MAKALAH BIOMOLEKULER

CELLS AND MACROMOLECULES

Oleh : Lira Masri 160121130003 Farah Asnely Putri 160121130005 Hadira 160121130009

Pembimbing : Prof. Dr. Sunardhi W., drg.

PROGRAM PENDIDIKAN DOKTER GIGI SPESIALIS BEDAH MULUT DAN MAKSILOFASIAL FAKULTAS KEDOKTERAN GIGI UNIVERSITAS PADJADJARAN 2014

BAB I KLASIFIKASI SELULER

A.

Klasifikasi Sel a. Eubakteria Secara struktural, didefinisikan sebagai prokariota, sel ini memiliki membran plasma, biasanya diselubungi oleh dinding sel yang rigid, tanpa adanya ruang-ruang intraseluler. Memiliki kromosom tunggal yang besar dan sirkuler. Eubakteria bisa uniseluler atau multiseluler. Eubakteria yang paling sering dipelajari adalah Escherichia coli. b. Archaea Secara struktural, archaea didefinisikan sebagai prokariota namun berbeda dari eukariota karena adanya penyimpangan di nenek moyang mereka dari

Eubacteria. Mereka cenderung menghuni lingkungan yang ekstrim. Mereka secara biokimia dekat dengan Eubacteria dalam beberapa hal tetapi untuk eukariota di hal lain. Mereka juga memiliki beberapa keanehan biokimia. c. Eukariota Sel tumbuhan, hewan, fungi, dan protist memiliki kompartemen-kompartemen subseluler yang jelas yang diikat oleh membran lipid (contohnya nuklei, mitokondria, retikulum endoplasma). Organel-organel ini adalah lokasi proses biokimia tertentu dan mendefinisikan eukariota. d. Differensiasi Pada sebagian besar eukariota multiseluler, sekelompok sel berdiferensiasi selama pertumbuhan organisme untuk memberikan fungsi-fungsi khusus (contohnya pada hati, otak, dan ginjal). Pada sebagian besar kasus, mereka memiliki DNA yang sama tetapi mentranskripsi gen yang berbeda. Seperti proses seluler lainnya, diferensiasi dikontrol oleh gen. Koordinasi aktivitas dari tipe sel yang berbeda membutuhkan suatu komunikasi di antara sel tersebut.

A.1 Eubakteria

Eubakteria merupakan satu dari dua subdivisi prokariota. Prokariota adalah sel hidup yang paling sederhana, biasanya ukuran diameternya 1-10 m, dan bisa ditemukan di lingkungan manapun dari dalam usus hewan hingga mata air panas yang asam. Dahulu mereka didefinisikan berdasarkan organisasi strukturalnya (gbr. 1). Mereka diikat oleh membran sel (plasma) yang terdiri dari bilayer lipid yang melekat protein yang memungkinkan masuk dan keluarnya molekul-molekul kecil. Sebagian besar prokariota juga memiliki dinding sel yang rigid diluar membran plasma yang mencegah sel mengalami pembesaran atau pengisutan pada lingkungan dimana osmolaritasnya berbeda secara signifikan dengan kondisi di dalam sel. Bagian dalam sel (sitoplasma dan sitosol) biasanya mengandung kromosom tunggal yang sirkuler dipadatkan ke dalam nucleoid dan melekat pada membran (lihat Topik D1), dan sering molekul plasmid (asam deoksiribonukleat kecil (DNA) dengan informasi genetik yang terbatas, (lihat Topik G2), asam ribonukleat (RNA), ribosom (lokasi sintesis protein, lihat Bagian Q) dan sebagian besar protein yang melakukan reaksi metabolisme sel. Beberapa protein ini melekat pada membran plasma, tetapi tidak ada organel subselular yang berbeda seperti pada eukariota untuk memilah-milah berbagai bagian metabolisme. Permukaan prokariota mungkin membawa pili, yang memungkinkan untuk menempel pada sel dan permukaan lain, dan flagela, yang gerakan berputarnya memungkinkan sel untuk berenang. Kebanyakan prokariota adalah uniseluler, mana beberapa, tertentu bagaimanapun melaksanakan juga, fungsi memiliki khusus. bentuk Eubacteria multiseluler berbeda di dari

