BAKTERI DAN VIRUS PATOGEN

PENYEBAB
INFEKSI SALURAN PERNAFASAN
 Pendahuluan
 
Berdasarkan  struktur  anatomi  Saluran  pernafasan  meliputi  mulai  dari 
Hidung,  Sinus,  Pharyng,  Laryng,  Trachea,  Bronchus,  Bronchiolus, 
alveolus,  termasuk  juga  Telinga  tengah.  Saluran  pernafasan 
merupakan  bagian  tubuh  yang  paling  sering  terkena  infeksi,  karena 
hampir  selalu  terekspose  dengan  berbagai  patogen  dari  lingkungan 
selama  bernafas  dan  dari  kontak  tangan  dengan  hidung  dan  mulut. 
Mikroorganisme  patogen  tersebut  adalah  virus,  bakteri,  dan  jamur 
diudara.  Karena  organisme  tsb  menempati  daerah  yang  berbeda 
pada  saluran  nafas  maka  berbagai  syndrome  klinik  akan  dihasilkan, 
termasuk  Common  Cold,  Pahryngitis,  Laryngitis,  Sinusitis,  dan  Otitis 
media  pada  saluran  nafas  bagian  atas,  Tracheobronchitis, 
Bronchiolitis  dan  Croup  pada  anak-anak,  dan  Pneumonia  pada 
saluran nafas bagian bawah. 
 Diantara infeksi saluran nafas bagian atas yang paling umum 
terjadi adalah Pharyngitis dengan berbagai mikroorganisme 
penyebabnya sebagaimana terlihat pada Tabel  dibawah  

Mikrorganisme Penginfeksi Resiko berdasarkan umur yang dapat terinfeksi

Virus : - Rhino, Anak-anak kecil (kurang dari 3 tahun) dan dewasa
- Corona, Anak-anak kecil (kurang dari 3 tahun) dan dewasa
- Adeno, Anak-anak kecil (kurang dari 3 tahun) dan dewasa
- Entero, Anak-anak lebih besar, wabah dalam masyarakat
- Influenza A, B, C, dan Semua group umur
- Epstein-Barr Virus Anak-anak lebih besar dan dewasa muda

Bakteri : Streptococcus pyogenes Anak-anak lebih besar

Mycoplasma pneumonia Anak-anak lebih besar dan dewasa muda
Corynebacterium diphtheriae Anak-anak yang tidak diimunisasi
Diantara infeksi saluran nafas bagian bawah yang sering terjadi adalah Pneumonia, 
yang dibagi kedalam Typical Pneumonia dan Atypical Pneumonia. Adfapun gejala 
klinik dan mikroorganisme penyebabnya seperti terlihat pada Tabel  dibawah ini.
 
Pneumonia Manifestasi Klinik Bakteri Penginfeksi

1. Typical Keluhan mendadak menggigil, demam, sesak Streptococcus pneumoniae

nafas, batuk produktif dengan sputum purulen. Klebsiella pneumoniae
Pemeriksaan fisik : demam, tachypnoe, tachycardi, Hemophylus influenzae
“rales” pada paru-paru. Rontgen adanya M. catarrhalis
konsolidasi pada paru-paru Staphylococcus aureus

