METABOLISME ASAM NUKLEAT

METABOLISME ASAM NUKLEAT

I. PENDAHULUAN

      Metabolisme adalah semua reaksi kimia yang terjadi di dalam organisme, termasuk
yang terjadi di tingkat selular. Secara umum, metabolisme memiliki dua arah lintasan reaksi
kimia organik, yaitu anabolisme dan katabolisme. Katabolisme itu sendiri yaitu reaksi yang
mengurai molekul senyawa organik untuk mendapatkan energi. Adapun anabolisme
merupakan reaksi yang merangkai senyawa organik dari molekul-molekul tertentu, untuk
diserap oleh sel tubuh.
         Berawal tahun 1868 Friedrich Miescher (1844-1895) adalah orang yang mengawali
pengetahuan mengenai kimia dan inti sel. Pada tahun 1868, dilaboratorium Hoppe-Syler di 
Tubingen, beliau memilih sel yang terdapat pada nanah bekas pembalut luka, kemudian sel-
sel tersebut dilarutkan dalam asam encer dan dengan cara ini diperoleh inti sel yang masih 
terikat pada sejumlah protein. Dengan menambahkan enzim pemecah protein ia dapat
memperoleh inti sel saja dan dengan cara ekstraksi terhadap inti sel diperoleh suatu zat yang 
larut dalam basa tetapi tidak larut dalam asam. Kemudian zat ini dinamakan ”nuclein” 
sekarang dikenal dengan nama nucleoprotein. Selanjutnya dibuktikan bahwa asam nukleat 
merupakan salah satu senyawa pembentuk sel dan jaringan normal. 
         Asam nukleat adalah biopolymer yang berbobot molekul tinggi dengan unit 
monomernya mononukleotida. Asam nukleat terdapat dalam semua sel dan memiliki peranan
yang sangat penting  dalam biosintesis protein. Bila nukleotida mengandung ribose, maka
asam nukleat yang terjadi adalah RNA (Ribnucleic acid = asam ribonukleat)  yang berguna
dalam sintesis protein. Bila nukleotida mengandung deoksiribosa, maka asam nukleat yang
terjadi adalah DNA (Deoxyribonucleic acid = asam deoksiribonukleat) yang merupakan
bahan utama pementukan inti sel. Dalam asam nukleat terdapat 4 basa nitrogen yang berbeda 
yaitu 2 purin dan 2 primidin. Baik dalm RNA maupun DNA purin selalu adenine dan
guanine. Dalam RNA primidin selalu sitosin dan urasil,  dalam DNA primidin selalu sitosin
dan timin.
Baik DNA maupun RNA berupa anion dan pada umumnya terikatpada protein yang

mempunyai sifat basa, misalnya DNA dalam inti sel terikat pada histon.  Senyawa gabungan

antara asam nukleat dengan protein ini disebut nukleoprotein. Molekul asam nukleat

merupakan suatu polimer seperti protein,  tetapi yang menjadi monomer bukan asam amino,

melainkan nukleotida.

Asam nukleat tersusun atas monomer-monomer berupa nukeotida, yang masing-

masing terdiri atas sebuah gugus fosfat, sebuah gula pentosa, dan sebuah basa N. dengan
demikian, setiap nukeotida pada asam nukleat dapat dilihat sebagai nukleosida monofosfat.
Namun, pengertian nukleotida secara umum sebenarnya adalah nukleosida dengan sebuah
atau ebih gugus fosfat. Sebagai contoh, molekul ATP (adenosine trifosfat) adalah nukleotida
yang merupakan nukleosida dengan tiga gugus fosfat.
Jika gula pentosanya adalah ribose seperti halnya pada RNA, maka nukleosidanya
dapat berupa adenosine, guanosin, sitidin, dan uridin. Begitu pula, nukleotidanya akan ada
empat macam, yaitu adenosine monofosfat, guanosin monofosfat, sitidin monofosfat, dan
uridin monofosfat. Sementara itu, jika gula pentosanya adalah deoksiribosa seperti halnya
DNA, maka nukleosidanya terdiri atas deoksiguanosin, deoksisitidin, dan deoksitimin.

Gambar nulkleat
 II. PEMBAHASAN

2.1    Asam Nukleat

         Asam nukleat merupakan molekul raksasa yang memiliki fungsi khusus yaitu,
menyimpan informasi genetik dan menerunkannya kepada keturunanya. Susunan asam
nukleat yang menentukan apakah mahluk itu  menjadi hewan, tumbuhan, maupun manusia.
Begitu pula susunan dalam sel, apakah sel itu menjadi sel otot maupun sel darah. Beberapa
fungsi penting asam nukleat adalah menyimpan, menstransmisi, danmentranslasi informasi
genetik; metabolisme  antara(intermediary  metabolism) dan reaksi-reaksi informasi energi;
koenzim pembawa energi;  koenzim  pemindah asam asetat, zat gula,  senyawa amino dan
biomolekul lainnya;  koenzim reaksi oksidasi reduksi. 
         Asam nukleat dalam sel ada dua jenis yaitu DNA (deoxyribonucleic acid) atau asam
deoksiribonukleat dan RNA (ribonucleic acid ) atau asam ribonukleat. Baik DNA maupun
RNA berupa anion dan pada umumnya terikat oleh protein dan bersifat basa. Misalnya DNA
dalam inti sel terikat pada histon. Senyawa gabungan antara protein danasam nukleat disebut
nucleoprotein. Molekul asam nukleat merupakan polimer sepertiprotein  tetapi unit
penyusunnya adalah nukleotida. Salah satu contoh nukleutida asam nukleat bebas adalah
ATP yang berfungsi sebagai pembawa energy.
2.1.1  DNA
            DNA (deoxyribose nucleic acid) merupakan komponen penyusun kehidupan. Zat
inilah yang membuat lebah adalah seekor lebah dan kanguru adalah kanguru. DNA adalah
apa yang membuat tiap-tiap individual (apapun jenis dan spesiesnya) unik.
DNA terdapat pada semua organisme hidup dari mulai bakteri terkecil sampai ikan
paus  raksasa. Molekul ini tidak hanya menentukan sifat fisik, seperti warna rambut dan
warna mata, tapi juga kemungkinan penyakit yang dimiliki. DNA adalah material pembawa
sifat yang dapat ditemukan pada sel. Ia menyediakan instruksi untuk membuat, menjaga, dan
mengatur kerja sel dan organisme.
         Asam ini adalah polimer yang terdiri atas molekul-molekul deoksiribonukleotida yang
terikat satu sama lain sehingga membentuk rantai polinukleotida yang panjang. Molekul
DNA yang panjang ini terbentuk oleh ikatan antara atom C nomor 3 dengan atom C nomor 5
pada molekul deoksiribosa dengan perantaraan gugus fosfat. Secara kimia DNA mengandung
karakteristik/sifat sebagai berikut:
 1. Memiliki gugus gula deoksiribosa.
2.  Basa nitrogennya guanin (G), sitosin (C), timin (T) dan adenin (A).
3. Memiliki rantai heliks ganda anti paralel
4. Kandungan basa nitrogen antara kedua  rantai sama banyak dan berpasangan 

Pada tahun 1953, berdasarkan hasil penelitian dari Rosalind Franklin, James Watson
and Francis Crick,  DNA diketahui berbentuk double helix. Terdiri dari dua pita yang berpilin
menjadi satu. Double helix terdiri dari dua rantai, satu berwarna biru, dan satunya kuning.
Contoh helix misalnya pada rajutan tali, seperti pada gambar sebelah kanan.

Gambar 1. Contoh Double helix

Interaksi ikatan hidrogen antara masing-masing basa nitrogen menyebabkan bentuk

dari dua rantai DNA menjadi sedemikian rupa, bentuk ini disebut double helix. Interaksi
spesifik ini terjadi antara basa A dengan T, dan C dengan G. Sehingga jika double helix
dibayang kan sebagai sebuah tangga spiral, maka ikatan basa-basa ini sebagai anak tangga-
nya. Lebar dari ‘anak tangga’ adalah sama, karena pasangan basa selalu terdiri dari satu
primidin dan satu purin.
2.1.2  RNA
   Asam ribonukleat adalah salah satu polimer yang terdiri atas molekul-molekul
ribonukleotida. Seperti DNA, asam ribonukleat ini terbentuk oleh adanya ikatan antara atom
C nomer 3 dengan atom C nomer 5 pada molekul ribosa dengan perantaraan gugus fosfat.
Dibawah ini adalah gambar struktur sebagian dari molekul RNA :
         Meskipun banyak persamaannya dengan DNA , RNA mempunyai beberapa perbedaan
dengan DNA yaitu : 
1. Bagian pentosa RNA adalah ribosa, sedangkan bagian pentosa DNA adalah deoksiribosa.
2.  Bentuk molekul DNA adalah heliks ganda. Bentuk molekul RNA bukan heliks
ganda, tetapi berupa rantai tunggal yang terlipat sehingga menyerupai rantai ganda. 
3.  RNA mengandung basa Adenin, Guanin dan Sitosin seperti DNA , tetapi tidak
mengandung Timin. Sebagai gantinya, RNA mengandung Urasil. Dengan demikian bagian
basa pirimidin  RNA berbeda dengan bagian basa pirimidin DNA.
4. Jumlah Guanin adalah molekul RNA tidak perlu sama dengan Sitosin, demikian pula
jumlah adenin tidak harus sama dengan Urasil.
         Ada 3 macam RNA, yaitu tRNA (transfer RNA), mRNA (messenger RNA) dan rRNA
(ribosomal RNA). Ketiga macam RNA ini mempunyai fungsi yang berbeda-beda, tetapi
ketiganya secara bersama-sama mempunyai peranan penting dalam sintesis protein.
2.2    Sintesis RNA dan DNA
         Asam nukleat tersusun atas monomer-monomer berupa nukeotida, yang masing-masing
terdiri atas sebuah gugus fosfat, sebuah gula pentosa, dan sebuah basa N. dengan demikian,
setiap nukeotida pada asam nukleat dapat dilihat sebagai nukleosida monofosfat. Namun,
 pengertian nukleotida secara umum sebenarnya adalah nukleosida dengan sebuah atau ebih
gugus fosfat. Sebagai contoh, molekul ATP (adenosine trifosfat) adalah nukleotida yang
merupakan nukleosida dengan tiga gugus fosfat.
         Nukleosida terdiri atas nukleosida purin dan nukleosida purimidin. Nukleosida purin
merupakan kelompok nukleosida yang mengandung basa purin, sedangkan nukleosida
pirimidin merupakan kelompok nukleosida yang mengandung basa piimidin. Jika gula
pentosanya adalah ribose seperti halnya pada RNA, maka nukleosidanya dapat berupa
adenosine, guanosin, sitidin, dan uridin. Begitu pula, nukleotidanya akan ada empat macam,
yaitu adenosine monofosfat, guanosin monofosfat, sitidin monofosfat, dan uridin monofosfat.
Sementara itu, jika gula pentosanya adalah deoksiribosa seperti halnya DNA, maka
nukleosidanya terdiri atas deoksiguanosin, deoksisitidin, dan deoksitimin.

