Review

Alur Transduksi Signal dari EMT yang Diinduksi oleh

TGF-, SHH, dan WNT dan hubungan sinyalnya.
Jingyu Zhang, Xiao-Juni Tian dan Jianhua Xing *

Departemen Komputasi dan Sistem Biologi, Fakultas Kedokteran, Universitas Pittsburgh, Pittsburgh, PA 15260,
AMERIKA SERIKAT; zhangjy7@pitt.edu (JZ); xjtian@pitt.edu (X.-JT) * Korespondensi: xing1@pitt.edu;
Tel .: + 1-412-383-5743

Editor Akademik: Jane Grant-Kels

Diterima: 20 November 2015; Diterima: 21 Maret 2016; Diterbitkan: 28 Maret 2016

Abstrak: Abstrak: Transisi Epitel-ke-mesenchym (EMT) merupakan kunci penting terahadap

perkembangan penyembuhan luka, dan kanker. Ini melibatkan kerjasama jalur signal seperti
Transformasi faktor pertumbuhan- (TGF-), Sonic Hedgehog (SHH) dan jalur WNT. Ini
memerlukan jalur crosstalk/kerjasama satu sama lain dan yg berakhir pada faktor penting
transkripsi (misalnya, SNAIL1) untuk menginisialisasi dan menjaga proses EMT. Peranan
fungsional multi-signaling jalur crosstalks pada proses EMT adalah sangat rumit dan menjadi
tantangan utk terus di telitii. Dalam tinjauan ini, akan berfokus pada tiga besar jalur
transduksi yang mempromosikan atau mengatur EMT pada karsinoma. Akan dibahas
struktur jaringan, dan akan memberikan gambaran singkat tentang strategi terapi saat ini dan
pengembangan obat yang ditargetkan untuk tiga jalur transduksi ini. Akhirnya, akan
dilakukan pendekatan sistem biologi yang dapat mempercepat proses dekonstruksi jaringan
yang kompleks dan penemuan obat.

Kata Kunci: Jalur signal Transduksi; EMT;TGF-,;SHH;Modeling.

1. Signifikansi Biomedis EMT

Sel-sel epitel adalah sel-sel yang berdiferensisasi dicirikan oleh bentuk sel yg
seragam, polaritas apikal basal, junction sel-sel yang kuat dan adanya hemidesmosomes sel-
matrix, dan mobilitas terbatas. Berdasarkan karakteristik ini, sel-sel epitel biasanya
membentuk tabung berlapis tunggal atau lembar untuk menutupi tubuh, organ, dan menyusun
kelenjar [1,2]. Sebaliknya, sel-sel mesenchymal memiliki polaritas depan-belakang dan
perlekatan sel yg longgar.. Mereka biasanya memiliki mobilitas yang lebih tinggi, yang
terkait erat dengan fungsi regenerasinya [3,4]. Sel-sel mesenchymal berada di limfatik,
sirkulasi, dan beberapa jaringan ikat, dan berkembang menjadi beberapa jenis lain dari sel-sel
dalam jaringan [5,6].
Pada tahun 1968, Hay melihat bahwa selama perkembangan embrio ayam, sel-sel
epitel menjalani diferensiasi dan dedifferentiation beberapa kali, serta migrasi jarak yang
relatif lama dalam tubuh. Semua proses ini memerlukan interkonversi antar sel epitel dan
mesenchymal fenotipe, yg disebut epitel--mesenchymal transisi (EMT) dan proses
reversenya, mesenchymal-untuk-epitel transisi (MET) [7]. Selanjutnya studi menunjukkan
bahwa EMT dan MET adalah hal yg fundamental dalam pembentukan amniotes' gastrulation
dan neural crest, dan generasi pola tubuh. Secara khusus, selama perkembangan embrio
Mamalia, beberapa putaran EMT didampingi oleh MET berlangsung, yang umumnya
ditugaskan sebagai primer, sekunder dan tersier EMT didasarkan pada tahap-tahap
perkembangan [8]. EMT utama terjadi pada awal perkembangan embrio, pembentukan
endoderm parietalis, mesoderm pembentukan dan neural crest delaminasi. Menandakan
molekul yang menginisialisasi dan mengatur EMT utama termasuk transformasi faktor
pertumbuhan- (TGF-) superfamili (misalnya, BMP, Nodal, dll), keluarga WNT [9,10], dan
keluarga fibroblas faktor pertumbuhan (FGF) [11]. Dua anggota dalam keluarga SNAIL,
SNAIL1 dan SNAIL2, penting selama perkembangan embrio manusia awal untuk menekan
E-cadherin dan melemahkan sel-sel persimpangan [12]. Sel-sel mesodermal yang dihasilkan
dari EMT utama menjalani MET kemudian dan bentuk struktur epitel sekunder,seperti
Notokorda dan somites. Sementara struktur epitel melalui EMT sekunder dan menimbulkan
lebih dibedakan struktur, seperti leluhur endocardial dan jaringan ikat. Beberapa struktur
epitel atau mesenchymal dari proses EMT-bertemu sekunder lengkap diferensiasi akhir
mereka dan menjaga mereka fenotipe, asalkan tidak ada tambahan merangsang sinyal. Orang
lain terus tersier EMT (dan MET), lagi dikendalikan oleh beberapa jalur signaling, dan
akhirnya menimbulkan organ yang kompleks, seperti paru-paru [13] dan jantung [14].
Dalam penyembuhan luka, masukan sinyal awal adalah dari cedera. Faktor-faktor
transkripsi, ERK, SIPUT dan SIPUT [15 17], diaktifkan untuk mempromosikan konversi
sel epitel ke keadaan EMT parsial. Sel-sel EMT parsial dapat dilihat sebagai hibrida dari sel-
sel epitel dan mesenchymal. Mereka juga memiliki sambungan longgar untuk sel-sel, yang
memungkinkan mereka untuk bermigrasi ke situs melukai. Proses ini reversibel, sehingga sel-
sel EMT parsial kembali kepada fenotipe epitel setelah situs cedera sudah sembuh dan EMT
memicu sinyal telah ditarik [17].
 Studi ini juga mendukung bahwa EMT dan MET ambil bagian selama metastasis
kanker. Beberapa hipotesis menganggap kanker sebagai overhealing luka [18] atau proses
perkembangan abnormal [19], sementara ada fitur khusus untuk perkembangan kanker. Invasi
dan metastasis adalah langkah-langkah tegas dalam perkembangan kanker dan penyebab
utama kematian terkait kanker [20]. Pada tingkat sel, EMT atau parsial EMT meninggalkan
sel-sel yang longgar terhubung satu ke lain, dan memungkinkan mereka untuk berangkat dari
lokasi utama dan bermigrasi di sepanjang sistem peredaran darah ke lokasi yang sekunder,
dimana sel-sel yang bermigrasi dapat pergi melalui MET ke sel-sel epitel lagi, berkembang
biak, dan membentuk tumor sekunder [21]. Studi terbaru menunjukkan bahwa parsial EMT
daripada EMT penuh mungkin memainkan peran penting pada metastasis kanker [22-24].
Meskipun EMT dalam kanker payudara pertama diamati pada 1890-an [25], itu tidak
menarik perhatian di komunitas biologi karsinoma untuk hampir seluruh abad yang lalu.
Hanya selama beberapa dekade terakhir para peneliti menemukan banyak jalur signaling
penting dan unsur-unsur regulatori inti yang menyebabkan atau berkontribusi pada EMT
[8,26]. Seperti pada perkembangan embrio, metastasis dalam perkembangan kanker dapat
juga dapat disebabkan oleh berbagai molekul sinyal atau sitokin [27], seperti protein di TGF-
superfamili [28], keluarga Hedgehog (HH), keluarga WNT [29], dan keluarga interleukin
(IL) [30], dll. Microenvironments stres, seperti hipoksia [31] atau radikal bebas [32], juga
memicu EMT [33].

