Mikroorganisme atau mikroba adalah organisme hidup yang berukuran sangat kecil dan

hanya bisa diamati dengan bantuan mikroskop. Mikroorganisme ada yang tersusun dari satu
sel (uniseluler) dan ada yang tersusun atas beberapa sel (multiseluler). Walaupun organisme
uniseluler hanya tersusun atas satu sel, mikroorgnisme tersebut menunjukkan semua
karakteristik organisme hidup, yaitu bermetabolisme, bereproduksi, berdiferensiasi,
melakukan komunikasi, melakukan pergerakan, dan berevolusi.

Organisme yang termasuk ke dalam golongan mikroorganisme adalah bakteri, archaea, fungi,
protozoa, alga mikroskopis, dan virus. Bakteri, virus, dan archaea termasuk ke dalam
golongan prokariot, sedangkan fungi, protozoa, dan alga mikroskopis termasuk ke dalam
golongan eukariot.

Mikroorganisme terdapat di mana-mana. Interaksinya bersama mikroorganisme atau dengan

organisme lain dapat berlangsung dengan cara aman dan menguntungkan, maupun
merugikan. Mikroorganisme juga sering diasosiasikan dengan penyakit-penyakit infeksi atau
pembusukan makanan. Namun, mayoritas mikroorganisme justru memberikan kontribusi
bagi keseimbangan ekosistem lingkungan hidup, khususnya bagi kesejahteraan umat
manusia.

Sebagian kecil mikroorganisme bersifat patogen. Mikroorganisme alami yang hidup di dalam
tubuh manusia disebut mikroorganisme normal atau flora normal. Meskipun flora normal ini
tidak patogen, dalam keadaan tertentu, ia bisa menjadi patogen dan menimbulkan penyakit
infeksi
Jenis-jenis Mikroorganisme

Mikroorganisme patogenik adalah mikroorganisme yang dapat menyebabkan penyakit pada

inangnya. Dalam hal ini, inang yang kita bahas adalah manusia. Kontaminasi
mikroorganisme patogenik maupun toksin yang dihasilkannnya pada produk hasil pertanian
dapat menyebabkan foodborne disease atau penyakit terbawa pangan jika produk tersebut
dikonsumsi oleh manusia.

Fermentasi merupakan metode pengolahan makanan paling tua di dunia. Makanan

fermentasi telah ada sejak 6000 tahun sebelum masehi. Produk fermentasi pertama kali
ditemukan di India yaitu fermentasi susu yang menghasilkan Dahi (curd). Kemudian muncul
fermentasi keju, wine, roti, sosis, bir, sauerkraut, yogurt, dan sebagainya. Untuk tiap produk,
mikroorganisme yang berperan dalam memfermentasi berbeda-beda. Hal ini tergantung dari
keberagaman microflora pada tiap daerah yang berbeda-beda. Di Indonesia sendiri juga
terdapat berbagai macam makanan fermentasi antara lain brem, asinan sayur dan buah, dadih,
tempe, oncom, tape, tempoyak, dan sebagainya.

Menurut ahli biokimia, fermentasi adalah proses pembentukan ATP yaitu komponen organik
yang bertindak sebagai donor dan penerima elektron. Populernya makanan fermentasi
menjadi perhatian sehingga banyak penelitian yang dilakukan. Kemampuannya dalam
meningkatkan dan memperbaiki umur simpan, nilai gizi, efek kesehatan, dan sensoris
menjadikan makanan fermentasi menarik untuk diteliti. Produk fermentasi susu yang
difermentasi oleh bakteri asam laktat Lactobacillus helveticus diperkirakan mampu
menurunkan tekanan darah.

Untuk memfermentasi makanan dibutuhkan mikroorganisme yang berperan dalam memecah

komponen organik pada bahan. Mikroorganisme yang biasa digunakan adalah bakteri asam
laktat (BAL), bakteri asam asetat (BAA), bakteri bacilli atau yang lain, yeast, atau jamur
berfilamen. Mikroorganisme-mikroorganisme tersebut pertama kali diisolasi dan
dikarakterisasi oleh Pasteur, Lister, dan ahli mikrobiologi lain.

