Biomolekul

Struktur Myoglobin
 BIOMOLEKUL
(BIOMOLECULE)

• merupakan senyawa-senyawa organik sederhana

• pembentuk organisme hidup
• bersifat khas sebagai produk aktifitas biologis.
• dapat dipandang sebagai turunan hidrokarbon, yaitu senyawa
karbon dan hidrogen yang mempunyai kerangka dasar yang
tersusun dari atom karbon, yang disatukan oleh ikatan kovalen
• Biomolekul bersifat polifungsionil, mengandung dua atau lebih
jenis gugus fungsi yang berbeda.
• Pada molekul tersebut, tiap gugus fungsi mempunyai sifat dan
reaksi kimia sendiri-sendiri.
 HIDROKARBON
• Dalam bidang kimia, hidrokarbon adalah sebuah
senyawa yang terdiri dari unsur karbon (C) dan
hidrogen (H).
• Seluruh hidrokarbon memiliki rantai karbon dan
atom-atom hidrogen yang berikatan dengan rantai
tersebut.
• Istilah tersebut digunakan juga sebagai
pengertian dari hidrokarbon alifatik.
CONTOH :
• METANA (gas rawa)
adalah hidrokarbon
dengan 1 atom karbon
dengan 4 atom
hidrogen (CH4)
• ETANA adalah
hidrokarbon yang
terdiri dari 2 atom
karbon yang bersatu dg
ikatan tunggal, masing-
masing mengikat 3
atom hidrogen (C2H6).
• Propana Memiliki 3 Atom C Dan 8 Atom H (C3H8)
• CnH2n+2

JENIS-JENIS HIDROKARBON
PADA DASARNYA TERDAPAT 3 JENIS :
1. Hidrokarbon Aromatik : Setidaknya Mempunyai Satu Cincin
Aromatis
2. Hidrokarbon Jenuh : Disebut Juga Alkana, Yang Tidak
Mempunyai Ikatan Rangkap Atau Aromatis.
3. Hidrokarbon Tak Jenuh : Memiliki Satu Atau Lebih Ikatan
Rangkap Antara Atom-atom Karbon :
# ALKENA (CnH2n)
# ALKUNA (CnH2n-2)
• Tiap-tiap Atom Karbon Tersebut Dapat Mengikat
Empat Atom Lain Atau Maksimal Hanya 4 Atom
Hidrogen. Jumlah Atom Hidrogen Dapat
Ditentukan Dari Jenis Hidrokarbonnya.
# ALKANA (CnH2n+2)
# ALKENA (CnH2n)
# ALKUNA (CnH2n-2)
# HIDROKARBON SIKLIS (CnH2n)
IKATAN KIMIA
• KOVALEN :
1. Apabila Satu Atom Mempunyai Elektron Bersama
Atom Yang Lain.
2. Sifat Ikatan Adalah Kuat. Diperlukan Banyak Energi
Untuk Memecahkan Ikatan Tersebut
Contoh :
H
|
H C H
|
H
• Non Kovalen : Tarik Menarik Elektrostatik (Tarik Menarik
Antara Muatan Yang Berlawanan) Antara Atom-atom Yg
Mempunyai Selubung Elektron Luar Yg Lengkap.
• Sifat Ikatan Relatif Lemah
• 3 Jenis Ikatan Non Kovalen Yg Penting Dalam Biokimia :
1. Ikatan Ionik : Tarik Menarik 2 Gugus Yg Bermuatan.
2. Ikatan Van Der Waals : Akibat Tarik Menarik
Elektrostatik Inti Positif Dari Satu Atom Dengan
Awan Elektron Negatif Atom Tetangganya.
3. IKATAN HIDROGEN (H) : APABILA PROTON ATOM
HIDROGEN YG TERIKAT SECARA KOVALEN
BERIKATAN DG 1 ATOM ELEKTRONEGATIF
TERTARIK KE ATOM ELKTRONEGATIF KEDUA.

