BIO-112TP-3-D BIOLOGI MOLEKULER

Pertemuan 5
Rekombinasi DNA

Dosen
Dr. Miftahul Huda Fendiyanto, S.Si., M.Si.
Dr. Rizky Dwi Satrio, S.Si., M.Si.
Dr. rer. nat Mo Awwanah, S.Si., M.Sc.
 Keragaman Hayati dan
Perubahan Struktur Genom
• Keragaman Hayati merupakan cerminan
dari keragaman genetik
• Keragaman Genetik mahluk hidup
merupakan hasil perubahan struktur gen
yang berlangsung melalui banyak generasi
• Perubahan struktur genom berlangsung
melalui dua proses : Rekombinasi dan
mutasi
 REKOMBINASI
• Rekombinasi : penyisipan atau pertukaran
fragmen dari satu kromosom (DNA) ke
kromosom (DNA) lain
• Contoh: Pindah silang antar kromosom
• Rekombinasi terbagi menjadi:
– Rekombinasi Umum / Rekombinasi Homolog
– Rekombinasi Situs Khusus
– Rekombinasi Nirhomolog
Pertukaran & Penyisipan Fragmen

Integrasi l ke
Pindah silang antara dalam kromosom
sepasang kromosom bakteri
homolog
 REKOMBINASI HOMOLOG
• Rekombinasi homolog: pertukaran fragmen
yang terjadi antara dua kromosom atau DNA
homolog
• Rekombinasi dikendalikan oleh enzim-enzim
RecABC
• Enzim RecABC akan mempertukarkan
semua bagian kromosom yang homolog
• Antara dua kromosom yang bukan
pasangan homolog, masih mungkin terjadi
rekombinasi seandainya masih terdapat
fragmen yang homolog (Translokasi)
 Rekombinasi Berjalan Melalui
Pemotongan dan Penyambungan

Hipotesis : pemilihan Hipotesis: Pemotongan

salinan dan penyambungan

Mempersyaratkan Tidak perlu replikasi

replikasi
 Rekombinasi Berjalan Melalui
Pemotongan dan Penyambungan

Hipotesis : pemilihan Hipotesis: Pemotongan

salinan dan penyambungan

Mempersyaratkan Tidak perlu replikasi

replikasi
Rekombinasi Homolog Berjalan
secara resiprok
Rekombinasi Homolog Berjalan
secara resiprok
Susunan askospora N.crassa
menunjukan migrasi kromosom
Susunan askospora memperlihatkan
keresiprokan rekombnasi
 Model Rekombinasi

• Model Holiday
• Model Masselson dan Radding
• Model Pemotongan dan Pemilihan Utas
ganda
Model Holiday
Sistem Enzim pada Rekombinasi
Homolog
• RecBC membuat potongan nick dan
menghasilkan utas tunggal
• RecA mempertukarkan pasangan utas
tunggal hasil pemotongan RecBC dengan
dengan utasan DNA homolognya
 REKOMBINASI SITUS KHUSUS
• Rekombinasi situs khusus adalah rekombinasi
yang terjadi bukan antara kromosom homolog
• Rekombinasi masih memerlukan situs khusus
yang homolog
• Contoh rekombinasi situs khusus
– Integrasi dan De-integrasi Fage l
– Integrasi Plasmid F ke dalam Kromosom E. coli
– Delesi dan Inversi
Integrasi dan Deintegrasi l
Integrasi l ke dalam
l kromosom E.coli
POP’
berlangsung dalam
siklus lisogenik
Berlangsung
BOB’
melalui rekombinasi
pada situs khusus

l
BOP’ POB’
Proses Integrasi dan De-integrasi l
dikatalisis oleh enzim integrase
Integrasi mempersyaratkan adanya molekul
Integrase akan
sirkular
mengenali situs
Rekombinasi pada situs
POP’ POP’
khusus dan BOB’
menghasilkan
danterintegrasi
adanya dua situs mengapit ruas melakukan
Integrase rekombinasi

BOB’
BOP’ l POB’
 Situs Pengintegrasian l
P O P’
-----------TTCAGCTTTTTTATACTAAGTTG----------
---------AAGTCGAAAAAATATGATTCAAC---------
-----------GCCTGCTTTTTTATACTAACTTG----------
---------CGGACGAAAAAATATGATTGAAC--------
B O B’
B P’
--GCCTGCTTTTTTATACTAAGTTG------------------
--CGGACGAAAAAATATGATTCAAC----------------
-----------------GCCTGCTTTTTTATACTAACTTG---
---------------CGGACGAAAAAATATGATTGAAC--
P O B’
 Integrasi Plasmid F Ke dalam
Kromosom Bakteri
Integrasi
berlangsung
saat Plasmid F
pembentukan Kromosom
Hfr bakteri

Berlangsung
pada situs
khusus Situs khusus
 Proses integrasi
plasmid F ke dalam
kromosom

l
Situs integrasi Kromosom
 DELESI & INVERSI
• Rekombinasi mungkin terjadi pada dua situs
yang terdapat pada satu kromosom yang sama
• Kedua situs tersebut homolog satu terhadap
yang lain
• Rekombinasi seperti ini dapat menyebabkan
terjadinya DELESI atau INVERSI
–Delesi=suatu fragmen hilang dari kromosom
–Inversi=suatu fragmen berbalik arah dalam
kromosom
• Merupakan penyimpangan rekombinasi
homolog (recABC), atau terprogram
DELESI: kehilangan suatu fragmen

Terjadi akibat pindah-

silang antara dua situs
dengan urutan basa
Fragmen yang searah pada satu
hilang kromosom

