MOLECULAR DOCKINGSENYAWA SINEOL, α-PINEN,

KARIOFILENDAN KOMBINASI KETIGANYA DARI

MINYAK KAYU PUTIH (Melaleuca leucadendra Linn.)
TERHADAP MAIN PROTEASE(MPRO) SARS-COV-2
SEBAGAI ANTICOVID-19 (KODE PDB 6LU7)

SKRIPSI

Oleh :
Shofi’atun Ni’mah
175010014

FAKULTAS FARMASI
UNIVERSITAS WAHID HASYIM
SEMARANG
Januari 2021

i
MOLECULAR DOCKINGSENYAWA SINEOL, α-PINEN,
KARIOFILENDAN KOMBINASI KETIGANYA DARI
MINYAK KAYU PUTIH (Melaleuca leucadendra Linn.)
TERHADAPMAIN PROTEASE(MPRO) SARS-COV-2
SEBAGAI ANTICOVID-19 (KODE PDB 6LU7)

SKRIPSI

Diajukan untuk memenuhi salah satu syarat

dalam mencapai derajat Sarjana Farmasi
Program Studi Ilmu Farmasi pada Fakultas Farmasi
Universitas Wahid Hasyim

Oleh :
Shofi’atun Ni’mah
175010014

FAKULTAS FARMASI
UNIVERSITAS WAHID HASYIM
SEMARANG
Januari 2021

i
 INTISARI

MOLECULAR DOCKING SENYAWA SINEOL, α-PINEN, KARIOFILEN

DAN KOMBINASI KETIGANYA DARI MINYAK KAYU PUTIH
(Melaleuca leucadendra Linn.) TERHADAP MAIN PROTEASE (MPRO)
SARS-COV-2 SEBAGAI ANTICOVID-19 (KODE PDB 6LU7)

Coronavirusdisease (Covid-19) adalah virus yang disebabkan oleh SARS-

CoV-2 (Severe Acute Respiratory Syndrome-Coronavirus-2), dalam pembentukan
virus tersebut di motori olehenzim main protease (Mpro), sehingga Mpro ini
dapat dijadikan target dalam penemuan dan pengembangan obat baru sebagai
anticovid-19. Penelitian ini bertujuan untuk mengetahui potensi senyawa sineol,
α-pinendan kariofilenserta kombinasi ketiganya dari minyak kayu putih sebagai
model kandidat senyawa obat anticovid-19 melalui ikatannya dengan Mpro
SARS-CoV-2.
Penelitian ini menggunakan metode molecular docking dengan ligan uji
sineol, α-pinen, kariofilen dan kombinasi ketiganya serta ligan pembanding
lopinavir dan hesperetin menggunakan software PLANTS. Pengujian dilakukan
terhadap main protease (Mpro) dengan kode PDB 6LU7. Validasi 6LU7 dengan
menggunakan YASARA, preparasi ligan uji dan ligan pembanding menggunakan
software ChemAxon, running molecular docking menggunakan
softwarePLANTSserta visualisasi hasil docking menggunakan softwareLigPlot+
dan PyMOL.
Validasi metode docking diperoleh nilai RMSD 1.7924 Å ( < 2 Å). Skor
docking ligan nativesebesar(-135.726), sineol (-56.0103), α-pinen (-61.6399),
kariofilen (-61.8503), kombinasi ketiganya (-61.8545), hesperetin (-79.5676) serta
lopinavir (-125.519). Uji T statistik dengan taraf kepercayaan α = 0.005.
Visualisasi hasil dockingdiperolehligan native berikatan dengan asam amino
sebanyak (25 AA), sineol (9 AA), α-pinen (8 AA), kariofilen (13 AA), kombinasi
ketiganya (13 AA), hesperetin (10 AA) dan lopinavir (22 AA). Senyawa sineol, α-
pinen, kariofilendan kombinasi ketiganya mampu berikatan dengan beberapa
asam amino yang sama dengan ligan native dan ligan pembanding.

Kata kunci :molecular docking, minyak kayu putih (Melaleuca leucadendra

Linn.), sineol, α-pinen, kariofilen dan anticovid-19.

ii
 ABSTRACT

MOLECULAR DOCKING SINEOL COMPOUND, α-PINEN, CARIOFILEN

AND COMBINATIONS OF TREE COMPOUNDSFROMEUCALYPTUS OIL
(Melaleuca leucadendra Linn.) TO MAIN PROTEASE (MPRO) SARS-COV-2
AS AN ANTICOVID-19 (PDB CODE 6LU7)

Coronavirus disease (Covid-19) is the causesSARS-CoV-2 (Severe Acute

Respiratory Syndrome-Coronavirus-2), in the formation of the virus it is driven by
the main protease (Mpro) enzyme, so that this Mpro can be used as a target in the
discovery and development of new drugs as anticovid-19. This research aims to
see the potential of cineol, α-pinen and cariophylene compounds as well as the
combination of the three from eucalyptus oil as a candidate model for anticovid-
19 drug compounds by binding with Mpro SARS-CoV-2 .
This research use a molecular docking method with the test ligands of
sineol, α-pinen, cariophylene and a combination of the three as well as the
comparison ligands for lopinavir and hesperetin using PLANTS software. Tests
were carried out on the main protease (Mpro) with the code PDB 6LU7.
Validation of 6LU7 using YASARA, preparation of test and comparison ligands
using ChemAxon software, running molecular docking using PLANTS software
and visualizing docking results using LigPlot+and PyMOL software.
The validation of the docking method obtained an RMSD value of 1.7924
Å (<2 Å). Native ligand docking score (-135,726), cineol (-56.0103), α-pinen (-
61.6399), cariophylene (-61.8503), the combination of the three (-61.8545),
hesperetin (-79.5676) and lopinavir (-125.519). Statistical T test with confidence
level α = 0.005. Visualization of docking results showed that native ligands bind
to as many amino acids as (25 AA), cineol (9 AA), α-pinen (8 AA), cariophylene
(13 AA), the combination of the three (13 AA), hesperetin (10 AA) and lopinavir
(22 AA). Sineol, α-pinen, cariophylene and the combination of the three are able
to bind to some of the same amino acids as the native ligands and the comparison
ligands.

Keywords: molecular docking, eucalyptus oil (Melaleuca leucadendra Linn.),

Cineol, α-pinen, cariophylene and anticovid-19.

iii
 PENGESAHAN SKRIPSI

Berjudul

MOLECULAR DOCKING SENYAWA SINEOL, α-PINEN,

KARIOFILEN DAN KOMBINASI KETIGANYA DARI
MINYAK KAYU PUTIH (Melaleuca leucadendra Linn.)
TERHADAP MAIN PROTEASE (MPRO) SARS-COV-2
SEBAGAI ANTICOVID-19 (KODE PDB 6LU7)
Oleh:
Shofi’atun Ni’mah
175010014

Dipertahankan di hadapan Panitia Penguji Skripsi

Fakultas Farmasi Universitas Wahid Hasyim
Pada tanggal: Februari 2021

Pembimbing Utama, Pembimbing Pendamping,

(Dr. apt. Hari Purnomo, M. S.) (Drs. H. apt. Ibrahim Arifin, M. Sc.)

Mengetahui:
Fakultas Farmasi
Universitas Wahid Hasyim
Dekan,

(Dr. apt. Maulita Cut Nuria, S. F., M. Sc.)

iv
 SURAT PERNYATAAN

Yang bertanda tangan di bawah ini:

Nama : Shofi’atun Ni’mah

NIM : 175010014

Judul Skripsi : Molecular Docking Senyawa Sineol, α-Pinen, Kariofilen dan

Kombinasi Ketiganya dari Minyak Kayu Putih (Melaleuca

leucadendra Linn.) terhadapMain Protease (MPRO) SARS-

CoV-2 sebagai Anticovid-19 (Kode PDB 6LU7)

Dengan ini menyatakan bahwa dalam skripsi Saya tidak terdapat karya

yang pernah diajukan untuk memperoleh gelar kesarjanaan di suatu Perguruan

Tinggi dan sepanjang pengetahuan Saya juga tidak terdapat karya atau pendapat

yang pernah ditulis atau diterbitkan oleh orang lain, kecuali yang secara tertulis

diacu dalam naskah skripsi Saya dan disebutkan dalam daftar pustaka.

Demikian surat pernyataan ini dibuat untuk dapat digunakan sebagaimana

mestinya.

Semarang,Februari 2021

(Shofi’atun Ni’mah)

v
 PERSEMBAHAN

Jangan Pernah Berhenti Belajar, Karena Hidup Tak

Pernah Berhenti Mengajarkan

dan Barang Siapa Tidak Mau Merasakan Pahitnya

Belajar, Ia Akan Merasa Hinanya Kebodohan Sepanjang

Hidupnya

(Imam Syafi’i RA)

Karena Pendidikan Bukan Hanya Pergi ke Sekolah dan Mendapatkan Gelar,

Tetapi Juga Soal Memperluas Pengetahuan dan Menyerap Ilmu Kehidupan

Kupersembahkan karya ilmiah ini untuk :

Ayah, Ibuku tersayang, serta kakakku tercinta sebagai

wujud hormat dan baktiku, Ucapan terimakasih takkan
mampu mewakili semua cinta kasih, dukungan serta yang
mendo’akanku dan telah memberikan kesempatan padaku
untuk meraih mimpiku,

Bapak dan Ibu dosen yang telah mendidik dan

membimbingku

Seluruh keluarga dan sahabatku yang selalu memotivasi,

menasihati dan mendo’akanku

Almamaterku sebagai wujud terima kasih dan khidmahku

vi
 KATA PENGANTAR

Alhamdulillah, puji dan syukur senantiasa penulis panjatkan ke hadirat

Allah SWT. yang Maha Pengasih lagi Maha Penyayang atas segala rahmat serta

hidayah-Nya sehingga penulis dapat menyelesaikan penelitian dan penulisan

skripsi yang berjudul “Molecular Docking Senyawa Sineol, α-Pinen, Kariofilen

dan Kombinasi Ketiganya dari Minyak Kayu Putih (Melaleuca leucadendra

Linn.) terhadapMain Protease (MPRO) SARS-CoV-2 sebagai Anticovid-19

(Kode PDB 6LU7)”.

Skripsi ini disusun sebagai salah satu syarat dalam memperoleh derajat

Sarjana Farmasi di Fakultas Farmasi Universitas Wahid Hasyim, Semarang.

Skripsi ini menyajikan bahasan tentang covid-19 yang merupakan suatu pandemi

wabah diseluruh dunia. Selain itu juga mengetahui potensi minyak kayu putih

sebagai anticovid-19 melalui mekanisme penghambatan pada main protease

(Mpro). Hasil penelitian ini diharapkan dapat digunakan sebagai rujukan untuk

penelitian lebih lanjut tentang anticovid-19.

Penulis mengucapkan banyak terima kasih kepada semua pihak yang

telah membantu dalam penyusunan skripsu ini, sehingga skripsi ini dapat

terselesaikan dengan baik. Rasa terima kasih juga penulis haturkan kepada :

1. Ibu Dr. apt. Maulita Cut Nuria, S. F., M. Sc., selaku Dekan Fakultas Farmasi

Universitas Wahid Hasyim Semarang

2. Bapak Dr. apt. Hari Purnomo, M. S., selaku dosen pembimbing utama yang

telah meluangkan waktu untuk memberikan bimbingan, motivasi, masukan

dan saran kepada penulis selama persiapan penelitian, penelitian, hingga

vii
 terselesainya penyusunan skripsi ini. Semoga Allah SWT. selalu memberikan

keberkahan hidup, petunjuk serta kemudahan pada Bapak dan keluarganya.

Amin.

3. Bapak Drs. H. apt. Ibrhaim Arifin, M. Sc., selaku dosen pembimbing

pendamping yang telah meluangkan waktu untuk memberikan bimbingan,

motivasi, masukan dan saran kepada penulis selama persiapan penelitian,

penelitian, hingga terselesainya penyusunan skripsi ini. Semoga Allah SWT.

selalu memberikan keberkahan hidup, petunjuk serta kemudahan pada Bapak

dan keluarganya. Amin.

4. Ibu Anita Dwi Puspitasari, S. Si., M. Pd., selaku dosen penguji skripsi yang

telah memberikan banyak masukan dan saran dalam penulisan skripsi.

Semoga bersama keluarganya selalu dilimpahkan rahmat serta keberkahan

oleh Allah SWT. Amin.

5. Ibu apt. Ayu Sabrina, M. Farm., selaku dosen penguji skripsi yang telah

memberikan banyak masukan dan saran dalam penulisan skripsi. Semoga

bersama keluarganya selalu dilimpahkan rahmat serta keberkahan oleh Allah

SWT. Amin.

6. Seluruh dosen Fakultas Farmasi Universitas Wahid Hasyim Semarang yang

telah memberikan bekal ilmu pengetahuan sebagai dasar penulisan skripsi ini.

Semoga Allah SWT. memberikan keberkahan ilmunya. Amin.

7. Bapak Sukiman yang telah mendidik hingga dapat menjadi seperti saat ini.

Semoga hasil didikan Bapak dapat menjadi amal jariyah. Semoga selalu

viii
 diberikan kesehatan, kelimpahan rahmat dan keberkahan hidup oleh Allah

SWT. Semoga surga Allah SWT. Selalu terbuka untuk Bapak. Amin.

