Burung Finch

D. Mekanisme Evolusi Dari Setiap Kingdom

1) Sistem Klasifikasi 2 Kingdom
Sistem klasifikasi 2 kingdom pertama kali dikemukakan oleh seorang
filsuf yang berasal dari Yunani yakni Aristoteles. Pada zaman tersebut,
mikroorganisme belum diketahui sehingga Aristoteles hanya membagi
makhluk hidup menjadi dua kelompok saja yakni hewan dan tumbuhan.
Selang beberapa abad setelahnya, seorang ilmuan yang berasal dari
Swedia, C. Linnaeus, mulai memperkenalkan sistem klasifikasi modern
pada tahun 1735, Organisme uniseluler sudah ditemukan pada saat itu,
namun belum diklasifikasikan.  Adapun penjelasan mengenai sistem
klasifikasi 2 kingdom tersebut adalah sebagai berikut:
1. Dunia Tumbuhan (Kingdom Plantae)
Tumbuhan merupakan makhluk hidup dengan karakteristik
mempunyai dinding sel, berbahan dasar selulosa serta memiliki zat
hijau daun yang dikenal dengan istilah klorofil. Dengan adanya
klorofil ini, tumbuhan mampu memproduksi makanannya sendiri
lewat proses fotosintesis. Contoh dari kingdom ini adalah keseluruhan
tumbuhan termasuk paku-pakuan, lumut, serta ganggang. Jamur pun
termasuk ke dalam kingdom ini walaupun tidak memiliki klorofil.

12
 2. Dunia Hewan (Kingdom Animalia)
Ada banyak sekali jenis hewan yang hidup di dunia, dari yang
ukurannya kecil hingga besar, dari yang hidupnya bebas ataupun
menjadi parsit pada organisme lain, dari yang hidupnya di air maupun
di darat. Tidak seperti tumbuhan, hewan adalah makhluk hidup yang
dapat bergerak bebas dan tidak memiliki dinding sel serta  tidak
berklorofil. Kelompok organisme yang termasuk ke dalam dunia
hewan meliputi  hewan uniseluler Protozoa, hewan berpori (Porifera),
hewan berongga (Coelenterata), kelompok cacing (Vermes), hewan
bertubuh lunak (Mollusca), hewan beruas (Arthopoda), hewan berduri
(Echinodermata) dan  hewan bertulang belakang (Chordata).

2) Sistem Klasifikasi 3 Kingdom

Seiring dengan berkembangnya ilmu pengetahuan, sistem klasifikasi 2
kingdom diperbaharui menjadi sistem 3 kingdom yang dikemukakan oleh
ilmuan berkebangsaan Jerman, Ernst Haeckel pada tahun 1866. Jika dalam
sistem klasifikasi sebelumnya jamur masuk ke dalam dunia tumbuhan,
maka pada sistem klasifikasi 3 kingdom ini, jamur tidak termasuk ke
dalam dunia tumbuhan lagi. Hal ini disebabkan dinding sel jamur bukan
tersusun atas selulosa melainkan dari kitin. Selain itu jamur tidak memiliki
klorofil sehingga tidak dapat melakukan fotosintesis seperti tumbuhan.
Pengelompokkan makhluk hidup dalam sistem 3 kingdom sebagai berikut:
1. Dunia Jamur (Kingdom Fungi)
Organisme yang dikelompokkan ke dalam kingdom fungi
mendapat makanan dengan cara absorbsi (menyerap makanan) dari
organisme lain (parasit) maupun dari organisme yang telah mati
(saprofit) atau beberapa ciri dari jamur yang perlu diketahui, yaitu:
 Multiseluler (terdiri atas banyak sel)
 Eukariotik (memiliki membran inti)
 Dinding sel jamur tersusun atas kitin
 Tidak dapat berfotosintesis

13
 2. Dunia Tumbuhan(Kigdom Plantae)
Merupakan organisme yang mampu memproduksi makanannya
sendiri atau dikenal dengan sebutan autotrof. Ciri-khas  dari tumbuhan
adalah sebagai berikut:
 Multiseluler
 Eukariotik
 berfotosintesis
 Dinding sel terbuat dari selulosa

3. Dunia Hewan(Kingdom Animalia)

Merupakan organisme eukariotik yang bergerak aktif dan
mendapatkan makanan dengan cara memakan organisme lain atau
disebut heterotrof. Sama halnya dengan sistem klasifikasi 2 kingdom,
kelompok organisme yang termasuk ke dalam dunia hewan dimulai
dari Protozoa hingga Chordata. Pengelompokkan 3 kingdom oleh Ernst
Haeckel mempunyai kekurangan yaitu bakteri tidak bisa dimasukkan
ke dalam 3 kingdom tersebut, karena bakteri berukuran sangat kecil
dan tidak memiliki membran nti sel, sehingga tidak memenuhi
persamaan ciri dari salah satu kingdom tersebut.

