09 Logbook

LOG BOOK PENELITIAN OPSI
Modelisasi Persamaan Quantitative Structure Activity and

Relationship dan Docking Molekul Turunan Senyawa Styryl
Quinolone Sebagai Inhibitor HIV-1
RECOM 1:
Ahmad Faqih Amin
Daffa Faiq Aji Satriya
Bidang Kompetisi Penelitian:

MST
SMAS Al Irsyad Al Islamiyyah Purwokerto

Banyumas, Jawa Tengah
Tahun 2023
LOG BOOK Hari ke : 1
RECOM 1 Hari : Selasa
Olimpiade Penelitian Siswa Indonesia
2023 Tanggal : 7 Mar 2023
A. Jadwal
Waktu Jam Kegiatan
Pagi 10.00-12.00 Menemui guru pendamping untuk konsultasi terkait
keikutsertaan dalam ajang Olimpiade Penelitian
Siswa Indonesia 2023.
B. Catatan Penting Harian

Guru pendamping bersedia mendampingi kami dalam berkompetisi di ajang
Olimpiade Penelitian Siswa Indonesia 2023. Beliau meminta kami untuk mulai
mencari topik yang masih menjadi masalah yang ada di dunia.
C. Pengesahan
Pembimbing Ketua Tim Anggota Tim
1
RECOM 1 Hari : Rabu
2023 Tanggal : 8 Mar 2023
A. Jadwal
Waktu Jam Kegiatan
Pagi 09.30-11.00 Diskusi terkait permasalahan dan isu-isu yang
Siang 12.30.14.00 mendunia sekaligus mencari ide penelitian.

Beberapa topik penelitian yang kami dapatkan untuk dijadikan pertimbangan ide
penelitian adalah sebagai berikut :
- Kanker
- Sampah plastik
- HIV
- Polusi
- Covid-19
C. Pengesahan
2
RECOM 1 Hari : Senin
2023 Tanggal : 13 Mar 2023
A. Jadwal
Waktu Jam Kegiatan
Pagi 10.00-11.30 Membicarakan terkait topik-topik yang sudah
ditemukan pada diskusi sebelumnya dengan guru
pendamping.
Siang 13.00-13.30 Update ide penelitian yang berpotensi untuk diangkat
dalam penelitian.

Setelah diskusi dengan guru pendamping, maka beberapa topik yang sudah ditentukan
sebelumnya ada yang dieliminasi dikarenakan beberapa faktor. Dengan demikian,
topik yang tersisa adalah :
- Kanker
- HIV
- Covid-19
C. Pengesahan
3
RECOM 1 Hari : Rabu
2023 Tanggal : 15 Mar 2023
A. Jadwal
Waktu Jam Kegiatan
Pagi 10.00-12.00 Melanjutkan diskusi bersama guru pembimbing
terkait ide yang akan diangkat dalam penelitian.
Siang 13.00-14.00 Penetapan ide penelitian.

Setelah diskusi yang dilakukan dengan guru pembimbing, maka ditetapkan topik
terkait HIV untuk diangkat dalam penelitian. Dari diskusi tersebut juga dihasilkan ide
penelitian yaitu terkait dengan senyawa inhibitor HIV-1.
C. Pengesahan
4
RECOM 1 Hari : Jumat
2023 Tanggal : 17 Mar 2023
A. Jadwal
Waktu Jam Kegiatan
Pagi 09.30-11.30 Konsultasi bersama guru pembimbing dan dosen
terkait judul dan metode penelitian yang akan
dilakukan.

