Metanogen

Metanogen merupakan organisme yang memperoleh energi menggunakan H 2 untuk

mereduksi CO2 menjadi CH4. Organisme ini juga mampu mendekarboksilasi asetat menjadi
CO2 dan CH4.Pembentukan metana menghadirkan rangkaian kompleks reaksi anaerob dan
terjadi secara alami dan melibatkan sejumlah organisme yang mendegradasi biopolimer
seperti pati, selulosa atau protein menjadi asetat, H2 dan CO2. Perubahan bahan organik yang
komplek menjadi bahan yang sederhana ini memerlukan aksi fermenter primer dan sekunder
dari Clostridia dan organisme anaerob lain.
Bakteri metanogen termasuk pada genera archaea (archaebacteria).Berikut reaksi umum dari
bakteri metanogen :
4H2 + CO2 CH4 + 2H2O
4HCOOH CH4 + 3CO2 + 2H2O
4CH3NH2Cl + 2H2O 3CH4 + CO2 + 4NH4Cl
2(CH3)2NHCl + 2H2O 3CH4 + CO2 + 2NH4Cl
4(CH3)2NCl + 6H2O 9CH4 + 3CO2 + 4NH4Cl
CH3COOH CH4 + CO2

Reduksi CO2 menjadi CH4 memerlukan fungsi dari beberapa coenzym unik
seperti:metanofuran (MRF), tetrahidrometanopterin(H4MPT), F420 deazaflavin
sebagai donor elektron, koenzim M (HS-CH2CH2SO3-, atau HSCoM), dan
koenzim B (HSCoB, 7-mercaptoheptanoyltreonin fosfat). Beberapa koenzim
tersebut hanya satu kali hadir pada tahapan penyediaan energy yang berasosisasi
dengan reduksi gugus metil menjadi CH4, meskipun beberapa spesies berbeda
mendapatkan elektron dari tahapan reduktif dari oksidasi dari substrat yang
bervariasi.

Jalur reduksi CO2 menjadi CH4 oleh metanogen

Struktur koenzim unik yang berperan dalam metanogenesis

Diposkan oleh Amanda Sy di 11.53.00 Tidak ada komentar:

Kirimkan Ini lewat EmailBlogThis!Berbagi ke TwitterBerbagi ke FacebookBagikan
ke Pinterest
Label: fisiologi mikroba, Kuliah, resume, Sains

FOTOSINTESIS DAN METABOLISM

INORGANIK
Organisme yang menggunakan komponen C(contoh CO 2 atau CH4) sebagai satusatunya atau sumber karbon dan energi utama disebut autotrop. Methylotrop menggunakan
metana (CH4) atau methanol (CH3COOH) sebagai sumber karbon satu-satunya. Organisme
autotrop yang menggunakan cahaya sebagai sumber energi disebut photoautotroph.
Karakteristik dan metabolisme autotroph
Fotosintesis bakteri dan Cyanobacteria
Kebanyakan kehidupan di bumi tergantung pada proses fotosintesis. Proses ini terjadi
pada tumbuhan hijau, alga, dan bakteri. Komunitas besar mikroorganisme laut dalam,
biasanya sebagai fitoplankton, banyak mengandung spesies cyanobacteria yang mencakup
populasi terbesar organisme yang berfotosintesis di planet ini. Banyak tumbuhan dan
mikroorganisme juga melakukan fiksasi nitrogen. Menyediaka dasar keberlanjutan hidup
yang lain. Beberapa reaksi proses fotosintesis sangat lambat dan tidak efektif. Oleh karena
itu, satu aspek utama mempelajari fotosintesis orrganisme efesiensi kemajuan melalui teknik
genetic. Fotosintesis bakteri ditemukan di air laut dalam secara tetap bertingkat-tingkat
(meremictic) di mana keadaan danau anaerob, tetapi masih ada cahaya.
Perbedaan antara Fotosintesis bakteri dan Fotosintesis cyanobacteria adalah tipe
utama

pigmen

hasil

Fotosintesis. Prokariota seperti cyanobacteria(Anabaena, Synechococcus, Prochlorococcus) y

ang

melakukan fotosintesismengandung

ungu (Thiorhodaceae) mengandungbacteriochlorophyll a atau b.