2.2.1 Sintesis Nukleotida Purin

         Nukleosida purin terdiri atasatas AMP (Adenosin Monofosfat) dan GMP (Guanosin
Monofosfat). AMP adalah ester dari asam fosfat dan nukleosida yang disebut adenosin. AMP
terdiri dari gugus fosfat, gula ribose dan adenin nucleobase.Adapun GMP adalah ester dari
asam fosfat dengan nukleosida guanosin. GMP terdiri dari gugus fosfat, yaitu gula pentose
ribosa dan guanin nucleobase, karena itulah disebut monofosfat ribonucleosida.AMP dan
ADP disintesis dari IMP (Inosin Monofosfat).
a.   Pembentukan IMP
Inosin monofosfat disintesis melalui jalur de Novo dengan menggunakan ribose-5-fosfat
dan enzim PRPP-sintetase menghasilkan  phosphoribose-1- pyrophosphate (PRPP).

 ->

b.   Konversi IMP menjadi AMP dan GMP

 IMP dikonversi menjadi baik AMP atau GMP oleh jalur berbeda. IMP dikonversikan
menjadi AMP dengan mereaksikan IMP dengan asam amino aspartat dan fumarat. Adapun
IMP dikonvesikan menjadi GMP dengan menggunakan asam amino glutamine dan
glutamate.

 pembentukan AMP dari IMP

 Pembentukan GMP dari IMP

2.2.2 Sintesis Nukleotida Pirimidin

         Nukleotida pirimidin terdiri atas UMP (Uridin Monofosfat), CTP (Sitidin Monofosfat),
dan TMP (Timidin Monofosfat). Sintesis nukleotida pirimidin dimulai dari pembentuan
carbamoyl phosphate dan glutamate dari glutamine. Selanjutnya carbamoyl phosphate ini
yang akan diubah menjadi UMP, CTP, dan TMP. Carbamoyl phosphate bereaksi dengan
aspartat membentuk senyawa Orotate. Senyawa orotate sellanjutnya bergabung dengan PPRP
menghasilkan Oritidin Monofosfat dan reaksi lebih lanjut akan menghasilkan Uridin
Monofosfat (UMP). Untuk menghasilkan CTP, UMP diubah terlebih dahulu menjadi UTP
dan kemudian diraksikan dengan glutamine hingga menghasilkan CTP dan glutamate.
Adapun pembentukan TMP dilakukan oleh enzim timidilate sintetase sehingga UMP
terkonversi menjadi TMP. Berikut adalah reaksi-reaksinya.

 Reaksi pembentukan carbamoyl phosphate

  Reaksi pembentukan senyawa Orotate
  

 Reaksi pembentukan UMP

 Reaksi pembentukan CTP

        UMP + ATP  <-->  UDP + ADP               UDP + ATP  <-->  UTP + ADP

       (nucleoside monophosphate kinase)                    (nucleoside diphosphate kinase)

      Reaksi pembentukan TMP



Nukleotida-nuleotida yang terbentuk  inikemudian akan disintesis menjadi DNA atau RNA.
Dalam RNA primidin selalu sitosin dan urasil, dalam DNA primidin selalu sitosin dan timin.
 Selanjutnya DNA dan RNA yang terbentuk akan mengalami elongasi
(pemanjangan/polimerisasi) dan berhenti pada tahap terminasi.

2.3    Katabolisme Asam Nuleat

Katabolisme adalah reaksi penguraian senyawa kompleks menjadi senyawa yang lebih
sederhana dengan bantuan enzim. Tahapan katabolisme asam nukleat yaitu berturut-turut
menjadi nukleotida, nuleosida, purin, pirimidin, dan asam urat.

2.3.1 2.3.2 Katabolisme Asam  Nukleat Menjadi Nukleotida

         Asam-asam nukleat terdapat pada jaringan tubuh sebagai nukleoprotein.Nukleoprotein
dalam pencernaaan akan dipecah jadi molekul yang lebih kecil yaitu asam nukleat dan
protein. Asam nukleat dan protein selanjutnya terpisah ke jalur metabolism masing-masing.
Asam nukleat yang tersusun atas monomer-monomer berupa nukleotida dipecah sehingga
menghasilkan nukleotida.

2.3.3  2.3.3 Katabolisme Nukleotida Menjadi Nukleosida

         Nukleosida merupakan sebutan dari nukleotida tanpa gugus fosfat. Dengan demikian,
nukleosida tersusun dari gula  ribosa/deoksiribosa dan basa nitrogen. Tahapan penguraian
nukleotida menjadi nukleosida adalah sebagai berikut.

  Di dalam usus halus terjadi pemutusan ikatan fosfodiester oleh endonuklease
(pankreas)  menghasilkanoligonukleotida.
   Oligonukleotida dipecah lebih lanjut oleh fosfodiesterase menghasilkan monofosfat.
 Kemudian dipecah lebih lanjut oleh nukleotidase menghasilkan nukleosida and
 
orthophosphate. Nukleosida yang terbentuk adalah Sitidin, Uridin, Adenosin, dan
Guanosin
 2.3.4  Katabolisme Purin Menjadi Asam Urat
Nukleosida purin yang dihasilkan dari degradasi nukleotida akan terdegradasi lebih
lanjut menghasilkan asam urat yang  selanjutnya diekskresikan dalam urin. Proses
pembentukan asam urat dapat melalui dua jalur. Pertama, Tahap penguraian nukleosida purin
menjadi asam urat dimulai dari proses deaminasi adenosine menjadi inosin, kemudian
membelah membentuk hipoxantin. Hipoxantin dioksidasi menjadi xantin dan selanjutnya
xantin diubah menjadi asam urat. Kedua, tahap yang dimulai dari guanosin. Guanosin diubah
menjadi guanine yang selanjutnya dideaminasi menghasilkan xantin. Langkah selanjutnya,
xantin dioksidasi menjadi asam urat. Berikut adalah reaksi penguraian nukleosida menjadi
asam urat.

2.3.3  2.3.5  Katabolisme Pirimidin

         Pada katabolisme pirimidin terjadi reaksi-reaksi sebagai berikut.
1. Konversi sitidin menjadi uridin oleh enzim sitidin deaminase
2. Fosforilasi deoksitimidin menjadi timin dan deoksiribosa-1-fosfat

III. KESIMPULAN

         Adapun kesimpulan dari makalah ini adalah sebagai berikut.

1. Asam nukleat tersusun atas monomer-monomer berupa nukleotida, yang masing-

masing terdiri atas sebuah gugus fosfat, sebuah gula pentosa, dan sebuah basa N.
2. Nukleotida Purin terdiri atas AMP (Adenosin Monofosfat) dan GMP (Guanosin
Monofosfat).
3. Nukleotida Pirimidin terdiri atas UMP (Uridin Monofosfat), CTP (Cytosin
Triphospat), dan TMP (Tymidine Monofosfat).
4. Tahapan sintesis Asam Nukleat berturut-turut dimulai dari nukleosida, nukleotida,
dan kemudian asam nukleat DNA atau RNA.
5.  Tahapan degradasi asam nukleat dalam tubuh berturut-turut menghasilkan nukleotida,
nukleosida, basa purin dan pirimidin, serta asam urat.

DAFTAR PUSTAKA
Freeman, W.H. 2000. Nucleic Acid Synthesis. National Center for Biotechnology Information, U.S.
National Library of Medicine.

King, M.1996. Nucleic Acid Metabolism.http://themedicalbiochemistrypage.org. info @

themedicalbiochemistrypage.org.

Lyons, R. 2008. Nucleotide Metabolism. http://seqcore.brcf.med.umich.edu. December 12-17,