2. beberapa jalur transduksi sinyal dan Crosstalks mereka

Gambar 1 Secara sistematis meringkas proses keseluruhan selular penginderaan,
menyampaikan dan menanggapi sinyal merangsang. Kebanyakan rangsangan mengaktifkan
beberapa transduksi, yang kemudian bergabung untuk jaringan Peraturan inti yang disusun
oleh faktor-faktor transkripsi (seperti SNAIL1/2, ZEB1 2, TWIST) dan miRNAs (seperti
miR34 dan miR200 keluarga) [34]. Yang kedua lebih lanjut berinteraksi dengan unsur-unsur
lain peraturan untuk menginstruksikan sel untuk memilih satu dari beberapa sel mungkin
nasib. Sebagai contoh, SNAIL1 bisa mengikat P53, protein peraturan utama yang
menginduksi senescence atau apoptosis, dan perangkap gratis P53 di sitosol. Dengan
demikian, SNAIL1 menghambat pilihan senescence atau apoptosis [35]. Selanjutnya nasib
keputusan dilakukan dengan mengaktifkan program ekspresi yang sesuai, dan diperkuat oleh
serangkaian acara seperti epigenetik jadi yang disebut modifikasi dan aktivasi dari sejumlah
loop umpan balik. Informasi di atas aliran-dari-tidak searah, tetapi pada setiap tahap, ada
masukan positif dan negatif untuk tahap sebelumnya, dan membentuk jaringan tertutup.
Jalur TGF-, Sonic Hedgehog (SST) dan WNT adalah tiga transduksi yang dipelajari dengan
baik yang dapat menyebabkan EMT. Di bawah ini kami akan memberikan review umum
bagaimana tiga jalur ini berpartisipasi dalam mengenali sinyal dan pengolahan selama EMT,
dan bagaimana pengetahuan telah diterapkan untuk pengobatan karsinoma. Teruama kami
berharap untuk memberikan perspektif pada jaringan sinyal berdasarkan sistem biologi
pendekatan, dan wawasan tentang biomedical intervensi dari EMT.

Gambar 1. Skema dari keseluruhan keseluruhan penerimaan sinyal sinyal, penerimaan, transduksi, transduksi,
dan proses proses respon respon dari EMT. Intraseluler dan ekstraseluler sinyal diteruskan melalui empat unit
dasar dan diatur oleh loop umpan balik positif dan negatif.

2.1. Jalur TGF-

TGF- adalah jenis protein tersembunyi, dan itu mempengaruhi sel yang
menyembunyikan protein (autokrin) serta sel-sel tetangganya (parakrin). Dalam sel manusia,
terdapat tiga isoform TGF- (TGF-1, TGF-2 dan TGF-3) yang telah ditemukan, yang
membagikan lebih dari 70% urutan homological. Ada dua jenis reseptor transmembran TGF-
 (TGFBR). Umumnya, pertama tipe II TGFBR (TGFBR-II) molekul Jenis mengenali dan
mengikat untuk TGF-. Selanjutnya, kompleks merekrut TGFBRs lainnya dan membentuk
kompleks dengan stoikiometri dari dua salinan TGFBR-I, dua salinan TGFBR-II, dan satu
salinan aktif TGF-. Pembentukan kompleks mengaktifkan fungsi fosforilasi bagian
intraseluler dari TGFBRs untuk relay sinyal TGF- hilir jalur tersebut. Jalur kanonik TGF-
melibatkan fosforilasi dan aktivasi Smads. Sementara itu, TGFBRs juga dapat memfosforilasi
protein sinyal lainnya, seperti kinase, atau mengirimkan sinyal melalui crosstalking ke jalur
lain [36].