3) Sistem Klasifikasi 4 Kingdom

Klasifikasi ini berkembang pesat setelah ditemukannya nukleus atau
inti sel. Seorang ilmuan berkebangsaan Amerika, Herbert Copeland
memisahkan organisme yang tidak memiliki membran inti dan
memasukkannya ke dalam kingdom Monera dan dikenal sebagai
organisme prokariotik.  Adapun keempat kingdom yang menyusun sistem
ini adalah sebagai berikut.
1. Kingdom Monera

14
 Kingdom ini terdiri atas organisme yang tidak memiliki membran inti
atau yang sering disebut sebagai organisme prokariotik, contohnya
adalah bakteri dan alga hijau-biru.

2. Kingdom  Fungi (Jamur)

Kingdom ini terdiri atas organisme uniseluler maupun multiseluler
dengan dinding sel tersusun atas Keseluruhan organisme dalam
kingdom ini tidak memiliki klorofil sehingga dalam pemenuhan
nutrisinya dilakukan dengan menjadi parasit ataupun saprofitik.

3. Kingdom Plantae
Anggota kingdom Plantae adalah keseluruhan organisme yang mampu
melakukan fotosintesis yakni ganggang, lumut, paku, dan tumbuhan
berbiji.

4. Kingdom Animalia
Anggota kingdom Animalia adalah keseluruhan organisme yang tidak
berklorofil, tetapi mampu bergerak aktif, mulai dari Protozoa hingga
Chordata.

4) Sistem Klasifikasi 5 Kingdom

Pada sistem klasifikasi 5 kingdom, makhluk hidup dikelompokkan
menjadi: 5 dunia besar yakni Monera, Protista, Fungi, Plantae, dan
Animalia. Sistem ini dikemukakan oleh R.H. Whittaker pada tahun 1969
berdasarkan susunan sel, tingkatan organisme, dan cara pemenuhan
makanannya. Jika dirujuk pada pembahasan sebelumnya, ganggang berada
dalam kingdom Plantae dan protozoa berada dalam kingdom Animalia,
kini keduanya berada dalam satu kingdom yaitu Protista.

1. Kingdom Monera

15
 Kingdom Monera memiliki anggota keseluruhan organisme uniseluler
yang tidak mempunyai membran inti. Contoh dari kingom ini adalah
bakteri dan ganggang hijau biru.

2. Kingdom Protista
Yaitu keseluruhan organisme, baik uniseluler maupun multiseluler
yang mempunyai membran inti  tetapi belum berdiferensiasi, seperti:
 Protista menyerupai ganggang
 Protista menyerupai jamur
 Protista menyerupai hewan

3. Kingdom Fungi
Keseluruhan organisme yang mempunyai membran inti, terdiri atas
banyak sel , maupun tunggal, dan mendapatkan makanan secara
saprofit ataupun parasit.

4. Kingdom Plantae
Organisme bersel banyak maupun tunggal yang dapat memproduksi
makanannya sendiri (autotrof) karena memiliki klorofil dan
bereproduksi secara kawin (generatif) maupun tidak kawin
(vegetatif). Tidak seperti hewan, tumbuhan tidak dapat melakukan
pergerakan secara aktif.

5. Kingdom Animalia
Keseluruhan organisme yang tidak dapat melakukan
fotosintesis, tetapi bisa melakukan pergerakan yang aktif untuk
membantu dalam mencari makanan. Cara mendapatkan makanan
dalam kingdom animalia yaitu dengan cara memakan organisme lain.

5) Sistem Klasifikasi 6 Kingdom

16
Sistem klasifikasi 6 kingdom dikembangkan berdasarkan data evolusi
genetik dan molekuler yang dikemukakan oleh seorang ahli biologi
molekuler Carl Woese pada tahun 1977. Dalam klasifikasi ini, makhluk
hidup dibedakan menjadi:
1. Kingdom Eubacteria
Ciri dari kingdom ini adalah organismenya bersel tunggal dan sel
tersebut sifatnya prokariotik (tidak mempunyai membran inti). Contoh
anggota kingdom Eubacteria adalah bakteri yang terdapat dalam
kehidupan kita sehari-sehari, seperti bakteri Escherichia coli yang ada
di usus kita.