klorofil a. Bakteri

Thiorhodaceae ini memanfaatkan H2S dan / atau senyawa anorganiksebagai donor

elektron, dan

metabolisme tidak

melibatkan molekul

oksigen(misalnya,

adalah anaerobik). Bakteri

itu

hijau (Chlorobacteriaceae)

mengandungbacteriochlorophyll c atau d dan

sejumlah

kecil bacteriochlorophyll,

menggunakan H2S dan / atau senyawa organik sebagai donor elektron dan mengikuti jalur
metabolisme anaerobik.
Kelompok utama Autotroph
Sumber karbon

Group

Genus

H2

Bakteri hydrogen

Ralstonia

(formerly

Alcaligenes),
Nocardia,

Xanthobacter,

Pseudomonas derxia
NH3

Bakteri nitrifikasi

Nitrosolobus,

Nitrosomonas,

Nitrocystis
NO2

Bakteri nitrifikasi

Nitrobacter,

Nitrospina,

Nitrosococcus
N2

Bakteri
2-

H2S, S, S2O3

pemfiksasi Azotobacter,

Anabaena,

nitrogen

Prochlorococcus, Rhizobium

Bakteri sulfur

Thiobacillus,

Sulfolobus,

Desulfotomaculum,

Wolinella,

Desulfovibrio, Beggiatoa
Fe2+

Bakteri besi

Gallionella,

Sphaerotilus,

Thiobacillus
ferrooxidans,

Leptothrix,

Shewanella
oneidensis
CH4, CH3OH

Methylotrophs

Hyphomicrobium,
Methylomonas,
Methylobacterium,
Methylosinus,
Paracoccus, Pseudomonas

H2, CO2,

Methanogen

Methanobacterium,

Formate

Methanobrevibacter,

Methylamine

Methanococcus,

Trimethylamine

Methanomicrobium,

Acetate

Methogenium,
Methanospirillum,
Methanosarcina

Cahaya

Phototroph

Rhodobacter,

Anabaena,

Prochlorococcus,
Synechococcus, algae
Alga dan tumbuhan tingkat tinggi mengandung sel-sel kloroplas. Perbandingan
struktur (chromatophores) yang diamati pada bakteri fotosintetik. Fotosintetik dari
Rhodococcus sphaeroides terdiri dari serangkaian membran intracytoplasmic (ICMs) yang
muncul sebagai invaginasi vesikular berasal dari membran sitoplasma. R. sphaeroides
melakukan fotosintesis anoxigenik tetapi juga mampu respirasi aerobik dan anaerobik serta
fermentasi.
Chlorobacteriaceae (bakteri hijau) mengandung vesikel tertutup dalammembran
tipis yang tidak terkait langsung dengan membran sel. Secarametabolik, bakteri hijau adalah
organisme

anaerobik yang

harus berfotosintesis.

Mereka memanfaatkan H2 S, tiosulfat, atau H2 sebagai donor elektron dan CO2 sebagai
sumber karbon:
CO2 + 2 H2 S + light (CH2O) + H2O + 2S
2 CO2+ 2Na2S2O3+ 3H2O + light 2(CH2O) + 2NaHSO4
CO2+ 2H2+ light (CH2O) + H2O
Bakteri ungu mempunyai dua kelompok: bakteri sulfur ungu(Thiorhodaceae)
yang

menggunakan H2S sebagai

donor

elektron dan

bakteri nonsulfur ungu(Athiorhodaceae) yang bergantung pada senyawa organik seperti asam
lemakrantai

pendek untuk fotosintesis metabolisme. Poly--hidroksibutirat sebagaiproduk

akhir:
CO2+ 2CH3CHOHCH3+ light (CH2O) + H2O + 2CH3COCH3
2CH3COOH + 2CoASH 2CH3COSCoA
2CH3COSCoA CH3COCH2COSCoA + CoASH
nCH3CHOHCH2COSCoA (CH3CHOHCH2COOH)n+ CoASH
Poly--hidroksibutirat berfungsi sebagai bahan penyimpanan cadangan utamapada organisme
ini.
Analisis
membentuk hubungan

filogenetik jenis

karbon sitokrom dan

antara cyanobacteria dan kloroplas alga

tingkat tinggi. Bukti-bukti

ini menyediakan

prokariotik yang dikaitkan dengan mitokondria.