sel-sel

Archaea terutama dalam biokimia mereka. Eubacterium Escherichia coli memiliki ukuran genom (kandungan DNA) dari 4600 pasang kilobase (kb) yang cukup genetik informasi untuk sekitar 3000 protein. Biologi molekuler yang telah dipelajari secara ekstensif. Genom bakteri paling sederhana, Mycoplasma genitalium, hanya memiliki 580 kb DNA dan mengkodekan hanya 470 protein. Ini memiliki kapasitas metabolik sangat terbatas.

1.2 Archaea Archaea atau archaebakteria, merupakan subdivisi kedua dari prokariota dan biasanya hidup di lingkungan ekstrim. Secara struktural, mereka menyerupai eubakteria. Namun demikian, berdasarkan evolusi molekul ribosom RNA (rRNA), Eubacteria. Namun, atas dasar evolusi RNA molekul ribosom mereka (rRNA) (lihat Topik O1), berbeda dari Eubacteria karena kedua kelompok prokariota berasal dari eukariota dan menampilkan beberapa fitur biokimia yang tidak biasa, misalnya eter di tempat hubungan ester dalam lipid membran (lihat Topik A3). Genom 1740 kb archaeon Methanococcus jannaschii mengkodekan maksimum 1738 protein. Perbandingan mengungkapkan bahwa mereka yang terlibat dalam produksi energi dan metabolisme paling berdekatan dengan Eubacteria sementara mereka yang terlibat dalam replikasi, transkripsi dan translasi lebih mirip dengan eukariota. Tampaknya bahwa Archaea dan eukariota berbagi nenek moyang evolusi umum yang menyimpang dari nenek moyang Eubacteria. 1.3 Eukariota Eukariota diklasifikasikan secara taksonomi menjadi empat kerajaan yang terdiri dari hewan ,tumbuhan, jamur dan protista ( ganggang dan protozoa ) . Secara struktural , eukariota didefinisikan oleh kepemilikan mereka terhadapa organel yang dilapisi membran (Gambar 2 ) dengan fungsi metabolisme khusus ( lihat Topik A2 ) . Sel eukariotik cenderung lebih besar dari prokariota : diameter 10-100 m. Mereka dikelilingi oleh plasma membran , yang dapat memiliki bentuk yang sangat berbelit-belit untuk memperluas daerah permukaannya. Tanaman dan banyak jamur dan protista juga memiliki dinding sel yang kaku. Sitoplasma adalah gel yang sangat terorganisir yang berisi , selain organel dan ribosom , sebuah kumpulan serat protein yang disebut sitoskeleton yang mengontrol bentuk dan pergerakan sel dan yang menyelenggarakan banyak fungsi metabolik. Serat ini meliputi mikrotubulus, terbuat dari tubulin, dan mikrofilamen, terbuat dari aktin (lihat Topik A4) . Banyak

eukariota multiseluler, dengan kelompok sel yang mengalami diferensiasi selama perkembangan untuk membentuk jaringan khusus dari seluruh organisme.