Hasil konsultasi bersama guru pembimbing dan dosen adalah metode penelitian yang
akan dilaksanakan adalah metode QSAR menggunakan metode semi empiris dari
hasil metode semi empiris yang terbaik baru dilakukan optimasi dan analisis QSAR
kemudian dilakukan pencarian senyawa baru dari persamaan QSAR dan dilakukan
molecular docking. judul penelitian belum ditentukan karena senyawa yang akan
digunakan sebagai bahan penelitian belum ditentukan.
C. Pengesahan
5
2023 Tanggal : 20 Mar 2023
A. Jadwal
Waktu Jam Kegiatan
Pagi 08.00-10.00 Mencari jurnal terkait senyawa yang akan digunakan
sebagai inhibitor HIV-1.
11.00-12.00 Konsultasi dengan guru pembimbing tentang
senyawa yang akan digunakan sebagai bahan
penelitian.
Siang 12.30-13.00 Penetapan senyawa yang digunakan sebagai bahan
penelitian sekaligus judul penelitian.
13.00-14.30 Menentukan turunan senyawa styryl quinolone yang
akan digunakan (senyawa uji dan fitting)
Berdasarkan jurnal penelitian yang dilakukan Leonard & Kunal (2008), maka kami
menetapkan senyawa yang akan digunakan dalam penelitian kali ini adalah senyawa
turunan styryl quinolone. Dengan demikian, judul penelitian yang akan kami lakukan
kami beri judul “Modelisasi Persamaan Quantitative Structure Activity and
Relationship dan Docking Molekul Senyawa Turunan Styryl Quinolone Sebagai
Inhibitor HIV-1”. Dari hasil diskusi yang kami lakukan, kami juga menentukan
beberapa turunan senyawa styryl quinolone yang akan digunakan sebagai senyawa uji
dan senyawa fitting. Penentuan senyawa uji dan senyawa fitting ini didasari dengan
adanya halangan sterik pada masing-masing senyawa turunan styryl quinolone.
C. Pengesahan
6
2023 Tanggal : 24 Mar 2023
A. Jadwal
Waktu Jam Kegiatan
Sore 16.00-17.00 Zoom meeting bersama pembimbing untuk
membahas terkait perumusan masalah

Mendapatkan hasil berupa perumusan masalah yang akan diangkat
Rumusan masalah dari penelitian ini adalah:
1. Bagaimana menentukan metode semi-empiris terbaik dan memperoleh persamaan QSAR
terbaik dari perbandingan metode Principal Component Regression dengan Multiple
Linear Regression serta memodifikasi struktur senyawa turunan styryl quinolone baru
dengan prediksi aktivitas penghambat protein integrase HIV-1 teoritik yang lebih tinggi.
2. Bagaimana hasil score docking dan interaksi ligand-asam amino antara ref_ligand dan
hasil modifikasi turunan senyawa styryl quinolone baru.
3. Bagaimana hasil Screening ligand based drug likeness, ADME dan toxicity dari
ref_ligand dan turunan senyawa styryl quinolone.
C. Pengesahan
7
RECOM 1 Hari : Sabtu
2023 Tanggal : 25 Mar 2023
A. Jadwal
Waktu Jam Kegiatan
membahas terkait tujuan penelitian dan manfaat
penelitian

Mendapatkan hasil berupa tujuan penelitian dan manfaat penelitian yang akan
diangkat
Menentukan metode semi-empiris terbaik dan memperoleh persamaan QSAR terbaik dari
perbandingan metode Principal Component Regression dengan Multiple Linear Regression
serta memodifikasi struktur senyawa turunan styryl quinolone baru dengan prediksi aktivitas
penghambat protein integrase HIV-1 teoritik yang lebih tinggi. Menentukan score docking
dan interaksi ligand-asam amino antara ref_ligand dan hasil modifikasi turunan senyawa
styryl quinolone baru. Menganalisis Screening ligand based drug likeness, ADME dan
toxicity dari ref_ligand dan turunan senyawa styryl quinolone
MANFAAT PENELITIAN
Penelitian diharapkan dapat mengembangkan ilmu mengenai kajian teoritis tentang kimia
komputasi terutama dibidang modifikasi senyawa turunan styryl quinolone sebagai inhibitor HIV-1.
Penelitian ini juga menambah kekurangan yang belum diteliti oleh beberapa peneliti, di antaranya :
Leonard & Roy (2008); Goudarzi dkk (2012) melakukan penelitian turunan styrylquinolon yang
analisis melalui QSAR untuk mengetahui efek farmokologinya menggunakan pendekatan seleksi
deskriptor yang berdasar pada genetic algorithm (GA) kemudian dimodelkan menggunakan multiple
linear regressions (MLRs). Sehingga penelitian selanjutnya dapat menambah kajian mengenai
modelisasi senyawa baru dari turunan styryl quinolone sebagai inhibitor HIV-1 dan sekaligus
menentukan score docking dan interaksi dengan asam aminonya.
C. Pengesahan
8
RECOM 1 Hari : Ahad
2023 Tanggal : 26 Mar 2023
A. Jadwal
Waktu Jam Kegiatan
Pagi 08.00-11.00 Penyusunan latar belakang
Siang 13.00-15.00 Penyusunan latar belakang

Penyusunan perumusan masalah mencapai 50%
C. Pengesahan
9
2023 Tanggal : 27 Mar 2023
A. Jadwal
Waktu Jam Kegiatan
Pagi 08.00-11.00 Penyusunan latar belakang
Siang 13.00-15.00 Penyusunan bersama pembimbing