urutan rRNA telah

hijau dan

tumbuhan

dukungan terhadap konsepkloroplas

Autotrophic Fiksasi CO2 dan Mekanisme Fotosintesis

Fotoautotrof dan kemoautotrof, di mana CO2 berfungsi sebagai satu-satunya atau
sumber karbohidrat seluler, memperbaiki CO2 melalui reduksi jalur pentosa fosfat (siklus
Calvin) atau reduksi jalur asam C4-dikarboksilat. Sistem ini pertama kali ditemukan pada
tumbuhan hijau. Awalnya, semua tanaman hijau dianggap mengasimilasi CO2 di atmosfer
melalui reduksi jalur pentosa (Gambar 12-2) di mana asam fosfogliserat (PGA) adalah
produk stabil pertama (tanaman C3). Pada bakteri fotosintetik dan autotrofik, fiksasi
CO2 terjadi melalui reduksi jalur pentosa fosfat (Gambar12-2). Dalam pengurangan
sistem1mol
CO2 ke tingkat oksidasi karbohidrat melibatkan oksidasi 2 mol NADPH dan hidrolisis 3 mol
ATP. Hanya

dua

dari

reaksi phosphoribulokinase dan

ribulosabifosfat

karboksilase

(RuBisCO), khusus untuk fotosintesis atau organisme kemoautotrofik. Reaksi lain yang
dimiliki bersama denganmetabolisme karbohidrat organisme non-fotosintetik. Siklus reduksi
pentosaadalah reaksi gelap fotosintesis. Enam dari hasil siklus dalam sintesis dari 1 mol
heksosa (F-6-P):
6CO2 + 6H2O + 18ATP + 12NADPH + 12 H+ F-6-P + 18ADP +12NADP+ + 17Pi
Jalur reduksi asam C4-dikarboksilat (Gambar12-3) terdapat pada bakteri fotosintetik.
Beberapa organisme seperti Chlorobium adalah satu-satunya jalur siklik untuk asimilasi
CO2. Organisme yang menggunakan jalur C4memiliki enzim piruvat-ortofosfat dikinase yang
mensintesis phosphoenolpyruvate (PEP):
pyruvate + ATP + Pi + Mg++ PEP + AMP + PPi
Enzim ini berbeda dari sintase PEP. E. coli dan bakteri lain yang dapat memanfaatkan
asam

C4 dalam

menghasilkan

monofosfat. Chlorobiumthiosulfatophilum ialah anggota

ortofosfat
dari

bakteri

daripada
belerang

hijau, membutuhkan Pi selain Mg++ dan ATP untuk membentuk PEP dari piruvat, bakteri
fotosintetikseperti tanaman C4, piruvat-ortofosfat dikinase dari PEP sintase yang digunakan
untuk membentuk PEP dalam asimilasi fotosintesis CO2. Siklus reduksi asam karboksilat
pada dasarnya adalah kebalikan dari siklus TCA di mana oksidasi piruvat dan sistem oksidase
-ketoglutarat digantikan oleh ferredoxin dependentsintetase piruvat dan sintetase ketoglutarat. Sistem ini sangat penting dalam metabolisme bakteri anaerob.

Gambar. 12-2. Jalur tranduksi fosfat pentosa. Pada 3-phosphoglycerateadalah produk

utama yang stabil dari atmosfer fiksasi CO2, jalur ini disebut jalur C3. Reaksi ini merupakan
reaksi gelap fotosintesis sebab energi yang dibutuhkan dalam bentuk ATP yang telah
dihasilkan selama fotofosforilasi.
Fotosintesis baik pada

tumbuhan

hijau, alga, cyanobacteria, atau

bakteri

fotosintesis, dimulai dengan penyerapan cahaya oleh molekul pigmen dan mengalirkan energi
cahaya untuk elektron pembawa yang dapat mentransduksi energi menjadi bentuk
kimia. Fungsi dari pigmen cahaya (antena) untuk menangkap foton. Energi dalam pigmen
disalurkan ke reaksi pusat. Fungsi reaksi pusat sebagai baterai yang mentransferelektron
di membran fotosintetik dan menyediakan energi untuk fiksasi karbondioksida.

