PROPOSAL
Oleh:
Tape ketan hitam merupakan makanan pembawa probiotik, yaitu makanan yang mengandung
mikroba non patogen yang masih hidup dan secara aktif bermanfaat untuk meningkatkan
kesehatan dengan menjaga keseimbangan dalam usus (Mambrasa 2010). Probiotik adalah
polisakarida tak tercernakan yang berperan sebagai pendukung pertumbuhan dan aktivitas
mikroflora saluran pencernaan dan terbukti memberikan efek menguntungkan dalam metabolis,
Bakteri asam laktat merupakan bakteri Gram positif memiliki bentuk bulat atau batang, tidak
berspora, suhu ± 40oC, tidak motil, bersifat anaerob, tidak membentuk gelembung dan oksidase
positif serta asam laktat sebagai produk utama fermentasi karbohidrat. Bakteri asam laktat
(BAL) dikenal sebagai bakteri yang bermanfaat bagi industri makanan dan minuman, contohnya
yoghurt, tape, tempe, keju, oncom (Susilawati, 2016). Pada peneltian Suliasti 2020, dari hasil
penelitiannya mengatakan bahwa tempe dan tape mengandung banyak macam bakteri asam
Bakteri asam laktat memilki kemampuan memproduksi beberapa metabolit, juga memiliki
daya menghasilkan suatu enzim protease disekitar dinding sel, membran sitoplasma atau di
dalam sel (Arulmani, 2007). Enzim protease dapat memutuskan ikatan peptida pada protein
(Yulianti, 2005). Enzim protease sangat bermanfaat dan mempunyai nilai jual yang baik karena
peranannya yang sangat luas, contoh industri pengguna enzim protease antara lain industri
deterjen, kulit, tekstil, makanan, pengolahan susu, farmasi, bir dan limbah.
Pada bidang kehlian seperti farmasi, protease bermanfaat dalam proses deproteinasi yaitu
menggunakan enzim protease, yaitu enzim yang mampu menghidrolisis ikatan peptida dalam
protein (Abun, 2018). Proses deproteinasi diterapkan dalam pembuatan chitosan. Chitosan
merupakan bahan alami yang bermanfaat sebagai pengawet makanan karena tidak beracun dan
aman bagi kesehatan dan juga dapat digunakan sebagai pembungkus kapsul karena mampu
Enzim protease bisa diisolasi dari hewan, tanaman serta mikroorganisme seperti bakteri dan
banyak keuntungan, seperti mudah diproduksi dalam jumlag besar, efisien waktu dan dapat
dibuat secara berkesinambungan dengan biaya yang murah. Mikroorganisme yang dapat
menghasilkan protease dapat berupa bakteri, kapang maupun khamir. Protease dari bakteri
merupakan jumlah yang paling banyak dibandingkan dengan sumber lain (Naiola dan
Widhyastuti, 2002)
Pada penelitian yang dilakukan oleh Lestari 2018, isolat bakteri yang diisolasi dari sampel
oncom merah pasca fermentasi 72 jam, terdapat satu isolat bakteri yaitu isolat IROD3, yang
sekeliling koloni bakteri disekitar media Skim Milk Agar, kemudian Penelitain yang dilakukan
oleh Peni Koriasih 2019 menunjukan bahwa fermentasi Tapai Beras Ketan Hitam terdapat
bakteri asam laktat dan berperan sebagai agen anti kapang maka dari itu peneliti tertarik untuk
melakukakan penelitian yang membahas tentang tape beras ketan hitam karena belum ada
pelaporan mengenai aktivitas yang dapat menunjukan enzim protease pada Tape beras ketan
Hitam. Berdasarkan landasan yang didapat, peneliti tertarik melakukan penelitian tentang Isolasi
Bakteri asam laktat menggunakan fermentasi Tape Beras Ketan Hitam dengan metode 16s rRNA
1. Apakah Bakteri Asam Laktat ( BAL ) yang ada pada fermentasi beras ketan hitam dapat
2. Bagaimana karakteristik Bakteri Asam Laktat ( BAL ) penghasil enzim protease dari
1. Untuk memperoleh isolat Bakteri Asam Laktat ( BAL ) yang ada pada fermentasi beras
2. Untuk mengetahui Karakteristik Bakteri Asam Laktat ( BAL ) penghasil enzim protease
1. Mahasiswa
Hasil penelitian ini diharapkan dapat menjadi sumber informasi dan bahan bacaan bagi
2. Peneliti
Hasil penelitian ini diharapkan dapat menambah pengetahuan dan pengalaman peneliti
perkuliahan.
3. Akademik
Hasil penelitian ini diharapkan dapat menjadi referensi yang bersifat ilmiah dalam
4. Masyarakat
Hasil penelitian ini diharapkan dapat menjadi tambahan informasi bagi masyarakat.
BAB II. TINJAUAN PUSTAKA
Beras merupakan hasil olahan dari tanaman padi, yaitu setelah tangkai dan kulit bijinya
dilepaskan dengan cara digiling atau ditumbuk. Pengertian beras secara teoritis adalah daging
biji dari buah yang tersusun dalam mayang atau setangkai padi. Secara praktis, beras adalah
gabah yang bagian kulitnya telah dibuang dengan cara digiling dan disosoh (Damayanti dkk.,
2007).
