Lembar Kerja

Praktikum Biostatistik 3 – 2020/2021

Nama/NIM : Abigael Stephannie Wibisono / 41180278

DEMONSTRASI
Menggunakan data Colorectal Cancer (Terlampir)
Keterangan:
Group : Case dan Control
ID : No Urut
Sex : Jenis Kelamin (1= Laki-laki, 2=Perempuan)
Age : Usia (dalam tahun)
FamHist : Riwayat keluarga CRC (1=Tidak ada, 2=Ada, dekat, 3=Ada, jauh)
DepCat : Indeks Deprivasi (1-7, 1 paling rendah, 7 paling tinggi)
Smoking : Riwayat merokok (1=Non, 2=Aktif, 3=Pernah)
RedMeat : Konsumsi daging merah (1=High, 2=Low)
Veg : Konsumsi sayur (1=High, 2=Low)
Fish : Konsumsi ikan (1=High, 2=Low)

1. Mendeskripsikan data kategorik.

a. Buat tabel kontingensi 2 x 2 antara kelompok kasus/kontrol dengan jenis kelamin.
(PIVOT TABLE)
b. Buat tabel expected count
i. Hitung nilai total tiap baris dan kolom. Expected count tiap sel adalah
perkalian dari total baris dan kolom dari sel yang bersangkutan, dibagi toal
sampel keseluruhan

Tabel Observed count

Outcome + Outcome - Total
Risiko + a b e
Risiko - c d f
Total g h N

Keterangan:
a + b = e = Total sampel Risiko +
c + d = f = Total sampel Risiko –
a + c = g = Total sampel Outcome +
b + d = h = Total sampel Outcome –
a+b+c+d = e+f = g+h = N = Total seluruh sampel

Tabel Expected count

Outcome + Outcome - Total
Risiko + e×g e×h e
N N
Risiko - f ×g f ×h f
N N
Total g h N

c. Cek asumsi dari tabel kontingensi

i. Total sampel > 40, atau
ii. Total sampel antara 20 dan 40, tidak boleh ada expected values kurang dari 5

2. Menghitung nilai OR, RR, dan Chi-Square

a. Hitung nilai OR dari Jenis Kelamin antara Kasus dan Kontrol
 Outcome + Outcome - Total
Risiko + a b e
Risiko - c d f
Total g h N

a
¿ b ad
OR = Odds Out+ ¿ Risk + Odds Out +¿ Risk−¿ ¿ ¿ = =
c bc
d

b. Hitung nilai RR dari Jenis Kelamin antara Kasus dan Kontrol

Outcome + Outcome - Total
Risiko + a b e
Risiko - c d f
Total g h N

a
a
Risk Out +¿ Risk + ¿ ¿ a+b
RR = Risk Out +¿ Risk −¿ ¿ = c = e
c /f
c +d

c. Hitung nilai Risk Difference dari Jenis Kelamin antara Kasus dan Kontrol
Outcome + Outcome - Total
Risiko + a b e
Risiko - c d f
Total g h N

a c
RD = Risk on Positive Factor – Risk on Negative Factor = −
a+b c +d

d. Chi-square (=CHISQ.TEST)
e. 95 CI% of OR, RR, RD
i. Hitung standard error dari OR dan RR
1. s.e. (log OR) =
√ 1 1 1 1
+ + +
a b c d
2. s.e. (log RR) =
√ 1 1 1 1
− + −
a e c f
3. s.e RD =
√ a× b c × d
e
2
+ 2
f
ii. Hitung error factor (IK95%) dari OR dan RR
1. EF (OR) = e 1.96 × s. e .¿¿
2. EF (RR) = e 1.96 × s. e .¿¿
iii. Hitung 95% CI untuk OR dan RR
1. Batas Atas = OR atau RR x EF
2. Batas Bawah = OR atau RR / EF
iv. Hitung 95% CI untuk RD
1. Batas Atas = RD + (1,96 x s.e RD)
2. Batas Bawah = RD – (1,96 x s.e RD)

3. Stratifikasi untuk Variabel Perancu/Efek Modifikasi (Openepi.com)

a. Mendeskripsikan variabel konsumsi sayur mayur antara Kasus dan Kontrol (Pivot Table)
 b. Membuat stratifikasi hubungan antara konsumsi sayur dengan kejadian kanker kolorektal
berdasarkan jenis kelamin (Pivot table – Mengisi dua variabel di bagian Rows – Veg-Sex,,
Column-Group)
c. Mengisi ke dalam Openepi.com
i. Menghitung OR di tiap stratifikasi
ii. Menghitung OR Maentel Hanszel
d. Menyimpulkan adanya efek modifikasi dan perancu