2. Atypical Keluhan : Batuk nonproduktif yang gradual, sesak Mycoplasma pneumoniae

nafas, tanda-tanda ekstrapulmonary dengan gejala Chlamydia pneumoniae
yang menonjol sakit kepala, sakit menelan dan Legionella pneumoniae
diare. Pemeriksaan fisik : demam, tachypnoe,
tachycardi. Rontgen hanya ada infiltrat intertitiel,
tak ada konsolidasi
 MYCOBACTERIUM
* Mycobacterium : 50 species, termasuk yang
saprophytic, bentuk batang, aerobic, tidak membentuk
spora
* Mereka tidak mudah diwarnai  sekali dicat, tahan thdp
decolorisasi oleh asam atau alkohol  “acid fast” bacilli
* M.tuberculosis  penyebab tuberculosis, patogen paling
penting pd manusia
* M.leprae  penyebab leprosy (lepra)
* M.avium intracellulare (M.avium complex, atau MAC) 
patogen oportunistik
MAJOR GROUPINGS OF ORGANISMS BELONGING TO THE
GENUS MYCOBACTYERIUM
Mycobacterium tuberculosis complex
M. tuberculosis
M. bovis
M. africanum
Nontuberculous Mycobacteria
Slow-Growing Rapid-Growing
Nonphotochromogens Photochromogens Potentially pathogenic
M. avium complex M. kansasi M. fortuitum
M. celatum M. asiaticum M. chelonae
M. gastri M. marinum M. abscessuss
M. genavense M. intermedium M. smegmatis
M. haemophilum Scotochromogens M. peregrinum
M. malmoense M. szulgai M. mucogenicum
M. shimoidei M. scrofulaceum Rarely pathogenic/ not
M. simiae M. interfectum associated with infection
M. ulcerans M. gordonae M. phlei
M. xenopi M. cookii M. vaccae
M. terrae complex M. hiberniae Noncultivable : M. leprae
 Nama-nama lain yg telah digunakan utk
menyatakan Nontuberkulous
Mycobacterium
* Anonymous
* Atypical
* Unclassified
* Unknown
* Tuberculoid
* Environmental
* Opportunistic
* MOTT (mycobacteria other than tubercle
bacilli)
 RUNYON CLASSIFICATION OF
NONTUBERCULOUS MYCOBACTERIA (NTM)
RUNYON
GROUP GROUP NAME DESCRIPTION
NUMBER

I Photochromogens Colonies : develop pigment following

exposure to light after being grown in
the dark & take > 7 days to appear on
solid media
II Scotochromogens Colonies : develop pigment in the dark
or light & take > 7 days to appear on
solid media
III Nonphotochromoghens Colonies : nonpigmented, whether
grown in the dark or light & take >7 days
to appear on solid media
IV Rapid growers Colonies appear on solid media < 7 days
 Mycobacterium tuberculosis
A.Kharakteristik Umum :
* Langsing, batang agak bengkok, ukuran 0,4 x 3 m; pd
media buatan : bentuk kokoid & filamen terlihat dgn
morfologi yg bervariasi dr 1 spesies dgn lainnya
* Dinding sel waxy lapisan arabinogalactan (Wax D) adalah
st aktif immunoadjuvant
* Memp. st complex peptidoglycanarabinogalactan mycolate
pd dinding sel, hampir 60% lipid
* Sulit dicat dgn Gram, tapi bersifat “highly cross-linked
peptidoglycan”, tak ada endotoksin
 Mycobacterium tuberculosis
Kharakteristik Umum :
* Tahan asam : ok asam lemak rantai panjang yang
disebut asam mikolat pd dinding sel
* Resisten thdp asam & basa, yg dpt diberi perlakuan dgn
asam / basa pd sputum utk mengurangi bakteri normal
sebelum dikultur
* Tumbuh lambat ok gen ribosom copinya tunggal
* Resisten pd pengeringan & banyak desinfektans
* Stimulasi kekebalan yg diperantarai sel  kuat pada
host yang sehat
 Typical organisms

• Pengecatan dgn
teknik Ziehl-Neelsen
atau metoda Kinyoun
dilakukan untuk
identifikasi dari
bakteri tahan asam
 Mycobacterium tuberculosis
Klassifikasi
* Mycobacteria : berhubungan dengan
Corynebacterium, actinomyces, & nocardia
* M. tuberculosis dibedakan dr mycobacteria
lain mel. produksi niacin
* Tak dapat diklasifikasi sbg baik Gram (+)
atau Gram (-)
 Mycobacterium tuberculosis
Culture :
* Media utk kultur primer : nonselective & selective
* Selective : tdpt antibiotik utk mencegah pertumbuhan
bakteri kontaminan & jamur
* Terdapat 3 formulasi umum yg dapat digunakan utk
kedua media nonselektif & media selektif :
1. Semisynthetic agar media
2. Inspissated egg media :
3. Broth media :
 Mycobacterium tuberculosis
1. Semisynthetic agar media :
Media ini kurang sensitif utk isolasi primer ,
digunakan utk observasi morfologi koloni, test
kepekaan
2. Inspissated egg media :
Löwenstein-Jensen : mengandung garam, glycerol,
& substansi organik kompleks (telur segar atau
kuning telur, tepung kentang)
Malachite green didalamnya utk menghambat
bakteria lain
Inokulum kecil dr pend. akan tumbuh dalam 3-6
minggu
 Mycobacterium tuberculosis
3. Broth media :

