METODE PENGAMBILAN SAMPEL TUMBUHAN DAN FESES UNTUK

ANALISIS DNA

(Laporan Praktikum Biokonservasi)

Cover

Oleh
Hamdani 1857021006
Adib Ahmad Daffa 1957021011
Aminudin 1917021051
Annisa Zahwa Salsabila 1917021057
Emilia 1957021008
Imron Mawardi 1917021048
Jensa Yuswantoro 1917021036

JURUSAN BIOLOGI
FAKULTAS MATEMATIKA DAN ILMU PENGETAHUAN ALAM
UNIVERSITAS LAMPUNG
2021
 LEMBAR PENGESAHAN

Judul Praktikum : Metode Pengambilan Sampel Tumbuhan dan Feses

Untuk Analisis DNA
Tanggal praktikum : 8 September 2021
Nama dan NPM : Hamdani 1857021006
Adib Ahmad Daffa 1957021011
Aminudin 1917021051
Annisa Zahwa Salsabila 1917021057
Emilia 1957021008
Imron Mawardi 1917021048
Jensa Yuswantoro 1917021036
Jurusan : Biologi
Fakultas : Matematika dan Ilmu Pengetahuan Alam
Kelompok : I (Satu)

Bandarlampung, 12 September 2021

Mengetahui
Asisten

Alvin Wiwiet Susanto

1717021081

ii
 Daftar Isi

Cover........................................................................................................................i
LEMBAR PENGESAHAN...................................................................................ii
Daftar Isi................................................................................................................iii
BAB I.......................................................................................................................1
PENDAHULUAN..................................................................................................1
1.1 Latar Belakang.......................................................................................1
1.2 Tujuan.....................................................................................................1
1.3 Manfaat...................................................................................................2
BAB II.....................................................................................................................3
TINJAUAN PUSTAKA.........................................................................................3
BAB III....................................................................................................................4
METODE PENELITIAN......................................................................................4
3.1 Alat dan Bahan.......................................................................................4
3.2 Waktu dan Tempat Pelaksanaan.........................................................6
3.3 Langkah Kerja.......................................................................................6
BAB IV....................................................................................................................9
HASIL DAN PEMBAHASAN..............................................................................9
4.1 Hasil.........................................................................................................9
4.2 Pembahasan............................................................................................9
BAB V...................................................................................................................10
KESIMPULAN DAN SARAN............................................................................10
5.1 Kesimpulan...........................................................................................10
5.2 Saran.....................................................................................................10
DAFTAR PUSTAKA...........................................................................................11
LAMPIRAN..........................................................................................................12

iii
 BAB I

PENDAHULUAN

1.1 Latar Belakang

DNA atau asam Deoksiribonukleat disebut asam yang memiliki
kemampuan pewarisan sifat, informasi genetic yang dimiliki makhluk
hidup akan diturunkan dari induk ke anaknya melalui DNA. Dalam
pengambilan sampel DNA, untuk proses Ekstraksi dilakukan melalui
berbagai metode. Salah satunya dapat menggunakan sampel tumbuhan
untuk analisis DNA, prinsip utama Ekstraksi DNA, sebagai pemecahan sel
atau lisis, pemisahan RNA dan protein atau Presipitasi, dan pemurnian
serta pengendapan DNA atau purifikasi. Sel tanaman memiliki membrane
sel dan dinding sel yang sangat kuat yang fungsinya untuk melindungi
tanaman. Dinding sel dan membrane sel harus dipecah untuk
mengeluarkan DNA dari dalam sel, pemecahan ini dilakukan dengan cara
mekanik, enzimatik dan kimiawi.

