MAKALAH

BIOTEKNOLOGI MIKROBA

Disusun Guna Memenuhi Tugas

Mata Kuliah : Bioteknologi
Dosen Pengampu : Ulya Fawaida, M.Pd.

Disusun Oleh :

KELOMPOK 3

1. Nurul Istiani (2110710029)

2. Triana (2110710032)
3. M. Rahullah Reza Syah P. (2110710038)
4. Habba Amalia Khusna (2110710041)
5. Fidia Aulia Nafis (2110710048)

B5PAR

PROGRAM STUDI TADRIS ILMU PENGETAHUAN ALAM

FAKULTAS TARBIYAH
INSTITUT AGAMA ISLAM NEGERI KUDUS
2023

i
 DAFTAR ISI

DAFTAR ISI............................................................................................................ii
BAB I.......................................................................................................................1
PENDAHULUAN...................................................................................................1
1.2 Rumusan Masalah..........................................................................................2
1.3 Tujuan.............................................................................................................2
BAB II......................................................................................................................3
PEMBAHASAN......................................................................................................3
2.1 Struktur dan Genom Mikroba....................................................................3
2.2 Sifat- Sifat Mikroba dalam Aplikasi Bioteknologi..................................12
BAB III..................................................................................................................21
PENUTUP..............................................................................................................21
3.1 Kesimpulan...................................................................................................21
3.2 Saran.............................................................................................................21
DAFTAR PUSTAKA............................................................................................22

ii
 BAB I

PENDAHULUAN
1.1 Latar Belakang

Peningkatan kualitas hidup masyarakat dan nilai-nilai budaya dengan

sendirinya memerlukan peningkatan kualitas kebutuhannya, sedangkan
peningkatan populasi manusia akan meningkatkan jumlah kebutuhan tersebut.
Untuk memenuhi kebutuhan manusia tersebut, telah berkembang kemajuan
teknologi baru yang memberikan manusia kemampuan untuk menjadi arsitek
kehidupan, khususnya bioteknologi. Bioteknologi berasal dari kata “bio” dan
“teknologi” yang dapat dipahami sebagai pemanfaatan organisme atau sistem
hidup untuk memecahkan masalah atau menciptakan produk yang bermanfaat.

Selama 20 tahun terakhir, bioteknologi telah berkembang sangat pesat.

Di beberapa negara maju, bioteknologi mendapat perhatian khusus dan
dikembangkan dengan kuat dengan harapan dapat memberikan solusi untuk
mengatasi berbagai permasalahan yang dihadapi masyarakat saat ini, saat ini
dan di masa depan yang menghadapi permasalahan pangan, kesehatan, dan
kebutuhan penelitian, yang kesemuanya bertujuan untuk meningkatkan
kualitas hidup. kebahagiaan hidup manusia.1

Bioteknologi telah mengalami perkembangan yang luar biasa dan

semakin banyak digunakan dalam kehidupan kita. Kemajuan tersebut terutama
didukung oleh perkembangan yang sangat pesat di bidang biologi molekuler
dan teknologi rekayasa genetika. Kami telah menerapkan manfaat bioteknologi
pertanian dalam kehidupan sehari-hari melalui pemuliaan benih berkualitas
tinggi dan tanaman bebas penyakit menggunakan teknik kultur jaringan dan
perakitan varietas tanaman hasil rekayasa genetika.

Bioteknologi mikroba telah menggandakan kapasitas produksi bakteri

penghasil bahan aktif sebagai bahan baku obat melalui teknik rekayasa
genetika, serta bakteri penghasil alkohol dan beberapa enzim. Selain itu, kami
1
Seprianto, (2017). Modul Bioteknologi Dasar. Universitas Esa Unggul. Jakarta.

1
 juga menggunakan biologi molekuler untuk meningkatkan kualitas kesehatan
dengan teknik vaksin, serta mendiagnosis penyakit berbahaya dan mendeteksi
dini infeksi mikroorganisme patogen.2

Dari uraian di atas dapat dijelaskan bahwa bioteknologi mikroba sangat

bermanfaat untuk dipelajari. Hal inilah yang menjadikan penulis untuk
membuat makalah tentang "Bioteknologi Mikroba".

1.2 Rumusan Masalah

Adapun rumusan masalah dalam makalah ini sebagai berikut :

1. Bagaimana Struktur dan Genom pada Mikroba ?

2. Bagaimana Sifat-sifat Mikroba dalam Aplikasi Bioteknologi ?

1.3 Tujuan
Adapun tujuan dari makalah ini sebagai berikut :

1. Mengetahui struktur dan genom mikroba dan mengetahui pengurutan

grnom mikroba.
2. Mengetahui sifat-sifat mikroba dalam aplikasi bioteknologi.

2
Tajuddin, Teuku, (2011). Pengantar bioteknologi. Universitas terbuka. Jurnal bioteknologi.

2
 BAB II

PEMBAHASAN

2.1 Struktur dan Genom Mikroba

Struktur adalah sistem yang menyusun terdiri dari beberapa organ yang
saling berkaitan dan memiliki fungsi masing –masing. Mikroba atau
mikroorganisme merupakan sebuah makhluk hidupyang ukurannya sangat
kecil. Mikroba ini ukurannya sangat kecil sehingga tidak bisa dilihat dengan
mata telanjang. Maka dari itu, perlu menggunakan alat bantu pembesar yaitu
berupa mikroskop. Mikroba memiliki ukuran yang dinyatakan dala micron
3
yaoti 0,001 mm. Mikroba termasuk golongan Protista. Protista terdiri dari
beberapa yaitu algae atau ganggang, protozoa, jamur, dan bakteri yang
bersifat uniseluler, sonositik, atau multiseluler tanpa diferensiasi jaringan.
Dan ada mikroba yang memiliki sifat non seluler yaitu berupa virus. Virus
merupakan parasite obligat yang berukuran sub-mikroskopik. Virus bukan
berbentuk sel dan berkembang biak dengan jasad hidup lain.
2.1.1 Struktur Tubuh Mikroba
A. Struktur Tubuh Bakteri
Berdasarkan struktur tubuhnya bakteri dibagi menjadi yaitu struktur
tubuh dasar dan tambahan. Struktur tubuh dalam yang terdiri antara lain
yaitu dinding sel, membrane plasma, sitoplasma, ribosom, granula, DNA.
Struktur tambahan yang meliputi antara lain yaitu kapsul, flagellum, pili.4

