BIOKIMIA SEL

Tia Wida Ekaputri Hz, S.Si., M.Sc.

FKIK UNJA
 BIOKIMIA SEL
• Sel merupakan kompartemen tertutup
terdiri dari organel intraseluler dan sitosol
yang dibatasi oleh membran plasma
terpisah dari ruang ekstraseluler
• Biokimia berfokus pada pemahaman dasar
terhadap reaksi kimia molekul-molekul
biologis yang terjadi di dalam sel hidup
• Reaksi-reaksi membutuhkan enzim
 Klasifikasi Molekul
Molekul anorganik (Mikromolekul):
• Air: H20
• Mineral : kalsium (Ca), fosfor (P), kalium (K), sulfur (S),
natrium (Na), klor (Cl), magnesium (Mg), besi (Fe),
mangan (Mn) dan iodium (I).

Molekul organik (Makromolekul):

• Karbohidrat (C, H, O)
• Protein (N)
• Lipid
• Asam nukleat
Komponen utama dalam sel

MAKROMOLEKU
L
• Molekul di dalam tubuh baik yang
sederhana sampai dengan yang kompleks
dapat terbentuk karena adanya ikatan
kimia.
• Ikatan kimia digolongkan menjadi 2 yaitu
ikatan kovalen dan ikatan non kovalen.
• Ikatan non kovalen terdiri atas ikatan ionik,
ikatan hidrogen dan ikatan Van Der Waals
 AIR
• Sekitar 60-90% tubuh organisme adalah air
• Air diperlukan pada hampir semua reaksi di
dalam tubuh
• Air merupakan produk akhir utama dari
metabolisme oksidatif makanan. Dalam
reaksi-reaksi metabolik, air berfungsi
sebagai reaktan tetapi juga sebagai produk.
• Air disebut sebagai pelarut universal
 Molekul dengan penyusun KARBON
• Selain air, sel paling banyak
terdiri dari molekul dengan
penyusun karbon
• Kimia organik adalah studi
tentang komponen karbon
• Karbon memiliki 4 elektron
pada kulit terluar yang dapat
menampung 8 elektron
• Karbon dapat berbagi
elektronnya dengan atom
lain membentuk 4 ikatan
kovalen
HIDROKARBON
• Molekul dengan
komponen karbon
paling sederhana.
Hanya terdiri dari C
dan H.
• Karbon berikatan
dengan karbon yang
lain membentuk
rangka karbon yang
bentuknya beragam
 Makromolekul
Monomer  Polimer
 Makromolekul
Makromolekul Lipid bukan polimer sejati
Lipid terdiri dari beberapa sub-kelompok, yang
terpenting, yaitu lemak, fosfolipid, dan steroid.
• lemak (aka: trigliserida) = gliserol + 3 asam
lemak
• fosfolipid = kolin + gugus fosfat + gliserol + 2
asam lemak
• steroid (ex: kolesterol)= rantai hidrokarbon
siklis
 KARBOHIDRAT
• Karbohidrat tersusun dari C, H, O
• Rumus umum: (CH2O)n untuk KH
sederhana, Cx(H2O)n untuk KH kompleks
• KH sederhana: glukosa, fruktosa (gula)
penting untuk reaksi metabolik
• Dari mana asal karbohidrat?
• Fungsi karbohidrat sebagai penyedia energi
untuk metabolisme
• Monosakarida (KH sederhana) penting untuk
reaksi metabolik. Contoh: glukosa merupakan
substrat utama untuk sintesis ATP
• Polisakarida (KH kompleks) penting sebagai unit
struktural dan penyimpanan. Contoh:
polisakarida merupakan komponen struktural
membran sel, selulosa pada dinding sel,
sedangkan pati sebagai bahan cadangan
makanan
• Monosakarida adalah KH yang tidak bisa lagi
dihidrolisis.
• Jika monosakarida mengandung gugus
aldehid, maka disebut aldosa; jika mengandung
gugus keton, maka disebut ketosa.
• Monosakarida paling penting yaitu glukosa.
Glukosa dapat diperoleh dengan memecah
disakarida sukrosa menjadi glukosa dan
fruktosa atau dengan cara memecah pati.
• Glukosa disebut aldoheksosa dan dekstrosa
yang jumlahnya banyak di alam.
• Disakarida adalah KH yang terdiri dari 2
monosakarida
• Disakarida terbentuk ketika 2
monosakarida bergabung dan sebuah
molekul air dilepaskan
• Contoh gula susu laktosa dibentuk dari
glukosa dan galaktosa, sedangkan gula
buah sukrosa dibentuk dari glukosa dan
fruktosa
Ikatan glikosidik adalah ikatan
kovalen antara 2 monosakarida
membentuk disakarida dengan
melepaskan 1 molekul air
• Polisakarida
merupakan KH
kompleks terdiri
dari
monosakarida
yang berikatan
panjang
 PROTEIN
• Protein (peptida) adalah polimer yang terbentuk
dari monomer yang disebut asam amino
• Protein terbentuk dari ikatan 20 asam amino
berbeda-beda
• Fungsi protein untuk pertumbuhan struktur sel,
sebagai hormon dan enzim, Dll (lihat tabel di
akhir PPT)
• Ada 4 tipe umum protein, sebagai: penyimpanan,
struktural, kontraktil, dan transport
 20 macam
monomer
asam amino
• Struktur umum Amino Carboxyl
group group
asam amino terdiri
dari satu karbon
sentral dengan 4 R group
komponen terikat,
yaitu: gugus amina
(-NH2), gugus
karboksil (-COOH),
hidrogen (-H), dan
gugus samping/ Side
groups
residu (-R)
Serine-hydrophillic
Leucine -hydrophobic
Pengikatan asam
amino Amino
Side
Terdapat proses Group
di dalam sel yang
menggabungkan
asam amino
untuk
membentuk
protein. Ikatan
peptida
menggabungkan
dua asam amino
Peptide Bond
 PROTEIN SEBAGAI ENZIM
• Banyak protein berperan sebagai katalis atau
enzim
• Enzim mengontrol kecepatan reaksi kimia
dengan cara melemahkan ikatan sehingga
mengurangi jumlah energi aktivasi yang
dibutuhkan reaksi
• Enzim merupakan protein globular yang
memiliki situs aktif
• Sifat dan bentuk situs aktif membuatnya
spesifik hanya mengenali substrat tertentu
saja
Enzim + Substrat = Produk
Bagaimana Enzim Bekerja
• Sifat enzim reuseable
• Berdasarkan model induced-fit yang
mengasumsikan bahwa enzim memiliki
bentuk yang fleksibel serta substrat
memiliki kemampuan untuk menentukan
bentuk final enzim untuk memulai proses
reaksi.
Struktur Primer Protein
merupakan sekuens
spesifik asam amino
dalam protein yang
disebut polipeptida