Menurut Ayid 2013 , beras ketan hitam dalam sistematika tumbuhan diklasifikasikanke
dalam:
Divisio : Plantae
Kelas : Monocotyledoneae
Ordo : Poales
Famili : Poaceae
Genus : Oryza Sativa Linn.
Padi (Oryza sativa L.) merupakan tumbuhan musiman yang memiliki siklus hidup yang
pendek bervariasi sekitar 110-130 hari. Tinggi tanaman padi pada umumnya sekitar 1-2 m,
tergantung pada varietas dan kesuburan tanahnya. Akarnya berupa akar serabut. Batangnya
beruasruas. Daunnya terdiri atas helai daun dan pelepah daun. Helaian daunnya berbentuk datar
dengan panjang dan lebar yang bervariasi. Biji padi (caryopsis) sehari-hari dikenal sebagai beras.
Butir beras terdiri dari endosperm, aleuron, dan embrio. Kemudian tagmen dan lapisan terluar
Beras (Oryza sativa L.) merupakan salah satu kekayaan alam di Indonesia yang
menyumbang energi, protein dan juga zat besi masing-masing sebesar 63,1% ; 37,7% dan 25-
30% dari total kebutuhan tubuh (Yulia dan Casper, 2012). Berdasarkan warna beras, di Indonesia
dikenal beberapa jenis beras seperti beras putih, beras hitam, beras merah, dan beras ketan
Ketan hitam merupakan salah satu komoditi yang sangat potensial sebagai sumber
karbohidrat, antioksidan, senyawa bioaktif dan serat yang penting bagi Kesehatan. Beras ketan
hitam dapat diolah antara lain menjadi beberapa produk makanan seperti tape ketan, cake ketan
Secara umum kandungan beras ketan hitam adalah karbohidrat, lemak, protein dan
1 Amilopektin 1,2
2 Kalori 356
3 Protein 7,0
4 Lemak 0,7
5 Serat 3,1
6 Vit C 1,0
7 Vit B1 0,2
Komponen antosianin utama yang terdapat pada beras hitam (Oryza sativa L) adalah
Zawistowski et al., 2009). Berbeda dengan hasil yang ditunjukkan sebelumnya, Hiemori et al.
(2009), mengidentifikasi adanya antosianin jenis lain pada beras merah (Oryza sativa L.
japonicavar SBR) yaitu sianidin diheksosida (dalam 3 isomer yang berbeda) dan satu jenis
ketan hitam adalah 146,47 mg/100 g (Nailufar et. al., 2012) dan 25 mg/100 g (Suhartatik et. al.,
2013). Phetpornpaisan et. al. (2014) melaporkan bahwa bekatul beras ketan hitam memiliki
kandungan tinggi sianidin-3-glucosida, asam kafeat dan asam ferulat dan antioksidan yang
tinggi.
Protease adalah enzim yang berperan dalam reaksi pemecahan protein. Beberapa sumber
yang dapat menghasilkan enzim ini, yaitu dari tumbuhan, hewan dam mikroba. Mikroba lebih
sering digunakan karena kemampuannya untuk menghasilkan enzim yang bersifat termostabil
(Pramitha, 2014).
Enzim protease sangat penting dalam banyak prosedur pemrosesan makanan industri. Reaksi
yang dikatalisis oleh enzim protease ialah hidrolisis ikatan peptida protein, dimana reaksi ini
merupakan persyaratan yang khas untuk hidrolisis ikatan peptida oleh enzim protease
(deMan,1997).
Reaksi yang dikatalisis oleh protease Pentingnya protease dan tingginya daya jual enzim ini,
mendorong parailmuwan untuk mencari sumber – sumber protease baru yang bersifat produktif
yakni yang memiliki aktivitas tinggi. Saat ini, para ilmuwan mulai memanfaatkan limbah sebagai
Protease dari mikroba merupakan enzim konstitutif atau indusibel parsial. Enzim konstitutif
selalu tersedia di dalam sel mikroba dalam jumlah yang relatif konstan, sedangkan enzim
induktif disintesis bila ada induksi substrat dalam medium. Sintesis enzim induktif meningkat
Salah satu jenis limbah yang dihasilkan oleh industri pangan adalah limbah dari industri
tahu, makanan yang telah lama dikenal masyarakat Indonesia dan merupakan sumber protein
dengan harga yang terjangkau serta proses pembuatannya mudah. Limbah cair dari tahu
mengandung 9% protein, 0.69% lemak, dan 0.05% karbohidrat (Fatoni dkk., 2012).