3
Hafsan and Hafsan Hafsan, “Mikrobiologi Umum,” 2011, 282.
4
Paramitha Amelia Kusumawardani and Rafhani Rosyidah, Buku Ajar Mata Kuliah, Umsida
Press Sidoarjo Universitas, vol. 1, 2020.

3
 Gambar 2.1.1 Struktur Bakteri
a. Kapsul
Kapsul merupakan selubung pelindung bakteri yang tersusun dari
polisakarida yang terletak diluar dinding sel. Pathogen yang mempunyai
kapsul adalah hanya sebuah banteri saja. Fungsi kapsul sendiri adalah
melindungi diri dari berbagai kekeringan dan mempertahankan diri dari
antitoksin yang dihasilkan oleh sel inang.
b. Dinding sel
Dinding sel bakteri yang terdiri dari protein yang berikatan dengan
polisakarida (peptidoglikan). Dinding sel terletak diluar membrane sel.
Dan adanya dinding sel akan membentuk banteri menjadi tetap, dan
berfungsi untuk melindungi sel bakteri terhadap lingkungannya.
Penyebab kakunya dinding sel bakteri disebabkan adanya kandungan
peptidoglikan yang tersusun oleh:
1) N-asetiglokosamin (NAG),
2) Asam N-Asetilmuramat (NAM),
3) Peptida yang terdiri dari asam amino; alanine, glutamate,
diaminopimelat, atau lisin dan alanine.

Peptidoglikan yang disebut juga mukopeptida, glikopeptida,

muropeptida, atau murein peptidoglikan. Serat-serat peptidoglikan
membentuk anyaman yang sangat kuat namun tidak padat sehingga tidak
menghalangi masuknya air, zat-zat makanan, seperti mineral, glukosa,
asam amino, bahkan molekul organic. Berdasarkan perbedaan kandungan
dari dinding sel, bakteri digolongkan manjadi dua yang merupakan
bakteri gram positif dan bakteri gram negative. Bakteri gram positif
dinding selnya tersusun peptidoglikan yang menyebabkan dinding selnya
kaku. Pada bagian luar peptidoglikan terdapat senyawa yang dosebut
asam teikhoat.5

c. Membran sel

5
Anyta Kusumaningtias and Anim Hadi Susanto, “E-Modul Direktorat Pembinaan SMA,” E-
Modul Biologi Kelas X, 2018, 1–52.

4
 Membran sel tersusun dari molekul lemak dan molekul protein
(fosfolipid). Membarn sel memiliki sifat semipermeable. Membrane sel
juga mengfandung enzim respirasi dan berfungsi sebagai pembungkus
plasma dan mengatur pertukarana mineral dari sel dank e luar sel.
d. Sitoplasma
Sitoplasma merupakan sebuah cairan yang terdapat didalam sel.
Sitoplasma tersusun atas koloid yang terkandung berbagai molekul
organic yang seperti karbohidrat, lemak, protein, dan mineral. Sitoplasma
juga berfungsi sebagai tempat berlangsungnya reaksi-reaksi metabolism.
e. Nukleoid
Nucleoid adalah terdiri dari molekul DNA yang membentuk kromosom.
Molekul DNA juga mengndung informasi genetika dari sel bakteri.
Bakteri juga mengandung DNA yang membentuk lingkaran kecil yang
dinamakn plasmid. Plasmid juga mengandung materi genetika yang tidak
penting bagi pertumbuhan sel dan bisa hilang tanpa menyebabkan sel
mati. Fibril-fibril ysng tsmpsk pada nukleotid yang merupakan DNA
yang panjang sekitar 1400 nm dan tipis 3nm, fleksibel dan sirkuler.6
f. Ribosom
Ribosom merupakan tempat biosintesis protein yang berfungsi sebagai
tempat sintesis protein. Ribosom juga terdiri dari dua unit yang tersusun
setiap unit mengandung protein dan sebuah tipe dari RNA yang
dinamkan ribosomal RNA (rRNA ). Ribosom bakteri 70S dari kira-kira
800.000 dalton, dipisahkan ke dalam subunit 30S dan 50S.
g. Granula
Granula ini memiliki fungsi yaitu sebagai tempat menyimpan cadangan
makanan karena bakteri akan menyimpan cadangan makanan yang
dibutuhkan. Granula tersebut mengandung beberapa unsur substansi
yaitu glikogen, metafosfat anorganik, asam polihidroksibutirat, belerang
yang emngandyng nitrogen yang berperan sebagai senyawa mengandung
nitrogen sebagai [eran cadangan nutrisi untuk sel yang dienal dengan
nama badan inklusi.