Bakteri asam laktat merupakan kelompok gram positif, tidak membentuk spora,
bakteri aerotolerant (secara filogenetik termasuk dalam filum Firmicutes dan order
Lactobacillales). Bakteri tersebut banyak digunakan dalam fermentasi makanan dan
memberikan peran penting dalam memfermentasi produk dairy, sereal, daging, dan produk
sayuran. Di samping bakteri asam laktat, beberapa spesies Bacillus berperan dalam
memfermentasi bahan makanan tertentu, contohnya Bacillus subtilis digunakan dalam
memfermentasi kacang kedelai yang menghasilkan natto, dan bakteri asam asetat digunakan
dalam pembuatan cuka. Selain itu, Staphylococcus, Enterococcus,
Brevibacterium, dan Propionibacterium juga memiliki peran pendukung dalam
memfermentasi sosis dan keju. Pada fermentasi kubis atau sayuran hijau lainnya
mikroorganisme yang berperan adalah Leuconostoc mesenteroides diikuti
spesies Lactiplantibacillus, dan Levilactobacillus brevis yang menghasilkan sauerkraut
(berasal dari Eropa dan Amerika Utara), kimchi (berasal dari Korea), suan-cai (berasal dari
China) atau sinki (berasal dari Nepal). Pada kelompok fungi, yeast yang menghasilkan
alkohol, biasanya Saccharomyces, digunakan dalam pembuatan roti, bir, wine, dan fermentasi
alkohol lainnya. Kelompok jamur lain seperti Penicillium, Aspergillus, dan Rhizopus mampu
 memfermentasi dairy, daging, dan produk kedelai dan juga strain yang memproduksi
proteinase, lipase dan amilase.

Faktor keamanan pada produk pangan menjadi hal utama yang perlu diperhatikan karena
menyangkut kesehatan konsumen. Proses fermentasi mampu meningkatkan dan
memperbaiki keamanan pada produk pangan. Produk fermentasi yang mengandung asam
organik cukup tinggi (>100mM), aktifitas air yang rendah, garam, nitrit, dan komponen
antimikrobial lain cenderung memiliki jangka waktu keamanan yang panjang. Selain itu
juga, produk minuman yang mengandung alkohol sebanyak 4% atau lebih dengan pH kurang
dari 4,5 aman secara mikrobiologis. Produk fermentasi memiliki tingkat keamaan yang cukup
tinggi karena berapa BAL (baik indigenous maupun ditambah sebagai starter) mampu
menghasilkan komponen anti microbial seperti bakteriosin yang mampu menghambat bakteri
yang tidak diinginkan seperti Listeria, Clostridium, dan Staphhylococcus. Bakteri yang tidak
diinginkan ini yang dapat menyebabkan kontaminasi pada produk sehingga merusak
kualitasnya. Selain itu, BAL mampu memproduksi komponen anti mikrobia antara lain:

1. Asam organik, asetaldehid, dan etanol

Asam asetat memiliki kemampuan lebih tinggi dalam menghambat yeast, mold, dan bakteri
disbanding asam laktat

2. Hydrogen peroksida

Hidrogen peroksida terbentuk selama proses fermentasi asam laktat mampu menghambat
pertumbuhan beberapa mikroorganisme

3. Karbondioksida
 Pembentukan karbondioksida melalui proses fermentasi menciptakan kondisi anaerob yang
bersifat toksik bagi beberapa mikroorganisme aerobik

4. Diasetil

Diasetil berperan dalam memberi aroma dan flavor butter dan beberapa produk fermentasi
susu

5. Reuterin

Reuterin memiliki sifat antimikrobia yang mampu melawan virus, fungi, dan protozoa