Paradoksnya, fungsi TGF- baik sebagai represor karsinomatosa dan penggerak. Lebih
khusus, dalam sel-sel normal atau bahkan beberapa sel pra-kanker, TGF- mempromosikan
proliferasi penangkapan dan, dengan demikian, merepresi pertumbuhan tumor. Namun,
dalam sel-sel karsinoma ganas canggih, TGF- mempromosikan EMT dan tumor metastasis.
Fungsi-fungsi yang tampaknya bertentangan berasal dari jaringan regulasi canggih di antara
dua jenis TGF- jalur paralel [37,38].

2.1.1. SMAD-Dependent TGF- Pathway

Semakin kanonik TGF- jalur tergantung pada aktivasi dan deaktivasi keluarga Smad
(Gambar 2a). Dalam jalur ini, signaling kooperatif diatur oleh tiga jenis protein Smad di
keluarga ini. Smads reseptor-diatur (R-Smads) termasuk Smad1, Smad2, SMAD3, SMAD5,
dan SMAD8. Mereka menerima sinyal yang ditransmisikan dari reseptor sinyal membran-
embedded, dan terfosforilasi [39]. Kemudian, dua molekul terfosforilasi R-Smads datang
bersama-sama dan merekrut common-mediator Smad (co-Smad), SMAD4, untuk membentuk
trimer, yang dapat diangkut dari sitosol ke dalam inti [40-42]. Dalam inti, kompleks
heterotrimeric mengikat faktor-DNA-urutan tertentu transkripsi, secara individu atau dengan
rekan-aktivator lain, untuk mengaktifkan transkripsi gen target [43], seperti snail1 [44,45],
snail2 [46,47] , dan onkogen lainnya. Smads hambat (I-Smads) memiliki dua anggota,
SMAD6 dan SMAD7. Mereka adalah target hilir TGF- sinyal, maka negatif mengatur
kegiatan R-Smads dan co-Smads [48], sehingga menulis umpan balik negatif dalam Smad-
dependent TGF- jalur [49,50]. Misalnya, bentuk aktif dari SMAD6 bersaing dengan
SMAD4 pada gen target yang mengikat dan dengan demikian mencegah gen target SMAD4
dari yang ditranskrip [51]. Demikian pula, bentuk aktif dari SMAD7 mengganggu aktivasi
TGF- reseptor rferes dan fosforilasi dengan aktivasi TGF- reseptor R-Smads [52].
Gambar 2. crosstalk antara para TGF- T (a, protein dalam warna pink), pink), SHH ( b, protein dalam
orange),dan WNT (c, protein dalam hijau) sinyal jalur konvergen ke unit peraturan inti. Dalam jaringan regulasi
yang dimasukkan, titik panah mewakili aktivasi, yang tumpul merupakan penghambatan, dan garis putus-putus

mewakili link tidak langsung.

Meningkatnya aktivasi TGF--induced SMAD telah secara luas dianggap sebagai

acara promosi tumor, terutama dalam sel-sel kanker yang sangat ganas. Di sisi lain, banyak
laporan mendokumentasikan bahwa TGF--induced aktivasi SMADs juga menekan
pembentukan tumor dan pengembangan dengan menghalangi siklus sel dan menangkap
pertumbuhan sel [53] di jalur sel kanker payudara [54], sel-sel kanker hati [55], dan sel epitel
normal [56]. Mutasi pada smad2 dan smad4 telah dilaporkan dalam kanker kolorektal [57],
adenokarsinoma duktus pankreas [58] atau kanker hepatoselular [59]. Mutasi-mutasi ini
melibatkan fungsi antitumor potensi SMADs [60,61]. Selain itu, tergantung pada jenis sel,
TGF- diinduksi SMAD sinyal juga dapat menginduksi apoptosis sebagai mekanisme
perlindungan untuk mencegah transformasi sel dari EMT atau metastasis [62,63].
Beragam peran aktivasi SMAD datang dari bagaimana heterotrimeric SMAD2/3/4
kompleks melakukan fungsinya. Ketika SMAD kimia bertindak sendirian, beberapa gen
target dapat diaktifkan hanya pada tingkat basal yang rendah. Lebih efisien aktivasi gen ini
memerlukan pengikatan kimia untuk lain khusus Sekuensing aktivator [64]. Sebagai contoh,
SMAD2/3/4 kompleks merekrut CBP P300 sebagai penggerak bersama untuk mengaktifkan
p15 [65] dan p21 [66], yang keduanya menghambat sel dari perkembangan sel siklus [67]. Di
sisi lain, jika heterotrimer merekrut EMT mempromosikan faktor-faktor transkripsi sebagai
penggerak Co, seperti liku, itu dapat up-mengatur ekspresi onkogen [68]. Pola ini ekspresi
gen kofaktor tergantung menjelaskan mengapa TGF- fungsi berbeda dalam sel sel tahap tipe
dan hasil yang dipengaruhi oleh adanya rangsangan lain.

