Bagian ke-1: Aspek kimia dalam tubuh

ASPEK KIMIA DALAM TUBUH

Disajikan sebagai Bahan Kuliah Biokimia bagi Mahasiswa D III
Kebidanan
Penyusun:
Heru Santoso Wahito Nugroho, S.Kep., Ns., M.M.Kes
Telefon:
0352-752747 (rumah), 081335251726 (mobile), 0351-895216 (kantor)
E-mail:
heruswn@yahoo.co.id atau heruswn@telkom.net
website:
www.heruswn.teach-nology.com

Referensi:
Murray RK, Granner DK, Mayes PA, Rodwell VW, 2003, Biokimia Harper, Edisi
XXV, Penerjemah Hartono Andry, Jakarta: EGC
Stryer L, 1996, Biokimia, Edisi IV, Penerjemah: Sadikin dkk (Tim Penerjemah
Bagian Biokimia FKUI), Jakarta: EGC
Anonim, 2008. Biology II Notes, http://www.tpsd.org/ths/sciences/b2eukpro.htm,
diakses: Mei 2008
Anonim, 2003. The Biology Project, http://www.biology.arizona.edu, diakses:
Desember 2007
Anonim, 2005, WKU Bio 113, http://bioweb.wku.edu/courses/biol115/Wyatt,
diakses: Mei 2008

Senyawa kimia dalam jasad kehidupan

Biokimia adalah ilmu yang mempelajari mengenai berbagai molekul di dalam
sel hidup dan organisme hidup, termasuk juga reaksi kimia yang terjadi. Secara
lebih formal, Murray dkk. (2003) mendefinisikan biokimia sebagai ilmu
pengetahuan yang mempelajari dasar kimia kehidupan. Dalam hal ini, menurut
Bahasa Yunani, bios berarti kehidupan.

1 Biokimia-Program D3 Kebidanan

Bagian ke-1: Aspek kimia dalam tubuh

Sel sebagai pusat perhatian dalam biokimia

Mengingat sel merupakan unit struktural kehidupan, maka biokimia memiliki
definisi fungsional yaitu ilmu pengetahuan yang mempelajari unsur-unsur kimia
pembentuk sel hidup dan dengan reaksi serta proses yang dijalaninya. Sebagai
contoh, dinding sel yang tersusun atas molekul-molekul fosfolipid, protein serta
karbohidrat. Contoh lainnya adalah di dalam sitoplasma sel terjadi pemecahan
molekul glukosa menjadi piruvat untuk menghasilkan energi. Yang lebih khusus
lagi, di dalam mitokondria terjadi reaksi-reaksi metabolik di antaranya siklus
Krebs, oksidasi asam lemak, oksidasi piruvat, metabolism asam-asam amino
serta masih banyak lagi. Pendeknya, berbagai peristiwa biokimiawi
berhubungan dengan sel. Oleh karena itu cakupan biokimia sangat luas meliputi
biologi sel, biologi molekuler serta genetika molekuler.

Unsur-unsur penyusun tubuh

Unsur-unsur utama penyusun tubuh adalah karbon (C), hidrogen (H), oksigen
(O) dan nitrogen (N). Selain itu masih terdapat beberapa unsur lain yaitu:
kalsium (Ca), fosfor (P), kalium (K), sulfur (S), natrium (Na), klor (Cl), magnesium
(Mg), besi (Fe), mangan (Mn) dan iodium (I). Rincian dari unsur-unsur tersebut
tercantum pada Tabel 1.1.
Tabel 1.1 Perkiraan Komposisi Dasar Tubuh Manusia (Berdasarkan Berat Kering)
N
o
1
2
3
4
5
6
7

Unsur
Karbon
Oksigen
Hidrogen
Nitrogen
Kalsium
Fosfor
Kalium

Persentas
e
50
20
10
8,5
4
2,5
1

N
o
8
9
10
11
12
13
14

Unsur
Sulfur
Natrium
Klor
Magnesium
Besi
Mangan
Iodium

Persentas
e
0,8
0,4
0,4
0,1
0,01
0,001
0,00005

Biomolekul-biomolekul kompleks utama penyusun tubuh

Unsur-unsur penyusun tubuh sebagaimana disebutkan di atas banyak yang
membentuk molekul-molekul besar yang kompleks di dalam tubuh. Di antara
biomolekul-biomolekul kompleks tersebut yang merupakan biomolekul kompleks
utama adalah DNA, RNA, protein, polisakarida dan lipid. Biomolekul kompleks
tersusun atas molekul-molekul sederhana, seperti terinci pada Tabel 1.2.
Tabel 1.2 Biomolekul-Biomolekul Utama di dalam Tubuh Manusia
N
o
1
2
3
4
5

