BAB II

TINJAUAN PUSTAKA

2.1. Tanah dan Mikroba

Tanah mengandung bermacam-macam mikroba meliputi berbagai spesies bakteri,
ganggang, cendawan dan lain-lain. Bakteri dan fungi sangat berperan aktif dalam
memecah bahan-bahan organik Aktivitas mikroba diperlukan untuk menjaga
ketersediaan unsur hara penting bagi tanaman yaitu nitrogen. Nitrogen akan diubah
kedalam bentuk amoniak menjadi nitrit dan nitrit menjadi nitrat oleh bakteri nitrifikasi
(Darjamuni,2003 dalam Dede,2015)
Sekelompok mikroba secara khusus hidup dalam permukaan akar tanaman. Jumlah
jenis dan sifat mikroba ini berbeda dengan sekelompok mikroba yang lainnya. Kelompok
mikroba ini letaknya hanya beberapa centimeter dari permukaan akar yang kemudian
dinamakan sebagai Rhizosfer (Rhizo= akar,fera = daerah). Mikroba ini berperan aktif
dalam sikus mineral, pemecah kelupasan akar, dan hasil eksudasi akar serta penambata
nitrogen di udara.
Kesadaran masyarakat terhadap masalah lingkungan yang semakin tinggi serta adanya
tekanan dari para ahli dan pecinta lingkungan menjadikan teknologi enzim sebagai salah
satu alternatif untuk menggantikan berbagai proses kimiawi dalam bidang industri
(Falch,1991 dalam Dede,2015). Enzim merupakan katalisator pilihan yang diharapkan
dapat mengurangi dampak pencemaran dan pemborosan energi karena reaksinya tidak
membutuhkan energi tinggi, bersifat spesifik, dan tidak beracun (Aunstrup et al. 1979
dalam Dede 2015).
2.2. Bakteri dalam Tanah
Secara gars besar, bakteri dalam tanah dibagi menjadi 2 yaitu:
1. Amilolitik bakteri yang mampu menghasilkan enzim amylase (memecah pati
menjadi senyawa yang lebih sederhana terutama dalam bentuk glukosa.
2. Proteolitik bakteri yang mampu menghidrolisis protein menjadi dipeptidaatau
bahkan menjadi asam amino yang mudah larut sehingga mudah dicerna. Bakteri ini
mampu menghasilkan enzim protease (enzim pemecah protein yang dihasilkan
dalam tubuh bakteri). Bakteri ini digolongkan menjadi 3 golongan:
a. Bakteri aerobic atau anaerobic fakultatif,Tidak membentuk spora, misal
Pseudomonas, dan Protesius
b. Bakteri aerobic atau anaerobic membentuk spora, misalnya Bacilus
c. Bakteri Anaerobik membentuk spora, misalnya sebagian bakteri Costridium.

2.3. Enzim protease

2.3.1 Enzim protease
 Enzim protease merupakan biokatalisator untuk reaksi pemecahan protein. Enzim
ini akan mengkatalisis reaksi hidrolisis, yaitu reaksi yang melibatkan unsur air pada
ikatan spesifik substrat. Karena itu, enzim ini termasuk dalam enzim utama golongan
hidrolase. Protease ialah enzim yang sangat kompleks, mempunyai sifat fisiko kimia
dan sifat katalitik yang sangat bervariasi. Protease dapat dihasilkan secara ekstraseluler
dan intraseluler dan mempunyai peranan penting dalam metabolisme sel dan
keteraturan proses dalam sel (Ward et al., 2009).
Dalam dasa warsa terakhir ini terjadi peningkatan lebih pesat dalam pemakaian
enzim karena sifatnya yang efisien, selektif, mengkatalisis reaksi tanpa produk samping
dan ramah lingkungan. Salah satu sumber protease adalah mikroba. Protease mikroba
dapat diklasifikasikan sebagai protease serin (E.C. 3.4.21), protease sulfhydril
(E.C.3.4.22), protease asam (E.C.3.4.23) 7 dan metaloprotease (E.C.3.4.24). Beberapa
mikroorganisme yang telah diketahui sebagai penghasil protease untuk aplikasi
komersial adalah Bacillus, Lactobacillus, Pyrococcus, Termonospora Rhizopus, Mucor,
Endothia and Aspergillus (Rao, et al., 1998; Ward et al., 2009). Begitu pentingnya
enzim ini sehingga perlu mencari enzim dari mikroba dengan habitat yang berbeda
sehingga diharapkan enzim yang dihasilkan memiliki karakter yang unik untuk
memenuhi kebutuhan industri baik industri produk pertanian, kimia dan medis.