2.1.2. SMAD Independent Pathway

Selain jalur bergantung pada SMAD, TGF- reseptor juga relay sinyal melalui
kelompok tambahan protein transmisi sinyal, seperti PI3K/AKT, MEK/ERK1/2 [69], RHO-
A, dan JNK/P38 [70]. Dibandingkan dengan jalur bergantung pada SMAD, jalur SMAD-
independen lebih rumit, dengan crosstalks antara signaling protein yang membentuk molekul-
molekul rumit interaksi jaringan. Sebagai contoh, TGF- dapat menginduksi AKT fosforilasi
dan mengaktifkan phosphatidylinositol kinase 3 (PI3K) dengan cepat, yang mungkin
berkontribusi SMAD2 induced EMT [71]. Studi pada sel-sel keratinocyte menunjukkan
bahwa jalur PI3K AKT membantu untuk menyelesaikan EMT TGF--induced SMAD
tergantung [72]. Selain itu, PI3K dan AKT memusuhi TGF--induced apoptosis dan
pertumbuhan penangkapan [73,74], dan bias TGF--diperlakukan sel-sel untuk menjalani
EMT. Demikian pula, jalur TGF--induced ERK/MAPK berkontribusi induksi EMT, karena
ERK diperlukan untuk menghilangkan sel adherens persimpangan untuk meningkatkan sel
mobilitas. TGF- juga mengaktifkan RHO-seperti GTPases di jalur RHO, yang memiliki
beberapa fungsi organisasi cytoskeletal, apoptosis dan EMT [75], serta RHO-A-tergantung
menandakan jalur untuk mempromosikan mesenchymal karakteristik dalam sel-sel epitel
melalui merangsang pembentukan serat stres [70,76]. TGF- lain disebabkan SMAD-
independen jalur adalah jalur JNK P38 melalui aktivasi TGF- diaktifkan kinase 1 (TAK1).
JNK itu sendiri dapat phosphorylate R-SMAD secara langsung, dengan demikian,
menyalakan EMT program. JNK dan P38 dapat bekerja secara sinergis dengan SMADs untuk
mempromosikan TGF- diinduksi apoptosis [70,77].
Mengumpulkan semua hal di atas, pada tahap pro-oncogenic, TGF- telah menentang
efek pada perkembangan tumor. Beberapa jalur SMAD-independen memiliki fungsi-fungsi
yang menekan tumor, seperti mempromosikan apoptosis. Namun, jalur independen SMAD
juga dapat mempromosikan perkembangan tumor melalui menekan apoptosis dan
mempromosikan EMT [70]. Fisiologis, pada tahap pra-tumor jalur bergantung pada SMAD
mempromosikan penangkapan siklus sel dan apoptosis untuk menghentikan pembentukan
tumor dan pertumbuhan. Dalam sel-sel ganas, ketika jumlah kofaktor onkogen melebihi yang
untuk penangkapan apoptosis atau pertumbuhan, TGF- berfungsi lebih sebagai EMT inducer
melalui jalur bergantung pada SMAD dan SMAD-independen. Oleh karena itu, dalam
perkembangan kanker, keseimbangan relatif antara bergantung pada SMAD dan - transduksi
sinyal independen mungkin memainkan peran penting menentukan nasib sel [70].

2.1.3. Drugs Targeted to TGF- Pathway

Berdasarkan fungsinya penyebaran kanker, bagian TGF- adalah obat potensial target
untuk terapi klinik. Selain itu, mengingat fakta bahwa jalur TGF- ikut andil dalam
memperbaiki kerusakan DNA, (78). penghambatan TGF- sinyal dapat meningkatkan
kemanjuran radioterapi dan kemoterapi [79]. Populer perawatan klinis yang menargetkan
untuk memblokir TGF- signaling termasuk menjebak TGF- ligan, memblokir reseptor
siklin signaling, menggunakan antisense oligunucleotides untuk mengurangi terjemahan
TGF- protein, dan menggunakan aptamers peptida untuk memblokir jalur transduksi [80].
Misalnya, untuk perangkap TGF- molekul mengikat TGFBRs, 1 D 11 [81] dan GC-1008
(Fresolimumab) [82] telah dihasilkan sebagai antibodi monoklonal TGF- netralisasi dan
digunakan dalam pengobatan melanoma [83] dan glioblastoma [84]. AP12009 (Trabedersen)
yang dirancang untuk menghambat ekspresi TGF-2 dan telah digunakan untuk mengobati
kanker pankreas [85]. Molekul kecil kimia yang dikembangkan untuk blok TGF- sinyal
dengan menghambat fungsi fosforilasi TGFBRs, di antaranya SB431542 secara luas
digunakan untuk menghambat TGFBR-dalam terapi kanker payudara [86,87] dan LY2109761
adalah inhibitor TGFBRs lain yang diterapkan dalam mengobati kanker pankreas [88].
Antibodi yang mengangkat terhadap target protein di jalur TGF- dapat juga digunakan
sebagai pendekatan terapeutik. Sebagai contoh, pertumbuhan tumor primer terbukti ditahan
oleh antibodi TGFBR-II [89]. Pengembangan obat-obatan aptamer peptida adalah arah baru
yang masih pada tahap awal. Beberapa aptamers peptida yang menargetkan R-SMADs atau
co-SMAD telah ditemukan dan diuji dalam baris sel [90]. Karena mereka menargetkan
protein spesifik, menggunakan peptida aptamers mungkin strategi terapi klinis yang lebih
menjanjikan mempertimbangkan peran ganda TGF-. Dengan menghalangi hanya satu sub-
TGF--jalur, satu mungkin dapat menekan fungsi tumor-promosi TGF- tanpa menghapus
manfaat anti tumor.
Terapi penyumbatan TGF- signaling rumit karena efek pleiotropic TGF- pada
kemajuan tumor. Sebagai protein rahasia, mengendalikan mikro signaling TGF- dekat
karsinoma sama pentingnya dengan mengendalikan jalur signaling TGF- intraseluler.
Selain itu, TGF- memiliki fungsi regulasi yang penting pada sel normal fisiologi. Lengkap
penyumbatan dari jalur TGF- merusak sel normal dan dengan demikian tidak
direkomendasikan. Oleh karena itu, sementara kemajuan yang signifikan telah dibuat pada
pengembangan obat-obatan yang menargetkan TGF- jalur signaling, klinis, obat ini harus
digunakan dengan hati-hati dan mungkin hanya dalam jenis kanker tertentu.