6
Hafsan and Hafsan, “Mikrobiologi Umum.”

5
 h. Plasmid
Plasmid merupakan sebuah molekul DNA kecil didalam sel yang secara
fisik terpisah dari DNA kromosom dan bisa bereplikasi secara
independen. Dan memiliki fungsi sebagai pembawa sifat non-esensial
bagi pertumbuha bakteri yang berperan secara langsung metabolism dan
segala kegiatan biologis dalam membantu pertumbuhan bakteri.
i. Flagella
Flagella merupakan sebuah filament yang memanjang ke arah luar sel
yang memiliki susunan oleh sub unit-unit protein yang dinamakan
flagelin. Flagel juga merupaka sebuah alat gerak bakteri sehingga bakteri
dapat bergerak dan berputar. Ukuran flagel berdiameter 12-18 nm dan
panjangnya lebih dari 20nm. Flagella juga berfungsi sebagai poros yang
mendorong sel dengan cara memutar serah atau berlawanan arah dengan
jarum jam. Berdasarkan letak dan jumlah flagel dibagi enjadi beberapa
bagian yaitu:
1) Atriks merupakan bakteri yang tidak memiliki flagel , contoh: Klebsiella
sp, Shigella sp.
2) Monotoriks merupakan bakteri yang memiliki satu flegel pada salah satu
ujung, contoh : Vibrio.
3) Lopotriks merupaka bakteri yang memiliki banyak flagella pada salah
satu ujungnya , contoh: Rhodospiriullum rubrum.
4) Amfritik merupakan bakteri yanf memiliki flagella pada kedua ujung
nya , contoh : Pseudomonas aeruginosa.
5) Peritriks merupakan bakteri yang memiliki flagel yang terletak pada
seluruh permukaan sel, contoh : Salmonella.7

7
Kusumaningtias and Susanto, “E-Modul Direktorat Pembinaan SMA.”

6
 Gambar 2.1.2 Flagella bakteri
j. Pili
Pili adalah tunggal yang memiliki apendiks mirip rambut yang lebih
pendek lebih luru dari flagella, yang berfungsi sebagai perlekatan dan
transfer DNA. Pili biasanya lebih panjang dan jumlah hanya satu atau
dua buah per sel bakteri. Beberapa pili digunakan untuk membawa
bakteri bersama-sama yang memungkinkan transfer DNA dari satu sel ke
sel alin yang mana proses dinamakan konjugasi.
B. Struktur tubuh Virus
Virus sendiri adalah racun yang dapat bereplikasi didalam sel atau
jaringan hidup yang dinamakan parasite obligat intraseluler.Virus tidak
termasuk sel aseluler karena tidak mempunyai bagian –bagian sel seperti
dinding sel, membrane sel, sitoplasma, inti sel, dan organel-organel
lainnya. Partikel virus yang lengkap disebut virion. Secatra umum, struktur
virus diwakili olek bakteriofag yang berbentuk seperti huruf T.8

Gambar 2.1.3 Struktur Virus

Struktur dari bakteriofag sendiri adalah sebagai berikut:

a. Kepala
Kepala adalah bagian dalan kepala virus yang berisi asam nukleat,
sedangkan bagian luarnya diselubungi oleh kapsid. Kepala virus
bakteriofag berbentuk polihedral dengan jenis asam nukleat DNA.
Kapsid merupakan selubung yang berupa protein dan terdiri dari satu
unit protein yang dinamakan kapsomer. Kapsid juga digunakan
sebagai pemberi bentuk bagi virus, melindungi asam nukleat yang
8
Henny Saraswati, “Modul Virologi,” no. Ibl 363 (2021): 0–15.

7
 ada didalam diri dari kerusakan , serta menyediakan protein enzim
agar mampu menembus membrane sel inangsaat melakuka infeksi.
b. Leher virus
Leher adalag tempat yang menyambungkan antara bagian kepala dan
bagian ekor yang berfungsi untuk menyangga kepala virus. Leher
juga menjadi saluran keluarnya asam nukleat menuju ekor.
c. Ekor virus
Ekor virus adalahg salah satu bagian terpenting yang akan menancap
ke pada tubuh inang. Ekor ini berbentuk seperti tabung yang
dilengkapi oleh serabut-serabut. Ekor terdiri atas serabut ekor dan
lempeng dasar. Serabut ekor sendiri memiliki fungsi yaitu
melekatkan diri pada sel inang, sedangkan lempeng dasar yang berisi
jarum penusuk berfungsi untuk menginjeksikan DNA ke dalam sel
inang.9
C. Bentuk Virus
Selain memiliki struktur , virus juga terdiri dari berbagi benntuk
yang bermacam-macam, seprti ada berbentuk batang, bulat, oval, filament,
polyhedral, dan seperti huruf T:
a. Virus berbentuk batang yang terdapat pada TMV (Tobacco Mosaic
Virus,
b. Virus berbentuk batang dengan ujung oval sperti peluru, yang seperti
Rhabdovirus,
c. Virus yang berbentuk bulat yang terdapat pada HIV(Human
Immunodeficiency VIrus) dan Orthomyxovirus,
d. Virus berbentuk filament atau sperti benang yang misalnya ada di
virus Ebola,
e. Virus berbentuk polyhedral yang meisalnya ada di Adenovirus,
f. Virus yang berbentuk sperti huruf T yang terdapat pada bakteriofag
yang menyerang bakteri Escherichia coli.10