Menurut Sulistyaningtyas (2006) dalam penelitian Fatoni dkk (2012), Komponen nutrisi
yang lengkap dari limbah cair tahu yang masih mengandung protein dengan kadar tinggi yang
2.3 Bakteri
Bakteri adalah mikrooganisme prokariot bersel tunggal yang hanya dapat dilihat
morfologinya dengan bantuan mikroskop. Keragaman bakteri dilihat dari berbagai sudut
pandang seperti: morfologi, fisiologi, dan genetik. Tiap-tiap habitat yang berbeda memberikan
dengan tanaman dan hewan. Dalam peranan mikroorganisme sebagai sumber enzim dikatakan
lebih menguntungkan karena pertumbuhannya cepat, tumbuh pada substrat yang murah, lebih
mudah ditingkatkan hasilnya melalui pengaturan kondisi pertumbuhan dan rekayasa genetik,
Bakteri Proteolitik
Bakteri proteolitik adalah bakteri yang mampu mendegradasi protein, karena memproduksi
pemutusan ikatan peptida pada protein. Untuk menentukan kemampuan mikroorganisme dalam
Bakteri asam laktat bersifat tidak motil, hidup secara anaerob, dan mampu tumbuh pada
kadar gula, alkohol dan garam yang tinggi (Widodo, 2017). Hal ini disebabkan karena bakteri
asam laktat bekerja tidak untuk membusukkan protein melainkan memfermentasi berbegai
bakteri asam laktat terbagi menjadi dua kelompok, yaitu: bakteri asam laktat homofermentatif
dan bakteri asam laktat heterofermentatif. Bakteri asam laktat kelompok homofermentatif hanya
menghasilkan asam laktat sebagai produk utama dalam memfermentasikan gula, sedangkan
untuk bakteri asam laktat kelompok heterofermentatif produk yang dihasilkan tidak hanya asam
laktat, melainkan senyawa-senyawa lain seperti: karbondioksida (CO2) dan etanol atau asetat
Proses fermentasi pada bahan pangan berguna untuk menumbuhkan mikroba penghasil
asam dan alkohol serta menghambat pertumbuhan mikroba preteolitik dan lipolitik yang dapat
membuat bahan pangan menjadi busuk dan bau (Yanti & Abdurrahim, 2013). Pembusukan ini
dapat terjadi karena adanya peromabakan, pemecahan dan pembentukan komponen yang baru
yang dilakukan oleh bakteri pembusuk (bakteri patogen). Terbentuknya komponen yang baru
pada bahan pangan yang mengalami pembusukan, maka akan menyebabkan perubahan pada
Bakteri asam laktat (BAL) terbagi menjadi 12 genus, yaitu: Lactococcus, Leuconostoc,
Tetragenococcus, Carnobacterium, Weissella dan Oenococcus. Dari kedua belas genus tersebut
bakteri asam laktat yang termasuk ke dalam homofermentatif ialah Pediococcus, Streptococcus
dan beberapa strain dari genus Lactococcus dan Lactobacillus, sedangkan yang termasuk ke
dalam heterofermentatif ialah Weissella, Leuconostoc dan beberapa strain dari genus
Mikroorganisme memiliki suhu minimum dan suhu maksimum yang berbeda-beda untuk
pertumbuhannya. Umumnya bakteri asam laktat termasuk ke dalam bakteri mesofilik dan
beberapa strainnya mampu hidup pada keadaan termofilik (Widodo, 2017). Bakteri mesofilik
ialah bakteri yang hidup subur pada suhu 250 -300 C dan kebanykan bakteri mesofilik ialah
bakteri perusak pada bahan pangan (Aminudin & Habib, 2009). Bakteri termofilik ialah bakteri
yang hidup subur pada suhu 450 -880 C. Bakteri yang termasuk ke dalam termofilik memiliki
protein yang tahan terhadap panas sehingga dapat beradaptasi dengan kondisi yang ekstrim
(Firliani et al,2014).
Pemanfaatan gen 16S rRNA telah digunakan sebagai parameter sistematik molekular yang
universal, representatif, dan praktis untuk mengkonstruksi kekerabatan filogenetik pada tingkat
jenis atau spesies. Hal ini disebabkan karena keberadaan gen tersebut tidak tergantung pada
Gen 16S rRNA memiliki daerah yang conserved (lestari) sehingga jadi pilihan yang tepat
jika digunakan dalam Polymerase Chain Reaction (PCR) dan analisis sekuensing untuk
Gen ini juga mempunyai hypervariable region yg adalah karakteristik spesial tiap
mikroorganisme. Analisis sekuensing gen 16S rRNA telah poly dipakai pada bidang
mikrobiologi. Metode berbasis molekuler ini dievaluasi cepat & seksama pada mengidentifikasi
konvensional (Rinanda,2011).
Identifikasi dengan 16S rRNA dilakukan berdasarkan perbandingan urutan basa yang
konservatif. Jika urutan basa memiliki persamaan yang tinggi maka strain dapat dimasukkan
dalam satu spesies yang sama. Sebaliknya jika derajat keasaman urutan basa gen penyandi 16S
Menurut Triana (2005) dalam Zulaika dkk (2012) mengatakan karakterisasi molekuler gen
16S rRNA terdiri dari beberapa tahap yaitu isolasi DNA kromosomal, PCR (Polymerase Chain
Reaction) dengan parsial universal primer forward dan universal primer reserve untuk
memproleh sekuen gen 16S rRNA, elektroforesis DNA hasil PCR dengan TE agarose,
Sekuensing gen 16S rRNA diharapkan pada memilih urutan nukleotida dalam fragmen DNA
yg terdeteksi menurut output visualisasi DNA yg teramplifikasi pada proses PCR. Selain itu,
sekuensing gen 16S rRNA sanggup mencari kecenderungan urutan nukleotida gen 16S rRNA
PCR merupakan suatu metode in vitro buat membentuk sejumlah akbar fragmen DNA
khusus menggunakan panjang & sekuens yg sudah dipengaruhi berdasarkan sejumlah mini
template kompleks. PCR adalah suatu tekhnik sangat bertenaga & sensitive yg bisa diaplikasi
pada banyak sekali bidang misalnya hayati molekuler, diagnostic, genetika populasi & analisis
tinggi dalam awal proses mengakibatkan pemisahan untai gandaDNA. Suhu dalam termin
denaturasi merupakan dalam kisaran 92 - 95°C, menggunakan suhu 94°C adalah pilihan
Suhu denaturasi yang tinggi membutuhkan kandungan yang GC yang tinggi dari
cetakan DNA, tetapi waktu paruh dari Taq DNA polimerase menekan secara tajam pada
b. Primer Annealing
Primer annealing adalah sosialisasi suatu utama terhadap DNA sasaran tergantung
dalam panjang untai, banyaknya kandungan GC, & konsentrasi utama itu sendiri.
