Tugas III.

Analisis DNA Forensik

(Nilai Total 20)

PETUNJUK UMUM:

1. Bacalah pendahuluan berikut serta setiap pertanyaan dengan cermat dan teliti.
2. Anda diberikan satu lembar transparansi berisi hasil analisis profil DNA. Dilarang
mencoret-coret dan merusak transparansi. Pelanggaran akan dikenai sanksi pengurangan
nilai 15 poin.
3. Tulis jawaban setiap pertanyaan langsung di lembar soal ini pada tempat yang disediakan.

PENDAHULUAN:

Sidik jari DNA (DNA fingerprint) merupakan metode standar yang mumpuni dalam
analisis forensik, tes keturunan, serta investigasi sejarah dan arkeologis. Salah satu contoh
terobosan penggunaan sidik jari DNA adalah dalam mengungkap nasib Keluarga Romanov,
monarki terakhir Rusia yang dibunuh saat Revolusi Bolshevik. Pada dini hari 18 Juli 1918,
Tsar Nicholas II, istrinya Tsarina Alexandra, empat putrinya: Olga, Tatiana, Maria, dan
Anastasia, serta putra mereka satu-satunya: Alexei, dieksekusi bersama tiga orang pelayan
dan seorang dokter keluarga. Mayat mereka dikubur di suatu hutan di daerah Ekaterinburg
dan lokasinya tetap menjadi misteri sampai tahun 1991, ketika upaya penggalian berhasil
menemukan satu lubang berisi sembilan kerangka yang diduga kuat merupakan para korban.

Gambar 1. Keluarga Romanov pada 1913

Sebagai ahli biologi molekuler ternama yang pernah menjadi peserta OSN 2012, anda
diundang untuk bergabung dalam tim investigasi internasional untuk mengungkap misteri
kematian keluarga Romanov. Anda bertugas melakukan analisis DNA forensik terhadap
sembilan kerangka hasil penggalian menggunakan penanda genetik. Analisis awal melalui
rekonstruksi wajah, odontologi, serta penentuan jenis kelamin mengindikasikan bahwa
kerangka tersebut terdiri dari sembilan individu, empat pria, dan lima wanita. Diketahui pula
bahwa dua jasad yang tidak ditemukan saat penggalian adalah Alexei dan salah satu anak
perempuan Tsar yang belum diketahui identitasnya.

1
PERTANYAAN:

1. (Nilai 2; @0,25) Untuk mendapatkan sampel DNA, anda harus mengisolasi dari
kerangka yang tersedia. Anda mengambil sebanyak 1 gram sampel tulang dari setiap
kerangka dan menghancurkannya sampai menjadi bubuk. Dari daftar berikut, pilih
bahan/larutan yang tepat untuk mengisolasi DNA dari tulang tersebut. Beri tanda V jika
bahan/larutan digunakan dan X jika tidak digunakan pada kolom yang sesuai.

Kode Larutan Jawab [V/X]

A Akrilamida .....
B Buffer TE .....
C EDTA (chelating agent) .....
D Etanol absolut .....
E Fenol-kloroform .....
F HCl 1 M .....
G NaCl .....
H SDS (Sodium Dodecyl Sulfate) .....

2. (Nilai 2) Isolasi DNA dari sampel tulang dilakukan melalui beberapa tahap, seperti yang
ditunjukkan pada diagram berikut. Tentukan pada tahap apakah larutan yang telah anda
pilih pada pertanyaan No.1 digunakan dengan menulis kode larutan tersebut pada kotak
yang tersedia.

Lisis Sel ......

.

Ekstraksi DNA ......

.

Pengendapan DNA
......
.

Pelarutan dan penyimpanan DNA ......

.

3. (Nilai 2) Analisis DNA forensik seringkali memiliki resiko kontaminasi yang tinggi.
Hal ini terjadi jika sampel sudah terpapar lama di lingkungan dan dalam kondisi
terdegradasi, seperti pada kasus ini. Strategi apakah yang perlu dilakukan untuk
memastikan bahwa DNA yang diisolasi memang berasal dari sampel kerangka dan
bukan dari kontaminan? Pilihlah jawaban yang tepat dari daftar berikut dengan memberi
tanda X pada kolom yang sesuai. (Jawaban bisa lebih dari satu)

2
 Pernyataan Jawab [X]
A. Mengambil sampel dari dua tulang yang berbeda untuk setiap
.....
kerangka dan mengisolasinya pada waktu yang sama
B. Mengambil sampel dari dua tulang yang berbeda untuk setiap
.....
kerangka dan mengisolasinya pada waktu yang berbeda
C. Membuat kontrol negatif .....
D. Membuat kontrol positif .....
E. Mengulangi isolasi DNA pada laboratorium yang sama .....
F. Mengulangi isolasi DNA pada laboratorium yang berbeda .....