9
Dini Kesumah, “Virus Biologi Kelas X,” Biologi, 2020, 1–46.
10
Saraswati, “Modul Virologi.”

8
 Gambar 2.1.4 Macam –macam bentuk virus
2.1.2 Genom Mikroba
Genom adalah keseluruhan informasi yang dimiliki suatu sel
terutama pada asam nukleat. Genom biasanya terdapat pada inti tetapi
pada bakteri genom ada di dalam kromosom berupa DNA selain itu
bakteri juga memiliki materi genetik di luar kromosom atau di disebut
plasmid. Plasmid mengandung gen sebagai resistensi antibiotik dan
pembentuk pili dari gen penyandi protein.
Pustaka genom merupakan sekumpulan sekuens (urutan) DNA dari
suatu organisme yang masing-masing telah diklon ke dalam vektor
tertentu untuk memudahkan pemurnian, penyimpanan, dan analisisnya.
Pada dasarnyaterdapat dua macam perpustakaan gen yang dapat
dikonstruksi, bergantung kepada sumber DNA digunakkan. Jika DNA
yang digunakkan adalah DNA genomik atau kromosom, maka
perpustakaan yang dihasilkan disebut perpustakaan genom. Sementara itu,
jika DNA yang digunakkan merupakan hasil transkipsi baik suatu populasi
Mrna seperti yang umum dijumpai pada uekariot, maka perpustakaan yang
diperoleh dinamakan perpustakaan cDNA Mikroba memiliki genom yang
lebih kecil daripada manusia, teknik yang sama untuk genom manusia
diterapkan juga pada kloning dan pengurutan genom bakteri dengan
mengilustrasikan strategi kloning mikroba “shotgun” acak yang
digunakkan untuk mengurutkan genom bakteri.
2.1.3 Alasan Mengurutkan Genom Mikroba
Suatu ilmu akan muncul melalui sebab sebab dan berbagai alasan.
Di dalam konteks genom mikroba, ada beberapa alasan kenapa harus

9
 mengurutkan genom. Karena hal ini sangat penting untuk kemajuan ilmu
pengetahuan di masa depan. Terutama dalam bidang biologi dan
kedokteran. Berikut adalah beberapa alasan kenapa genom mikroba harus
diurutkan :
1. Pemahaman biologi dasar
Biologi dasar merupakan ilmu biologi yang paling utama untuk
dipelajari sebagai batu pijakan pertama dalam belajar ilmu biologi. Di
dalamnya banyak terdapat berbagai sub bab seperti sel, genetika, evolusi
dan lain lain. Kemudian, kaitan antara biologi dasar dengan pengurutan
genom mikroba adalah para ilmuwan dapat menyusuri atau melacak dasar
dari mikroba tersebut. Sehingga hal ini akan memudahkan dalam
pengklasifikasian mikroba tersebut.
2. Mempermudah dalam pengklasifikasian
Dengan pengurutan yang tepat dan disusun sedemikian rupa,
mikroba akan lebih mudah untuk diklasifikasikan. Tidak hanya itu, ilmu
pengetahuan tentang mikroba juga akan tersusun rapi sehingga
mempermudah untuk dipelajari oleh generasi selanjutnya.
3. Identifikasi gen yang penting
Kita tidak tahu apa yang akan terjadi di masa depan. Akan tetapi
untuk mengantisipasi kejadian di masa depan kita dapat melakukan
sesuatu. Seperti contoh adalah menyimpan barang penting yang barangkali
berguna di masa depan. Sama seperti halnya identifikasi gen. Hal ini
bertujuan agar pengetahuan terus berkembang dan berguna di masa depan.
4. Pemahaman evolusi dan filogenentik
Analisis genom dapat memberikan informasi tentang sejarah
evolusi mikroba, hubungan kekerabatan dengan spesies lain, dan adaptasi
spesifik terhadap lingkungan atau inang tertentu.
Dari uraian yang telah disajikan, dapat disimpulkan bahwa pengurutan
genom mikroba perlu dilakukan. Seperti halnya klasifikasi makhluk hidup.
Semua bertujuan untuk mempermudah pengetahuan dan pembelajaran.
selain itu, hal ini sangat penting dalam kemajuan pengetahuan di masa
depan.

10
2.1.4 Strategi Pengurutan Genom Mikroba
Dalam pengurutan genom terdapat beberapa strategi yang harus
dilakukan slah satunya ialah dengan throughput tinggi, dengan teknologi
benchtop yang relatif sederhana dan protokol persiapan perpustakaan yang
efisien, telah secara signifikan meningkatkan kapasitas untuk melakukan
WGS yang berbiaya rendah dan efisien, dan menjadikannya alat yang
layak untuk melakukan WGS. meningkatkan investigasi diagnostik klinis
hampir secara real-time. Proses generasi berikutnya umumnya melibatkan
pengurutan paralel, menghasilkan data dalam jumlah besar yang
memerlukan metode komputasi modern untuk menyusun pembacaan
urutan.

Gambar 2.1.5 Pengurutan Genom Mikroba

Berdasarkan gambar ditasa dapat difahami bahwa terdiri dari lima
langkah untuk mengurutkan genom mikroba, antara lain
1. Ekstraksi DNA dari sampel mikroba homogen
2. Pengurutan semua genom dengan cara mengurutkan generasi
berikutnya.
3. SNP yang diambil dari pemetaan baca ke genom referensi digunakan
untuk perbandingan filogenetik untuk analisis epidemiologi dan
wabah.
4. Hasil dari de nova dapat digunakan untuk analisis lebih lanjutseperti
pengetikan dan deteksi resistensi berdasarkan alat penyelarasan local
atau dapat diselesaikan menjadi genom yang lengkap atau tertutup.