8. Ibu Partini yang selalu memberi dukungan serta do’a yang tidak pernah kenal

lelah. Semoga Allah SWT. selalu memberikan kebahagiaan, kesehatan,

ketetapan iman dan islam, keberkahan hidup oleh Allah SWT. Semoga surga

Allah SWT. Selalu terbuka untuk Bapak. Amin.

9. Kakak Nur Hayati atas setiap do’a yang dipanjatkan, dukungan yang

senantiasa selalu diberikan. Semoga Allah SWT. selalu memberkahi, serta

memberi kemudahan di segala urusannya. Amin.

10. Muh Gufron Alwi, Marwah dan Henispa Nadiantari yang selalu berjuang

bersama, sehingga mampu menyelesaikan skripsi ini. Semoga Allah SWT.

melancarkan segala urusannya. Amin.

11. Muhammad Rouf Efendi, S. Hub. Int., yang selalu mendukung, menemani dan

mendo’akan selama menyelesaikan skripsi ini. Semoga Allah SWT.

memberikan kemudahan dalam setiap urusannya. Amin.

12. Ibu apt. Elya Zulfa, M. Sc., Mas apt. Sofiudin, Ibu Atiek Perdawati, Bu Puji

dan Mbak Yani tim di Apotek Sampangan yang telah memberikan dukungan

dan semangat bagi penulis. Semoga Allah SWT. selalu memberkahi, serta

memberi kemudahan di segala urusannya. Amin.

13. Noor Erly Damayanti, Aza Zakiyatun Nida, Sheila Anindita Galiano, Nurul

Anizha, Rifka Iryanita, Radha Husni Anjarningrum, Febriani Fitrianingrum,

Aliya, Jinggan Novi, Ita Novita, Wahyu Setyo Wibowo, Rizky Aditio Saputro,

Kharisma Fiantika, Ifah, Nazil Fadhilatun Nikmah, Fitri Mustiko, Kris Sutatik,

ix
 Fitria Supriyanti Rahayu, Hilmi Maulina dan Sindi yang telah memberikan

semangat.

14. Teman-teman Farmasi Angkatan 2017 terutama teruntuk Farmasi A yang

tidak mungkin ditulis satu persatu, terima kasih telah menjadi keluarga, teman

diskusi dan teman berjuang selama ini.

15. Teman-teman BEM-FF 2018 / 2019, DPM-FF 2018 / 2019 dan Komunitas

PCC Farmasi Unwahas yang tidak mungkin ditulis satu persatu, terima kasih

telah memberikan semangat selama ini.

16. Semua pihak yang tidak disebutkan namanya satu persatu, yang telah

membantu dan memberikan semangat hingga skripsi ini dapat terselesaikan.

Penulis menyadari bahwa banyak kekurangan dalam skripsi ini, untuk itu

segala kritik da saran yang membangun sangat penulis harapkan demi perbaikan

di masa mendatang. Semoga penelitian ini dapat memberikan sumbangan yang

berarti bagi ilmu pengetahuan pada umunya dan dunia farmasi pada khususnya

dibidang covid-19.

Semarang, Februari 2021

Penulis

x
 DAFTAR ISI

HALAMA JUDUL ....................................................................................................... i

HALAMAN PENGESAHAN ..................................................................................... i
INTISARI .................................................................................................................... ii
ABSTRACT.................................................................................................................. iii
PENGESAHAN SKRIPSI ......................................................................................... iv
SURAT PERNYATAAN ........................................................................................... v
PERSEMBAHAN ...................................................................................................... vi
KATA PENGANTAR .............................................................................................. vii
DAFTAR ISI .............................................................................................................. xi
DAFTAR TABEL .................................................................................................... xiii
DAFTAR GAMBAR ............................................................................................... xiv
DAFTAR LAMPIRAN ............................................................................................. xv
DAFTAR SINGKATAN ......................................................................................... xvi
BAB I. PENDAHULUAN .......................................................................................... 1
A. Latar Belakang ................................................................................................. 1
B. Rumusan Masalah ............................................................................................ 3
C. Tujuan Penelitian ............................................................................................. 4
D. Manfaat Penelitian ........................................................................................... 4
E. Tinjauan Pustaka .............................................................................................. 4
1. Coronavirus disease (Covid-19) ................................................................. 4
2. Main Protease (MPRO) SARS CoV-2 ....................................................... 6
3. Lopinavir....................................................................................................... 7
4. Hesperetin ..................................................................................................... 8
5. Minyak Kayu Putih (Melaleuca leucadendra Linn.) ................................. 9
6. Sineol .......................................................................................................... 11
7. α-Pinen ........................................................................................................ 12
8. Kariofilen .................................................................................................... 12
9. Molecular Docking .................................................................................... 13
F. Landasan Teori ............................................................................................... 15
G. Hipotesis ......................................................................................................... 17
BAB II. METODE PENELITIAN ........................................................................... 18
A. Bahan dan Alat yang akan digunakan .......................................................... 18
1. Bahan .......................................................................................................... 18
2. Alat .............................................................................................................. 18
B. Jalannya Penelitian ........................................................................................ 18
C. Analisis Data .................................................................................................. 28
BAB III. HASIL PENELITIAN DAN PEMBAHASAN ....................................... 29
A. Validasi Metode Docking .............................................................................. 29
B. Molecular Docking Senyawa Uji .................................................................. 30
C. Visualisasi Hasil Docking ........................................................................... 355
BAB IV. KESIMPULAN DAN SARAN .............................................................. 422
A. Kesimpulan................................................................................................... 422

xi
 B. Saran ............................................................................................................. 422
DAFTAR PUSTAKA ............................................................................................. 433

xii
 DAFTAR TABEL

Tabel I. Hasil Skor Docking…………………………………….......................... 32

Tabel I. Hasil statistik senyawa uji dan senyawa pembanding ………………….34
Tabel II. Asam Amino – asam amino yang berikatan dengan LiganNative,
Senyawa Uji dan Senyawa Pembanding ……………………………………….. 38

xiii
 DAFTAR GAMBAR

Gambar 1. Struktur coronavirus disease (Covid-19) ……………………………5

Gambar 2. Main protease ………………………………………………………..7
Gambar 3. Struktur Lopinavir …………………………………………………... 8
Gambar 4. Struktur Hesperetin …………………………………………………..9
Gambar 5. Tumbuhan Kayu Putih ………………………………………………11
Gambar 6. Struktur Sineol ……………………………………………………….12
Gambar 7. Struktur α-pinene …………………………………………………….12
Gambar 8. Struktur Kariofilen ……………………………………………..........13
Gambar 9. Hasil validasi dari nilai RMSD ……………………………………...30
Gambar 10. Struktur molekul …………………………………………………...31
Gambar 11. Visualisasi 2D dan 3D…..………………………………………… 35

xiv
 DAFTAR LAMPIRAN

Lampiran 1. Skor docking senyawa …………………………………………….49

Lampiran 2. Uji T masing – masing senyawa …………………………………..51
Lampiran 3. Asam amino yang berikatan pada senyawa ……………………….57

xv
 DAFTAR SINGKATAN

Mpro = Main protease

SARS-CoV-2 = Severe Acute Respiratory Syndrome-Corona Virus-2
Covid-19 = Coronavirus disease-19
PDB = Protein Data Bank
RMSD = Root Mean Square Deviation
AA = Asam Amino
M1 = Sineol
M2 = α-pinen
M3 = Kariofilen
M3_M2_M1 = Kombinasi kariofilen, α-pinen dan sineol
WHO = World Health Organization
Kemenkes RI = Kementerian Kesehatan Republik Indonesia
CoV = Corona Virus
FDA = Food Drug Administration
IBV = Infectious Bronchitis Virus
RNA = Ribonucleic Acid
PGE-1 = Prostaglandin-E1
MERS = Midle East Respiratory Syndrom
SARS = Severe Acute Respiratory Syndrome
Protein S = Protein Spike
Protein M = Protein Membrane
Protein E = Protein Envelope
Protein N = Protein Nucleocapsid
ACE2 = Angiotensin Converting Enzyme 2
TMPRSS2 = Transmembrane Serine Protease 2
Pp1a = Protein phosphatase 1a
Pp1b = Protein phosphatase 1b
HIV-1 = Human Immunodeficiency Virus 1
HIV-2 = Human Immunodeficiency Virus 2
FDA = Food and Drug Administration
PLpro = Papain Like protease
BPOM = Badan Pengawas Obat dan Makanan
nsP2 = non structural Protein 2
ISPA = Infeksi Slauran Pernafasan Atas
3D = Tiga Dimensi
2D = Dua Dimensi
UNK = Unknown
Asn 133 = Asparagin 133
Pro 132 = Prolin 132
Phe 134 = Fenilalanin 134
Gln 110 = Glutamin 110
Pro 108 = Prolin 108
Gln 107 = Glutamin 110

xvi
Asp 197 = Asparaginin 197
Ile 106 = Isoleusin 106
Tyr 182 = Tirosin 182
Cys 160 = Sistein 160
Phe 150 = Fenilalanin 150
Tyr 161 = Tirosin 161
Ser 147 = Serin 147
Val 114 = Valin 114
Leu 115 = Leusin 115
Val 13 = Valin 13
Gly 149 = Glisin 149
Ser 113 = Serin 113
Thr 111 = Treonin 111
Gln 127 = Glutamin 127
Cys 128 = Sistein 128
Ala 129 = Alanin 129
Ile 136 = Isoleusin
Gly 109 = Glisin 109
Thr 135 = Treonin 135

xvii
 BAB I. PENDAHULUAN
A. Latar Belakang

Coronavirus disease (Covid-19) adalah penyakit yang disebabkan oleh

jenis virus SARS-CoV-2 yang menyebabkan gangguan saluran pernafasan,

saluran pencernaan dan sistemik(Zhou dkk., 2020). Oleh World Health

Organization (WHO) virus ini dinyatakan sebagai pandemi karena penularannya

dari manusia ke manusia yang berkembang pesat dan kasus ini dikonfirmasi

hampir di setiap Negara (Andersen dkk., 2020).

Laporan yang dirilis oleh WHO pada 13 November 2020 secara global

situasi total kasus konfirmasi covid-19 adalah 52.487.476 kasus dengan 1.290.653

kematian (WHO, 2020). Pemerintah Indonesia pada tanggal 14 November 2020

mengkonfirmasi sebanyak 463.007 kasus positif covid-19 dengan 388.094

sembuh dan 15.148 meningal (Kemenkes 2020). Prevalensi tersebut terus

meningkat hingga 20 Januari 2021, pemerintah Indonesia mengumumkan

sebanyak 939.948 kasus covid-19 yang terkonfirmasi, dengan 26.857 merupakan

kasus kematian dan 763.703 kasus pulih dari 34 provinsi (WHO, 2021).

Indonesia melaksanakan program vaksinasi covid-19 secara nasional pada

15 Januari 2021 sebagai upaya dan pencegahan covid-19 (WHO, 2021). BPOM

juga telah menyusun informatorium obat – obatan yang direkomendasikan untuk

tatalaksana covid-19, salah satunya adalah lopinavir (Khan dkk., 2020). Lopinavir

merupakan obat golongan inhibitor protease virus. Hasil penelitian Ortega,

dkk.,(2020) menyebutkan lopinavir dapat menurunkan aktivitas protease enzim

pada coronavirius.

1
 2

Main protease virus (Mpro) dianggap sebagai target yang sesuai untuk

rancangan obat melawan infeksi SARS-CoV-2 karena peran vitalnya dalam

pemrosesan poliprotein yang diperlukan untuk replikasi virus corona (Sharma dan

Kaur, 2020). Hasil penelitian Peele dkk (2020) menunjukkan bahwa lopinavir

memiliki energi ikatan yang paling tinggi dengan Mpro yaitu -9,918 kkal/mol

dibandingkan dengan 22 antivirus yang disetujui oleh FDA (Food Drug

Administration). Pernyataan ini didukung oleh laporan Lim dkk., (2020) bahwa

pasien yang terinfeksi SARS-CoV-2 dan diberikan terapi lopinavir dapat

mencapai prognosis yang baik. Oleh karena itu, Mpro dapat dijadikan sebagai

target dalam pencarian senyawa anticovid-19. Lu (2020) juga menyatakan bahwa

main protease dari covid-19 merupakan target potensialuntuk penghambatan

replikasi CoV. Pengembangan senyawa anticovid-19 berbasis kimia komputasi

(molecular docking) dapat menghindarkan langkah sintesis suatu senyawa yang

membutuhkan waktu lama serta biaya mahal dengan efektivitas obat yang buruk,

sehingga penggunaan metode molecular docking diharapkan mampu memberikan

gambaran secara in silico potensi senyawa tertentu sebagai kandidat anticovid-19

(Malthri dkk., 2016).