Amplifikasi akan lebih efisien apabila suhu annealing tidak kurang dari 37°C agar
tidak terjadi mispriming. Oleh karena itu, pada suhu sekitar 55°C akan dihasilkan
amplifikasi produk yang mempunyai spesifisitas yang tinggi. Primer akan melekat dalam
urutan nukleotida yg sinkron menggunakan urutan utama itu sendiri & melekat dalam
posisi ujung -lima berdasarkan untai DNA sasaran yg sudah terurai dalam proses
Pada tahap ekstensi ini terjadi proses pemanjangan untai baru DNA, dimulai dari
posisi primer yang telah menempel diurutan basa nukleotida DNA target yang akan
bergerak dari ujung -5´ menuju ujung-3´ dari untai tunggalDNA. Proses pemanjangan ini
atau pembacaan informasi DNA yang diinginkan sesuai dengan panjang urutan basa
nukleotidayang ditargetkan (Fatchiyah dkk., 2011).
Komponen PCR
a. Cetakana DNA
b. Primer
e. Nukleotida (dNTP)
Elektroforesis adalah suatu cara yang dapat memisahkan fraksi – fraksi adonan dari atas
laju partikel – partikel koloid yg bermuatan, dibawah dampak medan listrik. Cara elektroforesis
poly dipakai buat analisa asam nukleat, virus, enzim & protein (Harun, 2018).
terjadinya difusi karena timbulnya panas dari arus listrik yangdigunakan. Gel poliakrilamid
adalah matriks penyangga yang dapat bermanfaat untuk menguraikan protein (Fatchiyah, 2011).
Alberts et al (2002) dalam Hidayat (2015) menyatakan bahwa Sodium Dodecyl Sulfate Poly
molekul protein dengan metode two- dimensional gel electroforesis yaitu menggunakan 2
macam gel dengan masing – masing buffer yang berbeda. Gel yang digunakan pada SDS –
Protein pada larutan membawa muatan elektrik eksklusif dalam seluruh nilai pH kecuali
dalam titik isoelektriknya sebagai akibatnya protein bisa bermigrasi pada suatu wilayah elektrik.
seperti jala menggunakan variasi berukuran pori. Pemisahan bisa dioptimasi menggunakan
mengganti derajat cross – linking gel. Pada sebagian akbar aplikasi, gel dijalankan menggunakan
nilai pH netral atau sedikit basa, dimana sebagian akbar protein bermigrasi ke arah anoda. Sistem
gel bisa meminimalisasi konveksi & difusi protein sebagai akibatnya dalam gel akan terpisah &
teknologi modern ini sudah dapat dilakukannya analisis terhadap jutaan sekuens DNA per tahun.
Kualitas analisis sekuensing sangat tergantung dalam faktor kecepatan mekanisme kerja &
Sekuensing adalah proses penentuan urutan nukleotida dalam suatu fragmen DNA atau
RNA. Pada dasarnya terdapat 2 metode yg dipakai yaitu metode Maxam-Gilbert & metode
Metode Maxam-Gilbert ini melibatkan proses degradasi kimiawi terhadap fragmen DNA
yang akan disekuens. Fragmen DNA yang telah dilabel radioaktif, pada salah satu ujungnya
dipotong tak sempurna dalam empat reaksi kimia yang terpisah. Keberhasilan mensekuens DNA
dengan metode ini ditentukan kespesifikan reaksi pemotongan yang dilakukan dua tahap yaitu
basa tertentu mengalami modifikasi kimiawi dan basa yang telah termodifikasi tersebut
dihilangkan dari gugusan gula dan ikatan fosfodiester 5’ dan 3’ tersebut dipotong (Muliani 2016)
pendekatan sistesis molekul DNA baru dan pemberhentiannya sintesis tersebut pada basa
tertentu. Metode yang sering digunakan yaitu metode Sanger (Muliani, 2016). Teknik Sanger ini
berkembang setelah orang menciptakan mesin DNA sequencer. Pada prinsipnya keanekaragaman
dapat dilihat dari urutan atau sekuen DNA dari fragmen tertentu dari suatu genom organisme.
Sekuensing DNA akan menghasilkan sekuen DNA yang digambarkan sebagai untaian abjad
Penelitian ini akan dilaksanakan dari bulan Februari – Juni 2021 di Laboratorium
Terpadu) Pusat Diagnostik dan riset Penyakit Non Infeksius Fakultas Kedokteran Universitas
Andalas.