Gambar. 12-3. Siklus transduksi asam C4-karboksilat. Ini adalah satu-satunya jalur siklik
CO2 asimilasi

pada

bakteri

fotosintetik

tertentu

sepertiChlorobium. OAA, oksaloasetat; PEP, phosphoenolpyruvate, SucCoA,suksinilkoenzim-A; FH2, mengurangi ferredoxin berasal dari fotosintesis, FH2, dan
mengurangi flavin.
Pada energi foton yang telah ditransfer ke elektron, elektron bergerak ke molekul
bacteri

opheophytin, menimbulkan

muatan

positif pada

pasangan

khusus

molekul

klorofil. Elektron kemudian mengalir ke kuinon. Suatu molekul sitokrom larut ditransfer
elektron untuk pasangan khusus. Sitokrom memperoleh muatan positif dan pasangan khusus
bakteri klorofil netral. Kemudian elektron diteruskan ke kuinon kedua. Langkah-langkah
terminal mengakibatkan fosforilasi ADP merupakan tambahan serangkaian reaksi transfer
elektron melibatkan ferredoxin,NADP+, dan sitokrom.

Diposkan oleh Amanda Sy di 11.41.00 Tidak ada komentar:

Kirimkan Ini lewat EmailBlogThis!Berbagi ke TwitterBerbagi ke FacebookBagikan
ke Pinterest
Label: fisiologi mikroba, Kuliah, resume, Sains

FOTOSINTESIS DAN METABOLISM

INORGANIK
Organisme yang menggunakan komponen C(contoh CO 2 atau CH4) sebagai satusatunya atau sumber karbon dan energi utama disebut autotrop. Methylotrop menggunakan

metana (CH4) atau methanol (CH3COOH) sebagai sumber karbon satu-satunya. Organisme
autotrop yang menggunakan cahaya sebagai sumber energi disebut photoautotroph.
Karakteristik dan metabolisme autotroph
Fotosintesis bakteri dan Cyanobacteria
Kebanyakan kehidupan di bumi tergantung pada proses fotosintesis. Proses ini terjadi
pada tumbuhan hijau, alga, dan bakteri. Komunitas besar mikroorganisme laut dalam,
biasanya sebagai fitoplankton, banyak mengandung spesies cyanobacteria yang mencakup
populasi terbesar organisme yang berfotosintesis di planet ini. Banyak tumbuhan dan
mikroorganisme juga melakukan fiksasi nitrogen. Menyediaka dasar keberlanjutan hidup
yang lain. Beberapa reaksi proses fotosintesis sangat lambat dan tidak efektif. Oleh karena
itu, satu aspek utama mempelajari fotosintesis orrganisme efesiensi kemajuan melalui teknik
genetic. Fotosintesis bakteri ditemukan di air laut dalam secara tetap bertingkat-tingkat
(meremictic) di mana keadaan danau anaerob, tetapi masih ada cahaya.
Perbedaan antara Fotosintesis bakteri dan Fotosintesis cyanobacteria adalah tipe
utama

pigmen

hasil

Fotosintesis. Prokariota seperti cyanobacteria(Anabaena, Synechococcus, Prochlorococcus) y

ang

melakukan fotosintesismengandung

klorofil a. Bakteri

ungu (Thiorhodaceae) mengandungbacteriochlorophyll a atau b.

Thiorhodaceae ini memanfaatkan H2S dan / atau senyawa anorganiksebagai donor
elektron, dan

metabolisme tidak

melibatkan molekul

oksigen(misalnya,

adalah anaerobik). Bakteri

itu

hijau (Chlorobacteriaceae)

mengandungbacteriochlorophyll c atau d dan

sejumlah

kecil bacteriochlorophyll,

menggunakan H2S dan / atau senyawa organik sebagai donor elektron dan mengikuti jalur
metabolisme anaerobik.
Kelompok utama Autotroph
Sumber karbon