6. Bakteriosin

Bakteriosin berperan dalam mendepolarisasi membrane sel target

Produk pangan fermentasi juga mampu meningkatkan keamanan pangan dan nilai
gizi dengan cara menghilangkan toksin atau zat anti gizi pada bahan. Beberapa bahan pangan
mengandung komponen yang beracun dan harus dihilangkan. Pada singkong mentah yang
pahit mengandung toksin cyanogenic glycoside yang harus dihilangkan melalui proses
fermentasi, perendaman dengan air (untuk melarutkan toksin), atau metode lain untuk
mencegah racun tersebut dikonsumsi. Sourdough yang terbuat dari gandum mengandung
fitat yang merupakan zat anti gizi yang dapat mengganggu reabsorpsi. Dengan fermentasi,
fitat direduksi sehingga mampu meningkatkan kalsium, magnesium, besi, dan zinc dalam
roti. Produk fermentasi sourdough cocok untuk gluten intoleran dan penderita irritable
bowel syndrome karena fermentasi sourdough mampu mengurangi konsentrasi protein imun,
termasuk inhibitor amilase-tripsin.

Cemaran pathogen menjadi ancaman bagi suatu produk pangan karena mempengaruhi
keamanan dalam suatu produk pangan. Mikroorganisme pathogen mampu menghasilkan
toksin dan metabolit yang berbahaya jika dikonsumsi. Akan tetapi produk pangan yang
difermentasi oleh BAL, yeast, dan mold tidak menghasilkan toksin maupun metabolit
berbahaya dan bersifat non-patogen. Hal yang perlu diperhatikan saat membuat pangan
fermentasi adalah bahan-bahan yang digunakan harus aman . Meskipun demikian, beberapa
keju dan pangan fermentasi dengan asam rendah berpeluang untuk terkontaminasi
oleh Listeria monocytogenes, Salmonella, Clostridium botulinum atau foodborne
pathogen yang lain. Walaupun tidak memiliki efek secara langsung bagi tubuh, beberapa
mikroorganisme (termasuk Lactobacillaceae seperti Enterococcus dan Staphylococcus)
berkaitan dengan keju long-ripened, sosis, dan pangan fermentasi lainnya mampu membawa
gen rersistensi antibiotik.

Metabolit mikrobia (dalam kondisi tertentu) mampu menunjukkan resiko keamanan pangan
sehingga tidak dikonsumsi secara berlebihan. Beberapa BAL mampu menghasilkan
histamin, tiramin, dan amina biogenic lainnya melalui dekarboksilasi asam amino selama
fermentasi pada produk keju, daging, sayuran, kacang kedelai, dan wine. Untuk mengurangi
kontaminan tersebut dapat dengan cara menerapkan hygiene dan menggunakan starter
kultur decarboxylase-negative.

Proses fermentasi terjadi karena adanya peran dari mikroorganisme bakteri, yeast, ataupun
mold. Mikroorganisme yang berperan untuk memfermentasi tiap bahan pangan berbeda.
Contohnya bakteri asam laktat Streptococcus thermophilus berperan dalam fermentasi susu
menjadi yogurt, yeast Saccharomyces dalam fermentasi roti, dan mold Rhizopus
oligosporus dalam pembuatan tempe. Selama proses fermentasi, dihasilkan komponen yang
dapat melawan pathogen maupun senyawa yang dapat menghilangkan senyawa yang tidak
diinginkan. Makanan fermentasi memiliki banyak manfaat kesehatan terutama dalam
meningkatkan keberagaman mikroflora pencernaan. Selain itu, fermentasi mampu
memperbaiki nilai gizi dan menjadi metode pengawetan makanan yang mudah karena terjadi
secara spontan. Berdasarkan World Health Organization (WHO), patogen
penyebab foodborne disease yang umum terjadi di Asia Tenggara adalah
Novovirus, Salmonella sp., dan Eschericia coli patogenik. Dari ketiga patogen
tersebut Salmonella sp. dan Escherichia coli adalah mikroorganisme yang termasuk golongan
bakteri. Novovirus termasuk ke dalam golongan virus yang merupakan parasit obligat. Setiap
tahunnya, lebih dari 150 juta orang di Asia Tenggara terkena foodborne diseases dengan
angka kematian mencapai lebih dari 175 ribu (0,1167%). Dari penderita tersebut, 60 juta di
antaranya adalah anak-anak dengan 50.000 kematian pada anak.

Selain Salmonella sp. dan Escherichia coli, terdapat beberapa bakteri lain yang sering
ditemukan pada hasil pertanian. Bakteri tersebut di antaranya adalah Listeria
monocytogenes dan Clostridium botulinum. Semua mikroorganisme tersebut termasuk ke
dalam golongan bakteri.