LATIHAN
A. Menjelaskan perbedaan karakteristik antara tiap kelompok kasus dan kontrol
a. Hitunglah statistik deskriptif untuk tujuh variabel kategorik (termasuk jumlah data missing)
SEX
Row Labels Count of Sex
Laki-laki 471
perempuan 529
Grand Total 1000
FAMHIST
Row Labels Count of FamHist
tidak ada 242
ada, dekat 558
ada, jauh 200
Grand Total 1000
Indeks deprivasi
Row Labels Count of DepCat
1 109
2 164
3 252
4 218
5 98
6 100
7 59
Grand Total 1000
Smoking
Row Labels Count of Smoking
non 350
aktif 424
pernah 226
Grand Total 1000
RED MEAT
Row Labels Count of RedMeat
high 546
low 454
Grand Total 1000
VEG
Row Labels Count of Veg
High 505
Low 495
Grand Total 1000
FISH
Row Labels Count of Fish
high 456
low 544
Grand Total 1000
b. Hitunglah statistik deskriptif (tabel kontingensi 2x2) untuk seluruh variabel kategorik yang
dibagi berdasarkan Kelompok Kasus dan Kontrol
1. Sex
Count of Sex Column Labels
Row Labels Control CRC Grand Total
1 262 209 471
2 238 291 529
Grand Total 500 500 1000

2. Age
Count of Age Range Column Labels
Row Labels Control CRC Grand Total
30-39 66 7 73
40-49 168 47 215
50-59 187 114 301
60-69 70 179 249
70-79 8 153 161
80-89 1 1
Grand Total 500 500 1000

3. FamHistory
Count of FamHist Column Labels
Row Labels Control CRC Grand Total
Tidak ada 174 68 242
Ada, dekat 151 407 558
Ada, jauh 175 25 200
Grand Total 500 500 1000

4. DepCat
Count of DepCat Column Labels
Row Labels Control CRC Grand Total
1 59 50 109
2 84 80 164
3 132 120 252
4 103 115 218
5 44 54 98
6 49 51 100
7 29 30 59
Grand Total 500 500 1000

5. Smoking
Count of Smoking Column Labels
Row Labels Control CRC Grand Total
Tidak 186 164 350
Aktif 153 271 424
Pernah 161 65 226
Grand Total 500 500 1000

6. RedMeat
Count of RedMeat Column Labels
Row Labels Control CRC Grand Total
High/sering 244 302 546
Low/jarang 256 198 454
Grand Total 500 500 1000

7. Veg
Count of Veg Column Labels
Row Labels Control CRC Grand Total
High/sering 248 257 505
Low/jarang 252 243 495
 Grand Total 500 500 1000

8. Fish
Count of Fish Column Labels
Row Labels Control CRC Grand Total
High/sering 221 235 456
Low/jarang 279 265 544
Grand Total 500 500 1000

c. Interpretasikan hasil penghitungan Anda! Apakah terdapat karakteristik yang berbeda

antara kelompok Kasus dan Kontrol?
Didapati bahwa CRC banyak terjadi pada wanita yang memiliki riwayat
CRC (Family History), High vegetable, perokok, low fish, Index deprivasi 3,
konsumsi high red meat.

B. Penghitungan OR, RR, RD dan 95% CI

a. Hitunglah OR beserta 95% CI dari hubungan tiap 7 variabel dengan Kejadian Kanker
Kolorektal
1.Sex:
OR 1,532749
BATAS ATAS 1.193978411
BATAS BAWAH 1.967639806
Batas BAWAH
2.Age:
OR 10.53134418
BATAS ATAS 14.26750996
BATAS BAWAH 7.773550579
3.Family history:
OR 3.390833634
BATAS ATAS 4.646497766
BATAS BAWAH 2.474498711
4.Depcat:
OR 1.222222222
BATAS ATAS 1.567087095
BATAS BAWAH 0.953250885
5.Smoking:
OR 1.213608824
BATAS ATAS 1.574407185
BATAS BAWAH 0.935492668
6.Red meat:
OR 1.600264945
BATAS ATAS 1.245359435
BATAS BAWAH 2.056312274
7.Vegetable:
OR 1,074671446
BATAS ATAS 0.838651379
BATAS BAWAH 1.377114191
8.Fish:
OR 0.89323572
BATAS ATAS 0.696355924
BATAS BAWAH 1.145779083
 b. Hitunglah RR beserta 95% CI dari hubungan tiap 7 variabel dengan Kejadian Kanker
Kolorektal
Sex: 1.239686689

Age: 2.832058858

Famhist: 2.028247711

Depcat: 1.105263158

Smoking: 1.103189493

Red meat: 1.268250268

Vegetable: 1,036670334

Fish: 1,057927838

c. Hitunglah RD beserta 95% CI dari hubungan tiap 7 variabel dengan Kejadian Kanker
Kolorektal
Sex: 0.106357788
ATAS 1,484399462
BAWAH -1,271683887

Age: 0.522556686
ATAS 1,697153389
BAWAH -0,652040017

Famhist: 0.288929109
ATAS 1,599561713
BAWAH -1,021703496

Depcat: 0.050125313
ATAS 1,434308045
BAWAH -1,334057418

Smoking: 0.048351648
ATAS 1,432513937
BAWAH -1,335810641

Red meat: 0.116990205

ATAS 1,091445261
BAWAH -0,857464851

Vegetable: 0,0180018
B. BAWAH:
-0,473776502
B. ATAS:
0,509780103

Fish: 0,028218524
BATAS BAWAH:
-0,463605056
BATAS ATAS:
0,520042104
C. Uji Chi-Square

a. Hitunglah nilai p dari hubungan antara ketujuh variabel kategorik dengan kanker kolorektal!
D. Jenis Kelamin
Tabel observed
Jenis Kelamin Kontrol CRC (Kasus) Total
1 (Laki-laki) 262 209 471
2 (Perempuan) 238 291 529
Grand Total 500 500 1000
E.
F. Tabel Expected
Jenis Kelamin Kontrol CRC (Kasus) Total
1 (Laki-laki) 235,5 235,5 471
2 (Perempuan) 264,5 264,5 529
Grand Total 500 500 1000
Nilai p = 0,000786033