* Mycobacteria tumbuh dlm “clumps or

masses” disebabkan oleh sifat
hidrofobik dr permukaan sel.
* Pertumbuhan sering lebih cepat dp
kompleks media
* Kultur positif dapat dideteksi rata-
rata dlm 2 minggu
 Mycobacterium tuberculosis
Kharakteristik Pertumbuhan :
* Obligate aerob, derivat energy dr oxidation
banyak senyawa Carbon
* Waktu generasi : 18 jam, bentuk saprophytic
cendrung tumbuh lebih cepat, proliferasi
baik pd 22 – 230C utk memproduksi pigmen
* Temperature 300-400 C (optimum 370 - 380C)
* Mati : 600 C, 15-20 menit
 Mycobacterium tuberculosis
Identification, melalui :

* Temperatur optimal dan waktu pertumbuhan

* Pembentukan pigmen

* Test Niacin, neutral red, urease, nicotinamide

* Mereduksi nitrate nitrite

* Ok Catalase (+) resistant thdp INH

 Mycobacterium tuberculosis
Reaksi thdp agent Fisik & Kimia
* Lebih resisten pd agent kimia sebab permukaan sel yang
hidrofobik
* Dyes (e.g. Malachite green) atau antibacterial
agents (e.g. Penicillin) tidak menghambat pertumbuhan
tuberkel basil
* Asam & alkali digunakan untuk menghilangkan m.o.
kontaminasi & untuk metoda “concentration” dari
spesimen klinik
* Resisten pada pengeringan dan hidup untuk waktu lama
dalam sputum kering
 Mycobacterium tuberculosis
Pathogenisitas
1. Sulfatida (glikolipid mengandung sulfur)  kekuatan toksisitas
dr cord factor & meningkatkan kehidupan intracellular melalui
penghambatan fusi phagosome- lysosome dan menekan
pembentukan superoxida
2. Cord factor (a trehalose mycolate) memecah membran
mitochondria, diikuti dengan respirasi & fosforilasi oxidatif
a. Cord factor menghambat migrasi neutrophil &
menyebabkan m.o. tumbuh dalam suatu cord atau model serpentine
dalam culture
b. Cord factor : berhubungan dengan pembentukan granuloma
 Mycobacterium tuberculosis
Pathogenisitas
3. Protein : masing-masing tipe mycobacterium mengandung
bbp protein yg menimbulkan reaksi tuberculin
- Protein terikat pd fraksi wax  sensitivitas tuberculin
- Mereka juga dapat menimbulkan pembentukan
bermacam-macam antibody
4. Polysaccharida : peran dlm patogenesis tdk pasti
Menginduksi tipe immediate dr hypersensitivity, & can
bersifat sbg Ag dlm reaksi dgn serum O org yg
terinfeksi
 Mycobacterium tuberculosis
Pathogenesis
* Mycobacteria dlm droplets Ø 1 – 5 m
* Terinhalasi  masuk alveoli
* Penyakit adalah hasil dari keberadaan &
proliferasi dari m.o. virulent & interaksi
dengan host
* Injeksi dgn basil avirulen (BCG)  hidup
hanya unbtuk beberapa bulan atau tahun
pada host yang normal
 Mycobacterium tuberculosis
Penyakit Klinik  TUBERKULOSIS
* Disebabkan oleh M. tuberculosis & M. bovis
* Lebih sering pd org klas sosial-ekonomi rendah & penderita
terinfeksi HIV

1. Infection dimulai pd paru-paru; pd individu dgn

kekebalannya alamiah, mulai dgn reaksi inflamasi yg ringan
a. M.o. yg difagosit bereplikasi secara cepat
b. Bentuk lesi Ghon dlm paru-paru & kel.limpe regional
disebut Ghon Kompleks)
c. Gejala kilnik biasanya tdk significans
 Mycobacterium tuberculosis
2. Jika jumlah sel relatif sedikit & respon
diperantarai sel tinggi, respon jaringan
(lymphocytes, macrophages, Langhans’ giant
cells, fibroblasts, & capillaries) 
memproduksi granuloma yg mengandung
infeksi
3. Jika jumlah sel adalah besar dan respon
diperantarai sel tinggi  exudative &
gaseous response  penyakit cavitary &
penyebaran melalui bronchus
 Mycobacterium tuberculosis
4. Pd individu yg inkompeten secara
imunology, infeksi menyebar baik secara
hematogen (terjadi miliary
tuberculosis) / melalui coalescence
5. Pd infeksi primer yg tak diobati, infeksi
mungkin bisa re-aktivasi nantinya :
a. Disebut Sekunder atau postprimer
tuberculosis, reaktivasi terjadi hanya pada
individu yg disensitisasi sebelumnya
b. Necrosis didapat secara prominent
 Mycobacterium tuberculosis
IAGNOSIS LABORATORIUM

