TUMBUHAN
BAKTERI PATOGEN
TUMBUHAN
ISBN : 978-602-1270-18-9
ISBN: 978-623-264-051-1 (PDF)
DiterbitkanOleh :
Syiah Kuala University Press
Kampus Universitas Syiah Kuala
Jln. Tgk. Chik Pante Kulu No. 1
Darussalam, Banda Aceh.
salah satu literatur yang perlu dibaca oleh para dosen bidang minat
Fitopatologi di berbagai Fakultas Pertanian yang ada.
Karena keterbatasan kemampuan penulis dalam khazanah
ilmu pengetahuan yang sangat luas, penulis menyadari dengan
segala kerendahan hati bahwa materi yang disajikan dalam buku ini
masih sangat banyak kekurangan dan kekeliruan. Untuk itu, saran
dan kritik sangat penulis harapkan untuk kesempurnaan di masa
yang akan datang.
Akhirnya, penulis mengucapkan terima kasih kepada semua
pihak yang telah ikut berpartisipasi serta bekerjasama dalam
penyiapan, perbaikan dan penerbitan buku ajar ini. Harapan penulis,
semoga buku yang sederhana ini dapat memberikan manfaat kepada
kita semua.
1 PENDAHULUAN 1
1.1. Arti Penting Penyakit Tumbuhan 2
1.2. Bakteri Sebagai Penyebab Penyakit 7
1.3. Sejarah Perkembangan Bakteri Patogen
Tumbuhan 10
1.4. Keanekaragaman Bakteri Patogen Tumbuhan 13
1.5. Keterasingan Disiplin dan Nomenklatur 14
1.6. Klise “Inang Baru – Spesies Baru” 15
1.7. Habitat Bakteri Patogen Tumbuhan 16
1.8. Green Revolution dan Gene Revolution 17
1.9. Rangkuman 20
1.10. Glossarium 24
1.11. Tugas 26
1.12. Daftar Pustaka 26
1
2 Bakteri Patogen Tumbuhan
2.1. Pendahuluan
Diantara agen utama yang menyebabkan terjadinya penyakit
pada tanaman yang mempunyai nilai ekonomis, diketahui bahwa fungi
(cendawan) merupakan agen penyebab penyakit yang paling penting.
Namun demikian, penyakit yang disebabkan oleh bakteri patogen
tumbuhan ternyata juga dapat menimbulkan kerugian yang tidak kalah
pentingnya bila dibandingkan dengan penyakit oleh cendawan
patogen, khususnya yang disebabkan oleh Pseudomonas
solanacearum E. F. Smith yang merupakan contoh yang nyata tentang
potensi kerusakan yang ditimbulkan oleh bakteri fitopatogen (Agrios,
1997; Cook & Sequiera, 1994; Janse, 2005).
Cook & Sequeira (1994) melaporkan tentang kehilangan hasil
tanaman kentang karena penyakit layu (P. solanacearum) di beberapa
negara yang dapat mencapai 75%. Demikian pula halnya penyakit
layu bakteri pada kacang tanah di Indonesia yang disebabkan oleh
Peseudomonas solanacearum (Smith) Smith, yang pertama kali
ditemukan di daerah Cirebon Jawa Barat oleh Van breda de Haan
pada tahun 1905, dan sejak saat itu terus menyebar di daerah lainnya
di Indonesia, menyebabkan kerusakan yang serius pada tanaman
kacang tanah (Machmud, 1993). Insidensi penyakit di lapangan
berkisar dari 10 sampai dengan 35% pada kultivar yang resisten,
walaupun kerugian hasil dapat pula mencapai kisaran antara 60
sampai dengan 90% pada kultivar yang rentan (Machmud, 1993;
Mehan et al., 1994).
