Metabolisme didefinisikan sebagai semua reaksi kimia yang terjadi dalam sel.

Sedangkan metabolisme mikroba meliputi semua reaksi biokimia yang terjadi dalam sel
mikroba yang berperan penting dalam regenerasi energi dan metabolit. Proses metabolisme
membutuhkan enzim dan ATP. Enzim berperan sebagai biokatalisator dihasilkan oleh sel
bakteri. Fungsi enzim yaitu untuk mempercepat reaksi kimia tanpa mengubah jalur reaksi.
Salah satu ciri dari enzim yaitu jumlah tetap sebelum dan setelah reaksi berlangsung.
Mikroorganisme anaerob dibagi menjadi dua kelompok yaitu kelompok anaerob obligat
dan kelompok anerob fakultatif. Kelompok anaerob fakultatif merupakan organisme yang
dapat menggunakan oksigen sebagai akseptor elektron atau sebagai penggantinya dapat
diambil oksigen dari garam-garam seperti NaNO 3, Na2SO4 atau karbonat, contohnya yaitu
Escherichia coli, Streptococcus, Alcaligenes, Lactobacillus, dan Aerobacter aerogenes.
Sedangkan kelompok anaerob obligat adalah organisme yang tidak membutuhkan oksigen
bebas bahkan jika kontak dengan oksigen akan mengakibatkan penghambatan atau
mematikan organisme tersebut, seperti Clostridium tetani dan Clostridium botulinum.
Mikroba anaerob obligat tidak dapat bertahan hidup jika kontak langsung dengan
oksigen minimal selama 10 menit. Ketidaktahanan mikroba anaerob obligat terhadap oksigen
disebabkan tidak adanya enzim superoksida dismutase
dan katalase, yang akan mengubah superoksida yang terbentuk dalam sel mereka karena
adanya oksigen. Mikroba anaerob obligat yang sensitif terhadap oksigen memperoleh energi
dan melakukan metabolisme dengan menggunakan beberapa alternatif akseptor elektron
untuk respirasi seluler seperti sulfat , nitrat , besi , mangan , merkuri , dan karbon monoksida.
Ada beberapa hipotesis mengenai anaerob obligat yang sensitif terhadap oksigen:
1. Oksigen terlarut akan meningkatkan potensial redoks dari larutan. Potensial redoks
tinggi menghambat pertumbuhan beberapa bakteri anaerob obligat Sebagai contoh,
methanogen tumbuh pada potensial redoks lebih rendah dari -0,3 V.
2. Sulfida merupakan komponen penting dari beberapa enzim. Molekul oksigen
mengoksidasi sulfida untuk membentuk disulfida, sehingga menonaktifkan enzim
tertentu. Mikrooorganisme ini tidak dapat tumbuh tanpa enzim yang dinonaktifkan
tersebut.
3. Terhambatnya pertumbuhan mikroba anaerob obligat akibat kurangnya keseimbangan
dalam biosintesis, karena elektron yang akan digunakan untuk biosintesa habis untuk
mengurangi oksigen.