Penyusunan perumusan masalah mencapai 100%
C. Pengesahan
10
2023 Tanggal : 4 Apr 2023
A. Jadwal
Waktu Jam Kegiatan
membahas terkait tinjauan pustaka

Hasil dari pembahasan terkait tinjauan pustaka mencapai 50%
C. Pengesahan
11
RECOM 1 Hari : Rabu
A. Jadwal
Waktu Jam Kegiatan
membahas terkait tinjauan pustaka

Hasil dari pembahasan terkait isi tinjauan pustaka mencapai 100%
C. Pengesahan
12
A. Jadwal
Waktu Jam Kegiatan
Pagi 08.00-11.00 Penyusunan tinjauan pustaka
Siang 13.00-15.00 Penyusunan tinjauan pustaka

Penyusunan tinjauan pustaka mencapai 50%
C. Pengesahan
13
A. Jadwal
Waktu Jam Kegiatan

C. Pengesahan
14
RECOM 1 Hari : Ahad
A. Jadwal
Waktu Jam Kegiatan

C. Pengesahan
15
RECOM 1 Hari : Rabu
2023 Tanggal : 12 Apr 2023
A. Jadwal
Waktu Jam Kegiatan
Pagi 08.00-11.00 Penyusunan metode penelitian
Siang 13.00-15.00 Penyusunan metode penelitian

Penyusunan metode penelitian mencapai 20%
Didapakan bahan yang akan digunakan sebagai data QSAR
Penyusunan metode untuk menentukan metode semi empirik yang terbaik, di lihat
dari 1H-NMR hasil perhitungan dibandingkan dengan 1H-NMR uji Labolatorium.
Menentukan cara penenentuan deskriptor yang akan di pakai untuk perhitungan
QSAR
C. Pengesahan
16
RECOM 1 Hari : Kamis
2023 Tanggal : 13 Apr 2023
A. Jadwal
Waktu Jam Kegiatan

Didapatkan metode mengenai cara bagaimana mengoptimasi struktur dengan
hyperchem dan bagaimana cara menganalisis dengan cara principle Component
Analisys dan Multiple Linier Regression
C. Pengesahan
17
2023 Tanggal : 14 Apr 2023
A. Jadwal
Waktu Jam Kegiatan

Mendapatkan cara untuk memodifikasi secara teoritik struktur turunan styryl
quinolone dan bagaimana cara preparasi protein dan ref ligand
C. Pengesahan
18
2023 Tanggal : 15 Apr 2023
A. Jadwal
Waktu Jam Kegiatan

Mendapatkan bagaimana cara untuk persiapan mendocking ref_ligand dan ligand
hasil prediksi
C. Pengesahan
19
RECOM 1 Hari : Ahad
2023 Tanggal : 16 Apr 2023
A. Jadwal
Waktu Jam Kegiatan

Mendapatkan bagaimana cara untuk mendocking ref_ligand dan ligand hasil prediksi
menggunakan PLANTS
C. Pengesahan
20
2023 Tanggal : 17 Apr 2023
A. Jadwal
Waktu Jam Kegiatan
Pagi 08.00-11.00 Finalisasi metode penelitian
Siang 13.00-15.00 Penetapan judul penelitian

Metode penelitian yang akan digunakan dan dilaksanakan telah fix ditambah dengan
judul penelitian yang telah ditetapkan.
C. Pengesahan
21
RECOM 1 Hari : Ahad
2023 Tanggal : 23 Apr 2023
A. Jadwal
Waktu Jam Kegiatan
Pagi 08.00-11.00 Zoom meeting bersama pembimbing untuk
membahas terkait daftar pustaka
Siang 13.00-15.00 Penyusunan daftar pustaka

Pembahasan terkait daftar pustaka dan penyusunan daftar pustaka mencapai 30%.
C. Pengesahan
22
2023 Tanggal : 24 Apr 2023
A. Jadwal
Waktu Jam Kegiatan
Pagi 08.00-11.00 Penyusunan daftar pustaka

Penyusunan daftar pustaka mencapai 65%.
C. Pengesahan
23
2023 Tanggal : 25 Apr 2023
A. Jadwal
Waktu Jam Kegiatan
Pagi 08.00-11.00 Penyusunan daftar pustaka