R R
N H …………..
O C
R R

IKATAN H ANTARA GUGUS AMINO SEKUNDER DG

KETON
BENTUK SENYAWA BIOMOLEKUL
• Senyawa-senyawa biomolekul biasanya dikenal dalam
empat bentuk:
- protein,
- asam nukleat,
- karbohidrat, dan
- lipid.
• Keempat golongan biomolekul tersebut mempunyai
sifat umum memiliki struktur yang relatif besar
(berat molekul besar), dan karenanya disebut
makromolekul.
 Biomolekul – Struktur

Anabolik
• Senyawa • Makromolekul
Pembangun
• Gula sederhana
• Polisakarida
• Asam amino
• Protein (peptida)
• Nukleotida
• RNA or DNA
• Asam lemak
• Lipid

Katabolik
 Berat Molekul
• (BM) protein berkisar antara 5000 sampai lebih
dari 1 juta;
• berat molekul berbagai jenis asam nukleat
berkisar sampai beberapa milyar
• karbohidrat (polisakarida) dapat memiliki berat
molekul sampai jutaan.
• Molekul lipid jauh lebih kecil (BM 750 sampai
1500). Tetapi karena lipid umumnya terbentuk dari
ribuan molekul sehingga membentuk struktur
berukuran besar yang berfungsi seperti sistem
makromolekuler, struktrur lipid juga dapat
dianggap sebagai makromolekul.
 Makromolekul
• Makromolekul adalah molekul yang sangat besar.
Polimer baik itu alami maupun sintetik merupakan
makromolekul, misalnya hemoglobin. Beberapa
senyawa non-polimer juga ada yang termasuk ke
dalam makromolekul, misalnya lipid. Bagaimanapun
juga, sistem jaringan atom besar lainnya seperti
ikatan kovalen logam tidak dapat dikatakan
sebagai makromolekul. Istilah makromolekul ini
pertama kali diperkenalkan oleh pemenang hadiah
nobel Hermann Staudinger sekitar tahun 1920an.
Ilustrasi dari makromolekul polipeptida
 Polimerisasi
• Protein merupakan polimer asam-asam amino,
• karbohidrat merupakan polimer monosakarida,
• asam nukleat merupakan polimer mononukleatida.
• Monomer lipid ada bermacam-macam, bergantung
pada jenis lipidnya, diantaranya asam lemak, kolin,
etanolamin, serin dan lain-lain.
 Fungsi biomolekul
Biomolekul mempunyai fungsi tertentu dalam sel,
misalnya:
• protein sebagai enzim, alat transpor, antibodi,
hormon dan pembentuk membran;
• karbohidrat sebagai sumber energi, komponen
pembentuk membran dan dinding sel;
• lipid sebagai sumber energi, hormon, dan pembentuk
sel;
• asam nukleat sebagai faktor genetika, koenzim,
pembawa energi, dan pengatur biosintesis protein.
 Protein
Protein

Dr. Muh. Gunawan Wibisono

 STRUKTUR PROTEIN

• Struktur protein dapat dilihat sebagai hirarki, yaitu

berupa : struktur primer (tingkat satu), sekunder
(tingkat dua), tersier (tingkat tiga), dan kuartener
(tingkat empat).
• Struktur primer protein merupakan urutan asam amino
penyusun protein yang dihubungkan melalui
ikatan peptida (amida).
Ikatan Peptida

• Menurut Emil Fischer,

asam2 amino digabungkan
oleh suatu ikatan peptida (-
CONH-). Gugus karboksil
suatu asam amino berkaitan
dengan gugus amino dari
molekul asam amino lain
menghasilkan suatu
dipeptida dengan
melepaskan molekul air.
• Karena alasan inilah protein
dinamakan juga polipeptida.
• Sementara itu, struktur sekunder protein adalah
struktur tiga dimensi lokal dari berbagai rangkaian asam
amino pada protein yang distabilkan oleh ikatan hidrogen.