Amino Acid
Struktur Sekunder Protein
Terjadi jika polipeptida terlipat (coil or fold)

Ketika ada beberapa polipeptida (rantai protein)

bergabung, maka terbentuklah Struktur Tersier
Protein karena gugus R berinteraksi satu sama
lain.

Di lingkungan berair di dalam sel, protein

menjadi globular disebut Struktur Quarter
Struktur Protein atau Konformasi
Denaturasi Protein terjadi ketika ada perubahan
temperatur dan PH yang dapat merusak protein
sehingga protein tidak dapat berfungsi

Perubahan sekuens asam amino seperti substitusi

satu asam amino pada hemoglobin menyebabkan
perubahan struktur sel darah merah
mengakibatkan penyakit sickle-cell
2 7. . . 146
1 3 6
4 5
(a) Normal red blood cell Normal hemoglobin

2 7. . . 146
1 3 6
4 5
(b) Sickled red blood cell Sickle-cell hemoglobin
Protein Penting dalam Tubuh
Insulin mengontrol level gula darah dengan
cara menyebabkan hepar mengambil dan
menyimpan kelebihan gula sebagai glikogen
Protein sel membran, sebagai reseptor
untuk komunikasi sel

INSULIN Cell membrane with proteins &

phospholipids
 LIPID
• Lipid bersifat hidrofobik sehingga tidak
larut dalam air
• Lipid terdiri dari beberapa sub-kelompok,
yang terpenting, yaitu lemak (aka.
trigliserid), fosfolipid, dan steroid (ex.
kolesterol)
• Fungsi lipid sebagai penyimpan energi,
insulasi panas tubuh dan pelindung organ
Bentuk sederhana dari lipid adalah asam
lemak terdiri dari 2 tipe
1. Asam lemak jenuh (tersaturasi): memiliki
jumlah maksimum hidrogen yang
berikatan dengan karbon (semua
ikatannya tunggal antar karbon)
2. Asam lemak tidak jenuh: memiliki kurang
dari jumlah maksimum hidrogen yang
berikatan dengan karbon (memiliki
setidaknya 1 ikatan ganda antar karbon)
• Sub-kelompok trigliserid atau lemak terdiri
dari gliserol dan 3 asam lemak
• Gliserol membentuk ‘tulang belakang’
lemak
• Sub-kelompok fosfolipid
terdiri dari kolin + gugus
fosfat + gliserol + 2 asam
lemak
• Fosfolipid memiliki kepala
yang mengandung fosfat
dan bersifat polar
(hidrofilik) serta memiliki 2
ekor asam lemak yang
bersifat nonpolar
(hidrofobik
 Fosfolipid bilayer sebagai
komponen penyusun membran sel
• Sub-kelompok steroid (ex: kolesterol)
terdiri dari rantai hidrokarbon siklis
membentuk 4 cincin yang menyatu.
• Kolesterol adalah steroid dasar bahan
pembentukan steroid
• Contoh steroid adalah estrogen dan
testosteron
 Cholesterol