Penyusunan daftar pustaka mencapai 100%.
C. Pengesahan
24
RECOM 1 Hari : Rabu
2023 Tanggal : 26 Apr 2023
A. Jadwal
Waktu Jam Kegiatan
Pagi 08.00-11.00 Revisi proposal penelitian
Siang 13.00-15.00 Finalisasi proposal penelitian

Revisi dan finalisasi proposal penelitian berisi perbaikan tata bahasa dan merapikan
proposal agar sesuai dengan yang disyaratkan pada ketentuan proposal penelitian
OPSI 2023
C. Pengesahan
25
2023 Tanggal : 29 Apr 2023
A. Jadwal
Waktu Jam Kegiatan
Sore 17.20 Pengumpulan proposal penelitian

Mengumpulkan proposal penelitian
C. Pengesahan
26
2023 Tanggal : 18 Mei 2023
A. Jadwal
Waktu Jam Kegiatan
Pagi 10.00 Pengumuman hasil review proposal penelitian

Pengumuman hasil review proposal penelitian sekaligus pengkajian saran yang
diberikan oleh pihak penyeleksi proposal penelitian.
C. Pengesahan
27
2023 Tanggal : 22 Mei 2023
A. Jadwal
Waktu Jam Kegiatan
Siang 13.00-14.30 Konsultasi bersama guru pembimbing terkait
langkah-langkah penelitian yang akan dilakukan
selanjutnya.

Berdasarkan hasil konsultasi, penelitian akan dilaksanakan di laboratorium kimia
komputasi Universitas Jenderal Soedirman Purwokerto dan di sekolah. Langkah
pertama yang kami ambil adalah mulai menentukan metode semi-empiris yang terbaik
untuk senyawa turunan styryl quinolone. Langkah penelitian tersebut akan
dilaksanakan di laboratorium kimia komputasi Universitas Jenderal Soedirman
Purwokerto dengan menggunakan software Hyperchem.
C. Pengesahan
28
2023 Tanggal : 26 Mei 2023
A. Jadwal
Waktu Jam Kegiatan
Pagi 09.00-11.30 Penelitian: Penentuan metode semi-empiris terbaik
(Sesi 1)
Siang 13.00-14.30 Penelitian: Penentuan metode semi-empiris terbaik
(Sesi 2)

Kami mencoba optimasi senyawa induk styryl quinolone dengan seluruh metode semi-
empiris yang tersedia, mulai dari CNDO sampai TNDO. Kemudian dari masing-masing hasil
optimasi kami cari spektrum ¹H-NMRnya dan kami bandingkan dengan spektrum ¹H-NMR
eksperimen (Mitra dkk, 2002). Hasilnya, metode semi-empiris MINDO3 memiliki nilai
PRESS yang paling kecil. Dari hasil tersebut, dapat disimpulkan metode MINDO3 adalah
metode yang paling akurat untuk penelitian yang kami lakukan. Langkah yang akan kami
ambil selanjutnya adalah mengoptimasi seluruh senyawa turunan styryl quinolone yang sudah
kami tentukan dan mencari nilai deskriptor yang diperlukan.
C. Pengesahan
29
2023 Tanggal : 29 Mei 2023
A. Jadwal
Waktu Jam Kegiatan
Pagi 09.00-12.00 Penelitian: Optimasi Struktur dan perhitungan
Siang 13.00-15.00 deskriptor (Sesi 1)
Sore 15.30-17.00

Pada sesi pertama optimasi struktur dan perhitungan deskriptor, kami berhasil mengoptimasi
20 senyawa fitting dengan metode semi-empiris MINDO3. 20 senyawa fitting yang sudah
dioptimasi juga kami hitung juga deskriptornya. 16 senyawa lainnya akan kami optimasi dan
lakukan perhitungan deskriptor pada sesi selanjutnya.
C. Pengesahan
30
RECOM 1 Hari : Rabu
2023 Tanggal : 31 Mei 2023
A. Jadwal
Waktu Jam Kegiatan
Pagi 09.00-12.00 Penelitian: Optimasi Struktur dan perhitungan
Siang 13.00-15.00 deskriptor (Sesi 2)
Sore 15.30-16.00

Setelah pada sesi sebelumnya kami telah mengoptimasi dan mencari nilai deskriptor dari 20
senyawa fitting, pada sesi kali ini kami mengoptimasi dan mencari nilai deskriptor dari
senyawa yang tersisa. Ada 16 senyawa (6 fitting dan 10 uji) yang tersisa. 16 senyawa tersebut
sudah kami optimasi dan cari nilai deskriptornya. Setelah langkah ini selesai, kami akan mulai
menganalisis persamaan QSAR dengan metode principal component regression yang akan
kami lakukan pada kesempatan selanjutnya.
C. Pengesahan
31
2023 Tanggal : 6 Jun 2023
A. Jadwal
Waktu Jam Kegiatan
Pagi 08.30-12.00 Penelitian: Penentuan persamaan QSAR dengan
metode Principal Component Regression. (Sesi 1)