2. Kingdom Archaebacteria
Hampir mirip dengan Eubacteria, ciri dari Archaebacteria juga
bersel tunggal dan prokariotik. Hal yang dapat membedakan kedua
kingdom tersebut adalah habitat atau tempat tinggal dari kebanyakan
organisme Archaebacteria yang berada di tempat ekstrim. Selain dari
habitatnya, proses transkripsi dan translasi Archaebacteria lebih mirip
dengan Protista daripada Eubacteria sehingga kingdom keduanya
dipisahkan.

3. Kingdom Protista
Kingdom yang satu ini terbilang unik, karena mirip tumbuhan,
mirip jamur, juga mirip hewan, sehingga dibedakan menjadi 3 jenis,
seperti yang Burhan bahas pada klasifikasi sebelumnya, yaitu: Protista
mirip jamur, Protista mirip tumbuhan dan Protista mirip hewan.

4. Kingdom Fungi
Ciri dari kingdom ini adalah sel bersifat eukariotik yang tersusun
atas sel tunggal maupun banyak., tidak memiliki klorofil, dan bisa
bersifat saprofitik maupun parasit.

17
 5. Kingdom Plantae
Tumbuhan adalah organisme dengan banyak sel dan juga memiliki
klorofil sehingga dapat membuat makanan sendiri yang dibantu oleh
sinar matahari. Proses pembuatan makanan ini dikenal dengan istilah
fotosintesis.

6. Kingdom Animalia
Merupakan kelompok organisme yang bergerak aktif. Animalia
dibagi lagi ke dalam dua kelompok besar, yaitu:
 Hewan bertulang belakang
 Hewan yang tidak mempunyai tulang belakang.

Makhluk hidup yang ada di dunia ini memiliki beragam jenis,bentuk, dan
ciri yang berbeda-beda. Untuk itu, perlu dibedakan ke dalam kelompok-
kelompok tertentu, seperti yang dipelajari pada pembahasan di atas, supaya
kita lebih mudah untuk mengenalnya. Kategori yang ditetapkan tadi, sudah
melalui serangkaian kegiatan penelitian maupun observasi yang panjang. Oleh
sebab itu, kajian mengenai Klasifikasi makhluk hidup ini amat sangat penting
karena memudahkan manusia dalam mengenali beragam jenis makhluk hidup
yang ada di alam.

E. Hubungan Klasifikasi, Filogeni, Dan Mekanisme Evolusi

Klasifikasi makhluk hidup merupakan kegiatan pengelompokan makhluk
hidup sesuai dengan ciri atau sifat di dalam keanekaragaman yang dimiliknya.
Keberadaan makhluk hidup jumlahnya cukup banyak dan beranekaragaman.
Tentu akan sangat sulit mempelajari makhluk hidup yang beranekaragaman.
Sehingga dilakukan pengelompokan atau klasifikasi untuk memudahkan
mempelajari. Sistem klasifikasi makhluk hidup terus berkembang sejalan
dengan perkembangan ilmu pengetahuan, khususnya taksonomi. Dikutip situs
Kementerian Pendidikan dan Kebudayaan (Kemdikbdud), sekarang ini

18
terdapat tiga sistem klasifikasi makhluk hidup, yakni Sistem Artifisial
(Buatan), Sistem Alami, dan Sistem Filogenetik.
1. Sistem Artifisial (Buatan)
Sistem artifisial merupakan klasifikasi yang menggunakan satu atau dua
ciri pada makhluk hidup. Pada sistem buatan tersebut disusun dengan
memakai ciri atau sifat yang sesuai dengan kehendak manusia. Contoh
klasifikasi buatan adalah klasifikasi tumbuhan dapat menggunakan dasar
habitat (tempat hidup), habitus, atau berdasarkan perawakan (berupa
pohon, perdu, semak, ternak dan memanjat). Sistem artifiak dipopulerkan
oleh Aristoteles. Ia membagi makhluk hidup menjadi dua kelompok,
yakni tumbuhan (plantae) dan hewan (animilia). Ia juga membagi
tumbuhan menjadi kelompok pohon, perdu, semak, terna serta memanjat.

2. Sistem Alami
Sistem alami menghendaki terbentuknya kelompok-kelompok takson
yang alami. Artinya anggota-anggota yang membentuk unit takson terjadi
secara alamiah yang kehendak alam. Klasifikasi alami dirintis oleh
Michael Adams dan Jean Baptiste de Lamarck. Dalam klasifikasi alami
menggunakan dasar persamaan dan perbedaan morfologi (bentuk luar
tubuh) secara alami. Contoh klasifikasi alami adalah hewan berkaki dua,
berkaki empat, hewan bersayap, bersirip. Sedangkan untuk tumbuhan ada
kelompok tumbuhan berkeping biji satu, berkeping biji dua.

