Diterjemahkan dari bahasa Inggris ke bahasa Indonesia - www.onlinedoctranslator.

com

250 PA RTIII | Imunitas Adaptif: Reseptor Antigen dan MHC

GAMBAR 7-17Produksi dan identifikasi klon cDNA yang

TH-klon sel sel B
mengkodekan gen reseptor sel-T.Bagan alir menguraikan prosedur
yang digunakan oleh SM Hedrick, MM Davis, dan rekan untuk
memperoleh32Klon cDNA berlabel P yang sesuai dengan mRNA
spesifik sel-T. Hibridisasi subtraktif DNA digunakan untuk mengisolasi
fragmen cDNA spesifik sel-T yang dikloning dan diberi label 32P. Klon
cDNA berlabel digunakan untuk menyelidiki Southern blot DNA yang
mRNA mRNA diisolasi dari hati embrionik (gen TCR harus dalam konfigurasi germ-
line), dari limfoma sel-B (gen TCR juga harus dalam konfigurasi germ-
line) , dan dari panel klon sel-T. (Gen TCR harus diatur secara berbeda
97% gratis 3% masuk

sitoplasma terikat membran di setiap klon.) Klon mereka, TM86, mengkodekan gen yang disusun
poliribosom poliribosom ulang secara berbeda di setiap klon sel-T yang dianalisis.
Perbandingan urutannya dengan urutan protein TCR yang diisolasi
32P Balik
oleh Kappler dan Marrack mengungkapkan TM86 untuk menyandikan
transkriptase
rantai TCR. cDNA TM90 mengidentifikasi gen untuk molekul membran
sel T lain yang tidak mengalami penataan ulang
[32P] cDNA ment.[Berdasarkan SM Hedrick et al., 1984, Isolasi klon cDNA yang
mengkode protein terkait membran spesifik sel T,Alam308:149.]

Mengawinkan silang

masing telah mengisolasi gen untuk tikus dan

bentuk manusia dari gen TCR.

Terpisah
hidroksiapatit
kolom
B

Hibrida dengan cDNA cDNA

sel

umum untuk sel T spesifik

Limfoma

abcdef
dan sel B ke sel T
Klon sel-T

Membuang 10 berbeda
klon cDNA

Gunakan sebagai Probe dengan cDNA TM86

probe di noda Selatan

DNA genom

Probe dengan cDNA TM90

bahwa probe cDNA TM86 berikatan dengan DNA yang disusun ulang
secara khusus hanya dalam sel T dan dengan demikian kemungkinan
besar mengkode gen untuk protein TCR. Dengan cara ini gen TCR
tikus pertama diisolasi.
Perbandingan urutan DNA klon manusia Mak dengan
urutan asam amino dari hibridoma manusia menegaskan
bahwa Davis dan Hedrick et al., dan Mak et al., masing-
Pencarian untuk Gen -Chain Membawa ke
- Rantai Gen Sebaliknya

Fokus sekarang beralih ke pencarian rantai TCR. Tapi di sini,

imunologi mengambil salah satu liku-likunya yang aneh dan
menakjubkan.
Laboratorium Tonegawa, kali ini dengan menggunakan pendekatan
hibridisasi subtraktif yang dipelopori oleh Hedrick dan Davis, berhasil
mengkloning gen yang pada awalnya tampak memiliki semua keunggulan
gen rantai TCR. Itu diekspresikan dalam sel T, tetapi tidak dalam sel B; itu
disusun ulang dalam klon sel T; dan pada pengurutan, terungkap daerah
yang sesuai dengan peptida sinyal, dua domain keluarga Ig, daerah
transmembran, dan peptida sitoplasma pendek. Selanjutnya, berat molekul
yang diprediksi dari rantai yang disandikan tampaknya sangat dekat
dengan protein -rantai. Laboratorium Tonegawa awalnya menyarankan
bahwa "sementara bukti langsung belum diproduksi, sangat mungkin kode
pHDS4/203 untuk subunit reseptor sel T."