Pada percobaan pertama, dihasilkan lima komponen utama. Kemudian ketika kami
masukkan ke dalam rumus dan memasukkan masing-masing deskriptor ke dalam
rumus tersebut, dihasilkan pIC50 yang sangat besar dan uji PRESS yang sangat besar
pula, sehingga pIC50 prediksi sangat jauh dari pIC50 hasil percobaan.
C. Pengesahan
32
2023 Tanggal : 8 Jun 2023
A. Jadwal
Waktu Jam Kegiatan
Siang 13.00-13.30 metode Principal Component Regression. (Sesi 2)

Pada percobaan kedua, ketika kami melakukan analisis PCA dengan menentukan
deskriptor yang memenuhi kaidah KMO, maka dihasilkan tiga komponen utama.
Namun, setelah kami hitung dengan metode PCR, pIC50 yang dihasilkan sangat besar.
Sehingga, uji PRESS yang dihasilkan sangat besar pula. Artinya, pIC 50 prediksi masih
jauh dari pIC50 eksperimen.
C. Pengesahan
33
2023 Tanggal : 10 Jun 2023
A. Jadwal
Waktu Jam Kegiatan
Siang 13.00-14.00 metode Principal Component Regression. (Sesi 3)

Pada percobaan ketiga, analisis PCA yang kami lakukan dengan memenuhi kaidah KMO
menghasilkan satu komponen utama. Kemudian, setelah kami masukkan ke dalam metode
PCR, pIC50 prediksi mendekati pIC50 eksperimen dengan uji PRESS yang relatif kecil.
Ukuran sampling Kaiser-Meyer-Olkin 0.690

Bartlett's Test of Sphericity Chi-Square 269.58
6
Df 10
Sig. 0.000
pIC50 = 5.046 + 0.515 VL1
C. Pengesahan
34
2023 Tanggal : 12 Jun 2023
A. Jadwal
Waktu Jam Kegiatan
metode Multiple Linear Regression

Analisis persamaan QSAR dilakukan dengan metode backward dan metode enter dengan
membandingkan seluruh deskriptor dengan pIC50. Penelitian ini membagi turunan senyawa
styryl quinolone menjadi 2 bagian yaitu senyawa fitting dan senyawa uji. Senyawa fitting
dilakukan perhitungan MLR dengan metode backward dengan tujuan untuk mengeliminasi
variabel bebas yang kurang berpengaruh terhadap variabel terikat. Disini kami menggunakan
analisis statistik menggunakan SPSS dan memperoleh 11 persamaan model persamaan QSAR
metode MINDO3.
C. Pengesahan
35
2023 Tanggal : 13 Jun 2023
A. Jadwal
Waktu Jam Kegiatan

Pembuatan tabel model persamaan QSAR MINDO3 hasil analisis multiple linear
regression metode backward.
C. Pengesahan
36
RECOM 1 Hari : Rabu
2023 Tanggal : 14 Jun 2023
A. Jadwal
Waktu Jam Kegiatan

Menetapkan model 10 sebagai model terbaik metode backward Selanjutnya variabel
pada model 10 ini dilakukan pengujian persamaan QSAR akhir kepada seluruh
senyawa turunan styryl quinolone dengan analisis Multiple Linier Regresion (MLR)
menggunakan metode enter.
pIC50 = -11.252 + 88.481 (qC3) + 26.667 (qC4) + 9.156 (qC5) – 1.443 (qC7) + 4.284 (qC8) - 0.03
(Approx) + 0.033 (Grid) - 0.195 (logP) – 0.007 (Mr) – 2.166 (HOMO)
C. Pengesahan
37
2023 Tanggal : 15 Jun 2023
A. Jadwal
Waktu Jam Kegiatan

pembuatan tabel data pIC50 prediksi dan pIC50 eksperimen metode MLR .
C. Pengesahan
38
2023 Tanggal : 10 Jul 2023
A. Jadwal
Waktu Jam Kegiatan
Pagi 08.00-12.00 Penelitian: Memilih persamaan terbaik dan
modifikasi struktur turunan styryl quinolone