2.3.2 Uji Proteolitik

Aktivitas proteolitik isolat diuji dengan menggunakan medium agar + susu skim
1%. Isolat ditumbuhkan pada media kultur cair di inkubator bergoyang selama
semalam. Sebanyak 15 L isolat dari kultur cair diteteskan ke paper disk. Kemudian
paper disk tersebut di letakkan di atas media agar + susu skim lalu diinkubasi selama 24
jam. Nisbah antara diameter zona jernih terhadap diameter koloni (indeks proteolitik =
IP). Isolat dengan IP 3,0 dipilih dan disimpan pada suhu 40C untuk digunakan pada
uji selanjutnya (Cappucino & Sherman 2001).

2.3.3. Bakteri Proteolitik

Protease, disebut juga peptidase atau proteinase, merupakan enzim golongan

hidrolase yang akan memecah protein menjadi molekul yang lebihsederhana, seperti
menjadi polipeptida pendek atau asam amino, dengan reaksi hidrolisis pada ikatan
peptide. Enzim ini diperlukan oleh semua makhluk hidup karena bersifat esensial dalam
metabolisme protein. Peranannya dalam tubuh antara lain membantu pencernaan
protein dalam makanan, menggunakan kembali protein-
protein intraseluler, koagulasisel darah, dan akivasi berbagai jenis protein, enzim,
hormon, serta neurotransmiter (Rehm dan Reed 1987).

Bakteri proteolitik adalah bakteri yang memproduksi enzim protease

ekstraselular, enzim protease ini diproduksi di dalam sel kemudian dilepaskan ke
mediumnya. Bakteri mempunyai enzim protease di dalam sel, namun tidak semua
enzim protease tersebut dilepaskan ke mediumnya (Puspitasari dkk 2009).

Protease merupakan enzim industri yang penting. Enzim ini digunakan

terutama dalam industri detergen, farmasi, kulit, makanan, film, dan pengolahan
limbah. Protease-protease diproduksi secara komersial dari bakteri dan jamur.
Berdasarkan pH optimumnya, protease-protease mikroba dikelompokkan menjadi tiga
golongan yaitu : protease basa, protease netral dan protease asam. Protease basa dan
netral secara komersial diproduksi dari galur-galur Bacillus, sedangkan protease asam
diproduksi dari jamur, khususnya galur-galur Mucor dan Endhothea (Rao, et al. 200
dalam 7).

a. Protease Basa

Protease basa disebut juga sebagai protease serin, sebab protease ini dicirikan
oleh adanya satu residu serin pada sisi aktif molekulnya. Protease basa ini
merupakan endopeptidase dengan aktivitas proteolitik yang kuat dan
mempunyai spesifitas yang rendah. Molekulnya stabil pada temperatur tinggi
dan aktivitasnya optimum pada pH 9-11. Aktivitas tidak terhambat oleh tetapi
dihambat oleh diisopropil-fluorofosfat (DFP) dan fenilmetilsulfonil fluoride
(PMSF).

a. Protease Netral

Protease netral merupakan suatu protease logam (melloprotease) dan

memerlukan ion Zn2+ agar aktivitasnya optimal. Rentang pH optimumnya
sangat sempit, yaitu pada pH 6,6-7,6. Protease netral ini sangat tidak stabil
terhadap protease basa dan protease pembentuk khelat. Seperti protease basa,
 protease netral juga merupakan endopeptidase dan memutus ikatan peptida
yang mempunyai rantai samping hidrofobik. Protease netral diproduksi oleh
bakteri dan jamur. Beberapa galur Bacillus penghasil protease netral antara lain
: Bacillus amyloliquefaciens, Bacillus cereus, Bacillus megaterium, Bacillus
polymyza dan Bacillus subtilis.