3.2.1 Alat
Erlenmeyer, gelas ukur, rak tabung reaksi, pipet tetes, pipet ukur, pompa pipet, Masker,
timbang analitik, pisau, toples kaca, tabung reaksi, cawan petri, jarum ose, pinset, bunsen,
Sarung tangan, lemari pendingin, laminar air flow, autoklaf, mikrotube, mikropipet, jangka
sorong, kertas label, plastik wrap, aluminium foil, tisu, kapas, kasa, mikroskop cahaya, kaca
objek, kertas koran, kompor, seperangkat alat PCR, , cover glass, tabung eppendorf,
thermoblock, freezer, tabung spin column, colection tube, kapas, aluminum foil, autoclave,
3.2.2 Bahan
Bahan yang digunakan dalam penelitian ini adalah Tapai Beras Ketan Hitam, MRSA, NaCl
0.9%, aquadest steril, air destilasi, etanol 95%, etanol 70%, ragi merk NKL, daun papaya, daun
talas, daun jati, bubuk agarose, TBE buffer, CaCO3, H2O3 3%, susu skim 20 gram, agar 24 g /
L, pewarna kristal violet,mordan atau lugol, alkohol atau aseton, pewarnaan safranin, pewarna
malakit hijau, enzim protease murni, buffer GP1, primer universal 27 F (5’-
AGAGTTTGATCMTGGCTCAG-3) dan 1492 R (5’-GGTTACCTTGTTACGACTT-3’), buffer
GP2, buffer GP3, buffer W1, elutionbuffer, wash buffer, GoTaq Green Master Mix 12,5 µl,
Bubuk agarose 0.8%, TBE buffer, gel (sop microwave), Nutrient Broth, amplicon.
Sampel adalah Beras Ketan Hitam yang dibeli disekitar Pasar Lubuk Buaya, Kecamatan
Koto Tangah, Kota Padang, Sumatra Barat. Sampel diidentifikasi di Herbarium Fakultas MIPA
3.3.2 Pembuatan Tapai Beras Ketan Hitam , Sterilisasi Alat dan Pembuatan Media.
3. Ditimbang seberat 300 gram dan dibagi menjadi 3 bagian yang mana masing-
5. Beras ketan yang sudah ditaburi ragi kemudian nantinya ada yang ditutup dengan daun
talas, daun jati dan daun pepaya. Difermentasi selama 1 sampai 3 hari . Terjadilah
b. Sterilisasi Alat
Peralatan dicuci dan dikeringkan terlebih dahulu sebelum aqua diseterilkan. Cawan petri
dibalut dengan koran, tabung reaksi, pipet ukur dan pipet tetes ditutup mulutnya dengan
kapas kemudian dilapisi dengan kertas koran. Alat-alat disterilisasi di oven dengan suhu
160°C ± 1 jam. Mulut erlenmeyer ditutup dengan kapas dan gelas ukur ditutup dengan
kapas dan dibungkus satu persatu dengan kertas koran kemudian disterilkan dalam
autoklaf pada suhu 121°C selama 15 menit lalu pinset, jarum ose dan kaca objek
Sejumlah 68,2 gram serbuk MRSA ditimbang, media ini di suplementasi dengan CaCO3
1% lalu dilarutkan dalam 1 liter air destilasi dan dipanaskan hingga mendidih lalu media
disteril isasi menggunakan autoclaf suhu 121 derajat celcius ± 15 menit (Amaliah, 2018).
Sebanyak 1,5 gram serbuk SIM dilarutkan dengan 50 ml aquadest dan dihomogenkan
Proses isolasi bakteri asam laktat dari tape ubi singkong diawali dengan mengambil
sebanyak 5 gram tape dihomogenkan dengan 45 mL NaCl 0,9% lalu dihomogenkan dengan
vortex. Pengenceran secara bertahap dilakukan dari 10-1- 10-6. Selanjutnya, hasil pengenceran 10-
4
-10-6 disebar diambil menggunakan pipet sebanyak masing-masingnya 1 dan ditanam dan
ditaburkan kedalam media DeMan Rogosa and Sharp agar (MRSA) pada cawan petri. Petri yang
3.3.4 Pemurnian
Setelah diisolasi maka selanjutnya dipilih 3 koloni yang diidentifikasi sebagai bakteri
asam laktat yang mana nantinya akan ditanam pada media MRS Agar pada cawan petri yang
berbeda lalu diisolasi di inkubator suhu 37°C ± 48 jam yang diulangi sebanyak 2 kali.
3.3.5 Identifikasi Bakteri Asam Laktat
a. Pewarnaan Gram
Aquades steril pada tetes kan diatas gelas obyek lalu dibubuhi 1 ose bakteri umur 48 jam
& diratakan dalam bagian atas atas gelas obyek. Selanjut nya preparat difiksasi sampai
terbentuk noda. Diatas noda tadi diteteskan pewarna kristal violet (gr A) & dibiarkan selama
1 mnt lalu pada cuci menggunakan air mengalir & dikering anginkan. Selanjutnya ditetesi
menggunakan larutan mordan atau lugol (gr B) & dibiarkan selama 1 menit lalu dicuci
menggunakan air mengalir & dikering anginkan. Tahap selanjutnya merupakan ditetesi
menggunakan alkohol-aseton (gr C) hingga cat luntur & nir berwarna. Tahap terakhir
menurut pengecatan gr ini merupakan ditetesi menggunakan pewarna safranin (gr D) selama
30 detik, lalu dicuci menggunakan air mengalir & dikeringkan. Objek glass ditutup
menggunakan deck glass & diamati pada bawah mikroskop menggunakan perbesaran 1000x.
