Menurut ahli biokimia, fermentasi adalah proses pembentukan ATP yaitu komponen
organik yang bertindak sebagai donor dan penerima elektron. Populernya makanan
fermentasi menjadi perhatian sehingga banyak penelitian yang dilakukan. Kemampuannya
dalam meningkatkan dan memperbaiki umur simpan, nilai gizi, efek kesehatan, dan
sensoris menjadikan makanan fermentasi menarik untuk diteliti. Produk fermentasi susu
yang difermentasi oleh bakteri asam laktat Lactobacillus helveticus diperkirakan mampu
menurunkan tekanan darah.
Bakteri asam laktat merupakan kelompok gram positif, tidak membentuk spora,
bakteri aerotolerant (secara filogenetik termasuk dalam filum Firmicutes dan order
Lactobacillales). Bakteri tersebut banyak digunakan dalam fermentasi makanan dan
memberikan peran penting dalam memfermentasi produk dairy, sereal, daging, dan produk
sayuran. Di samping bakteri asam laktat, beberapa spesies Bacillus berperan dalam
memfermentasi bahan makanan tertentu, contohnya Bacillus subtilis digunakan dalam
memfermentasi kacang kedelai yang menghasilkan natto, dan bakteri asam asetat
digunakan dalam pembuatan cuka. Selain itu, Staphylococcus, Enterococcus,
Brevibacterium, dan Propionibacterium juga memiliki peran pendukung dalam
memfermentasi sosis dan keju. Pada fermentasi kubis atau sayuran hijau lainnya
mikroorganisme yang berperan adalah Leuconostoc mesenteroides diikuti
spesies Lactiplantibacillus, dan Levilactobacillus brevis yang menghasilkan sauerkraut (berasal
dari Eropa dan Amerika Utara), kimchi (berasal dari Korea), suan-cai (berasal dari China)
atau sinki (berasal dari Nepal). Pada kelompok fungi, yeast yang menghasilkan alkohol,
biasanya Saccharomyces, digunakan dalam pembuatan roti, bir, wine, dan fermentasi
alkohol lainnya. Kelompok jamur lain seperti Penicillium, Aspergillus, dan Rhizopus mampu
memfermentasi dairy, daging, dan produk kedelai dan juga strain yang memproduksi
proteinase, lipase dan amilase.
Faktor keamanan pada produk pangan menjadi hal utama yang perlu diperhatikan karena
menyangkut kesehatan konsumen. Proses fermentasi mampu meningkatkan dan
memperbaiki keamanan pada produk pangan. Produk fermentasi yang mengandung asam
organik cukup tinggi (>100mM), aktifitas air yang rendah, garam, nitrit, dan komponen
antimikrobial lain cenderung memiliki jangka waktu keamanan yang panjang. Selain itu
juga, produk minuman yang mengandung alkohol sebanyak 4% atau lebih dengan pH
kurang dari 4,5 aman secara mikrobiologis. Produk fermentasi memiliki tingkat keamaan
yang cukup tinggi karena berapa BAL (baik indigenous maupun ditambah sebagai starter)
mampu menghasilkan komponen anti microbial seperti bakteriosin yang mampu
menghambat bakteri yang tidak diinginkan seperti Listeria, Clostridium, dan Staphhylococcus.
Bakteri yang tidak diinginkan ini yang dapat menyebabkan kontaminasi pada produk
sehingga merusak kualitasnya. Selain itu, BAL mampu memproduksi komponen anti
mikrobia antara lain:
Asam asetat memiliki kemampuan lebih tinggi dalam menghambat yeast, mold, dan bakteri
disbanding asam laktat
2. Hydrogen peroksida
Hidrogen peroksida terbentuk selama proses fermentasi asam laktat mampu menghambat
pertumbuhan beberapa mikroorganisme
3. Karbondioksida
4. Diasetil
Diasetil berperan dalam memberi aroma dan flavor butter dan beberapa produk fermentasi
susu
5. Reuterin
Reuterin memiliki sifat antimikrobia yang mampu melawan virus, fungi, dan protozoa
6. Bakteriosin
Produk pangan fermentasi juga mampu meningkatkan keamanan pangan dan nilai gizi
dengan cara menghilangkan toksin atau zat anti gizi pada bahan. Beberapa bahan pangan
mengandung komponen yang beracun dan harus dihilangkan. Pada singkong mentah yang
pahit mengandung toksin cyanogenic glycoside yang harus dihilangkan melalui proses
fermentasi, perendaman dengan air (untuk melarutkan toksin), atau metode lain untuk
mencegah racun tersebut dikonsumsi. Sourdough yang terbuat dari gandum mengandung
fitat yang merupakan zat anti gizi yang dapat mengganggu reabsorpsi. Dengan fermentasi,
fitat direduksi sehingga mampu meningkatkan kalsium, magnesium, besi, dan zinc dalam
roti. Produk fermentasi sourdough cocok untuk gluten intoleran dan penderita irritable
bowel syndrome karena fermentasi sourdough mampu mengurangi konsentrasi protein
imun, termasuk inhibitor amilase-tripsin.
Cemaran pathogen menjadi ancaman bagi suatu produk pangan karena mempengaruhi
keamanan dalam suatu produk pangan. Mikroorganisme pathogen mampu menghasilkan
toksin dan metabolit yang berbahaya jika dikonsumsi. Akan tetapi produk pangan yang
difermentasi oleh BAL, yeast, dan mold tidak menghasilkan toksin maupun metabolit
berbahaya dan bersifat non-patogen. Hal yang perlu diperhatikan saat membuat pangan
fermentasi adalah bahan-bahan yang digunakan harus aman . Meskipun demikian,
beberapa keju dan pangan fermentasi dengan asam rendah berpeluang untuk
terkontaminasi oleh Listeria monocytogenes, Salmonella, Clostridium
botulinum atau foodborne pathogen yang lain. Walaupun tidak memiliki efek secara
langsung bagi tubuh, beberapa mikroorganisme (termasuk Lactobacillaceae
seperti Enterococcus dan Staphylococcus) berkaitan dengan keju long-ripened, sosis, dan
pangan fermentasi lainnya mampu membawa gen rersistensi antibiotik.
Proses fermentasi terjadi karena adanya peran dari mikroorganisme bakteri, yeast, ataupun
mold. Mikroorganisme yang berperan untuk memfermentasi tiap bahan pangan berbeda.
Contohnya bakteri asam laktat Streptococcus thermophilus berperan dalam fermentasi susu
menjadi yogurt, yeast Saccharomycesdalam fermentasi roti, dan mold Rhizopus
oligosporusdalam pembuatan tempe. Selama proses fermentasi, dihasilkan komponen yang
dapat melawan pathogen maupun senyawa yang dapat menghilangkan senyawa yang tidak
diinginkan. Makanan fermentasi memiliki banyak manfaat kesehatan terutama dalam
meningkatkan keberagaman mikroflora pencernaan. Selain itu, fermentasi mampu
memperbaiki nilai gizi dan menjadi metode pengawetan makanan yang mudah karena
terjadi secara spontan.