Namun, analisis biokimia dari TCR dan protein rantai oleh

laboratorium lain telah dengan jelas menunjukkan bahwa rantai
heterodimer TCR dan rantai itu mengalami glikosilasi. Pencarian untuk
sekuens potensial yang sesuai dengan tempat perlekatan karbohidrat
pada sekuen rantai putatif Tonegawa gagal. Oleh karena itu,
tampaknya laboratorium gen yang diisolasi oleh Tonegawa bukanlah
gen tersebut
rantai, tapi sesuatu yang sangat mirip. Pekerjaan lebih lanjut menunjukkan bahwa
mereka telah menemukan gen yang mengkodekan reseptor yang sampai sekarang
tidak diketahui yang mengandung daerah variabel dan konstan dan digabungkan
kembali hanya dalam sel T. Mereka menamai gen ini (dan rantai reseptor yang
disandikannya).
Davis dan rekannya selanjutnya mengisolasi sekuens genomik yang
diekspresikan dalam sel T dan bukan sel B yang menyandikan protein dengan
empat situs glikosilasi terkait-N yang potensial, dan berat molekul yang
konsisten dengan rantai TCR. Dengan
 Organisasi dan Ekspresi Gen Reseptor Limfosit | BAB 7 251

Tikus TCR α-rantai dan δ-rantai DNA

LVα1 LVα2 LVαN LVδ1 LVδN Dδ1Dδ2 Jδ1 Jδ2 Cδ LVδ5 Jα1 Jα2 Jα3 J αN Cα
5'

3'

Tikus TCR β -rantai DNA

LVβ1 LVβ2 LVβN Dβ 1 Jβ1.1-Jβ1.7 Cβ 1 Dβ 2 Jβ2.1-Jβ2.7 Cβ 2 LVβ14

5'
ψ ψ
3'

DNA rantai γ TCR tikus

LV 5γ LVγ2 LVγ4 LVγ3 Jγ1 Cγ1 L Jγ3 Cγ3 Cγ2 Jγ2 L L Jγ4 Cγ4
5'
ψ ψ
3'
Vγ1.3 Vγ1.2 Vγ1.1
= Penambah

ψ =pseudogen

GAMBAR 7-18Organisasi germ-line dari mouse TCR
-, -, dan - rantai segmen gen.Setiap segmen gen C terdiri
dari serangkaian ekson dan intron, yang tidak diperlihatkan.
Organisasi segmen gen TCR pada manusia serupa. Perkiraan
jumlah segmen gen ditunjukkan pada Tabel 7-7.[Diadaptasi
-, dari D. Raulet, 1989, Struktur, fungsi, dan genetika molekuler reseptor sel
T gamma/delta,Tinjauan Tahunan Imunologi7:175; dan MM Davis, 1990,
keragaman dan seleksi gen reseptor sel T,Tinjauan Tahunan Biokimia59:
475.]

Gen Manusia Mouse

gen untuk dan rantai TCR sepenuhnya dicirikan, mereka yang

mencoba memahami genetika TCR dibiarkan dengan rantai 14 14
serangkaian pertanyaan menarik. Apakah diekspresikan rantai rantai 7 6
oleh sel T yang sama yang diekspresikan resep-
untuk? Apakah rantai yang ditemukan Tonegawa juga ada sebagai rantai 7 13
heterodimer? Jika ya, apa pasangannya, dan siapa yang pertama rantai 14 14
kali menemukannya?
Setelah 3 tahun mencari, Chien dan rekannya, yang bekerja
di lab Davis, mendeskripsikan gen TCR keempat yang mereka
beri nama . Menariknya, gen rantai V ditemukan berada di hilir
gen V yang dijelaskan sebelumnya dan hanya 5- ke daerah
pengkode JC. Penataan ulang lokus ini ditemukan terjadi
sangat awal dalam diferensiasi timus, dan ekspresi RNA
rantai--paralel dengan ekspresi rantai pada subpopulasi timus,
yang terjadi pada sel T yang sama. Yang paling mencolok
tentang lokasi adalah pengamatangen
bahwa, jika sel T mengatur ulang rantai,
gen intervensi akan hilang (Gambar 7-18). Studi tentang sel
T yang mengekspresikan reseptor ini menunjukkan hal itu
, - bantalan sel T mewakili subset sel T yang sama sekali baru

Lokasi kromosom gen TCR

TABEL 7- 6
pada manusia dan tikus
dengan repertoar antigen yang berbeda dari sel T dan
distribusi anatomi yang berbeda dalam sistem limfoid
di inang.