Adanya bakteri tahan asam dalam sputum  melakukan

pengecatan ZN & Fluorescens pada sepesimen :
sputum, atau gastric washing, urine, pleural fluid, CSF,
joint fluid, biopsy material, blood atau material yg dicurigai
Skin testing with PPD :
a. Positive test : infection at some time but not
necessarily current disease
b. Anergic to Ag : known tb disease, negative PPD test
 Mycobacterium tuberculosis
Deteksi DNA, serology & deteksi antigen
 PCR : deteksi cepat dan langsung dari M. tuberculosis
Sensitivitas seluruhnya 55 – 90 %, spesifisitas
99 %
 Enzyme immunoassay digunakan utk mendeteksi antigen
mycobacterial, tapi sensitivitas & spesifisitas lebih
kurang dari metoda lain
 Masalah yg ada mirip dalam aplikasi dari EIA utk
mendeteksi antibody thdp antigen M.tuberculosis
 Tak satupun dari metoda ini yg adekuat utk dipakai
rutin pada diagnosis
 Mycobacterium tuberculosis
SKALA BRONCHORST
Jumlah basil tahan asam yang diobservasi pada preparat yang
diwarnai : +1 : 40 basil dalam 15 menit
+2 : 20 basil/10 Lapangan pandangan besar
+3 : 60 basil/10 Lapangan pandangan besar
+4 : 120 basil/10 Lapangan pandangan besar
+5 : > 120 basil/10 Lapangan pandangan besar
Skala Bronchorst menyatakan proses TBC secara klinik dan radiologi
+5 : cavitas besar & proses active
+4 : mungkin cavitas besar & proses active
+3 : mungkin ada cavitas & proses active
+2 :
Tak ada cavitas / kecil, tidak active
+1 :
 Mycobacterium tuberculosis
METHODS FOR REPORTING NUMBERS OF
ACID-FAST BACILLI OBSERVED IN STAIN
SMEARS
(CDC METHOD)
NUMBER OF BACILLI CDC METHOD REPORT
OBSERVED
0 Negative (–)
1 – 2 / 300 field Number seen (±)
1 – 9 / 100 field Average no. / 100 field (1+)
1 – 9 / 10 field Average no. / 10 field (2+)
1 – 9 / field Average no. / field (3+)
More than 9 / field More than 9 / field (4+)
 Mycobacterium tuberculosis
Pengobatan :
- The primary treatment  specific chemotherapy
The 2 major drugs : isoniazid & rifampin
The other first line drugs : pyrazinamide,
ethambutol,
streptomycin
- Second line drugs : lebih toksik atau kurang
efektif (atau keduanya), harus digunakan dalam
terapi hanya dalam kondisi ttt (e.g. kegagalan
terapi, MDR) : kanamycin, capreomycin,
ethionamide,cycloserine, ofloxacin, & ciprofloxaxin
 Mycobacterium tuberculosis
Tujuan pengobatan :
 menyembuhkan lesi
 mengeliminasi basil
Pengobatan membutuhkan :
* acceptable (diterima)
* effective (efektif)
* cheap (murah)
* available (tersedia)
* fast action (kerja cepat)
*easy to take (mudahdimakan)
*nontoxic (tdk toksik)
 Mycobacterium tuberculosis

Kegagalan terapi terjadi karena :

1. Inadequate
2. Uncontinue
3. Discontinue
4. Side effect
5. Resistant
 Mycobacterium tuberculosis
Prevention & control
1. Pengobatan yg tepat dan efektif dari penderita
dengan kontak aktif TB & follow up kontak mereka
yg hati-hati dengan test tuberculin, radiologi
2. Pengobatan dgn obat pada org ug asimptomatik pd
group umur yg paling mungkin berkomplikasi (anak)
3. Immunisasi : BCG
4. Eradikasi dari TB pada cattle & pasteurisasi susu
dapat mengurangi secara bermakna pada infeksi
M. bovis