11
 5. Analisis data untuk investigasi wabah , pengetikan, atau deteksi
resistensi. Genom berotasi tertutup dapat digunkan sebagai genom
referensi perbandingan, atau dapat dianalisis lebih rinci.11
2.1.5 Genom Virus
Genom merupakan inti asam nukleat pada virus yang berisi materi
genetic yaitu DNA atau RNA. Jenis materi genetic virus adalah salah satu
factor paling penting dalam mengklasifikasikan virus. Virus dengan materi
genetic DNA memanfaatkan sel yang terinfeksi sebagai situs replikasi
genom. Virus yang menggunakan RNA sebagai materi genetic memiliki
rancangan berbagai cara untuk mereplikasikan material genetic, hal ini
disebabkan karena sel tidak memiliki sistem kompleks atau cara
mereplikasikan RNA secara langsung. Replikasi RNA virus membutuhkan
ekspresi dari enzim spesifik yang hanya ada didalam sel inang yang
12
terinfeksi. Terdapat beberapa variasi dari genom ini pada virus, yaitu
sebagai berikut:
a. Genom DNA
1) Berbentuk sirkuler, untai ganda semisal Baculovirus.
2) Berbentuk sirkuler, untai tunggal semisal Bakteriofag M13.
3) Berbentuk linier,untai ganda semisal Herpesvirus.
4) Berbentuk linier, untai tunggal semisal Parvovirus.
b. Genom RNA
1) Berbentuk sirkuler, untai tunggal semisal Virus Hepatitis.
2) Berbentuk linier, untai ganda semisal Teovirus.
3) Berbentuk linier, untai tunggal Semisal Tobacco Mosaic Virus
(TMV).13

2.2 Sifat- Sifat Mikroba dalam Aplikasi Bioteknologi

2.2.1 Enzim Mikroba
Enzim mikroba di gunakan dalam penerapan produksi makanan
untuk penelitian biologi molekuler. Karena mikroba merupakan sumber
11
J. C. Kwong et al., “Whole Genome Sequencing in Clinical and Public Health Microbiology,”
Pathology 47, no. 3 (April 2015): 199–210, https://doi.org/10.1097/PAT.0000000000000235.
12
Saraswati.
13
Yoga Priastomo et al., FullBook-Virologi-_compressed, n.d.

12
 enzim yang baik sekali dan convenien, beberapa enzim yang tersedia
diisolasi dan di gunakan dalam biologi molekuler yaitu DNA polimerase
dan enzim retriksi pada bakteri. Setelah di isolasi dari E.coli, DNA
polimerase tersedia pada teknik rekombinan DNA seperti urutan label
DNA untuk membuat penyelidikan dan menggunakan rantai polimerase
untuk menjelaskan reaksi DNA.
Enzim selulasa dihasilkan oleh E.coli menurunkan selulosa, sebuah
polisakarida yang membentuk dinding sel tanaman. Selulosa banyak
digunakan secara luas untuk mencerna makanan binatang dengan mudah
oleh binatang tersebut. Selulosa juga digunakan dalam pembuatan jeans.
Kain ini diperlakukan dengan mencampurkan selulosa dengan jamur
seperti Tichoderma reesi dan Aspergilus niger. Serat selulosa dalam katun
di gunakan untuk membuat celana panjang yang dihasilkan dengan
tenunan yang lembut. Protease subtuilisin, diambil dari Bacillus subtilis,
adalah komponen yang berbahaya dari detergen, dimana fungsinya untuk
menurunkan dan memindahkan noda protein dari pakaian. Beberapa enzim
dari bakteri juga digunakan untuk membuat makanan seperti enzim yang
dapat mencerna gula yang disebut dengan amilase yang juga digunakan
untuk mendegradasi zat tepung dalam membuat sirup jagung.
2.2.2 Transformasi Bakteri
Transformasi merupakan salah satu kemampuan bakteri untuk
mengambil DNA asing ke dalam sel. Proses ini merupakan salah satu dari
sekian banyak mekanisme yang bisa dilakukan oleh mikroba. Hal ini biasa
dilakukan oleh mikroba dengan tujuan mendapatkan variasi genentik baru.
Biasanya, kemampuan ini dimanfaatkan oleh peneliti untuk
memperbanyak suatu gen. Berikut adalah langkah langkah singkat dari
proses transformasi mikroba :
1. Mempersiapkan bakteri
Bakteri biasanya diperlakukan untuk lebih permeable dengan
DNA. Hal ini bisa dilakukan dengan penambahan larutan kalsium
klorida. Bakteri yang sudah diperlakukan seperti ini bisa disebut
sebagai bakteri kompeten.

13
 2. Penambahan DNA
DNA dimasukkan ke dalam bakteri dengan cara plasmid ataupun
fragmen DNA.
3. Heat Shock
Heat shock merupakan proses pemanasan pada suhu yang tinggi
kemudian didinginkan. Biasanya suhu yang digunakan berkisar antara
42 sampai 100 derajat celcius selama beberapa waktu. Hal ini dilakukan
untuk meningkatkan kemungkinan bakteri mengambil DNA.
4. Healing/pemulihan
Setelah proses heat shock, bakteri dibiarkan pulih dalam media
nitrisi untuk beberapa waktu.
5. Seleksi
Tahap akhir ini untuk mengetahui dan memilah antara bakteri yang
berhasil melakukan tranformasi dan tidak. Tentu saja, bakteri yang
berhasil melakukan transformasi akan digunakan sebagai penelitian
genetics ataupun untuk digunakan sebagai percobaan tertentu.
2.2.3 Elektroporasi
Elektroporasi adalah teknik di mana medan listrik diterapkan pada
sel untuk meningkatkan permeabilitas membran sel . Hal ini
memungkinkan bahan kimia, obat-obatan, susunan elektroda
atau DNA dimasukkan ke dalam sel (juga disebut transfer listrik ). Dalam
mikrobiologi, proses elektroporasi sering digunakan untuk mengubah
bakteri , ragi , atau protoplas tanaman dengan memasukkan DNA
pengkode baru. Jika bakteri dan plasmid dicampur bersama, plasmid dapat
ditransfer ke dalam bakteri setelah elektroporasi, meskipun tergantung
pada apa yang ditransfer, peptida penembus sel atau pemerasan sel juga
dapat digunakan. Elektroporasi bekerja dengan melewatkan ribuan volt
(~8 kV/cm) melintasi sel tersuspensi dalam kuvet elektroporasi. Setelah
itu, sel-sel tersebut harus ditangani dengan hati-hati hingga memiliki
kesempatan untuk membelah, menghasilkan sel-sel baru yang
mengandung plasmid yang telah direproduksi. Proses ini kira-kira sepuluh

