•Karbohidrat •Lipid

•Asam amino •Asam nukleat

•Protein

PROGRAM TERPADU BASIC SCIENCE

UNIVERSITAS PADJADJARAN
 BIOKIMIA
PENDAHULUAN
 Biokimia adalah studi sistematik mengenai senyawa-
senyawa kimia dalam sistem kehidupan, susunannya
dalam sel dan reaksi kimianya (metabolisme).
 Pokok bahasan: Karbohidrat, lipid, protein, dan asam
nukleat sebagai materi dasar pembangunan sel dan
jaringan (senyawa biokimia).
 Yang akan dipelajari adalah strukturnya, karena sifat
fisika, kimia dan biologi dari senyawa biokimia
ditentukan oleh strukturnya.
 KARBOHIDRAT
 Senyawa yang mengandung C, H, dan O
 Rumus umum: (CH2O)n
 Memiliki gugus fungsi C=O dan OH
 Klasifikasi berdasarkan pada:
- Jumlah rantai karbon
- Jumlah unit gula
- Posisi C=O
- Stereokimia
 Klasifikasi Karbohidrat
Klasifikasi berdasarkan jumlah unit gula dalam rantai

 Monosakarida satu unit gula

 Disakarida dua unit gula
 Oligosakarida 3-10 unit gula
 Polisakarida lebih dari 10 unit gula
 Klasifikasi Monosakarida
Berdasarkan lokasi C=O

Aldosa Ketosa
Aldehid C=O Keton C=O
 Klasifikasi Monosakarida
• Berdasarkan jumlah atom karbon dalam rantai

Triosa Tetrosa Pentosa Heksosa

Bisa bentuk aldosa atau ketosa
 Stereokimia
 Proyeksi Fisher
Memungkinkan penggambaran struktur molekul
organik tiga dimensi menjadi dua dimensi

Proyeksi Fisher
 Siklisasi intramolekul
Reaksi aldehid atau keton dengan alkohol:
Hemiasetal - dibentuk dari reaksi aldehid dengan alkohol
Hemiketal - dintuk dari reaksi keton dengan alkohol

Proyeksi Howarth : cara baku untuk menggambarkan

kedudukan gugus hidroksil dalam ruang
 Siklisasi intramolekul

Gugus OH bisa berada di atas atau di bawah menghasilkan dua

bentuk anomer.
Anomer  - OH berada dibawah (posisi trans terhadap CH2OH)
Anomer  - OH berada diatas (posisi cis terhadap CH2OH)
Bentuk  dan  bisa mengalami mutarotasi
Siklisasi D-glukosa

-D-Glukosa

-D-Glukosa

Cincin beranggota enam = PIRANOSA

 Oligosakarida
 Gugus OH  atau  pada monosakarida siklik dapat
membentuk ikatan satu sama lain.

Ikatan Glikosida
Gula-O-gula
(Jembatan oksigen)

Contoh:
 Sukrosa : glukosa-O-
Fruktosa
 Maltosa : glukosa-O-
glukosa
 Laktosa : glukosa-O-
galaktosa
 Polisakarida
 Polimer dari karbohidrat

Polisakarida ‘simpanan’
Sumber energi: pati dan glikogen

Polisakarida ‘struktural’
Melindungi/mantel sel: selulosa dan mukopolisakarida

Peptidoglikan ‘struktural’
Membangun dinding sel bakteri
 Pati
 Sumber energi pada tumbuhan
 Rantai panjang, -D-glukosa berulang
 Rantai terdiri dari lebih dari 4000 unit glukosa

Amilosa
Rantai lurus

Amilopektin
Rantai bercabang
Bagian utama dari pati

Bagus untuk membuat saus, selai, jelly

 Amilosa
Rantai lurus yang membentuk coil, ikatan  (1-4)
 Amilopektin
 Perbedaan dengan amilosa; memiliki rantai samping yang
terbentuk dari ikatan  (1-6)
 Rantai samping terbentuk setiap 24-30 unit
 Pati disimpan sebagai butir pati, tidak bisa berdifusi keluar sel
dan tidak mempengaruhi tekanan osmosa sel.

Pati
 Glikogen

 Simpanan energi pada

hewan
 Disimpan sebagai
granula di hati dan
otot
 Sama seperti
amilopektin, punya
ikatan  (1-6) dan
ikatan  (1-4)
 Sellulosa
 Polisakarida yang paling melimpah
 Ikatan glikosida  (1-4)
 Bentuknya seperti serat yang panjang pada tumbuhan
 Asam Amino dan Protein

 Komponen utama semua sel hidup

 Biomakromolekul yang bila dihidrolisis menghasilkan
satuan monomernya, yaitu asam amino.

