21.

Kimia Organik dan Biomolekul

Kimia Dasar 2A
Dr. Rukman Hertadi
Prodi Kimia FMIPA-ITB
Course learning outcome
Setelah mempelajari topik tentang kimia organik dan biomolekul diharapkan mahasiswa
mampu:
· memberikan nama senyawa organik dan menuliskan struktur dari nama senyawa organik

· menuliskan isomer senyawa organik

· menghubungkan struktur kimia organik dengan sifat siknya (titik didih, kestabilan)

· menghubungkan struktur kimia organik dengan kereaktifan

· mentransformasi struktur kimia organik melalui reaksi kimia
· mengenal struktur biomolekul dan fungsinya

2/89
KIMIA ORGANIK

Studi tentang senyawa karbon dan

kombinasinya dengan satu atau lebih
unsur lain (hidrogen, nitrogen, oksigen,
dan sulfur) termasuk sifat-sifat dan
reaksinya

3/89
Keistimewaan atom karbon
1. Cenderung membentuk empat ikatan 3. Stabil membentuk ikatan antar karbon
kovalen

2. Stabil membentuk ikatan rangkap dua

dan tiga

4/89
Hidrokarbon
Hidrokarbon adalah senyawa organik yang hanya mengandung unsur karbon dan hidrogen.

KLASIFIKASI HIDROKARBON

5/89
Menggambar hidrokarbon

6/89
Menggambar hidrokarbon

7/89
Isomer
· Isomer adalah dua atau lebih molekul yang memiliki rumus molekul sama tetapi memiliki
struktur yang berbeda.

· Contoh: butana dan isobutana memiliki rumus molekul yang sama, yaitu C H
4 10
, tetapi
memiliki struktur yang berbeda.

8/89
Tipe Isomer

9/89
Stereoisomer
Stereoisomer adalah molekul-molekul yang memiliki ikatan yang sama tetapi susunan
ruangnya berbeda. Ada dua stereoisomer: diastereoisomer dan enantiomer

1. Diastereoisomer, yaitu isomer yang bukan 2. Enantiomer atau isomer optik adalah dua
bayangan cermin. Isomer geometri molekul yang merupakan bayangan cermin
(cis/trans) masuk ke dalam kelompok isomer satu sama lain, tetapi tidak saling overlap.
ini.

10/89
Enantiomer
Enantiomer atau isomer optik adalah dua molekul yang merupakan bayangan cermin satu
sama lain, tetapi tidak saling overlap. Enantiomer dicirikan dengan adanya karbon kiral, yaitu
karbon yang mengikat 4 atom/gugus yang berbeda.

11/89
Contoh Hidrokarbon kiral

12/89
Aktivitas optik molekul kiral
Molekul kiral dapat memutar bidang polarisasi

13/89
Latihan
Tentukan molekul mana yang memiliki isomer optik dan geometri?

14/89
Alkana dan sifat fisikokimianya

Pertanyaan: Mengapa semakin panjang rantai karbon alkana, semakin tinggi titik didihnya?

15/89
 Tatanama alkana
1. Nama molekul diakhiri dengan ana. Contoh: metana, etana, propana ...
2. Nama molekul didasarkan pada senyawa utama kemudian diikuti gugus cabang bila ada.

3. Senyawa utama memiliki rantai karbon paling panjang.

4. Nama rantai terpanjang didasarkan pada jumlah karbon.

5. Atom karbon diberi nomor dimulai dari ujung yang bertetangga paling dekat dengan cabang
pertama.
6. Bila alkana berperan sebagai cabang, diberi akhiran -il, contoh: metil, propil, dll.

7. Gugus alkil cabang (gugus aril) ditulis didepan, sebelum senyawa utama.
8. Bila ada lebih dari satu gugus alkil, posisinya diberikan dengan angka.
9. Bila ada lebih dari satu gugus alkil yang sama, diberi awalan di-, tri-, tetra, dst. di depan
nama aril.
10. Bila ada lebih dari satu gugus aril terikat pada karbon yang sama, ulangi nomor karbonnya.