2.2. SHH Pathway Engages in EMT and Crosstalks to TGF-

Selain jalur TGF-, jalur SHH telah dilaporkan untuk menginduksi EMT individual,
atau bekerja sama dengan jalur lain di limfatik dan lambung tumor [91], [92] kanker
pankreas, kanker payudara, [93], dll (gambar 2b).
Seperti jalur TGF-, jalur SHH mulai dari landak rahasia protein, keluarga
glikoprotein. Prekursor protein SHH menjalani beberapa langkah post-translational
modifikasi dan pembelahan sebelum pematangan, yang kemudian dikeluarkan sebagai kimia
Polimer atau larut multimers, dan dapat menyebar ke berbagai jarak antara jaringan dalam
tubuh sebelum menjadi dihapus [94]. SHH milik keluarga hedgehog (HH). Tiga mamalia HH
protein telah diidentifikasi dalam keluarga HH, sonik hedgehog (SHH), hedgehog India
(IHH) dan gurun hedgehog (DHH). Sementara tiga protein HH ini berbagi beberapa fungsi
yang berlebihan, masing-masing juga memiliki peran yang ditentukan evolusioner. Sebagai
contoh, Sonic Hedgehog (SHH), yang paling umum dan dipahami, sangat penting dalam
pengembangan embrio, perkembangan kanker, dan tubuh pola [95,96].

2.2.1. The off and on States of the SHH Pathway

Jalur SHH kanonik dapat umumnya dibagi menjadi tiga bagian; sinyal penerimaan
elemen, elemen transmisi sinyal, dan faktor-faktor transkripsi hilir. Dalam ketiadaan SHH,
jalur tersebut adalah keadaan "off". Ditambal HH protein (PTC), yang merupakan elemen
transmembran reseptor, mengikat smoothened protein (SMO) untuk menghambat aktivasi
SMO. Di sitosol, diaktifkan protein kinase A (PKA) mengikat siklin lainnya termasuk
glikogen sintase kinase 3 (GSK3) dan faktor lainnya untuk phosphorate terkait glioma
onkogen homologs (GLIs). Dalam ketiadaan SHH sinyal, GLIs memiliki hanya basal tingkat
ekspresi rendah, dan protein menganggap bentuk menjadi penekan. Yaitu GLIs menindas
ekspresi gen target mereka. Ketika SHH hadir, jalur beralih ke keadaan "on". Protein SMO
dilepaskan dan phosphorylated untuk mempromosikan aktivasi GLIs [97-99].

2.2.2. Regulation of GLI Proteins and Crosstalk to the TGF- Pathway

GLI protein adalah faktor transkripsi utama dalam jalur SHH. Tingkat tinggi protein
GLI menunjukkan aktivasi dari jalur SST [102]. Tiga jenis protein GLI telah mengidentifikasi
di Mamalia, GLI1, GLI2, dan GLI3. Meskipun mereka berbagi urutan lama homologue, dan
juga memiliki serupa sekuens DNA mengikat, mereka memainkan peran yang berbeda dalam
promosi pengembangan, EMT, dan kanker. Selain domain yang mengikat DNA, GLI1 telah
hanya domain aktivator dan dapat diaktifkan dengan SHH. GLI2, dan GLI3 memiliki domain
menjadi penekan dan aktivator domain. Namun, di sebagian besar konteks, SST
mengaktifkan GLI2 [103], sementara itu jelas SST mengaktifkan atau represses GLI3 [104].
Diaktifkan GLI1 dan GLI2 bisa langsung mempromosikan ekspresi sekelompok gen
dengan fisik mengikat mereka promotor wilayah, termasuk onkogen dan gen yang terlibat
dalam proses EMT [105], seperti bmi1 [106], nanog [107], snail1 [108,109]. Didasarkan pada
kenyataan bahwa ekspresi GLI1 dapat diatur oleh E-kotak [110], loop umpan balik positif
mungkin ada antara GLI1 dan dengan target-faktor transkripsi yang mengandung E-kotak di
wilayah promotor gen mereka, seperti SNAIL1. Selanjutnya, GLI protein juga bisa up-diatur
oleh protein SMAD [111,112]. Sebenarnya, sumbu TGF-/SMAD/GLI2 telah diusulkan
untuk menjadi penting untuk kanker metastasis [113]. Akibatnya, jalur SST dan TGF- jalur
crosstalk satu sama lain dan coordinately menginduksi EMT. GLI protein juga terlibat dalam
loop umpan balik positif atau negatif beberapa dalam SST yang menandakan jalur. . Sebagai
contoh, bentuk diaktifkan GLI2 dapat langsung mengikat ke wilayah promotor gli1 untuk up-
mengatur ekspresi protein GLI1, sementara GLI1 dapat juga menginduksi ekspresi GLI2
secara langsung atau tidak langsung, sehingga membentuk dua loop umpan balik positif
[103,114]. Di sisi lain, GLI1 menginduksi PTC, dan PTC menghambat GLIs untuk
membentuk loop umpan balik negatif [103].