2008.
Rahmadestiassani, A. 2010.  Transkripsi, Translasi Dan ReplikasiUniversitas Nasional, Jakarta
 BAB I

PENDAHULUAN

1.1 Pendahuluan
 

Asam nukleat merupakan pengemban kode genetik dalam sistem kehidupan. Karena
informasi yang terkandung dalam asam-asam nukleat itu, suatu organisme mampu
membiosintesis tipe protein yang berlainan (rambut, kulit, otot, enzim dan sebagainya) dan
memproduksi lebih banyak organisme dari jenisnya sendiri. Asam nukleat merupakan suatu
polimer yang terdiri dari banyak molekul nukleotida. Ada dua macam asam nukleat, yaitu
DNA dan RNA. DNA terutama dijumpai dalam inti sel, asam ini merupakan pengemban
kode genetik dan dapat mereproduksi atau mereplikasi dirinya dengan tujuan membentuk sel-
sel baru untuk reproduksi organisme itu, dalam sebagian besar organisme, DNA suatu sel
mengarahkan sintesis molekul RNA. Satu tipe RNA yakni RNA pesuruh (mRNA)
meninggalkan inti sel dan mengarahkan biosintesis dari berbagai tipe protein dalam
organisme itu sesuai dengan kode DNAnya.
Asam-asam Anukleat terdapat pada jaringan-jaringan tubuh sebagai nukleoprotein,
yaitu gabungan antara asam nukleat dengan protein. Untuk memperoleh asam nukleat dari
jaringan-jaringan tersebut, dapat di lakukan ekstraksi terhadap nukleoprotein terlebih dahulu
menggunakan larutan garam 1M. Setelah nukleoprotein terlarut, dapat diuraikan menjadi
protein-protein dan asam nukleat dengan menambah asam-asam lemah atau alkali secara hati-
hati, atau dengan menambah NaCl hingga larutan menjadi jenuh. Setelah terpisah dari protein
yang mengikatnya, asam nukleat dapat diendapkan dengan penambahan alkohol perlahan-
lahan. Disamping itu penambahan NaCl hingga jenuh akan mengendapkan protein.
Eksperimen terkontrol atas metabolisme manusia pertama kali diterbitkan oleh
Santoriopada tahun1614 di dalam bukunya, “Ars de statica medecina” yang membuatnya
terkenal di Eropa. Dia mendeskripsikan rangkaian percobaan yang dilakukannya , yang
melibatkan penimbangan dirinya sendiri pada sebuah kursi yang digantung pada sebuah
timbangan besar sebelum dan sesudah makan, tidur , bekerja,  berpuasa makan atau minum,
dan buang air besar . Dia menemukan bahwa bagian terbesar makanan yang dimakannnya
 hilang dari tubuh melalui “perspiratioinsensibilis” (mungkin dapat diterjemahkan sebagai
keringatan yang tidak tampak).  Secara umum, metabolisme memiliki dua arah lintasan reaksi
kimia organik yaitu:   
‒        Katabolisme yaitu reaksi yang mengurai senyawa moleku organik untuk mendapatkan
energi.
Anabolisme yaitu reaksi yang merangkai senyawa organik dari molekul-molekul tertentu,
untuk diserap oleh sel tubuh.
Kedua arah lintasan metabolisime sangat diperlukan oleh setiap organismeuntuk dapat
bertahan hidup. Arah lintasan metabolisme ditentukan oleh suatusenyawa yang disebut
sebagai hormon, dan dipercepat (dikatalisis) oleh enzim. Ada dua jenis asam nukleat yaitu
DNA ( deoxyribonucleic acid ) atau asam deoksiribonukleat dan RNA ( ribonucleic acid )
atau asam ribonukleat.DNA ditemukan padatahun 1869 oleh seorang dokter muda Friedrich
Miescher yang mempercayai bahwa rahasia kehidupan dapat diungkapkan melalui penelitian
kimia pada sel-sel.  Sel yang dipilih oleh Friedrich adalah sel yang terdapat pada nanah untuk
dipelajarinya dan ia mendapatkan sel-sel tersebut  dari bekas pembalut luka yang
diperolehnya dari dari ruang bedah.  Sel-sel tersebut dilarutkan nya dalam asam encer dan
dengan cara ini diperolehnya intisel yang masih terikat pada sejumlah protein.  Kemudian
dengan menambahkan enzim pemecah protein ia dapat memperoleh inti sel saja dan dengan
cara dan dengan cara ekstraksi terhadap inti sel ini ia memperoleh suatu zat yang larut dalam
basa tetapi tidak larut dalam asam.  Pada waktu itu ia belum menentukan rumus kimia untuk
untuk zat tersebut,sehingga ia menamakannya nuclein.  Sebenarnya apa yang ia peroleh dari
ekstrak inti sel tersebut adalah campuran senyawa-senyawa yang mengandung 30% DNA. 
Asam nukleat terdapat dalam semua sel dan memiliki peranan yang sangat penting dalam
biosintesis protein.  Baik DNA maupun RNA berupa anion dan pada umumnya terikat pada
protein yang mempunyai sifat basa, misalnya DNA dalam inti sel terikat pada histon.
        Senyawa gabungan antara asam nukleat dengan protein ini disebut nukleoprotein. 
Molekul asam nukleat merupakan suatu polimer seperti protein, tetapi yang menjadi
monomer bukan asam amino , melainkan nukleotida. Dibawah ini merupakan hasil hidrolisis
nucleoprotein :          
‒        Asam nukleat
‒        nukleotida
‒        protein
‒        Asam fosfat
‒        nukleosida
‒        Basa purin/basa pirimidin
‒        pentosa

1.2 Rumusan masalah

 

Mengetahui tentang proses dan enzim yang berperan dalam metabolisme asam nukleat.

BAB II

ISI

2.1 Pengertian Asam Nukleat

Asam nukleat merupakan salah satu makromolekul yang memegang peranan sangat
penting dalam kehidupan organisme karena di dalamnya tersimpan informasi genetik. Asam
nukleat sering dinamakan juga polinukleotida karena tersusun dari sejumlah molekul
 nukleotida sebagai monomernya. Tiap nukleotida mempunyai struktur yang terdiri atas gugus
fosfat, gula pentosa, dan basa nitrogen atau basa nukleotida (basa N). Ada dua macam asam
nukleat, yaitu asam deoksiribonukleat atau deoxyribonucleic acid (DNA) dan asam
ribonukleat atau ribonucleic acid (RNA). Dilihat dari strukturnya, perbedaan di antara kedua
macam asam nukleat ini terutama terletak pada komponen gula pentosanya.Pada RNA gula
pentosanya adalah ribosa, sedangkan pada DNA gula pentosanya mengalami kehilangan satu
atom O pada posisi C nomor 2’ sehingga dinamakan gula 2’-deoksiribosa.
Perbedaan struktur lainnya antara DNA dan RNA adalah pada basa N-nya. Basa N, baik pada
DNA maupun pada RNA, mempunyai struktur berupa cincin aromatik heterosiklik
(mengandung C dan N) dan dapat dikelompokkan menjadi dua golongan, yaitu purin dan
pirimidin. Basa purin mempunyai dua buah cincin (bisiklik), sedangkan basa pirimidin hanya
mempunyai satu cincin (monosiklik). Pada DNA, dan juga RNA, purin terdiri atas adenin (A)
dan guanin (G). Akan tetapi, untuk pirimidin ada perbedaan antara DNA dan RNA.Kalau
pada DNA basa pirimidin terdiri atas sitosin (C) dan timin (T), pada RNA tidak ada timin dan
sebagai gantinya terdapat urasil (U).Timin berbeda dengan urasil hanya karena adanya gugus
metil pada posisi nomor 5 sehingga timin dapat juga dikatakan sebagai 5-metilurasil.

2.2 Komponen Asam Nukleat

‒        Gugus fosfat

‒        Gula pentosa
‒        Basa N

Di antara ketiga komponen monomer asam nukleat tersebut di atas, hanya basa N-lah
yang memungkinkan terjadinya variasi.Pada kenyataannya memang urutan (sekuens) basa N
pada suatu molekul asam nukleat merupakan penentu bagi spesifisitasnya. Dengan perkataan
lain, identifikasi asam nukleat dilakukan berdasarkan atas urutan basa N-nya sehingga secara
skema kita bisa menggambarkan suatu molekul asam nukleat hanya dengan menuliskan
urutan basanya saja.
 Di atas telah disinggung bahwa asam nukleat tersusun dari monomer-monomer berupa
nukleotida, yang masing-masing terdiri atas sebuah gugus fosfat, sebuah gula pentosa, dan
sebuah basa N. Dengan demikian, setiap nukleotida pada asam nukleat dapat dilihat sebagai
nukleosida monofosfat. Namun, pengertian nukleotida secara umum sebenarnya adalah
nukleosida dengan sebuah atau lebih gugus fosfat.Sebagai contoh, molekul ATP (adenosin
trifosfat) adalah nukleotida yang merupakan nukleosida dengan tiga gugus fosfat.
Jika gula pentosanya adalah ribosa seperti halnya pada RNA, maka nukleosidanya dapat
berupa adenosin, guanosin, sitidin, dan uridin. Begitu pula, nukleotidanya akan ada empat
macam, yaitu adenosin monofosfat, guanosin monofosfat, sitidin monofosfat, dan uridin
monofosfat. Sementara itu, jika gula pentosanya adalah deoksiribosa seperti halnya pada
DNA, maka (2’-deoksiribo)nukleosidanya terdiri atas deoksiadenosin, deoksiguanosin,
deoksisitidin, dan deoksitimidin.
Peran penting RNA terletak pada fungsinya sebagai perantara antara DNA dan protein
dalam proses ekspresi genetik karena ini berlaku untuk semua organisme hidup. Dalam peran
ini, RNA diproduksi sebagai salinan kode urutan basa nitrogen DNA dalam proses
transkripsi. Kode urutan basa ini tersusun dalam bentuk 'triplet', tiga urutan basa N, yang
dikenal dengan nama kodon. Setiap kodon berelasi dengan satu asam amino (atau kode untuk
berhenti), monomer yang menyusun protein.Lihat ekspresi genetic untuk keterangan lebih
lanjut. Penelitian mutakhir atas fungsi RNA menunjukkan bukti yang mendukung atas teori
'dunia RNA', yang menyatakan bahwa pada awal proses evolusi, RNA merupakan bahan
genetik universal sebelum organisme hidup memakai DNA.2.3 Mekanisme kerja
Metabolisme Asam Nukleat

2.3 Sifat fisika dan kimia Asam Nukleat

‒        Stabilitas asam nukleat

Ketika kita melihat struktur tangga berpilin molekul DNA atau pun struktur sekunder RNA,
sepintas akan nampak bahwa struktur tersebut menjadi stabil akibat adanya ikatan hidrogen di
antara basa-basa yang berpasangan. Padahal, sebenarnya tidaklah demikian.Ikatan hidrogen
di antara pasangan-pasangan basa hanya akan sama kuatnya dengan ikatan hidrogen antara
basa dan molekul air apabila DNA berada dalam bentuk rantai tunggal. Jadi, ikatan hidrogen
jelas tidak berpengaruh terhadap stabilitas struktur asam nukleat, tetapi sekedar menentukan
spesifitas perpasangan basa.Penentu stabilitas struktur asam nukleat terletak pada interaksi
 penempatan (stacking interactions) antara pasangan-pasangan basa.Permukaan basa yang
bersifat hidrofobik menyebabkan molekul-molekul air dikeluarkan dari sela-sela perpasangan
basa sehingga perpasangan tersebut menjadi kuat.

‒        Pengaruh asam

Di dalam asam pekat dan suhu tinggi, misalnya HClO4 dengan suhu lebih dari 100ºC, asam
nukleat akan mengalami hidrolisis sempurna menjadi komponen-komponennya. Namun, di
dalam asam mineral yang lebih encer, hanya ikatan glikosidik antara gula dan basa purin saja
yang putus sehingga asam nukleat dikatakan bersifat apurinik.

‒        Pengaruh alkali

Pengaruh alkali terhadap asam nukleat mengakibatkan terjadinya perubahan status tautomerik
basa. Sebagai contoh, peningkatan pH akan menyebabkan perubahan struktur guanin dari
bentuk keto menjadi bentuk enolat karena molekul tersebut kehilangan sebuah proton.
Selanjutnya, perubahan ini akan menyebabkan terputusnya sejumlah ikatan hidrogen
sehingga pada akhirnya rantai ganda DNA mengalami denaturasi. Hal yang sama terjadi pula
pada RNA. Bahkan pada pH netral sekalipun, RNA jauh lebih rentan terhadap hidrolisis bila
dibadingkan dengan DNA karena adanya gugus OH pada atom C nomor 2 di dalam gula
ribosanya.
‒        Denaturasi kimia
Sejumlah bahan kimia diketahui dapat menyebabkan denaturasi asam nukleat pada pH netral.
Contoh yang paling dikenal adalah urea (CO(NH2)2) dan formamid (COHNH2). Pada
konsentrasi yang relatif tinggi, senyawa-senyawa tersebut dapat merusak ikatan
hidrogen.Artinya, stabilitas struktur sekunder asam nukleat menjadi berkurang dan rantai
ganda mengalami denaturasi.