Gen TCR Menjalani Proses Penataan Ulang

Sangat Mirip dengan Gen Ig
Tabel 7-6 memperlihatkan lokasi kromosom gen reseptor TCR
pada mencit dan manusia, dan Gambar 7-18 memperlihatkan
susunan gen TCR pada genom mencit. Empat lokus TCR
diatur dalam germ line dengan cara yang sangat mirip dengan
organisasi multigen lokus Ig, ditunjukkan pada Gambar 7-4,
dan seperti dalam kasus gen Ig, gen TCR fungsional
dihasilkan oleh penataan ulang V dan Segmen J dalam
keluarga - dan -rantai dan antara segmen V, D, dan J dalam
gen - dan -rantai.
Perkiraan jumlah segmen V, D, dan J yang berbeda pada masing-
masing keluarga gen TCR mencit dan manusia ditunjukkan pada
Tabel 7-7. Menariknya, beberapa segmen dangenV
V telah terbukti digunakan pada keduanya Dan Rantai TCR,
yang selanjutnya menambah keragaman repertoar TCR.

Penataan ulang gen wilayah variabel TCR mengikuti garis

besar umum yang sama dengan gen Ig. Namun satu titik
kontras adalah bahwa, sementara rantai ringan Ig
menggabungkan beberapa nukleotida N karena regulasi
perkembangan ekspresi enzim TdT dalam sel B pada saat
penataan ulang rantai ringan, nukleotida N terlihat pada
frekuensi yang sama di semua dari rantai TCR.
Gen variabel - dan -rantai, seperti gen rantai ringan Ig,
dihasilkan dari satu segmen V dan satu segmen J. TCR
dan gen daerah variabel rantai dirakit dari V,
 252 PA RTIII | Imunitas Adaptif: Reseptor Antigen dan MHC

TABEL 7- 7 Segmen gen TCR pada manusia dan tikus

Manusia Mouse

V 40–42 fungsional; 6 ORF; 12–13 pseudogen 21 fungsional; 1 ORF; 12 pseudogen

D 2 fungsional 2 fungsional

J 6 J 1; 7 J 2 5 J 1 fungsional; 2 J 1 ORF

6 J 2 fungsional; 1 J 2 pseudogen
V 43; beberapa digunakan dalam hubungannya dengan atau daerah konstan 71 fungsional; 2 ORF; 14 pseudogen

J 50 fungsional; 8 ORF; 3 pseudogen 39 fungsional; 12 ORF; 10 pseudogen

V 3* 15 fungsional; 1 pseudogen

D 3 2
J 4 2
V 4–6 fungsional; 3 ORF; 5 pseudogen 7 fungsional
J 5 4

* Segmen gen tambahan (5 untuk manusia dan 9 untuk tikus) telah ditemukan dapat diasosiasikan dengan segmen hilir atau gen.
Gen germ-line dianggap fungsional jika daerah pengkode memiliki ORF tanpa kodon stop dan, jika tidak ada cacat yang dijelaskan di situs penyambungan, RSS
dan/atau elemen pengatur.
Entitas germ-line dianggap sebagai ORF jika wilayah pengkodean memiliki kerangka baca terbuka tetapi perubahan telah dijelaskan di situs penyambungan, RSS, dan/atau
elemen pengatur, dan/atau perubahan asam amino yang dilestarikan telah disarankan oleh penulis mengarah ke pelipatan yang salah dan/atau entitas adalah yatim piatu.
Entitas germ-line dianggap sebagai pseudogen jika wilayah pengkodean memiliki kodon stop dan/atau mutasi pergeseran bingkai. Dalam kasus segmen gen V,
mutasi ini dapat berupa urutan pengkodean gen V, atau urutan pemimpin.
SUMBER:Nomor dan definisi gen dirangkum dari situs Web Sistem Informasi Imunogenetik Internasional: http://imgt.org. Diakses 16 November 2011.

