Melalui bukti-bukti yang ditemukan dan keterangan para saksi, KPK menemukan fakta bahwa
negara harus menanggung kerugian sebesar Rp 2,314 triliun. Setelah melakukan berbagai
penyelidikan sejak 2012, KPK akhirnya menetapkan sejumlah orang sebagai tersangka korupsi,
beberapa di antaranya pejabat Kementerian Dalam Negeri dan petinggi Dewan Perwakilan DPR.
Mereka adalah Sugiharto, Irman, Andi Narogong, Markus Nari, Anang Sugiana dan Setya
Novanto. Selain itu, KPK juga menetapkan Miryam S. Haryani sebagai pembuat keterangan
palsu saat sidang keempat atas nama Sugiharto dan Irman dilaksanakan. Penetapan tersangka
oleh KPK dalam kasus ini pertama kali dilakukan pada 22 April 2014 atas nama Sugiharto
sementara sidang perdana atas tersangka pada kasus ini digelar pada 9 Maret 2017. Selain
tersangka diatas terdapat juga saksi kunci dalam mengungkap siapa dalang dari korupsi e-ktp
yaitu Johannes Marliem, Marliem sendiri merupakan direktur PT Biomorf Lone LLC yang terlibat dalam
proyek e-KTP dalam hal pengadaan produk Automated Finger Print Identification Sistem (AFIS) merek L-1.
Namun belum sampai terungkap seperti apa dan bagaimana isi dari bukti rekaman yang Marliem
miliki, sebuah kabar duka datang. Marliem dinyatakan meninggal dunia di kediamannya
di Amerika Serikat. Kematian Johannes kemudian dihubungkan oleh beberapa media dengan
penyekapan yang dilakukan oleh seorang pria bersenjata di kawasan elite Beverly
Grove, Edinburgh Avenue, West Hollywood, Los Angeles, tempat Marliem tinggal. Setelah
sempat simpang siur akan apa penyebab kematian Johannes Marliem, pada 15 Agustus 2017
otoritas Los Angeles menyatakan bahwa Marliem tewas karena bunuh diri. Ia mengakhiri
nyawanya dengan cara menembakkan pistol ke arah kepalanya sendiri.