Pada prinsipnya sterilisasi dapat dilakukan dengan 3 cara yaitu secara mekanik, fisik dan kimiawi.

1. Sterilisai secara mekanik (filtrasi)

Di dalam sterilisai secara mekanik (filtrasi), menggunakan suatu saringan yang berpori sangat kecil
(0.22 mikron atau 0.45 mikron) sehingga mikroba tertahan pada saringan tersebut. Proses ini
ditujukan untuk sterilisasi bahan yang peka panas, misal nya larutan enzim dan antibiotik.

Jika terdapat beberapa bahan yang akibat pemanasan tinggi atau tekanan tinggi akan mengalami
perubahan atau penguraian, maka sterlisasi yang digunakan adalah dengan cara mekanik, misalnya
dengan saringan. Didalam mikrobiologi penyaringan secara fisik paling banyak digunakan adalah
dalam penggunaan filter khusus misalntya filter berkefeld, filter chamberland, dan filter seitz. Jenis
filter yang dipakai tergantung pada tujuan penyaringan dan benda yang akan disaring.

Penyaringan dapat dilakukan dengan mengalirkan gas atau cairan melalui suatu bahan penyaring
yang memilki pori-pori cukup kecil untuk menahan mikroorganisme dengan ukuran tertentu.
Saringan akan tercemar sedangkan cairan atau gas yang melaluinya akan steril. Alat saring tertentu
juga mempergunakan bahan yang dapat mengabsorbsi mikroorganisme. Saringan yang umum
dipakai tidak dapat menahan virus. Oleh karena itu, sehabis penyaringan medium masih harus
dipanasi dalam otoklaf. Penyaringan dilakukan untuk mensterilkan substansi yang peka tehadap
panas seperti serum,enzim,toksin kuman,ekstrak sel,dsb.

 Menyaring cairan

Hal dapat dilakukan dengan berbagai filter seperti saringan Seitz, yang menggunakan saringan
asbestos sebagai alat penyaringannya; saringan berkefeld, yang mempergunakan filter yang terbuat
dari tanah diatom; saringan chamberland, yang mempergunakan filter yang terbuat dari porselen;
dan fritted glass filter, yang mempergunakan filter yang terbuat dari serbuk gelas. Saringan asbes
lebih mudah dan lebih murah daripada saringan porselen. Saringan asbes dapat dibuang setelah
dipakai, sedangkan saringan porselen terlalu mahal bila dibuang, tetapi terlalu sulit untuk
dibersihkan.

 Menyaring udara

Untuk menjaga suatu alat yang sudah steril agar tidak tercemar oleh mikroba atau untuk menjaga
agar suatu biakan kuman tidak tercemar oleh kuman yang lain, maka alat-alat tersebut harus ditutup
denagn kapas, karena kapas mudah ditembus udara tetapi dapat menahan mikroorganisme. Harus
dijaga agar kapas tidak menjadi basah, oleh karena kapas yang basah memungkinkan kuman
menembus kedalam. Untuk mencegah pencemaran oleh kuman-kuman udara pada waktu menuang
perbenihan, dapat dipergunakan suatu alat yang disebut laminar flow bench dimana udara yang
masuk kedalamnya disaring terlebih dahulu dengan suatu saringan khusus. Saringan ini ada batas
waktu pemakaiannya dan harus diganti dengan yang baru apabila sudah tidak berfungsi lagi.

2. Sterilisasi secara fisik

Sterilisasi secara fisik dapat dilakukan dengan pemanasan & penyinaran.

· Pemanasan

a. Pemijaran (dengan api langsung): membakar alat pada api secara langsung, contoh alat : jarum
inokulum, pinset, batang L, dll.

b. Panas kering: sterilisasi dengan oven kira-kira 60-1800C. Sterilisasi panas kering cocok untuk alat
yang terbuat dari kaca misalnya erlenmeyer, tabung reaksi dll.

c. Uap air panas: konsep ini mirip dengan mengukus. Bahan yang mengandung air lebih tepat
menggungakan metode ini supaya tidak terjadi dehidrasi.

d. Uap air panas bertekanan : menggunalkan autoklaf

· Penyinaran dengan UV

Sinar Ultra Violet juga dapat digunakan untuk proses sterilisasi, misalnya untuk membunuh mikroba
yang menempel pada permukaan interior Safety Cabinet dengan disinari lampu UV

3. Sterilisaisi secara kimiawi

Biasanya sterilisasi secara kimiawi menggunakan senyawa desinfektan antara lain alkohol. Antiseptik
kimia biasanya dipergunakan dan dibiarkan menguap seperti halnya alkohol. Umumnya isopropil
alkohol 70-90% adalah yang termurah namun merupakan antiseptik yang sangat efisien dan efektif.
Penambahan yodium pada alkohol akan meningkatkan daya disinfeksinya. Dengan atau iodium,
isopropil tidak efektif terhadap spora. Solusi terbaik untuk membunuh spora adalah campuran
formaldehid dengan alkohol, tetapi solusi ini terlalu toksik untuk dipakai sebagai antiseptik.
Pemilihan antiseptik terutama tergantung pada kebutuhan daripada tujuan tertentu serta efek yang
dikehendaki. Perlu juga diperhatikan bahwa beberapa senyawa bersifat iritatif, dan kepekaan kulit
sangat bervariasi. Zat-zat kimia yang dapat dipakai untuk sterilisasi antara lain yaitu halogen
(senyawa klorin, iodium), alkohol,fenol,hidrogen feroksida,zat warna ungu kristal, derivat akridin,
rosanalin, detergen, logam berat (hg,Ag,As,Zn), aldehida, dll.