16/89
Gugus alkil yang umum

17/89
Contoh:
Berikan nama senyawa berikut:

· Rantai utama: oktana

· Cabang: 2 metil, 1 etil

· Posisi cabang: metil di 2 dan 7, etil di posisi 4

· Nama senyawa: 4-etil-2,7-dimetiloktana

18/89
Sifat kimia alkana
· Alkana merupakan hidrokarbon yang · Alkana dapat mengalami reaksi cracking:
relatif tidak reaktif. terdekomposisi menjadi spesi yang lebih
· Pada temperatur ruang tidak bereaksi sederhana pada temperatur tinggi. Contoh:
dengan H 2 SO4 pekat maupun NaOH T tinggi

CH −−−−−→ C + 2H
pekat, tetapi dapat bereaksi dengan HNO3 4 2

panas. T tinggi

CH CH −−−−−→ CH =CH + H
3 3 2 2 2
∘
~425 C
R−H + HNO
3
−−−−→ R−NO
2
+ H O
2 · Alkana juga dapat bereaksi dengan oksigen
menghasilkan CO2 dan H 2 O
· Alkana juga dapat terhalogenasi oleh Cl
2

dan Br2 pada temperatur tinggi. Contoh: CH + 2O ⟶ CO + 2H O

4 2 2 2

T tinggi

CH + Cl −−−−−→ CH Cl + HCl
4 2 3

19/89
Alkena dan alkuna
· Alkena mengandung satu atau lebih ikatan rangkap dua. Contoh:

H C=CH CH CH=CHCH CH=CH

2 2 3 2 2

· Alkena memiliki rumus umum: Cn H 2n

· Alkuna mengandung satu atau lebih ikatan rangkap tiga. Contoh:

HC≡CH H C−C≡C−CH −CH

3 2 3

· Alkuna memiliki rumus umum: Cn H 2n−2

20/89
Tatanama Alkena dan Alkuna
· Rantai utama harus mengandung satu atau lebih ikatan rangkap, bila ikatan rangkap
terdapat di rantai lebih pendek maka yang dipilih sebagai rantai utama adalah rantai yang
lebih panjang.
· Pemberian nomor karbon dimulai dari ujung paling dekat dengan ikatan rangkap pertama.

· Nomor diberikan sebelum nama rantai utama diberi akhiran ena atau una. Contoh:
- CH −CH −CH −CH −CH=CH−CH
3 2 2 2 3
diberi nama hep-2-ena

- (CH ) C=C(CH )
3 2 3 2
diber nama 2,3-dimetilbut-2-ena

· Untuk poliena atau poliuna diberi awalan di-, tri-, dst. Contoh:

- CH −CH −CH=CH−CH=CH
3 2 2
diberi nama heks-1,3-diena

- CH =CH−CH=CH−CH=CH
2 2
diberi nama heks-1,3,5-triena

· Untuk menandai isomer geometri, nama senyawa diberi awalan -cis dan -trans.
- Contoh: trans-1,2-dibromoetena, cis-1,2-dibromoetena

21/89
Reaksi alkena: reaksi adisi

22/89
Mekanisme reaksi adisi pada alkena simetris
Di bawah ini adalah mekanisme reaksi adisi pada etena oleh hidrogen klorida yang memiliki
gugus elektrofil (proton) dan gugus nukleofil (klorida):

· Mekanisme di atas menerangkan bahwa reaksi adisi berlangsung dalam dua tahap:
1. Serangan elektro l: elektro l menyerang ikatan rangkap dan mengambil sepasang
elektron sehingga terbentuk ikatan baru pada molekul target. Tahap ini menyebabkan
terbentuknya karbokation.

2. Serangan nukleo l: nukleo l menyerang karbokation dan membentuk ikatan baru pada
molekul target.

23/89
Mekanisme reaksi adisi pada alkena asimetris
Di bawah ini adalah mekanisme reaksi adisi pada propena oleh hidrogen klorida yang memiliki
gugus elektrofil (proton) dan gugus nukleofil (klorida):

· Mekanisme di atas menerangkan bahwa reaksi adisi berlangsung dalam dua tahap:
1. Serangan elektro l: elektro l menyerang ikatan rangkap dan mengambil sepasang
elektron dan membentuk ikatan baru pada karbon ikatan rangkap yang mengikat
hidrogen lebih banyak (CH 2 ).

