BIOKIMIA SEL

Tia Wida Ekaputri Hz, S.Si., M.Sc.

FKIK UNJA
 BIOKIMIA SEL
• Sel merupakan kompartemen tertutup terdiri
dari organel intraseluler dan sitosol yang
dibatasi oleh membran plasma terpisah dari
ruang ekstraseluler
• Biokimia berfokus pada pemahaman dasar
terhadap reaksi kimia molekul-molekul
biologis yang terjadi di dalam sel hidup
• Reaksi-reaksi membutuhkan enzim
 Klasifikasi Molekul
Molekul anorganik (Mikromolekul):
• Air: H20
• Mineral : kalsium (Ca), fosfor (P), kalium (K), sulfur (S),
natrium (Na), klor (Cl), magnesium (Mg), besi (Fe), mangan
(Mn) dan iodium (I).

Molekul organik (Makromolekul):

• Karbohidrat (C, H, O)
• Protein (N)
• Lipid
• Asam nukleat
Komponen utama dalam sel

MAKROMOLEKUL
• Molekul di dalam tubuh baik yang sederhana
sampai dengan yang kompleks dapat
terbentuk karena adanya ikatan kimia.
• Ikatan kimia digolongkan menjadi 2 yaitu
ikatan kovalen dan ikatan non kovalen.
• Ikatan non kovalen terdiri atas ikatan ionik,
ikatan hidrogen dan ikatan Van Der Waals
 AIR
• Sekitar 60-90% tubuh organisme adalah air
• Air diperlukan pada hampir semua reaksi di
dalam tubuh
• Air merupakan produk akhir utama dari
metabolisme oksidatif makanan. Dalam reaksi-
reaksi metabolik, air berfungsi sebagai reaktan
tetapi juga sebagai produk.
• Air disebut sebagai pelarut universal
 Molekul dengan penyusun KARBON

• Selain air, sel paling banyak

terdiri dari molekul dengan
penyusun karbon
• Kimia organik adalah studi
tentang komponen karbon
• Karbon memiliki 4 elektron
pada kulit terluar yang dapat
menampung 8 elektron
• Karbon dapat berbagi
elektronnya dengan atom lain
membentuk 4 ikatan kovalen
HIDROKARBON
• Molekul dengan
komponen karbon
paling sederhana. Hanya
terdiri dari C dan H.
• Karbon berikatan
dengan karbon yang lain
membentuk rangka
karbon yang bentuknya
beragam
 Makromolekul
Monomer  Polimer
 Makromolekul
Makromolekul Lipid bukan polimer sejati
Lipid terdiri dari beberapa sub-kelompok, yang
terpenting, yaitu lemak, fosfolipid, dan steroid.
• lemak (aka: trigliserida) = gliserol + 3 asam
lemak
• fosfolipid = kolin + gugus fosfat + gliserol + 2
asam lemak
• steroid (ex: kolesterol)= rantai hidrokarbon siklis
 KARBOHIDRAT
• Karbohidrat tersusun dari C, H, O
• Rumus umum: (CH2O)n untuk KH sederhana,
Cx(H2O)n untuk KH kompleks
• KH sederhana: glukosa, fruktosa (gula) penting
untuk reaksi metabolik
• Dari mana asal karbohidrat?
• Fungsi karbohidrat sebagai penyedia energi untuk
metabolisme
• Monosakarida (KH sederhana) penting untuk reaksi
metabolik. Contoh: glukosa merupakan substrat
utama untuk sintesis ATP
• Polisakarida (KH kompleks) penting sebagai unit
struktural dan penyimpanan. Contoh: polisakarida
merupakan komponen struktural membran sel,
selulosa pada dinding sel, sedangkan pati sebagai
bahan cadangan makanan
• Monosakarida adalah KH yang tidak bisa lagi dihidrolisis.
• Jika monosakarida mengandung gugus aldehid, maka
disebut aldosa; jika mengandung gugus keton, maka
disebut ketosa.
• Monosakarida paling penting yaitu glukosa. Glukosa
dapat diperoleh dengan memecah disakarida sukrosa
menjadi glukosa dan fruktosa atau dengan cara
memecah pati.
• Glukosa disebut aldoheksosa dan dekstrosa yang
jumlahnya banyak di alam.
• Disakarida adalah KH yang terdiri dari 2
monosakarida
• Disakarida terbentuk ketika 2 monosakarida
bergabung dan sebuah molekul air dilepaskan
• Contoh gula susu laktosa dibentuk dari
glukosa dan galaktosa, sedangkan gula buah
sukrosa dibentuk dari glukosa dan fruktosa
Ikatan glikosidik adalah ikatan
kovalen antara 2 monosakarida
membentuk disakarida dengan
melepaskan 1 molekul air
• Polisakarida
merupakan KH
kompleks terdiri
dari
monosakarida
yang berikatan
panjang
 PROTEIN
• Protein (peptida) adalah polimer yang terbentuk
dari monomer yang disebut asam amino
• Protein terbentuk dari ikatan 20 asam amino
berbeda-beda
• Fungsi protein untuk pertumbuhan struktur sel,
sebagai hormon dan enzim, Dll (lihat tabel di akhir
PPT)
• Ada 4 tipe umum protein, sebagai: penyimpanan,
struktural, kontraktil, dan transport
 20 macam
monomer
asam amino
• Struktur umum asam Amino Carboxyl
group
group
amino terdiri dari satu
karbon sentral dengan
4 komponen terikat, R group
yaitu: gugus amina (-
NH2), gugus karboksil
(-COOH), hidrogen (-
H), dan gugus
Side
samping/residu (-R) groups
Serine-hydrophillic
Leucine -hydrophobic
Pengikatan asam
amino Amino
Side
Terdapat proses di Group
dalam sel yang
menggabungkan
asam amino untuk
membentuk protein.
Ikatan peptida
menggabungkan dua
asam amino
Peptide Bond
 PROTEIN SEBAGAI ENZIM
• Banyak protein berperan sebagai katalis atau
enzim
• Enzim mengontrol kecepatan reaksi kimia dengan
cara melemahkan ikatan sehingga mengurangi
jumlah energi aktivasi yang dibutuhkan reaksi
• Enzim merupakan protein globular yang memiliki
situs aktif
• Sifat dan bentuk situs aktif membuatnya spesifik
hanya mengenali substrat tertentu saja
Enzim + Substrat = Produk
Bagaimana Enzim Bekerja
• Sifat enzim reuseable
• Berdasarkan model induced-fit yang
mengasumsikan bahwa enzim memiliki
bentuk yang fleksibel serta substrat memiliki
kemampuan untuk menentukan bentuk final
enzim untuk memulai proses reaksi.
Struktur Primer Protein
merupakan sekuens
spesifik asam amino
dalam protein yang
disebut polipeptida