Persamaan QSAR dianggap efektif dalam perancangan obat karena mampu
menghasilkan model persamaan yang dapat dipakai untuk memprediksi aktivitas
senyawa obat baru akurat (Muranaka, 2001). Untuk memilih persamaan QSAR
terbaik maka harus membandingakan output yang dihasilkan dari metode PCR dan
MLR. Dan didapatkan hasil bahwa persamaan QSAR dengan metode MLR akan
dipilih sebagai persamaan QSAR terbaik untuk memprediksi senyawa baru turunan
styryl quinolone. Hal ini dikarenakan nilai PRESS metode MLR lebih kecil
dibandingkan metode PCR dan nilai koefisien korelasi dan koefisien determinasi
metode MLR lebih tinggi dibandingkan dengan metode PCR. Hal ini sesuai dengan
penelitian yang dilakukan oleh Sholihah dkk (2020).
C. Pengesahan
39
2023 Tanggal : 11 Jul 2023
A. Jadwal
Waktu Jam Kegiatan

Modifikasi struktur turunan styryl quinolone prediksi ke 14 dan 15
Prediksi 14 Prediksi 15
C. Pengesahan
40
RECOM 1 Hari : Rabu
2023 Tanggal : 12 Jul 2023
A. Jadwal
Waktu Jam Kegiatan

Modifikasi struktur turunan styryl quinolone prediksi ke 16 dan 18
C. Pengesahan
41
2023 Tanggal : 13 Jul 2023
A. Jadwal
Waktu Jam Kegiatan

Modifikasi struktur turunan styryl quinolone prediksi ke 19, 20, dan 21
Prediksi 21
C. Pengesahan
42
2023 Tanggal : 14 Jul 2023
A. Jadwal
Waktu Jam Kegiatan

Modifikasi struktur turunan styryl quinolone prediksi ke 22, 23, dan 24
Prediksi 24
C. Pengesahan
43
2023 Tanggal : 17 Jul 2023
A. Jadwal
Waktu Jam Kegiatan
Pagi 08.00-12.00 Penelitian: Docking dan uji T ref ligand dan senyawa
modifikasi menggunakan PLANTS

Docking dan uji T struktur turunan styryl quinolone prediksi ke 14 dan 15
C. Pengesahan
44
2023 Tanggal : 18 Jul 2023
A. Jadwal
Waktu Jam Kegiatan

Docking dan uji T struktur turunan styryl quinolone prediksi ke 16, 18, dan 19
C. Pengesahan
45
RECOM 1 Hari : Rabu
2023 Tanggal : 19 Jul 2023
A. Jadwal
Waktu Jam Kegiatan

Docking dan uji T struktur turunan styryl quinolone prediksi ke 20, 21, dan 22
C. Pengesahan
46
2023 Tanggal : 20 Jul 2023
A. Jadwal
Waktu Jam Kegiatan

Docking dan uji T struktur turunan styryl quinolone prediksi ke 23 dan 24
C. Pengesahan
47
2023 Tanggal : 20 Jul 2023
A. Jadwal
Waktu Jam Kegiatan
Siang 13.00-15.00 Penelitian: Docking dan uji T ref ligand dan senyawa

Pembuatan tabel Hasil Docking dan Uji T Independen antara ref_ligand dan senyawa
hasil modifikasi dan didapatkan hasil bahwa 10 senyawa modifikasi turunan styryl
quinolone memiliki score docking yang lebih rendah dibandingkan score docking
ref_ligand, hal ini berarti interaksi ikatan antara ligand prediksi dan protein lebih kuat.
Hasil uji T Independen menunjukan 10 senyawa hasil modifikasi turunan styryl
quinolone memiliki perbedaan yang berarti yang dilihat dari harga T hitung > T tabel
dengan taraf kepercayaan α = 0.005. Dari hasil score docking tersebut dapat
digunakan sebagai salah satu dasar pengajuan obat inhibitor HIV-1 yang baik.
C. Pengesahan
48
2023 Tanggal : 24 Jul 2023
A. Jadwal
Waktu Jam Kegiatan
Pagi 08.00-12.00 Penelitian: Screening ligand based drug likeness,
ADME, dan toxicity