‒        Viskositas
DNA kromosom dikatakan mempunyai nisbah aksial yang sangat tinggi karena diameternya
hanya sekitar 2 nm, tetapi panjangnya dapat mencapai beberapa sentimeter.Dengan demikian,
DNA tersebut berbentuk tipis memanjang. Selain itu, DNA merupakan molekul yang relatif
kaku sehingga larutan DNA akan mempunyai viskositas yang tinggi. Karena sifatnya itulah
molekul DNA menjadi sangat rentan terhadap fragmentasi fisik.Hal ini menimbulkan
 masalah tersendiri ketika kita hendak melakukan isolasi DNA yang utuh.

‒        Kerapatan apung

Analisis dan pemurnian DNA dapat dilakukan sesuai dengan kerapatan apung (bouyant
densitynya). Di dalam larutan yang mengandung garam pekat dengan berat molekul tinggi,
misalnya sesium klorid (CsCl) 8M, DNA mempunyai kerapatan yang sama dengan larutan
tersebut, yakni sekitar 1,7 g/cm3. Jika larutan ini disentrifugasi dengan kecepatan yang sangat
tinggi, maka garam CsCl yang pekat akan bermigrasi ke dasar tabung dengan membentuk
gradien kerapatan. Begitu juga, sampel DNA akan bermigrasi menuju posisi gradien yang
sesuai dengan kerapatannya. Teknik ini dikenal sebagai sentrifugasi seimbang dalam tingkat
kerapatan (equilibrium density gradient centrifugation) atau sentrifugasi isopiknik.
Oleh karena dengan teknik sentrifugasi tersebut pelet RNA akan berada di dasar tabung dan
protein akan mengapung, maka DNA dapat dimurnikan baik dari RNA maupun dari protein.
Selain itu, teknik tersebut juga berguna untuk keperluan analisis DNA karena kerapatan
apung DNA (ρ) merupakan fungsi linier bagi kandungan GC-nya. Dalam hal ini, ρ = 1,66 +
0,098% (G + C).

2.4 Proses Metabolisme Asam Nukleat

2.4.1 Degradasi Nukleotida

2.4.1.1 Proses

Asam nukleat dalam usus halus terjadi pemutusan ikatan fosfodiester oleh
endonuklease (pankreas) oligonukleotida , dipecah lebih lanjut dengan fosfodiesterase (enzim
exonuclease non spesifik) mononukleotida, dipecah lebih lanjut fosfomonoesterase dikenal
sebagai nukleotidase menghasilkan nukleosida dan fosfat dengan nukleosida fosforilase
menghasilkan basa dan ribose-1-fosfat

2.4.1.2 Uraian enzim yang berperan

2.4.1.2.1 Endonuklease

‒        Pengertian
 Endonuklease adalah enzim yang memecah ikatan fosfodiester dalam rantai polinukleotida.
Beberapa, seperti deoksiribonuklease saya, memotong DNA relatif nonspesifik (tanpa
memperhatikan urutan), sementara banyak, biasanya disebut endonuklease restriksi atau
enzim restriksi, membelah hanya pada urutan nukleotida yang sangat spesifik.

Enzim restriksi endonuklease adalah dari Eubacteria dan archaea yang mengakui urutan DNA
tertentu. Urutan nukleotida diakui untuk pembelahan oleh enzim restriksi disebut situs
pembatasan. Biasanya, situs pembatasan akan urutan palindromic sekitar 4-6 nukleotida
panjang. Kebanyakan endonuklease restriksi membelah untai DNA tidak merata,
meninggalkan melengkapi untai tunggal berakhir. Tujuan ini dapat berhubungan kembali
melalui hibridisasi dan disebut "ujung lengket". Setelah dipasangkan, obligasi fosfodiester
fragmen dapat bergabung dengan DNA ligase. Ada ratusan endonuklease restriksi dikenal,
masing-masing menyerang situs pembatasan yang berbeda. Fragmen DNA dibelah oleh
endonuklease yang sama dapat bergabung bersama-sama tanpa memandang asal-usul DNA.
DNA tersebut disebut DNA rekombinan; DNA dibentuk oleh bergabung gen ke dalam
endonuklease combinationsRestriction baru (enzim restriksi) dibagi menjadi tiga kategori,
Tipe I, Tipe II, dan Type III, menurut mekanisme aksi mereka. Enzim ini sering digunakan
dalam rekayasa genetika untuk membuat DNA rekombinan untuk pengenalan ke bakteri,
tanaman, atau sel-sel hewan, serta dalam biologi sintetis

‒        Kategori
ada tiga kategori endonuklease restriksi yang relatif kontribusi pada pembelahan urutan
tertentu. Jenis I dan III yang kompleks multisubunit besar yang mencakup baik endonuklease
dan kegiatan methylase. Tipe I dapat membelah di situs acak dari sekitar 1.000 pasangan basa
atau lebih dari urutan pengakuan dan memerlukan ATP sebagai sumber energi. Tipe II
berperilaku sedikit berbeda dan pertama kali diisolasi oleh Hamilton Smith pada tahun 1970.
Mereka adalah versi sederhana dari endonuklease dan tidak memerlukan ATP dalam proses
degradasi mereka. Beberapa contoh tipe II endonuklease restriksi BamHI termasuk, EcoRI,
EcoRV, dan Haelll. Tipe III, namun, memotong DNA pada sekitar 25 pasangan basa dari
urutan pengakuan dan juga memerlukan ATP dalam proses
 2.4.1.2.2 Fosfodieterase

‒        Pengertian
Fosfodiesterase (PDE) adalah enzim yang memecah ikatan fosfodiester. Biasanya, orang
berbicara tentang phosphodiesterase mengacu fosfodiesterase nukleotida siklik, yang
memiliki signifikansi klinis besar dan dijelaskan di bawah ini. Namun, ada banyak keluarga
lain fosfodiesterase, termasuk fosfolipase C dan D, autotaxin, sphingomyelin
phosphodiesterase, DNases, RNases, dan endonuklease restriksi (yang semua mematahkan
tulang punggung fosfodiester DNA atau RNA), serta berbagai kurang baik ditandai
fosfodiesterase molekul kecil.

Fosfodiesterase nukleotida siklik terdiri sekelompok enzim yang mendegradasi ikatan

fosfodiester di kedua molekul pembawa pesan cAMP dan cGMP. Mereka mengatur
lokalisasi, durasi, dan amplitudo siklik nukleotida sinyal dalam domain subselular. Oleh
karena itu PDE adalah regulator penting dari transduksi sinyal dimediasi oleh molekul-
molekul pembawa pesan kedua.
‒        Nomenklatur dan klasifikasi
PDE nomenklatur menandakan keluarga PDE dengan angka Arab, kemudian huruf kapital
menunjukkan gen dalam keluarga, dan angka Arab kedua dan terakhir kemudian
menunjukkan varian sambatan berasal dari sebuah gen tunggal (misalnya, PDE1C3: keluarga
1, gen C , splicing varian 3)

Superfamili dari PDE enzim diklasifikasikan menjadi 12 keluarga, yaitu PDE1-PDE12, pada
mamalia. Klasifikasi ini didasarkan pada:
PDE substrat kekhususan oleh keluarga enzim. Kedua berarti menghidrolisis baik cAMP dan
cGMP.
PDE berbeda dari keluarga yang sama secara fungsional terkait meskipun fakta bahwa
sekuens asam amino mereka dapat menunjukkan perbedaan yang cukup besar. [7] PDE
memiliki kekhususan substrat yang berbeda. Beberapa hidrolase cAMP-selektif (PDE4, 7 dan
8); lain cGMP-selektif (PDE5, 6, dan 9). Lainnya dapat menghidrolisis baik cAMP dan
cGMP (PDE1, 2, 3, 10, dan 11). PDE3 kadang-kadang disebut sebagai cGMP-dihambat
phosphodiesterase. Meskipun PDE2 dapat menghidrolisis kedua nukleotida siklik, pengikatan
cGMP ke domain GAF-B peraturan akan meningkatkan cAMP afinitas dan hidrolisis yang
 merugikan cGMP. Mekanisme ini, serta yang lain, memungkinkan untuk cross-peraturan
cAMP dan cGMP jalur. PDE12 memotong cAMP dan oligoadenylates.
‒        Signifikansi klinis
Enzim phosphodiesterase sering target untuk penghambatan farmakologi karena distribusi
mereka yang unik jaringan, sifat struktural, dan sifat fungsional.

Inhibitor PDE dapat memperpanjang atau meningkatkan efek proses fisiologis dimediasi oleh
cAMP atau cGMP oleh penghambatan degradasi mereka dengan PDE.

Sildenafil (Viagra) adalah inhibitor cGMP-spesifik phosphodiesterase tipe 5, yang

meningkatkan efek vasodilatasi dari cGMP dalam corpus cavernosum dan digunakan untuk
mengobati disfungsi ereksi. Sildenafil juga saat ini sedang diselidiki untuk efek myo dan
kardioprotektif, dengan minat khusus yang diberikan kepada nilai terapeutik senyawa dalam
pengobatan distrofi otot Duchenne dan benign prostatic hyperplasia.

Inhibitor PDE telah diidentifikasi sebagai terapi potensial baru di daerah seperti hipertensi
paru arteri, penyakit jantung koroner, demensia, depresi, asma, PPOK, infeksi protozoa
(termasuk malaria) dan skizofrenia.