Bakteri patogen pada tumbuhan merupakan agen penyebab
penyakit yang penting setelah jamur. Kerugian hasil yang
ditimbulkan pada tumbuhan dapat terjadi baik di lapangan maupun
pada penyimpanan, terutama pada produk-produk yang banyak
mengandung air seperti buah dan sayur. Selain busuk, bakteri dapat
menyebabkan gejala layu vaskular, pustul, hawar, dan bengkak
(tumor).
Bakteri Sebagai Agens Penyebab Penyakit Tumbuhan 31
terjadi kenaikan jumlah yang amat tinggi dalam waktu yang relatif
pendek (singkat). Pada beberapa spesies, populasi (panen sel
terbanyak yang dapat diperoleh) tercapai dalam waktu 24 jam; dimana
populasinya dapat mencapai 10 sampai 15 milyar sel bakteri per
milliliter. Perbanyakan seperti ini dapat terjadi karena disebabkan
oleh pembelahan sel secara aseksual.
Pembelahan sel (pembelahan biner melintang)
Sel yang hidup akan mengalami siklus hidup yang terdiri dari
periode pembelahan dan periode interfase. Bagi bakteri sifat
pertumbuhannya lambat, akan tetapi bakteri-bakteri yang tumbuh
cepat seluruh siklus itu terutama untuk replikasi DNA. Jika replikasi
DNA selesai, segera diikuti proses sitokinesis atau pemisahan sel
sehingga terjadi dua sel yang baru yang juga disebut sebagai sel anak.
Bagian bangunan sel yang berperan dalam pembelahan sel
adalah membran sel. Membran sel bakteri tidaklah rata di seluruh sel,
akan tetapi mempunyai beberapa bagian yang menonjol masuk ke
dalam plasma sel. Bagian membran sel yang menonjol ke dalam
plasma sel ini dinamakan mesosom. Mesosom pada bakteri bentuk
batang yang letaknya ekuatorial dapat menjadi permulaan replikasi
DNA kromosom (Alberts et al., 1989; Asiedu et al., 1989; Janse,
2005).
Proses reproduksi paling umum di dalam daur pertumbuhan
yang biasa pada populasi bakteri ialah pembelahan biner melintang.
Pembelahan biner melintang adalah suatu proses reproduksi aseksual;
setelah pembentukan dinding sel melintang maka satu sel tunggal
membelah menjadi dua sel, dan disebut sel anak.
Pembelahan sel dengan cara membelah umum terjadi pada
semua sel yang sedang tumbuh aktif pada tumbuhan dan hewan.
Namun, pada tumbuhan dan hewan multiseluler, pembagian sel secara
aseksual hanya mengakibatkan pertumbuhan individu tumbuhan atau
hewan itu. Pada bakteri, proses tersebut mengakibatkan terbentuknya
4.
AKTIVTAS BIOKIMIA
MIKROORGANISME (BAKTERI)
Tujuan Instruksional Umum
Tujuan instruksional umum yang disajikan dalam bab ini
adalah sebagai berikut :
1. Mahasiswa dapat memahami berbagai proses biokimiawi yang
terjadi di dalam sel bakteri.
2. Mahasiwa memahami dan mengerti tentang berbagai
pengaruh dari semua aktivitas biokimiawi dalam sel.
Tujuan Instruksional Khusus
Bahasan dalam bab ini memiliki tujuan instruksional khusus
sebagai berikut :
1. Mahasiswa mengetahui berbagai aktivitas enzimatik dalam sel
bakteri.
2. Mahasiwa memahami mekanisme proses oksidasi reduksi
kaitannya dengan penyimpanan energi.
3. Mahasiswa dapat mengetahui berbagai proses bioenergetik,
biosintesa, dan biodegradasi dalam sel bakteri.
4.1. Pendahuluan
Setiap mikroorganisme hidup selalu melakukan aktivitas
biokimiawi yang spesifik, dimana jumlah dan kapasitasnya sangat
tergantung kepada aktivitas enzimatik sel sebagai respon terhadap
bioenergetik, biosintesa, dan biodegradasi yang merupakan
112 Bakteri Patogen Tumbuhan
TAKSONOMI
BAKTERI PATOGEN TUMBUHAN
Tujuan Instruksional Umum
Tujuan instruksional umum yang disajikan dalam bab ini
adalah sebagai berikut :
1. Mahasiswa dapat memahami taksonomi bakteri yang
didasarkan pada karakter yang dimiliki.