2.2.3. Clinical Observation and Interventions of SHH Signaling Pathway in Cancer

Ada laporan klinis di normal aktivasi SST yang menandakan jalur dalam beberapa
jenis kanker. Sebagai contoh, di kanker tiroid, SST dinyatakan dalam 64% dari PTC jaringan
tapi hanya dalam 17% dari jaringan non-kanker, dan GLI1 dinyatakan dalam 48% dan 9% ini
dua jenis jaringan, masing-masing [115]. Aktivasi dari jalur SHH berkaitan dengan promosi
dari proses EMT dalam jalur sel kanker paru-paru [116], kanker sel ginjal [117] dan kanker
lambung [91]. Berdasarkan pengamatan ini, memblokir SHH signaling adalah strategi yang
populer dalam terapi kanker. Memang, penghambatan SHH sinyal dapat secara signifikan
mengurangi tingkat proliferasi sel bebas-kecil-sel-kanker paru-paru [118]. Fenomena serupa
juga telah diperhatikan dalam kanker payudara [119].
Strategi dasar intervensi jalur SHH yang menghalangi reseptor SHH atau pemain
utama lain hilir di jalur ini [104]. Dalam terapi kanker pankreas, kombinasi inhibitor SMO,
cyclopamine, dan gemcitabine, analog nukleotida, benar-benar membatalkan metastasis
kanker pankreas sementara juga mengurangi ukuran tumor primer [120]. Cyclopamine,
vismodegib, dan inhibitor SMO lain telah digunakan secara luas di klinik medulloblastoma
[121], kanker ovarium [122] dan [123] pengobatan kanker pankreas. Mengingat pentingnya
GLI1/2 dalam jalur SHH mempromosikan EMT dan metastasis, blokade GLI1/2 adalah
kandidat untuk pengobatan kanker. Sebagai contoh, kecil kimia molekul, GANT58 dan/atau
GANT61, yang memblokir GLI1/2 fungsi, menangkap pertumbuhan tumor prostat [124].
Dibandingkan dengan menghalangi regulator hulu di jalur SHH, keuntungan penargetan GLI
protein adalah bahwa protein ini berfungsi sebagai sinyal hub beberapa jalur yang diaktifkan
dalam sel-sel kanker, seperti jalur TGF-, NTB, dan SHH.

2.3. WNT Pathway in Cancer Progress and EMT

Jalur WNT adalah jalur sinyal lain yang crosstalks untuk jalur TGF- dan
mempromosikan EMT. Menjadi penekan tumor GSK3, dan aktivator -CATENIN adalah
dua elemen konvergen utama antara jalur NTB dan TGF- (gambar 2c).
 WNTs terdiri dari keluarga besar protein yang sangat dilestarikan dari lalat buah ke
manusia [125]. Dalam spesies homo, 19 ditemukan WNTs menulis sebuah jaringan yang
sangat rumit, yang penting bagi perkembangan dan respons stres. Aktivasi abnormal atau
mutasi pada jalur WNT telah dilaporkan di banyak jenis kanker, seperti Neoplasma usus,
kanker payudara, kanker prostat dan kanker paru-paru [126].
Kanonik WNT jalur dimulai dari penerimaan menandakan molekul pada membran
sel. GSK3 merupakan pengatur hilir utama reseptor. Tanpa sinyal WNT, GSK3 menyimpan
bentuk aktif, yang dapat phosphorylate dengan protein target (misalnya, -CATENIN [127])
degradasi lebih lanjut. Apabila WNT jalur signaling diaktifkan, GSK3 phosphorylated untuk
bentuk aktif. Jadi, -CATENIN fungsional terakumulasi dalam sitosol dan lebih diangkut ke
inti. Dalam inti, bersama dengan TCF/LEF, / -CATENIN mengikat ke wilayah promotor gen
target, seperti SNAIL1, dan mengaktifkan transkripsi yang [9.128]. Selain itu, SNAIL1 juga
dapat membentuk umpan balik yang positif dengan -CATENIN dengan berinteraksi dengan
-CATENIN secara fisik [129], atau meningkatkan jumlah gratis -CATENIN secara tidak
langsung melalui proses EMT [130]. Inaktivasi GSK3 juga dapat meningkatkan SNAIL1
ekspresi langsung mengikuti langkah-langkah dua: di inti, itu adalah phosphorylated oleh
GSK3; kemudian SNAIL1 dapat diangkut dari inti ke sitosol, mana itu dapat dianggap
phosphorylated lagi oleh GSK3 akhir degradasi [131].
Jalur WNT mempengaruhi dan adalah dipengaruhi oleh beberapa jalur signaling,
termasuk jalur SHH dan TGF-. GSK3 mempengaruhi GLI protein baik positif maupun
negatif. Di satu sisi, GSK3 phosphorylates GLI protein untuk degradasi [132]. Di sisi lain,
GSK3 phosphorylates SUFU, syal protein untuk GLI protein, dan melepaskan GLI gratis
protein [133]. GSK3 juga menstabilkan GLI mRNA tidak langsung mengarah ke
peningkatan jumlah protein GLI [134]. Dapat TGF- stimulasi, jalur WNT dapat diaktifkan
oleh jalur SMAD-independen. Sebagai contoh, dalam sel fibroblast paru-paru manusia, TGF-
1 dapat menonaktifkan GSK3 oleh mengaktifkan jalur mitogen-diaktifkan protein kinase
(MAPK) dan phosphorylating ERKs [135]. GSK3 dapat dihambat oleh jalur Tabut itu, dan
yang kedua dapat diaktifkan oleh TGF-1 dalam beberapa sel baris. Selain itu, GSK3
negatif mempengaruhi jalur TGF- oleh phosphorylating SMAD3 dengan para kooperator,
AXIN, dan memicu ubiquitination dan degradasi ketika TGF- absen [136].