2. Serangan nukleo l: nukleo l menyerang karbokation dan membentuk ikatan baru pada
molekul target.

24/89
Hidrokarbon aromatik
Umumnya senyawa aromatik mengandung minimal satu cincin benzena.

25/89
Reaksi hidrokarbon aromatik
1. Reaksi substitusi
FeCl
3

C H + Cl −−−→ C H −Cl + HCl

6 6 2 6 5

2. Reaksi nitrasi
H SO
2 4

C H + HNO −−−−→ C H −NO + H O

6 6 3 6 5 2 2

3. Reaksi sulfonasi

C H + H SO ⟶ C H −SO H + H O
6 6 2 4 6 5 3 2

26/89
Mengapa adisi aromatik sulit terjadi?

Delokalisasi elektron π pada cincin benzena menstabilkan cincin, sehingga tidak mudah
melakukan reaksi adisi pada benzena dan yang lebih umum terjadi adalah reaksi substitusi.

27/89
Mekanisme reaksi substitusi pada aromatik

28/89
Mekanisme reaksi nitrasi

29/89
Mekanisme sulfonasi
Untuk mensulfonasi benzena, asam sulfat pekat dipanaskan bersama benzena. Asap asam
sulfat mengandung SO3 lebih banyak dan lebih e sien dalam memasukan gugus sulfonat pada
cincin benzena.

30/89
Senyawa organik yang mengandung oksigen
1. Alkohol, R−OH, dan eter, R−O−R′

metanol: CH OH metil etil eter: CH OCH CH

3 3 2 3

2. Aldehid, R−CH=O, dan keton, R−(C=O)−R′ }

etanal: CH CH=O aseton: CH (C=O)CH

3 3 3

3. Karboksilat, RCO2 H dan ester, RCO2 R′

asam etanoat (asam asetat): CH CO H metil etanoat: CH CO CH CH

3 2 3 2 2 3

31/89
Reaksi alkohol dan eter
1. Reaksi oksidasi
oksidasi oksidasi
RCH −OH −−−−−→ RCH=O −−−−−→ RCO H
2 2

2. Reaksi eliminasi
katalis asam
R−CH −CH −OH −−−−−−−→ R−CH=CH
2 2 2
pemanasan

3. Reaksi Substitusi
pemanasan

RCH −OH + HI(pekat) −−−−−−→ RCH −I + H O

2 2 2

32/89
Oksidasi alkohol primer dan sekunder

33/89
Mekanisme reaksi eliminasi alkohol

Katalis asam membantu untuk melemahkan ikatan R−O dalam R−OH dengan
menambahkan H + membentuk R−OH+
2
.

+ +
R−OH + H ⟶ R−OH
2

34/89
Mekanisme reaksi substitusi alkohol

35/89
Reaksi aldehid/keton

36/89
Mekanisme reaksi pembentukan hemiasetal

37/89
Mekanisme reaksi pembentukan asetal

38/89
Reaksi umum karboksilat
1. Reaksi asam basa

− −
RCO H + OH ⟶ RCO + H O
2 2 2

2. Reaksi substitusi

RCO H + HX ⟶ RCOX + H O
2 2

3. Reaksi reduksi

RCO H ⟶ RCOH
2

4. Reaksi esteri kasi

H SO  pekat
2 4
′ ′
RCO H + R OH −−−−−−−→ RCO R + H O
2 2 2

39/89
Mekanisme esterifikasi

40/89
Ester

Sintesis ester
 41/89

Reaksi ester
 42/89

Mekanisme hidrolisis ester

 43/89

Mekanisme saponifikasi
 44/89

Mekanisme reduksi ester ke alkohol primer

 45/89

Senyawa organik turunan amonia

Amina dapat dianggap sebagai turunan dari amonia, dimana satu, dua atau tiga gugus
hidrokarbon menggantikan posisi hidrogen.

Ikatan N−H tidak sepolar O−H sehingga ikatan hidrogennya juga relatif lebih lemah. Oleh
karena itu, senyawa amina mendidih di bawah titik didih alkohol.
 46/89

Sifat basa dari amina

Seperti halnya amonia, amina juga merupakan senyawa bersifat basa dalam air.