b. Uji Motilitas
Isolat bakteri ditusukkan kedalam SIM memakai ose lancip, kemudian diinkubasi dalam
suhu 37℃ selama 48 jam. apabila pertumbuhan bakteri menyebar maka bakteri tadi bersifat
motil & apabila pertumbuhan bakteri tidak menyebar, hanya berupa garis sepanjang tusukan
c. Uji Katalase
Aquades steril pada tetes kan diatas gelas obyek lalu dibubuhi 1 ose bakteri umur 48 jam
& diratakan dalam bagian atas atas gelas obyek kemudian ditetesi menggunakan H2O3 3%,
didiamkan selama 1 menit. Jika muncul gelembung udara menandakan katalase positif dan
Gelas obyek difiksasi diatas bunsen lalu NaCl ditambahkan pada gelas obyek setelah itu
diberi1 ose bakteri 48 jam dan diratakan pada bagian gelas obyek. Preparat difiksasi dengan
melewatkannya diatas bunsen beberapa kali. Preparat yang telah di fiksasi digenangi
menggunakan pewarna malakit hijau dan dipanaskan (dijaga agar pewarna tidak kering), lalu
dicuci menggunakan aquadest, Langkah selanjutnya diteteskan safranin dikaca objek serta
(perbesaran 1000x) agar mengetahui adanya spora pada sel(endospora). Isolat BAL tidak ada
Komposisi media skim milk agar (Widhyastuti & Dewi, 2001) yang telah dimodifikasi,
yaitu media agar skim milk mengandung 8 gram susu skim dan 9,6 gram agar per liter.
Sebanyak 8 gram skim milk agar dan 9,6 gram agar dihomogenkan menggunakan 400 ml
akuades lalu dipanaskan diatas hot plate, kemudian disterilkan di autoclave pada suhu 121℃
selama 15 menit
Media MRSB dibuat dengan menimbang 2,61 gram serbuk MRSB kemudian dilarutkan
dipipetkan kedalam tabung reaksi bertutup sebanyak 3 ml dan disterilkan pada suhu 121℃
media agar dengan menggunakan 1% skim milk (Nespolo et al., 2010). Uji aktivitas
proteolitik menggunakan cara kerja Benson (2001) memakai kultur cair isolat yang didapat
dari hasil isolasi setelah itu diinokulasikan ke paper disc blank sebanyak 10 μL pada media
skim milk agar (1%), diinkubasi pada temperatur 30ºC dengan memakan waktu 1-3 hari.
Inokulasi bakteri memakai cara dengan memasukkan paper disc ke dalam kultur cair isolat
bakteri memakai pinset. Aktivitas proteolitik tampak jika zona jernih di sekitar paper disc.
Uji aktivitas proteolitik pengamatan dilakukan dengan waktu 48 jam. Berdasarkan tiap
Permukaan media skim milk diberikan 1 buah kertas cakram yang ditanam enzim
protease murni (Proteinase-K) sebagai kontrol positif, kemudian diinkubasi dalam inkubator
a. Isolasi DNA
Isolat bakteri asam laktat terpilih di media miring diambil menggunakan pipet mikro dan
ke dalam tabung eppendorf yang berisi buffer GP1 sebanyak 400 μL, kemudian dikocok.
1 menit, disentrifugasi 2 menit pada 10.000 rpm. Supernatan dipindahkan pada tabung spin
column, dan ditambahkan buffer GP3 sebanyak 750 μL. Sebagian dari supernatan
dipindahkan pada colection tube beserta spin column lalu disentrifugasi dengan kecepatan
10.000 rpm selama 1 menit. Ditambahkan sisa supernatan yang ada dengan buffer GP3.
Selanjutnya disentrifugasi 10.000 rpm dengan waktu 1 menit, filtrat dibuang. Ditambahkan
buffer W1 sebanyak 400 μL ke dalam tabung spin column disentrifugasi pada kecepatan
10.000 rpm selama 1 menit. Setelah itu filtrat dibuang lalu dilakukan pencucian kedua
dengan mencampurkan wash buffer sebanyak 600 μL sentrifugasi kecepatan 15.000 rpm 1
menit. Sementara itu elutionbuffer dipanaskan pada thermoblock pada suhu 60℃. Setelah
sentrifugasi selesai, membran dengan DNA dipindahkan ke tabung eppendorf baru dan
dikering-anginkan lebih kurang 2 menit. Membran ditambahkan elution buffer sebanyak 100
μL ke tabung collection tube dan spin column. Terakhir disentrifugasi pada kecepatan 10.000
primer universal 27 F
Primer Forward
(5’AGAGTTTGATCMTGGCTCAG-3)
Primer 27 F 1 µl
Primer 1429 R 1 µl
DNA tamplate 1 µl
ddH2O 9,5 µl
Total 25 µl
Suhu Waktu
Denaturasi Awal 1
95o 1 Menit
siklus
DenaturasiSebanyak
95 o 30 detik / siklus
35 kali siklus
Ektensi Akhir 1
72 o 7 Menit
siklus
dicampur dan dididihkan gel (sop microwave) selama 1-2 menit sampai larut hingga
berwarna jernih, lalu tuangkan dalam cetakan Casting tray beserta sisirnya. Sampel sebanyak
7 μl amplicon produk pcr dan 3 μlloading dye dimasukkan kedalam sumur gel dengan
dinyalakan selama 60 menit, 100 volt. Visualisasi dilakukan dengan sinar UV pada UV-
Proses sekuensing dilakukan dengan mengirim data ke 1st BASE Malaysia melalui PT.