Beberapa kandungan senyawa dari bahan alam yang beragam dan

memiliki manfaat kesehatan yang kompleks serta adanya efek samping yang

minimal, menjadikan minat bagi para peneliti untuk mengembangkan senyawa

dari bahan alam sebagai obat (Bustanussalam, 2016). Salah satunya

adalahtanaman kayu putih (Melaleuca leucadendra Linn.) yang banyak

 3

mengandung minyak esensial dantelah dilaporkan memiliki bioaktivitas antivirus

(Zakaryan dkk., 2017). Komponen utama dari minyak kayu putih diantaranya

adalah senyawa sineol atau nama lain eucalyptol, sineol ini merupakan senyawa

eter siklik dan monoterpenoid. Selain sineol minyak kayu putih (Melaleuca

leucadendra Linn.) juga mengandung banyak senyawa kimia lain seperti α-pinen

dan kariofilen,(Widiyanto dan Siarudin, 2014).Penelitian Sharma danKaur (2020)

menyatakan bahwasineoldapat berikatan dengan Mpro. Penelitian yang dilakukan

oleh Yang, dkk (2011) menyatakan α-pinen memiliki sifat anti-IBV (Anti-

Infectious Bronchitis Virus) dengan menghambat proses pengikatan antara RNA

dan IBV N-protein, sedangkan kariofilen adalah jenis terpenoid yang dikenal

sebagai sesquiterpenoid. Kariofilen berguna sebagai zat anti-inflamasi, selain itu

kariofilen juga berfungsi untuk mempengaruhi jalur PGE-1 (prostaglandin E1)

(Martin dkk., 1993).

Berdasarkan latar belakang tersebut, maka penelitian ini penting

dilakukan untuk melihat potensi beberapa senyawa yang terkandung dalam

minyak kayu putih yaitu sineol, α-pinen dan kariofilen sebagai kandidat anticovid-

19 melalui ikatannya dengan main protease (Mpro) SARS-CoV-2 (kode PDB

6LU7) dengan metode molecular docking.

B. Rumusan Masalah

Berdasarkan latar belakang di atas, maka perumusan masalah penelitian ini

adalah : apakah senyawa sineol, α-pinen dan kariofilen serta kombinasi ketiga

senyawa tersebutdari minyak kayu putih (Melaleuca leucadendra Linn.)

 4

berpotensi sebagai model kandidat obat anticovid-19 berdasarkan hasil molecular

docking terhadap main protease SARS-CoV-2 (kode PBD : 6LU7)?

C. Tujuan Penelitian

Penelitian ini bertujuan untuk melihat potensi senyawasineol, α-pinen dan

kariofilen serta kombinasi ketiga senyawa tersebut dari minyak kayu putih

(Melaleuca leucadendra Linn.) sebagai model kandidat obat anticovid-19

berdasarkan hasil molecular docking terhadap main protease SARS-CoV-2 (kode

PBD : 6LU7).

D. Manfaat Penelitian

Penelitian ini diharapkan dapat memberikan manfaat, antara lain :

1. Dapat mengembangkan potensi senyawa sineol, α-pinen dan kariofilen dari

minyak kayu putih sebagai bahan baku untuk pengembangan obat anticovid-

19.

2. Dapat memberikan informasi terkait target pengobatan yang lebih efektif

untuk covid-19.

E. Tinjauan Pustaka

1. Coronavirus disease (Covid-19)

Coronavirusdisease (Covid-19) adalah keluarga besar virus yang

menyebabkan penyakit mulai dari gejala ringan sampai berat.Manifestasi klinis

infeksi SARS-CoV-2 biasanya muncul dalam 2 – 14 hari setelah paparan berupa

gejala gangguan pernapasan akut seperti demam, batuk dan sesak napas. Kasus
 5

yang berat dapat menyebabkan pneumonia, sindrom pernapasan akut, gagal ginjal

dan bahkan kematian. Dua jenis coronavirus yang diketahui menyebabkan

penyakit yang dapat menimbulkan gejala berat seperti Middle East Respiratory

Syndrome (MERS) dan Severe Acute Respiratory Syndrome (SARS).Virus

penyebab covid-19 ini dinamakan SARS-CoV-2 (Kemenkes RI, 2020).

Laporan yang dirilis oleh WHO pada 13November 2020 secara global

situasi total kasus konfirmasi covid-19 adalah 52.487.476 kasus dengan 1.290.653

kematian (WHO, 2020). Pemerintah Indonesia pada tanggal 14 November 2020

mengkonfirmasi sebanyak 463.007 kasus positif covid-19 dengan 388.094

sembuh dan 15.148 meningal (Kemenkes 2020). Prevalensi tersebut terus

meningkat hingga 20 Januari 2021, pemerintah Indonesia mengumumkan

sebanyak 939.948 kasus covid-19 yang terkonfirmasi, dengan 26.857 merupakan

kasus kematian dan 763.703 kasus pulih dari 34 provinsi (WHO, 2021).

Virus corona berbentuk bulat dengan diameter sekitar 125 nm. Partikel

virus corona mengandung empat protein struktural utama, yaitu protein S (spike

protein) yang berbentuk seperti paku, protein M (membrane protein), protein E

(envelope protein) dan protein N (nucleocapside protein) (Parwanto, 2020).

Gambar 1. Struktur coronavirus disease (covid-19) (Setiaputri, 2020).

 6

2. Main Protease (Mpro) SARS-CoV-2

SARS-CoV-2 menginfeksi manusia dengan cara berinteraksi dengan

reseptor bernama ACE2 pada permukaan sel inang yang difasilitasi oleh protein

spike (protein S). Proses selanjutnya adalah masuknya virus kedalam sel inang

untuk melepaskan materi genetiknya melalui protein transmembran TMPRSS2

(Hoffman, dkk., 2020). Setelah materi virus dilepaskan didalam sel inang, terjadi

proses translasi dan perbanyakan materi genetik, serta perakitan virus baru yang

dilakukan oleh beberapa protein, seperti main protease (Mpro) ini (Zhavoronkov,

dkk., 2020). Setelah dalam bentuk sempurna, partikel virus (virion) kemudian

lepas dari sel yang terinfeksi melalui eksositosis dan mencari sel inang lainnya.

Protein-potein yang terlibat dan proses yang terjadi pada siklus hidup virus

merupakan target senyawa antivirus yang efektif (Septiana, 2020).

Genom CoV menyandi dua protein yaitu ppla dan pplb yang terlibat dalam

aktivitas spike, membran, envelope, nukleoprotein, replikase dan polimerase virus

yang dilepaskan dari poliprotein oleh main protease (Mpro) (Liu dan Wang,

2020), Main protease (Mpro) berperan dalam membantu proses perubahan

polipeptida replikase menjadi protein fungsional yang berperan penting dalam

perbanyakan virus (Sharma dan Kaur, 2020), sehingga main protease (Mpro) ini

dapat dijadikansebagai target potensial dalam pengembangan pengobatan covid-

19 (Fakhrudin dan Indrasetiawan, 2020).

 7

Gambar 2. Main protease (Khan dkk., 2020)

3. Lopinavir

Lopinavir adalah peptidomimetik penghambat protease dari HIV-1 dan

HIV-2 yang secara selektif menghambat pemotongan poliprotein, sehingga

mencegah pematangan virus (immature) dan tidak menular (non-infectious)

(BPOM, 2020). Lopinavir ini telah disetujui penggunaannya oleh FDA (Food

Drug Administration) untuk mengobati HIV. Lopinavir merupakan antivirus yang

bekerja dengan cara menghambat protease (protease inhibitor). Hasil penelitian

secara in vitromenunjukkan bahwa lopinavir dapat melawan virus corona melalui

penghambatan pada main protease (Mpro). Mpro merupakan sebuah protein yang

berperan dalam perbanyakan virus (De Wilde dkk, 2014).

Hasil penelitian Ortega, dkk(2020) menyebutkan lopinavir dapat

menurunkan aktivitas protease enzim pada coronavirius. Hal ini didukung oleh

penelitian Lim, dkk(2020) yang menyatakan bahwa pasien yang terinfeksi SARS-

CoV-2 dan diberikan terapi lopinavir dapat mencapai prognosis yang baik.
 8

Lopinavir terbukti memiliki mekanisme menghambat kerja enzim 3CL protease

(atau disebut juga dengan 3CLpro atau Mpro) dan papain-like protease PLpro

yang berperan penting pada proses replikasi coronavirus (Setiadi dkk., 2020).

Lopinavir merupakan jenis obat yang digunakan oleh International

Pulmonologist’s Consensus on covid-19 untuk pengobatan covid-19, berdasarkan

uji in vitro menunjukkan pengurangan replikasi MERS corona virushingga 50%

(Joseph danMoslehi, 2020).

Gambar 3. Struktur Lopinavir (PubChem, 2020)

Lopinavir memiliki efek samping diantaranya adalah diare, mual, muntah,

sakit kepala dan kelelahan (BPOM, 2020). Selain penggunan antivirus sintetis,

pemanfaatan antivirus berbasis produk bahan alam juga layak dipertimbangkan

dalam pengobatan covid-19. Senyawa aktif antivirus berbasis produk bahan alam

diharapkan juga memiliki potensi untuk menghambat SARS-CoV-2.

4. Hesperetin

Hesperetin merupakan metabolit dari hesperidin. Hesperidin merupakan

senyawa golongan flavonoid dan banyak ditemukan pada jeruk (Citrus sp.)

Beberapa metode komputasi menunujukkan bahwa hesperidin memiliki energi

ikat yang rendah, baik dengan protein “spike” virus corona dan dengan main

protease yang mengubah protein awal virus (pp1a dan pp1b) menjadi kompleks

yang bertanggung jawab untuk replikasi virus. Hesperidin melawan efek oksigen
 9

yang merusak sel radikal bebas yang dipicu oleh infeksi virus dan peradangan

(Bellavit dan Donzelli, 2020). Penelitian oleh Saha dkk., (2009) menyatakan

hesperidin dapat mencegah replikasi virus influenza A. secara in vitro. Penelitian

yang dilakukan oleh Faqih, dkk (2019) menyebutkan bahwa hesperidin berpotensi

sebagai inhibitor protease nsP2 dari virus chikungunya.

Penelitian studi molecular docking terhadap hesperidin dinilai kurang tepat

karena diketahui bahwa yang berinteraksi dengan reseptor adalah metabolitnya

yaitu hesperetin. Hesperetin memiliki berbagai aktivitas farmakologis seperti

antioksidan, antiinflamasi, antihipertensi, antikanker, penurun kadar kolesterol

dalam darah dan juga sebagai antivirus. Menurut Utomo, dkk (2020) menyatakan

senyawa hesperetin dari jeruk (Citrus sp.) telah dilaporkan dapat berikatan dengan

Mpro SARS-CoV-2 (PDB: 6LU7) dengan energi ikatan sebesar -12,36

kkal/mol,sehingga dalam penelitian ini, hesperetin digunakan sebagai pembanding

senyawa dari bahan alam yang telah terbukti sebagai antivirus.

Gambar 4. Struktur Hesperetin (PubChem, 2020)

5. Minyak Kayu Putih(Melaleuca leucadendra Linn.)

Minyak kayu putih (Melaleuca leucadendra Linn.) dihasilkan dari

tumbuhan kayu putih, tumbuhanini bisa tumbuh baik pada lahan tandus atau

kurang subur.Minyak kayu putih sering disebut juga dengan eucalypt oil atau

oleum cajuputi, cajeput essential oil atau cajuput/cajeput oil. Minyak kayu putih
 10

tergolong sebagai minyak atsiri dengan sifat mudah menguap, rasa getir, bau

wangi serta umumnya larut dalam pelarut organik. Minyak kayu putih di

Indonesia yang berasal dari Malang, mempunyai kadar sineol kurang lebihsebesar

91,5% (Muyassaroh, 2016).

Stocker (1972) dalam penelitian Doran dkk., (1998) mendeskripsikan kayu

putih sebagai tumbuhan berukuran sedang dengan batang pokok dan tinggi kurang

lebih 30 m. Batang kayu putih berwarna abu-abu sampai putih seperti kertas

dengan pucuk tumbuhan berwarna agak keperakan. Daun dengan kenampakan

tebal, tidak mengkilat, berwarna hijau, berbentuk lurus atau melengkung

umumnya mempunyai panjang 5-10 cm dan lebar 1 – 4 cm serta berbulu dan

terdapat 5 – 7 tulang daun dengan panjang 3 – 11 mm dalam setiap helaian daun.

Kelenjar minyak biasanya kurang jelas. Pucuk daun muda tertutup oleh bulu-bulu

yang tebal, lembut dan tersebar dengan panjang 0,3 – 2 mm. Perbungaan

berbentuk bulir dan banyak terdapat pada ujung ranting terminal dan ketiak

daunnya (Doran dkk., 1998).

Hasil penelitian Agustina dan Suharmiati (2017) menunjukkan hasil alam

Pulau Buru dari olahan daun Melaleuca leucadendra Linn. berupa minyak kayu

putih berpotensi untuk digunakan sebagai alternatif pencegahan ISPA di Pulau

Buru dengan metode inhalasi. Kandungan utama dari tanaman tersebut memiliki

khasiat sebagai pengencer dahak, melegakan saluran pernafasan, anti inflamasi

dan penekan batuk. Adanya aktivitas farmakologi tersebut disebabkan karena

kandungan senyawa kimia utamanya, seperti 1,8-sineol, ⍺-terpineol, β-kariofilen

dan D-limonen. Adapun efek farmakologi yang dihasilkan dari tanaman ini karena
 11

adanya senyawa kimia yang terkandung didalam tanaman tersebut diantaranya

adalah aktivitas antioksidan, antifungi, efek sedatif, serta inhibitor enzim

hyaluronidase (Meisarani dan Ramadhania, 2014).