Ketika amina bereaksi dengan asam kuat, hampir seluruh amina akan mengalami reaksi
protonasi

Pada keadaan terprotonasi, kelarutan amina akan meningkat. Teknik protonasi telah
diterapkan di bidang kesehatan untuk meningkatkan kelarutan obat turunan amina, seperti
quinine (obat malaria).
 47/89

Amida: turunan karboksilat

Struktur umum amida: Laktam merupakan amida siklik:

Contoh molekul penting yang mengandung

Nama IUPAC amida sama dengan karboksilat, laktam adalah penisilin G
tinggal mengganti akhiran -oat menjadi
amida.

· Contoh:

- CH CH CONH
3 2 2
: propanamida,

- CH (CH ) CONH
3 2 3 2
: pentanamida
 48/89

Sintesis Amida
 49/89

Reaksi amida
1. Reaksi hidrolisis
HCl
Hidrolisis suasana asam: CH 3 CONH2 + H O −−→ CH COOH + NH
2 3
+
4
Cl
−

Hidrolisis suasana basa: CH 3 CONH2 + NaOH ⟶ CH COONa + NH

3 3

2. Reaksi reduksi amida ke amina

LiAlH
4

CH CONH −−−−→ CH CH NH
3 2 3 2 2
H O
2
 50/89

Senyawa amida adalah molekul netral

Amida tidak bersifat sebagai basa Bronsted seperti amina. Hal ini dapat dijelaskan oleh
resonansi ikatan amida di bawah ini:

Resonansi menyebabkan pasangan elektron bebas pada nitrogen amida tedelokalisasi ke

oksigen, sehingga amida memiliki tendensi yang lemah untuk dapat menerima proton.
 51/89

Polimer
 52/89

Polimer organik
Polimer adalah makromolekul yang memiliki karakteristik adanya unit ulang dalam
molekulnya. Contoh polipropilen.

Pada propilen gugus metil (−CH 3 ) terikat

pada interval yang seragam sepanjang
backbone polimer, membentuk pola unit ulang
yang sama. Oleh karena itu, polimer
seringkali dituliskan dalam bentuk ringkas
sebagai unit ulang dalam tanda kurung dan
diberi subskrip n.
 53/89

Monomer
· Bahan baku yang membentuk unit ulang pada polimer disebut monomer.
· Contoh: propilen merupakan monomer dari polipropilen yang tergabung melalui proses
polimerisasi.
 54/89

Reaksi polimerisasi
Reaksi polimerisasi dapat berlangsung melalui reaksi adisi atau kondensasi.

1. Polimerisasi dengan cara adisi

Reaksi pertumbuhan rantai polimer dengan metode adisi berlangsung dengan bantuan
inisiator. Inisiator terikat pada satu karbon, menyebabkan terbentuknya radikal bebas yang
sangat reaktif.
 55/89

Polimer yang dibuat dengan cara adisi

Latihan:

Tuliskan rumus polimer dari setiap monomer di atas.

 56/89

Polimerisasi dengan cara kondensasi

Polimer kondensasi dibuat dengan mengkombinasikan dua tipe monomer yang berbeda. Tipe
polimer ini dikenal juga sebagai kopolimer

· Contoh polimer yang dibuat dengan kondensasi:

- Nilon 6,6 merupakan kopolimer yang dibuat dari kombinasi dua senyawa berkarbon 6
yang berbeda, yaitu: asam adipat dan heksametilen diamin

- PET, poli(etilen tereftalat), yaitu kopolimer yang dibuat dengan mengkombinasikan

dimetil tereptalat dan etilenglikol
 57/89

Sintesis Nilon 6,6

 58/89

Sintesis PET
 59/89

Sifat fisik polimer

Interaksi antar rantai polimer menghasilkan dua tipe padatan polimer: amorf (tidak beraturan)
dan kristalin (beraturan).

· Polietilen bercabang sukar dikemas ke

dalam bentuk yang teratur, sehingga
memiliki densitas rendah, LDPE (low density
polyethylene)

· Polietilen rantai lurus lebih mudah

dikemas ke dalam bentuk padatan teratur
(kristalin), sehingga memiliki densitas
tinggi, HDPE (high density polyethilene)
 60/89

Biomolekul
 61/89

Biomolekul
 62/89

Karbohidrat
· Karbohidrat merupakan biopolimer dengan unit sederhana monosakarida. Oleh karena
itu, karbohidrat juga sering disebut sebagai polisakarida. Contoh monomer:
 63/89

Isomer monosakarida
 64/89

Proyeksi Haworth
Sebagian besar monosakarida dapat membentuk struktur siklik yang stabil.
 65/89

Disakarida
Disakarida adalah karbohidrat yang terdiri dari dua unit monosakarida. Ikatan yang terbentuk
antara dua monosakarida disebut ikatan glikosida.

