Elektroforesis 2 dimensi adalah metode yang sering digunakan untuk menganalisis
campuran protein kompleks yang diekstraksi dari sel, jaringan, dan sampel biologi lainnya. Teknik ini dipisahkan menjadi 2 tahap berdsarkan 2independent properties : dimensi pertama adalah Isoelectric Focusing (IEF), yang memisahkan protein berdasarkan titik isoelektriknya (pI); dimensi kedua adalah SDS-polyacrylamide gel electrophoresis (SDS-PAGE), yang memisahkan protein berdasarkan berat molekulnya (BM) (Sudjadi,2008).
Isoelectric focusing dapat digunakan dengan SDS-PAGE untuk mendapatkan resolusi
pemisahan tinggi. Tahap pertama, sampel dilakukan isoelectric focusing, untuk memisahkan protein berdasarkan muatannya. Gel ini kemudian diletakan horizontal pada bagian atas SDS-PAGE. Protein yang tersebar bagian atas gel poliakrilamid sesuai dengan seberapa jauh protein itu bermigrasi selama isoelectric focusing. Protein itu dielektroforesis dengan arah horizontal berdasarkan titik isoelektriknya dan pada arah vertikal berdasarkanukuran protein.