Salmonella sp.

Salmonella sp. merupakan mikroorganisme patogenik yang sering ditemukan pada buah dan
sayuran segar. Bakteri ini dapat mencemari produk pertanian pada saat on farm maupun off
farm. Saat on farm, cemaran bakteri ini dapat berasal dari lingkungan lahan yang tercemar
kotoran hewan seperti tikus, lalat dan burung. Adapun pada saat off farm,
cemaran Salmonella sp. pada produk hasil pertanian dapat berasal dari perlengkapan
pengolahan maupun pengemasan yang tidak bersih. Salmonella sp. dapat bertahan di
lingkungan dalam waktu yang cukup lama.
Salmonella sp. merupakan salah satu patogen terbawa pangan yang sering mencemari buah
segar dan sayuran. Outbreak penyakit terbawa pangan yang diakibatkan kontaminasi bakteri
ini memiliki tren meningkat dan menjadi perhatian di berbagai negara. Pada produk
pertanian, cemaran Salmonella sp. pernah ditemukan pada apel, blewah, kecambah alfalfa,
manga, tomat, melon, seledri dan parsley.

Salmonella sp. dapat menyebabkan beberapa penyakit seperti demam enterik, gastroenteritis
dan bakteremia. Demam enterik adalah demam tifus yang disebabkan oleh Salmonella
typhii dan demam paratifoid yang disebabkan oleh Salmonella paratyphii. Adapun
gastroenteritis atau yang sering disebut flu perut memiliki gejala muntah dan diare karena
adanya infeksi atau peradangan pada dinding saluran pencernaan. Adapun bakteremia adalah
kondisi ketika terdapat bakteri di dalam pembuluh darah.

Escherichia coli

Nama bakteri ini mungkin sudah tidak asing lagi di telinga kita. Bakteri yang salah satu
habitat aslinya adalah usus manusia ini kerap ditemukan di lingkungan yang sanitasinya
buruk. E. coli dapat ditemukan pada produk hasil pertanian yang tercemar dari lingkungan
sekitar lahan pertanian.

Escherichia coli dikenal sebagai penyebab penyakit diare. Meskipun demikian, hanya
terdapat beberapa E. coli yang besifat patogen. Salah satu strain E. coli yang bersifat
patogenik adalah E. coli 0157:H7. Strain E. coli ini memproduksi toksin yang disebut Shiga
toksin.

Infeksi bakteri E. coli 0157:H7 pada manusia dapat berupa infeksi tanpa gejala hingga diare
berdarah dan kram perut yang parah, sindrom uremik hemolitik bahkan kematian. Inang
utama E. coli 0157:H7 adalah hewan ruminansia seperti sapi, kambing, domba dan rusa.
Infeksi bakteri ini dapat terjadi jika seseorang mengonsumsi air maupun pangan yang
terkontaminasi feses dari inang E. coli 0157:H7 maupun kontak dengan hewan inang dan
lingkungannya.

Outbreak atau kejadian luar biasa E. coli pernah ditemui pada komoditas hortikultura yaitu
bayam dan stroberi. Outbreak E. coli 0157:H7 yang berkaitan dengan bayam pernah terjadi di
California pada bulan Agustus dan September tahun 2006. Pada saat itu terdapat lebih dari
200 orang di 26 negara bagian yang terinfeksi dan menyebabkan tiga kasus meninggal
dunia. Outbreak tersebut berasal dari konsumsi bayam segar dalam kemasan yang
tercemar E. coli 0157:H7 dari pengairan di lahan pertanaman bayam daerah Pajaro. Pengairan
tersebut terkontaminasi dari areal sekelilingnya yang merupakan peternakan sapi. Diketahui
bahwa sapi merupakan salah satu inang utama E. coli 0157:H7. Adapun outbreak E.
coli yang dibawa oleh komoditas stroberi pernah terjadi di Oregon. Hal itu disebabkan oleh
stroberi lokal yang terkontaminasi E. coli yang bersumber dari cemaran kotoran rusa.