Pengamatan dan intervensi klinis dari jalur sinyal WNT di kanker

Berdasarkan pada hubungan yang dekat antara WNT signaling kekacauan dan kanker
yang terdokumentasi dengan baik, upaya-upaya intensif telah ditempatkan dalam merancang
obat yang secara khusus menargetkan WNT jalur [137]. Namun, tidak ada obat telah disetujui
untuk penggunaan klinikal namun [138]. Perhatian khusus harus diambil karena jalur WNT
memiliki fungsi penting di hampir setiap aspek sel mamalia, seperti proliferasi dan
regenerasi.
Selain target tertentu molekul kecil, sekelompok obat dan senyawa yang banyak
digunakan untuk keperluan lain telah terbukti untuk membantu dalam pengobatan kanker
seperti mereka juga blok jalur NTB. Sebagai contoh, aspirin mempengaruhi dan blok WNT
jalur sebagai obat anti-inflamasi non-steroid (NSAID) di berbagai tingkat, seperti
memfasilitasi degradasi -CATENIN [139]. Vitamin, seperti retinoid, vitamin D, dll,
menunjukkan efek dalam kanker kolorektal dan kanker payudara mungkin melalui
berinteraksi dengan -CATENIN dan TCFs [137].

3. Sistem biologi Signaling Crosstalk dan obat penemuan

Seperti yang kita bahas di atas, Jaringan crosstalk antara TGF-, SHH, dan WNT
menandakan jalur kompleks. Selain itu, beberapa sinyal, seperti TGF-, memiliki peran yang
berlawanan sebagai kanker menjadi penekan dan promotor, tergantung pada jenis sel dan
kanker tahapan. Demikian pula, beberapa regulator yang dapat keduanya mengubah "off" dan
"on" gen target mereka. Sebagai contoh, GLI protein dapat positif maupun negatif mengatur
ekspresi diri. Contoh lain adalah GSK3, yang dapat berikatan kovalen dengan memodifikasi
onkogen protein (misalnya, SNAIL1) dan tumor repressors (SUFU) degradasi [133]. Selain
itu, semua jalur signaling ini memiliki peran penting pada kedua siklus kehidupan normal sel
dan dalam perkembangan kanker.
Karena kompleksitas biologi molekuler yang disebutkan di atas, naif obat-desain
strategi berdasarkan hanya memblokir jalan tertentu mungkin memiliki efek samping yang
serius untuk sel normal dan pasien. Terapi kanker dan penemuan obat anti tumor, dengan
demikian, sulit, memakan waktu, dan menghadapi tiga tantangan dasar:
1. protein/regulator mana untuk menargetkan terhadap pertimbangan klinik dan komersial?
2. bagaimana untuk memilih bahan kimia yang cocok untuk terapi dari kolam data raksasa?
3. bagaimana untuk merancang perawatan yang target pada populasi spesifik tumor pada
pasien?
Saat ini komputasi dan studi Biologi sistem menjadi sangat diperlukan pada
mengungkap mekanisme molekuler dan mengatasi tiga tantangan. Studi ini terlibat secara
luas dalam biologi molekuler saat ini, dan memberikan perspektif sistematis dan Integratif
pada pemahaman implikasi biologis yang mendasari hasil percobaan individu. Pada bagian
berikutnya, kami akan menggunakan serangkaian studi terbaru untuk menggambarkan
bagaimana kita bisa memajukan pemahaman kita tentang mekanisme regulasi EMT melalui
gabungan model matematika dan studi percobaan.
Dengan meningkatnya laporan baru sinyal dan jalur menuju EMT, seseorang mungkin
memiliki kesan bahwa EMT dapat diinduksi dengan mudah. Sebenarnya, EMT erat diatur di
berbagai tingkat, dan patologis EMT adalah peristiwa langka dalam tubuh yang sehat. Selain
itu, EMT adalah bukan pertanyaan "to be or not to be". Sebaliknya, EMT hasil melalui
spektrum yang luas dari keadaan, umumnya disebut sebagai negara EMT parsial [140,141].
Tian et al. [142] matematis dianalisis inti EMT peraturan jaringan (Gambar 3a), dan
mengusulkan mekanisme dua-langkah berurutan, seperti diringkas dalam gambar 3b. Loop
umpan balik negatif ganda SNAIL1 miR34 dan umpan balik ZEB1 miR200 lingkaran bentuk
dua biner switch. Sel epitel, miR34 dan miR200 yang sangat mengungkapkan, sementara
SNAIL1 dan ZEB1 Check hanya pada tingkat basal. Dengan konsentrasi menengah TGF-
(melebihi ambang batas nilai Ca), snail1 transkripsi diaktifkan. Produk protein SNAIL1 lebih
lanjut menghambat transkripsi miR34 [143], sebagian up-mengatur epitel spidol seperti E-
cadherin dan turun-mengatur mesenchymal pembuat seperti Vimenten dan N-cadherin. Pada
tahap ini, ZEB1/miR200 switch tidak dikembalikan, dan sel-sel ada dalam keadaan EMT
parsial. Coba, jika satu sekarang mengurangi eksogen TGF- untuk tingkat yang lebih rendah
(di bawah ambang batas nilai Ca' < Ca), sel kembali ke negara epitel., Epitelial-untuk-parsial
EMT transisi reversibel di bawah TGF- pengobatan. Ketika tingkat TGF- eksogen melebihi
ambang batas yang kedua (Cb > Ca), miR200 yang terdegradasi dan meningkatkan tingkat
ZEB1/2. ZEB lebih lanjut menghambat transkripsi miR200 [141], bekerja sama dengan
SNAIL1 dan faktor lainnya untuk up-mengatur epitel spidol dan turun-mengatur
mesenchymal pembuat, sehingga sel-sel menjalani EMT penuh. Pada tahap ini sel Check
autocrine TGF-, yang mempertahankan sel-sel dalam keadaan mesenchymal bahkan ketika
eksogen TGF- dihapus (Cb titik penting ' < 0). Itu adalah, EMT penuh ireversibel di bawah
perawatan TGF-. Selanjutnya, Zhang et al. [144] dilakukan kuantitatif studi percobaan yang
menggunakan manusia payudara MCF10A sel baris, dan membenarkan semua model
prediksi. Oleh karena itu, studi mengungkapkan betapa berbedanya sel fenotipe muncul dari
interaksi antara faktor-faktor transkripsi dan microRNAs, dan memberikan petunjuk untuk
biomedical intervensi untuk mengatur konversi antara mereka.
Model yang disebutkan di atas jelas tidak memberikan gambaran yang lengkap pada
EMT tapi agak harus dianggap sebagai titik awal. Itu hanya menganggap jaringan inti kecil
tanpa secara eksplisit mempertimbangkan banyak pemain EMT kunci lain seperti TWIST.
Sebenarnya ada banyak loop umpan balik lebih positif yang dibentuk oleh berbagai elemen
yang mengatur. Loop umpan balik ini juga dapat membentuk beberapa stabil switch [145],
yang dapat berfungsi baik dalam sinergi atau di urutan untuk menimbulkan mungkin
sejumlah Kombinatorial Serikat EMT parsial, konsisten dengan spektrum EMT quasi
kontinum [146]. Lebih lanjut studi percobaan dapat juga menganalisis Apakah mekanisme
mengungkapkan dua langkah umum untuk berbagai jenis sel dan sel baris, dan jika tidak
(yang adalah sangat mungkin), apa perbedaan dan tema-tema umum. Meskipun ada banyak
arah yang mungkin untuk memperluas upaya pemodelan, di bawah ini kita membahas tiga
dari mereka.
Pertama, model dapat secara sistematis diperluas untuk mencakup jenis molekul yang
terlibat. Menggunakan jaringan Boolean lebih coarse-grained model kerangka, baru saja
Steinway et al. belajar jaringan lebih kompleks EMT termasuk crosstalks antara TGF-, SST
dan WNT jalur, dan diuji model prediksi eksperimental [147,148]. Perluasan lequation
differentia biasa berbasis model seperti kita bisa lebih setia menggambarkan secara temporal
dan dinamika mapan thesystem. Untuk tujuan ini pengukuran sistematis dan kuantitatif yang
diperlukan untuk memberikan masukan untuk membatasi model parameter dan pengujian
model prediksi.