2. Mahasiwa memahami dan mengerti tentang kasifikasi,
nomenklatur dan proses identifikasi.
Tujuan Instruksional Khusus
Bahasan dalam bab ini memiliki tujuan instruksional khusus
sebagai berikut :
1. Mahasiswa mengetahui dan mengerti proses penempatan
bakteri ke dalam taksa tertentu dengan berdasarkan pada
karakter yang dimiliki.
2. Mahasiwa memahami dan mengerti tentang prinsip klasifikasi
atau pengelompokan bakteri secara sistematik ke dalam
kelompok alamiahnya.
3. Mahasiswa dapat mengetahui dan memahami tata cara
pemberian naman bakteri patogen tumbuhan.
4. Mahasiswa mengetahui dan memahami pengklasifikasian dan
sistem penamaan bakteri patogen tumbuhan berdasarkan pada
International Code of Nomenclature of Bacteria.
154 Bakteri Patogen Tumbuhan
5.1. Pendahuluan
Bakteri patogen pada tumbuhan merupakan agen penyebab
penyakit yang penting setelah jamur. Kerugian hasil yang
ditimbulkan pada tanaman dapat terjadi di lapangan maupun pada
penyimpanan, terutama pada produk-produk yang banyak
mengandung air seperti buah dan sayur. Selain busuk, bakteri dapat
menyebabkan gejala layu vaskular, pustul, hawar, dan bengkak atau
tumor (Agrios, 1977).
Sebagaimana makhluk hidup lainnya, bakteri sebagai makhluk
hidup yang termasuk dalam kelompok prokariot memiliki karakter
baik morfologi maupun fisiologi yang lebih unik (karena
kesederhanaannya) dibanding dengan kelompok eukariot. Semua
karakter yang dimiliki oleh makhluk hidup pada dasarnya digunakan
untuk pengelompokannya secara alamiah. Karakter yang diamati
biasanya berhubungan dengan karakter morfologi bakteri, karakter
serologi dan karakteristik metabolik (karakter nutrisi) yang biasa
disebut dengan istilah karakteristik fenotifik, dan karakter biologi
(yang berkaitan dengan karakter hubungan inang patogen) yang
seringkali digunakan secara konvensional. Karakteristik lain yang
berkembang akhir-akhir ini berhubungan dengan karakter material
genetik (karakteristik genotifik=genetik) yang didasarkan pada
komposisi dasar DNA (biasanya rasio Guanidin: Cytosin) dan derajat
homolog dari total DNA dan/atau RNA dari bakteri yang berbeda.
Kini untuk mendiskripsikan karakteristik suatu jenis spesies
bakteri yang baru, digunakan berbagai pendekatan dan metoda (baik
pendekatan molekuler maupun pendekatan secara konvensional).
Semua pendekatan ini bertujuan untuk mendeskripsikan dan
mendeterminasi posisi taksonomi spesies bakteri yang baru ditemukan
tersebut ke dalam taksanya secara alamiah.
Taksonomi merupakan aktivitas ilmiah yang berusaha untuk
melakukan pengembangan secara lebih spesifik untuk pencatatan
Taksonomi Bakteri Patogen Tumbuhan 155
tersedia inang yang rentan dan juga patogen dengan virulensi yang
tinggi (Agrios, 1997; Fahy & Persley, 1983).
Interaksi dari ketiga komponen/faktor akan memicu terjadinya
penyimpangan proses fisiologi tanaman (terjadinya proses infeksi).
Proses atau rangkaian proses tersebut diekspresikan tanaman dalam
bentuk pertumbuhan yang tidak normal/menyimpang yang dikenal
sebagai gejala penyakit (Symptom).