Klasifikasi tumbuhan kayu putih (Melaleuca leucadendra Linn.)

(Rimbawanto dkk., 2017)

Kingdom : Plantae

Divisi : Magnoliophyta

Kelas : Magnoliopsida

Ordo : Myrtales

Famili : Myrtaceae

Genus : Melaleuca

Spesies : Melaleuca leucadendra Linn.

Gambar 5. Tumbuhan Kayu Putih (Rimbawanto, 2017)

6. Sineol

Sineol merupakan terpenoid yang banyak terkandung dalam minyak atsiri.

Beberapa senyawa seperti terpenoid, flavonoid dan fenolat dari minyak esensial

telah dilaporkan menunjukkan bioaktivitas antivirus (Im dkk., 2015; Zakaryan

dkk., 2017). Struktur sineol merupakan eter siklik dengan rumus empiris C 10H18O.
 12

Eter atom oksigen sineol agak polar, sehingga dapat larut dengan baik pada

pelarut organik. Atom karbon yang terkait dengan oksigen membuat sineol

memiliki stabilitas dan reaktivitas kimia yang relatif rendah. Hal ini meliputi

ketahanan terhadap oksidasi, polimerisasi dan dekomposisi termal (Muntaufiqoh,

2017).

Gambar 6. Struktur Sineol (Batubara dkk., 2016)

7. α-Pinen

α-pinene adalah senyawa organik dari kelas terpen dan termasuk

kelompok monoterpen, salah satu dari dua isomer pinen. α-pineneadalah alkena

yang mengandung cincin empat anggota reaktif (Batubara dkk., 2016). Hasil

penelitian Yang dkk., (2011) menunjukkan bahwa α-pinen dan β-pinen memiliki

sifat anti-IBV (Anti-Infectious Bronchitis Virus) dengan mekanisme menghambat

proses pengikatan antara RNA dan IBV N-protein.

Gambar 7. Struktur α-pinene(Batubara dkk,, 2016)

8. Kariofilen

Kariofilen (C15H24) dibedakan atas tiga nama, yaitu α-, β-dan ɣ-

kariofilen(Widhi, 2017).Kariofilen adalah jenis terpenoid yang dikenal sebagai

sesquiterpenoid. kariofilen berguna sebagai zat anti-inflamasi, selain itu β-

 13

kariofilen juga berfungsi untuk mempengaruhi jalur PGE-1 (prostaglandin E1).β-

kariofilendapat digunakan sebagai anestesi lokal, dietary canabioid dan sebagai

induktor detoksifikasi enzim S-transferase dalam liver dan usus (Ghelardini dkk,

2001). Selain itu kariofilen juga berpotensi sebagai anti kanker (Kubo dkk., 1996).

Umumnya kariofilendapat digunakan sebagai obat karena memiliki zat anti

inflamasi dan efek anestasi lokal (Martin dkk., 1993; Tambe dkk., 1996),

Gambar 8. Struktur Kariofilen (Batubara dkk., 2016)

9. Molecular Docking

Molecular docking merupakan bagian dari kimia komputasi. Prinsip

molecular docking adalah penambatan ligan pada sisi aktif protein. Syarat utama

untuk melakukan molecular docking adalah adanya struktur kimia dari senyawa

yang akan diuji (Purnomo, 2013).

Molecular docking atau biasa dikenal sebagai uji in siliko biasanya

dilakukan sebelum melakukan uji in vitro atau in vivo. Pengujian molecular

docking dapat membantu skrining in siliko dalam rangka menemukan tanaman

obat yang berpotensi sebagai anticovid-19. Melalui molecular docking dapat

diprediksi apakah kandungan senyawa aktif dalam suatu tanaman berpotensi

sebagai anticovid-19 atau tidak dengan cara membandingkan skor docking

senyawa tersebut dengan senyawa yang sudah terbukti efeknya sebagai anticovid-
 14

19, semakin kecil skor suatu hasil docking maka kompleks protein-ligan semakin

stabil (Purnomo, 2020).

Tujuan utama molecular docking yaitu untuk memprediksi potensi suatu

senyawa sebelum dilakukan uji in vitro dan untuk mengetahui mekanisme

molekuler dari suatu senyawa yang telah diuji secara in vitro. Kelebihan studi

molecular docking dalam penemuan obat adalah dapat menghemat waktu, biaya

dan tenaga, selain itu juga dapat menggambarkan suatu senyawa dalam bentuk 3D

dan membandingkan kemiripan struktur dan energi (skor docking) dengan

senyawa lain yang sudah diketahui memiliki aktivitas tinggi sehingga jika

senyawa uji memiliki aktivitas rendah dapat langsung dieliminasi tanpa harus

diujikan lebih lanjut(Purnomo, 2020).

PLANTS merupakan Software yang sering digunakan untuk

docking.Kelebihan PLANTS yaitu dapat beroperasi pada windows 64 bit tanpa

menggunakan LINUX (Purnomo, 2020).PLANTS tidak menyediakan fungsi

untuk preparasi protein dan ligan serta visualisasi, sehingga untuk preparasi

protein dapat digunakan YASARA, sedangkan untuk preparasi ligan dapat

menggunakan ChemAxon dan visualisasi hasil docking dapat menggunakan

LigPlot+dan PyMOL. Visualisasi menggunakan LigPlot +menunjukkan interaksi

2D beberapa asam amino yang berperan dalam menjaga stabilitas senyawa

tersebut pada reseptornya, sedangkan untuk melihat interaksi 3D dapat

menggunakan PyMOL(Purnomo, 2013). Hasil dari molecular docking adalah skor

yang sebanding dengan energi total protein-ligan, dengan membandingkan skor

suatu senyawa dengan senyawa lainnya, maka dapat menjelaskan perbandingan

 15

potensi antar senyawa. Semakin kecil skor suatu hasil docking maka kompleks

protein-ligan semakin stabil sehingga senyawa semakin poten (Purnomo, 2013).

F. Landasan Teori

Main protease virus (Mpro) dianggap sebagai target yang sesuai untuk

rancangan obat melawan infeksi SARS-CoV-2karena peran vitalnya dalam

pemrosesan poliprotein yang diperlukan untuk reproduksi virus corona (Sharma

dan Kaur, 2020). Lopinavir merupakan antivirus golongan protease inhibitor

yang digunakan sebagai terapi HIV-1 dan HIV-2.Lopinavir terbukti memiliki

mekanisme menghambat kerja enzim 3CL protease (atau disebut juga dengan

3CLpro atau Mpro) dan papain-like protease PLpro yang berperan penting pada

proses replikasi coronavirus (Setiadi dkk., 2020). Berdasarkan studi molecular

docking Peele, dkk (2020) menyimpulkan bahwa lopinavir memiliki ikatan

paling stabil terhadap Mpro SARS-CoV-2 (-9,918 kkal/mol) dan penggunaannya

sebagai terapi covid-19 mampu memperbaiki kondisi pasien (Lim dkk., 2020)

sehingga lopinavir ini dapat dijadikan sebagai senyawa pembanding dalam

pencarian molekul kandidat anticovid-19.Selain lopinavir, senyawa bahan alam

yang dapat digunakan sebagai pembanding adalah hesperetin. Hesperetin dari

jeruk (Citrus sp.) telah dilaporkan dapat berikatan dengan Mpro SARS-CoV-2

(PDB: 6LU7) dengan energi ikatan sebesar -12,36 kkal/mol (Utomo dkk., 2020).

Beberapa senyawa dari bahan alam diantaranya minyak esensial dari

tanaman obat minyak kayu putih telah dilaporkan memiliki bioaktivitas antivirus

(Zakaryan dkk., 2017). Minyak kayu putih (Melaleuca leucadendra Linn.)

merupakan salah satu tanaman dengan kandungan senyawa sineol yang

 16

berpotensi untuk dikembangkan sebagai anticovid-19 (Sharma dan Kaur, 2020),

selain sineol kandungan minyak kayu putih yang lain yaitu α-pinen dan

kariofilen.

Penelitian Sharma danKaur (2020) menyebutkan bahwa minyak kayu

putih (Melaleuca leucadendra Linn.) dengan kandungan utama sineol yang diuji

secara in siliko berdasarkan data RMSD menunjukkan afinitas ligan yang baik

dengan struktur protein dengan nilai RMSD 5,09.Sineol memiliki afinitas

pengikatan yang tinggi dan energi pengikatan yang paling rendah. Oleh karena

itu, sineol dapat mewakili pilihan pengobatan potensial dan ditemukan pada

tanaman obat yang dapat bertindak sebagai penghambat potensial covid-19.

Penelitian yang dilakukan oleh Yang,dkk(2011) secara in siliko menunjukkan

bahwa α-pinen mempunyai aktivitas Anti-Infectious Bronchitis Virus (IBV) pada

nucleocapsid (N) protein. Kariofilen memiliki aktivitas antiinflamasi dan juga

berfungsi untuk mempengaruhi jalur PGE-1 (prostaglandin E-1).

Aktivitas sineol, α-pinen dan kariofilen dari minyak kayu putih (Melaleuca

leucadendra Linn.) sebagai model kandidat antivirus (covid-19) dapat dievaluasi

secara kimia komputasi dengan metode molecular docking menggunakan software

PLANTS dan YASARA. Molecular docking dapat digunakan untuk mengetahui

apakah suatu senyawa mempunyai aktivitas atau tidak dan berguna dalam

pengembangan senyawa untuk meningkatkan aktivitasnya. Metode molecular

docking ini juga dapat menggambarkan interaksi, ikatan maupun afinitas suatu

ligan (obat) dengan reseptornya (Purnomo, 2020). Hasil dari molecular docking

adalah skor yang sebanding dengan energi total protein-ligan, Semakin kecil skor
 17

suatu hasil docking maka kompleks protein-ligan semakin stabil sehingga

senyawa semakin poten (Purnomo, 2013).

G. Hipotesis

Berdasarkan uraian tersebut maka dapat dirumuskan hipotesis yaitu :

1. Senyawa sineol, α-pinen dan kariofilen mempunyai skor docking yang sama

atau lebih stabil dibandingkan hesperetin

2. Kombinasi ketiga senyawa tersebut (sineol, α-pinen dan kariofilen)

mempunyai skor docking yang lebih stabil dari molekul yang terstabil

3. Ketiga molekul (sineol, α-pinen dan kariofilen) berinteraksi dengan beberapa

asam amino yang sama dengan hesperetin

 BAB II. METODE PENELITIAN
A. Bahan dan Alat yang akan digunakan

1. Bahan

Struktur protein yang diunduh melalui website PDB (Protein Data Bank)

(https://www.rcsb.org/). Protein tersebut adalah reseptor main protease SARS-

CoV-2 dengan kode PDB : 6LU7. Ligan uji yang digunakan adalah senyawa aktif

dari minyak kayu putih (Melaleuca leucadendra Linn.) yaitu sineol, α-pinen dan

kariofilen serta kombinasi ketiga senyawa tersebut. Ligan pembanding yang

digunakan adalah lopinavir dan hesperetin. Ligan uji dan ligan pembanding

diperoleh dari Canonical Smile yang dapat diakses melalui website PubChem

(https://pubchem.ncbi.nlm.nih.gov/).

2. Alat

Alat yang digunakan untuk melakukan penelitian ini adalah seperangkat

laptop 64 bit, internet, software PLANTS (http://www.tcd.uni-

konstanz.de/research/plants.php),ChemAxon(http://www.chemaxon.com/marvin/

download-user.html),YASARA (http://www.yasara.org/viewdl.htm), cmd,

pc_4pyp.txt, mingwm10.dll, LigPlot+ (https://www.ebi.ac.uk/thornton-

srv/software/LigPlus/) dan PyMOL (http://www.pymol.org/funding.html).

B. Jalannya Penelitian

1. Validasi 6LU7

Proses validasi dilakukan melalui tiga tahapan, yaitu preparasi protein dan

ref_ligand, preparasi ligand serta running molecular docking, disimpan dalam

folder yangsama yaitu C:\Users\sopia\VALIDASI 6LU7.

18
 19

a. Preparasi protein dan ref_ligand

Preparasi protein dan ref_ligand dilakukan dengan cara

mengunduh kode PDB melalui website Protein Data Bank

(https://www.rcsb.org/) dengan format 6lu7.pdb. Selanjutnya, kode PDB

yang telah diunduh dibuka pada aplikasi YASARA (YASARA

File>Load >PDB file… cari tempat penyimpanan file tersebut, klik

6lu7.pdb, lalu klik “OK”) (Purnomo, 2020).

Hal pertama yang dilakukan dalam preparasi protein setelah

membuka kode PDB pada YASARA adalah menghapus molekul air

dengan cara (Klik 6LU7>Klik kanan molecule A yang berwarna merah

>Delete). Selanjutnya, hidrogen ditambahkan ke dalam sistem (Edit >Add

Hydrogens to : all). Kemudian file disimpan sebagai YASARA Object

dengan nama file sesuai kode PDB, yaitu 6LU7.yob (File > Save as

>YASARA Object>Klik OK). Hilangkan ketiga molecul C dengan cara

klik kanan pada molecule C >delete satu persatu. Kemudian simpan

sebagai protein.mol2 (File >Save as > other fileformat klik 1 6lu7 pada

object> dan klik mol2-Sybyl Mol2 pada format >klik OK. Preparasi

protein.mol2 selesai (Purnomo, 2020).