Kemudian metode pengambilan yang kedua dapat dilakukan dengan

analisis DNA menggunakan sampel feses, dalam metode ini dapat
dilakukan dengan dua cara, secara invasif dan non invasif. Metode
invasive, pengambilan sampel yang memerlukan penangkapan atau
bersinggungan langsung dengan hewan, maka sampel yang diperoleh
berupa darah, cairan pleura, dan Sumsum tulang. Sedangkan secara non
invasif tidak memerlukan penangkapan ataupun bersinggungan langsung
dengan hewan uji, sehingga akan mengurangi resiko bagi hewan maupun
peneliti. Sampel yang diperoleh secara non invasif contohnya rambut,
bulu, kulit, Feses, dan Tengkorak. Dalam pengambilan sampel Feses dapat
dilakukan dengan dua metode pengambilan yaitu swap lendir dan metode
grinding,

1
1.2 Tujuan
Adapun tujuan dari praktikum kali ini adalah sebagai berikut :
1. Untuk mengetahui Teknik pengambilan sampel tumbuhan.
2. Mengetahui metode Ekstraksi DNA.
3. Untuk mengetahui Teknik pengambilan sampel Feses untuk Ekstraksi
DNA.

1.3 Manfaat
Adapun manfaat yang diperoleh setelah melakukan praktikum ini
adalah sebagai berikut :
1. Dapat mengetahui metode apa saja yang digunakan dalam
teknik pengambilan feses untuk ekstraksi DNA.
2. Mengetahui tahapan-tahapan dan cara kerja dalam teknik
pengambilan sampel feses maupun sampel tumbuhan.
3. Dapat mengetahui teknik pengambilan sampel tumbuhan.
4. Agar dapat mempelajari apaitu ekstraksi DNA

2
 BAB II

TINJAUAN PUSTAKA

DNA merupakan polimer dari asam nukleat yang tersusun dari nukleotida-
nukleotida dan mengandung informasi genetik. DNA memiliki struktur kimia
berupa makromolekul kompleks yang terdiri atas 3 macam molekul, yaitu gula
pentosa (deoksiribosa), asam fosfat, dan basa nitrogen. DNA terdiri atas dua utas
benang polinukleotida yang saling berpilin membentuk heliks ganda (double
helix) (Susanti, 2003).

Molekul DNA dalam suatu sel dapat diekstraksi atau diisolasi untuk berbagai
macam keperluan seperti amplifikasi dan analisis DNA melalui elektroforesis.
Isolasi DNA dilakukan dengan tujuan untuk memisahkan DNA dari bahan lain
seperti protein, lemak, dan karbohidrat. Prisnsip utama dalam isolasi DNA ada
tiga yakni penghancuran (lisis), ektraksi atau pemisahan DNA dari bahan padat
seperti selulosa dan protein, serta pemurnian DNA (Corkill dan Rapley, 2008;
Dolphin, 2008).

Sel tanaman dilindungi oleh membran sel dan dinding sel yang kuat (Ferniah dkk.,
2013). Dinding sel dan membran sel harus dipecah untuk mengeluarkan DNA dari
dalam sel. Penghancuran sel dapat dilakukan dengan cara mekanik, enzimatik, dan
kimiawi (Priyambodo, 2017). Sampel yang diperoleh secara invasif, yaitu darah,
cairan pleura, ascites, dan sumsum tulang. Berbeda dengan pengambilan sampel
secara invasif, pengambilan sampel secara noninvasif tidak memerlukan
penangkapan ataupun bersinggungan langsung dengan hewan uji sehingga bisa
menghilangkan resiko stres fisiologis atau efek samping berbahaya akibat
penggunaan obat bius bagi hewan yang bersangkutan (Gardipee, 2003). Sampel
yang diperoleh secara noninvasif, yaitu feses, urin, rambut, bulu, kulit, dan

3
tengkorak. Sampel yang diperoleh baik secara invasif maupun noninvasif dapat
digunakan sebagai sumber DNA (Taberlet dkk., 1999).