Biomolekul
DNA
RNA
Protein
Polisakarida
berupa
glikogen
Lipid

Molekul
Pembangun
Deoksiribonukleoti
da
Ribonukleotida
Asam amino

Fungsi Utama

Glukosa

Materi genetik
Sintesis protein
Sangat banyak, umumnya menjadi
bagian dari sel yang
melangsungkan kerja (enzim, unsur
kontraktilitas dll.)
Simpanan energi jangka pendek

Asam lemak

Sangat banyak, misalnya simpanan

2 Biokimia-Program D3 Kebidanan

Bagian ke-1: Aspek kimia dalam tubuh

energi jangka panjang, komponen

membran sel dll.

Komponen utama penyusun tubuh

Anda telah memahami mengenai unsur-unsur serta molekul-molekul kompleks
utama penyusun tubuh. Selanjutnya komponen-komponen utama penyusun
tubuh terdiri atas air, protein, lemak, mineral serta karbohidrat. Rincian
komponen tersebut tertera pada Tabel 1.3.
Tabel 1.3 Komposisi Kimiawi Normal (Pria dengan Berat Badan 65 kg)
No
1
2
3
4
5

Komponen
Air
Protein
Lemak
Mineral
Karbohidrat

Berat (kg)
40
11
9
4
1

Persentase
61,6
17,0
13,8
6,1
1,5

Ikatan kimia
Molekul di dalam tubuh baik yang sederhana sampai dengan yang kompleks
dapat terbentuk karena adanya ikatan kimia. Ikatan kimia digolongkan menjadi
2 yaitu ikatan kovalen dan ikatan non kovalen. Selanjutnya ikatan non kovalen
terdiri atas ikatan ionik, ikatan hidrogen dan ikatan Van Der Waals.
1. Ikatan kovalen
Ikatan kovalen adalah ikatan yang terbentuk oleh valensi dari masingmasing atom. Anda dapat mempelajari lagi tentang valensi dengan
membaca buku-buku kimia umum, atau pelajaran kimia di SMA. Contoh dari
ikatan kovalen adalah CO2. Dalam hal ini valensi C adalah 4 dan valensi O
adalah 2.

Gambar 1.1
Ikatan kovalen antara sebuah atom C yang bervalensi 4 dan empat buah
atom H yang masing-masing bervalensi 1 membentuk CH 4 (metana)
Tugas:
Carilah valensi dari masing-masing unsur yang terdapat pada Tabel 1.1.
dilengkapi dengan mencantum sumber kepustakaan yang digunakan.
Kumpulkan kepada Dosen secara langsung atau lebih baik melalui e-mail!
2. Ikatan ionik
3 Biokimia-Program D3 Kebidanan

Bagian ke-1: Aspek kimia dalam tubuh

Ikatan ionik adalah ikatan antara dua gugus dengan muatan berlawanan.
Contohnya adalah ikatan antara substrat dan enzim. Jarak optimal ikatan ini
adalah 28 Angstrom.

Gugus bermuatan negatif pada substrat

Gugus bermuatan positif pada enzim

Gambar 1.2
Ikatan ionik antara gugus karboksil bermuatan negatif pada substrat dan
gugus amina bermuatan positif pada enzim
3. Ikatan hidrogen
Ikatan hidrogen adalah pengikatan satu atom hidrogen oleh dua atom lain
yang berbeda. Ikatan ini dapat dibentuk di antara molekul-molekul tidak
bermuatan maupun molekul-molekul bermuatan. Atom yang mengikat
hidrogen lebih kuat disebut donor hidrogen sedang lainnya dinamakan
akseptor hidrogen.

Gambar 1.3
Ikatan hidrogen antar molekul-molekul air (H2O). Perhatikan atom oksigen
pada kutub negatif berikatan dengan atom hidrogen pada kutub posif air.
4. Ikatan Van Der Waals
Iakatan Van Der Waals adalah daya tarik non spesifik, yang berperan pada
saat dua atom berjarak 3-4 Angstrom.