A.4 Diferensiasi Ketika suatu sel membelah, sel anaknya bisa bersifat betul-betul identik di segala aspek, atau ia dapat merubah pola ekspresi gennya untuk kemudian memiliki fungsi yang berbeda dari sel induknya. Di antara prokariota dan eukariota rendah, pembentukan spora adalah contoh diferensiasi seluler (lihat Topik 1.3). Di antara eukariota multiseluler kompleks, sel embrio berdiferensiasi menjadi sel yang sangat khusus, contohnya otot, saraf, hati, dan ginjal. Pada semua kasus, kecuali beberapa kasus pengecualiam, kandungan DNA tetaplah sama, tetapi gen yang di transkripsikan telah berubah. Diferensiasi diregulasi oleh gen pengatur pertumbuhan (lihat topik N2). Mutasi pada gen ini berakibat pada bentuk tubuh yang abnormal, contohnya kaki berada dimana seharusnya antena berada pada lalat buah Drosophila. Penelitian mengenai mutasi gen seperti itu memungkinkan proses pertumbuhan embrio untuk dipahami. Pada organisme multiseluler, koordinasi aktivitas berbagai jaringan dan organ dikontrol oleh komunikasi diantara mereka. Meliputi molekul-molekul sinyal seperti neurotransmiter, hormon, dan faktor pertumbuhan yang disekresikan oleh jaringan dan bereaksi terrhadap yang lain melalui reseptor permukaan sel yang spesifik.

BAB II ORGANEL SUBSELULER

2.1 Nukleus Nukleus eukariota membawa informasi genetik sel dalam kromosom multipel, masing-masing mengandung molekul DNA tunggal. Nukleusnya diikat oleh membran ganda lipid, selubung nukleus mengandung pori-pori yang memungkinkan perpindahan molekul yang cukup besar. Transkripsi RNA bertempat di nukleus dan molekul RNA yang diproses lewat ke sitoplasma dimana translasi terjadi. Nukleuoli merupakan badan di dalam nukleus ketika RNA disintesa dan ribosom sebagian dibentuk.

2.2 Mitokondria dan Kloroplast. Respirasi seluler, yaitu oksidasi nutrisi untuk menyalurkan energi dalam bentuk adenosine 5-triphosphate (ATP), bertempat di mitokondria. Organel ini berdiameter sekitar 1-2 m dan berjumlah sekitar 1000-2000 per sel. Mitokondria memiliki lapisan luar membran yang mulus dan bagian dalam membran yang berbelitbelit yang membentuk protrusi yang disebut krista. Mitokondria mengandung

molekul DNA sirkuler yang kecil, RNA spesifik mitokondria dan ribosom dimana beberapa protein mitokondria disintesa. Bagaimanapun juga, mayoritas protein mitokondria (dan kloroplast) dikode oleh inti DNA dan disintesa di sitoplasma. Protein yang terakhir ini memiliki urutan sinyal yang menargetkan mereka ke mitokondria. Kloroplast tanaman merupakan lokasi fotosintesis, asimilasi CO2 dan air untuk membentuk karbohidrat dan oksigen yang bergantung pada cahaya. Walaupun berukuran lebih besar dari mitokondria, mereka memiliki struktur yang serupa kecuali, pada tempat dimana krista berada, mereka memiliki sistem membran yang ketiga (thylakoids) pada ruangan membran bagian dalam. Thylakoids mengandung klorofil, yang menyimpan energi cahaya untuk fotosintesis. Kloroplast juga sebagian genetiknya independen terhadap inti. Kedua mitokondria dan kloroplas diyakini telah berevolusi dari prokariota yang telah membentuk hubungan simbiosis dengan eukariot bernukleus primitif.