Dua model molekul isomer optis asam amino alanin

• Berbagai bentuk struktur sekunder misalnya ialah
sebagai berikut:
• alpha helix (α-helix, "puntiran-alfa"), berupa pilinan
rantai asam-asam amino berbentuk seperti spiral;
• beta-sheet (β-sheet, "lempeng-beta"), berupa
lembaran-lembaran lebar yang tersusun dari
sejumlah rantai asam amino yang saling terikat
melalui ikatan hidrogen atau ikatan tiol (S-H);
• beta-turn, (β-turn, "lekukan-beta"); dan
• gamma-turn, (γ-turn, "lekukan-gamma").
• Gabungan dari aneka ragam dari struktur sekunder akan
menghasilkan struktur tiga dimensi yang dinamakan
struktur tersier. Struktur tersier biasanya berupa
gumpalan.
• Beberapa molekul protein dapat berinteraksi secara fisik
tanpa ikatan kovalen membentuk oligomer yang stabil
(misalnya dimer, trimer, atau kuartomer) dan membentuk
struktur kuartener. Contoh struktur kuartener yang
terkenal adalah enzim Rubisco dan insulin.
 • Rubisco
• Ribulosa-1,5-bisfosfat karboksilase-oksigenase, disingkat
Rubisco (dari nama bahasa Inggrisnya), adalah enzim raksasa
yang berperan sangat penting dalam reaksi gelap fotosintesis
tumbuhan. Enzim inilah yang menggabungkan molekul
ribulosa-1,5-bisfosfat (RuBP, kadang-kadang disebut RuDP)
yang memiliki tiga atom C dengan karbondioksida menjadi atom
dengan enam C, untuk kemudian diproses lebih lanjut menjadi
glukosa, molekul penyimpan energi aktif utama pada tumbuhan.

• Enzim ini sangat banyak dikandung oleh sel-sel daun dan

merupakan salah satu protein yang paling banyak dihasilkan di
dunia.
GAMBAR MODEL STRUKTUR PROTEIN TERSIER

Struktur tersier protein. Protein ini memiliki banyak struktur

sekunder beta-sheet dan alpha-helix yang sangat pendek. Model
dibuat dengan menggunakan koordinat dari Bank Data Protein
(nomor 1EDH).
GAMBAR MODEL STRUKTUR KUARTENER : INSULIN

Model struktur insulin

Merah: karbon; hijau: oksigen; biru: nitrogen; merah muda: sulfur. Pita biru/ungu
merupakan kerangka [-N-C-C-]n dalam sekuens asam amino H-[-NH-CHR-
CO-]n-OH protein tersebut, dengan R merupakan bagian yang menonjol dari
kerangka tersebut pada setiap asam amino.
LIPID
LIPID
 LIPID
• Lemak, disebut juga lipid, adalah suatu zat yang kaya akan
energi, berfungsi sebagai sumber energi yang utama untuk
proses metabolisme tubuh.
• Lemak yang beredar di dalam tubuh diperoleh dari dua
sumber yaitu dari :
- makanan dan
- hasil produksi organ hati, yang bisa disimpan di dalam sel-
sel lemak sebagai cadangan energi.
• Fungsi lemak adalah :
- sebagai sumber energi
- pelindung organ tubuh
- pembentukan sel
- sumber asam lemak esensial
 - alat angkut vitamin larut lemak
- menghemat protein
- memberi rasa kenyang dan kelezatan
- sebagai pelumas dan
- memelihara suhu tubuh.
• Secara ilmu gizi, lemak dapat diklasifikasikan sebagai
berikut :
I. Lipid sederhana :
- lemak netral (monogliserida, digliserida, trigliserida),
- ester asam lemak dengan alkohol berberat molekul
tinggi
II. Lipid majemuk
- fosfolipid
- lipoprotein
III. Lipid turunan
- asam lemak
- sterol (kolesterol, ergosterol,dsb)
• Secara klinis, lemak yang penting adalah
1. Kolesterol
2. Trigliserida (lemak netral)
3. Fosfolipid
4. Asam Lemak
AD.1. Kolesterol.
Kolesterol adalah jenis lemak yang paling dikenal
oleh masyarakat. Kolesterol merupakan komponen
utama pada struktur selaput sel dan merupakan
komponen utama sel otak dan saraf. Kolesterol
merupakan bahan perantara untuk pembentukan
sejumlah komponen penting seperti vitamin D (untuk
membentuk & mempertahankan tulang yang sehat),
hormon seks (contohnya Estrogen & Testosteron)
dan asam empedu (untuk fungsi pencernaan ).
• Kolesterol tubuh berasal dari hasil pembentukan di dalam
tubuh (sekitar 500 mg/hari) dan dari makanan yang
dimakan. Pembentukan kolesterol di dalam tubuh terutama
terjadi di hati (50% total sintesis) dan sisanya di usus,
kulit, dan semua jaringan yang mempunyai sel-sel berinti.
Jenis-jenis makanan yang banyak mengandung kolesterol
antara lain daging (sapi maupun unggas), ikan dan produk
susu. Makanan yang berasal dari daging hewan biasanya
banyak mengandung kolesterol, tetapi makanan yang
berasal dari tumbuh-tumbuhan tidak mengandung
kolesterol.
Ad.2 .Trigliserida
• (atau lebih tepatnya triasilgliserol atau triasilgliserida) adalah sebuah
gliserida, yaitu ester dari gliserol dan tiga asam lemak.[1] Trigliserida
merupakan penyusun utama minyak nabati dan lemak hewani.
• Rumus kimia trigliserida adalah CH2COOR-CHCOOR'-CH2-COOR",
dimana R, R' dan R" masing-masing adalah sebuah rantai alkil yang
panjang. Ketiga asam lemak RCOOH, R'COOH and R"COOH bisa jadi
semuanya sama, semuanya berbeda ataupun hanya dua diantaranya yang
sama.
ad 3. Phosfolipid
• Serupa dengan lemak, yaitu merupakan suatu ester gliserol, tetapi,
phosfolipid hanya mengandung dua asam lemak, yang terikat pada atom  C
nomor 1 dan nomor 2 dari gliserol, sedangkan atom C nomor tiga
diesterkan oleh asam phosfat, yang telah mengikat gugus alkohol jenis
lain, seperti kolin, etanolamin, serin, dan inositol. Karena itu, phosfolipid
diberi nama menurut gugus alkohol yang terikat pada asam phosfatnya,
misalnya phosfatidilkolin (gugus alkohol mengikat kolin), phosfatidil
etanolamin (mengikat etanolamin), phosfatidil serin, dan nama lainnya.
Ad.4. Asam lemak