Ciri molekul protein :

• Berat molekul besar (ribuan-jutaan)
• Umumnya terdiri dari 20 asam amino
• Terdapat ikatan kimia lain → membentuk struktur 3D
• Strukturnya tdk stabil thd pH, radiasi dan suhu
• Umumnya reaktif dan sangat spesifik
Struktur umum asam -amino

Gugus -
karboksilat

Gugus
-amino

Rantai samping
Konfigurasi Asam -amino
Penamaan asam amino
Asam amino singkatan tiga huruf
 Klasifikasi asam amino
Asam amino pembentuk protein ada 20 macam.
Asam amino diklasifikasikan berdasarkan
struktur dan sifat gugus R (rantai samping)

Berdasarkan struktur rantai samping (R) :

1. R alifatik : Glysin, Ala, Val, Ile, Pro
2. R aromatik : Phe, Trp, Tyr
3. R hidrosilik : Ser, Thr
4. R asam : Asp, Glu
5. R basa : Lys, Arg, His
6. R amida : Asn, Gln
7. R mengandung belerang : Cys, Met
Klasifikasi berdasarkan sifat rantai samping :

1. Asam amino polar (R mengutub tak bermuatan) →

mudah larut dalam air : Asn, Gln, Tyr, Ser, Thr.
2. Asam amino non polar/hidrofobik (R tak mengutup)
→ kurang dapat larut dalam air : Gly, Ala, Val, Leu,
Ile, Trp, Pro, Phe, Cys, Met.
3. Asam amino dengan R bermuatan negatif pada pH 7
(bersifat asam) : Asp dan Glu
4. Asam amino dengan R bermuatan positif pada pH 7
(bersifat basa) : Lys, Arg, His
Asam amino esensial dan non esensial
Asam amino esensial : tidak dapat disintesis oleh tubuh
(harus diperoleh dari luar/makanan)
Pada manusia ada 8 asam amino esensial : Val, Leu, Ile,
Phe, Thr, Met, Trp dan Lys.
Selain ke-8 asam amino tsb merupakan asam amino non
esensial.

KONFIGURASI
Kecuali glisin (tidak punya atom C kiral), semua asam
amino secara optis aktif, terdapat bisa dalam bentuk D atau
L.

Di alam : asam amino selalu berada dalam konfigurasi L

monosakarida selalu berada dalam konfigurasi D
ZWITER ION
R H R H
C C
H2N COOH H3N+ COO-
Asam amino Zwiter ion

Dalam larutan air netral asam amino selalu berada dalam

bentuk zwiter ion (ion dwikutub)

TITIK ISOELEKTRIK
Setiap asam amino yang muatan positif dan negatifnya
berimbang, disebut berada pada titik isoelektrik

pH pada saat itu disebut pH isoelektrik.

Pada titik isoelektrik, kelarutan asam amino paling kecil
 Peptida
Asam amino saling berhubungan membentuk peptida
 Protein
Fungsi protein :
 Pengangkut dan penyimpan, contoh:
hemoglobin, myoglobin.
 Pembentuk jaringan struktural; komponen
penting pada berbagai jaringan.
 Enzim; katalis reaksi biokimia
 Penggerak
 Transmisi informasi
 Informasi genetik
 Struktur Protein
 Struktur primer
 Struktur sekunder
 Struktur tertier
 Struktur kuarterner

STRUKTUR PRIMER:
Urutan asam amino dalam rantai protein, yang
dihasilkan dari ikatan kovalen antar asam amino
dalam rantai (ikatan peptida)
STRUKTUR SEKUNDER
a. -heliks
Dibangun oleh ikatan hidrogen antara suatu N-H
pada ikatan peptida dan oksigen karbonil dari
gugus ikatan peptida lain, dalam rantai peptida
yang sama.
b. -sheet
Terdiri dari rantai-rantai peptida yang tersusun
bersisian membentuk struktur yang menyerupai
lembaran yang terlipat-lipat.
STRUKTUR TERTIER
Terjadi karena pelipatan struktur sekunder akibat adanya
interaksi hidrofobik, ionik, hidrogen, dan jembatan disulfida
membentuk konformasi tiga dimensi
STRUKTUR
KUARTERNER
Interaksi antara sub unit
atau polipeptida
GUGUS PROSTETIK
Gugus tambahan (ion logam /molekul organik) yang
menentukan fungsi protein.
Contoh : gugus heme pada hemoglobin dan myoglobin
Denaturasi Protein
 Contoh Protein
1. Protein serat:
• Keratin alfa
• Keratin beta
• Kolagen

2. Protein globular:
• Hemoglobin
• Myoglobin
 LIPID
Segolongan senyawa yang tidak larut dalam air,
tapi larut dalam pelarut organik