Segmen D, dan J, seperti rantai berat Ig. Berbeda dengan
gen Ig, bagaimanapun, keluarga TCR tidak memiliki
kumpulan daerah C yang beragam secara fungsional. Ada
satu gen wilayah konstan untuk masing-masing keluarga
gen dan, dan meskipun ada lebih dari satu gen yang
menyandikan masing-masing wilayah C dan C, mereka
sangat homolog dan tampaknya tidak berbeda fungsinya.
Hewan-hewan yang kekurangan RAG1/2 atau enzim lain
yang mempengaruhi rekombinasi gen Ig, seperti Artemis atau
TdT, sama-sama kekurangan dalam pembentukan BCR dan
TCR mereka, sehingga dianggap bahwa ciri-ciri penting dari
proses penataan ulang adalah serupa. dalam sel B dan T
(Kotak Fokus Klinis 7-3). Urutan sinyal rekombinasi heptamer-
nonamer ditemukan di 3-termini dari urutan V, 5-dan 3-termini
dari urutan D, dan 5-termini dari urutan J, sama seperti untuk
segmen gen wilayah variabel Ig .
Ingatlah bahwa aturan 12-23 menetapkan bahwa rekombinasi
hanya dapat terjadi antara segmen gen yang berdekatan dalam
satu kasus dengan RSS yang berisi spacer bp 12 (satu putaran)
dan yang lain dengan RSS yang berisi spacer 23 (dua putaran) bp
( lihat Gambar 7-5). Dengan aturan ini, rekombinasi antara V H
dan JHsegmen gen imunoglobulin tidak diizinkan, dan karenanya
semua wilayah V rantai berat yang ditata ulang dengan benar
harus memiliki ketiga segmen yang terwakili.
Sebaliknya, wilayah D dari TCR
gen dibatasi di satu sisi oleh spacer 12-bp dan di sisi lain
oleh spacer 23-bp (Gambar 7-19). Dengan aturan 12-23,
Segmen V dan J dari keluarga gen dan secara teoritis dapat
bergabung kembali secara langsung, tanpa intervensi
segmen D. Selain itu, aturan juga akan memungkinkan
rekombinasi segmen DD. Apakah rekombinasi yang tidak
biasa ini terjadi secara in vivo?
Dalam kasus gen -rantai, jawabannya tampaknya tidak.
Bukti yang diperoleh dari pengurutan fragmen cDNA yang
mengandung urutan V, D, dan J yang diketahui dengan
tepat telah menunjukkan bahwa gen rantai-TCR yang
berfungsi selalu mengandung masing-masing satu
segmen V, D, dan J. Namun, situasinya tidak sesederhana
gen rantai TCR.
Para ilmuwan mencatat bahwa banyak gen TCR V jauh lebih
panjang daripada gen TCR V; lebih jauh lagi, peningkatan
panjang urutan tampaknya terutama terjadi pada bagian-bagian
gen yang mengkode residu CDR3 yang membuat kontak antigen.
Analisis selanjutnya menunjukkan bahwa banyak gen TCR V
telah memasukkan bukan hanya satu tetapi dua segmen wilayah-
D, dan segmen tambahan ini terutama bertanggung jawab atas
peningkatan panjang gen yang teramati. Pada beberapa gen V,
panjang lebih lanjut ditambahkan ke gen rantai TCR dengan
penambahan nukleotida N pada sendi DD.
Berbeda dengan tingkat keanekaragaman yang dramatis
yang difasilitasi oleh penggabungan nukleotida N di semua
rantai TCR, TCR tampaknya tidak mengalami hipermutasi
Dan rantai somatik setelah kontak antigen pada tingkat yang berarti.
Tabel 7-8 membandingkan mekanisme pembangkitan
dan ekspresi keragaman dalam molekul BCR versus TCR.
 Organisasi dan Ekspresi Gen Reseptor Limfosit | BAB 7 253