Selanjutnya adalah preparasi ref_ligand dengan cara buka

YASARA dan load 6LU7.yob (File > Load > YASARA Object

>6LU7.Yob> klik OK). Kemudian untuk menghilangkan molekul air (klik

6lu7 > klik kanan molekul A >Delete), untuk melihat molekul dalam

bentuk stick maka (klik view > stick > All). Simpan sebagai
 20

ref_ligand.mol2 dengan caraFile>Save as>other file format> klik 1 6lu7

pada object klik mol2-Sybyl Mol2 pada format>klik OK. (Catatan :

preparasi protein.mol2 dan ref_ligand.mol2 sudah selesai dan disimpan

dalam folder Validasi 6LU7).

b. Preparasi ligand

Tahap kedua untuk proses validasi adalah preparasi ligand yang

dilakukan dengan cara membuka struktur ligan native di jendela

MarvinSketch (File > Open >pilih ref_ligand.mol2 > klik OK

>KlikStructure > Clean 2D > Clean in 2D). Jika ada garis merah (-) harus

diperbaiki dengan cara klik atom yang bertanda (-) merah sebelah kanan

dan ditimpakan ke atom yang bermuatan (-), untuk atom lainnya jika

dijumpai hal yang sama klik atom disebelah kanan dan di klik di atom

yang ada garis merah dibawahnya. Setelah di klik akan tampak atom

bermuatan positif. Selanjutnya, protonasi dicek pada pH 7,4 (Tools >

Protonation > Major Microspecies, klik “OK” pada jendela yang baru

muncul). Setelah muncul jendela major species, file disimpan di

C:\Users\sopia\VALIDASI 6LU7 sebagai ligand_2D.mrv (klik kanan,

pilih “Save as …”). Kemudian jendela marvinSketch ditutup.

Selanjutnya, file ligand 2D.mrv dibuka di jendela MarvinSketch

yang baru (File > Open … ligand_2D.mrv). Kemudian dilakukan

pencarian konformasi dengan cara klik Tools >Conformations

>Conformersmenjadi 20 >klik “OK”. Hasilnya disimpan sebagai ligand

 21

mol2 di folder C:\Users\sopia\VALIDASI 6LU7 (File > Save as …).

Preparasi ligan sudah selesai. Jendela MarvinSketch dapat ditutup.

c. Running molecular docking

Tahap ketiga untuk proses validasi adalah running molecular

docking. Docking dilakukan dengan perangkat komputer atau laptop

dengan operasi windows 7, 8 atau 10 bit 64. Periksa folder validasi 6LU7

yang harus ada yaitu file:cmd.exe, plants.exe, mingwm10.dll,

pc_4pyp.txt, protein.mol2, ref_ligand.mol2 dan ligand.mol2.

Running molecular docking diawali dengan double klik cmd,

selanjutnya koordinat pusat tempat ikatan dan radiusnya ditampilkan

dengan mengetik perintah berikut :

C:\Users\sopia\VALIDASI 6LU7>plants --mode bind ref_ligand.mol2 5

protein.mol2 kemudian enter.

Setelah koordinat pusat tempat ikatan dan radiusnya diketahui,

maka selanjutnya dilayar akan tampak ada tulisan

bindingsite_center

bindingsite_radius

Kemudian buka file pc_4pyp.txt. Ganti bindingsite_center dan

bindingsite_radius file pc_4pyp tersebut dengan bindingsite_center dan

bindingsite_radius hasil docking 6LU7, lalu simpan dengan cara (Save as

>pc_6lu7.txt) di folder C:\Users\sopia\VALIDASI 6LU7 (Purnomo,

2020).
 22

Kembali ke layar cmd dan ketik plants --mode screen pc_6lu7.txt,

kemudian enter. Maka akanrunning secara otomatis. Tunggu hingga

proses running selesai yang ditandai dengan menghasilkan best score pada

entry 20. Setelah prosesnya selesai, kemudianketik perintah berikut :

C:\Users\sopia\VALIDASI 6LU7>cd results kemudian enter.

Selanjutnya skor terendah dari hasil docking dicari dengan

mengetik perintah berikut :C:\Users\sopia\VALIDASI 6LU7\results>more

bestranking.csv

Hasil running molecular dockingakan tampak di folder validasi

6LU7, tampak folder baru results. Jika folder results dibuka ada file excel

bestranking. File bestranking dapat dibuka dengan excel. Skor docking

ligan native terdapat pada kolom SCORE_RB_PEN. Umumnya skor

terendah mempunyai RMSD yang paling baik, akan tetapi beberapa PDB

yang ref_ligandnya besar mempunyai perkecualian, yaitu tidak pasti skor

terendah yang memiliki RMSD terbaik, oleh karena itu harus dicoba satu

per satu dari 20 hasil docking tersebut (Purnomo, 2020).

RMSD dapat dihitung menggunakan YASARA dengan cara :

buka YASARA lalu File>load >other file format> mol2-Sybyl Mol2 pada

format > cari ref_ligand.mol2 pada folder C:\Users\sopia\VALIDASI

6LU7\result\pilih MAIN PROTEASE_entry 00001_conf_01.mol2 > klik

OK. Lalu klik edit > delete >hydrogen .klikview > stick > all,untuk

membedakan antara ref_ligand.mol2 dan konformasi maka diberi warna

yang berbeda dengan cara klik kanan pada ref_ligand pada kolom Name >
 23

color > pilih warna kuning > klik OK, warnai konformasi 1 dengan cara

yang sama dengan warna merah.

Analisis RMSD dilakukan dengan cara (Analyze > RMSD of >

Molecules > Molecules >klik 1 pada Squence, Name dan All >klik 50

pada Squence, Name dan All > klik OK >tandai list hanya pada kotak

Molecule > klik OK. Lakukan proses yang sama terhadap 19 konformasi

yang lainnya hingga didapatkan nilai RMSD terendah dibawah 2.0 Å.

Setelah didapatkan konformasi dengan nilai RMSD terendah, maka

file RMSD dapat disimpan dalam bentuk yasara.scene dengan cara (File >

Save As >YASARA Scene >pilih penyimpanan

C:\Users\sopia\VALIDASI 6LU7) simpan sebagai 6LU7.sce > klik OK

(Purnomo, 2020).

2. Molecular Docking Senyawa Uji

Proses molecular docking dilakukan terhadap masing – masing senyawa

uji (sineol, α-pinen, kariofilen dan kombinasi ketiganya) serta senyawa

pembanding (lopinavir dan hesperetin).

a. Molecular docking senyawa tunggal

Desain molekul senyawa uji disiapkan dengan cara membuka

folder dengan sistematika nama masing – masing Molekul_6LU7 (1 folder

untuk 1 senyawa). Copy dan paste-kan cmd.exe, plants.exe,

mingwm.19.dll, pc_6lu7.txt, protein.mol2 dan ref_ligand.mol2 kedalam

masing – masing folder senyawa.

 24

Menggambar molekul desain senyawa dengan cara menyalin

Canocical Smilesmasing – masing senyawa pada website PubChem dan

di-paste-kan pada software MarvinSketch. Struktur dirapikan dengan cara

klik Structure > clean 2D > clean in 2D. Membuat ligand_2D.mrv

(molekul dalam suasana pH tubuh 7,4) dari senyawa desain dengan cara

klik Tools >Protonation > Major Microspecies >pastikan major

microspecies at pH 7,4>klik OK. Kemudian klik kanan pada jendela baru

>Save As >simpan dengan nama masing – masing molekul_2D.mrv. Misal

Lopinavir_2D.mrv dan pilih tipe file ChemAxon Marvin Documents / MRV

(*.mrv). tutup jendela MarvinSketch dan buka jendela baru, klik file >

Open >klik Lopinavir_2D.mrv > klik OK. Membuat ligand.mol2 sebanyak

20 konformer dengan cara klik Tools > Conformer >pastikan Maximum

number of conformers adalah 20 > klik OK >pada jendela baru kiri atas

klik File > Save As >pilih tipe file Tripos Mol2(*.mol2) dan simpan

sebagai ligand.mol2 pada folder Lopinavir_6LU7. Lakukan proses yang

sama terhadap senyawa uji yang lain (sineol, α-pinen, kariofilen dan

hesperetin).

Proses selanjutnya adalah running molecular docking molekul

desain lopinavir dengan cara klik dua kali pada cmd.exe dalam folder

Lopinavir_6LU7 > ketik plants –mode bind ref_ligand.mol2 5

protein.mol2 >Enter > ketik plants –mode screen pc_6lu7.txt >Enter.

Tunggu hingga running selesai pada entry 20 > ketik cd results >Enter

>ketik more bestranking.csv >Enter. Running molecular docking lopinavir

 25

selesai dan hasilnya dapat dilihat pada folder

C:\Users\sopia\Lopinavir_6LU7\result yaitu pada file bestranking dengan

format excel. Skor docking senyawa lopinavir terhadap 6LU7 terdapat

pada kolom SCORE_RB_PEN. Lakukan proses yang sama terhadap

senyawa uji yang lain (sineol, α-pinen, kariofilen dan hesperetin). Hitung

rerata skor docking masing-masing senyawa, kemudian senyawa sineol, α-

pinen dan kariofilen diurutkan berdasarkan hasil rerata dari yang paling

tidak stabil (memiliki nilai minus yang paling mendekati 0) ke yang paling

stabil. Analisis T hitung masing – masing senyawa uji terhadap

pembanding hesperetin.

b. Molecular docking kombinasi senyawa sineol, α-pinen dan kariofilen

Senyawa satu persatu dimulai dari skor docking yang paling tidak

stabil ke yang paling stabil dan diberi kode M1, M2, dan M3. Snyawa M1

bertindak sebagai protein.mol2, senyawa terakhir setiap kombinasi sebagai

ligand.mol2. Proses diawali dengan menyiapkan desain molekul

kombinasi senyawa uji dengan cara membuat folder kombinasi yaitu

M3_M2_M1_6LU7. Copy dan paste-kan protein.mol2 dari folder senyawa

M1, software cmd.exe, plants.exe, mingwm.19.dll, pc_6lu7.txt dan

ref_ligand.mol2 ke dalam masing – masing folder senyawa.

Molecular docking kombinasi M3_M2_M1_6LU7 dilakukan

dengan cara buka YASARA > klik file > Load > Other file format >pilih

format Mol2-Sybyl Mol2 dan file protein.mol2 dari folder

M3_M2_M1_6LU7> klik OK. Load entry paling stabil dari M1 dan M2

 26

dengan cara klik File > Load > Other file format > pilih format Mol2-

Sybyl Mol2 dan file_entry_ (cari yang paling minus)_conf_01.mol2 > klik

OK. Kemudian Load ligand.mol2 senyawa terakhir pada masing – masing

kombinasi dengan cara klik File > Load > Other file format >pilih format

Mol2-Sybyl Mol2 > klik ligand.mol2 pada folder M3. Simpan sebagai

protein.mol2 dengan cara klik File > Save As > Other file format >pilih

format Mol2-Sybyl Mol2 > simpan pada folder kombinasi

M3_M2_M1_6LU7.

Proses selanjutnya adalah running molecular docking senyawa

kombinasi dengan caradouble klik pada cmd.exe pada masing – masing

folder kombinasi > ketik plants –mode bind ref_lugand.mol2 5

protein.mol2 >Enter > ketik plants –mode screen pc_6lu7.txt >Enter.

Tunggu running selesai pada entry 20 > ketik cd results >Enter > ketik

more bestranking.csv >Enter. Running molecular docking senyawa

kombinasi selesai dan hasilnya dapat dilihat pada folder result dalam

masing – masing folder kombinasi yaitu pada file bestranking dengan

format excel. Skor docking senyawa kombinasi terhadap 6LU7 terdapat

pada kolom SCORE_RB_PEN. Analisis T hitung masing – masing

kombinasi terhadap pembanding yaitu senyawa yang memiliki rerata skor

docking paling stabil (M3).

3. Visualisasi Hasil Docking

Proses visualisasi hasil docking diawali dengan membuat file PDB teoritis

hasil docking menggunakan YASARA, kemudian divisualisasi dengan software

 27

LigPlot+ untuk melihat interaksi 2D dan software PyMOL untuk melihat interaksi

3D.

Pembuatan file PDB teoritis hasil docking senyawa sineol terhadap 6LU7

dilakukan dengan cara membuka software YASARA > klik File > Load > Other

file format >pilih format Mol2-Sybyl Mol2 dan file protein.mol2 > klik OK. Load

entry terstabil hasil docking masing – masing senyawa sineol_6LU7 pada folder

Mol2-Sybyl Mol2 dan file_entry_(cari yang paling minus)_conf_01.mol2 >klik

OK. Kemudian klik Edit Joint Object .pilih _entry_ pada Sequence, _entry_ pada

Name dan All pada Belongs to or has >klik OK >pilih protein pada Sequence,

protein pada Name dan All pada Belongs to or has> klik OK. Lalu simpan sebagai

Sineol_6LU7 dengan cara klik File > Save As >PDB File > simpan pada folder

Sineol_6LU7 > klik OK. Lakukan proses yang sama pada senyawa α-pinen dan

kariofilen serta kombinasi ketiga senyawa tersebut,

Visualisasi 2D hasil docking Sineol_6LU7 dengan cara membuka software

LigPlot+> klik File > Open >PDB File > Browse >pilih Sineol_6LU7.pdb > klik

Open > pilih UNK(1)A Unknown pada kolom Select ligand to plot > klik Run.