14
 kali lebih efektif dalam meningkatkan permeabilitas membran sel
dibandingkan transformasi kimia14
Elektroporasi dilakukan dengan elektroporator , peralatan yang
dibuat khusus yang menciptakan medan elektrostatis dalam larutan
sel. Suspensi sel dipipet ke dalam kuvet kaca atau plastik yang memiliki
dua elektroda aluminium di sisinya. Untuk elektroporasi bakteri, biasanya
digunakan suspensi sekitar 50 mikroliter . Sebelum elektroporasi, suspensi
bakteri ini dicampur dengan plasmiduntuk diubah. Campuran dipipet ke
dalam kuvet, tegangan dan kapasitansi diatur, dan kuvet dimasukkan ke
dalam elektroporator. Prosesnya memerlukan kontak langsung antara
elektroda dan suspensi. Segera setelah elektroporasi, satu mililiter media
cair ditambahkan ke bakteri (dalam kuvet atau tabung Eppendorf ), dan
tabung diinkubasi pada suhu optimal bakteri selama satu jam atau lebih
untuk memungkinkan pemulihan sel dan ekspresi bakteri. plasmid, diikuti
dengan kultur bakteri pada cawan agar Keberhasilan elektroporasi sangat
bergantung pada kemurnian larutan plasmid, terutama kandungan
garamnya. Larutan dengan konsentrasi garam tinggi dapat menyebabkan
pelepasan listrik (dikenal sebagai busur listrik ), yang sering kali
mengurangi kelangsungan hidup bakteri. Untuk penyelidikan proses yang
lebih rinci, perhatian lebih harus diberikan pada impedansi
keluaran perangkat porator dan impedansi masukan suspensi sel (misalnya
kandungan garam ).Karena membran sel tidak mampu mengalirkan arus
(kecuali saluran ion), membran sel bertindak sebagai kapasitor
listrik. Membran terkena medan listrik bertegangan tinggi akan
mengakibatkan kerusakan sementara, sehingga menghasilkan pori-pori
yang cukup besar untuk memungkinkan makromolekul (seperti DNA)
masuk atau keluar sel.
2.2.4 Pengklonan Sel dan Vektor Ekspresi
Kloning sel merupakan proses yang digunakan untuk
memanipulasi DNA dan kemudian dikembalikan pada organisme hidup
untuk diekspresikan. Teknologi ini memampukan untuk mengisolasi DNA
14
UNIVERSITAS SAINS & TEKNOLOGI KOMPUTER, “Elektroporasi,” accessed October 8,
2023, https://p2k.stekom.ac.id/ensiklopedia/Elektroporasi.

15
 tertentu dari genom suatu organisme hidup, kemudian mentransformasinya
menggunakan vektor pada suatu inang seperti bakteri Escherichia coli.15
Pada kloning gen, suatu fragmen DNA yang mengandung gen yang akan
di klon disisipkan pada molekul DNA vektor untuk menghasilkan molekul
DNA rekombinan. DNA rekombinan ini digunakan untuk
mentransformasi sel inang (biasanya bakteri). Di dalam sel, vektor
mengadakan replikasi, menghasilkan banyak copy atau turunan yang
identik, baik vektornya maupun gen yang dibawanya. Ketika sel inang
membelah, copy molekul DNA rekombinan diwariskan pada progeni.
Setelah terjadi sejumlah besar pembelahan sel, maka dihasilkan koloni
atau klon sel inang yang identik. Tiap-tiap klon mengandung satu copy
atau lebih molekul DNA rekombinan.16
Kloning melibatkan lima komponen utama, yaitu : fragmen DNA
(gen) yang akan di kloning (disebut juga DNA sisipan), DNA vektor (bisa
plasmid, bakteriofaga atau cosmid), enzim restriksi, enzim ligase dan sel
inang (bakteri atau ragi).
1) DNA sisipan
Tujuan kloning adalah memperbanyak suatu fragmen DNA dari
suatu organisme dalam suatu sel inang. Namun tujuan akhirnya bisa
bermacam-macam, diantaranya: produksi protein penting dengan
skala besar, untuk deteksi patogen atau sel abnormal. DNA sisipan
bisa diperoleh dengan dua cara, yaitu :
b. Produk PCR.
Fragmen DNA hasil pemotongan dengan enzim restriksi
c. DNA vektor
Vektor merupakan suatu mulekul DNA sirkular yang bertindak
sebagai wadah untuk membawa DNA sisipan masuk ke dalam sel inang
dan bertanggung jawab atas replikasinya. Berdasarkan fungsinya vektor
dapat dibagi dua, yaitu : vektor kloning dan vektor ekspresi. Vektor
kloning hanya berfungsi untuk memperbanyak fragmen DNA yang

15
Jurnal Biologi et al., “TRANSFORMASI DAN KLONING PLASMID PJ804 : 77539 PADA E .
Coli TOP ’ 10 1 Siu” 6, no. 1 (2017): 1–6.
16
Muhammad Taufiq Soekarno et al., “Bioteknologi,” 2011.