Adalah asam karboksilat dengan jumlah atom karbon banyak.

Biasanya asam lemak mengandung 4 – 24 atom karbon, dan
mempunyai satu gugus karboksil. Bagian alkil dari asam lemak
bersifat nonpolar, sedangkan gugus karboksil bersifat polar. Bila
bagian alkil asam lemak mengandung ikatan rangkap, dinamakan
asam lemak tak jenuh.Contohnya asam oleat.  Sebaliknya, bila
tidak memiliki ikatan rangkap dinamakan asam lemak jenuh, seperti
pada asam stearat dan asam palmitat.  Ester gliserol yang
terbentuk dari asam lemak tak jenuh dinamakan minyak,
sedangkan yang berasal dari asam lemak jenuh dinamakan lemak.
Titik leleh lemak lebih tinggi daripada minyak, sehingga minyak
cenderung mencair pada suhu kamar.
STEROID
 STEROID
• Adalah senyawa organik lemak sterol tidak terhidrolisis yang
dapat dihasil reaksi penurunan dari terpena atau skualena.
• Merupakan kelompok senyawa yang penting dengan struktur
dasar sterana jenuh (bahasa Inggris: saturated tetracyclic
hydrocarbon : 1,2-cyclopentanoperhydrophenanthrene)
dengan
- 17 atom karbon dan
- 4 cincin.
• Senyawa yang termasuk turunan steroid, misalnya :
- kolesterol
- ergosterol
- progesteron, dan
- estrogen.
 STEROID LANJUTAN

• Pada umunya steroid berfungsi sebagai hormon.