Jendela visualisasi akan terbuka dan hasil dapat disimpan dalam format .pdf

dengan cara klik File > Print Screen >pilih Microsoft Print to pdf pada Name >

klik OK > pilih penyimpanan dan disimpan sebagai Sineol_6LU7.pdf. Kemudian

klik icon PyMOL yang terletak disebelah kanan bawah pada jendela LigPlot +,

maka akan muncul gambar 3D senyawa tersebut. Lakukan proses visualisasi hasil

docking 6LU7 pada senyawa α-pinen, kariofilen, kombinasi M3_M2_M1 dengan

cara yang sama.

 28

C. Analisis Data

Analisis data dilakukan dengan cara membandingkan skor docking yang

diperoleh antara sineol, α-pinen, kariofilen, serta kombinasi ketiga senyawa

tersebut dengan ligan native, lopinavirdan hesperetin dari kode PDB : 6LU7

menggunakan software PLANTS. Semakin rendah skor docking menunjukkan

kompleks ikatan antara protein dengan ligan yang makin stabil (Adelina, 2014).

Visualisasi hasil docking dari masing-masing kode PDB menggunakan software

LigPlot+untuk melihat interaksi 2D antara sineol, α-pinen, kariofilen serta

kombinasi ketiga senyawa tersebut denganmain protease(Mpro)SARS-CoV-2.

Selain itu, melalui visualisasi menggunakan software LigPlot+juga dapat diketahui

asam amino-asam amino yang membantu dalam menstabilkan ikatan protein –

ligand untuk melihat interaksi 3D digunakan software PyMOL (Purnomo, 2020).

 BAB III. HASIL PENELITIAN DAN PEMBAHASAN
A. Validasi Metode Docking

Validasi metode docking pada penelitian ini dilakukan dengan cara me-

redocking ligan native dari protein yang telah diunduh melalui situs PDB (Protein

Data Bank), yaitu protein dengan kode PDB 6LU7. Tahap validasi dilakukan

untuk mengkalibrasi metode docking pada software yang digunakan

(Puspaningtyas, 2013). Parameter dasar yang digunakan untuk tahap validasi ini

adalah nilai RMSD (Root Mean Square Deviation) dan pose yang dapat diamati

secara visual melalui software YASARA. Suatu metode docking dikatakan valid

apabila nilai RMSD kurang dari 2.0 Å (Purnomo, 2020). Semakin kecil nilai

RMSD maka pose ligan yang diprediksi juga semakin baik, karena semakin

mendekati konformasi native (Purnomo, 2011).

Validasi dilakukan untuk membuktikan bahwa kode PDB yang telah

diunduh valid dan dapat digunakan untuk proses docking tahap selanjutnya. Tiga

tahapan dalam validasi metode docking yaitu preparasi protein dan ref_ligand,

preparasi ligand dan running molecular docking. Struktur protein yang diunduh

dari PDB umumnya memiliki struktur protein yang masih mengandung pelarut

(air) dan residu lainnya, pada proses preparasi akan diperoleh struktur protein

tanpa ligan asli dan struktur ligan asli. Struktur protein yang diperoleh adalah

protein yang telah kehilangan ligan asli, air serta atom-atom tunggal lainnya,

sehingga pada proses docking yang berinteraksi hanya senyawa uji dengan protein

(Kitchen dkk., 2004).

Ligan dan molekul air ini harus dihilangkan dari makromolekul protein

karena dapat memperpanjang durasi simulasidocking, selain itu penghilangan

29
 30

molekul air pada saat preparasi protein dan ref_ligand bertujuan untuk

meringankan kerja komputer (Rachmania, 2019). Sementara itu, pengecekan

protonasi pada pH 7,4 yang dilakukan saat preparasi ligan disesuaikan dengan pH

tubuh manusia. Hasil validasi metode docking dapat dilihat pada gambar 9.

Gambar 9. Hasil validasi dari nilai RMSD. Senyawa referensi (kuning) dan
senyawa hasil docking (merah). Validasi 6LU7.pdb dengan ligan
native N3. Nilai RMSD 1.7924 Å.

Proses validasi ini dilakukan optimasi dengan pengulangan (iterasi)

sebanyak 20 kali yang memungkinkan untuk memperoleh nilai RMSD sekecil

mungkin. Semakin banyak pengulangan semakin mungkin diperoleh nilai RMSD

paling minimal. Berdasarkan gambar 9, nilai RMSD dari kode PDB 6LU7

tersebut kurang dari 2.0 Å yang diperoleh pada konformasi ke-20 dan pose yang

dihasilkan mendekati konformasi native. Hasil validasi menunjukkan bahwa kode

PDB 6LU7 tersebut valid dan dapat digunakan untuk proses docking tahap

selanjutnya.

B. Molecular Docking Senyawa Uji

Proses molecular docking diawali dengan melakukan preparasi ligan uji,

yaitu sineol, α-pinen dan kariofilen serta ligan pembanding, yaitu lopinavir dan

hesperetin menggunakan software MarvinSketch version 5.2.5.1. Preparasi

dilakukan dengan cara menggambar molekul sineol, α-pinen dan kariofilen serta
 31

lopinavir dan hesperetin yang didapat dari menyalin Canocical Smiles masing –

masing senyawa pada website PubChem dan di-paste-kan pada software

MarvinSketch seperti pada gambar 10.

a b c

d e
Gambar 10. Struktur molekul (a) sineol, (b) α-pinen, (c) kariofilen, (d) lopinavir
dan (e) hesperetin

Sineol, α-pinen, kariofilen, hesperetin dan lopinavir yang telah dipreparasi

di-docking-kan pada kode PDB 6LU7 yang telah divalidasi sebelumnya. Skor

docking ligan native, sineol, α-pinen, kariofilen, dan kombinasi ketiganya serta

lopinavir dan hesperetin terhadap main protease (Mpro) SARS-CoV-2 dapat

dilihat pada tabel I.

 32

Tabel I. Skor docking ligan native, sineol (M1), α-pinen (M2), kariofilen (M3),
dan kombinasi ketiganya sertahesperetin dan lopinavirterhadap main
protease (Mpro) SARS-CoV-2 (kode PDB 6LU7)
No Ligan Konformasi Skor Kode PDB
Docking
1. Native N3 20 -135.726
2. Sineol 11 -56.0103
3. α-pinen 18 -61.6399 6LU7
4. Kariofilen 9 -61.8503 RMSD
5. M3_M2_M1_6LU7 9 -61.8545 1.7924
6. Hesperetin 20 -79.5676
7. Lopinavir 18 -125.519

Skor docking dapat menunjukkan interaksi yang terjadi antara ligan

dengan main protease (Mpro) SARS-CoV-2 (6LU7). Berdasarkan data pada tabel

I, terlihat bahwa skor dockingpaling rendah adalah ligan native, sedangkan skor

docking paling tinggi adalah sineol.Skor docking pada senyawa dengan kode PDB

6LU7 tersebut dari yang paling rendah secara berurutan adalah ligan native,

lopinavir, hesperetin, kariofilen, α-pinen dan sineol.

Semakin rendah skor docking menunjukkan kompleks ikatan antara

reseptor dengan ligan yang semakin stabil (Adelina, 2014). Berdasarkan hal

tersebut, maka dapat dikatakan bahwa kompleks ikatan antara main protease

(Mpro) SARS-CoV-2 (6LUU7) dengan ligan native adalah yang paling stabil.

Sementara itu, kompleks ikatan antara main protease (Mpro) SARS-CoV-2

(6LU7) dengan senyawa uji dari minyak kayu putih (Melaleuca leucadenra Linn.)

yaitu kariofilen, α-pinen dan sineol kurang stabil jika dibandingkan dengan

kompleks ikatan antara main protease (Mpro) SARS-CoV-2 (kode PDB : 6LU7)

dengan ligan native maupun lopinavir dan hesperetin. Kestabilan interaksi ini

sebanding dengan potensi senyawa dalam memberikan efek yang sama dengan

ligan referensi (antagonis main protease SARS-CoV-2). Kariofilen, α-pinen dan

sineol berpotensi untuk menghambat main protease (Mpro)SARS-CoV-2(kode

 33

PDB : 6LU7) pada covid-19, namun efeknya kurang poten jika dibandingkan

dengan ligan native maupun lopinavir dan hesperetin.

Berdasarkan penelitian Sharma dan Kaur (2020) menyebutkan bahwa

eucalyptol (sineol) dari minyak kayu putih (Melaleuca leucadendra Linn.)

memiliki afinitas pengikatan yang tinggi dan energi pengikatan yang paling

rendah yang dapat digunakan untuk menghambat jalur infeksi covid-19 terutama

pada main protease (Mpro), tetapi didalam jurnal tersebut nilai RMSD yang

digunakan adalah 5.09 Å. Padahal suatu metode docking dikatakan valid apabila

nilai RMSD kurang dari 2.0 Å (Purnomo, 2020). Semakin kecil nilai RMSD maka

pose ligan yang diprediksi juga semakin baik, karena semakin mendekati

konformasi native (Purnomo, 2011). Hal ini membuktikan bahwa RMSD yang

digunakan tersebut tidak valid, karena hasilnya adalah 5.09 Å (lebih dari 2.0 Å).

Penelitian yang dilakukan oleh My dkk (2020), menyebutkan bahwa

kandungan minyak kayu putih sebagai inhibitor 6LU7 dengan skor docking

terpineol -11.0 kkal.mol dan RMSD sebesar 1.97 Å, sedangkan interaksi ikatan

menunjukkan panjang ikatan senyawa dengan asam amino antara –OH dari

terpineol dan asam amino Asn 103 adalah 2.25 Å dan 2.08 Å untuk Gln 101.

Docking dari TA2-SARS-CoV-2 memiliki skor docking -10,9 kkal.mol dan

RMSD = 1,16 Å, dan interaksi ikatan antara –OH dan asam amino 163 His adalah

2.38 Å. Tetapi skor reference ligand dari 6LU7 sebagai anticovid-19 (molekul

N3) tidak dicantumkan, karena jika tanpa pembanding semua molekul dapat

dibuat interaksinya dengan protease enzim yang bertanggung jawab untuk

replikasi virus dan kandungan minyak kayu putih mempunyai skor yang sama

dengan N3 atau lebih stabil, baru bisa dikatakan bahwa kandungan minyak kayu

putih dapat digunakan sebagai inhibitor main protease (Mpro) SARS-CoV-2.

 34

Metode yang digunakan oleh My dkk (2020) juga menunjukkan ada 2 protein

yang nilai RMSDnya > 2 Å, yang berarti metode yang digunakan tidak valid.

Hasil analisis statistik senyawa sineol, α-pinen, kariofilen dan kombinasi

ketiganya terhadap hesperetin dan lopinavir serta ketiga senyawa uji terhadap

kariofilen dapat dilihat pada tabel II berikut.

Tabel II. Hasil analisis statistik senyawa sineol, α-pinen, kariofilen dan kombinasi
ketiganya terhadap hesperetin dan lopinavir sertakombinasi ketiga senyawa uji
terhadap kariofilen
Senyawa T Hitung T Table
Hesperetin Lopinavir
Sineol (M1) 23.90 27.63 2.76
α-Pinen (M2) 23.55 33.76 2.72
Kariofilen (M3) 23.64 34.24
23.66 34.33 2.71
M3_M2_M1_6LU7 Kariofilen (M3)
0.02

Berdasarkan uji statistik, senyawa tunggal sineol, α-pinen, kariofilen dan

kombinasi ketiganya memiliki T hitung yang lebih besar daripada T table, artinya

terdapat perbedaan yang signifikan antara skor docking sineol, sineol, α-pinen,

kariofilen dan kombinasi ketiganya terhadap skor docking hesperetin dan

lopinavir. Kombinasi antara senyawa sineol, α-pinen dan kariofilen dari minyak

kayu putih tidak jauh berbeda dengan senyawa individu yang memperoleh skor

docking terstabil (kariofilen) dan berdasarkan hasil statistik uji T, didapatkan

kombinasi ketiga senyawa tersebut T hitung lebih kecil daripada T table, sehingga

kombinasi tersebut tidak bermanfaat karena hasil kombinasi dengan senyawa

terstabil hasil skordocking-nya sama atau tidak ada perbedaan.

 35

C. Visualisasi Hasil Docking

Visualisasi hasil docking berupa interaksi antara senyawa sineol, α-pinen,

kariofilen, serta kombinasi ketiga senyawa tersebut, hesperetin dan lopinavir yang

berikatan dengan main protease (Mpro) SARS-CoV-2 dengan menggunakan

LigPlot+(2D) dan PyMol (3D) dapat dilihat pada gambar 11.

