LAPORAN

PRAKTIKUM BIOKIMIA

Dosen Pengampu :

Desi Purwaningsih,S.Pd.,M.Si

Nama Anggota Kelompok :

1. KornelesFredySewta (25195877A)
2. Gabriel Davin N.N. (25195878A)
3. Fanticadinda P.A (25195879A)
4. Ni Putu Yunia Krisna Y (25195880A)

PRODI S1 FARMASI

FAKULTAS FARMASI

UNIVERSITAS SETIA BUDI

SURAKARTA

2020
 I. JUDUL
ISOLASI DNA TANAMAN

II. TUJUAN
Tujuannya untuk mengetahui cara memisahkan (mengisolasiDNA dari beberapa
jenis sayurann buah dan dauntanaman hias yang dijadikan sebagai sampel serta untuk
mengetahui keaktifan detergen dalam proses isolasi DNA pada sampel tersebut .

III. LATAR BELAKANG

Deoxyribonucleic acid atau DNA merupakan senyawa kimia yang paling penting
dalam makhluk hidup.DNA merupakan senyawa yang mengandung informasi genetik
makhluk hidup dari satu generasi ke generasi selanjutnya. Keseluruhan DNA dalam suatu
sel akan membentuk genom. Genom meliputi bagian gen yang fungsional maupun non-
fungsional dalam sel organisme. DNA genom meliputi gen danintergen (Suryo,
2004).          
DNA adalah asam nukleat yang mengandung materi genetik dan berfungsi untuk
mengatur perkembangan biologis seluruh bentuk kehidupan secara seluler. DNA terdapat
pada nukleus, mitikondria, dan kloroplas. Perbedaan ketiganya adalah DNA nukleus
berbentuk linier dan berasosiasi sangat erat dengan protein histon, sedangkan DNA
mitokondria dan kloroplas berbentuk sirkular dan tidak berasosiasi dengan protein histon.
Selain itu DNA mitokondria dan kloroplas memiliki ciri khas, yaitu hanya mewariskan
sifat-sifat yang berasal dari garis ibu. Sedangkan DNA nukleus memiliki pola pewarisan
sifat dari kedua orangtua. Dilihat dari organismenya, struktur DNA prokariot tidak
memiliki protein histon dan berbentuk sirkular, sedangkan DNA eukariot berbentuk linier
dan memiliki protein histon (Kirsman, 2010).
Isolasi DNA merupakan langkah mempelajari DNA. Salah satu prinsipisolasi
DNA yaitu dengan sentrifugasi. Sentrifugasi merupakan teknik untukmemisahkan
campuran berdasarkan berat molekul komponennya. Molekul yang mempunyai berat
molekul besar akan berada di bagian bawah tabung dan molekul ringan akan berada pada
bagian atas tabung . Hasil sentrifugasi akan menunjukkan dua macam fraksi yang
 terpisah, yaitu supernatan pada bagian atas dan pelet pada bagian bawah (Rachmat,
2012).
IV. Alat dan Bahan

Alat Bahan
Gelas Beker 100ml Sayur/Buah
Mortar dan Pestle Detergent bubuk
Saringan Garam meja
Pengaduk Ethanol 70%
Sendok takar 5ml Aquades
Pipet
Tissue

V. Cara Kerja

Masuk dan campurkan garam meja dan detergen bubuk ke dalam beaker glass yang kira-kira
berisi 100 ml air, aduk hingga larut merata.

Tumbuk dua kuntum sayuran/buah menggunakan mortar dan pestle.

Tuangkan 100 mi larutan detergent garam meja ke sayuran tersebut dan tunggu 10- 15 menit

Saring menggunakan saringan teh.

 Tambahkan ethanol 70% dalam kondisi perlahan-lahan. (volume hasil penyaringan yg digunakan
minimal 2 sdm).

Tunggu beberapa saat dan perhatikan dua lapisan yang terbentuk dalam beaker glass.

Ambil lapisan yang melayang menggunakan pengaduk.