2.3 Retikulum endoplasma

Retikukulum endoplasma adalah sistem membran yang luas dalam sitoplasma dan berkelangsungan dengan selubung nukleus. Ada dua bentuk yang terlihat di sebagian besar sel. Retikulum endoplasma yang rata membawa banyak enzim yang terikat membran, termasuk yang terlibat dalam biosintesis lipid tertentu dan oksidasi serta detoksifikasi dari komponen asing (xenobiotik) seperti obat-obatan. Retikulum endoplasma yang kasar (RER) disebut demikian karena keberadaan banyak ribosom. Ribosom-ribosom ini secara spesifik mensintesa protein yang akan disekresikan oleh sel, seperti protein plasma atau susu, atau protein yang ditujukan untuk membran plasma atau organel-organel tertentu.terlepas dari protein membran plasma, yang pada awalnya melekat pada membran RER, protein ini ditranslokasikan ke ruangan interior (lumen) RER dimana mereka akan dimodifikasi, biasanya oleh glikosilasi. Lipid dan protein yang disintesa pada RER ditransportasikan melalui vesikel transport khusus ke badan golgi, kumpulan vesikel membran yang diratakan yang akan lanjut memodifikasi, memilah, dan mengarahkan mereka ke tujuan akhirnya. 2.4 Microbodies Lisosom adalah organel terikat membran kecil yang berasal dari badan golgi dan mengandung beragam enzim pencernaan yang dapat menghancurkan protein, asam nukleat, lipid, dan karbohidrat. Mereka bertindak sebagai pusat daur ulang untuk makromolekul yang dibawa masuk dari luar sel atau dari organel yang rusak. Beberapa reaksi metabolik yang menghasilkan radikal bebas yang sangat reaktif dan hidrogen peroksida dibatasi di dalam organel yang disebut peroksisom untuk mencegah spesies ini merusak komponen seluler lainnya. Peroksisom mengandung katalis enzim, yang menghancurkan hidrogen peroksida : 2H2O2 2H2O + O2 Gloksisom adalah peroksisom tanaman khusus yang membawa reaksi siklus gloksilate. Lisosom, peroksisom, dan gliksosom secara kolektif dikenal sebagai microbodies. 2.5 Isolasi Organel Membran plasma eukariota bisa terputus karena berbagai akibat termasuk diantaranya shock osmosis, pergeseran mekanis yang terkontrol atau oleh detergen nonionik tertentu. Organel-organel menunjukkan perbedaan ukuran dan kepadatan yang besar, contohnya nukleus dan mitokondria, dapat dipisahkan satu dengan yang

lainnya dan dari organel lainnya melalui sentrifugasi diferensial berdasarkan nilai koefisien sedimentasinya. Lysate sel disentrifugasi pada kecepatan yang cukup tinggi untuk mensedimentasikan hanya organel-organel yang terberat saja, biasanya yaitu nukleusnya. Supernatant yang mengandung organel-organel lainnya dihilangkan dan kemudian disentrifugasi dalam kecepatan yang lebih tinggi untuk mensedimentasikan mitokondria, dan demikian seterusnya. Teknik ini juga digunakan untuk memfraksis suspensi yang mengandung tipe sel dari ukuran yang berbeda, contohnya sel darah merah, sel darah putih, dan platelet darah. Persiapan mentah dari sel, nukleus dan mitokondria biasanya memerlukan pemurnian lebih lanjut dengan centrifugasi kepadatan yang berbeda. Yang juga digunakan untuk memisahkan organel dengan kepadatan yang serupa. Di tingkat sentrifugasi zonal, campurannya berada di atas konsentrasi yang telah terbentuk sebelumnya, campuran berlapis di atas konsentrasi yang telah terbentuk (dan , karena itu , kepadatan) gradien dari media yang sesuai dalam tabung sentrifugasi . Setelah sentrifugasi , band atau zona dari berbagai komponen sedimen pada tingkat yang berbeda bergantung pada koefisien

sedimentasi, dan terpisah (Gambar 1b). Tujuan dari kerapatan gradien dari media pendukung adalah untuk mencegah pencampuran konvektif dari komponen setelah pemisahan (yaitu untuk memberikan stabilitas) dan untuk memastikan kecepatan sedimentasi linear tingkat komponen ( mengkompensasi percepatan komponen ketika mereka bergerak lebih ke bawah tabung). Dalam sentrifugasi ekuilibrium (isopycnic), gradien kepadatan meluas ke kepadatan lebih tinggi dari satu atau lebih komponen campuran sehingga komponen ini datang ke ekuilibrium pada titik yang sama dengan kepadatan mereka sendiri dan berhenti bergerak. Dalam hal ini , gradien densitas baik yang telah dibentuk sebelumnya, dan sampel yang berlapis di atas , atau membentuk diri sendiri , dimana sampel dapat dicampur dengan gradien materi (Gambar 1c). Kepadatan gradien terbuat dari zat-zat seperti sukrosa , Ficoll ( polisakarida sintetis ) , metrizamide ( sintetis iodinasi berat senyawa) atau cesium klorida ( CsCl ) , untuk pemisahan asam nukleat (lihat Topik C2 dan G2 ) . Kemurnian fraksi subselular dapat ditentukan dengan menggunakan mikroskop elektron atau dengan pengujian aktivitas enzim diketahui terkait khusus dengan organel tertentu , misalnya suksinat dehidrogenase dalam mitokondria .

