Oleh sebab itu, organisme terbanyak di estuaria adalah para pemakan detritus, yang
sesungguhnya bukan menguraikan bahan organik menjadi unsur hara, melainkan kebanyakan
mencerna bakteri dan jasad renik lain yang tercampur bersama detritus itu. Pada gilirannya,
para pemakan detritus berupa cacing, siput dan aneka kerang akan dimakan oleh udang dan
ikan, yang selanjutnya akan menjadi mangsa tingkat trofik di atasnya seperti ikan-ikan
pemangsa dan burung.
Melihat banyaknya jenis hewan yang sifatnya hidup sementara di estuaria, bisa
disimpulkan bahwa rantai makanan dan rantai energi di estuaria cenderung bersifat terbuka.
Dengan pangkal pemasukan dari serpih-serpih bahan organik yang terutama berasal dari
daratan (sungai, rawa asin, hutan bakau), dan banyak yang berakhir pada ikan-ikan atau
burung yang kemudian membawa pergi energi keluar dari sistem
a) Merupakan sumber zat hara dan bahan organik bagi bagian estuari yang jauh dari garis
pantai maupun yang berdekatan denganya lewat sirkulasi pasang surut (tidal circulation).
b) Menyediakan habitat bagi sejumlah spesies ikan yang ekonomis penting sebagai tempat
berlindung dan tempat mencari makan (feeding ground).
c) Memenuhi kebutuhan bermacam spesies ikan dan udang yang hidup dilepas pantai, tetapi
bermigrasi keperairan dangkal dan berlindung untuk memproduksi dan/atau sebagai tempat
tumbuh besar (nursery ground) anak mereka.
d) Sebagai potensi produksi makanan laut di estuaria yang sedikit banyak didiamkan dalam
keadaan alami. Kijing yang bernilai komersial (Rangia euneata) memproduksi 2900 kg
daging per ha dan 13.900 kg cangkang per ha pada perairan tertentu di texas.
Pemanfaatan estuaria
Secara umum estuaria dimanfaatkan oleh manusia sebagai berikut :
• Sebagai tempat pemukiman.
• Sebagai tempat penangkapan dan budidaya sumberdaya ikan.
• Sebagai jalur transportasi.
• Sebagai pelabuhan dan kawasan industri.
Permasalahan
di kawasan estuaria dapat dikelompokkan menjadi dua yaitu (1) permasalahan yang berasal
dari kawasan itu sendiri sebagai akibat dari pemakiaan ruang dan sumberdaya, dan (2)
persoalan yang berasal dari kegiatan di luar wilayah estuaria tetapi mempunyai akibat atau
dampak terhadap proses dan sistem wilayah estuaria. Oleh karena itu pengkajian dan
peneyelaesaiaan daerah pesisir harus senantiasa dilakukan dengan memadukan kedua
kelompok persoalan ini. Permasalahn internal kawasan estuaria sebagai akibat penggunaaan
langsung lingkungan dan sumberdaya estuaria meliputi: pengurangan sumbedaya serta
kehilangan dan pengrusakan lingkungan yang mengarah pada kompetisi ruang (lahan dan air)
serta konflik anta pemakainya (Pernetta dan Elder, 1993). Sedangkan permasalahn yang
berasal dari luar yang mempengaruhi lingkungan dan sumberdaya estuaria meliputi
perubahan terhadap : jumlah air tawar di daerah estuaria, jumlah endapan (sedimen)
alam, keseimbangan nutrien (pencemaran) dan degradasi habitat.
Dimana Penataan ruang Ekosistem Estuari dapat dilakukan pada 4 kawasan yaitu :
kawasan pemanfaatan umum, kawasan konservasi, alur laut dan kawasan strategis nasional
tertentu. Kawasan strategis nasional tertentu dapat didefinisikan sebagai kawasan yang
ditetapkan secara nasional mempunyai nilai strategis. Kawasan strategis nasional tertentu
dikembangkan dalam rangka meningkatkan kesejahteraan masyarakat, mempercepat
pertumbuhan ekonomi kawasan, meningkatkan upaya pertahanan negara, memperkuat
integrasi nasional dan melestarikan fungsi lingkungan hidup.