Group

Genus

H2

Bakteri hydrogen

Ralstonia

(formerly

Alcaligenes),
Nocardia,

Xanthobacter,

Pseudomonas derxia
NH3

Bakteri nitrifikasi

Nitrosolobus,

Nitrosomonas,

Nitrocystis
NO2

Bakteri nitrifikasi

Nitrobacter,

Nitrospina,

Nitrosococcus
N2

Bakteri
nitrogen

pemfiksasi Azotobacter,

Anabaena,

Prochlorococcus, Rhizobium

H2S, S, S2O32-

Bakteri sulfur

Thiobacillus,

Sulfolobus,

Desulfotomaculum,

Wolinella,

Desulfovibrio, Beggiatoa
Fe2+

Bakteri besi

Gallionella,

Sphaerotilus,

Thiobacillus
ferrooxidans,

Leptothrix,

Shewanella
oneidensis
CH4, CH3OH

Methylotrophs

Hyphomicrobium,
Methylomonas,
Methylobacterium,
Methylosinus,
Paracoccus, Pseudomonas

H2, CO2,

Methanogen

Methanobacterium,

Formate

Methanobrevibacter,

Methylamine

Methanococcus,

Trimethylamine

Methanomicrobium,

Acetate

Methogenium,
Methanospirillum,
Methanosarcina

Cahaya

Phototroph

Rhodobacter,

Anabaena,

Prochlorococcus,
Synechococcus, algae
Alga dan tumbuhan tingkat tinggi mengandung sel-sel kloroplas. Perbandingan
struktur (chromatophores) yang diamati pada bakteri fotosintetik. Fotosintetik dari
Rhodococcus sphaeroides terdiri dari serangkaian membran intracytoplasmic (ICMs) yang
muncul sebagai invaginasi vesikular berasal dari membran sitoplasma. R. sphaeroides
melakukan fotosintesis anoxigenik tetapi juga mampu respirasi aerobik dan anaerobik serta
fermentasi.
Chlorobacteriaceae (bakteri hijau) mengandung vesikel tertutup dalammembran
tipis yang tidak terkait langsung dengan membran sel. Secarametabolik, bakteri hijau adalah
organisme

anaerobik yang

harus berfotosintesis.

Mereka memanfaatkan H2 S, tiosulfat, atau H2 sebagai donor elektron dan CO2 sebagai
sumber karbon:
CO2 + 2 H2 S + light (CH2O) + H2O + 2S
2 CO2+ 2Na2S2O3+ 3H2O + light 2(CH2O) + 2NaHSO4

CO2+ 2H2+ light (CH2O) + H2O

Bakteri ungu mempunyai dua kelompok: bakteri sulfur ungu(Thiorhodaceae)
yang

menggunakan H2S sebagai

donor

elektron dan

bakteri nonsulfur ungu(Athiorhodaceae) yang bergantung pada senyawa organik seperti asam
lemakrantai

pendek untuk fotosintesis metabolisme. Poly--hidroksibutirat sebagaiproduk

akhir:
CO2+ 2CH3CHOHCH3+ light (CH2O) + H2O + 2CH3COCH3
2CH3COOH + 2CoASH 2CH3COSCoA
2CH3COSCoA CH3COCH2COSCoA + CoASH
nCH3CHOHCH2COSCoA (CH3CHOHCH2COOH)n+ CoASH
Poly--hidroksibutirat berfungsi sebagai bahan penyimpanan cadangan utamapada organisme
ini.
Analisis

filogenetik jenis

membentuk hubungan

karbon sitokrom dan

antara cyanobacteria dan kloroplas alga

tingkat tinggi. Bukti-bukti

ini menyediakan

urutan rRNA telah

hijau dan

tumbuhan

dukungan terhadap konsepkloroplas

prokariotik yang dikaitkan dengan mitokondria.

Autotrophic Fiksasi CO2 dan Mekanisme Fotosintesis
Fotoautotrof dan kemoautotrof, di mana CO2 berfungsi sebagai satu-satunya atau
sumber karbohidrat seluler, memperbaiki CO2 melalui reduksi jalur pentosa fosfat (siklus
Calvin) atau reduksi jalur asam C4-dikarboksilat. Sistem ini pertama kali ditemukan pada
tumbuhan hijau. Awalnya, semua tanaman hijau dianggap mengasimilasi CO2 di atmosfer
melalui reduksi jalur pentosa (Gambar 12-2) di mana asam fosfogliserat (PGA) adalah
produk stabil pertama (tanaman C3). Pada bakteri fotosintetik dan autotrofik, fiksasi
CO2 terjadi melalui reduksi jalur pentosa fosfat (Gambar12-2). Dalam pengurangan
sistem1mol
CO2 ke tingkat oksidasi karbohidrat melibatkan oksidasi 2 mol NADPH dan hidrolisis 3 mol
ATP. Hanya