Ekspresi gejala pada tanaman atau bagian tanaman merupakan
gambaran reaksi patogen dan respon inang terhadap aktivitas patogen.
Dalam hal ini berarti patogen telah berhasil mengadakan kontak
dengan sel/jaringan yang rentan dan berhasil memanfaatkan nutrisi
inang sehingga timbul infeksi. Keberhasilan infeksi biasanya
diekspresikan dalam bentuk gejala penyakit. Lamanya sangat
tergantung pada patogen, inang, dan lingkungan yang mendukung
proses tersebut. Kebanyakan infeksi terjadi antara 2-4 hari sampai
beberapa minggu, namun ada yang butuh waktu yang sangat lama.
Waktu antara inokulasi sampai nampaknya gejala awal disebut masa
inkubasi (incubation period). Masa inkubasi dapat dijadikan ukuran
apakah tumbuhan yang diinfeksi tahan atau rentan. Semakin cepat
masa inkubasi, maka tumbuhan tersebut dikatakan semakin rentan.
6.2. Bagaimana bakteri menyebabkan penyakit
Pada dasarnya bakteri patogen tumbuhan tidak bisa masuk ke
dalam jaringan tanaman dengan sendirinya, dia memerlukan film
(lapisan tipis) dari air. Karena bakteri relatif tidak dapat hidup
tanpa air (kelembaban) dan untuk dapat masuk ke jaringan tanaman
memerlukan adanya lubang alami seperti, hidatoda, lentisel, stomata,
dan lain-lain, serta adanya luka. Kalau ada kesempatan masuk ke
jaringan tanaman, dengan adanya air berusaha berenang dengan
flagela (bagi yang mempunyai flagela), akan tetapi yang lebih
berperan adalah kondisi adanya air (yang kadang-kadang kering dan
182 Bakteri Patogen Tumbuhan
7.1. Pendahuluan
Sesuai dengan perkembangan waktu diiringi dengan kemajuan
biologi molekuler, akhirnya banyak terjadi perubahan dalam hal
taksonomi bakteri patogen tumbuhan. Teknik biomolekuler pada
dasarnya merupakan seperangkat alat untuk mempelajari organisme,
khususnya pada level yang paling rendah.
Pada awalnya bakteri patogen tumbuhan dikelompokkan
dalam dua genus yaitu (1) Erwinia, dengan ciri berbentuk batang,
motil dengan flagela peritrichous, bewarna putih, dan sedikit yang
membentuk pigmen; dan (2) Phytomonas, dengan ciri berbentuk
batang, kuning, dan putih, motil dan non-motil, spesies yang motil
mempunyai flagela tunggal atau lapotrichous, dengan atau tanpa
membentuk pigmen kuning.
Phytomonas kemudian diganti dan muncul banyak genus baru
dalam Bergey''s Manual edisi ke 6, 7, dan 8. Beberapa genus itu
antara lain adalah: Agrobacterium, Bacillus, Clostridium,
Corynebacterium, Erwinia, Pseudomonas, Streptomyces, dan
Xanthomonas (Janse, 2005).
7.2. Genus Agrobacterium
Agrobacterium adalah bakteri bersifat gram negatif, bakteri ini
bentuknya seperti tongkat, berukuran 0,8 x 1,5-3 µm. Bakteri ini
bergerak dengan flagela peritrichous. Apabila hanya mempunyai satu
flagela, maka letaknya lebih sering lateral dari pada polar. Apabila
ditumbuhkan pada media yang mengandung gula berupa karbohidrat,
bakteri akan memproduksi lendir polisakarida ekstra seluler yang
berlimpah sehingga koloni kelihatan putih berkilau. Koloni tidak
bewarna, dan sering kali halus (smooth). Bakteri ini hidup di rhizosfir
dan merupakan bakteri penghuni tanah (soil inhibitant).
