“TUGAS 2”
Dosen Pengampu :
Disusun oleh :
NIM : E1A018004
Kelas : A/VI
UNIVERSITAS MATARAM
2021
CHAPTER 1
Pada tahun 1858, Charles Darwin dan Alfred Russel Wallace mempublikasikan
sebuah teori evolusi yang baru. Dalam bukunya On the Origin of Species (1859), Darwin
secara mendetail menjelaskan mekanisme evolusi. Berbeda dengan Lamarck, Darwin
mengajukan konsep nenek moyang bersama dan percabangan pohon kehidupan yang
didasari oleh seleksi alam. Karya Darwin mengenai evolusi dengan segara diterima
dengan cepat, tetapi mekanisme yang diajukannya (seleksi alam), belum diterima secara
sepenuhnya sampai pada tahun 1940-an. Kebanyakan biologiwan berargumen bahwa
faktor-faktor lainlah yang mendorong evolusi, misalnya pewarisan sifat-sifat yang
didapatkan (neo-Lamarckisme), dorongan perubahan yang dibawa sejak lahir
(ortogenesis), ataupun mutasi besar-besaran secara tiba-tiba (saltasi). Sintesis seleksi
alam dengan genetika Mendel semasa 1920-an dan 1930-an memunculkan bidang
disiplin ilmu genetika populasi. Semasa 1930-an dan 1940-an, populasi genetika
berintegrasi dengan bidang-bidang ilmu biologi lainnya, memungkinkan penerapan teori
evolusi dalam biologi secara luas.
1. Perbedaan rata-rata antara dua individu meningkat saat mereka diambil sampelnya dari
populasi lokal yang sama, dua populasi terpisah, dua spesies, dua genera, dan seterusnya
hingga dua kerajaan (seperti tumbuhan dan hewan). Sampai kira-kira tahap apa dalam urutan
ini evolusi dapat diamati dalam kehidupan manusia?
Jawaban : evolusi dapat diamati dalam kehidupan manusia sampai pada tahap spesies.
Sebagian besar bukti sejauh ini adalah perubahan skala kecil dalam suatu spesies.
2. Dalam pengertian apa kisaran bentuk kehidupan di bumi (i) diatur, dan (ii) tidak diatur,
dalam “jenis” yang berbeda?
Jawaban :
Semua spesies hidup menggunakan bahasa yang sama, tetapi sama sewenang-wenangnya,
dalam kode genetik. Alasannya karena kode tersebut berevolusi sejak awal dalam sejarah
kehidupan, dan satu bentuk awal ternyata merupakan nenek moyang yang sama dari semua
spesies kemudian. (Perhatikan bahwa mengatakan bahwa semua kehidupan memiliki nenek
moyang yang sama tidak sama dengan mengatakan bahwa kehidupan berevolusi hanya
sekali.) Kode inilah yang kemudian disebut Crick (1968) sebagai "kecelakaan beku".
Artinya, hubungan kode asli tidak disengaja, tetapi setelah kode berevolusi, itu akan sangat
dipertahankan. Setiap penyimpangan dari kode akan mematikan. Seseorang yang membaca
GGC sebagai fenilalanin dan bukan glisin, misalnya, akan merusak semua proteinnya, dan
mungkin mati pada tahap telur.
Bayangkan sejumlah set masing-masing sekitar 10 objek: seperti 10 buku, 10 hidangan untuk
makan malam, 10 permata, 10 kendaraan, 10 politisi, atau lainnya. Untuk setiap set, buat dua
atau tiga cara berbeda untuk mengklasifikasikannya dalam kelompok hierarki. (Misalnya, 10
politisi dapat diklasifikasikan pertama menjadi dua kelompok seperti kiri tengah / kanan
tengah; kemudian kelompok tersebut dapat dibagi dengan kriteria seperti rata-rata panjang
gigitan suara, jumlah skandal per tahun, jenis kelamin, wilayah yang diwakili, dll.) Apakah
klasifikasi hierarkis yang berbeda mengenali kumpulan grup yang sama, atau kumpulan grup
yang serupa, atau apakah mereka tidak terkait? Pikirkan mengapa untuk beberapa set
kelompok dan untuk beberapa kriteria klasifikasi, klasifikasi yang berbeda serupa, sedangkan
untuk yang lain mereka berbeda.jawab: Spesies yang berbeda memiliki homologi yang sama,
yang menunjukkan bahwa mereka diturunkan dari satu nenek moyang yang sama. Tapi
argumennya bisa dibuat lebih kuat dan lebih terbuka
3. Manakah dari berikut ini yang merupakan homologi dan analogi yang mana, dalam
pengertian istilah sebelum Darwin.