2.4.1.2.3 Nukleotidase

‒        Pengertian
Sebuah nucleotidase adalah enzim hidrolitik yang mengkatalisis hidrolisis nukleotida menjadi
nukleosida dan fosfat. Misalnya, mengubah adenosine monophosphate ke adenosin, dan
guanosin monofosfat untuk guanosin. Nucleotidases memiliki fungsi penting dalam
pencernaan dalam bahwa mereka memecah asam nukleat dikonsumsi. Mereka dapat dibagi
menjadi dua kategori, berdasarkan akhir yang dihidrolisis:

 EC 3.1.3.5: 5'-nucleotidase - NT5C, NT5C1A, NT5C1B, NT5C2, NT5C3

EC 3.1.3.6: 3'-nucleotidase - NT3
 5'-Nucleotidases membelah off fosfat dari ujung 5 'dari bagian gula. Mereka dapat
diklasifikasikan ke dalam berbagai jenis tergantung pada preferensi substrat dan lokalisasi
subselular. Membran-terikat 5'-nucleotidases menampilkan kekhususan terhadap
monophosphates adenosin dan terlibat terutama dalam penyelamatan nukleotida preformed
dan sinyal kaskade transduksi melibatkan reseptor purinergic. Larut 5'-nucleotidases semua
diketahui milik superfamili dehalogenase haloacid enzim, yang merupakan dua protein
domain ditandai dengan Rossman dimodifikasi lipat sebagai inti dan topi variabel atau
tudung. Bentuk larut lanjut disubklasifikasikan didasarkan pada kriteria yang disebutkan di
atas. MDN dan CDN yang nucleotidases 5'-3'-pirimidin mitokondria dan sitosol. CN-I adalah
nucleotidase sitosol (CN) ditandai dengan afinitas ke arah AMP sebagai substrat nya. CN-II
diidentifikasi oleh afinitas ke arah baik IMP atau GMP atau keduanya. CN-III adalah
pirimidin 5'-nucleotidase. 5'-Nucleotidases terlibat dalam fungsi beragam seperti komunikasi
sel-sel, perbaikan asam nukleat, purin penyelamatan jalur untuk sintesis nukleotida,
transduksi sinyal, transportasi membran, dll

2.4.1.2.4 Nukleotida Fosforilase

‒        Pengertian
Purin fosforilase nukleosida adalah enzim yang terlibat dalam metabolisme purin. PNP
memetabolisme inosin ke hipoksantin dan guanosin menjadi guanin, dalam setiap kasus
menciptakan ribosa fosfat. Catatan: adenosin pertama dimetabolisme untuk inosin melalui
deaminase enzim adenosine.

Fosforilase nukleosida adalah enzim yang memotong sebuah nucleoside oleh fosforilasi
ribosa untuk menghasilkan nucleobase dan ribosa 1 fosfat. Ini adalah salah satu enzim dari
jalur nukleotida penyelamatan. Jalur ini memungkinkan sel untuk menghasilkan
monophosphates nukleotida ketika de novo sintesis jalur telah terganggu atau tidak ada
(seperti halnya di otak). Seringkali de novo jalur terganggu sebagai akibat dari obat
kemoterapi seperti methotrexate atau aminopterin.

Semua enzim penyelamatan jalur memerlukan donor fosfat energi tinggi seperti ATP atau
PRPP.

‒        Signifikansi klinis

 PNPase, bersama-sama dengan deaminase adenosin (ADA), melayani peran kunci dalam
purin katabolisme, disebut sebagai jalur penyelamatan. Mutasi ADA menyebabkan akumulasi
(d) ATP, yang menghambat ribonucleotide reduktase, yang mengarah ke kekurangan dalam
(d) CTPs dan (d) TTPs, yang, pada gilirannya, menginduksi apoptosis pada T-limfosit dan B-
limfosit, terkemuka untuk immunodeficiency gabungan yang parah (SCID). [rujukan?]

Pasien PNP-kekurangan akan memiliki masalah immunodeficiency. Ini mempengaruhi hanya

T-sel; -Sel B tidak terpengaruh oleh kekurangan.

2.4.2 Biosintesis Nukleotida (De Novo Synthesis)

2.4.2.1 Proses

Purin disintesis menggunakan Ribosa 5-fosfat sebagai substrat awal (step by step), kemudian
pembentukan PRPP (fosforibosil difosfat) dimana R-5-P sebagai donor aktif, lalu
pembentukan IMP (inosin monofosfat), dan akhirnya pembentukan AMP dan GMP dari IMP

2.4.2.2 Uraian enzim yang berperan

2.4.2.2.1 Ribosa 5 Fosfat

‒        Pengertian
Ribosa 5-fosfat adalah baik produk dan perantara dari jalur fosfat pentosa. Langkah terakhir
dari reaksi oksidatif dalam jalur fosfat pentosa adalah produksi ribulosa 5-fosfat. Tergantung
pada negara tubuh, ribulosa 5-fosfat reversibel dapat isomerize untuk ribosa 5-fosfat.
Ribulosa 5-fosfat alternatif dapat menjalani serangkaian isomerizations serta transaldolations
dan transketolations yang menghasilkan produksi fosfat pentosa lainnya serta fruktosa 6-
fosfat dan gliseraldehida 3-fosfat (baik perantara dalam glikolisis).

Difosfokinase enzim ribosa-fosfat mengkonversi ribosa-5-fosfat menjadi phosphoribosyl

pirofosfat.

2.4.2.2.2 Aminotransferase

‒        Pengertian
Dalam biokimia, sebuah transaminase atau aminotransferase adalah enzim yang
mengkatalisis tipe reaksi antara asam amino dan asam α-keto. Mereka adalah penting dalam
sintesis asam amino, yang membentuk protein. Dalam pengobatan, mereka adalah indikator
penting dari kerusakan hati.
Asam amino mengandung amina (NH2) kelompok. Suatu asam keto berisi keto (= O)
kelompok. Dalam transaminasi, kelompok NH2 pada satu molekul dipertukarkan dengan = O
kelompok pada molekul lain. Asam amino menjadi asam keto sebuah, dan asam keto menjadi
asam amino.

Beberapa kegiatan transaminasi ribosom telah ditemukan dikatalisis oleh yang disebut
ribozim (RNA enzim). Contoh menjadi ribozim martil, ribozim VS dan ribozyme hairpin.

Enzim transaminase yang penting dalam produksi berbagai asam amino, dan mengukur
konsentrasi berbagai transaminase dalam darah adalah penting dalam banyak penyakit
mendiagnosa dan pelacakan. Transaminase memerlukan koenzim piridoksal-fosfat, yang
diubah menjadi pyridoxamine di tahap pertama reaksi, ketika asam amino diubah menjadi
asam keto. Enzim-terikat pyridoxamine pada gilirannya bereaksi dengan piruvat,
oksaloasetat, atau alpha-ketoglutarat, memberikan alanin, asam aspartat, asam glutamat atau
masing-masing. Banyak reaksi transaminasi terjadi pada jaringan, dikatalisis oleh
transaminase khusus untuk amino / keto pasangan asam tertentu. Reaksi yang mudah
reversibel, arah yang ditentukan oleh yang reaktan yang berlebihan. Enzim spesifik nama dari
salah satu pasangan reaktan, misalnya; reaksi antara asam glutamat dan asam piruvat untuk
membuat asam ketoglutarat alpha dan alanin disebut glutamat-piruvat transaminase atau GPT
untuk pendek.

Kegiatan jaringan transaminase dapat diselidiki dengan menginkubasi homogenat dengan

berbagai pasang amino / asam keto. Transaminasi ditunjukkan jika asam amino baru yang
sesuai dan asam keto terbentuk, seperti diungkapkan oleh kromatografi kertas. Reversibilitas
ditunjukkan dengan menggunakan keto / amino acid pasangan yang saling melengkapi
sebagai awal reaktan. Setelah kromatogram telah diambil dari pelarut kromatogram kemudian
diobati dengan ninhidrin untuk menemukan tempat.

Kehadiran transaminase tinggi dapat menjadi indikator kerusakan hati. Dua enzim
transaminase penting adalah transaminase aspartat (AST), juga dikenal sebagai serum
transaminase oksaloasetat glutamat (SGOT); dan alanin transaminase (ALT), juga disebut
SGPT (ALAT) atau serum glutamat-piruvat transaminase (SGPT). Penemuan ini dibuat oleh
Fernando De Ritis, Mario Coltorti dan Giuseppe Giusti pada tahun 1955 di University of
Naples

2.4.3 Biosintesis Nukleotida (Salvage Pathways)

2.4.3.1 Proses

Sebuah jalur penyelamatan adalah jalur di mana nukleotida (purin dan pirimidin) disintesis
dari intermediet dalam jalur degradatif untuk nukleotida.

Jalur penyelamatan digunakan untuk memulihkan basis dan nukleosida yang terbentuk
selama degradasi RNA dan DNA. Hal ini penting dalam beberapa organ karena beberapa
jaringan tidak dapat menjalani de novo sintesis.

Basa dan nukleosida yang diselamatkan kemudian dapat diubah kembali menjadi nukleotida.
Uridine fosforilase atau pirimidin-nucleoside fosforilase menambahkan ribosa 1-fosfat ke
dasar urasil gratis, membentuk uridin. Kinase uridin (kinase alias uridin-cytidine) maka dapat
 memfosforilasi nucleoside ini ke monofosfat uridin (UMP). UMP / CMP kinase (EC
2.7.4.14) dapat memfosforilasi UMP ke difosfat uridin, yang nucleoside difosfat kinase dapat
memfosforilasi ke trifosfat uridin.

Timidin fosforilase atau pirimidin-nucleoside fosforilase menambahkan 2-deoksi-alpha-D-

ribosa 1-fosfat untuk timin, membentuk timidin. Timidin kinase kemudian dapat
memfosforilasi senyawa ini ke timidin monofosfat (TMP). Timidilat kinase dapat
memfosforilasi TMP menjadi timidin difosfat, yang nucleoside difosfat kinase dapat
memfosforilasi ke timidin trifosfat.

Nukleosida cytidine dan deoxycytidine dapat diselamatkan sepanjang jalur urasil oleh
cytidine deaminase, yang mengubah mereka untuk uridin dan deoxyuridine, masing-masing.
Atau, uridin-cytidine kinase dapat memfosforilasi mereka ke cytidine monofosfat (CMP) atau
deoxycytidine monofosfat (dCMP). UMP / CMP kinase dapat memfosforilasi (d) CMP ke
cytidine difosfat atau deoxycytidine difosfat, yang nucleoside difosfat kinase dapat
memfosforilasi ke cytidine trifosfat atau deoxycytidine trifosfat.
Fosforibosiltransferase menambahkan diaktifkan ribosa-5-fosfat (phosphoribosyl pirofosfat,
PRPP) ke pangkalan, menciptakan monophosphates nukleotida. Ada dua jenis
fosforibosiltransferase: fosforibosiltransferase adenin (aprt) dan hipoksantin-guanin
fosforibosiltransferase (HGPRT). Ini adalah enzim penting dalam metabolisme Purin jalur.
Hal ini juga terlibat dalam sindrom Lesch-Nyhan terkait dengan kekurangan HGPRT.