Konsumsi Vegetable
Tabel observed
CRC
Konsumsi (Kasus
Sayur Mayur Kontrol ) Total
1 (High veg) 248 257 505
2 (low veg) 252 243 495
Grand Total 500 500 1000

Tabel Expected
CRC
Konsumsi Sayur Mayur Kontrol (Kasus) Total
1 (High Veg) 252,5 252,5 505
2 (Low Veg) 247,5 247,5 495
Grand Total 500 500 1000

Nilai p = 0,569194336

Index Deprivasi
Tabel observed
CRC
Index Deprivasi Kontrol (Kasus) Total
1 (terendah) 59 50 109
2 84 80 164
3 132 120 252
4 103 115 218
5 44 54 98
6 49 51 100
7 (tertinggi) 29 30 59
Grand Total 500 500 1000

Tabel Expected
CRC
Index Deprivasi Kontrol (Kasus) Total
1 (terendah) 54,5 54,5 109
2 82 82 164
3 126 126 252
4 109 109 218
5 49 49 98
6 50 50 100
7 (tertinggi) 29,5 29,5 59
Grand Total 500 500 1000

Nilai p = 0,789796374

Riwayat Keluarga
Tabel observed
CRC
Riwayat (kasus
Keluarga Control ) Total
1 174 68 242
2 151 407 558
3 175 25 200
Grand Total 500 500 1000

Tabel Expected
CRC
Riwayat Keluarga Control (kasus) Total
1 121 121 242
2 279 279 558
3 100 100 200
Grand Total 500 500 1000

Konsumsi Fish
Tabel observed
CRC
Konsumsi ikan Control (kasus) Total
1 (tinggi) 221 235 456
2 (rendah) 279 265 544
Grand Total 500 500 1000

Tabel Expected
CRC
Konsumsi ikan Control (kasus) Total
1 (tinggi) 228 228 456
2 (rendah) 272 272 544
Grand Total 500 500 1000

Nilai p = 0,374064242

Perokok
Tabel observed
CRC
Perokok Control (kasus) Total
1(tidak pernah merokok) 186 164 350
2 (aktif merokok) 153 271 424
3 (pernah merokok) 161 65 226
Grand Total 500 500 1000

Tabel Expected
CRC
Perokok Control (kasus) Total
1(tidak pernah merokok) 175 175 350
2 (aktif merokok) 212 212 424
 3 (pernah merokok) 113 113 226
Grand Total 500 500 1000

Konsumsi Daging
Tabel observed
Konsumsi CRC
daging Control (kasus) Total
1 (tinggi) 244 302 546
2 (rendah) 256 198 454
Grand Total 500 500 1000

Tabel Expected
Konsumsi CRC
daging Control (kasus) Total
1 (tinggi) 273 273 546
2 (rendah) 227 227 454
Grand Total 500 500 1000

Nilai p = 0,000229724

b. Bersama dengan nilai RR, OR, atau RD yang sudah dihitung di poin B, Interpretasikan
hasil tersebut!

D. Stratifikasi

a. Buatlah tabel stratifikasi untuk Status merokok dan Konsumsi daging merah berdasarkan
Jenis Kelamin!

b. Hitunglah OR Crude dan OR Maentel Hanszel untuk tiap hubungan di atas menggunakan
Openepi.com
0.8608,
Crude CMLE Odds Ratio* 1.105 Mid-P Exact
1.418¹
0.8543,
Fisher Exact
1.429¹
 0.8611,
Odds Ratio 1.105 Taylor series
1.418¹
Etiologic fraction in -7.568,
5.298%
pop.(EFp|OR) 18.16
Etiologic fraction in -16.13,
9.501%
exposed(EFe|OR) 29.48

0.8577,
AdjustedCMLE Odds Ratio* 1.101 Mid-P Exact
1.413¹
0.8513,
Fisher Exact
1.424¹
Directly Adjusted 0.858,
1.101 Taylor series
OR 1.414¹
Mantel-Haenszel 0.858,
1.101 Robins,Greenland,Breslow
OR 1.413¹

Breslow-Day test for interaction of

Odds Ratio over strata:
p
chi square= 0.09002 0.956
=

c. Interpretasikan hasilnya!
Didapatkan hasil dari tabel stratifikasi yaitu nilai odds ratio 1,101 (Mantel-
Haenszel) dan Crude 1,105. Maka, terdapat perbedaan konsumsi red meat
dan smoking pada sex laki-laki dan sex perempuan. Nilai p menunjukkan
hasil signifikan.