Drug-likeness mengacu pada kemiripan suatu senyawa dengan obat oral, metode
untuk mengevaluasi drug-likeness yaitu menggunakan aturan Lipinski’s Rule of Five.
Pengujian Drug Likeness pada 10 senyawa modifikasi turunan styryl quinolone dan
didapatkan hasil bahwa ke sepuluh senyawa tersebut telah memenuhi aturan
Lipinski’s Rule of Five.
Donor Akseptor Refractory
No Senyawa Log P Berat Molekul
proton Proton Molar
1 Ref_ligand 4.57 0 6 442.5063 135.44
2 Prediksi 14 3.92 2 5 347.3640 98.05
3 Prediksi 15 3.94 2 5 333.3374 94
4 Prediksi 16 4.45 2 5 347.3640 99.04
5 Prediksi 18 3.92 2 5 347.3640 98.05
6 Prediksi 19 3.62 3 6 363.3634 100.03
7 Prediksi 20 3.31 4 7 379.3628 102.01
8 Prediksi 21 2.85 4 7 393.3894 106.85
9 Prediksi 22 2.87 4 7 379.3628 102.79
10 Prediksi 23 3.4 3 6 349.095 96.42
11 Prediksi 24 3.48 3 7 379.3628 102.44
C. Pengesahan
49
2023 Tanggal : 25 Jul 2023
A. Jadwal
Waktu Jam Kegiatan
ADME, dan toxicity

Tahap selanjutnya dilakukan analisis ADME dengan basis web preadmet, analisis yang
diambil yaitu skor HIA atau Human Intestinal Absorption , Caco2, PPB, BBB, dan analisis
metabolisme
C. Pengesahan
50
2023 Tanggal : 28 Jul 2023
A. Jadwal
Waktu Jam Kegiatan
ADME, dan toxicity

Uji toxicyti menggunakan program ECOSAR ini digunakan untuk mengetahui
toksisitas terhadap organisme yang ada dalam air. Dan didapatkan hasil bahwa
senyawa modifikasi prediksi 20, 21,22,23 dan 24 memiliki kategori toksisitas yang
rendah dengan nilai LC50>100 mg/L.
C. Pengesahan
51
2023 Tanggal : 1 Ags 2023
A. Jadwal
Waktu Jam Kegiatan
Pagi 08.00-12.00 Penyusunan laporan hasil penelitian bab pendahuluan

Progress penulisan mencapai 25%.
C. Pengesahan
52
RECOM 1 Hari : Rabu
A. Jadwal
Waktu Jam Kegiatan

C. Pengesahan
53
A. Jadwal
Waktu Jam Kegiatan

C. Pengesahan
54
A. Jadwal
Waktu Jam Kegiatan

C. Pengesahan
55
2023 Tanggal : 14 Ags 2023
A. Jadwal
Waktu Jam Kegiatan
Pagi 08.00-12.00 Penyusunan laporan hasil penelitian bab tinjauan
pustaka

C. Pengesahan
56
2023 Tanggal : 15 Ags 2023
A. Jadwal
Waktu Jam Kegiatan
pustaka

C. Pengesahan
57
RECOM 1 Hari : Rabu
2023 Tanggal : 16 Ags 2023
A. Jadwal
Waktu Jam Kegiatan
pustaka

C. Pengesahan
58
2023 Tanggal : 19 Ags 2023
A. Jadwal
Waktu Jam Kegiatan
pustaka

C. Pengesahan
59
2023 Tanggal : 28 Ags 2023
A. Jadwal
Waktu Jam Kegiatan
Pagi 08.00-12.00 Penyusunan laporan hasil penelitian bab metode
penelitian

C. Pengesahan
60
2023 Tanggal : 29 Ags 2023
A. Jadwal
Waktu Jam Kegiatan
penelitian

C. Pengesahan
61
RECOM 1 Hari : Rabu
2023 Tanggal : 30 Ags 2023
A. Jadwal
Waktu Jam Kegiatan
penelitian

C. Pengesahan
62
2023 Tanggal : 31 Ags 2023
A. Jadwal
Waktu Jam Kegiatan
penelitian

C. Pengesahan
63
2023 Tanggal : 1 Sep 2023
A. Jadwal
Waktu Jam Kegiatan
penelitian

C. Pengesahan
64
A. Jadwal
Waktu Jam Kegiatan
Pagi 08.00-12.00 Penyusunan laporan hasil penelitian bab hasil dan
pembahasan

C. Pengesahan
65
A. Jadwal
Waktu Jam Kegiatan
pembahasan

C. Pengesahan
66
RECOM 1 Hari : Rabu
A. Jadwal
Waktu Jam Kegiatan
pembahasan

C. Pengesahan
67
A. Jadwal
Waktu Jam Kegiatan
pembahasan

C. Pengesahan
68
A. Jadwal
Waktu Jam Kegiatan
pembahasan

C. Pengesahan
69
2023 Tanggal : 11 Sep 2023
A. Jadwal
Waktu Jam Kegiatan
Pagi 08.00-12.00 Penyusunan laporan hasil penelitian bab kesimpulan
dan saran