16
 disisipkan, sehingga fragmen DNA tersebut hanya direplikasi, tidak di
transkripsi. Biasanya vektor ini digunakan untuk tujuan sekuensing atau
untuk perbanyakan DNA yang nantinya akan di sisipkan ke vektor
ekspresi. Sementara vektor ekspresi digunakan untuk memproduksi
protein dari gen yang diklon.
2) Vektor ekspresi
Vektor ekspresi merupakan vektor yang mana disamping dapat bereplikasi
sendiri juga mengandung sinyal-sinyal ekspresi, sehingga gen yang di klon
juga akan ditranskripsi menjadi mRNA dan kemudian ditranslasi menjadi
protein. Vektor ekspresi memungkinkan untuk produksi protein hewan,
manusia atau tanaman di dalam bakteri. Tiga sinyal ekspresi yang paling
penting adalah : (1) Promotor transkripsi, (2) terminator transkripsi, dan (3)
tempat pengikatan ribosom. Selain sistem vektor ekspresi untuk bakteri,
juga terdapat beberapa sistem vektor ekspresi untuk Saccaromyces
cerevisiae dan vektor ekspresi untuk Pichia pastoris. Kedua jenis sistem
ekspresi ini terbukti dapat memproduksi protein eukariot dengan hasil yang
tinggi dan berfungsi seperti protein natif (asli).
Salah satu contoh vektor ekspresi adalah vektor pET. Vektor ekspresi pET
didesain untuk meningkatkan dan mempermudah proses kloning, deteksi,
dan pemurnian protein target. Vektor ekspresi pET mengandung beberapa
elemen yang penting seperti gen lacI yang mengkode protein lac repressor,
promoter T7 yang hanya spesifik dengan T7 RNA polimerase.17
3) Enzim restriksi
Enzim restriksi merupakan endonuklease yang memecahkan ikatan
fosfodiester pada situs pengenalan spesifik dari DNA. Enzim restriksi
dibedakan berdasarkan hasil potongan yang dihasilkan. Beberapa enzim
memotong kedua untai DNA pada posisi yang sama dan akan menghasilkan
ujung potongan blunt end. Contoh enzim tersebut adalah HaeIII, HindII dan
SmaI.
4) Ligasi

17
Novagen. 2004 . pETBlue Perfectly Blunt Clonning Kit. Darmstadt, Jerman : 17 hlm.

17
 Ligasi adalah suatu proses penggabungan fragmen DNA yang saling
berlinear dengan menggunakan ikatan kovalen. Proses ligasi dikatalis oleh
enzim ligase dengan bantuan ATP. Enzim ligase merupakan enzim yang
mengkatalisis reaksi pembentukan kembali ikatan fosfodiester antar
potongan fragmen DNA. Contoh enzim ligase adalah bakteriophage T4
DNA ligase. Enzim ligase digunakan dalam teknik rekayasa genetika karena
mampu menyambungkan fragmen DNA ujung rata (blunt end) dan ujung
kohesif (sticky end). Enzim-enzim ligase lainnya yaitu E. coli DNA ligase
dan thermostable DNA ligase
5) Sel inang
Sel inang dipilih berdasarkan tujuan kloning dan asal gen yang dikloning.
Karakteristik sel inang yang baik antara lain memiliki laju pertumbuhan
cepat, tumbuh dalam jumlah yang banyak, nonpatogenik, genom telah
dipetakan, dapat menerima vektor, dapat menjaga stabilitas gen asing, dan
dapat mengekspresikan gen asing.
Sel inang prokariot yang umum digunakan adalah Escherichia coli,
sedangkan sel inang eukariot yang umum digunakan adalah Saccharomyces
cerevisiae. Bakteri E. coli merupakan bakteri berbentuk batang gram negatif
yang dapat tumbuh dengan cepat dalam medium pengayaan, serta memiliki
banyak galur yang telah dikarakterisasi. Galur-galur E. coli yang sering
digunakan dalam rekayasa genetika antara lain BL21, DH1, DH5α, JM103,
XL1-Blue, dan JM109. Novablue merupakan salah satu contoh sel inang.
Novablue adalah sel inang yang baik untuk kloning DNA karena memiliki
efisiensi transformasi yang tinggi hasil dari mutasi recA dan endA.
Novablue tidak mengandung T7 RNA polimerase sehingga ideal dalam
pembentukan plasmid dalam kondisi non expresi.
Ekspresi protein rekombinan pada umumnya menggunakan sel inang E.
coli BL21 dikarenakan mempunyai stabilitas dan kontrol yang tinggi dalam
mengekspresikan protein. BL21 adalah salah satu strain E. coli yang
mengandung lisogen lambda bakteriophage dengan imunitas bakteriophage
21. E coli BL21 terdiri atas beberapa jenis, yaitu E. coli BL21, E. coli
BL21(DE3), E. coli BL21(DE3)pLysE, dan E. coli BL21(DE3)pLysS. Sel

18
 inang E. coli BL21 digunakan untuk mengekpresikan DNA rekombinan
menjadi protein karena mempunyai T7 RNA polimerase yang akan dikenali
oleh promoter T7 vektor ekspresi pET. T7 RNA polimerase hanya spesifik
ada pada E. coli BL21 dan tidak terdapat pada sel prokariotik manapun.
Tahapan-Tahapan Proses Kloning :