4. (Nilai 2) Keluarga Romanov dieksekusi tahun 1918 sehingga sampel kerangka yang
sedang anda teliti sudah berumur hampir 100 tahun. Untuk membuktikan bahwa dari
kerangka tersebut memang terdapat satu keluarga dan bukan hanya sekumpulan
individu yang dikubur bersama-sama, sampel apakah yang sebaiknya anda analisis?
(Jawaban bisa lebih dari satu)

Larutan Jawab [X]

DNA Autosom .....
DNA Kromosom X .....
DNA Kromosom Y .....
DNA Mitokondria (mtDNA) .....
RNA ribosom (rRNA) .....
Total protein seluler .....

5. (Nilai 10; @2) Anda kemudian melakukan analisis profil DNA dari kesembilan kerangka
tersebut menggunakan penanda genetik berupa STR (Short Tandem Repeats), pada lima
lokus, yaitu: HUMTH01, HUMVWA/31, HUMF13A1, HUMFES/FPS, dan
HUMACTBP2. Hasil elektroforesis gel dan pelacakan (probing) terhadap lokus
HUMTH01 disajikan pada transparansi yang terdapat di meja anda, sedangkan hasil
pada keempat lokus lainnya disajikan pada tabel berikut.

Genotip STR untuk Lokus

Kode Kerangka
HUMVWA/31 HUMF13A1 HUMFES/FPS HUMACTBP2
1 14, 20 6, 16 10, 11 Tidak ada data
2 17, 17 5, 7 10, 11 11, 30
3 15, 16 5, 7 12, 13 11, 32
4 15, 16 7, 7 12, 12 11, 32
5 15, 16 5, 7 12, 13 11, 36
6 15, 16 3, 7 12, 13 32, 36
7 15, 16 3, 5 12, 13 32, 36
8 15, 17 5, 7 8, 10 Tidak ada data
9 16, 17 6, 7 11, 12 Tidak ada data

3
 Tanpa disengaja, anda kehilangan data mengenai jenis kelamin dan usia dari setiap
kerangka. Namun hasil analisis harus segera diserahkan keesokan harinya kepada kepala
tim investigasi. Berdasarkan hasil pada transparansi dan tabel di atas, tentukanlah siapa
saja orang tua dan ketiga anak dari keluarga tersebut? Jawablah dengan melengkapi
titik-titik pada pohon silsilah berikut dengan kode kerangka yang tepat.

......
.
......
...... .
.

...... ...... ......

. . .
6. (Nilai 2) Hasil analisis anda ternyata menunjukkan bahwa sebagian kerangka memang
berasal dari satu keluarga, ayah, ibu, dan tiga anak perempuan, sama seperti anggota
Keluarga Romanov yang dikubur bersama-sama dalam satu lubang di Ekaterinburg.
Namun anda masih harus melakukan konfirmasi. Hasil tersebut tidak lantas berarti
bahwa kerangka tersebut memang Keluarga Romanov dan bukan keluarga lain yang
kebetulan memiliki susunan anggota yang sama. Melalui analisis DNA, bagaimana anda
membuktikan bahwa kerangka tersebut memang milik keluarga Romanov? Pilihlah
jawaban yang tepat dari daftar berikut dengan memberi tanda X pada kolom yang sesuai.
(Jawaban bisa lebih dari satu)

Pernyataan Jawab [X]

A. Membandingkan hasil pada No.5 dengan kerabat Romanov yang
.....
masih hidup dari saudara perempuan Tsarina Alexandra (jika ada)
B. Membandingkan hasil pada No.5 dengan kerabat Romanov yang
.....
masih hidup dari saudara laki-laki Tsarina Alexandra (jika ada)
C. Membandingkan hasil pada No.5 dengan kerabat Romanov yang
.....
masih hidup dari saudara perempuan Tsar Nicholas II (jika ada)
D. Membandingkan hasil pada No.5 dengan kerabat Romanov yang
.....
masih hidup dari saudara laki-laki Tsar Nicholas II (jika ada)