Kromosom terdelesi
 PROSES DELESI

Terjadi perpasangan situs homolog yang diikuti

pindah silang
Menghasilkan satu DNA
sirkular yang terlepas
dari kromosom
 INVERSI

Inversi: merupakan hasil pindah-silang antara

dua situs homolog yang mempunyai urutan
basa yang berlawanan
Dihasilkan:terbaliknya arah ruas kromosom
yang diapit oleh kedua situs homolog

Inversi dapat terjadi akibat penyimpangan

rekombinasi umum, atau terjadi sebagai
proses regulasi seperti pada Salmonella
thypimurium
 Proses INVERSI

1 Perpasangan 2 Pindah silang

situs homolog antar situs
 Proses INVERSI

1 Perpasangan 2 Pindah silang

situs homolog antar situs

3 Pemutaran arah ruas antara

dua situs homolog
REKOMBINASI NIRHOMOLOG
(Elemen Loncat)
• Rekombinasi ini tidak memerlukan
kehomologan antara situs yang
berekombinasi
• Tidak terdapat keresiprokan
• Akibat rekombinasi ini akan terjadi
perpindahan lokasi fragmen pada DNA
• Dikendalikan oleh enzim khusus
(Transposase)
• Enzim mengenali situs -situs elemen loncat
dan situs sasaran perpindahan elemen
Elemen loncat: Akan meninggalkan lokasi
awal dan menyisip pada situs sasaran
DNA Donor

Enzim Transposase Ruas

akan mengenali situs pengapit
penanda dan
memindahkan elemen
ke situs sasaran

Situs sasaran
DNA penerima
Elemen loncat: Akan meninggalkan lokasi
awal dan menyisip pada situs sasaran
DNA Donor

Enzim Transposase Ruas

akan mengenali situs pengapit
penanda dan
memindahkan elemen
ke situs sasaran

Situs sasaran
DNA penerima
 Contoh : Penyisipan IS1 pada gen lak-i

--ACGAT GTCGCAGAG TATGC---

-TGCTA CAGCGTCTC ATACG---

IS1

ACGATGTCGCAGAG GTCGCAGAGTATGC-
TGCTACAGCGTCTC IS1 CAGCGTCTCATACG
 Ruas pengapit, Ruas sisipan, Transposon
Elemen loncat diapit oleh ruas pengapit yang
akan dikenali oleh enzim transposase
Ruas pengapit tersusun oleh ruas ulang terbalik
Enzim transposase disandikan oleh gen trp
Ruas sisipan: elemen loncat kecil yang hanya
membawa gen trp
Transposon : elemen loncat besar yang selain
membawa gen trp juga mengandung gen lain

trp
trp gen-x
Contoh Ruas Sisipan pada Bakteri
Nama # Eksemplar Ukuran/pb Pengapit
IS1 4-10 krom E.coliK12 768 20/23
IS2 4-13 kromE.coliK12, 1F 1327 32/41
IS3 5-6 kromE.coliK12, 2 F 1400 32/38
IS4 1-2 kromE.coliK12 1426 16/18
IS5 10-11 krom E.coli 1250 -
g-d 1-3 krom E.coliK12, 1 F 5700 35/35
IS101 plasmid pSC101 201 31/37
IS903 R6, IS903 pada Tn903 1397 17/22
 Contoh Transposon prokariot
Nama Gen Penanda Ukuran/kb Pengapit
Tn3 Ampisilin 4,957 38/38
Tn4 Ampisilin,streptomisin, 20.5 pendek
sulonamid
Tn5 Kanamisin 5.4 1500
Tn7 Trimetofrin,stretomisin 14.0 -
Tn9 Khloramfenikol 2.63 18/23
Tn10 Tetrasiklin 9.3 1400
Tn501 Ion-ion merkuri 8.2 35/38
Tn551 Eritromisin 5.3 35/35
 IS1(768) IS3(1400)

IR(20) trp IR(20) IR(32) trp IR(32)

Tn10
IS3(1400) 6500 IS3(1400)
Tn5
IR(1500) 2400 IR(1500)

Tn2
Contoh IR(140) 4250 IR(140)
elemen Tn9
loncat 1100 IS1(768)
IS1(768)
 Sifat Transposase
Akan memindahkan ruas antara ruas pengapit
Mengenali satu ruas sasaran (Tn7), atau banyak
sasaran (Tn5)
trp trp

trp di antara pengapit trp di luar pengapit

 Mekanisme
Rekombinasi Nirhomolog

1 Melibatkan replikasi : akan terjadi penggandaan

elemen loncat sebelum perpindahanelemen;
sehingga pada DNA donor akan tetap ada
elemen loncat
2 Tidak melibatkan replikasi : tidak terjadi
penggandaan, sehingga akibat lompatan
elemen DNA donor akan kehilangan elemen
loncat
 Dua jenis proses transposisi

Transposase Transposase

Polimerase DNA,Resolvase Pemotongan, Polimerase

Ligase DNA, Ligase
Transposisi melibatkan Transposisi tidak
replikasi melibatkan replikasi
 Teknologi DNA Rekombinan
• Teknologi DNA rekombinan adalah teknik
rekombinasi buatan dari beberapa molekul
DNA; misal plasmid bakteri disisipi DNA
tumbuhan atau hewan
• Teknik ini digunakan untuk pengklonan gen,
dalam usaha analisis atau rekayasa genetik
• Teknik ini terdiri dari isolasi gen dari DNA
donor, menyisipkannya ke dalam vektor
pembawa seperti plasmid, dan memasukan
vektor rekombinan kedalam sel
 Terimakasih

Daftar Pustaka

Bruce Alberts. 2010, Molecular Biology of the Cell.

Suharsono S, Suharsono UW. Bahan Ajar Genetika
Molekuler, Biologi IPB