Gambar 2.2.1 Proses Kloning

a) Pemilihan sampel DNA
Sampel DNA yang dipilih dalam proses kloning tergantung dari
tujuannya. Sampel DNA dapat berupa DNA genom apabila kloning
bertujuan mengetahui regulasi dan transkripsi suatu protein, sedangkan
apabila kloning bertujuan mengetahui sekuen asam amino pada suatu
protein, maka informasi lebih mudah didapatkan dari sekuen nukleotida
yang berasal dari cDNA.
b) Penyisipan DNA ke dalam vektor
Fragmen DNA dan vektor harus dipotong terlebih dahulu, sebelum
fragmen DNA disisipkan ke dalam vektor. Pemotongan fragmen DNA dan
vektor dilakukan menggunakan enzim restriksi yang sama. Enzim restriksi
akan memotong fragmen DNA dan vektor pada situs spesifik, dengan
tujuan agar vektor dan fragmen DNA memiliki ujung-ujung yang saling
bersesuaian (sticky end atau blunt end). Proses selanjutnya adalah ligasi.
Ligasi dilakukan dengan cara menggabungkan fragmen DNA dan vektor
yang telah dipotong kemudian digabungkan melalui ikatan kovalen
menggunakan enzim ligase.
d. Transformasi vektor rekombinan ke dalam sel inang

19
 Proses introduksi DNA asing ke dalam sel inang disebut
transformasi. Berdasarkan tujuan transformasi sel inang dapat dibedakan
menjadi dua kelompok, yaitu sel inang sementara dan sel inang tetap. Sel
inang sementara yaitu sel yang digunakan hanya untuk memperbanyak
jumlah sel DNA rekombinan sedangkan sel inang tetap yaitu sel inang
yang digunakan untuk mengekspresikan gen asing yang dikloning.18
e. Screening
Screening merupakan tahapan untuk menyeleksi vektor
rekombinan hasil kloning. Screening vektor rekombinan dapat dilakukan
dengan beberapa cara, antara lain dengan menguji sensitivitas dan
resistensi terhadap antibiotik, menumbuhkan sel transforman pada medium
selektif nutrien, seleksi biru putih atau α-komplementasi, analisis restriksi
dari DNA plasmid dan hibridisasi asam nukleat. Uji sensitivitas dan
resistensi antibiotik dapat dilakukan apabila vektor pengklonaan
membawa sedikitnya satu gen penyebab resistensi terhadap antibiotik pada
sel inang, misalnya amplisilin (ampR). Amplisilin dapat menghambat
sejumlah enzim yang memengaruhi sintesis dinding sel bakteri. Gen
resisten ampisilin atau gen bla pada vektor mengkode enzim β-laktamase
yang disekresikan kedalam ruang periplasmik bakteri. Enzim tersebut akan
mengkatalis reaksi hidrolisis cincin β-laktam ampisilin sehingga bakteri
menjadi resistan terhadap ampisilin.19

18
Sjahril, R. 2008. Aplikasi konsep teknologi DNA rekombinan pada transfer genetika tanaman.
Universitas Hasanuddin. Makassar: vii + 73 hlm
19
Sambrook, J. & D.W. Russell. 2001. Molecular cloning : A laboratory manual. Volume 1-3. 3rd
ed. Cold Spring Harbor Laboratory Press, New York : xxvii + 18.136 +R.22+1.44 hlm.

20
 BAB III

PENUTUP

3.1 Kesimpulan

3.2 Saran

21
 DAFTAR PUSTAKA
Biologi, Jurnal, Volume No, S S Langden, Anto Budiharjo, Wien Kusharyoto,
Jurnal Biologi, and Volume No. “TRANSFORMASI DAN KLONING
PLASMID PJ804 : 77539 PADA E . Coli TOP ’ 10 1 Siu” 6, no. 1 (2017): 1–
6.

Hafsan, and Hafsan Hafsan. “Mikrobiologi Umum,” 2011, 282.

J. C. Kwong et al., “Whole Genome Sequencing in Clinical and Public Health

Microbiology,” Pathology 47, no. 3 (April 2015): 199–210,
https://doi.org/10.1097/PAT.0000000000000235.
Kesumah, Dini. “Virus Biologi Kelas X.” Biologi, 2020, 1–46.

Kusumaningtias, Anyta, and Anim Hadi Susanto. “E-Modul Direktorat

Pembinaan SMA.” E-Modul Biologi Kelas X, 2018, 1–52.

Kusumawardani, Paramitha Amelia, and Rafhani Rosyidah. Buku Ajar Mata

Kuliah. Umsida Press Sidoarjo Universitas. Vol. 1, 2020.

Novagen. 2004 . pETBlue Perfectly Blunt Clonning Kit. Darmstadt, Jerman : 17

hlm.

Priastomo, Yoga, A Qurrota, Widya Lestari, Ika Agus Rini, Ahsanal Kasasiah,
Mustika Hutabarat, Niken Bayu Argaheni, Penerbit Yayasan, and Kita
Menulis. FullBook-Virologi-_compressed, n.d.

Sambrook, J. & D.W. Russell. 2001. Molecular cloning : A laboratory manual.

Volume 1-3. 3rd ed. Cold Spring Harbor Laboratory Press, New York : xxvii
+ 18.136 +R.22+1.44 hlm.

Saraswati, Henny. “Modul Virologi,” no. Ibl 363 (2021): 0–15.

Sjahril, R. 2008. Aplikasi konsep teknologi DNA rekombinan pada transfer

genetika tanaman. Universitas Hasanuddin. Makassar: vii + 73 hlm

Soekarno, Muhammad Taufiq, Fakultas Matematika, D A N Ilmu, Pengetahuan

Alam, and Departemen Biologi. “Bioteknologi,” 2011.

22
Seprianto, (2017). Modul Bioteknologi Dasar. Universitas Esa Unggul. Jakarta.

Tajuddin, Teuku, (2011). Pengantar bioteknologi. Universitas terbuka. Jurnal

bioteknologi.

UNIVERSITAS SAINS & TEKNOLOGI KOMPUTER, “Elektroporasi,”

accessed October 8, 2023,
https://p2k.stekom.ac.id/ensiklopedia/Elektroporasi.

23