4
 BAB III

METODE PENELITIAN

3.1 Alat dan Bahan

A. Pengambilan Sampel Tumbuhan Untuk Analisis DNA
a. Alat
Adapun peralatan untuk koleksi sampel adalah sebagai berikut :
1. Amplop besar
2. Plastik ziplock
3. Icebox
4. Gunting
5. Tissue
6. Sarung tangan dan masker.
b. Bahan
Adapun bahan untuk pengambilan sampel adalah sebagai berikut:
1. Alkohol 70%
2. Silika gel
B. Pengambilan Sampel Feses Untuk Analisis DNA ( Metode Swap
Feses )
a. Alat
Adapun Peralatan yang digunakan dalam pengambilan sampel feses
dengan metode swap feses adalah sebagai berikut:
1. Plastik
2. tabung vacutainer non EDTA 10 ml
3. stik kayu
4. tip
5. label penanda
6. marker
7. masker
8. sarung tangan

5
 9. termos es
10. plastik setengah kilogram
b. Bahan
Adapun Bahan yang digunakan dalam pengambilan sampel feses
dengan metode swap feses adalah sebagai berikut :
1. sampel feses segar
2. alcohol
3. Buffer
C. Pengambilan Sampel Feses untuk analisis DNA (Metode
Grinding)
a. Alat
Adapun Peralatan yang digunakan dalam pengambilan sampel feses
dengan metode grinding adalah sebagai berikut:
1. tabung vacutainer non EDTA 10 ml
2. stik kayu
3. mortar
4. saringan
5. mangkok
6. spuit
7. tip
8. label penanda
9. marker
10. masker
11. sarung tangan
12. termos es
13. plastik setengah kilogram
b. Bahan
Adapun Bahan yang digunakan dalam pengambilan sampel feses
dengan metode grinding adalah sebagai berikut:
1. sampel feses
2. buffer

6
 3. alcohol
3.2 Waktu dan Tempat Pelaksanaan
Pelaksanaan praktikum dilakukan di lokasi, depan taman FMIPA
Universitas Lampung, pada tanggal 14 september 2021 pukul 10.00 WIB
sampai dengan pukul 11.30 WIB.

3.3 Langkah Kerja

A. Tahapan Metode Pengambilan Sampel tumbuhan untuk analisis
DNA adalah sebagai berikut :
1. Memilih tanaman yang akan dikoleksi
2. Membersihkan daun yang akan diambil dengan alkohol 70%
secara aseptis dan menggunakan alat yang sudah disterilisasi.
3. Mengambil daun secukupnya pada bagian daun muda
4. Memasukkan daun ke dalam amplop besar berisi silika gel
5. Menyimpan sampel pada plastik ziplock
6. Melakukan pengambilan gambar, mencatat identitas kolektor,
tanggal, dan lokasi temuan.
7. Menyimpan sampel pada icebox untuk penyimpanan sampel dan
dibawa ke laboratorium
8. Menyimpan sampel pada freezer dengan suhu 4oC dan siap
untuk dilakukan ekstraksi DNA.
B. Tahapan Pengambilan Sampel Feses untuk analisis DNA
menggunakan metode swap dan grinding adalah sebagai berikut :
1. Metode swap (lendir)
1. Sampel feses segar diambil dan dimasukkan ke dalam
plastikuntuk dilakukan pengambilan sampel
2. 5 ml larutan Buffer dimasukan ke dalam tabung vacutainer non
EDTA 10 ml
3. Sampel diambil pada bagian permukaan luar feses yang
basah/berlendir dengan stik kayu dan dimasukan ke dalam
tabung vacutainer non EDTA 10 ml hingga jenuh.