Gambar 3. Sistem biologi belajar di inti EMT jaringan. () inti peraturan jaringan TGFinduced EMT
dinyatakan oleh studi percobaan. Titik panah mewakili aktivasi, dan inhibisi tumpul onesrepresent; dan (b)
mathematicallypredicted bifurkasi diagram. Juga ditampilkan adalah thecorresponding doseresponse (DR)
kurva yang lebih akrab bagi experimentalists. Perhatikan bahwa kurva theDR berbeda untuk sel mulai dari
fenotipe berbeda dan diobati dengan meningkatkan (kurva biru) dan mengurangi (ungu kurva) eksogen TGF,
masing-masing. Historydependenthysteresis ini adalah tanda bistable dinamika. Diagram bifurkasi diperkirakan
memiliki beenexperimentally dikonfirmasi dalam sel-sel MCF10A. Diadaptasi dari [142,144].

Kedua, bidang menunggu lebih lanjut metodologi perkembangan di memasukkan

highthroughput data ke dalam rinci dinamika pemodelan. Dekade terakhir telah mengamati
ledakan akumulasi "neraca" dataset, seperti transcriptomics, epigenomics, proteomik dan
penelitian metabolomics. Umumnya highthroughput dataset menyediakan pandangan global
dari sistem atau proses di bawah studi, meskipun atrelatively resolusi rendah, baik sementara
fitur dan kualitas data, dibandingkan dengan focusedstudy lainnya seperti yang dibahas di
atas. Bioinformatika alat telah secara luas digunakan untuk menganalisis theomics data.
Sebagai contoh, Nam, et al. digunakan PATHOME, sebuah algoritma yang didasarkan pada
seluruh pathwayinformation, untuk menghubungkan jalur WNT dan AMPK di HNF4a
WNT5A di karsinogenesis lambung, dan lebih lanjut memprediksi WNT5A sebagai target
terapi cocok [149]. Mengingat pentingnya includingdynamics dalam farmasi pembangunan
[150,151], Tantangannya adalah bagaimana untuk menggabungkan tingkat globaland terfokus
ini studi.
Ketiga, kita dapat mengamati contoh mengintegrasikan komputasional dan biologi
sistem pendekatan dalam penemuan obat baru, terutama dalam skrining struktur druggable
protein target dan memilih calon obat [152]. Biologi komputasi struktur telah digunakan
secara luas di drug calon skrining. Sebagai contoh, Baken et al. dianalisis model
pharmacophore (PM), dan dipilih tujuh senyawa untuk lebih lanjut eksperimental skrining
lebih dari dua juta calon [153]. Prosedur dapat menjadi lebih efisien dan efektif dengan
menempatkan penemuan obat dalam konteks dinamika jaringan.
Singkatnya, EMT adalah proses yang kompleks dan banyak jalur crosstalk secara
ekstensif untuk menginisialisasi dan mengatur EMT. Oleh karena itu, pendekatan terpadu
komputasi dan eksperimental diperlukan untuk mengatasi mekanisme molekuler dan selular
peraturan, dan mengoptimalkan biomedical intervensi strategi.