Elektroforesis dua dimensi (2-DE atau elektroforesis 2-D) adalah suatu teknik analisis protein

dengan melakukan pemisahan protein menggunakan dua dimensi.[1] Teknik ini sering digunakan
untuk studi proteomika (analisis molekular terhadap keseluruhan protein yang dihasilkan dari
ekspresi gen dalam sel), deteksi marker penyakit, penelitian kanker dan obat, pemeriksaan
kemurnian, dan juga purifikasi (pemurnian) protein skala mikro.[2] Hal ini dikarenakan,
elektroforesis 2-D mampu memisahkan hingga ribuan protein secara bersamaan.[3]

Prinsip dasar

Skema pemisahakan menggunakan elektroforesis 2-D

Dalam elektroforesis 2-D, dimensi pertama dalam pemisahan protein dilakukan berdasarkan titik
isoelektrik protein tersebut. Sedangkan, pada dimensi kedua, protein akan dipisahkan
berdasarkan berat molekulernya. Pemisahan protein dengan teknik ini dilakukan dalam kondisi
terdenaturasi.[1]
Pada dimensi pertama, protein yang akan dianalisis dilarutkan dalam urea untuk memutuskan
ikatan hidrogen pada protein (agen pendenaturasi). Urea umum digunakan karena senyawa ini
tidak mengubah dalam muatan protein sehingga pemisahan protein dapat dilakukan berdasarkan
muatannya. Dengan menggunakan medan listrik, protein dipisahkan melalui gel yang memiliki
gradien pH. Protein akan bergerak hingga berhenti pada titik (pH) dimana muatan protein
tersebut netral (titik isoelektriknya).[1]
Setelah melalui dimensi pertama, protein dipisahkan kembali melalui dimensi kedua. Biasanya
tahap ini dilakukan dengan gel poliakrilamida dan sodium dodesil sulfat (SDS). SDS akan
membuat seluruh protein bermuatan negatif sehingga pemisahan bisa dilakukan hanya
berdasarkan bobot molekulernya.[1]
Teknik elektroforesis 2-D yang sering digunakan adalah: untuk dimensi pertama dapat
menggunakan elektroforesis pemfokusan isoelektrik (isoelectric focusing, IEF) dan
nonequilibrium pH gradient electrophoresis (NEPHGE). Sedangkan untuk dimensi kedua,
biasanya digunakan elektroforesis gel poliakrilamida SDS (SDS-PAGE).[1]