b. Protease Asam

Protease asam jarang dijumpai dalam bakteri, tetapi lebih dominan diproduksi
oleh jamur. Molekulnya mengandung satu residu asam aspartat pada sisi aktifnya
dan aktivitasnya tidak dipengaruhi oleh pereaksi pembentuk khelat, pereaksi
gugus tiol dan inhibitor-inhibitor protease basa. Protease asam mempunyai pH
optimum sangat rendah, yaitu 2-3. Enzim ini digunakan dalam industri kecap dan
tahu (Suhartono MT, 2000).

Dekomposisi protein lebih sulit dibandingkan pemecahan karbohidrat. Produk

akhir dari dekomposisi protein pun lebih bervariasi, hal ini disebabkan struktur protein
yang lebih kompleks. Mikroorganisme dengan sistem enzim yang kompleks, memecah
protein menjadi senyawa-senyawa yang lebih sederhana (Puspitasari dkk 2009).

Bakteri proteolitik dapat digolongkan menjadi beberapa kelompok yaitu,

bakteri aerobik atau anaerobik fakultatif tidak membentuk spora, bakteri aerobik atau
anaerobik fakultatif membentuk spora, dan bakteri anaerobik pembentuk spora.
Aktivitas proteolitik menghasilkan sedikit penggumpalan. Bakteri proteolitik adalah
bakteri yang memproduksi enzim protease ekstraseluler, yaitu enzim pemecah protein
yang diproduksi di dalam sel kemudian dilepaskan keluar dari sel. Bakteri mempunyai
enzim protease di dalam sel, tetapi tidak semua bakteri mempunya enzim protease
ekstraseluler. Dekomposisi protein oleh mikroorganisme lebih kompleks daripada
pemecahan karbohidrat dan produk akhirnya juga lebih bervariasi. Hal ini disebabkan
struktur protein yang lebih kompleks. Mikroorganisme melalui suatu sistem enzim yang
kompleks, memecah protein menjadi senyawa-senyawa yang lebih sederhana. Contoh
bakteri proteolitik adalah Pseudomonas, Bacillus, Streptococcus dan Staphylococcus.
Enzim protease dibedakan menjadi dua kelompok yaitu proteinase yang
menghidrolisis molekul protein menjadi peptida dan peptidase yang menghidrolisis
fragmen peptida menjadi asam amino. Metode yang digunakan untuk mendeteksi
adanya aktivitas bakteri proteolitik adalah dengan menggunakan medium yang
 mengandung kasein yaitu Skim Milk Agar (Fardiaz 1993). Kasein adalah salah satu
jenis protein. Hidrolisis kasein digunakan untuk memperlihatkan aktivitas hidrolitik
protease yang memutuskan ikatan peptida CO-NH. Hidrolisis protein ditunjukkan
dengan adanya zona bening di sekeliling pertumbuhan bakteri. Pengujian secara
kualitatif dilakukan dengan cara mengamati zona bening yang berada di sekitar koloni
bakteri, kemudian membagi diameter zona bening dengan diameter koloni bakteri.
Hasil bagi diameter tersebut dinyatakan sebagai aktifitas protease secara relatif.

2.4. Enzim Amilase

2.4.1 Enzim Amilase
Amilase merupakan salah satu enzim yang mampu mengkatalis proses hidrolisis
ikatan (-1,4) glokosida pada senyawa polimer karbohidrat dengan rumus (C 6H10O5)n.
amylase dapat diasilkan oleh bakteri,fungi,tumbuhan, dan hewan yang dapat digunakan
untuk mengkonversi bahan-bahan berpati menjadi monomer yang lebih sedrhana dalam
bentuk glukosa,dekstrosa,fruktosa atau maltose. Hal ini karena umumnya amylase asala
bakteri mempunyai aktifitas yang tinggi dan bersifat lebih stabil dibandingkan yang
bersala dari tumbuhan dan hewan.
Amilase dapat memecah ikatan pada amilum hingga terbentuk maltose. Ada tiga
macam enzim amylase yaitu amylase, amylase, dan y amylase. Berdasarkan arahnya
memutus ikatan glikosida dari amilum, maka enzim amylase dapat dikategorikan
menjadi 2 kelompok yaitu endoamilase melakukan hidrolisis secara acak dari bagian
depan molekul amilum sehingga menghasilkan molekul oligosakarida dalam bentuk
rantai lurus maupun bercabang dengan panjang rantai yang bervariasi sedangkan
aktoamilase melakukan hidrolisis dari ujung non reduksi dengan produk akhir molekul
yang pendek.