• Steroid mempunyai struktur dasar yang terdiri dari 17 atom
karbon yang membentuk tiga cincin sikloheksana dan satu cincin
siklopentana. Perbedaan jenis steroid yang satu dengan steroid
yang lain terletak pada gugus fungsional yang diikat oleh ke-empat
cincin ini dan tahap oksidasitiap-tiap cincin.
• Beberapa steroid bersifat anabolik, antara lain testosteron,
metandienon, nandrolon dekanoat, 4-androstena-3 17-dion. Steroid
anabolik dapat mengakibatkan sejumlah efek samping yang
berbahaya, seperti menurunkan rasio lipoprotein densitas tinggi,
yang berguna bagijantung, menurunkan rasio lipoprotein densitas
rendah, stimulasi tumor prostat, kelainan koagulasi dan gangguan
hati, kebotakan, menebalnya rambut, tumbuhnya jerawat dan
timbulnya payudara pada pria. Secara fisiologi, steroid anabolik
dapat membuat seseorang menjadi agresif.
 STEROID LANJUTAN
• Pada umunya steroid berfungsi sebagai hormon.
• Struktur dasar STEROID : 17 atom karbon yang membentuk tiga cincin
sikloheksana dan satu cincin siklopentana.
• Perbedaan jenis steroid yang satu dengan steroid yang lain terletak pada
gugus fungsional yang diikat oleh ke-empat cincin ini dan tahap oksidasi tiap-
tiap cincin.
• Beberapa steroid bersifat anabolik, antara lain testosteron, metandienon,
nandrolon dekanoat, 4-androstena-3 17-dion.
• Steroid anabolik dapat -> efek samping yang berbahaya, seperti :
- menurunkan rasio lipoprotein densitas tinggi,
- menurunkan rasio lipoprotein densitas rendah,
- stimulasi tumor prostat,
- kelainan koagulasi dan gangguan hati,
- kebotakan, menebalnya rambut, tumbuhnya jerawat dan
- timbulnya payudara pada pria.
Secara fisiologi, steroid anabolik dapat membuat seseorang menjadi agresif.
 ****
KARBOHIDRAT
****
• Karbohidrat atau sakarida adalah segolongan besar senyawa
organik yang tersusun hanya dari atom karbon, hidrogen, dan
oksigen. Bentuk molekul karbohidrat paling sederhana terdiri
dari satu molekul gula sederhana. Banyak karbohidrat yang
merupakan polimer yang tersusun dari molekul gula yang
terangkai menjadi rantai yang panjang serta bercabang-cabang.
• Karbohidrat merupakan bahan makanan penting dan sumber
tenaga yang terdapat dalam tumbuhan dan daging hewan. Selain
itu, karbohidrat juga menjadi komponen struktur penting pada
makhluk hidup dalam bentuk serat (fiber), seperti selulosa,
pektin, serta lignin.
 Klasifikasi karbohidrat
• Kabohidrat diklasifikan dalam 5 jenis, yaitu:
- monosakarid
- disakarida
- trisakarida
- polisakarida dan
- mixed polisakarida.
• Pada literatur lain :
- monosakarida dan oligosakarida (disakarida, trisakarida dan
tetrasakarida) biasanya disebut kelompok sugar, sedangkan
- polisakarida yang terdiri dari homoglukan  (arabinan, xilan,
glukan, fruktan, galaktan, mannan dan glukosamin) dan
heteroglukan (pektin, hemiselulosa, gum, musilago asam, asam
hialuronik dan kondroitin) disebut kelompok non sugar.
• Monosakarida merupakan suatu molekul yang dapat terdiri dari
5 atau 6 atom C.
• Oligosakarida merupakan polimer 2-10 monosakarida.
• Polisakarida merupakan polimer yang terdiri lebih dari 10
monomer monosakarida.
Monosakarida
• Tata nama tergantung dari gugus fungsional yg dimiliki dan
letak gugus hidroksilnya.
• Mengandung 1 gugus aldehid  Aldosa
• Mengandung 1 gugus keton  Ketosa
• Mempunyai 6 atom C  Heksosa, misalnya :
 Glukosa (dekstrosa atau gula angggur.
 Fruktosa (levulosa atau gula buah) dan
 Galaktosa
Oligosakarida
• Adalah polimer dg derajad polimerisasi 2 sampai 10 dan
