Soal Latihan UTS Biokimia Analitik 2019

1. Apa yang dimaksud dengan istilah-istilah berikut, masing-masing, beri contohnya

a. Biomarker merupakan biomolekul sebagai penanda munculnya atau akan
munculnya suatu penyakit. Dari penemuan biomarker ini sehngga dapat
memprediksi sehingga akan dapat mempersiapkan diri saat akan terkena
penyakit. Microarray untuk medeteksi sel kanker, gen yang termutasi ada sel
kanker akan dibandingkan dengan sel normal.
b. Sentrifugasi analitik merupakan metode untuk memisahkan material misal
partikel biologis dengan menggunakan gerakan sudut (angular motion).
Pemisahan partikel ini berdasarkan dari ukuran, bentuk, densitas, viskositas
medium dan kecepatan rotor. Sentrifugasi analitik ini hanya digunakan untuk
menganalisis suatu sampel. Untuk memisahkan suatu organel dari sel, maka
organel tersebut harus dipisahkan terlebih dahulu dari komponen sel yang lain.
Pemisahan suatu organel sel ini disesuaikan dengan kecepatan. Misalnya
pemishan ribosom dari organel-organel suatu sel,
c. Elektroforesis dua dimensi merupakan suatu teknik analisis protein dengan
melakukan pemisahan protein menggunakan dua dimensi atau
menggabungkan dua metode. Dimana dimensi pertama, pemisahan protein
didasarkan pada titik isoelektrik suatu protein dengan menggunakan IEF
(isoelectric focusing) sedangkan pada dimensi kedua pemisahannya
didasarkan pada berat molekul suatu protein dengan menggunakan SDS-
PAGE.
d. Gaya apung suatu partikel merupakan kebalikan dari gaya sentrigal. Gaya
apung atau gaya bouyancy adalah gaya ke atas yang dikerjakan oleh fluda
yang melawan berat benda yang direndam

2. Jelaskan Bagaimana
a) Berbagai Jenis pemecahan sel, dengan contoh masing-masing
 Sonikasi adalah teknik menggunakan gelombang ultrasonik untuk
memecahkan sel
 French press adalah alat yang digunakan untuk mengeluarkan plasma sel
yang dilewatkan pada katup sempit pada dibawah tekanan tinggi
 Pemecahan sel secara enzimatis dan kimiawi adalah pemecahan sel
menggunakan enzim atau bahan kimia
 Freeze-thawing adalah siklus pengulangan membekukan dan mencairkan cell
untuk merusak sel melalui pembentukan kristal es
 Homogenasi dengan tekanan tinggi
 Bead milling merupakan proses penggilingan sel menggunakan manik
penggiling didalamnya.
 b) Cara mndapatkan berturut-turut: inti dan debris sel; organel; plasma membran dan
ribosom, dari thd homogenat sel
Jawab:
Teknik sentrifugasi yang digunakan yaitu sentrifugasi bertingkat. Dimana setiap
kecepatan sentrigugasi yang berbeda akan dihasilkan endapan/ atau pellet dengan
kandungan yang berbeda. Pada kecepatan 10.000 g akan didapatkan pellet yang
berupa nucleus dan sel debris, pada kecepatan 20.000 g akan didapatkan pellet
yang kaya dengan mitokondria, pada kecepatan 80.000 g akan didapatkan
mikrosom yang berupa membrane plasma dan membrane sel dalam, dan pada
kecepatan 150.000 g akan dihasilkan pellet berupa ribosom.
c) Cara menunjukkan bahwa proses pemurnian suatu biomolekul, mis protein (non
enzim) berhasil dengan baik?
Jawab: Western Blot Assay (system imuno assay), dimana antigen akan
berinteraksi secara spesifik dengan protein non enzim tersebut. Menggunakan
antibody anti protein yang diinginkan.

3. Jelaskan mengapa
a. Kecepatan sentrifugasi dalam rpm, tidak dapat diterapkan untuk sembarang
sentrifuse? karena setiap setrifuse jari2 rotor yang berbeda, perbedaan tsb akan
menyebabkan berbedanya rcf. Meskipun kecepatan rpm sama akan dihasilkan
nilai rcf berbeda, karena di dalamrcf jari2 rotor sangat diperhitungkan
sedangkan rpm tidak. Karena tidak semua sentrifuse memiliki jari-jari rotor
yang sama, meskipun dengan kecepatan putar yang sama namun harga RCF
yang dihasilkan akan berbeda.
g lebih menunjukkan laju sedimentasi suatu partikel. Karena g atau RCF
dipengaruhi oleh jari-jari rotor, sehingga apabila dilakukan pengukuran
dengan alat yang panjang jari-jari rotornya berbeda, hasil RCF yang diperoleh
akan berbeda walaupun dengan kecepatan rotasi (rpm) yang sama. Rpm tidak
mempengaruhi laju sedimentasi. Hal ini sesuai dengan rumus:
b. Seringkali pemisahan DNA dengan elektroforesis tidak optimal?
1. Preparasi gel yang salah
Konsentrasi gel tidak sesuai
Buffer yang digunakan tidak sesuai
Sumur yang dibuat tidak terbentuk tidak pas
2. Pengisian sampel tidak tepat
Volume tidak sesuai
3. Parameter elektroforesis tidak sesuai
Voltase haru sesuai degan jarak antara sumur DNA
Marker
Buffer
c. DNA sirkular tidak dapat digunakan sebagai ladder (penannda ukuran DNA)
Jawab: karena bentuknya terlalu besar sehingga tidak bisa menjadi penanda
ukuran DNA
 d. DNA dan protein yang telah dielektroforesis dan diwarnai, tidak dapat
digunakan untuk kloning gen maupun uji aktivitas?
Jawab: karena protein dan DNA yang telah diwarnai struktur dan fungsinya
telah rusak. Missal pada DNA menggunakan pewarnaan dengan etidium
bromide, zat ini sangat berbahaya dapat memutasi DNA sehingga fungsi dan
struktur DNA akan berubah akibatnya tidak dapat digunakan sebgai cloning
gen ataupu uji aktivitas.

4. Apa saja persamaan dan perbedaannya (minimal 2 persamaan dan perbedaan) antara
a. Dialisis dan gel filtrasi
Persamaan : memisahkan protein berdasarkan ukurannnya.
Perbedaan : dialisis hanya dapat memisahkan satu ukuran sedangkan gel filtrasi dapat
memisahkan berbagai ukuran. Berdasarkan pori dari membrannya (dialysis), ukuran
dari pori gelnya , semakin besar pori dibandingka sampel maka tidak akan cepat turun
kareena sampel tersebut akan tersangkut dibandingkan dengan ukuran yang lebih
besar.(filtrasi gel) dapat diubah muatannya dengan menggunakan pH jika telah
diketahui pI
b. Kromatografi ion dan kromatografi afinitas
Persamaan : memanfaatkan kemampuan mengikat dari protein dengan resin.
Perbedaan : kromatografi ion memanfaatkan adanya ikatan ionik antara muatan positif
dan negatif sedangkan kromatografi afinitas memanfaatkan adanya interaksi spesifik
antara gugus spesifik resin dengan protein.
c. Elektroforesis DNA dan SDS-PAGE
Persamaan: menggunakan gel agarosa
Perbedaan:
d. Pewarnaan DNA, pewarnaan Comasie blue dan pewarnaan silver (silver
stain)?
Jawb:

Kategori Comasie Blue Silver

Persamaan Sebagai penanda

5. Imunoanalisis