Supramolekul

Makromolekul

1
 Supramolekul
Definisi IUPAC
• Suatu molekul dengan bobot molekul besar
yang terdiri dari pengulangan unit-unit
penyusunnya dengan bobot molekul yang
lebih kecil
• Secara umum untuk menggambarkan suatu
molekul yang besar
• Contoh: karbohidrat, lipid, protein

2
Salah satu makromolekul yang
penting “PROTEIN”
Protein merupakan target utama dari
obat
Utamanya: enzim, reseptor, protein
transport, asam nukleat (DNA, RNA)

3
Penyusun protein

Asam Amino

4
Asam amino
• Merupakan ion dipolar
• Ikatan peptide menghubungkan antar asam
amino
• Rantai samping asam amino bersifat nonpolar,
polar, atau bermuatan
• Nilai pKa dari gugus yang dapat terionisasi
tergantung pada gugus didekatnya
• Nama-nama asam amino dapat ditulis dalam
bentuk singkatan
5
Struktur asam amino

6
L-α-amino acid

7
Asam amino suatu dipolar ion atau
zwitter ion pada pH fisiologis

8
Asam amino suatu dipolar ion atau
zwitter ion pada pH fisiologis

pH = 7.4

9
10
11
Properties of amino acid side chain

12
Properties of amino acid side chain

13
Properties of amino acid side chain

14
 pI
• pI adalah titik isoelektrik
• pI merupakan pH dimana muatan + dan – di
asam amino sama jumlahnya
• pI merupakan nilai tengah pH diantara pKa
dari spesies isoelectric suatu asam amino.
• Pada pI asam amino tidak dapat bergerak lagi
sehingga dapat digunakan dalam pemisahan
campuran asam amino

15
pI

16
Ikatan peptida
• Menghubungkan antar asam amino

17
Nama asam amino disingkat

18
Protein struktur

19
 Interaksi obat dengan makromolekul

- Binding : suatu proses yang terlibat dalam interaksi obat dengan macromolekul (target)
- Binding site : Bagian tertentu dari makromolekul dimana ikatan terjadi 20
 Interaksi obat dengan makromolekul
• Ikatan kovalen
• Interaksi non kovalen :
– 1. Interaksi elektrostatik atau ionik
– 2. Interaksi hidrogen
– 3. Interaksi Van der Waals
– 4. Interaksi dipol-dipol dan ion-dipol
– 5. Interaksi Repulsive
– 6. Interaksi hidrofobik

21
PTC : peptidyltransferase
center (ribosom)

22
23
Model mekanisme aksi penghambatan oleh linezolid selama translasi. Proses A-D merupakan
proses translasi yang berlangsung secara normal, sedang E-H proses translasi yang dipengaruhi
oleh adanya linezolid (merah). Ribosom sub unit kecil (kuning transparant) dan besar (biru)24
Sel parietal

25
Mekanisme penghambatan pompa
proton oleh lansoprazole
26
 Ikatan kovalen
• Ikatan yang paling kuat
• Kekuatan ikatan 200 – 400 kJ/mol
• Mengakibatkan durasi aksi obat lebih panjang
• Contoh: mekanisme aksi lansoprazole

27
 Interaksi elektrostatik atau ionik
• Kekuatan ikatan 20 – 40 kJ/mol (terkuat diantara
interaksi non kovalen)
• Terjadi diantara gugus yang mempunyai muatan
berlawanan (+ dan -)
• Interaksi yang paling penting diantara interaksi
non kovalen yang lain
• Kekuatan ikatan tergantung:
– Jarak diantara 2 muatan atom (semakin jauh jarak
antara 2 muatan maka kekuatan ikatan makin lemah)
– Sifat lingkungan (hidrofobik meningkatkan interaksi
ionik)

28
Interaksi elektrostatik atau ionik

29
 Interaksi elektrostatik atau ionik
• Untuk asam amino tertentu dalam suasana pH
7,4 bisa mengalami protonasi (asam amino
dengan residu basa) atau deprotonasi (asam
amino dengan residu asam)

30
Interaksi elektrostatik atau ionik

31
Interaksi elektrostatik atau ionik

32
 Interaksi hidrogen
• Interaksi yang terjadi antara heteroatom yang
kaya elektron (mempunyai pasangan elektron
bebas ex: biasanya O, N) dengan hidrogen
yang kekurangan elektron (terikat secara
kovalen dengan atom elektronegatif ex: O,N)

33
 Interaksi hidrogen
Hydrogen bond donor (HBD)
• Gugus yang mengandung atom hidrogen (δ+)
terikat pada heteroatom (atom elektronegatif)
• Gugus ini akan memberikan atom H (δ+) untuk
membentuk interaksi hidrogen
Hydrogen bond acceptor (HBA)
• Gugus yang mempunyai atom yang kaya akan
elektron (mempunyai pasangan elektron bebas)
• Gugus ini akan menerima atom H (δ+) untuk
membentuk interaksi hidrogen

34
 Interaksi hidrogen
Hydrogen bond flip-flop
• Gugus fungsi yang dapat bersifat sebagai HBD
dan HBA
• -OH, -NH2
• Jika gugus ini ada dalam dalam binding site
maka gugus tersebut dapat berinteraksi
dengan ligan sebagai HBD sedang dengan
ligan yang lain sebagai HBA

35
Interaksi hidrogen

- Kekuatan interaksi hidrogen

tergantung sudut interaksi yang
terjadi
- Sudut 180O : interasi paling kuat
- 130O – 180O : interaksi moderat
- < 90O : interaksi lemah
36
 Interaksi hidrogen
• Kekuatan interaksi antara 16 – 60 kJ/mol (10 x
lebih lemah dari ikatan kovalen)
• Jarak interaksi 1,5 – 2,2 Å (kovalen 1,0 – 1,5 Å)
• Kekuatan interaksi hidrogen dipengaruhi oleh
kuat lemahnya HBD dan HBA

37
Hydrogen bond acceptor

38
Hydrogen Bond Donor

39
 Interaksi Van der Waals
• Kekuatan ikatan 2 – 4 kJ/mol (interaksi yang
sangat lemah)
• Juga disebut gaya London, dipol induced dipol
• Melibatkan bagian hidrofobik baik dari
makromolekul (reseptor) dengan bagian dari
obat
• Molekul tidak mempunyai dipol yang
permanen

40
Interaksi Van der Waals

41
 Interaksi dipol-dipol dan ion-dipol
• Interaksi yang terjadi antara dipol-dipol yang
berlawanan
• Pada molekul terbentuk dipol yang permanen
• Kekuatan ikatan sangat dipengaruhi oleh jarak

42
Interaksi dipol-dipol

43
Interaksi ion-dipol

44
 Interaksi hidrofobik
• Interaksi yang terjadi jika bagian hidrofobik
dari molekul obat dan bagian hidrofobik dari
makromolekul yang dikelilingi oleh air saling
mendekat (berinteraksi)
• Meningkatkan kekacauan atau entropy (ΔS)
dan menimbulkan energi ikatan (ΔG= ΔH-T ΔS)
• Semakin negatif ΔG maka ikatan akan semakin
kuat
• Kekuatan interaksi 0,1-0,2kJ/mol
45
Interaksi hidrofobik

46