Amino Acid
Struktur Sekunder Protein
Terjadi jika polipeptida terlipat (coil or fold)

Ketika ada beberapa polipeptida (rantai protein)

bergabung, maka terbentuklah Struktur Tersier
Protein karena gugus R berinteraksi satu sama lain.

Di lingkungan berair di dalam sel, protein menjadi

globular disebut Struktur Quarter
Struktur Protein atau Konformasi
Denaturasi Protein terjadi ketika ada perubahan
temperatur dan PH yang dapat merusak protein
sehingga protein tidak dapat berfungsi

Perubahan sekuens asam amino seperti substitusi satu

asam amino pada hemoglobin menyebabkan
perubahan struktur sel darah merah mengakibatkan
penyakit sickle-cell
2 7. . . 146
1 3 6
4 5
(a) Normal red blood cell Normal hemoglobin

2 7. . . 146
1 3 6
4 5
(b) Sickled red blood cell Sickle-cell hemoglobin
Protein Penting dalam Tubuh
Insulin mengontrol level gula darah dengan cara
menyebabkan hepar mengambil dan
menyimpan kelebihan gula sebagai glikogen
Protein sel membran, sebagai reseptor untuk
komunikasi sel

INSULIN Cell membrane with proteins &

phospholipids
 LIPID
• Lipid bersifat hidrofobik sehingga tidak larut
dalam air
• Lipid terdiri dari beberapa sub-kelompok, yang
terpenting, yaitu lemak (aka. trigliserid),
fosfolipid, dan steroid (ex. kolesterol)
• Fungsi lipid sebagai penyimpan energi, insulasi
panas tubuh dan pelindung organ
Bentuk sederhana dari lipid adalah asam lemak
terdiri dari 2 tipe
1. Asam lemak jenuh (tersaturasi): memiliki jumlah
maksimum hidrogen yang berikatan dengan
karbon (semua ikatannya tunggal antar karbon)
2. Asam lemak tidak jenuh: memiliki kurang dari
jumlah maksimum hidrogen yang berikatan
dengan karbon (memiliki setidaknya 1 ikatan
ganda antar karbon)
• Sub-kelompok trigliserid atau lemak terdiri
dari gliserol dan 3 asam lemak
• Gliserol membentuk ‘tulang belakang’ lemak
• Sub-kelompok fosfolipid
terdiri dari kolin + gugus fosfat
+ gliserol + 2 asam lemak
• Fosfolipid memiliki kepala
yang mengandung fosfat dan
bersifat polar (hidrofilik) serta
memiliki 2 ekor asam lemak
yang bersifat nonpolar
(hidrofobik
Fosfolipid bilayer sebagai komponen
penyusun membran sel
• Sub-kelompok steroid (ex: kolesterol) terdiri
dari rantai hidrokarbon siklis membentuk 4
cincin yang menyatu.
• Kolesterol adalah steroid dasar bahan
pembentukan steroid
• Contoh steroid adalah estrogen dan
testosteron
 Cholesterol