Listeria monocytogenes

Pada semester pertama tahun ini, kita mungkin sudah mendengar pemusnahan jamur enoki
karena kontaminasi Listeria monocytoneges. Bakteri patogen ini termasuk dalam golongan
bakteri Gram positif. Bakteri ini merupakan bakteri fakultatif anaerob sehingga dapat
bertahan pada kadar oksigen rendah.

Bakteri penyebab listeriosis ini termasuk ke dalam salah satu patogen pangan yang paling
virulen. Listeriosis merupakan infeksi serius yang disebabkan oleh Listeria
monocytogenes terbawa pangan yang terkontaminasi. Penyakit ini umumnya menyerang ibu
hamil, bayi baru lahir, lansia dan orang-orang dengan sistem imun yang lemah. Gejala
listeriosis yang ringan adalah demam dan diare. Adapun gejala beratnya dapat berupa
demam, rasa lelah, nyeri otot, leher tegang hingga kehilangan keseimbangan. Meskipun
listeriosis meripakan penyakit yang jarang ditemukan, tingkat kematian dari penyakit ini
cukup tinggi yaitu mencapai 24%. Diketahui bahwa 20-30% infeksi listeriosis terbawa
pangan pada individu dengan risiko tinggo dapat berakibat fatal.

Infeksi Listeria monocytogenes umum ditemukan pada susu mentah, produk peternakan, keju
lunak yang terbuat dari susu non pasteurisasi, daging serta buah dan sayur. Kontaminasi pada
produk pertanian dapat berasal dari cemaran kotoran hewan ternak, lahan peternakan dan
pengairan yang tercemar. Kontaminasi Listeria monocytogenes pada produk pertanian
pernah ditemui pada jagung, gandum, oat, kentang, selada dan salad sayuran.

Outbreak listeriosis yang terkait dengan komoditas jagung pernah terjadi di Italia pada tahun
1997. Outbreak tersebut menyebabkan kasus demam gastronintestinal pada siswa berumur 6
sampai 10 tahun. Sumber infeksi diketahui berasal dari makanan yang disajikan di kafetaria.

Kontaminasi bakteri Listeria monocytogenes yang berkaitan dengan gandung, oat, kentang
dan selada pernah ditemukan di Jerman pada tahun 1975. Di Asia Tenggara kejadian
kontaminasi L. monocytogenes pernah terjadi di Singapura dan Malaysia. Di Singapura
pernah tercatat beberapa ka
Mikrooganisme adalah ..

Mikroorganisme dibagi menjadi 2 bagian besar yaitu mikroorganisme prokariotik dan

mikroorganisme eukariotik

Mikroorganisme ekstremofil merupakan kelompok organisme yang dapat hidup di

lingkungan ekstrim, baik dari temperature, pH, ekosistem, salinitas, energi, keterbatasan
nutrisi, ataupun radiasi.

Jadi kalau diklasifikasikan faktor pertumbuhan mikroorganisme yaitu hidup di tempetarure

ekstrem(termofil dan psikofil), mikroorganisme pada ekstrem salinitas, mikroorganisme yang
tahan radiasi, mikroorganisme yang dapat hidup di pH ekstrem, mikroorganisme yang tahan
tekanan

Ketiga domain dari makhluk hidup, yaitu eukariotik, prokariotik, dan archae mewakili
organisme ekstremofil.

Mikroorganisme berdasarkan tempat hidupnya

Mikroorganisme yang hidup pada temperature ekstrem (Termofil dan Psikofil)

Mikroorganisme dapat hidup pada temperature ekstrem adalah -25 ℃ dan suhu tertinggi pada
130℃

Berdasarkan temperature pertumbuhan mikroorganisme dikelompokan menjadi

 Psikrofil, mikroorganisme yang dapat hidup pada temperature 0℃

Ex: Polaromonas vacuolata

 Mesofil, mikroorganisme dapat hidup dengan kisaran temperature antara 15℃ -45℃

Ex: Escherichia coli

 Termofil, mikroorganisme yang dapat hidup dengan kisaran temperature antara 45 ℃ -

80℃

Ex : Thermus thermophilus, Thermoanaerobacter ethanolicus, dan Basillus

thermoproteolyticus

 Hipertermofil, mikroorganisme dapat hidup pada temperature lebih dari 80 ℃ ,

mikroorganisme ini bukan hanya hidup pada suhu ekstrem saja, bahkan mutlak
memerlukan suhu tinggi agar dapat hidup

Ex : Thermococcus celler, Pyrolobus fumarii

Sumber : (Waturangi, 2022).