2.4.3 Bakteri Amilolitik

Bakteri amilolitik adalah jenis bakteri yang memproduksi enzim amylase dan
mampu memecah pati. Genus bakteri yang termasuk kelompok bakter amilolitik yang
cukup dikenal luas adalah Bacillus, Clostridium, Bacteriodes, Lactobacillus,
Micrococcus, Thermus, dan Actinomycetes. Pada tahap awal untuk mendapatkan
mikroba yang berpotensi sebagai penghasil enzim adalah dengan mengisolasi dan seleksi
mikroba tersebut dari habitat alaminya. Mikroba yang diperoleh dari hasil isolasi harus
memiliki kemampuan untuk melangsungkan reaksi atau menghasilkan produk yang
diinginkan.
Menurut Purnomo (2003), pemilihan bakteri sebagai sumber enzim mempunyai
beberapa keuntungan bila dibandingkan enzim yang diisolasi dari
tanaman,hewan,maupun fungi sebab sel bakteri relatif lebih mudah ditumbuhkan,
kecepatan tumbuh relative lebih cepat skala produksi sel lebih mudah ditingkatkan bila
dikehendaki, produksi yang lebih besar, biaya produksi relative rendah, kondisi selama
produksi tidak tergantung oleh adanya pergantian musim, dan waktu yang dibutuhkan
dalam proses produksi lebih pendek. (Yuliar,2008)
2.4.2 Media Pertumbuhan Bakteri Amilolitik
Faktor yang mempengaruhi pertumbuhan mikroba yaitu media pertumbuhan yang
digunakan,suhu,pH, dan aerasi. Media tumbuh yang biasa digunakan terdiri atas mdia
sintetis dan media kompleks. Media sintetis adalah media sederhana yang seluruh
komponennya telah diketahui yang hanya mengandung sumber karbon organic
( misalnya selulosa), sumber nitrogen inorganic (NH4+ atau NO3-), dan beberapa garam
mineral lainnya.
Pertumbuhan dan perkembangan mikroba memerlukan adanya substrat yang
disebut media. Media yang dipergunakan harus dalam keadaan steril ( tidak ditumbuhi
mikroba lain). Media pertumbuhan harus menagndung semua unsur hara yang diperlukan
oleh mikroba, selain itu media harus mempunyai pH yang sesuai dengan kebutuhan
mikroba yang hendak dibiakkan.
Bakteri yang dinokulasikan ke dalam suatu medium yang sesuai da pada keadaan
optimum bagi pertumbuhannya, maka terjadi kenaikan yang amat tinggi dalam waktu
yang relative pendek. Populasinya dapat mencapai 10 sampai 15 milyar sel per
millimeter dalam waktu 24 jam. Pembelahan sel seperti disebut pembelahan sel aseksual.
(Pelszar,et al,2005 dalam Mayasari,2016)
Media pertumbuhan bakteri amilolitik umumnya menggunakan Soluble Strach dan
mengandung beberapa nutrisi untuk pertumbuhannya antara lain
MgSO4,NaCl,Pepton,dan yeast extra. Karbon merupakan unsur penting yang diperlukan
oleh bakteri autotrof maupun heterotrof. Nitrogen sebagai sumber protein dan asam
nukleat untuk membentuk struktur fungsional sebagai enzim dalam metabolism sel.
Unsur-unsur logam diperlukan untuk mengatur penyerapan zat hara, pengatur aktifitas
enzim,transport electron selama biooksidasi. Ion-ion ini diperlukan dalam jumlah sedikit
yang biasanya bersala dari garam-garam. Begitu pula dengan air yang diperlukan oleh
semua mikroorganisme sebagai transportasi bahaan terlarut berpa ion-ion hara yang
melintasi dan mencapai jaringan. Selain itu, karena merupakan bakteri yang mampu
mendegradasi enzim amylase maka dapat digunakan media Nutrient agar yang dicampur
dengan amilum (tepung tapioka).
Nutrien agar adalah medium umum untuk uji air dan produk dairy. NA juga
digunakan untuk pertumbuhan mayoritas dari mikroorganisme yang tidak selektif, dalam
 artian mikroorganisme heterotrof. Media ini merupakan media sederhana yang dibuat
dari ekstrak beef, pepton, dan agar. NA merupakan salah satu media yang umum
digunakan dalam prosedur bakteriologi seperti uji biasa dari air, sewage, produk pangan,
untuk membawa stok kultur, untuk pertumbuhan sampel pada uji bakteri,dan untuk
mengisolasi organisme dalam kultur murni.
NA dibuat dari campuran ekstrak daging dan peptone dengan menggunakan agar
sebagai pemadat. Dalam hal ini agar digunakan sebagai pemadat, karena sifatnya yang
mudah membeku dan mengandung karbohidrat yang berupa galaktam sehingga
tidak mudah diuraikan oleh mikroorganisme. Ekstrak beef dan pepton digunakan sebagai
bahan dasar karena merupakan sumber protein, nitrogen, vitamin serta karbohidrat yang
sangat dibutuhkan oleh mikroorganisme untuk tumbuh dan berkembang. Medium
Nutrient Agar (NA) merupakan medium yang berwarna coklat muda yang memiliki
konsistensi yang padat dimana medium ini berasal dari sintetik dan memiliki kegunaan
sebagai medium untuk menumbuhkan bakteri.

