Faktor-faktor yang mempengaruhi produktivitas sekunder Dinamika zooplankton di perairan dipengaruhi oleh berbagai faktor kimia, fisik ,dan

biologi di lingkungan sekitarnya. Faktor-faktor tersebut akan memengaruhi pola migrasi,metabolisme, reproduksi,dan pertumbuhan populasi zooplankton.Beberapa faktor yang memegang perananan penting dalam dinamika zooplankton adalah cahaya, temperatur,salinitas,kondisi hidrografi dan perilaku makan zooplankton. 1. Cahaya Cahaya merupakan faktor utama yang berperan dalam proses migrasi vertikal zooplankton.Cahya berperan sebagai pemicu proses perpindahan. Migrasi vertikal merupakan respon dari cahaya.Zooplankton melakukan migrasi vertikal sangat berkaitan dengan usaha untuk menghindari predator, mencari dan memanfaatkan makanan dalam jumlah yang lebih banyak, meningkatan fekunditas dan meningkatan pergerakan dan pernyebaran dalam ekosistem estuari. 2. Temperatur Temperatur mempengaruhi proses fisiologis dan ekologi zooplankton.Laju metabolisme merupakan fungsi dari zooplankton,sementara fekunditas,umur,ukuran dan parameter lainnya juga sangat di pegaruhi oleh temperatur.(Houde & Zastrow , 1993 dalam Otterlei et al.1999). Temperatur juga mempengaruhi kelimpahan larva ikan dan menjadi penyebab terjadinya suksesi pada ekosistem yang mengalami pergantian musim secara terus menerus seperti didaerah subtropis (Malzahn, 2006).Kiddey et al.(1999) dalam Setijanto et al ., (2003) menyatakan bahwa distribusi telur dan larva ikan berkorelasi secara signifikan dengan temperatur , salinitas dan kelimpahan zooplankton.Di daerah subtropis , pengaruh temperatur dapat terlihat secara nyata akibat adanya perubahan musim,namun di daerah tropis dimana fluktuasi temperatur sangat kecil sehingga efek dari perubahan temperatur tidak dapat terlihat secara nyata.Pengaruh temperatur dapat terlihat secara nyata pada proses distribusi vertikal larva. 3. Salinitas Distribusi zooplankton juga sangat dibatasi oleh toleransi salinitas dalam estuari. Zooplankton sangat reponsif terhadap salinitas dalam ekosistem estuari (Plourdei et al., 2002).Toleransi Holoplankton dan Meroplankton terhadap salinitas bervariasi diantara fase ontogenetik pada satu spesies.Pola suksesi dan dominansi dari bagian atas estuari ke bagian mulut estuari juga dipengaruhi oleh kosentrasi salinitas.Salinitas yang ekstrim dapat menghambat laju pertumbuhamn dan menyebabkan kematian pada banyak zooplankton. Jenis-jenis yang mempunyai toleransi tinngi terhadapa salinitas dapat bertahan terhadap kondisi yang ekstrim melalui proses Osmoregulai.Perkembangan Meroplankton dan Ichtiplankton di ekosistem estuari juga sangat bergantung pada salinitas.Contohnya adalah larva

kepiting calico membutuhkan salinitas ,kurang dari 50ppt untuk perkembangannya (Kennish, 1987). 4. Perilaku Makan Faktor makanan sangat memegang peranan dalam dinamika zooplankton di ekosistem estuari. Proses suksesi populasi zooplankton secara alamiah sangat bergantung pada ketersediaan makanan.Perilaku makan zooplankton memainkan peranan penting dalam proses aliran energi dalam rantai makanan diestuari (Legget & Deblois, 1994 dalam Alemany, 2003). Perilaku makan copepoda contohnya, copepoda tidak hanya memakan fitoplankton tetapi juga memakan nauplius dari copepoda itu sendiri sehingga jaring makanan yang ada bertambah kompleks. Beberapa jenis copepoda biasanya memangsa larva ikan, akan tetapi ada juga jenis lainnya yang merupakan mangsa bagi larva ikan. Proses saling makan memakan ini menyebabkan rantai makanan yang ada di estuari menjadi kompleks dan banyak sekali masalah .