Native (6LU7) : 2D Native (6LU7) : 3D

Sineol (M1) : 2D Sineol (M1) : 3D

 36

α-Pinen (M2) : 2D α-Pinen (M2) : 3D

Kariofilen (M3) : 2D Kariofilen (M3) : 3D

M3_M2_M1_6LU7 : 2D M3_M2_M1_6LU7 : 3D
 37

Hesperetin : 2D Hesperetin : 2D

Lopinavir : 2D Lopinavir : 3D

Gambar 11. Visualisasi hasil Ligplot+ (2D) dan PyMOL (3D)

Sineol, α-pinen, kariofilen dan kombinasi ketiganya dapat berinteraksi

dengan main protease (Mpro) SARS-CoV-2 (6LU7) dengan cara berikatan

dengan asam amino – asam amino yang terdapat pada main protease (Mpro)

SARS-CoV-2 (kode PDB :6LU7). Adanya asam amino – asam amino yang

berikatan dengan senyawa sineol, α-pinen, kariofilen dan kombinasi ketiganya

diduga berperan dalam aktivitas penghambatan main protease (Mpro) SARS-

CoV-2. Asam amino – asam amino yang berikatan dengan senyawa uji dari

minyak kayu putih (Melaleuca leucadendra Linn.) ini ada beberapa yang
 38

memiliki kesamaan dengan beberapa asam amino yang berikatan dengan ligan

native, lopinavir dan hesperetin seperti terlihat dalam tabel III.

Tabel III. Asam amino – asam amino yang berikatan dengan ligan native (N3), lopinavir,
hesperetin, sineol (M1),α-Pinen (M2), kariofilen(M3), dan
M3_M2_M1_6LU7
No Ligan Lopinav Hespere Sineol α-Pinen Kaeiofile M3_M2
Native ir tin (M1) (M2) n (M3) _M1_6
LU7
1 Asn 133 Asn 133
2 Pro 132 Pro 132
3 Phe 134
4 Gln 110 Gln 110 Gln 110 Gln 110 Gln 110 Gln 110
5 Pro 108 Pro 108
6 Gln 107
7 Asp 197 Asp 197
8 Ile 106 Ile 106 Ile 106 Ile 106 Ile 106 Ile 106
9 Tyr 182 Tyr 182 Tyr 182
10 Cys 160 Cys 160 Cys 160 Cys 160 Cys 160 Cys 160
11 Phe 150 Phe 150
12 Tyr 161 Tyr 161 Tyr 161 Tyr 161 Tyr 161 Tyr 161 Tyr 161
13 Ser 147 Ser 147
14 Val 114 Val 114 Val 114 Val 114 Val 114 Val 114 Val 114
15 Leu 115 Leu 115
16 Val 13
17 Gly 149 Gly 149 Gly 149 Gly 149
18 Ser 113 Ser 113 Ser 113 Ser 113 Ser 113
19 Thr 111 Thr 111 Thr 111 Thr 111 Thr 111 Thr 111 Thr 111
20 Gln 127 Gln 127 Gln 127 Gln 127 Gln 127 Gln 127
21 Cys 128 Cys 128 Cys 128 Cys 128 Cys 128 Cys 128
22 Ala 129 Ala 129 Ala 129 Ala 129 Ala 129 Ala 129 Ala 129
23 Ile 136 Ile 136 Ile 136 Ile 136 Ile 136 Ile 136 Ile 136
24 Gly 109 Gly 109
25 Thr 135 Thr 135 Thr 135 Thr 135
Total 25 22 10 9 8 13 13
AA
Skor -135.726 -125.519 -79.5676 -56.0103 -61.6399 -61.8503 -61.8545
Docking

Berdasarkan data pada tabel III, ligan native berikatan dengan 25 asam

amino pada main protease (Mpro) SARS-CoV-2 (kode PDB 6LU7) dan memiliki

skor docking -135.726, lopinavir berikatan dengan 22 asam amino pada main

protease (Mpro) SARS-CoV-2 (kode PDB 6LU7) dan memiliki skor docking -

125.519, hesperetin berikatan dengan 10 asam amino pada main protease (Mpro)
 39

SARS-CoV-2 (kode PDB 6LU7) dan memiliki skor docking -79.5676, sineol

berikatan dengan 9 asam amino pada main protease (Mpro) SARS-CoV-2 (kode

PDB 6LU7) dan memiliki skor docking -56.0103, α-pinen berikatan dengan 8

asam amino pada main protease (Mpro) SARS-CoV-2 (kode PDB 6LU7) dan

memiliki skor docking -61.6399, kariofilen berikatan dengan 13 asam amino pada

main protease (Mpro) SARS-CoV-2 (kode PDB 6LU7) dan memiliki skor

docking -61.8503 serta kombinasi kariofilen (M3), α-pinen (M2) dan kariofilen

(M1) berikatan dengan 13 asam amino pada main protease (Mpro) SARS-CoV-2

(kode PDB 6LU7) dan memiliki skor docking -61.8545.

Ligan native memiliki skor docking yang paling rendah dan berikatan

dengan asam amino pada main protease (Mpro) SARS-CoV-2 (kode PDB 6LU7)

lebih banyak daripada senyawa uji (sineol, α-pinen, kariofilen serta kombinasi

ketiganya) dan senyawa pembanding (lopinavir dan hesperetin). Hal ini

menunjukkan bahwa kompleks ikatan antara ligan native dengan main protease

(Mpro) SARS-CoV-2 (kode PDB 6LU7) lebih stabil jika dibandingkan senyawa

uji dan senyawa pembanding.

Warna hijau pada tabel III diatas menunjukkan ikatan hidrogen yang mana

asam amino – asam amino tersebut langsung berikatan dengan ligan senyawa

sehingga interaksinya lebih kuat, sedangkan table yang tanpa warna hijau

menunjukkan bahwa senyawa tersebut tidak langsung berikatan dengan ligan

senyawa (ikatan hidrofob). Lopinavir memiliki ikatan hidrogen sebanyak 6 asam

amino yaitu Gln 110, Phe 150, Gly 149, Ser 113, Cys 128 dan Ala 129.

Hesperetin memiliki ikatan hideogen sebanyak 2 asam amino yaitu Ser 113 dan

Ala 129, sineol hanya memiliki ikatan hidrogen 1 yaitu Cys 128, α-pinen tidak

memiliki ikatan hidrogen yang sama dengan ligan native, kariofilen memiliki
 40

ikatan hidrogen sebanyak 4 asam amino yaitu Ile 106, Cys 168, Cys 128 dan Ala

129. Kariofilen berikatan dengan asam amino yang lebih banyak dibandingkan

dengan hesperetin, tetapi hesperetin memiliki skor docking yang lebih poten

dibanding dengan kariofilen. Hal ini menunjukkan bahwa komplekas ikatan antara

hesperetin dengan main protease (Mpro) SARS-CoV-2 lebih stabil jika

dibandingkan dengan kariofilen. Kemungkinan hal ini dapat terjadi karena asam

amino yang berikatan dengan hesperetin ikatannya jauh lebih kuat dibandingkan

dengan kariofilen. Kombinasi kariofilen, α-pinen dan sineol memiliki ikatan

hidrogen sebanyak 4 asam amino yaitu Cys 160, Cys 128, Ala 129 dan Ile 136.

Kombinasi kariofilen (M3), α-pinen (M2) dan kariofilen (M1) berikatan dengan

asam amino yang lebih banyak dibandingkan dengan hesperetin, tetapi memiliki

skor docking yang kurang poten dibandingkan dengan hesperetin. Hal ini

menunjukkan bahwa komplekas ikatan antara hesperetin dengan main protease

(Mpro) SARS-CoV-2 lebih stabil jika dibandingkan dengan kombinasi kariofilen

(M3), α-pinen (M2) dan kariofilen (M1). Sehingga urutan yang paling stabil yaitu

ligan native, lopinavir, hesperetin, M3_M2_M1_6LU7, kariofilen, α-pinen dan

sineol.

Main protease (Mpro) berperan dalam membantu proses perubahan

polipeptida replikase menjadi protein fungsional yang berperan penting dalam

perbanyakan virus (Sharma dan Kaur, 2020). Pengobatan covid-19 dengan target

aksi main protease (Mpro) menggunakan obat terapi hormone, yaitu lopinavir

yang menunjukkan aktivitas in vitro melawan virus corona melalui penghambatan

Mpro, sebuah protein yang berperan dalam perbanyakan virus (de Wilde dkk,

2014).Menurut Utomo, dkk (2020) menyatakan senyawa hesperetin dari jeruk

 41

(Citrus sp.) telah dilaporkan dapat berikatan dengan Mpro SARS-CoV-2 (PDB:

6LU7) dengan energi ikatan (-12,36 kkal/mol).

Ligan native dari kode PDB 6LU7 pada penelitian ini juga merupakan

antagonis main protease (Mpro) SARS-CoV-2 dan mampu berikatan dengan

asam amino – asam amino yang terdapat pada main protease (kode PDB 6LU7),

begitu juga lopinavir dan hesperetin. Senyawa sineol, α-pinen, kariofilen dan

kombinasi ketiga senyawa tersebut merupakan ligan uji pada penelitian ini juga

mampu berikatan dengan asam amino – asam amino yang terdapat pada main

protease (kode PDB 6LU7) meskipun jumlahnya lebih sedikit jika dibandingkan

dengan asam amino – asam amino yang berikatan dengan ligan native, lopinavir

dan hesperetin. Skor docking senyawa sineol, α-pinen, kariofilen dan kombinasi

ketiga senyawa tersebut pada kode PDB 6LU7 juga lebih tinggi jika dibandingkan

dengan ligan native, lopinavir dan hesperetin. Hal ini berarti bahwa kompleks

ikatan sineol, α-pinen, kariofilen dan kombinasi ketiga senyawa tersebut dengan

main protease (Mpro) SARS-CoV-2 kurang stabil jika dibandingkan dengan

kompleks ikatan antara main protease (Mpro) dengan ligan native, lopinavir dan

hesperetin.
 BAB IV. KESIMPULAN DAN SARAN
A. Kesimpulan

1. Senyawa sineol, α-pinen dan kariofilen mempunyai skor docking yang kurang

stabil dibandingkan hesperetin

2. Kombinasi ketiga senyawa (sineol, α-pinen dan kariofilen) mempunyai skor

docking yang sama dengan senyawa yang terstabil (kariofilen), sehingga

kombinasi ketiga senyawa tersebut tidak bermanfaat

3. Ketiga molekul senyawa (sineol, α-pinen dan kariofilen) dapat berinteraksi

dengan beberapa asam amino yang sama dengan hesperetin

B. Saran

1. Perlu dilakukanpengembangan molekul sineol, α-pinen dan kariofilen untuk

aktivitas yang lain.

2. Perlu dilakukan docking senyawa sineol, α-pinen dan kariofilen terhadap

target aksi covid-19 yang lain, misalnya ACE2 untuk melihat efektifitasnya

sebagai anticovid-19

42
 DAFTAR PUSTAKA

Adelina, Rosa, 2014, Uji Molecular Docking Annomuricin E dan Muricapentocin

pada Aktivitas Antiproliferasi, Jurnal Ilmu Kefarmasian Indonesia, 12(1)
: 32 – 36.

Agustina Z. A dan Suharmiati, 2017, Pemanfaatan Minyak Kayu Putih

(Melaleuca leucadendra Linn) sebagai Alternatif Pencegahan ISPA :
Studi Etnografi di Pulau Buru, Jurnal Kefarmasian Indonesia, 7(2) : 120
– 126.

Andersen, K., Andrew, R. W., Lipkin, I., Edward C., Holmes

and Garry, R., 2020, The Proximal Origin of SARS-
CoV-2, Nature Medicine, 26(1) : 450 – 455.

Batubara, I., Suparto, I. H dan Rahmatika, F. A., 2016, Sineol dalam Minyak
Kayu Putih sebagai Pelangsing Aromaterapi, Jurnal Jamu Indonesia, 1(3)
: 12 – 17.

Bellavite, P., dan Donzelli, A., 2020, Hesperidin and SARS-CoV-2: New Light on
the Healthy Function of Citrus Fruits, Antioxidants, 9(742) : 1 – 18.

BPOM, 2020, Informatorium Obat Covid-19 di Indonesia, Cetakan Pertama,

Badan Pengawas Obat dan Makanan Republik Indonesia, Jakarta, 40 – 41.

Bustanussalam, 2016, Pemanfaataan Obat Tradisional (Herbal) sebagai Obat

Alternatif, BioTrends, 7 (1), 20.

de Wilde, A. H., Jochmans, D., Posthuma, C., Zevenhoven-Dobbe J. C.,

Nieuwkoop, S. V., Bestebroer, T. M., van den Hoogen, B. G., Neyts, J dan
Snijdera, E. J., 2014, Screening of an FDA- Approved Compound Library
Identifies Four Small-Molecule Inhibitors of Middle East Respiratory
Syndrome Coronavirus Replication in Cell Culture, Antimicrobial Agents
and Chemotherapy, 58(8) : 4875 – 4884.

Doran, J. C., Rimbawanto, A., Gunn, B., V dan Nirsatmanto, A., 1998, Genetik
Improvemen in The Breeding Plan for Melaleuca Cajuputi sub sp.,
Universitas Gadjah Mada, Yogyakarta.

Fakhrudin, N dan Indrasetiawan, P., 2020, Center for Natural Antiinfective

Research / CNAIR, Departemen Biologi Farmasi, Fakultas Farmasi,
Universitas Gadjah Mada, Yogyakarta.

43
 44

Faqih, K., Yahmin dan Suharti, 2019, Skrining Turunan Flavonoid sebagai
Kandidat Inhibitor Protease nsP2 dari Virus Chikungunya Menggunakan
Moelcular Docking, JC-T (Journal Cis-Trans) : Jurnal Kimia dan
Terapannya, 3(1) : 34 – 44.