BAB III MACKROMOLEKUL

3.1 Protein dan Asam Nukleat Protein merupakan polimer dari asam amino yang dihubungkan oleh ikatan peptida. Struktur asam amino dan protein dibahas secara rinci dalam Bagian B. Protein memiliki peran struktural dan fungsional. Asam nukleat DNA dan RNA adalah polimer nukleotida, yang terdiri dari nitrogen yang dasar, pentosa dan asam fosfat. Struktur mereka dijelaskan secara rinci dalam Bagian C. Ada tiga jenis utama RNA selular: messenger RNA (mRNA), RNA ribosom (rRNA) dan RNA transfer (tRNA). Asam nukleat terlibat dalam penyimpanan dan pengolahan informasi genetik (lihat Topik D5), tapi ekspresi informasi ini membutuhkan protein. 3.2 Polisakarida Polisakarida merupakan polimer dari gula sederhana yang dihubungkan secara kovalen oleh ikatan glikosidik. Mereka berfungsi terutama sebagai simpanan nutrisi gula dan sebagai bahan struktural. Selulosa dan pati merupakan komponen yang berlimpah pada tanaman. Keduanya adalah polimer glukosa, namun berbeda dalam cara monomer glukosa terikat. Selulosa adalah polimer linear dengan keterkaitan ( 1 4 ) (Gambar 1a) dan merupakan komponen struktural utama dari dinding sel tanaman. Sekitar 40 rantai yang paralel membentuk lembaran horizontal yang disusun vertikal di atas satu sama lain . Rantai dan lembaran yang dipegang oleh ikatan hidrogen (lihat Topik A4) untuk menghasilkan serat yang tangguh dan tidak larut . Pati adalah sumber gula dan ditemukan dalam butiran intraseluler besar yang dapat dihidrolisis dengan cepat untuk melepaskan glukosa untuk metabolisme . Pati berisi dua komponen : - amilase , polimer linear dengan keterkaitan (1 4 ) (Gambar 1b ) , dan amilopektin , polimer bercabang dengan tambahan keterkaitan (1 6) . Dengan residu glukosa hingga 106, amylopectins merupakan molekul terbesar yang diketahui . Hubungan yang berbeda dalam pati menghasilkan konformasi melingkar yang tidak bisa terikat erat, sehingga pati larut dalam air. Fungi dan beberapa jaringan hewan (misalnya hati dan otot) menyimpan glukosa sebagai glikogen, polimer bercabang seperti amilopektin . Kitin ditemukan dalam dinding sel jamur dan di exoskeleton serangga dan krustasea . Kitin mirip dengan selulosa , tetapi unit monomernya adalah N - asetilglukosamin. Mukopolisakarida (glikosaminoglikan)

membentuk solusi seperti gel di mana protein fibrosa jaringan ikat tertanam. Penentuan struktur polisakarida yang besar menjadi rumit karena mereka heterogen dalam ukuran dan komposisi dan karena mereka tidak dapat dipelajari secara genetik seperti asam nukleat dan protein.