2.4.3.2 Uraian enzim yang berperan

2.4.3.2.1 Hypoxanthine-guanine phosphoribosyl transferase

‒        Pengertian
Hipoksantin-guanin fosforibosiltransferase (HPRT) adalah enzim dikodekan pada manusia
dengan gen HPRT1.
HPRT adalah transferase yang mengkatalisis konversi hipoksantin untuk monofosfat inosin
dan guanin untuk guanosin monofosfat. Reaksi ini transfer kelompok 5-phosphoribosyl dari
5-phosphoribosyl 1-pirofosfat (PRPP) ke purin tersebut. HGPRT memainkan peran sentral
dalam generasi nukleotida purin melalui jalur purin penyelamatan.

2.4.4 Sintesis Pirimidin (De novo synthesis)

2.4.4.1 Proses

Sebagian besar enzim terletak pada sitosol, tetapi beberapa enzim ada di mitokondria.
Carbamoyl phosphate synthetase (CPS) II, pertama-tama disintesis cincin pirimidin,
kemudian menggabungkan dengan PRPP. Sintesis UMP, kemudian UMP digunakan untuk
sintesis nukleotida pirimidin lainnya

2.4.4.2 Uraian enzim yang berperan

2.4.4.2.1 Carbamoyl Phosphate Synthetase

‒        Pengertian
Sintetase karbamoil fosfat mengkatalisis sintesis ATP-dependent dari karbamoil fosfat dari
glutamin (EC 6.3.5.5) atau amonia (EC 6.3.4.16) dan enzim bicarbonate.This mengkatalisis
 reaksi ATP dan bikarbonat untuk menghasilkan karbamoil fosfat dan ADP. Karboksi fosfat
bereaksi dengan amonia untuk memberikan karbamat. Pada gilirannya, karbamat bereaksi
dengan ATP kedua untuk memberikan karbamoil fosfat ditambah ADP.
Ini merupakan langkah pertama dalam berkomitmen pirimidin dan arginin biosintesis di
prokariota dan eukariota, dan dalam siklus urea di sebagian besar vertebrata darat.
Kebanyakan prokariota membawa satu bentuk Kasus yang berpartisipasi di kedua arginin dan
biosintesis pirimidin, namun bakteri tertentu dapat memiliki bentuk yang terpisah.
Ada tiga bentuk yang berbeda yang melayani fungsi yang sangat berbeda:
         sintetase karbamoil fosfat I (mitokondria, siklus urea)
         karbamoil fosfat sintetase II (sitosol, metabolisme pirimidin).
         Karbamoilfosfat sintetase III (ditemukan pada ikan)
‒        Mekanisme
Synthase karbamoil fosfat memiliki tiga langkah utama dalam mekanisme dan, pada
dasarnya, tidak dapat diubah. Ion bikarbonat terfosforilasi dengan ATP untuk membuat
karboksil fosfat. The karboksil fosfat kemudian bereaksi dengan amonia membentuk asam
karbamat, melepaskan fosfat anorganik. Sebuah molekul kedua ATP kemudian
memfosforilasi asam karbamat, menciptakan karbamoilfosfat.
Aktivitas enzim yang dikenal dihambat oleh Tris dan HEPES buffer.

‒        Struktur
Synthase karbamoil fosfat (CPSase) adalah enzim heterodimeric terdiri dari kecil dan subunit
besar (dengan pengecualian CPSase III, yang terdiri dari polipeptida tunggal yang mungkin
muncul dari fusi gen dari glutaminase dan sintetase domain). CPSase memiliki tiga situs
aktif, satu di subunit kecil dan dua di subunit besar. Subunit kecil berisi situs mengikat
glutamin dan mengkatalisis hidrolisis glutamin untuk glutamat dan amonia, yang pada
gilirannya digunakan oleh rantai besar untuk mensintesis karbamoilfosfat. Subunit kecil
memiliki struktur 3-layer beta / beta / alpha, dan dianggap ponsel di sebagian besar protein
yang membawanya. Domain C-terminal dari subunit kecil CPSase memiliki aktivitas
amidotransferase glutamin. Subunit besar memiliki dua domain fosfat karboksi homolog,
yang keduanya memiliki situs ATP-mengikat; Namun, domain karboksi fosfat N-terminal
mengkatalisis fosforilasi karbonat, sedangkan domain C-terminal mengkatalisis fosforilasi
karbamat menengah. Domain fosfat karboksi ditemukan digandakan dalam subunit besar
CPSase juga hadir sebagai satu salinan dalam enzim tergantung biotin karboksilase asetil-
CoA (ACC), propionil-CoA karboksilase (PCCase), karboksilase piruvat (PC) dan urea
karboksilase.
Subunit besar di CPSase bakteri memiliki empat domain struktural: domain karboksi fosfat 1,
domain oligomerisation, domain karbamoilfosfat 2 dan domain alosterik. Heterodimer
CPSase dari Escherichia coli mengandung dua terowongan molekul: sebuah terowongan
amonia dan terowongan karbamat. Ini terowongan antar-domain menghubungkan tiga situs
aktif yang berbeda, dan berfungsi sebagai saluran untuk pengangkutan intermediet reaksi
yang tidak stabil (amonia dan karbamat) antara berturut situs.Hotel aktif mekanisme katalitik
CPSase melibatkan difusi karbamat melalui interior enzim dari tempat sintesis dalam domain
N-terminal dari subunit besar ke situs fosforilasi dalam domain C-terminal.

 
2.4.4.2.2 Aspartame Transcarbomoylase.

‒        Pengertian
 Aspartat karbamoiltransferase (juga dikenal sebagai aspartat transcarbamoylase atau ATCase)
mengkatalisis langkah pertama dalam biosintesis pirimidin jalur (EC 2.1.3.2).

ATCase tidak mengikuti Michaelis-Menten kinetika, tetapi terletak di antara aktivitas rendah,
afinitas rendah "tegang" atau T dan negara-negara tinggi-aktivitas, afinitas tinggi "santai"
atau R. Pengikatan substrat ke katalitik hasil subunit dalam pergeseran kesetimbangan ke
arah negara R, sedangkan pengikatan CTP dengan peraturan hasil subunit dalam pergeseran
kesetimbangan ke arah negara T. Pengikatan ATP ke peraturan hasil subunit dalam
pergeseran kesetimbangan ke arah negara R.
‒        Reaksi
ATCase adalah enzim yang sangat diatur bahwa mengkatalisis langkah pertama dalam
berkomitmen biosintesis pirimidin, kondensasi l-aspartat dan karbamoilfosfat untuk
membentuk N-karbamoil-L-aspartat dan fosfat anorganik. ATCase mengontrol laju
biosintesis pirimidin dengan mengubah kecepatan katalitik dalam menanggapi tingkat seluler
dari kedua pirimidin dan purin. Akhir-produk dari jalur pirimidin, CTP, menurun kecepatan
katalitik, sedangkan ATP, akhir-produk dari purin jalur paralel, meningkatkan kecepatan
katalitik.
‒        Pusat katalisis
Situs katalitik dari ATCase terletak pada antarmuka antara dua rantai katalitik tetangga di
trimer yang sama dan menggabungkan asam amino rantai samping dari kedua subunit ini.
Insight ke modus pengikatan substrat ke pusat katalitik ATCase pertama kali dimungkinkan
oleh pengikatan analog bisubstrate, N- (phosphonacetyl) -L-aspartat (PALA). Senyawa ini
merupakan penghambat kuat ATCase dan memiliki struktur yang dianggap sangat dekat
dengan yang ada pada keadaan transisi dari substrat. Selain itu, struktur kristal dari ATCase
terikat karbamoilfosfat dan suksinat telah diperoleh. [Studi-studi ini, selain investigasi
menggunakan mutagenesis situs-diarahkan dari asam amino tertentu, telah mengidentifikasi
beberapa residu yang sangat penting untuk katalisis, seperti Ser52, Thr53, Arg54, Thr55,
Arg105, His134, Gln137, Arg167, Arg229, Glu231, dan Ser80 dan Lys84 dari rantai katalitik
yang berdekatan. Situs aktif adalah saku yang sangat bermuatan positif. Salah satu sisi-rantai
yang paling penting adalah dari Arg54, yang berinteraksi dengan oksigen terminal dan
oksigen anhidrida dari karbamoilfosfat, menstabilkan muatan negatif dari gugus fosfat
meninggalkan. Arg105, His134, dan Thr55 membantu meningkatkan electrophilicity dari
karbon karbonil dengan berinteraksi dengan oksigen karbonil. Secara umum, peningkatan
laju ATCase dicapai dengan orientasi dan stabilisasi substrat, intermediet, dan produk bukan
oleh keterlibatan langsung dari residu asam amino dalam mekanisme katalitik.

2.4.4.2.3 Dihydroorotase

‒        Pengertian
Dihydroorotase (EC 3.5.2.3, dehydrase carbamoylaspartic, hidrolase dihydroorotate) adalah
enzim yang mengubah karbamoil asam aspartat menjadi asam 4,5-dihydroorotic dalam
biosintesis pyrimidines.It membentuk enzim multifungsi dengan sintetase karbamoil fosfat
dan aspartat transcarboymalase.

2.4.4.2.4 Dihydroorotate dehydrogenase

‒        Pengertian
 Dehidrogenase Dihydroorotate (DHODH) adalah enzim yang pada manusia dikodekan oleh
gen pada kromosom DHODH 16. protein yang dikode oleh gen ini mengkatalisis langkah
enzimatik keempat, oksidasi ubiquinone-dimediasi dihydroorotate untuk memutar, di de novo
biosintesis pirimidin. Protein ini adalah protein mitokondria yang terletak pada permukaan
luar dari inner membran mitokondria (IMM) Inhibitor enzim ini digunakan untuk mengobati
penyakit autoimun seperti rheumatoid arthritis.
‒        Mekanisme
Sebagai enzim yang terkait dengan rantai transpor elektron, DHODH bisa menghubungkan
bioenergetika mitokondria, proliferasi sel, produksi ROS, dan apoptosis pada jenis sel
tertentu. DHODH deplesi juga mengakibatkan peningkatan produksi ROS, penurunan
potensial membran dan keterbelakangan pertumbuhan sel. Juga, karena perannya dalam
sintesis DNA, penghambatan DHODH dapat menyediakan sarana untuk mengatur
perpanjangan transkripsi.

Obat-obatan imunomodulator teriflunomide dan leflunomide telah terbukti menghambat

DHODH. Manusia DHODH memiliki dua domain: domain alpha / beta-barel berisi situs aktif
dan domain alpha-heliks yang membentuk pembukaan terowongan yang mengarah ke situs
aktif. Leflunomide telah ditunjukkan untuk mengikat di dalam terowongan ini. Leflunomide
sedang digunakan untuk pengobatan rheumatoid arthritis dan psoriasis, serta multiple
sclerosis. Efek imunosupresif yang telah dikaitkan dengan menipisnya pasokan pirimidin
untuk sel T atau interferon yang lebih kompleks atau jalur interleukin-dimediasi, tapi tetap
membutuhkan penelitian lebih lanjut.