FUNGSI LIPID

• Bentuk energi cadangan

• Komponen struktural membran sel
• Lapisan pelindung
• Komponen permukaan sel, untuk interaksi
antara sel dengan zat kimia
• Proses pengangkutan melalui membran
 Klasifikasi Lipid
 Lipid kompleks : mengandung komponen asam lemak.
- asilgliserol/gliserida
- fosfogliserida
- spingolipid
- lilin
 Lipid sederhana : tidak mengandung asam lemak.
- Terpenoid
- Steroid
- Prostagladin
 Trigliserida (triasilgliserol)
 Triester dari asam lemak rantai panjang dan
gliserol (mengandung tiga gugus OH)
 Trigliserida dihidrolisis oleh enzim lipase dalam
usus menghasilkan asam lemak dan gliserol
 Reaksi safonifikasi adalah reaksi antara trigliserol
dengan basa seperti NaOH membentuk sabun
 Asam lemak
 Adalah asam karboksilat yang digunakan sebagai
prekursor triasilgliserol (trigliserida)
 Merupakan rantai hidrokarbon lurus dengan satu gugus
karboksil, umumnya merupakan karbon genap
 Berdasarkan kejenuhannya asam lemak diklasifikasikan
menjadi asam lemak jenuh dan asam lemak tidak jenuh
(adanya ikatan rangkap)
 Asam lemak jenuh berwujud padat (lemak) pada suhu
ruang, yang diperoleh dari lemak hewan
 Asam lemak tidak jenuh berwujud cair (minyak) pada
suhu ruang, yang diperoleh dari tanaman atau minyak
sayuran (vegetable oil)
 ASAM NUKLEAT
 Polimer
 DNA dan RNA
 Monomernya : nukleotida
 Komponen kimia dari nukleotida
 Gugus fosfat
 Gula yang terdiri dari lima atom karbon
 Basa nitrogen : Purin atau Pirimidin
Basa-basa pada asam nukleat :
• Purin : Adenin (A)
Guanin (G)

• Pyrimidin : Cytosin (C )
Tymin (T)
Nukleosida :
 ribosa + basa
 Hidrolisis bertahap
nukleotida yang
melepaskan fosfat
 Senyawa N-glikosida dari
basa purin atau pyrimidin

Ada dua golongan :

1. Ribonukleosida : gula D-
ribosa + basa
2. 2-deoksiribonukleosida :
gula 2-deoksiribosa +
basa
2-deoksiribonukleosida
Nama trivial nukleosida :
• Adenosin
• Guanosin
• Cytidin
• Uridin

• 2-deoksi adenosin
• 2-deoksi guanosin
• 2-deoksi cytidin
OH
• 2-deoksi tymidin Adenosin

Ribonukleosida
Nukleotida (nukleosida fosfat)
 Senyawa ester dari nukleosida dan asam fosfat
 Ribosa + basa + fosfat
 Terdapat bebas dalam sel
 Bisa terbentuk dari hidrolisis bertahap asam nukleat
dgn enzim nuklease

Ada dua golongan :

1. Ribonukleotida : gula D-ribosa + basa + fosfat
2. 2-deoksiribonukleotida : gula 2-deoksiribosa +
basa + fosfat
Ribonukleotida

Look Ma, No
oxygen

Deoksiribonukleotida
NUKLEOTIDA : Monomer
Nukleosida Monofosfat (NMP)
Nukleosida Difosfat (NDP)
Nukleosida Trifosfat (NTP)
NDP dan NTP
Juga terdapat bebas dalam sel

Fungsi :
 Sebagai molekul pembawa energi : ATP
 Sebagai molekul pembawa (carrier) yang mirip
koenzim : UDP, UDPG
 Sebagai molekul yang kaya akan sumber energi dalam
sintesis enzimatik DNA dan RNA
Monomer-monomer DNA
Monomer-monomer RNA
Polinukleotida:
Polimer dari mononukleotida

Ada dua golongan :

Deoxy asam ribonukleat (DNA)
Asam ribonukleat (RNA)

Pada DNA dan RNA :

Antara monomer dihubungkan oleh ikatan
fosfodiester.

Ujung fosfat = ujung 5’

Ujung –OH = ujung 3’
 STRUKTUR PRIMER DNA DAN RNA

Tulang punggung
DNA dan RNA
terdiri dari gugus
fosfat dan pentosa
secara bergantian.
DNA : double heliks
• Orientasi anti paralel
• Basa komplemen berpasangan melalui ikatan hidrogen
STRUKTUR SEKUNDER DNA: DOUBLE HELIKS
Satu turn = 10 basa
10 basa jaraknya 36 Ao
Jarak antara basa = 3,4 Ao
Diameter : 20 Ao
RNA : untai tunggal
Ada 3 jenis RNA :
1. mRNA
2. tRNA
3. rRNA
 DNA vs RNA
 Gula: deoksiribosa  Gula: ribosa
 Basa: AGCT  Basa: AGCU
 Untai ganda  Untai tunggal
 Prokariot:  Prokariot:
sitoplasma sitoplasma
 Eukariot: inti  Eukariot: inti dan
sitoplasma
 Penyimpan  Hasil transkripsi
informasi