VI. Hasil Pengamatan

NIM Nama Sampel Hasil Keterangan

Mahasiswa
25195877 Korneles Fredy Daun Sawi Hijau Terdapat dua warna
A Sewta (Brassica hijau muda kemudian
rapavar.parachin warna hijau tua dibagian
ensis) paling bawah.
1
2
Kumpulan DNA terlihat
menggumpal.
3 4
Ket :
1. Kumpulan DNA
2. Alkohol
3. Ekstraksi sampel
4. Presipitasi sampel
25195878 Gabriel Davin Daun Brokoli Memiliki perbedaan
A Nicholas Nobel (Brassica warna yang berlapis dari
2 1
oleracea var. hijau kekuningan
italica) kemudian putih.
Kumpulan DNA terlihat
seperti awan.
Ket :
1. Kumpulan DNA
2. Alkohol
3. Ekstrak sampel
3 4 4. Presipitasi sampel
25195879 Fanticadinda P A Buah Strawberry Untuk buah strawberry
A (Fragaria) ini hampir tidak
2
memiliki perbedan
1 warna yang jelas.
Kumpulan DNA terlihat
seperti busa.
Ket :
3 1. Kumpulan DNA
2. Alkohol
4
3. Ekstrak sampel
4. Presipitasi sampel

25195880 Ni Putu Yunia Wortel Memiliki perbedaan

A Krisna Y (Daucus carota) warna yang berbeda
serta terdapat endapan
1 2
dibagian bawah.
Kumpulan DNA terlihat
menggumpal.
Ket :
1. Kumpulan DNA
2. Alkohol
3. Ekstrak sampel
4
3 4. Presipitasi sampel

VII. PEMBAHASAN

 
Pada praktikum isolasi DNA tumbuhan kali ini, langkah pertama yang dilakukan adalah
dengan menghancurkan sampel yang akan diuji dengan alat penghancur atau mortal dan
ditambahkan dengan garam. Penghancuran bertujuan untuk merusak jaringan yang ada pada
selsehingga mempermudah bahan-bahan kimia lain yang akan digunakan untuk masuk ke
dalamorganel-organel sel dalam hal ini targetnya adalah inti sel (untuk mengambil DNA nya.
Dibantu dengan tambahan garam yang membuat kondisi air menjadi hipertonis sehingga
mempermudahlisisnya dinding sel.

Kemudian larutan yang didapat ditambahkan dengan 4 sendok teh sabun deterjen bubuk, 2
sendok teh garam, dan ditambah ethanol 70 % . Sabun deterjen ini berfungsi untuk melisis
dinding sel tumbuhan yang terdapat dalam larutan sampel. Ini disebabkan karena sifat dari
sabun deterjensama dengan sifat dinding sel yang hidrofobik. sehingga terjadi ikatan diantara
keduanya dan menyebabkan dinding sel rusak.
 Pada proses lisis dengan menggunakan detergen, sering digunakan sodium dodecyl
sulphate (SDS) sebagai tahap pelisisan membran sel. Detergen tersebut selain berperan dalam
melisiskan membran sel juga dapat berperan dalam mengurangi aktivitas enzim nuklease yang
merupakan enzim pendegradasi DNA. Penggerusan yang dilakukan sebaiknya menggunakan
pastle dingin untuk mengefisienkan lisisnya sel tanpa adanya kejutan temperatur yang dapat
merusak DNA. Penggerusan yang dilakukan juga tidak boleh terlalu keras karena dapat
merusak DNA.

Jadi di sini, detergen memiliki beberapa peranan, yaitu membantu rusaknya membran pada
saat penggerusan atau pada saat bahan diblender, detergen ini juga akan berikatan dengan
muatan positif protein kromosomal sehingga DNA akan dilepaskan ke dalam larutan dan
EDTA pada detergen akan segera menonaktifkan DNAse.