2.5. Aktivitas Bakteri Proteolitik dan amilolitik dalam Tanah

Bahan organik tanah adalah semua jenis senyawa organic yang terdapat di dalam
tanah termasuk serasah, fraksi bahan organic ringan, biomassa organisme, bahan organik
terlaut dalam air , dan bahan organic yang stabil/humus. Kandungan bahan organik
merupakan kunci ketahanan terhadap kekeringan dan kelestarian produksi pangan. Bahan
organic berguna dalam proses pelapukan dan proses dekomposisi mineral tanah, sumber
hara tanaman, pembentukan struktur tanah stabil dan pengaruh langsung pada
pertumbuhan dan perkembangan tanaman di bawah kondisi tertentu.
Sisa tanaman yang telah mati banyak mengandung bahan organic seperti amilum,
selulosa dan protein. Akteri memerlukan bahan organic seperti amilum,protein dan lemak
untuk menghasilkan energy dan sebagai sumber sumber karbonnya. Bakteri memiliki
eksoenzim yang dapat memecah makromolekul karbohidrat, protein dan lemak.
Ekzoenzim hidrolitik yang dihasilkan bakteri berguna untuk mendegradasi polimer bahan
organic menjadi bahan organic sederhana. Selama proses perubahan dan pelarutan bahan
organic, unsur hara akan bebas menjadi bentuk yang larut dan dapat diserap tanaman.
Sebelum mengalami proses perubahan, sisa hewan dan tumbuhan ini tidak berguna bagi
tanaman, karena unsur hara masih dalam bentuk terikat yang tidak dapat diserap oleh
tanaman.
Menurut Saraswati(2004) bakteri perombak bahan organic dalam hal ini bakteri
amilolitik dan proteolitik dapat digunakan sebagai strategi untuk mempercepat proses
dekomposisi sisa-sisa tumbuhan dan hewan, selain untuk meningkatkan biomassa dan
aktivitas mikroba tanah, juga dapat mengurangi penyakit , larva insektisida, biji gulma,
volume bahan buangan,sehingga pemanfaatannya dapat meningkatkan kesuburan tanah.