dua

dari

reaksi phosphoribulokinase dan

ribulosabifosfat

karboksilase

(RuBisCO), khusus untuk fotosintesis atau organisme kemoautotrofik. Reaksi lain yang
dimiliki bersama denganmetabolisme karbohidrat organisme non-fotosintetik. Siklus reduksi
pentosaadalah reaksi gelap fotosintesis. Enam dari hasil siklus dalam sintesis dari 1 mol
heksosa (F-6-P):
6CO2 + 6H2O + 18ATP + 12NADPH + 12 H+ F-6-P + 18ADP +12NADP+ + 17Pi
Jalur reduksi asam C4-dikarboksilat (Gambar12-3) terdapat pada bakteri fotosintetik.
Beberapa organisme seperti Chlorobium adalah satu-satunya jalur siklik untuk asimilasi

CO2. Organisme yang menggunakan jalur C4memiliki enzim piruvat-ortofosfat dikinase yang
mensintesis phosphoenolpyruvate (PEP):
pyruvate + ATP + Pi + Mg++ PEP + AMP + PPi
Enzim ini berbeda dari sintase PEP. E. coli dan bakteri lain yang dapat memanfaatkan
asam

C4 dalam

menghasilkan

monofosfat. Chlorobiumthiosulfatophilum ialah anggota

ortofosfat
dari

bakteri

daripada
belerang

hijau, membutuhkan Pi selain Mg++ dan ATP untuk membentuk PEP dari piruvat, bakteri
fotosintetikseperti tanaman C4, piruvat-ortofosfat dikinase dari PEP sintase yang digunakan
untuk membentuk PEP dalam asimilasi fotosintesis CO2. Siklus reduksi asam karboksilat
pada dasarnya adalah kebalikan dari siklus TCA di mana oksidasi piruvat dan sistem oksidase
-ketoglutarat digantikan oleh ferredoxin dependentsintetase piruvat dan sintetase ketoglutarat. Sistem ini sangat penting dalam metabolisme bakteri anaerob.

Gambar. 12-2. Jalur tranduksi fosfat pentosa. Pada 3-phosphoglycerateadalah produk

utama yang stabil dari atmosfer fiksasi CO2, jalur ini disebut jalur C3. Reaksi ini merupakan
reaksi gelap fotosintesis sebab energi yang dibutuhkan dalam bentuk ATP yang telah
dihasilkan selama fotofosforilasi.
Fotosintesis baik pada

tumbuhan

hijau, alga, cyanobacteria, atau

bakteri

fotosintesis, dimulai dengan penyerapan cahaya oleh molekul pigmen dan mengalirkan energi
cahaya untuk elektron pembawa yang dapat mentransduksi energi menjadi bentuk
kimia. Fungsi dari pigmen cahaya (antena) untuk menangkap foton. Energi dalam pigmen
disalurkan ke reaksi pusat. Fungsi reaksi pusat sebagai baterai yang mentransferelektron
di membran fotosintetik dan menyediakan energi untuk fiksasi karbondioksida.

Gambar. 12-3. Siklus transduksi asam C4-karboksilat. Ini adalah satu-satunya jalur siklik
CO2 asimilasi

pada

bakteri

fotosintetik

tertentu

sepertiChlorobium. OAA, oksaloasetat; PEP, phosphoenolpyruvate, SucCoA,suksinilkoenzim-A; FH2, mengurangi ferredoxin berasal dari fotosintesis, FH2, dan
mengurangi flavin.
Pada energi foton yang telah ditransfer ke elektron, elektron bergerak ke molekul
bacteri

opheophytin, menimbulkan

muatan

positif pada

pasangan

khusus

molekul

klorofil. Elektron kemudian mengalir ke kuinon. Suatu molekul sitokrom larut ditransfer
elektron untuk pasangan khusus. Sitokrom memperoleh muatan positif dan pasangan khusus
bakteri klorofil netral. Kemudian elektron diteruskan ke kuinon kedua. Langkah-langkah
terminal mengakibatkan fosforilasi ADP merupakan tambahan serangkaian reaksi transfer
elektron melibatkan ferredoxin,NADP+, dan sitokrom.
http://aysb10genesis.blogspot.co.id/2013_06_01_archive.htmls