Keluarga gen segmen wilayah V segmen wilayah D segmen wilayah J

5' 5' 5'

α
3' 3' 3'

5' 5' 5'

β 3' 3' 3'

5' 5' 5'

γ 3' 3' 3'

5' 5' 5'

δ 3' 3' 3'

GAMBAR 7-19Lokasi spacer RSS 12-bp dan 23-bp pada gen TCR.Perhatikan bahwa spacer di kedua sisi segmen gen D
dan D berbeda, memungkinkan terjadinya rekombinasi gen yang mengandung dua salinan D . Duplikasi segmen D belum
diamati secara in vivo.

Meskipun sel B dan T menggunakan mekanisme yang sangat

Ekspresi TCR Dikendalikan oleh Pengecualian Allelic mirip untuk penataan ulang gen wilayah variabel, penataan ulang
Eksklusi alelik terjadi di antara gen TCR hampir sama efisiennya lengkap gen Ig tidak terjadi pada sel T dan penataan ulang lengkap
dengan di antara gen BCR, dengan satu pengecualian: beberapa fraksi gen TCR tidak terjadi pada sel B. Tidak hanya
sel T mengandung lebih dari satu rantai TCR. Namun, tidak mungkin,
meskipun bukan tidak mungkin, sel T yang mengandung dua rantai
akan mampu mengenali lebih dari satu antigen, mengingat kerumitan
pengenalan antigen sel-T. Di Bab 8, kami menjelaskan bagaimana sel T
mengenali antigen yang terbuat dari peptida asing yang disajikan ke
sistem kekebalan dalam alur khusus
diMajorHistokompatibilitasCkompleks (MHC) antigen. Seperti yang akan
kita pelajari di Bab 9, TCR diuji dua kali di dalam timus untuk
menentukan fungsinya sebelum sel T dilepaskan ke perifer. Pertama,
sel T diuji untuk memastikan bahwa rantai dan dapat berpasangan
menjadi TCR yang berfungsi yang mampu mengenali antigen MHC
mandiri yang mengandung peptida mandiri dengan afinitas rendah
hingga sedang (seleksi positif). Ini diperlukan karena sel T harus
memiliki kapasitas minimal untuk mengenali MHC sendiri jika ingin
dapat berikatan dengan peptida yang disajikan pada permukaan antigen
MHC. Kemudian, sel T yang mengandung reseptor yang mengenali
peptida sendiri yang berasosiasi dengan antigen MHC pada afinitas
tinggi dihilangkan untuk menghilangkan pembentukan reseptor
autoreaktif (seleksi negatif). Kemungkinan satu rantai TCR dapat
berpasangan dengan lebih dari satu rantai TCR dan memenuhi semua
kriteria ketat ini sangat kecil. Kehadiran bahkan satu TCR yang mampu
mengikat antigen sendiri pada afinitas tinggi akan mengakibatkan
eliminasi sel, terlepas dari spesifisitas reseptor yang dibentuk
menggunakan rantai alternatif.
adalah sistem enzim rekombinase yang diatur secara berbeda di setiap
garis keturunan limfosit, tetapi kromatin secara unik dikonfigurasi
ulang dalam sel B dan sel T untuk memungkinkan akses rekombinase
hanya ke gen reseptor antigen spesifik yang sesuai.