3. Sistem Filogenetik
Sistem filogenetik pertama kali dikemukakan oleh Charles Darwin
pada 1859. Darwin berpendapat terdapat hubungan antara klasifikasi
dengan evolusi. Pada sistem tersebut disusun berdasarkan jauh dekatnya
kekerabatan antara takson yang satu dengan yang lain. Selain itu juga
mencerminkan persamaan dan perbedaan sifat morfologi dan anatomi
maupun fisiologinya. Sistem filogenetik juga menjelaskan mengapa

19
 makhluk hidup semuanya memiliki kesamaan molekul dan biokimia, tapi
berbeda-beda dalam bentuk susunan dan fungsinya setiap makhluk hidup.

Gambar Pohon Filogeni dari Hewan Karnivora

Hubungan antar klasifikasi dan filogeni, pohon filogeni atau pohon

evolusi yang bercabang-cabang menunjukan pengaturan jenjang taksa, pohon
filogenetik (silsilah) ini menyatakan kemungkinan kedekatan genealogis di
antara beberapa taksa yang berada di bawah ordo Carnivora, yang merupakan
cabang dari kelas mamalia. Dimana posisi cabang pohon itu juga menandakan
umur relative divergensi evolusioner dengan demikian spesies taksa yang
paling terakhir di turunkan, berada pada cabang paling atas pohon ini. Dan
para ahli sistematika menggunakan catatan fosil dan anatomi perbandingan
untuk membantu membangun pohon filogenetik tetapi dapat juga
menggunakan metode lain, seperti membandingkan DNA dan protein dari
spesies-spesies tersebut.
Ketika silsilah membelah (spesiasi), itu direpresentasikan sebagai
percabangan pada filogeni. Ketika peristiwa spesiasi terjadi, garis keturunan
leluhur tunggal menimbulkan dua atau lebih garis keturunan. Filogeni
melacak pola keturunan dari garis keturunan. Setiap garis keturunan memiliki

20
bagian dari sejarah yang unik dan bagian yang dibagi dengan garis keturunan
lainnya.
Demikian pula, setiap keturunan memiliki nenek moyang yang unik
dengan garis keturunan dan nenek moyang yang dibagi dengan garis
keturunan lain (common ancestors). Clade adalah pengelompokan yang
mencakup satu nenek moyang dan semua keturunan (hidup dan punah)
leluhur itu. Menggunakan filogeni, mudah untuk mengetahui apakah
kelompok garis keturunan membentuk clade. Ujung filogeni merupakan garis
keturunan. Tetapi hal itu tergantung pada berapa banyak cabang pohon.
Namun, keturunan di ujung mungkin populasi yang berbeda dari spesies,
spesies yang berbeda, clades yang berbeda, atau masing-masing terdiri dari
banyak spesies.

Gambar Pohon Filogeni dari Tumbuhan

21
 BAB III

PENUTUP
A. Kesimpulan
Filogeni atau filogenesis adalah kajian mengenai hubungan di
antara kelompok-kelompok organisme yang dikaitkan dengan
proses evolusi yang dianggap mendasarinya. Filogeni sangat diperlukan
dalam mempelajari proses evolusi dan penyusunan taksonomi. Evolusi
sendiri dapat diartikan sebagai perubahan yang berangsur-angsur dari
suatu organisme menuju kepada kesesuaian dengan waktu dan tempat. Jadi
evolusi sendiri merupakan proses adaptasi dari suatu organisme terhadap
lingkungannya.

B. Saran
Pada penyajian makalah ini mungkin tidak menampilkan
penjelasan secara mendalam/detail. Oleh karena itu, diharapkan kepada
pembaca dan penulis selanjutnya dapat melengkapi makalah ini.

22
 DAFTAR PUSTAKA

Astuti, D. S., & Sampel, P. D. (2016). Perhitungan Tingkat Kekerabatan Ordo

Lepidoptera ( Kupu Kupu ) di Tahura Bromo Karanganyar Menggunakan
Indeks Kesamaan Sorensen dan Dendogram. 13(1), 598–602.
Lubis, K. (2014). Cara Pembuatan Pohon Filogeni. Jurnal Pengabdian Kepada
Masyarakat, 20(75), 66–69.
Velda, V. (2019). Penerapan Pohon dalam Pohon Evolusi. 1–7.
https://www.academia.edu/25654198/Makalah_Evolusi_FILOGENI
https://www.kompas.com/skola/read/2020/09/28/174500469/sistem-klasifikasi-
makhluk-hidup?page=all.
http://www.talkorigins.org/faqs/comdesc/phylo.html

23