DISAKARIDA UNIT 1 UNIT 2 IKATAN

Sukrosa Glukosa Fruktosa α(1 → 2)β

Laktulosa Galaktosa Fruktosa β(1 → 4)

Laktosa Galaktosa Glukosa β(1 → 4)

Maltosa Glukosa Glukosa α(1 → 4)

Trehalosa Glukosa Glukosa α(1 → 4)α

Cellobiosa Glukosa Glukosa β(1 → 4)

 66/89

Polisakarida: tepung
Tepung merupakan homopolimer glukosa yang mengandung amilosa (polisakarida linier) dan
amilopektin (polisakarida bercabang). Pada amilosa hanya ada ikatan α(1 → 4) sedangkan
pada amilopektin terdapat ikatan α(1 → 4) dan ikatan α(1 → 6) pada percabangan.
 67/89

Polisakarida: selulosa
Selulosa mirip dengan amilosa, yaitu merupakan homopolimer glukosa rantai lurus, tetapi
monomernya terikat satu sama lain dengan ikatan β(1 → 4)
 68/89

Hidrolisis karbohidrat
Karbohidrat dalam bentuk disakarida maupun polisakarida dapat dihidrolisis menjadi
monosakarida pembentuknya melalui reaksi hidrolisis. Pada mahkluk hidup hidrolisis
dikatalisis dengan enzim.

· sukrosa: Glu−O−Fru + H O −−−−→ Glukosa + Fruktosa

sukrase

· laktosa: Gal−O−Glu + H O −−−−→ Galaktosa + Glukosa

laktose

· amilosa: (Glu)n + nH O −−−−→ nGlukosa

amilase

· selulosa: (Glu)n + nH O −−−−−→ nGlukosa

selulase

2
 69/89

Lipid
Lipid adalah biomolekul yang tidak larut dalam air tetapi larut dalam pelarut nonpolar seperti
dietil eter dan benzena. Contoh lipid: kolesterol, vitamin A, D, E, dan K, triasil gliserol dll.
 70/89

Hidrolisis triasil gliserol

 71/89

Fungsi lipid
1. Sebagai sumber energi

2. Sebagai sumber hormon

3. Sebagai komponen membran sel

 72/89

Protein
Protein adalah biopolimer yang dibangun oleh unit sederhana asam amino. Ada 20 asam
amino standar penyusun protein dengan rumus umum:

Asam amino memiliki gugus karboksilat yang berisfat asam dan gugus amina bersifat basa,
sehingga rumus umum asam amino dalam air adalah dalam bentuk ionik.

Protein terbentuk melalui reaksi kondensasi dua asam amino atau lebih.
 73/89

Asam amino
 74/89

Struktur protein
1. Struktur primer: urutan asam amino

2. Struktur sekunder: struktur 3D yang dibentuk oleh segmen tertentu dari rantai polipeptida.
3. Struktur tersier: struktur 3D keseluruhan protein yang dibentuk dari satu rantai
polipeptida.

4. Struktur kwaterner: struktur 3D protein hasil dari penggabungan beberapa struktur tersier
(sub unit) membentuk struktur gabungan yang fungsional.
 75/89

Struktur primer protein

· Urutan protein dibaca dari ujung amino (ujung N) ke ujung karboksil (ujung C).