Ekspresi Gen TCR Diatur Secara Ketat

Seperti pada lokus Ig, ekspresi gen TCR memerlukan penggunaan
promotor dan enhancer transkripsi yang terkoordinasi yang
berfungsi pada tahap spesifik dalam perkembangan sel-T untuk
membuat kromatin reseptor terbuka dan dapat diakses untuk
rekombinasi (lihat Bab 9). Sel T mulai mengatur ulang gen TCR
pada tahap sel pro-T. Lokus TCR tikus (lihat Gambar 7-18) terdiri
dari kira-kira 40 gen V yang terletak di hulu dari 2 kluster DJ yang
berbeda. Tepat di hulu dari masing-masing dua gen D adalah
daerah promotor (PD 1 dan PD 2). Promotor ini membutuhkan
aktivitas penambah tunggal, E , yang terletak di ujung lokus ke-3.
Aktivasi penambah berfungsi untuk memfasilitasi pembukaan
kromatin di seluruh lokus DJ, dan aktivasi masing-masing dari dua
promotor PD melokalisasi penataan ulang ke wilayah DJ mereka
sendiri.

Beberapa protein pengikat penambah TCR telah

diidentifikasi dan, seperti untuk gen Ig sel-B, beberapa di
antaranya dibagi di antara sel-sel dari berbagai jenis. Di
antara protein spesifik sel-T adalah GATA-3, yang berikatan
secara spesifik urutan ke elemen penambah keempat gen
TCR. Ekspresi spesifik jaringan dan tahap dari protein
penambah pengikat di lokus TCR membantu memfasilitasi
aksesibilitas lokus yang pada gilirannya memungkinkan
proses kompleks rekombinasi dan transkripsi gen TCR dan,
akhirnya, ekspresi permukaan sel dari protein TCR.
 254 PA RTIII | Imunitas Adaptif: Reseptor Antigen dan MHC

Perbandingan mekanisme generasi dan ekspresi keragaman antara

TABLE 7-8
molekul reseptor sel-B dan sel-T
Mekanisme Digunakan dalam sel B Digunakan dalam sel T Komentar

Beberapa gen V(D)J Ya Ya germ-line Lokus V tikus telah mengalami

kontraksi yang parah, dan, oleh
karena itu, hanya 5% rantai
ringan tikus yang bertipe seperti
itu.

Keanekaragaman wilayah J lebih

tinggi pada gen rantai TCR

daripada gen TCR atau Ig lainnya

Penggunaan segmen “rantai ringan”. - dan wilayah variabel yang dan daerah variabel
dikodekan oleh segmen V dikodekan oleh segmen V
dan J dan J

Penggunaan segmen “rantai berat”. VHdaerah yang dikodekan oleh dan daerah variabel
segmen V, D dan J dikodekan oleh segmen V, D
dan J

Ketergantungan mutlak pada Ya Ya

ekspresi RAG1/2

Keanekaragaman sambungan: P Ya Ya Lebih sedikit nukleotida N yang

nukleotida dan penambahan N- ditemukan dalam rantai ringan

nukleotida Ig karena regulasi
perkembangan TdT

Beberapa wilayah D per rantai Tidak dalam rantai berat Ig Hadir di TCR , tetapi bukan TCR Kehadiran dua segmen D
yang digabungkan kembali rantai memungkinkan situs tambahan

untuk penambahan N
nukleotida.

Pengecualian alelik dari Mutlak Pengecualian alelik dari

ekspresi gen reseptor gen TCR tidak mutlak.
Pada aktivasi, mengeluarkan produk Ya TCR tidak ditemukan dalam bentuk yang

dengan tempat pengikatan yang sama disekresikan.

dengan reseptor

Sifat daerah konstan Ya; wilayah konstan produk Tidak ada produk yang disekresikan.
menentukan fungsi antibodi yang disekresikan Wilayah konstan reseptor membran
menentukan fungsinya. jangkar reseptor dalam membran dan

Wilayah konstan jangkar menghubungkan

reseptor membran dengan kompleks

reseptor di membran dan transduksi sinyal.

terhubung dengan kompleks

transduksi sinyal
Gen reseptor menjalani Ya TIDAK

hipermutasi somatik
setelah stimulasi antigen