Estrogen
Testosterone
 ASAM NUKLEAT
• Asam nukleat menyimpan informasi genetik
serta menyimpan informasi untuk membuat
semua protein dalam tubuh

• Ada dua tipe yaitu DNA dan RNA

 Asam nukleat merupakan polimer dari nukleotida
Nitrogenous base Nitrogenous base
(A,G,C, or U) (A,G,C, or T)

Uracil (U) Thymine (T)

Phosphate Phosphate
group group

Sugar
Sugar (ribose) (deoxyribose)

Phosphate

Base
Sugar

Nucleotide
Nukleotida merupakan monomer asam nukleat
Struktur asam nukleat
Nukleotida adalah makromolekul penyusun
asam nukleat DNA dan RNA.
Nukleotida terdiri dari:
• gula pentosa (berkarbon 5:
DNA=deoksiribosa, RNA=ribosa)
• gugus fosfat
• basa nitrogen purin (DNA=RNA: Adenin dan
Guanin) dan pirimidin (DNA: Cytosin dan
Timin, RNA: Cytosin dan Urasil)
Perbedaan struktur molekul penyusun nukleotida pada DNA dan RNA
Nukleotida membentuk rantai
panjang disebut DNA dan RNA

Antar nukleotida pada satu

rantai yang sama dihubungkan
oleh ikatan kovalen yang
disebut ikatan fosfodiester
melalui gugus fosfat yang
menghubungkan antara gugus
hidroksil (OH) pada gula
pentosa dengan gugus hidroksil
pada gula pentosa nukleotida
berikutnya.

Susunan gula ribosa ='Tulang

Punggung'
Gula pentosa berikatan dengan basa nitrogen melalui
ikatan kovalen yang disebut ikatan glikosidik.

Ikatan glikosidik adalah jenis ikatan kovalen yang menggabungkan

molekul karbohidrat (gula) dengan kelompok/gugus lain atau sesama
molekul karbohidrat.
Pasangan basa terjadi ketika dua basa nitrogen purin dan pirimidin
membentuk ikatan hidrogen, menghubungkan dua polinukleotida
yang berbeda arah membentuk DNA rantai spiral ganda (Double
helix strands DNA)
 Rantai RNA tunggal
Rantai DNA double helix
 ATP-Energi seluler
• ATP digunakan sel sebagai energi
• Adenosin Trifosfat (ATP) terbentuk dari 1
nukleotida dengan 3 gugus fosfat
• Energi disimpan dalam
ikatan kimia pada ATP
• Ikatan antara dua fosfat
terakhir memiliki ENERGI
TINGGI
• Dengan cara memecahkan
ikatan fosfat berenergi
tinggi antara dua fosfat
terakhir pada ATP, maka
dilepaskanlah energi
untuk kerja seluler dan
produksi ADP serta satu
fosfat bebas
• ADP (Adenosin Difosfat)
dapat bergabung kembali
dengan fosfat bebas untuk
 Tabel Ringkasan
No. Makromolekul Sub Unit Fungsi dan contoh

1. Karbohidrat Monosakarida Sumber energi (utamanya glukosa)

Monosakarida: glukosa, fruktosa
Disakarida: maltosa, sukrosa
Polisakarida: pati, glikogen
2. Lipid Asam lemak Penyusun membran sel (fosfolipid)
Gliserol Pembentuk hormon (steroid)
Sumber energi (lemak)
3. Protein Asam amino Bioregulator (hormon), Biokatalisator
(enzim), Protein transpor (hemoglobin)
Protein pelindung (antibodi), Protein
struktural (keratin, collagen and elastin)
Protein kontraktil (aktin, myosin)
Sumber energi (keratin fosfat)
4. Asam Nukleat Nukleotida Penyusun materi genetik : DNA, RNA
Sumber energi: ATP, ADP
Pembawa sinyal: cAMP Ko
Enzim: Ko enzim A