Genetika Science. Hasil sekuensing DNA dianalisis menggunakan metode BLAST secara
pada Gen Bank untuk mencari kesamaan urutan nukleotida gen 16S rRNA dalam
menentukan spesies isolat bakteri asam laktat dari Tapai Beras Ketan Hitam yang memiliki
Analisa menggunakan analisis eksperimental dan deskriptif antara lain dengan melihat
hasil dari isolasi dan identifikasi bakteri teknik molekuler berbasis rRNA dengan metode
Polymeras Chain Reaction, dimana seluruh data diperoleh dari isolasi dan pengamatan yang
telah dulakukan selama proses kerja yaitu dengan pengumpulan data, pengamatan secara
Agus, A. (2016). Kemampuan Tumbuh Isolat Bakteri Asam Laktat Asal Saluran Pencernaan
Broiler Umur Tiga Hari pada Berbagai Uji Probiotik (Doctoral dissertation, Universitas
Islam Negeri Alauddin Makassar).
Akhdiya, A. 2017. Isolasi bakteri penghasil enzim protease alkalin termostabil. Buletin Plasma
Nutfah, 9 (2), 38-44.
Anggereini, E. Random amplified polymorphic DNA (RAPD), suatu metode analisis DNA
dalam menjelaskan berbagai fenomena biologi. Biospecies, 2012, 1.2.
Amaliah, Z. Z. N., Bahri, S., & Amelia, P. (2018). Isolasi dan karakterisasi Bakteri Asam Laktat
dari limbah cair rendaman kacang kedelai. Jurnal Fitofarmaka Indonesia, 5(1), 253-257.
Arulmani, M., Aparanjini, K., Vasanthi, K., Arumugam, P., Arivuchelvi, M., & Kalaichelvan, P.
T. (2007). Purification and partial characterization of serine protease from thermostable
alkalophilic Bacillus laterosporus-AK1. World Journal of Microbiology and
Biotechnology, 23(4), 475-481.
Arum, H. P. (2014). Pengaruh jumlah ekstrak jahe dan susu skim terhadap sifat organoleptik
yoghurt susu kambing etawa. Jurnal Tata Boga, 3(3).
Asoodeh, A., & Mohammadian Musaabadi, H. (2012). Purification and characterization of a
thermostable neutrophilic metalloprotease from Pseudomonas sp. DR89. Iranian
Journal of Biotechnology, 10(2), 120-128.
Badriyah, B.I; Ardyati, T. Deteksi Aktivitas Proteolitik Isolat Bakteri Asal Ampas Tahu Pada
Substrat Bekatul. Biotropika: Journal of Tropical Biology, 2013, 1.3: 109-113
Bisping, B., G. Daun. and G. Haegan. 2005. Aerobik Deproteinization and Decalcification of
Shrimp Wastes for Chitin Extraction. Discussion Forum “Prospect of Chitin Production
and Aplication In Indonesia”. Held on, 14th September 2005, BPPT 1th building, 9th
floor, Jakarta.
Damayanti, E., Tjing, L. T., dan Arbianto, L., 2007, Rice Bran, Penebar Swadaya, Depok.
Darmawati, S. dkk., 2014. Phylogenetic relationship of Gram Negative Bacteria of
Enterobacteriaceae Family in the Positive Widal Blood Cultures based on 16S rRNA
Gene Sequences. Indonesian Journal of Biotechnology, 19(I), pp.64–70
Fatchiyah dkk., 2011., Biologi Molekuler-Prinsip Dasar Analisis. 8th ed. Erlangga. Jakarta.
Fatchiyah, Estri, L. A, Sri, W., dan Sri, R. 2011. Biologi Molekular Prinsip Dasar Analisis.
Erlangga. Jakarta
Fatimawali; Badaruddin, F; Yusuf, I. Isolasi dan identifikasi bakteri resisten merkuri dari muara
Sungai Sario yang dapat digunakan untuk detoksifikasi limbah merkuri. Jurnal Ilmiah
Sains, 2011, 11.2: 282-288.
Fatoni, Amin, et al. Isolasi dan Karakterisasi Protease Ekstraseluler dari Bakteri dalam Limbah
Cair Tahu. Jurnal Natur Indonesia, 2012, 10.02.
Firliani,W., Agustien, A., dan Febria, F. 2014 Karakteristik Bakteri Termofilik Penghasil Enzim
Protease Netral. Jurnal Biologi, 4(1): 9-14.
Grist, D. H., 1960, Rice, Formerly Agricultural Economist Colonial Agricultural Service, Green
and Co Ltd, London.
Hari Yati, S. R. I. (2017). Pengaruh Penggunaan Dosis Dan Jenis Ragi Terhadapkualitas
Fermentasi Tape Ketan Hitam (Oryza sativa var. Glutinosa). jurnal PENGARUH
PENGGUNAAN DOSIS DAN JENIS RAGI TERHADAPKUALITAS FERMENTASI
TAPE KETAN HITAM (Oryza sativa var. Glutinosa).