Pertumbuhan Mikroorganisme

Mikroorganisme tumbuh dan perkembang biak ketika berada dalam lingkungan yang
cocok. Pangan merupakan media yang cocok untuk pertumbuhan berbagai
mikroorganisme, karena mengandung berbagai nutrisi yang diperlukan untuk
pertumbuhan mikroorganisme. Pertumbuhan dan mikroorganisme merupakan proses
yang autokalitik, pertumbuhan tidak akan terjadi tanpa adanya sel hidup dan laju
pertumbuhan akan meningkat yang ditandai dengan pertambahan jumlah biomassa

a. Pembelahan Biner

Peningkatan ukuran sel akan menyebabkan penurunan rasio luas permukaan

dengan volume sel. Penurunan rasio luas permukaan dan volume sel menurunkan
pemasukan nutrisi ke dalam sel dan pengeluaran produk hasil metabolisme keluar
sel. Sel memulai pembelahan dengan melakukan penyempitan permukaan sel,
sehingga meningkatkan rasio luas permukaan dengan volume sel yang diikuti
melalui pemisahan material dinding sel dan material genrtik dengan jumlah yang
sama antardua sel. Pembelahan sel akan terjadi pada satu atau lebih tempat,
bergantung pada spesies dan pengaturan sel. Setelah terjadi pembelahan, dua sel
akan terpisah satu sama lain. Namun, pada beberapa spesies dua sel masih saling
menempel pada satu tempat sehingga membentuk karakteristik morfologi tertentu.

b. Waktu Generasi

Waktu generasi merupakan, waktu pembelahan ganda untuk seluruh populasi

karena tidak semua sel spesies mikroba dalam satu popilasi melakukan
pembelahan pada waktu atau laju yang sama.

c. Laju Pertumbugan Spesifik

Laju pertumbuhan mikroorganisme selama pertumbuhan fase eksponensial dapat

ditentukan dengan mengukur jumlah sel.

d. Pertumbuhan Optimum

Sebelum dan sesudah suhu laju pertumbuhan optimum, misalnya suhu di bawah
kisaran pertumbuhan, sel mikroba tidak hanya berhenti untuk tumbuh tetapi dapat
terluka atau kehilangan viabilitas bergantung pada kondisi sel.

e. Kurva Pertumbuhan

Laju dan karakteristik pertumbuhan populasi mikroba dalam kondisi yang tersedia
atau yang diberikan dapat direpresentasikan secara grafik dengan menghitung
jumlah sel, koloni, atau kerapatan optik dalam suatu spektrofotometer pada
panjang gelombang tertentu.

Fermentasi
 Ray (2004) mengemukakkan bahwa secara umum metode fermentasi lanjut di
buku pdf (Wardah, 2014).

Pada umumnya yang termaksud dengan mikroorganisme adalah makhluk hidup

yang berukuran 0,001 mm

Jadi yang termaksud golongan ini adalah :

 Bakteri
 Cendawan atau jamur tingkat rendah
 Ragi
 Ganggang
 Protozoa
 Virus yang hanya nampak dengan mikroskop

Mikrobiologi merupakan cabang ilmu yang mempelajari tentang mikroorganisme.

Terdapat beberapa cabang ilmu yang mengfokuskan ke mikrobiologi yaitu mikrobiologi

kedokteran/bakteriologi kedokteran yaitu penyakit disebabkan oleh kelompok
mikroorganisme tertentu, mikrobiologi pertanian menemukan bakteri-bakteri yang dapat
menyusun nitrat dari amoniak, lalu ada mikroorganisme tanah yang menghasilkan
treptomisin kemajuan ini sangat penting di dunia pertanian, mikrobiologi perusahan terdapat
usaha-usaha pengawetan makanan