NaCl atau garam ini dibutuhkan untuk menjaga struktur molekul DNA dan mengurangi
jumlah air yang ada pada fase fenol, dan memfasilitasi deproteinisasi. NaCl berfungsi untuk
menjaga asam nukleat tetap berada pada Pengembangan Teknik Isolasi DNA medium
isotonik. Konsentrasi garam ini diperlukan untuk menjaga struktur molekul DNA.

Garam ini sangat bermanfaat ketika protein yang terdapat pada membran sel bertemu
dengan detergen. Muatan negativ dari DNA secara alami akan berikatan dengan muatan
positif dari protein pada membran sel. Ini merupakan salah satu masalah karena tujuan kita
adalah mengisolasi DNA.

Garam yang ditambahkan ini akan meminimalkan daya ikatan antara DNA dan protein
dengan merusak keseimbangan muatan negativ dan positif antara keduanya. Dengan demikian
DNA akan lebih mudah dipisahkan . Garam akan berikatan dengan gugus fosfat DNA yang
bermuatan negativ yang dapat membantu DNA mengendap pada saat pemberian ethanol
absolute dingin.

Faktor yang sering dialami saat isolasi DNA ini Proses pengeluaran DNA dari nukleus,
mitokondria maupun organel lain dengan diekstrasi/dilisiskan biasanya dilakukan dengan
homogenasi yaitu dengan penambahan bufer ekstrasi / bufer lisis untuk mencegah DNA
rusak. Senyawa yang biasa digunakan untuk memaksimalkan hasil isolat DNA yang murni
ditambahkan fenol, kloroform, dan isoamil alkohol. Proses selanjutnya adalah pemisahan
DNA dari komponen sel yang lain, kontaminan yang tidak diinginkan, termasuk debris sel
dapat dilakukan sentrifugasi.
 Selama proses ekstraksi DNA, beberapa hal yang dapat terjadi adalah :

– DNA patah-patah selama proses isolasi

– DNA terdegradasi oleh enzim nuklease

– Terjadi kontaminasi oleh polisakarida

– Metabolit sekunder ikut terisolasi

Proses denaturasi dan renaturasi DNA tergantung pada banyak faktor, yaitu :

1. Suhu. suhu leleh (melting temperature, Tm) yang tinggi menyebabkan untai ganda DNA

akan terurai menjadi tunggal, tetapi bila suhu diturunkan perlahan, maka akan terjadi

renaturasi menjadi untai heliks ganda DNA seperti semula.

2. Derajat keasaman (pH) yang ekstrim (pH <3 atau pH>10) dapat menyebabkan DNA

terdenaturasi

3. Konsentrasi isoelektrolit seperti Na+ dan K pada larutan ekstraksi yang digunakan.

4. perbandingan antara basa nukleotida GC terhadap AT. Tingginya kandungan GC akan

memperlambat proses denaturasi molekul DNA. Sebaliknya, kandungan AT yang

tinggi akan menyebabkan pita DNA mudah putus / patah.