4 Biokimia-Program D3 Kebidanan

Bagian ke-1: Aspek kimia dalam tubuh

Air
Air merupakan produk akhir utama dari metabolisme oksidatif makanan. Dalam
reaksi-reaksi metabolik, air berfungsi sebagai reaktan tetapi juga sebagai
produk. Air juga menjadi pelarut biologis yang ideal. Air sangat mempengaruhi
semua interaksi molekuler dalam sistem biologi. Air mempunyai 2 sifat penting
secara biologis yaitu sifat polar dan sifat kohesif.
1. Air merupakan molekul polar
Secara tiga dimensi, air merupakan molekul tetrahedron tak beraturan
dengan oksigen pada bagian pusatnya. Dua buah ikatan dengan hidrogen
diarahkan ke dua sudut tetrahedron, sementara elektron-elektron yang tidak
dipakai bersama pada kedua orbital terhibridasi sp 3 menempati 2 sudut
sisanya. Molekul air membentuk molekul bipolar (dua kutub). Sisi oksigen
yang berlawanan dengan dua atom hidrogen cenderung bermuatan negatif
karena mengandung lebih banyak elektron. Sedangkan disisi hidrogen
cenderung bermuatan negatif.

Gambar 1.1
Molekul air. Sisi oksigen adalah kutub negatif dan sisi hidrogen adalah kutub
positif.
2. Air bersifat sangat kohesif
Molekul-molekul air yang berdekatan memiliki afinitas yang tinggi satu sama
lainnya. Daerah bermuatan positif dan satu molekul air cenderung akan
mengarahkan diri kepada daerah bermuatan negatif pada salah satu molekul
didekatnya. Air beku mempunyai struktur kristal yang sangat teratur di
mana seluruh ikatan hidrogen potensial memang terbentuk. Air cair
mempunyai struktur yang setengah teratur dengan kelompok-kelompok
molekul berikatan hidrogen yang secara terus menerus terbentuk dan
terpecah.

Gambar 1.2
Afinitas yang tinggi antar molekul air.
5 Biokimia-Program D3 Kebidanan

Bagian ke-1: Aspek kimia dalam tubuh

Air merupakan pelarut yang sangat baik bagi molekul-molekul polar. Air sangat
memperlemah iakatan ionik dan ikatan hidrogen antara molekul-molekul polar
dengan cara bersaing daya tarik. Perhatikan contoh pada Gambar 1.3. Atomatom hidrogen air mengantikan atom hidrogen amida (-NH) sebagai donor
ikatan hidrogen, dan atom oksigen air menggantikan atom oksigen karbonil (CO) sebagai akseptor. Maka ikatan hidrogen yang kuat antara NH dan CO
terjadi jika tidak ada air.

Gambar 1.3
Air bersaing dalam pembentukan hidrogen, sehingga menjadi pelarut yang
baik

Sintesis dan degradasi

Di dalam kehidupan, selalu terjadi peristiwa sintesis dan degradasi komponenkomponen yang menyusunnya.

Sintesis
Sintesis adalah proses pembentukan suatu molekul yang lebih besar, dari
molekul-molekul yang lebih kecil. Sebagai contoh, protein adalah molekul yang
sangat besar. Protein ini disintesis dari asam-asam amino dengan mekanisme
yang sangat rumit.

6 Biokimia-Program D3 Kebidanan

Bagian ke-1: Aspek kimia dalam tubuh

Gambar 1.4
Sintesis protein di dalam ribosom sel.
Bulatan-bulatan yang berantai merupakan gambaran sederhana dari asamamino yang bersambungan dengan ikatan peptida membentuk protein.
Contoh lainnya adalah DNA suatu rantai deoksiribonukleotida yang sangat
panjang. Setiap mata rantai merupakan satu unit deoksiribonukleotida.
Deoksiribonukleotida tersebut terbentuk oleh deoksiribonukleosida dan fosfat,
demikian seterusnya sampai dengan komponen yang lebih kecil.

Gambar 1.5
DNA merupakan rantai ganda dari deoksiribonukleotida (rantai biru dan rantai
merah). Masing-masing rantai tersusun atas mata rantai berupa
deoksiribonukleotida, yaitu unit yang terdiri atas deoksiribosa, basa nitrogen (G,
C, A auat T) dan fosfat.

Degradasi
Degradasi adalah pembongkaran molekul-molekul yang lebih besar menjadi
molekul-molekul yang lebih kecil. Contohnya adalah degradasi asam amino.
Asam-asam amino yang melebihi kebutuhan sintesis protein tidak dapat
disimpan dan tidak dapat diekskresikan. Kelebihan asam amino ini cenderung
digunakan bahan bakar. Gugus amino dibebaskan selanjutnya sebagian besar
menjadi urea, sedangkan rangka karbon diubah menjadi zat antara
metabolisme misalnya asetil KoA, asetoasetil KoA, piruvat dll.

Gambar 1.6
7 Biokimia-Program D3 Kebidanan

Bagian ke-1: Aspek kimia dalam tubuh

Asam amino arginin mengalami degradasi menjadi urea dan ornitin. Selanjutnya
urea diekskresikan melalui ginjal.

8 Biokimia-Program D3 Kebidanan