Harley JP. Laboratory Exercises in Microbiology, Sixth Edition. New York: The McGraw-Hill
Companies, Inc; 2005
Harun, A., Muchlissin, S. I., Mukaromah, A. H., Darmawati, S., & Ethica, S. N. (2018). Isolasi
Bakteri Penghasil Enzim Protease Staphylococcus hominis pada Oncom Merah Pasca
Fermentasi 120 Jam. In PROSIDING SEMINAR NASIONAL & INTERNASIONAL (Vol.
1, No. 1).
Harvianti, Y. 2017 Identifikasi Molekuler Bakteri Endofit Penghasil Fitase Asal Tanaman
Jagung Zea Mays L.) Berbasis Gen 16S rRNA. Skripsi. Fakultas Sains Dan Teknologi
Uin Alauddin. Makassar
Hasanah, U. 2014. Bakteri Asam Laktat dari Daging Ikan Peda Sebagai Agen Probiotik dan
Enzim Kolesterol Reduktase. Jurnal Keluarga Sehat Sejahtera, 12(23):18.
Haspianti, H. Pengaruh Penambahan Tepung Daun Pepaya (Carica Papaya) dan Lama
Pemanasan Terhadap karakteristik fisik, kimia dan organoleptik Minyak Kelapa. Jurnal
Sains dan Teknologi Pangan, 1(2).
Hiemori M, E. Koh, and A.E.Mitchell. 2009. Influence of Cooking Onanthocyanins in Black
Rice (Oryza sativa L. japonica var.SBR). Journal of Agricultural and Food Chemistry,
57:1908-1914
Hidayat, C.L., Analisa Profil Protein Gelatin Babi dan Gelatin Sapi Cangkang Kapsul Lunak
Menggunakan Metode SDS-PAGE (Sodium Dodecyl Sulphate Poly Acrylamide Gel
Electrophoresis). 2015.
Hu C., J. Zawistowski, W.H. Ling, and D.D.Kitts. 2003. Black rice (Oryza sativa L. indica)
Pigmented Fraction Suppresses Bothreactive Oxygen Species and Nitric Oxide in
Chemical Andbiological Model Systems. Journal of Agricultural and Food Chemistry,
51: 5271-5277.
Imawati, R. (2015). Isolasi dan Identifikasi Bakteri Endofit dari Rimpang Temulawak (curcuma
xanthorizza) sebagai Penghasil Senyawa Antibakteri Pseudomonas aeruginosa
danStaphyllococcus epidermidis. 1–9.
Ismail, Y. S., Yulvizar, C., & Putriani, P. (2017). Isolasi, karakterisasi dan uji aktivitas
antimikroba bakteri asam laktat dari fermentasi biji kakao (Theobroma cacao L.). Jurnal
Bioleuser, 1(2).
Joko, T., Kosumandari, N., & Hartono, S., 2011. Optimization Of Pcr Method For The Detection
Of Pectobacterium carotovorum. Jurnal Perlindungan Tanaman Indonesia, 17(2), 54–
59.
Kamal, S. Nurliana, Jamin, Sulasmi, Hammy dan Fakhrurrazi. 2016. Total Bakteri Psikotropika
Nila yang Diberi Peningkatan Suhu pada Saat Pemeliharaan.Jurnal Medika Veterinaria,
10(1):37-40.
Kamelia R, M Sindumarta dan D Natalia. 2005. Isolasi dan karakterisasi protease intraselular
termostabil dari bakteri Bacillus stearothermophillus RP1. Prosiding Seminar Nasional
MIPA. Universitas Indonesia Depok, 24-26 November.
Koriasih, P., Jannah, S. N., & Raharjo, B. (2019). Isolasi bakteri asam laktat dari tape ketan dan
potensinya sebagai agen antikapang terhadap pertumbuhan Aspergillus flavus. NICHE
Journal of Tropical Biology, 2 (2), 7-13.
Laily, I. N., Utami, R., & Widowati, E. (2013). Isolasi dan karakterisasi bakteri asam laktat
penghasil Riboflavin dari produk fermentasi sawi asin. Jurnal Aplikasi Teknologi
Pangan, 2(4).
Lestari, D. A., Muchlissin, S. I., Mukaromah, A. H., Darmawati, S., & Ethica, S. N. (2018).
Isolasi bakteri penghasil enzim protease Bacillus megaterium irod3 dari oncom merah
pasca fermentasi 72 jam. In Prosiding Seminar Nasional & Internasional (Vol. 1, No.
1).
Mahajan RT & Badgujar SB. 2010. Biological aspects of proteolytic enzymes: A Review. J
Pharm Res. 3 (9): 2048-2068
Mambrasar, R., B. Prasetyo, dan M. Martosupono. 2010. Antioksidan dan Immunomodulator
Pada Serealia. Seminar Nasional Pendidikan Biologi.
Mardalena. 2016. Fase Pertumbuhan Isolat Bakteri Asam Laktat (BAL) Tempoyak Asal Jambi
yang Disimpan Pada Suhu Kamar. Jurnal Sain perternakan Indonesia, 11(1):58-66
Moon SH and Parulekar SJ. 1993. Some Observation On Protease Producing In Continuous
Suspention Cultures of Bacillus firmus. Biotechnology and Bioengineering 41.43-45.