Mekanisme apomiksis terbagi menjadi dua yaitu gametofitik dan sporofitik.

Apomiksis
sporofitik, terjadi perkembangan kantong embrio yang mengikuti jalur seperti angisosprema
pada umunya, namun selama mitosis megaspora fungsional dan diploid somatic mengelilingi
kantong embrio dan berdeferensiasi menjadi sel embriogenik. Sel embriogenik memulai proses
mitosis dan membentuk beberapa embrio bentuk globular yaang dapat berkembang menjadi
dewasa jika dibuahi secara seksual. Apomiksis sporofitik menyebabkan benih mengandung
banyak embrio (Luo et al., 1999).

Apomiksis gametofitik berhubungan dengan pembentukan kantung embrio secara mitotic

dari sel diploid ovule dengan melewati meiosis (apomeiosis). Apomiksis gametofitik di bagi
menjadi apospori, diplospori dan embryogenesis adventif. Apospori merupakan apomiksis
gametopitik dimana kantung embrio tereduksi yang timbul dari nuselus somatic yang
berkembang dari megaspora fungsional yang berada dijaringan ovular. Diplospori adalah
pembentukan kantung embrio dari sel induk megaspora dengan modifikasi proses meiosis.
Embrigenesis adventif berasal dari sel somatik ovul, sel-sel nuselus atau sel integumen. Sel-sel
ini berkembang dan membentuk embrio dan berkompetisi dengan embrio seksualyang terbentuk
setelah pembuahan. Setelah 2n gametofit dan gamet betina terbentuk (apomeiosis), kemudian
terjadi embryogenesis tanpa pembuahan oleh gamet jantan, sedangkan pembentukan
endoserperma terbentuk dari endoseperma otonom atau memerlukan pemupukan (endosperm
pseudogamous).

(Hand & Koltunow, 2014)

 Apomiksis dikendalikan oleh protein yang biasanya berfungsi untuk memulai reproduksi
seksual tetapi diubah sehubungan dengan aktivitas distribusi spasial dan temporal selama masa
perkembangan. aktivitas distribusi spasial dan temporal terjadi akibat konsekuensi dan ekpresi
heterokronik karena hibridisasi. Apomiksis pada P. partensis terjadi akibat deregulasi reproduksi
seksual yang secara khusus ditinjau dari aktivitas PpSERK dan APOSTART yang dianggap
terlibat dalam pemberian sinyal anatar sel dan trafik hormon. PpSERK dianggap sebagai pemicu
pengembangan kantung embrio dan dapat mengarahkan produk gen pada kompartemen lain.
PpSERK dapat melakukan pemberian sinyal dan memediasi dengan auksin/ jalur hormonal yang
dikendalikan oleh APOSTART yang didasari oleh ekspres spasial dan temporal. APOSTART
menunjukan keterlibatan pada proses parthenogenesis dan kematian sel terprogram dalam
megaspora nonfungsional dan degenerasi sel nukleat yang memungkinkan pembesaran kantung
embrio yang matang.