Ghelardini, C., Galeotti, N., Mannelli, L., Mzzanti, G and Bartolini, A., 2001,
Local Anaesthetic Activity of β-caryoplhyllene, Farmaco II, 56(5-7) : 387
– 389.

Hoffmann, M., Kleine-Weber H, Schroeder S, Kruger, N., Herrier, T., Erichsen,

S., Schiergens, T. S., Herrier, G., Wu, N-H., Nitchsen, A., Muller, M. A.,
Drosten, C dan Pohlmann, S., 2020, SARS-CoV-2 Cell Entry Depends on
ACE2 and TMPRSS2 and Is Blocked by a Clinically Proven Protease
Inhibitor, Cell, 181(1) : 271 – 280.

Im K., Kim J dan Min H., 2015, Ginseng, antivirus berkhasiat alami: Efek
perlindungan dari Koran Ginseng Merah terhadap infeksi virus.diakses
dari https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/Ppada tanggal 30
September 2020

Joseph, T and Moslehi, M. A., 2020, International Pulmonologist’s Consensus on

COVID-19, Amrita Institute of Medical Sciences, India.

Kementrian Kesehatan RI, 2020, Info Corona Virus, Kementerian Kesehatan

Republik Indonesia, Jakarta. diperoleh melalui situs internet
https://covid19.kemkes.go.id/category/situasi-infeksi-emerging/info-
corona-virus/#.X7G3P2VKjIU pada tanggal 27 November 2020.

Kementrian Kesehatan RI, 2020, Kesiapan Kemenkes dalam Menghadapi

Outbreak Novel Coronavirus (2019-Ncov), Simposium Papdi Forum 29
Januari 2020.

Khan, M. F., Khan, M. A., Khan, Z. A., Ahamad, T and Ansari, W. A., 2020,
Identification of Dietary Molecules as Therapeutic Agents to Combat
COVID-19 Using Molecular Docking Studies, Era University, India.

Kitchen, D. B., Decornez, H., Furr, J. R. dan Bajorath. J., 2004. Docking and
Scoring in Virtual Screening for Drug Discovery, Nature Reviews. 3(11) :
935 - 949.

Kubo, I., Chaudhuri, S. K., Kubo, Y., Sanchez, Y., Ogura, T., Saito, T., Ishikawa,
H and Haraguchi, H., 1996, 63-Cytotoxic and Antioxidative
Sesquiterpenoids from Heterotheca Inuloides, Planta Med, 62(5) : 427 –
430.
 45

Lim, J., Seunghyun, J., Hyun, Y. S., Moon, J. K., Yu, M. S., Wang, J. L., Kang,
W. C., Yu, M. K., Baeckseung, L dan Sang, J. P., 2020, Case of The Index
Patient Who Caused Tertiary Transmission of COVID-19 Infection In
Korea : The Application of Lopinavir / Ritonavir for The Treatment of
COVID-19 Infected Pneumonia Monitored by Quantitative RT-PCR,
Journal Korean Med Sci, 6(1) : 35.
Liu X and Wang X.J., 2020, Potential Inhibitors Against 2019-nCoV Coronavirus
M Protease from Clinically 13 of 14 Approved Medicine, J Genet
Genomics, 47(2) : 119 – 121.

Lu, Hongzhou, 2020, Drug Treatment Options for the 2019-new Coronavirus
(2019-nCoV), Biosci Trends, 14(1) : 69 – 71.

Malthri, G., Manasa, B., Vani, S., Narendra, A., dan Harshita, T., 2016,
Computational Drug Design and Molecular Dynamic Studies-A Review,
International Journal of Biomedical Data Mining, 6(1) : 1 – 7.

Martin, S., Padilla, E., Icete, M. A., Galvez, J., Jimenez, J and Zarznelo, Z., 1993,
Anti Inflammatory Activity of The Essential Oil of Bupleurum
Fruiticescens, Planta Med,59(6) : 533 – 536.

Meisarani, A dan Ramadhania, Z. M., 2014, Kandungan Senyawa Kimia dan

Bioaktivitas Melaleuca leucadendra Linn.,Farmaka, 14(2) : 123 – 144.

Muntaufiqoh, 2017, Transformasi 1,8 sineol dari Minyak Kayu Putih Menjadi p-
Simena dengan Katalis Zeolit Beta Termodifikasi, Skripsi, Universitas
Negeri Semarang, Semarang, 8 – 9.

Muyassaroh, 2016, Distillasi Daun Kayu Putih dengan Variasi Tekanan Operasi
dan Kekeringan Bahan untuk Mengoptimalkan Kadar Sineol dalam
Minyak Kayu Putih, Jurnal Teknik Kimia, ITN:Malang, 10(2) : 37 – 38.

My, T. T. A., Loan, H. T. P., Hai, N. T. T., Hieu, L. T., Hoa, T. T., Thuy, B. T. P.,
Quang, D. T., Triet, N. T., Anh, T. T. V., Dieu, N. T. X., Trung, N. T.,
Hue, N. V., Tat, P. V., Tung, V.T dan Nhung, T. A., 2020, Evaluation of
the Inhibitory Activities of COVID-19 of Melaleuca cajuputi Oil Using
Docking Simulation, Chemistry Europe, 5(1) : 6312 – 6320.

Ortega, J.T., Maria, L. S., Flor, H. P dan Hector, R. R., 2020, Unrevealing
Sequence and Structural Features of Novel Coronavirus Using In Silico
Approaches: The Main Protease as Molecular Target, Excli Journal,19(1)
: 400 – 409.

Parwanto, M. L. E., 2020, Virus Corona (2019-nCoV) Penyebab COVID-19,

Jurnal Biomedika dan Kesehatan, 3(1) : 1 – 2.
 46

Peele, K.A., Chandrasai, P.D., Srihansa, Krupanidhi , Vijaya, S.A., John, B.,
Indira, Ranganadha, R., Venkateswarulu, T.C., 2020, Molecular docking
and dynamic simulations for antiviral compounds against SARS-CoV-2: A
computational study, Informatics in Medicine Unlocked, 19, 3 – 6.

PubChem, 2020. Struktur Senyawa Hesperetin, diperoleh melalui situs internet

:https://pubchem.ncbi.nlm.nih.gov/compound/72281 , diakses pada
tanggal 30 September 2020.

PubChem, 2020. Struktur Senyawa Lopinavir, diperoleh melalui situs internet

:https://pubchem.ncbi.nlm.nih.gov/compound/Lopinavir , diakses pada
tanggal 30 September 2020.
Purnomo, H., 2011, Kimia Komputasi : Molecular Docking PLANTS
(Penambatan Molekul PLANTS), Pustaka Pelajar, Yogyakarta.

Purnomo, H., 2013, Kimia Komputasi Untuk Farmasi Dan Ilmu Terkait : Uji In
Siliko Senyawa Anti Kanker, Pustaka Pelajar, Yogyakarta.

Purnomo, H., 2020, Bagian dari Buku Desain Molekul Anticovid-19, Universitas
Gadjah Mada, Yogyakarta.

Puspaningtyas, A. R., 2013, Docking Molekul dengan Metoda Molegro Virtual

Docker dari Ekstrak Air Psidium guajava, Linn dan Citrus sinensis, Peels
sebagai Inhibitor Padatirosinase untuk Pemutih Kulit, JKTI, 15(1) : 31 –
39.

Rachmania, R. A., 2019, Validasi Protokol Skrining Virtual dan Analisis Interaksi
Inhibitor Antiproliferasi Sel Kanker Berbasis Bahan Alam terhadap
Reseptor Cyclin - Dependent Kinase 4 (Cdk 4), Media Farmasi, 16(1) : 21
– 40.

Rimbawanto, A., Kartikawati, N. K dan Prastyono, 2017, Minyak Kayu Putih dari
Tanaman Asli Indonesia untuk Masyarakat Indonesia, Kementerian
Lingkungan Hidup dan Kehutanan Badan Penelitian dan Pengembangan
Bioteknologi dan Pemuliaan Tanaman Hutan, Jakarta.

Saha, R., Takahashi, T andSuzuki, T., 2009, Glucosyl Hesperidin Prevents

Influenza A Virus Replication in Vitro by Inhibition of Viral Sialidase,
Biol Pharm Bull, 32(7) : 1188 – 1192.

Septiana, eris, 2020, Prospek Senyawa Bahan Alam sebagai Antivirus dalam
Menghambat SARS-CoV-2, Biotrends, 11(1) : 30 – 38.

Setiadi, A. P., Wibowo, Y. I., Halim, S. V., Brata, C., Presley,B dan Setiawan, E.,
2020, Tatalaksana Terapi Pasien dengan Covid-19 : Sebuah Kajian
Naratif, Jurnal Farmasi Klinik Indonesia, 9(1) : 70 – 94.
 47

Setiaputri, Irmawaty, 2020, Pemeriksaan Laboratorium Covid-19 (2019-nCov),

Rs Paru Dr. H. Arotinsulu, 1 – 19.

Sharma, A. D and Kaur, I., 2020, Eucalyptol (1,8 cineole) from Eucalyptus
Essential Oil a Potential Inhibitor of COVID-19 Corona Virus Infection by
Molecular Docking Studies, Preprints : 1 – 8, PG dept of Biotechnology,
Lyallpur Khalsa College Jalandhar.

Stocker, H. S and Seager, S. L., 1972, Environmental Chemistry, Foresman and

Co, London.
Tambe, Y., Tsujiuchi, H., Honda, G., Ikeshiro, Y and Tanaka, S., 1996, Gastric
Cytoprotection of the Non-Steroidal Anti-Inflammatory Sesquiterpene, β-
Caryophyllene, Planta Med,62(5) : 469 – 470.

Utomo, R.Y., Ikawati, M dan Meiyanto, E., 2020, Revealing the Potency of Citrus
and Galangal Constituents to Halt SARS-CoV-2 Infection, Preprints, 1(1)
: 1 – 8.

Widhi, N. R., 2017, Isolasi Senyawa Kariofilen dalam Minyak Atsiri Cengkeh
(Syzygium aromaticum L.) Menggunakan Metode Saponifikasi-Distilasi
Vakum dengan Perbandingan Suhu, Laporan Tugas Akhir D III,
Universitas Diponegoro, Semarang.

Widiyanto, A dan Siarudin, M., 2014, Sifat Fisikokimia Minyak Kayu Putih Jenis
Asteromyrtus, Jurnal Penelitian Hasil Hutan, 32(4) : 243 – 252.

World Health Organization (WHO), 2020, Coronavirus Disease 2019 (COVID-

19) Situation Report, World Health Organization.

World Health Organization (WHO), 2021, Coronavirus Disease 2019 (COVID-

19) Situation Report, World Health Organization.

Yang. Z., Wu, N., Zu, Y and Fu, Y., 2011, Comparative Anti-Infectious
Bronchitis Virus (IBV) Activity of (-)-Pinene: Effect on Nucleocapsid (N)
Protein, Artikel Molecules, 16(1) : 1044 – 1054.

Zakaryan H., Arabyan E., O. A and Zandi K., 2017, Flavonoids : Promising
Natural Compounds Against Viral Infections, Arch Virol, 162(9) : 2539 –
2551.

Zhavoronkov, A., Aladinskiy, V., Zhebrak, A., Zagribelnyy, B., Terentiev, V.,
Bezrukov, D. S., Polykovskiy, D., Shayakhmetov, R., Filimonov, A.,
Orekhov, P., Yan, T., Popova, O., Vanhaelen, Q., Aliper, A dan
Ivanenkov, Y., 2020, Potential COVID-2019 3C-like Protease Inhibitors
 48

Designed Using Generative Deep Learning Approaches, ChemRxiv, doi:

10.26434/chemrxiv.118291 02.v2.

Zhou, P., Yang, X. L., Wang, X. G., Hu, B., Zhang, L., Zhang, W., Si, H. R.,
Zhu, Y., Li1, B., Huang, C. L., Chen, H. D., Chen, J., Luo, Y., Guo, H.,
Jiang, R.D., Liu, M. Q., Chen, Y., Shen, X. R., Wang, X., Zheng, X. S.,
Zhao, K., Chen, Q. J., Deng, F., Liu, L.L., Yan, B., Zhan, F.X., Wang, Y.
Y., Xiao, G. F and Shi, Z.L., 2020, A Pneumonia Outbreak Associated
with a New Coronavirus of Probable Bat Origin,
Nature, 579(7798) : 270 – 273.
 LAMPIRAN

Lampiran 1. Skor docking senyawa ligan native, sineol, α-pinen, kariofilen,

kombinasi senyawa α-pinen dan sineol (M2_M1), kombinasi
senyawa kariofilen, -pinen dan sineol (M3_M2_M1), hesperetin
serta lopinavir

49
50
 51

Lampiran 2. Uji T masing – masing senyawa ligan native, sineol, α-pinen,

kariofilen, kombinasi senyawa α-pinen dan sineol (M2_M1),
kombinasi senyawa kariofilen, α-pinen dan sineol (M3_M2_M1),
hesperetin serta lopinavir
52
53
54
55
56
 57

Lampiran 3. Asam amino yang berikatan pada ligan native, lopinavir, hesperetin,
sineol, α-pinen, kariofilen dan M3_M2_M1
58