· Struktur primer dapat dihidrolisis kembali menjadi asam-asam amino penyusunnya dengan
penambahan asam atau dengan bantuan protease.
 76/89

Struktur sekunder protein

Struktur sekunder dicirikan oleh pola ikatan hidrogen pada ikatan peptida. Ikatan hidrogen
dengan interval yang seragam hanya terjadi pada α-heliks, yaitu antara residu ke-i dan i+4.
 77/89

Struktur tersier

Interaksi penstabil struktur tersier sudah melibatkan gugus pada rantai samping asam amino.
Rantai samping asam amino menstabilkan struktur tersier melalui interaksi non-kovalen
(interaksi van der Waals, Ikatan hidrogen dan ikatan ion) dan ikatan kovalen (ikatan disul da).
 78/89

Struktur kwaterner
Gabungan beberapa struktur tersier akan menghasilkan bentuk ruang yang baru.
 79/89

Fungsi protein
Banyaknya kombinasi asam amino membuat protein memiliki banyak kemungkinan struktur
sehingga dapat memerankan banyak fungsi, antara lain:

1. Biokatalis (enzim): protease, lipase, amilase

2. Antibodi

3. Hormon: insulin
4. Transport: hemoglobin
5. Struktural: kalogen, keratin

Protein bukanlah molekul yang _rigid-, karena

distabilkan oleh interaksi non-kovalen, oleh
karena itu protein seringkali mengalami
perubahan konformasi ketika menjalankan
fungsinya. Contoh pada heksokinase (katalis
fosfatasi pada glukosa):

Latihan
1. Tuliskan struktur yang mungkin dari
tripeptida dimana ketika terhidrolisis
menghasilkan 2 residu Alanin dan 1 residu
Glisin.
2. Perhatikan struktur pentapeptida berikut:
80/89
(a) Bila penta petida dihidrolisis dengan
asam, tuliskan produk hidrolisisnya.
(b) Bila pentapeptida merupakan bagian dari
segmen protein, tentukan tipe interaksi apa
saja yang dapat disumbangkan oleh setiap
rantai samping untuk menstabilkan struktur
tersier protein.
 81/89

Asam nukleat
Asam nukleat merupakian biopolimer yang dibangun dari unit sederhana nukleotida. Ada dua
tipe asam nukleat, yaitu DNA (deoxyribonucleic acid) dan RNA (ribonucleic acid).
 82/89

Monomer asam nukleat

 83/89

Struktur primer asam nukleat

Struktur primer asam nukleat adalah urutan nukleatida yang dibaca dari ujung 5' ke ujung 3'.
 84/89

Struktur DNA

(a) DNA merupakan polimer rantai ganda dengan struktur double helix. (b) Rantai ganda DNA
berorientasi anti paralel. (c) Basa nitrogen saling berpasangan secara komplemen dan
distabilkan dengan ikatan hidrogen.
 85/89

Geometri struktur DNA

· Double helix adalah putar kanan

· Double helix DNA memiliki cekungan

dangkal (minor groove) dan cekungan
dalam (major groove)

· Satu putaran DNA terdiri dari 10 pasang

basa (pb)
· jarak antar basa adalah 0,34 nm sehingga
panjang satu putaran adalah 3,4 nm
 86/89

Latihan
Sampel DNA dengan panjang 150 pb diketahui mengandung Guanin (G) sebanyak 15%,
tentukan:

(A) Komposisi A, G, C, dan T dalam jumlah dari sampel DNA tersebut

(B) tentukan jumlah putaran dalam rantai DNA

(C) panjang geometri dari DNA bila dibentangkan hingga lurus

(D) tentukan jumlah total ikatan hidrogen yang menstabilkan sampel DNA tersebut
 87/89

Fungsi asam nukleat

· Bagian dari DNA yang membawa informasi
genetik disebut gen.

· Informasi pada gen dalam bentuk urutan

kombinasi 4 nukleotida, disalin ke dalam
bentuk mRNA dengan urutan yang
komplemen dengan urutan DNA gen.
· Rantai DNA yang digunakan untuk proses
transkripsi disebut rantai cetakan atau
noncoding strand. Rantai DNA yang
komplemen dengan rantai cetakan disebut
juga sebagai coding strand.

· Urutan mRNA sama dengan urutan pada

coding strand kecuali Timin pada DNA Kode yang terkandung dalam urutan mRNA
diganti dengan Urasil pada mRNA kemudian ditranslasikan ke dalam urutan
asam amino.
 88/89

Latihan
Coding strand suatu fragmen DNA memiliki urutan: 5'-ACGTTCGCAATC-3'

(A) Tentukan urutan rantai cetakan (noncoding strand)

(B) Tentukan urutan mRNA

89/89