Masalah yang dihadapi

1. Keterlibatan masyarakat dalam memelihara dan menjaga kebersihan di daerah Danau

Toba masih sangat kurang karena masih sangat banyak masyarakat yang membuang
sampah dengan sembarangan ke Danau Toba.
2. Beberapa perusahaan yang berada di daerah Danau Toba masih membuang limbahnya
ke Danau Toba sehingga menyebabkan pencemaran air.
3. Pemeliharaan keramba jaring apung semakin banyak di Danau Toba dan tentu ini
memberi dampak bagi kebersihan Danau Toba dikarenakan penggunaan pakan ikan
(pelet) yang mengandung bahan kimia dan tentu merusak lingkungan air di danau
toba. kegiatan budi daya ikan ternyata menghasilkan limbah organik yang tinggi dan
pada akhirnya akan menghasilkan proses nitrifikasi,
4. kehilangan kawasan hutan sehingga mengakibatkan longsor.
5. Masih Kurangnya budaya hospitality masyarakat ketika menghadapi para wisatawan.
6. ketersediaan infrastruktur seperti jalan di daerah yang berada di sekeliling danau toba
masih kurang.
7. kondisi perairan Danau Toba yang telah mengalami pencemaran, sehingga kualitas air
danau menurun, kemudian lahan yang kritis hingga sangat kritis sudah mencapai lebih
dari 65 persen dari luas daerah tangkapan air (DTA) (mencapai 133.351,83 Ha).
Selain itu terdapat ikan endemik yang terancam punah.