Karakteristik Genus Penting BPT 211
melalui luka. Sel tumor yang terbentuk mengandung opine yang tidak
terdapat pada sel tanaman yang normal. Sekitar tahun 1960 – 1970,
Lioret, Goldman & Morel berhasil mengidentifikasi berbagai jenis
opine yang ada, misalnya nopaline, octopine, agrocinopine,
mannopine dan agropine. Tipe tumor yang terbentuk ternyata
bergantung pada kandungan opinenya, dengan demikian bergantung
pada genom bakteri penyebab tumor tersebut. Opine dipergunakan
sebagai makanan bagi bakteri penyebab tumor ini. Dengan demikian
bakteri ini membuat suatu manipulasi genetik alamiah untuk
menciptakan niche ekologi yang tergantung pada tanaman yang
ditumpanginya. Dalam hal ini opine dapat disebut sebagai mediator
kimiawi parasitisme.
Tabel 7.1 Perbedaan Biovar dari Agrobacterium
Karakteristik Biovar
1 2 3
Produksi Oksidase dari + - +
1% glukosa NA
Produksi 3-ketolaktosa + - -
Pertumbuhan pada 2% + - +
NaCl
Asam dari :
* erythritol - + -
* Melezitose + - -
* dulcitol + + -
Alkali dari:
* L-tartrate d + +
* propionate d - -
Pertumbuhan pada
Media Selektif:
* Scroth et al. (1965) + - -
* New & Kerr. (1971) - + -
* Roy & Sasser. (1983) - - +
Keterangan: + = 90% atau lebih strains positif
- = 90% atau lebih strains negatif
8.
8.1. Pendahuluan
Pengetahuan tentang gejala penyakit (symtomatologi)
merupakan prasyarat untuk dapat berhasilnya kegiatan isolasi dan
identifikasi bakteri fitopatogenik dan untuk memahami perkembangan
penyakit pada tanaman yang rentan maupun yang tahan. Penarikan
kesimpulan tentang penyebab penyakit yang didasarkan pada gejala
yang tidak jelas pada kegiatan diagnosa, seringkali akan menjadi tidak
berguna (karena kesimpulannya keliru). Oleh karena itu, sangat
penting untuk menekankan beberapa aspek mendasar untuk
membedakan antar gejala, sehingga aktivitas (proses diagnosis) yang
dilakukan mendapatkan hasil kesimpulan yang akurat dan relatif
sempurna. Dengan kata lain, hasil yang didapatkan tidak menjadi sia-
sia karena kesalahan dalam menafsirkan gejala yang tidak jelas
(Agrios, 1977; Fahy & Persley, 1983; Semangun, 1989).
Diagnosis penyakit tanaman yang disebabkan oleh bakteri
patogen dan identifikasi serta karakterisasi bakteri patogen tumbuhan
kerapkali didasarkan pada gejala penyakit dan ada tidaknya sejumlah
besar bakteri atau eksudatnya pada area yang terinfeksi ataupun
kehadiran bakteri di sekitar area yang terinfeksi. Karenanya,
pengetahuan tentang gejala penyakit sangat berguna untuk dapat
berhasilnya isolasi dan karakterisasi bakteri patogen tumbuhan
(Schaad, 1988; Klement et al., 1990; Kelman et al., 1994).
Karakteristik tipe gejala penyakit bakteri terutama tampak
selama tahap awal perkembangan penyakit. Selama tahap ini, isolasi
patogennya paling mudah dilakukan. Karakteristik gejala secara
umum dari penyakit yang disebabkan oleh bakteri adalah jaringan
terinfeksi tampak kebasah-basahan yang mungkin disebabkan oleh
polisakarida bakteri, dan eksudat bakteri sering tampak pada
permukaan tanaman, akan tetapi pada stadia lebih lanjut gejalanya
mirip dengan gejala infeksi oleh cendawan atau kadang-kadang oleh
virus. Bagian yang terinfeksi tidak selalu mengandung bakteri, akan
Karakteristik Gejala Penyakit Karena BPT 251