Jawaban : Homologi adalah organ-organ tubuh yang dimana mempunyai fungsi berbeda,
tetapi mempunyai dasar yang sama. Analogi adalah organ-organ tubuh yang
mempunyai struktur yang berbeda tetapi memiliki fungsi yang sama.
• A dolphin flipper and a fish fin : Analogi.
• The five-digit skeletal structure of the dolphin flipper and of a frog foot : Homologi.
• The white underside coloration of gulls, albatrosses, and ospreys (all of which are
seabirds and catch fish by air raids from above) : Analogi.
• The number of vertebrae in the necks of camels, mice, and humans (they all have seven
vertebrae) : Homologi
4. Kode genetik disebut "kecelakaan beku". Dalam arti apa itu kecelakaan, dan mengapa itu
dibekukan?
Jawaban :
Teori kecelakaan beku dari Kode Genetik adalah sebuah proposal oleh Francis Crick
yang mencoba menjelaskan sifat universal Kode Genetik dan fakta bahwa kode itu hanya
berisi informasi untuk dua puluh asam amino. Lima puluh tahun kemudian, jelas bahwa
variasi Kode Genetik universal ada di alam dan terjemahan tidak terbatas pada dua puluh
asam amino. Dalam makalah seminalnya 'The Origin of the Genetic Code', Francis Harry
Compton Crick menawarkan contoh yang baik dari dinamika ini saat ia dan Leslie Orgel
mempublikasikan pandangan mereka masing-masing tentang topik ini dalam makalah back-
to-back [1,2]. Dalam makalahnya Crick menggunakan istilah 'kecelakaan beku' untuk
merujuk pada ketidakmampuan kode untuk menerima variasi baru, dan dia membandingkan
hipotesis ini dengan kemungkinan alternatif: teori stereokimia untuk asal mula Kode Genetik.
Semua spesies hidup menggunakan bahasa yang sama, tetapi sama sewenang-
wenangnya, dalam kode genetik. Alasannya karena kode tersebut berevolusi sejak awal
dalam sejarah kehidupan, dan satu bentuk awal ternyata merupakan nenek moyang yang
sama dari semua spesies kemudian. (Perhatikan bahwa mengatakan bahwa semua kehidupan
memiliki nenek moyang yang sama tidak sama dengan mengatakan bahwa kehidupan
berevolusi hanya sekali.) Kode inilah yang kemudian disebut Crick (1968) sebagai
"kecelakaan beku". Artinya, hubungan kode asli tidak disengaja, tetapi setelah kode
berevolusi, itu akan sangat dipertahankan. Setiap penyimpangan dari kode akan mematikan.
Seseorang yang membaca GGC sebagai fenilalanin dan bukan glisin, misalnya, akan
merusak semua proteinnya, dan mungkin mati pada tahap telur.
Mengapa Kode Genetik Dibekukan?
Mengingat keragaman kimiawi yang luar biasa dari asam amino biologis, dan potensi kode
tiga basa berdasarkan empat basa untuk secara teoritis menggabungkan hingga enam puluh
tiga asam amino, adalah apriori tidak jelas mengapa Kode Genetik universal hanya
mencakup dua puluh asam amino. Ini bahkan lebih membingungkan jika seseorang
menganggap bahwa beberapa asam amino tambahan, seperti selenocysteine dan pyrrolysine,
digunakan untuk sintesis protein. Modifikasi kimiawi rantai samping tersebar luas,
menunjukkan bahwa sel dapat menggunakan repertoar residu yang lebih besar dalam Kode
Genetik kanonik. Lantas, apa yang mendorong tertahannya munculnya identitas tRNA baru
dan perluasan Kode Genetik?. Meskipun pengenalan asam amino yang tepat merupakan fitur
penting dari Kode Genetik, hal itu tidak mungkin menjadi faktor pembatas dalam
pertumbuhan sistem karena pengenalan tersebut terbatas pada interaksi dengan situs aktif
ARS, yang sangat mudah beradaptasi dan didukung oleh pengeditan. domain yang dapat
membedakan antara rantai samping yang serupa. Di sisi lain, pengenalan tRNA merupakan
tantangan yang jauh lebih sulit karena struktur tiga dimensi dari semua tRNA sangat mirip,
komposisi kimianya sebelum modifikasi lebih seragam, dan jumlah interaksi spesifik yang