Selain itu, DHODH mungkin memainkan peran dalam retinoid N- (4-hidroksifenil)

retinamide (4HPR) penekanan kanker -dimediasi. Penghambatan aktivitas DHODH dengan
teriflunomide atau ekspresi dengan interferensi RNA mengakibatkan berkurangnya generasi
ROS di, dan dengan demikian apoptosis, mengubah kulit dan prostat sel epitel.

Mutasi pada gen ini telah terbukti menyebabkan sindrom Miller, juga dikenal sebagai
sindrom Genee-Wiedemann, sindrom Wildervanck-Smith atau posting aksial dystosis
acrofacial (POADS)

2.4.4.2.5 Orotate phosphoribosyl transferase

‒        Pengertian
fosforibosiltransferase orotate dan orotidine-5'-dekarboksilase adalah enzim (EC 4.1.1.23)
yang mengkatalisis pembentukan monofosfat uridin (UMP), molekul-energi membawa dalam
banyak jalur biosintesis penting. Pada manusia, gen yang mengkode enzim ini terletak pada
lengan panjang kromosom 3 (3q13).
‒        Struktur dan fungsi
Enzim bifunctional ini memiliki dua domain utama, fosforibosiltransferase orotate
(OPRTase, EC 2.4.2.10) subunit dan dekarboksilase orotidine-5'-fosfat (ODCase, EC
4.1.1.23) subunit. Kedua situs mengkatalisis dua langkah terakhir dari de novo uridin
monofosfat (UMP) biosintesis jalur. Setelah penambahan ribosa-P untuk orotate oleh
OPRTase untuk membentuk orotidine-5'-monofosfat (OMP), OMP dekarboksilasi
membentuk uridin monofosfat oleh ODCase. Dalam mikroorganisme, dua domain adalah
protein yang terpisah, tetapi, pada eukariota multiseluler, dua situs katalitik disajikan pada
protein tunggal, uridin monofosfat sintetase.

Umps ada dalam berbagai bentuk, tergantung pada kondisi eksternal. In vitro, umps
 monomer, dengan sedimentasi koefisien S20, w dari 3,6 akan menjadi dimer, S20, w = 5.1
setelah penambahan anion seperti fosfat. Di hadapan OMP, produk dari OPRTase, perubahan
dimer ke bentuk yang lebih cepat-sedimenting S20, w 5.6. Bentuk-bentuk konformasi
terpisah menampilkan kegiatan enzimatik yang berbeda, dengan monomer UMP synthase
menampilkan aktivitas dekarboksilase rendah, dan hanya dimer 5.6 S menunjukkan aktivitas
dekarboksilase penuh.

Hal ini diyakini bahwa dua situs katalitik terpisah menyatu menjadi protein tunggal untuk
menstabilkan bentuk monomer nya. Serikat kovalen di umps menstabilkan domain yang
mengandung pusat katalitik masing, meningkatkan aktivitasnya di organisme multisel mana
konsentrasi cenderung 1/10 dari rekan-rekan yang terpisah di prokariota. Mikroorganisme
lain dengan enzim dipisahkan harus mempertahankan konsentrasi yang lebih tinggi untuk
menjaga enzim dalam bentuk dimer lebih aktif mereka.

2.4.4.2.6 Orotidine 5'-phosphate decarboxylase

‒        Pengertian
Orotidine dekarboksilase 5'-phosphate (OMP dekarboksilase) atau dekarboksilase orotidylate
adalah enzim yang terlibat dalam biosintesis pirimidin. Ini mengkatalisis dekarboksilasi dari
monofosfat orotidine (OMP) untuk membentuk uridin monofosfat (UMP). Fungsi enzim ini
sangat penting untuk biosintesis de novo dari nukleotida pirimidin uridin trifosfat, cytidine
trifosfat, dan timidin trifosfat. OMP dekarboksilase telah menjadi target sering untuk
penyelidikan ilmiah karena menunjukkan efisiensi katalitik ekstrim dan kegunaannya sebagai
penanda seleksi untuk engineering ragi ketegangan.
‒        Katalisis
OMP dekarboksilase yang dikenal sebagai katalis luar biasa efisien yang mampu
mempercepat laju reaksi dikatalisis dengan faktor 1017. Untuk menempatkan ini dalam
perspektif, reaksi yang akan mengambil 78 juta tahun tanpa adanya enzim dibutuhkan 18
milidetik ketika enzim dikatalisis .Ini efisiensi enzimatik ekstrim sangat menarik karena OMP
dekarboksilase tidak menggunakan kofaktor dan tidak mengandung logam atau situs
kelompok prostetik. Katalisis bergantung pada segelintir residu asam amino bermuatan
diposisikan dalam situs aktif enzim.
Gambar mewakili struktur situs aktif dari OMP dekarboksilase ketika terikat pada inhibitor
BMP. Perhatikan Lys dan Asp residu sekitar 6-hidroksil substrat. (Gambar diambil dari
PyMOL penampil snapshot dari struktur kristal 1LOR) [
Mekanisme yang tepat yang OMP dekarboksilase mengkatalisis reaksi yang telah menjadi
subjek penyelidikan ilmiah yang ketat. Kekuatan pendorong untuk hilangnya karboksil terkait
dengan C6 dari cincin pirimidin berasal dari dekat sebuah gugus karboksil residu aspartat di
situs aktif enzim, yang mendestabilkan tanah negara relatif terhadap keadaan transisi reaksi
uncatalyzed. Ada beberapa hipotesis tentang apa yang membentuk keadaan transisi
dibutuhkan sebelum protonasi karbon C6 terjadi untuk menghasilkan produk akhir. Banyak
penelitian menyelidiki pengikatan inhibitor ampuh OMP dekarboksilase, 6-hidroksi
monofosfat uridin (BMP, turunan asam barbiturat), dalam situs aktif, untuk mengidentifikasi
residu asam amino esensial yang terlibat langsung dengan stabilisasi keadaan transisi. (Lihat
gambar enzim terikat BMP) Beberapa mekanisme enzimatik dekarboksilasi dari OMP telah
diusulkan, termasuk protonasi di O2 untuk membentuk spesies zwitterionic sebagai perantara,
anion stabilisasi O4, atau serangan nukleofilik pada C5. Konsensus saat ini menunjukkan
bahwa mekanisme hasil melalui Karbanion stabil di C6 setelah kehilangan karbon dioksida.
Mekanisme ini disarankan dari penelitian menyelidiki efek isotop kinetik dalam hubungannya
dengan penghambatan kompetitif dan situs aktif mutagenesis. Dalam mekanisme ini spesies
Karbanion berumur pendek distabilkan oleh residu lisin terdekat, sebelum dipadamkan oleh
proton

2.4.5 Sintesis Citosis Trifosfat

2.4.5.1 Proses

CTP sintetase mengkatalisis langkah berkomitmen terakhir di pirimidin nukleotida

biosintesis:

ATP + UTP + glutamin → ADP + Pi + CTP + glutamat

Ini adalah enzim tingkat-membatasi untuk sintesis nukleotida sitosin dari kedua de novo dan
uridin penyelamatan jalur.

Reaksi hasil oleh fosforilasi ATP-dependent dari UTP pada atom 4-oksigen, membuat 4-
karbon elektrofilik dan rentan terhadap reaksi dengan amonia. Sumber dari kelompok amino
di CTP adalah glutamin, yang dihidrolisis dalam domain glutamin amidotransferase untuk
menghasilkan amonia. Ini kemudian disalurkan melalui interior enzim ke domain sintetase.
Di sini, amonia bereaksi dengan menengah 4-fosforil UTP.

2.4.5.2 Uraian enzim yang berperan

2.4.5.2.1 Citosis trifosfat sintase

CTP synthase diatur secara tepat dengan konsentrasi intraseluler dari CTP dan UTP, dan
kedua hCTPS1 dan hCTPS2 telah terlihat menjadi maksimal aktif pada konsentrasi fisiologis
ATP, GTP, dan glutamin.
Aktivitas manusia CTPS1 isozim telah terbukti dihambat oleh fosforilasi. [12] Salah satu
contoh utama dari hal ini adalah fosforilasi dari Ser-571 residu oleh glikogen sintase kinase 3
(GSK3) dalam menanggapi kondisi serum rendah. Selain itu, Ser 568 telah dilihat dapat
terfosforilasi oleh kasein kinase 1, menghambat aktivitas CTP synthase.
CTP juga tunduk pada berbagai bentuk regulasi alosterik. GTP bertindak sebagai aktivator
alosterik yang sangat mendorong hidrolisis glutamin, tetapi juga menghambat pembentukan
CTP tergantung glutamin pada konsentrasi tinggi. Ini bertindak untuk menyeimbangkan
jumlah relatif purin dan pirimidin nukleotida. CTP produk reaksi juga berfungsi sebagai
inhibitor alosterik. Situs pengikatan trifosfat tumpang tindih dengan yang dari UTP, tetapi
bagian dari nukleosida CTP mengikat dalam saku alternatif berlawanan situs mengikat untuk
UTP.
Glutamin analog DON juga telah terlihat untuk bertindak sebagai inhibitor ireversibel, dan
telah digunakan sebagai agen anti-kanker.

2.4.6 Sintesis Pirimidin (Salvage Pathways)

2.4.6.1 Proses
 Sebagaimana seringkali dijumpai pada sistem heterosiklik induk, sintesis pirimidina tidak
begitu lazim dan biasanya dilakukan dengan menghilangan gugus fungsi dari derivatif.
Sintesis primer dalam jumlah besar melibatkan formamida telah dilaporkan.
Sebagai suatu kelas, pirimidina biasanya disintesis melalui “Principal Synthesis” melibatkan
siklisasi senyawa beta-dikarbonil dengan senyawa N-C-N. Reaksi sebelumnya dengan
amidina menghasilkan substitusi pirimidina pada posisi 2, biasanya dengan urea
menghasilkan 2-pirimidion, dan dengan guanidina menghasilkan 2-aminopirimidina.

2.4.6.2 Uraian enzim yang berperan

2.4.6.2.1 Uridin cytidine kinase

Dalam enzim, suatu kinase uridin (EC 2.7.1.48) adalah enzim yang mengkatalisis reaksi
kimia
ATP + uridin \ rightleftharpoons ADP + UMP
Dengan demikian, dua substrat enzim ini adalah ATP dan uridin, sedangkan dua produknya
adalah ADP dan UMP.