Estrogen
Testosterone
 ASAM NUKLEAT
• Asam nukleat menyimpan informasi
genetik serta menyimpan informasi untuk
membuat semua protein dalam tubuh

• Ada dua tipe yaitu DNA dan RNA

 Asam nukleat merupakan polimer
dari nukleotida
Nitrogenous base Nitrogenous base
(A,G,C, or U) (A,G,C, or T)

Uracil (U) Thymine (T)

Phosphate Phosphate
group group

Sugar
Sugar (ribose) (deoxyribose)

Phosphate

Base
Sugar
Nucleotide
Nukleotida merupakan monomer asam nukleat
Struktur asam nukleat
Nukleotida adalah makromolekul penyusun
asam nukleat DNA dan RNA.
Nukleotida terdiri dari:
• gula pentosa (berkarbon 5:
DNA=deoksiribosa, RNA=ribosa)
• gugus fosfat
• basa nitrogen purin (DNA=RNA: Adenin
dan Guanin) dan pirimidin (DNA: Cytosin
dan Timin, RNA: Cytosin dan Urasil)
Perbedaan struktur molekul penyusun
nukleotida pada DNA dan RNA
Nukleotida membentuk rantai
panjang disebut DNA dan
RNA

Antar nukleotida pada satu

rantai yang sama
dihubungkan oleh ikatan
kovalen yang disebut ikatan
fosfodiester melalui gugus
fosfat yang menghubungkan
antara gugus hidroksil (OH)
pada gula pentosa dengan
gugus hidroksil pada gula
pentosa nukleotida
berikutnya.

Susunan gula ribosa ='Tulang

Punggung'
Gula pentosa berikatan dengan basa nitrogen melalui
ikatan kovalen yang disebut ikatan glikosidik.

Ikatan glikosidik adalah jenis ikatan kovalen yang menggabungkan

molekul karbohidrat (gula) dengan kelompok/gugus lain atau sesama
molekul karbohidrat.
Pasangan basa terjadi ketika dua basa nitrogen purin dan
pirimidin membentuk ikatan hidrogen, menghubungkan
dua polinukleotida yang berbeda arah membentuk DNA
rantai spiral ganda (Double helix strands DNA)
 Rantai RNA tunggal
Rantai DNA double helix
 ATP-Energi seluler
• ATP digunakan sel sebagai energi
• Adenosin Trifosfat (ATP) terbentuk dari 1
nukleotida dengan 3 gugus fosfat
• Energi disimpan dalam
ikatan kimia pada ATP
• Ikatan antara dua fosfat
terakhir memiliki
ENERGI TINGGI
• Dengan cara
memecahkan ikatan
fosfat berenergi tinggi
antara dua fosfat
terakhir pada ATP, maka
dilepaskanlah energi
untuk kerja seluler dan
produksi ADP serta satu
fosfat bebas
• ADP (Adenosin Difosfat)
dapat bergabung
kembali dengan fosfat
 Tabel Ringkasan
No. Makromolekul Sub Unit Fungsi dan contoh

1. Karbohidrat Monosakarida Sumber energi (utamanya glukosa)

Monosakarida: glukosa, fruktosa
Disakarida: maltosa, sukrosa
Polisakarida: pati, glikogen
2. Lipid Asam lemak Penyusun membran sel (fosfolipid)
Gliserol Pembentuk hormon (steroid)
Sumber energi (lemak)
3. Protein Asam amino Bioregulator (hormon), Biokatalisator
(enzim), Protein transpor (hemoglobin)
Protein pelindung (antibodi), Protein
struktural (keratin, collagen and elastin)
Protein kontraktil (aktin, myosin)
Sumber energi (keratin fosfat)
4. Asam Nukleat Nukleotida Penyusun materi genetik : DNA, RNA
Sumber energi: ATP, ADP
Pembawa sinyal: cAMP Ko
Enzim: Ko enzim A