diperlukan dengan komponen protein alat penerjemah. jauh lebih besar. Kami telah
mengusulkan bahwa ada batas fungsional yang berkaitan dengan kemampuan alat
penerjemah untuk berhasil membedakan identitas tRNA yang berbeda. Batas ini ditentukan
oleh kapasitas keseluruhan struktur tRNA untuk memasukkan elemen pengenalan yang
berbeda. Penggabungan asam amino baru (karenanya menjadi identitas tRNA baru) sangat
meningkatkan masalah kombinatorial yang dihadapi oleh mesin penerjemah untuk secara
khusus mengenali tRNA individual. Masalah ini berlaku untuk enzim modifikasi, sistem
transpor, ARS, faktor elongasi, ribosom, dll. Semua elemen identitas tRNA perlu hidup
berdampingan dalam urutan RNA pendek yang strukturnya harus serupa di antara semua
tRNA dalam sel. Batasan tambahan pada evolusi tRNA yang muncul dari fungsi non-
kanoniknya juga dapat dipertimbangkan. Proposal kami adalah bahwa jaringan pengenalan
kompleks ini mencapai batas di mana penggabungan identitas tRNA baru tidak mungkin
dilakukan tanpa menimbulkan konflik pengenalan dengan tRNA yang sudah ada
sebelumnya. Kami telah menunjukkan bahwa kejenuhan sinyal struktural dan identitas dalam
tRNA dapat mencegah molekul ini memasukkan identitas lain dalam evolusi. Kami
menyelidiki alasan kurangnya tRNAGlyACC yang menarik dalam genom eukariotik dan
menunjukkan bahwa fitur yang sudah ada sebelumnya dari loop antikodon tRNAGly tidak
sesuai dengan keberadaan adenosin pada posisi 34, menjelaskan mengapa tRNA yang
mengandung A34 tidak dapat berevolusi dan diperkaya. di eukariota.
Pada tingkat genom, kami mengamati bahwa spesies dengan jumlah gen tRNA yang rendah
memiliki perbedaan nukleotida yang lebih signifikan antara pasangan tRNA ortologinya
daripada spesies yang berkerabat dekat dengan jumlah gen tRNA yang lebih banyak. Hal ini
konsisten dengan anggapan bahwa peningkatan kompleksitas populasi tRNA mengarah pada
konservasi urutan tRNA yang lebih tinggi. Sebaliknya, diharapkan urutan tRNA akan
berevolusi lebih cepat dalam genom dengan jumlah gen tRNA yang lebih kecil. Situasi ini
terbukti, misalnya, pada mitokondria yang genomnya memiliki jumlah gen tRNA yang
rendah. Genom mitokondria menampilkan penyimpangan yang melimpah dari Kode Genetik
kanonik, dan mengandung variabilitas tertinggi yang diketahui dalam struktur dan elemen
identitas tRNA.
5. Apakah klasifikasi hierarkis yang berbeda mengenali kumpulan grup yang sama, atau
kumpulan grup yang serupa, atau apakah mereka tidak terkait? Pikirkan mengapa untuk
beberapa set kelompok dan untuk beberapa kriteria klasifikasi, klasifikasi yang berbeda
serupa, sedangkan untuk yang lain mereka berbeda.
Jawaban : Spesies yang berbeda memiliki homologi yang sama, yang menunjukkan bahwa
mereka diturunkan dari satu nenek moyang yang sama. Tapi argumennya bisa dibuat lebih
kuat dan lebih terbuka. Kesamaan homolog adalah dasar dari klasifikasi biologis, kelompok
seperti "tumbuhan berbunga", "primata", atau "kucing" secara formal didefinisikan oleh
homologi. Alasan homologi digunakan untuk mendefinisikan kelompok adalah karena
mereka jatuh ke dalam pola kelompok bersarang, atau hierarkis, di dalam kelompok; dan
homologi yang berbeda secara konsisten jatuh ke dalam pola yang sama.
6. Mengapa Haldane melepaskan keyakinannya pada evolusi jika seseorang menemukan fosil
kelinci di Prakambrium?
Jawaban : Haldane pernah berkata dia akan melepaskan keyakinannya pada evolusi jika
seseorang menemukan fosil kelinci di Prakambrium. Alasannya adalah bahwa kelinci, yang
merupakan mamalia yang sudah terbentuk sempurna, pasti telah berevolusi melalui tahap
reptilia, amfibi, dan piscine dan oleh karena itu tidak muncul dalam rekaman fosil 100 juta
tahun atau lebih sebelum nenek moyang fosilnya.