Lipid Sementara lipid individu tidak sepenuhya makromolekul , banyak yang dibangun dari kecil unit monomer dan mereka terlibat dalam banyak majelis makromolekul ( lihat Topik A4 ) . Molekul lipid besar sebagian besar adalah hidrokarbon di alam dan kurang larut dalam air . Beberapa terlibat dalam penyimpanan dan transportasi energi sementara yang lain merupakan komponen kunci dari membran , pelindung mantel dan struktur sel lainnya . Gliserida memiliki satu , dua atau tiga rantai panjang Asam lemak pada molekul gliserol . Dalam trigliserida hewan , lemak asam tidak memiliki ikatan rangkap ( jenuh ) sehingga rantai yang linear , molekul bisa pak erat dan lemak yang dihasilkan solid. Minyak tumbuhan mengandung unsaturated asam lemak dengan satu atau lebih ikatan ganda . Struktur miring dari rantai ini mencegah kemasan dekat sehingga mereka cenderung cairan pada suhu kamar. Membran mengandung fosfolipid , yang terdiri dari gliserol diesterifikasi dua asam lemak dan asam fosfat . Fosfat ini juga biasanya diesterifikasi dengan molekul kecil seperti serin , etanolamin , inositol , atau kolin (Gambar 2 ) . Membran juga mengandung sphingolipids seperti ceramide , di mana longchain yang sphingosine alkohol amino memiliki asam lemak yang dihubungkan oleh ikatan amida. Lampiran fosfokolin ke ceramide yang menghasilkan sphingomyelin.

Makromolekul Kompleks Banyak makromolekul mengandung asosiasi kovalen atau noncovalent lebih dari salah satu kelas utama biomolekul besar. Hal ini dapat meningkatkan fungsi atau kemampuan struktural kompleks yang dihasilkan. Sebagai contoh, hampir semua enzim adalah protein, tetapi beberapa memiliki RNA noncovalently terpasang komponen yang penting untuk aktivitas katalitik. Asosiasi asam nukleat dan protein yang dikenal sebagai nucleoproteins. Contohnya adalah telomerase, yang bertanggung jawab untuk mereplikasi ujung kromosom eukariotik (lihat Topik D3 dan E3) dan ribonuklease P, enzim yang jatuh tempo RNA transfer (tRNA). Dalam telomerase, RNA bertindak sebagai template untuk sintesis DNA telomer, sementara di ribonuklease P, RNA berisi situs katalitik enzim. Ribonuklease P adalah contoh dari ribozyme (lihat Topik O2). Glikoprotein mengandung protein dan karbohidrat (antara <1% dan > 90% dari berat) komponen, glikosilasi adalah bentuk paling umum dari modifikasi pasca-translasi protein (lihat Topik Q4). Karbohidrat adalah selalu kovalen melekat pada permukaan protein, pernah interior, dan sering variabel dalam komposisi, menyebabkan microheterogeneity (Gambar 3). Ini telah membuat glikoprotein sulit untuk belajar. Glikoprotein memiliki fungsi yang menjangkau seluruh berbagai kegiatan protein, dan biasanya ditemukan ekstrasel. Mereka merupakan komponen penting dari membran sel dan memediasi sel-sel pengakuan. Proteoglikan (mucoproteins) adalah kompleks besar (> 107 Da) dari protein dan mukopolisakarida ditemukan di dinding sel bakteri dan di ruang ekstraselular dalam jaringan ikat. Unit gula mereka sering memiliki kelompok sulfat, yang membuat mereka sangat terhidrasi . Hal ini , ditambah dengan panjang mereka ( > 1000 unit ) , menghasilkan solusi dari viskositas tinggi . Proteoglikan bertindak sebagai pelumas dan peredam kejut dalam ruang ekstraselular. Lipid protein -linked memiliki komponen lipid kovalen terpasang. ini adalah biasanya asil lemak ( misalnya

myristoyl atau palmitoil ) atau isoprenoid ( misalnya farnesyl atau geranylgeranyl ) kelompok . Kelompok-kelompok ini berfungsi untuk jangkar protein dalam membran melalui interaksi hidrofobik dengan lipid membran dan juga mempromosikan asosiasi protein - protein ( lihat Topik A4 ).