biasanya larut dalam air.
• Dua molekul disebut disakarida
• Tiga molekul disebut triosa
• Sukrosa terdiri dari molekul glukosa dan fruktosa
• Laktosa terdiri dari molekul glukosa dan galaktosa.
• Ikatan antara 2 molekul monosakardia  ikatan glikosidik.
- Ikatan ini terbentuk antara gugus hidroksil atom C no1,
dengan dengan gugus hidroksil, dan atom C pada molekul gula
yang lain.
- Biasanya terjadi antara atom C no 1 dengan atom C no 4
- Jarang dg C ganjil misal 1,3 ; 1,5 ; 1,7. Tapi dg C genap 1,2 ;
1,4 ; 1, 6.
• Sukrosa : penting dlm industri makanan.
• Banyak terdapat pada tebu, bit, siwalan, dan kepala kopyor.
• Oligosakarida dapat diperoleh dari hasil hidrolisa polisakarida
dengan bantuan enzim tertentu atau hidrolisis dengan asam.
• Pati diubah menjadi maltosa, maltotriosa dan isomaltosa oleh
enzim amilase.
• Pati dihidrolisis dg enzim transglukosidase akan dihasilkan
suatu oligosakarida dg polimerisasi lebih dari 6 disebut
dekstrin Schardinger yg digunakan sebagai food additive dlm
memperbaiki tekstur makanan
Polisakarida
• Merupakan polimer molekul2 monosakarida yang
dapat berantai lurus ataubercabang, dan dapat
dihidrolisis dengan enzim2 yang kerjanya spesifik.
• Hasil hidrolisis sebagian akan menghasilkan
oligosakarida dan dapat dipakai untuk menentukan
struktur molekul polisakarida.
• Dikenal pentosan dg unit2 pentosa, dan heksosan
dg monomer2 heksosa.
• Beberapa punya nama kebiasaan berakhiran in.
Misalnya : kitin, dekstrin, pektin.
• Termasuk didalamnya adalah : Pati, selulosa,
pektin, glikogen.
Nukleotida
• Nukleotida adalah molekul yang tersusun dari gugus
basa heterosiklik, gula, dan satu atau lebih gugus
fosfat. Basa penyusun nukleotida biasanya adalah
berupa purin atau pirimidin sementara gulanya adalah
pentosa (ribosa), baik berupa deoksiribosa maupun
ribosa.
• Nukleotida adalah monomer penyusun RNA, DNA, dan
beberapa kofaktor, seperti CoA, FAD, FMN, NAD,
dan NADP. Dalam sel, kofaktor ini memainkan peran
penting dalam fiksasi energi (misalnya fotosintesis),
metabolisme, dan biosignalling.
Elemen struktur dari nukleotida yang paling umum
Nukleotida Purin dan Pirimidin :
• Merupakan senyawa kecil mengandung Nitrogen yang sangat
penting pada peranan Biologik.
• Sebagai “carrier” metabolisme energi (misalnya ATP)
• Sebagai subtrat sintesa RNA dan DNA.
• Sebagai Komponen enzim2 (NAD).
• Sebagai pengatur alosterik aktifitas enzimatik.
• Selain dari DNA dan RNA, purin merupakan komponen biokimia
yang penting dalam sejumlah biomolekul penting lainnya, seperti
ATP, GTP, AMP cyclicNADH, dan A koenzim.
• Purine sendiri, belum ditemukan dalam alam, tetapi dapat
diproduksi dengan cara sintesis organik.
 Purin yang terkenal
• Jumlah purin (1) yang terjadi secara alami di bumi sangat
banyak, karena 50% basa dalam asam nucleic,
• adenin (2) dan guanin (3) adalah purin.
• Dalam DNA, basa-basa ini membentuk ikatan hidrogen
dengan komplementernya pyrimidine, thymin dan cytosin.
• Ini disebut pasangan basa komplementer. Dalam RNA,
komplemen dari adenin adalah urasil (U) bukan thymine.
• Purin terkenal lainnya adalah hypoxanthine (4), xanthine (5),
theobromine (6), caffeine (7), uric acid (8) dan isoguanine
(9).
Basa? Gula ?
Nukleosida ?
Nukleotida ?
?
• Nukleoprotein : As. Nukleat+ Protein
• As. Nukleat : Gabungan Nukleotida
• Nukleotida : Nukleosida+fosfat.
• Nukleosida : Purin/Pirimidin+Gula
Pentosa.

• Hidrolisa Nekleoprotein  Protein,

Fosfat, Gula Pentosa, basa purin/pirimidin