C. Pengesahan
70
2023 Tanggal : 12 Sep 2023
A. Jadwal
Waktu Jam Kegiatan
Pagi 08.00-12.00 Penyusunan laporan hasil penelitian bab kesimpulan
dan saran

C. Pengesahan
71
2023 Tanggal : 14 Sep 2023
A. Jadwal
Waktu Jam Kegiatan
Pagi 08.00-12.00 Penyusunan laporan hasil penelitian bab daftar
pustaka dan lampiran

C. Pengesahan
72
2023 Tanggal : 15 Sep 2023
A. Jadwal
Waktu Jam Kegiatan

C. Pengesahan
73
2023 Tanggal : 16 Sep 2023
A. Jadwal
Waktu Jam Kegiatan

C. Pengesahan
74
2023 Tanggal : 21 Sep 2023
A. Jadwal
Waktu Jam Kegiatan
Pagi 08.00-12.00 Revisi dan pengecekan ulang laporan hasil penelitian

Progress revisi dan pengecekan ulang laporan hasil penelitian mencapai 20%.
C. Pengesahan
75
2023 Tanggal : 22 Sep 2023
A. Jadwal
Waktu Jam Kegiatan

C. Pengesahan
76
2023 Tanggal : 23 Sep 2023
A. Jadwal
Waktu Jam Kegiatan

C. Pengesahan
77
2023 Tanggal : 25 Sep 2023
A. Jadwal
Waktu Jam Kegiatan

C. Pengesahan
78
2023 Tanggal : 26 Sep 2023
A. Jadwal
Waktu Jam Kegiatan

C. Pengesahan
79

09 Logbook

Diunggah oleh

Informasi Dokumen

Hak Cipta

Format Tersedia

Bagikan dokumen Ini

Bagikan atau Tanam Dokumen

Opsi Berbagi

Apakah menurut Anda dokumen ini bermanfaat?

Apakah konten ini tidak pantas?

Hak Cipta:

Format Tersedia

09 Logbook

Diunggah oleh

Hak Cipta:

Format Tersedia

LOG BOOK PENELITIAN OPSI

Modelisasi Persamaan Quantitative Structure Activity and

Bidang Kompetisi Penelitian:

SMAS Al Irsyad Al Islamiyyah Purwokerto

B. Catatan Penting Harian

B. Catatan Penting Harian

B. Catatan Penting Harian

B. Catatan Penting Harian

B. Catatan Penting Harian

B. Catatan Penting Harian

B. Catatan Penting Harian

B. Catatan Penting Harian

B. Catatan Penting Harian

B. Catatan Penting Harian

B. Catatan Penting Harian

B. Catatan Penting Harian

B. Catatan Penting Harian

B. Catatan Penting Harian

B. Catatan Penting Harian

B. Catatan Penting Harian

B. Catatan Penting Harian

B. Catatan Penting Harian

B. Catatan Penting Harian

B. Catatan Penting Harian

B. Catatan Penting Harian

B. Catatan Penting Harian

B. Catatan Penting Harian

B. Catatan Penting Harian

B. Catatan Penting Harian

B. Catatan Penting Harian

B. Catatan Penting Harian

B. Catatan Penting Harian

B. Catatan Penting Harian

B. Catatan Penting Harian

B. Catatan Penting Harian

B. Catatan Penting Harian

B. Catatan Penting Harian

Ukuran sampling Kaiser-Meyer-Olkin 0.690

pIC50 = 5.046 + 0.515 VL1

B. Catatan Penting Harian

B. Catatan Penting Harian

B. Catatan Penting Harian

B. Catatan Penting Harian

B. Catatan Penting Harian

B. Catatan Penting Harian

B. Catatan Penting Harian

B. Catatan Penting Harian

B. Catatan Penting Harian

B. Catatan Penting Harian

B. Catatan Penting Harian

B. Catatan Penting Harian

B. Catatan Penting Harian

B. Catatan Penting Harian

B. Catatan Penting Harian

B. Catatan Penting Harian

B. Catatan Penting Harian

B. Catatan Penting Harian

B. Catatan Penting Harian

B. Catatan Penting Harian

B. Catatan Penting Harian

B. Catatan Penting Harian

B. Catatan Penting Harian

B. Catatan Penting Harian

B. Catatan Penting Harian