Enzim ini milik keluarga dari transferase, khususnya yang mentransfer kelompok yang
mengandung fosfor (phosphotransferases) dengan kelompok alkohol sebagai akseptor. Nama
sistematis kelas enzim ini adalah ATP: uridin 5'-phosphotransferase. Nama lain yang umum
digunakan termasuk pirimidin ribonukleosida kinase, uridin-cytidine kinase, kinase uridin
(fosforilasi), dan uridin fosfokinase. Enzim ini berpartisipasi dalam metabolisme pirimidin.

2.4.6.2.2 Thymidine kinase

‒        Pengertian
Timidin kinase adalah enzim, suatu phosphotransferase (kinase a): kinase 2'-deoksitimidin,
ATP-timidin 5'-phosphotransferase, EC 2.7.1.21. Hal ini dapat ditemukan dalam sel-sel hidup
yang paling. Hal ini hadir dalam dua bentuk dalam sel mamalia, TK1 dan TK2. Virus tertentu
juga memiliki informasi genetik untuk ekspresi kinase virus timidin.

Timidin kinase mengkatalisis reaksi:

    THD + ATP → TMP + ADP

mana Thd adalah deoksitimidin, ATP adalah adenosin 5'-trifosfat, TMP adalah deoksitimidin
5'-fosfat dan ADP adalah adenosin 5'-difosfat.

Kinase timidin memiliki fungsi penting dalam sintesis DNA dan dengan demikian dalam
pembelahan sel, karena mereka adalah bagian dari rantai reaksi yang unik untuk
memperkenalkan deoksitimidin ke dalam DNA. Deoksitimidin hadir dalam cairan tubuh
sebagai akibat dari degradasi DNA dari makanan dan dari sel-sel mati. Timidin kinase
diperlukan untuk tindakan banyak obat antivirus. Hal ini digunakan untuk memilih jalur sel
hibridoma dalam produksi antibodi monoklonal. Dalam kimia klinis digunakan sebagai
penanda proliferasi dalam diagnosis, pengobatan dan pengendalian tindak lanjut dari penyakit
ganas, terutama keganasan hematologi.
‒        Klasifikasi
 Dua kelas yang berbeda dari kinase timidin telah diidentifikasi dan termasuk dalam keluarga
super:
‒        satu kelompok keluarga bersama-sama timidin kinase dari virus herpes serta kinase timidilat
seluler
‒        kelompok keluarga kedua TK dari berbagai sumber yang meliputi, vertebrata, bakteri, T4
Bacteriophage , poxvirus, babi Afrika demam virus (ASFV) dan Ikan lymphocystis virus
penyakit (FMDV). Protein kapsid utama virus warni serangga juga milik keluarga ini.
Pola Prosite hanya mengakui jenis seluler kinase timidin.

2.4.6.2.3 Deoxycytidine kinase

‒        Pengertian
Deoxycytidine kinase (DCK) diperlukan untuk fosforilasi beberapa deoxyribonucleosides dan
analog nukleosida mereka. Kekurangan dari DCK dikaitkan dengan resistensi terhadap agen
kemoterapi antivirus dan antikanker. Sebaliknya, peningkatan aktivitas kinase deoxycytidine
dikaitkan dengan peningkatan aktivasi senyawa ini untuk sitotoksik derivatif trifosfat
nukleosida. DCK secara klinis penting karena hubungannya dengan resistensi obat dan
sensitivitas.

2.4.7 Katabolisme Nukleotida Purin dan Pirimidin

2.4.7.1 Proses

Sintesis nukleotida dari basa purin dan nukleosida purin terjadi dalam serangkaian langkah-
langkah yang dikenal sebagai jalur penyelamatan. Dasar bebas purin, adenin, guanin, dan
Hipoxantina, dapat dikonversi untuk nukleotida yang berhubungan dengan
phosphoribosylation. Dua enzim transferase kunci yang terlibat dalam sisa dari purin:
phosphoribosyltransferase adenosine (APRT), yang mengkatalisis reaksi berikut:
adenin + PRPP <-> AMP + PP i
dan Hipoxantina-guanin phosphoribosyltransferase (HGPRT), yang mengkatalisis reaksi
berikut:
Hipoxantina + PRPP <-> IMP + PP i
guanin + PRPP <-> GMP + PP i
Sebuah enzim penting kritis sisa barang purin dengan cepat membagi sel adalah adenosin
deaminase (ADA) yang mengkatalisis deaminasi untuk inosine disebut adenosin.
Katabolisme dari nukleotida pirimidin akhirnya menyebabkan β-alanin (ketika CMP dan
UMP yang rusak) atau β-aminoisobutyrate (ketika dTMP diturunkan) dan NH 3 dan CO 2. The
β-alanin dan β-aminoisobutyrate berfungsi sebagai donor-NH 2 di transaminasi dari α-
ketoglutarate untuk glutamat.Reaksi selanjutnya mengubah produk untuk malonyl-KoA
(yang dapat dialihkan ke sintesis asam lemak) atau methylmalonyl-KoA (yang dikonversikan
ke succinyl-KoA dan dapat didorong dengan siklus TCA).
Sisa barang dari basa pirimidin memiliki signifikansi klinis kurang daripada purin, karena
kelarutan dengan-produk katabolisme pirimidin. Namun, seperti yang ditunjukkan di atas,
jalur penyelamatan untuk sintesis nukleotida timidin sangat penting dalam persiapan untuk
pembelahan sel. Urasil dapat diselamatkan untuk membentuk UMP melalui tindakan bersama
dari fosforilase uridina dan uridina kinase, seperti ditunjukkan:
urasil fosfat + ribosa-1-<-> uridina + P i
uridina + ATP -> ADP + UMP
 . Deoxyuridine juga merupakan substrat untuk fosforilase uridina. Pembentukan dTMP,
dengan menyelamatkan dari dTMP membutuhkan fosforilase timin dan sebelumnya dihadapi
kinase timidin:
timin <+ deoksiribosa-1-fosfat -> timidin + P i
timidin + ATP -> ADP + dTMP
Sisa barang dari deoxycytidine ini dikatalisis oleh kinase deoxycytidine:
deoxycytidine + ATP <-> dCMP + ADP
Deoxyguanosine Deoxyadenosine dan juga substrat untuk kinase deoxycytidine, meskipun m
K untuk substrat ini jauh lebih tinggi daripada deoxycytidine.
Fungsi utama dari kinase pirimidin nukleosida adalah untuk menjaga keseimbangan selular
antara tingkat pirimidin nukleosida dan monophosphates pirimidin nukleosida. Namun,
karena keseluruhan selular dan konsentrasi plasma dari pirimidin nukleosida, serta mereka
yang ribosa-1-fosfat, rendah, sisa barang dari pirimidin oleh kinase ini relatif tidak efisien.

2.4.7.2 Uraian enzim yang berperan

2.4.7.2.1 Xanthin oxidase

‒        Pengertian
Xantin oksidase (XO, kadang-kadang 'XAO') adalah bentuk xanthine oksidoreduktase, jenis
enzim yang menghasilkan spesies oksigen reaktif. Enzim ini mengkatalisis oksidasi
hipoksantin untuk xantin dan selanjutnya dapat mengkatalisis oksidasi xanthine untuk asam
urat. Enzim ini berperan penting dalam katabolisme purin dalam beberapa spesies, termasuk
manusia.

Xantin oksidase didefinisikan sebagai aktivitas enzim (EC 1.17.3.2). Protein yang sama, yang
pada manusia memiliki HGNC disetujui gen simbol XDH, juga dapat memiliki aktivitas
xanthine dehidrogenase (EC 1.17.1.4). Sebagian besar protein dalam hati ada dalam bentuk
dengan aktivitas xanthine dehidrogenase, tetapi dapat dikonversi ke xantin oksidase oleh
sulfhidril oksidasi reversibel atau dengan modifikasi proteolitik ireversibel
‒        Reaksi
Karena XO adalah enzim superoxide-memproduksi, dengan spesifisitas yang rendah umum,
dapat dikombinasikan dengan senyawa lain dan enzim dan menciptakan oksidan reaktif, serta
oksidasi substrat lainnya.
Bovine xantin oksidase (dari susu) awalnya diperkirakan memiliki situs mengikat untuk
mengurangi sitokrom c dengan, tetapi telah menemukan bahwa mekanisme untuk
mengurangi protein ini adalah melalui XO ini anion superoksida sampingan, dengan
penghambatan kompetitif dengan anhydrase karbonat.
Reaksi lain dikatalisasi oleh xantin oksidase adalah dekomposisi S-nitrosothiol (Rsno),
 spesies nitrogen reaktif, untuk oksida nitrat (NO), yang bereaksi dengan anion superoksida
untuk membentuk peroxynitrite dalam kondisi aerobik.
XO juga telah ditemukan untuk menghasilkan satu-elektron oksidan karbonat anion radikal
yang kuat dari oksidasi dengan asetaldehida di hadapan katalase dan bikarbonat. Disarankan
bahwa radikal karbonat kemungkinan diproduksi di salah satu pusat redoks enzim de

BAB IV

KESIMPULAN

1.      Asam amino glutamin, glisin, dan aspartat memberikan semua atom nitrogen dari purin. Dua
langkah cincin-penutupan membentuk inti purin.
2.      Pyrimidine disintesis dari karbamoil fosfat dan aspartat, dan ribosa 5- fosfat kemudian
melekat menghasilkan ribonucleotides pirimidin.
3.      Monophosphates Nucleoside dikonversi ke trifosfat mereka dengan enzimatik
phosphorylationreactions. Ribonucleotides dikonversi ke deoksiribonukleotida oleh reduktase
ribonucleotide, enzim dengan novel mekanistik dan peraturan karakteristik. Nukleotida timin
yang berasal dari dCDP dan dump.
4.      Asam urat dan urea adalah produk akhir purin dan degradasi pirimidin.
5.      purin dapat diselamatkan dan dibangun kembali menjadi nukleotida. Kekurangan genetik di
enzim penyelamatan tertentu menyebabkan gangguan serius seperti sindrom Lesch-Nyhan
dan Defisiensi ADA.
6.      Akumulasi kristal asam urat pada sendi, mungkin disebabkan oleh genetik lain ekurangan,
menghasilkan asam urat.
7.      Enzim dari nukleotida jalur biosintesis adalah target untuk berbagai agen kemoterapi
digunakan untuk mengobati kanker dan penyakit lainnya.