Dalam lipoprotein , lipid dan protein terkait noncovalently . karena lipid yang sukar larut dalam air , mereka diangkut dalam darah sebagai lipoprotein. Ini pada dasarnya partikel trigliserida dan kolesterol ester dilapisi dengan lapisan fosfolipid , kolesterol dan protein ( yang apolipoproteins ). Struktur dari apolipoproteins yang sedemikian rupa sehingga amino hidrofobik mereka asam menghadapi menuju interior lipid dari partikel sementara diisi dan polar asam amino ( lihat Topik B1 ) wajah ke arah luar ke dalam lingkungan berair . ini membuat partikel larut . Glikolipid , yang meliputi cerebrosides dan gangliosides , memiliki kovalen lipid dan karbohidrat komponen terkait , dan sangat melimpah di membran sel otak dan saraf .

BAB IV SUSUNAN MAKROMOLEKUL BESAR

4.1 Kompleks Protein Arsitektur selular mengandung banyak kompleks besar dari kelas

makromolekul yang berbeda dengan diri mereka sendiri atau dengan satu sama lain. Banyak struktural utama dan elemen locomotory sel terdiri dari protein kompleks. Sitoskeleton adalah array dari filamen protein yang mengatur bentuk dan gerak sel dan distribusi intraseluler organel subselular. Mikrotubulus adalah polimer panjang tubulin, globular protein 110 kilodalton (kDa) (Gambar 1, lihat Topik B2). Merupakan komponen utama dari sitoskeleton dan silia dan flagela eukariotik, struktur yang berbentuk seperti rambut pada permukaan banyak sel yang memindahkan sel atau memindahkan cairan di permukaan sel dengan gerakan cambuk. Cilia juga mengandung protein nexin dan dynein.

Mikrofilamen terdiri dari protein aktin membentuk susunan kontraktil dengan protein myosin untuk menyebabkan gerakan sitoplasma. Aktin dan myosin juga merupakan komponen besar serat otot. Filamen intermediet sitoskeleton mengandung berbagai

protein termasuk keratin dan memiliki berbagai fungsi, termasuk memperkuat struktur sel. Dalam semua kasus, energi untuk pergerakan dihasilkan oleh hidrolisis ATP atau guanosin 5-trifosfat (GTP).

4.2 Nukleoprotein Nukleoproteins terdiri dari baik asam nukleat maupun protein . Ribosom merupakan kompleks ribonucleoprotein sitoplasma besar yang merupakan lokasi dari sintesis protein ( lihat Bagian Q ) . Bakteri 70S ribosom memiliki subunit besar (50S) dan kecil ( 30S ) dengan massa total 2,5 x 106 Da . (Nilai S , misalnya 50S , adalah nilai numerik koefisien sedimentasi , s , dan menggambarkan tingkat dimana makromolekul atau sedimen partikel dalam bidang sentrifugal . Hal ini ditentukan baik oleh massa maupun bentuk molekul atau partikel, oleh karenanya nilai S tidak aditif). Subunit 50S mengandung 23S dan 5S molekul RNA dan 31 protein yang berbeda sementara subunit 30S berisi 16S molekul RNA dan 21 protein . Ribosom eukariotik 80S memiliki subunit 60S ( dengan 28S , 5.8S dan 5S RNA ) dan 40S (dengan 18S RNA ) . Dalam kondisi yang tepat , campuran dari rRNA dan protein akan merakit diri dalam urutan yang tepat menjadi ribosom fungsional in vitro. Dengan demikian , semua informasi untuk struktur ribosom melekat dalam struktur komponen . RNA tidak hanya merupakan kerangka kerja untuk perakitan protein ribosom , tetapi berpartisipasi dalam baik dalam pengikatan RNA ataupun dalam katalisis sintesis ikatan peptida (lihat Topik Q2). Kromatin adalah bahan dari mana kromosom eukariotik dibuat. Merupakan kompleks deoksiribonukleoprotein yang terdiri dari jumlah DNA yang kira-kira sama dan kecil , protein dasar yang disebut histon (lihat Topik D2) . Kemudian membentuk unit pengulangan yang disebut nukleosom. Perakitan nukleosom dan banyak kompleks protein lain yang benar membutuhkan protein perakitan, atau pendamping. Histon menetralisir tolakan antara muatan negatif dari kerangka DNA gula-fosfat dan memungkinkan DNA untuk dikemas erat dalam kromosom. Virus adalah contoh lain dari kompleks nukleoprotein.Virus akan dibahas dalam Bagian R.