7
 4. Tabung vacutainer non EDTA 10 ml bersisi sampel
dihomogenasi dengan cara dibolak-balik 5 – 10 kali
5. Tabung vacutainer non EDTA 10 ml berisi sampel dibuat
dalam kondisi vacum dengan cara menarik udara yang tersisa
keluar dengan spuit 10cc. (Ini sebenarnya ditujukan agar tutup
tidak terdorong membuka, karena bukan tutup dengan ulir,
melainkan pop-up)
6. Tabung vacutainer non EDTA 10 ml berisi sampel di-seal
dengan isolasi (tujuannya sama dengan diatas)
7. Tabung vacutainer non EDTA 10 ml berisi sampel ditandai
dengan diberi label penanda yang berisi identitas sampel dan
tanggal pengambilan sampel.
8. Tabung vacutainer non EDTA 10 ml berisi sampel disimpan
dalam termos berisi es untuk pengangkutan
9. Tabung vacutainer non EDTA 10 ml berisi sampel disimpan
dalam kondisi beku (-20oC) di dalam freezer
2. Metode grinding
1. Sampel feses segar diambil dimasukkan ke dalam plastikuntuk
dilakukan pengambilan sampel
2. 2 ml aquades dimasukkan ke dalam mortar
3. 2 gram sampel diambil pada bagian permukaan luar feses yang
basah/berlendir dengan stik kayu dan dimasukan ke dalam
mortar yang berisi aquades
4. Sampel feses dengan aquades dalam mortal digerus selama 5
menit (sampai tercampur rata antara aquades dan feses)
5. Sampel feses hasil penggerusan disaring dengan saringan yang
steril untuk memisahkan larutan sampel dari pengotor seperti
daun dan batang yang berasal dari feses
6. Larutan sampel hasil penyaringan dimasukan ke dalam tabung
vacutainer non EDTA 10 ml dengan menggunakan spuit steril

8
 Tabung vacutainer non EDTA 10 ml berisi sampel dibuat
dalam kondisi vacum
7. Tabung vacutainer non EDTA 10 ml berisi sampel di-seal
dengan isolasi
8. Tabung vacutainer non EDTA 10 ml berisi sampel ditandai
dengan diberi label penanda yang mencantunkan nama spesies,
tangga, hari dan waktu pengambilan sampel, serta empat
pengambilan sampel
9. Tabung vacutainer non EDTA 10 ml berisi sampel disimpan
dalam termos berisi es untuk pengangkutan
10. Tabung vacutainer non EDTA 10 ml berisi sampel
disimpan dalam freezer

9
 BAB IV

HASIL DAN PEMBAHASAN

4.1 Hasil dan Pembahasan

Adapun hasil dan pembahasan yang didapatkan dari praktikum ini adalah
sebagai berikut :

Gambar 1. Pengambilan sampel feses metode swab

10
 Terlihat pada gambar 1 adalah hasil pengambilan sampel feses dengan
metode swab, disini kami menemukan feses gajah sumatera yang berlokasi
di dekat pagar salah satu rumah warga. Waktu pengambilan dilakukan
pada pukul 18.45 WIB, oleh kolektor Emilia.

11
 BAB V

KESIMPULAN DAN SARAN

5.1 Kesimpulan
Adapun kesimpulan yang diperoleh dari praktikum ini adalah sebagai
berikut :

5.2 Saran
Adapun saran yang dapat diperoleh dari praktikum ini adalah sebagai
berikut :

12
 DAFTAR PUSTAKA

Corkill, G., Rapley, R. (2008). The Manipulation of Nucleic Acids: Basic Tools
& Techiques in Molecular Biomethods Handbook Second Edition. Ed: Walker,
J.M., Rapley, R. Humana Press, NJ,USA.

Ferniah, R.S., dan S. Pujiyanto. 2013. Optimasi Isolasi DNA Cabai (Capsicum
annuum L.) Berdasar perbedaan Kualitas dan Kuantitas Daun serta Teknik
Penggerusan. BIOMA. Juni 2013. Vol. 156. No.1. PP.

Gardipee, F. M. 2003. Development of fecal DNA sampling methods to assess

genetic population structure of greater Yellowstone bison. Theses-Wildlife
biology. The University of Montan.

Taberlet P.and Gordon L. 1999. Non-invasive genetic sampling and individual

identification. Biological Journal of the Linnean Society. 68: 41–55.

Susanti EVH. 2003. Isolasi dan Karakterisasi Protease dari Bacillus subtilis
1012M15. Jurnal Biodiversitas 4(1),12-17.

13
 LAMPIRAN
Dokumentasi pengambilan feses metode swap

14
Dokumentasi pengambilan feses metode granding

15