VIII. PERTANYAAN

Apakah manusia mengkonsumsi DNA tiap hari ? (apa, mengapa, kapan, dimana, bagaimana). Dan
Apakah semua makhluk hidup memiliki DNA? (1 lembar)
 DNA adalah asam nukleat yang mengandung materi genetik dan berfungsi untuk mengatur
perkembangan biologis seluruh bentuk kehidupan secara seluler. DNA terdapat pada nukleus,
mitikondria, dan kloroplas. DNA dapat dijumpai di semua makhluk hidup.
Manusia dikatakan menkonsumsi DNA tiap hari dikarenakan makanan yang dimakan oleh
manusia pasti berasal dari hewani atau nabati. Dimana tiap makhluk hidup baik hewani atau
nabati memiliki DNA yang menjadi ciri khas dari masing-masing dan DNA ini juga
merupakan salah satu asam nukleat yang bersamaan dengan protein dan karbohidrat.
Para ahli kesehatan menyarankan agar kita harus banyak mengonsumsi buah dan sayuran
untuk menjaga keseimbangan dan daya tahan tubuh. Itu salah satu alasan mengapa manusia
memgkonsumsi DNA ( sayuran dan buahan ). Adapun manfaat dari mengkonsumsi sayur dan
buah (yang didalamnya ada DNA) :
1.Meningkatkan daya ingat
Makan banyak buah dan sayur menhindari Anda dari rasa lupa dan meningkatkan daya
ingat serta konsentrasi dalam berpikir. Makan buah juga dapat meningkatkan memori
dan bagus bagi kesehatan otak.
2.Meningkatkan sistem kekebalan tubuh
Sistem kekebalan tubuh akan berperan aktif dalam melindungi Anda dari pelbagai
penyakit serius. Pastikan untuk menambahkan buah yang kaya vitamin C untuk
meningkatkan kekebalan tubuh Anda.
3. Mengatur kadar kolesterol
Makan buah dan sayuran dapat mengatur kada kolesterol dalam tubuh Anda, karena
buah dan sayur tidak mengandung kolesterol jahat.
4. Mengandung banyak vitamin dan Energi
DNA dimiliki oleh semua mahkluk hidup . Keberadaan DNA tersebut yang membedakan
jenis makhluk, species, suku, atau keturunan tertentu dengan lainnya. Mengapa bayi yang
dikandung seorang ibu tidak menjadi kucing, karena adanya perintah genetik dari DNA. Atau
mengapa orangtua yang berkulit hitam, cenderung stabil menghasilkan anak yang berkulit
hitam juga karena penjaga keturunan yang bernama DNA. Adanya cetak-biru DNA akan
menjaga kelestarian jenis makhluk, species, suku, dan keturunan tertentu. Tubuh manusia
diperkirakan memiliki sekitar 100 triyun sel, dan di dalam inti setiap sel terdapat 23 pasang
kromosom yang disusun oleh 3 milyar asam nukleat.
 IX. KESIMPULAN

Berdasarkan praktikum yang telah dilakukan , dapat kami simpulkan bahwa praktikum
isolasi DNA tanaman sawi hijau, strawberry, wortel dan brokoli dengan cara pengahancuran
(lisis) , ekstraksi atau pemisahan DNA dari bahan padat seperti dinding sel, membrane sel,
membrane sel dan protein , serta dapat melakukan pemurnian DNA .

X. DAFTAR PUSTAKA
1. Donata. 2007. Komunikasipribadi. Ciri-ciri DNA
murnidanpenyebabkeberhasilansertakegagalandalam PCR
danelektroforesis.Erlangga. Jakarta.
2. Doyle J.J and Doyle J.L. 1990.  Isolation of plant DNA from fresh tissue. Focus.
Moscow. 12(1):13-15.
3. Farrel, R.E. 2004. RNA Methodologies: A Laboratory Guide for Isolation and
Characterization. Third Edition. Elsevier Academis Press. London. Hal.
693-705.
4. Heldt, H. W. 2005. Plant Biochemistry. Third Edition. Elsevier Academic Press.
California. Hal. 491Doyle JJ, Doyle JL. 1990. Isolation of plant DNA from fresh
tissue. Focus. 12: 13-15.
5. Muladno. (2002). SeputarTeknologiRekayasaGenetika. PusatakaWirausahaMuda.
Bogor
6. Pharmawati, M.2009. Optimalisasiekstraksi DNA dan PCR-RAPD padagrevillea spp.
(Proteaceae). JurnalBiologi13(1): 12-16.
7. Ribeiro RA, Lovato MB. 2007. Comparative analysis of different DNA extraction
protocols in fresh and herbarium specimens of the genus Dalbergia. Genet. Mol.
Res. 6: 173-187.Yuwono, Triwibowo. 2008. BiologiMolekuler. Jakarta :PenerbitErlangga
8. Zubaidah. 2004. Isolasidankarakterisasi Gen Perbaikan DNA
BarupadaBakteriRadioresistenDeinococcusradiodurans. Prosiding Seminar
NasionalSainsdanTeknikNuklir. Bandung