4.3 Membran Ketika ditempatkan dalam lingkungan berair , fosfolipid dan sphingolipids secara alami membentuk bilayer lipid dengan gugus polar di luar dan rantai hidrokarbon nonpolar di dalam. Ini adalah dasar struktural dari semua membran

biologis . Membran tersebut membentuk batas seluler dan organellar dan bersifat selektif permeabel terhadap molekul tidak bermuatan . Komposisi lipid yang tepat bervariasi dari sel ke sel dan dari organel ke organel. Protein juga merupakan komponen utama membran sel (Gambar 2) . Membran periferal protein terikat longgar pada permukaan luar atau berlabuh melalui lipid atau jangkar glycosyl phosphatidylinositol dan relatif mudah untuk dihilangkan . Protein membran integral yang tertanam dalam membran dan tidak dapat dihilangkan tanpa merusak membran . Beberapa menonjol dari permukaan bagian luar atau dalam dari membran sedangkan protein transmembran melapisi bilayer seutuhnya dan memiliki baik domain ekstraseluler dan intraseluler (lihat Topik B2) . Transmembran daerah ini mengandung protein terutama asam amino hidrofobik . Protein membran memiliki berbagai fungsi , untuk contoh: reseptor untuk molekul sinyal seperti hormon dan neurotransmiter ; enzim untuk mendegradasi molekul ekstraseluler sebelum penyerapan produk ; pori-pori atau saluran untuk pengangkutan selektif ion dan molekul polar kecil ; mediator interaksi sel-sel ( terutama glikoprotein ) .

4.4 Interaksi nonkovalen Kebanyakan susunan makromolekul yang dipegang bersama oleh sejumlah besar interaksi nonkovalen yang berbeda. Interaksi muatan-muatan (jembatan garam) beroperasi antara kelompok terionisasi dari muatan berlawanan pada pH fisiologis,

misalnya antara fosfat negatif DNA dan lisin yang positif dan rantai samping arginin protein DNA-pengikat seperti histon (lihat Topik D2).

Interaksi dipol-muatan dan dipol-dipol lebih lemah dan terbentuk baik ketika salah satu atau keduanya adalah dipol karena distribusi asimetris muatan dari pergerakan molekul (Gambar 3a). Bahkan kelompok bermuatan seperti kelompok metil dapat menarik dengan lemah satu sama lain melalui dipol sementara yang timbul dari gerakan elektron mereka (gaya dispersi). Asosiasi noncovalent antara molekul-molekul netral dikenal kolektif sebagai kekuatan van der Waals . Ikatan hidrogen sangatlah penting. Mereka membentuk antara atom hidrogen yang terikat secara kovalen pada kelompok donor ( misalnya OH atau - NH ) dan sepasang elektron nonbonding pada kelompok akseptor ( misalnya : O = C - atau : N - ) (Gambar 3b ) . Ikatan hidrogen dan interaksi lainnya yang melibatkan dipol terarah pada karakter dan demikian membantu menentukan bentuk makromolekul dan kekhususan interaksi molekul . Kehadiran substansi bermuatan dan nonpolar, misalnya lipid, dalam lingkungan berair cenderung memaksa struktur yang sangat teratur pada molekul air di sekitarnya . Secara energis tidak menguntungkan karena mengurangi entropi sistem. Oleh karena itu, molekul nonpolar cenderung mengumpul , mengurangi luas permukaan keseluruhan yang terkena air. Atraksi ini disebut sebagai interaksi hidrofobik (benci air) dan merupakan kekuatan utama dalam menstabilkan interaksi protein - protein dan protein lipid dan asam nukleat .