SIGNAL SEQUENCES GOVERN GENOME REARRANGEMENTS

Bagaimana penyusunan ulang genom yang terjadi selama perkembangan limfosit B

diatur? Apa yang mengontrol peristiwa rekombinasi somatik sehingga segmen gen V
bergabung dengan segmen J dan tidak ke segmen V lain atau langsung ke segmen C? Beberapa
segmen panjang DNA kromosom membawa kluster segmen gen V, segmen gen D, dan segmen
gen J dari kedua tikus dan manusia kini telah diurutkan, dan sekuens pasangan nukleotida yang
dihasilkan menunjukkan keberadaan VJ spesifik, VD, dan DJ. sinyal bergabung. Urutan sinyal
yang sama ditemukan berdekatan dengan semua segmen gen V. Demikian pula, semua segmen
gen J memiliki urutan sinyal identik yang terletak berdekatan dengan urutan pengkodean
mereka; Namun, urutan sinyal mereka berbeda dari yang berdekatan dengan segmen gen V.
Demikian juga, segmen gen D dan C memiliki urutan sinyal yang berdekatan.

Urutan sinyal pengontrolan V-J, V-D, dan D-J yang bergabung mengandung rangkaian
panjang 7-basa (heptamer) dan 9-basa (nonamer) yang dipisahkan oleh spacer berbeda, tetapi
panjang spesifik. Untuk Vx-Jx yang bergabung, spacer dalam urutan sinyal Vx adalah 12
nukleotida-pasang yang panjang, sedangkan pada urutan sinyal Jx adalah 22 nukleotida-pasang
panjang. Sekuens heptamer dan nonamerat yang terletak "setelah" segmen gen Vx bersifat
komplementer (dengan pengecualian satu pasangan basa) ke segmen gen "Jingging" tersebut.
Urutan sinyal ini memiliki potensi untuk membentuk struktur "batang dan lingkaran", sehingga
membawa segmen gen Vx dan Jx ke penjajaran untuk bergabung. Rupanya, bergabung hanya
akan terjadi ketika satu urutan sinyal memiliki spacer 12-basa dan yang lainnya berisi 22
pasangan basa. Persyaratan ini seharusnya diberlakukan oleh protein spesifik (s) yang
memediasi proses penggabungan. Urutan sinyal yang sangat mirip muncul untuk mengontrol
VH-D dan D-JH bergabung, sedangkan urutan sinyal yang agak berbeda memediasi
perpindahan kelas.

KERAGAMAN ANTIBODI: VARIABEL SISI BERGABUNG DAN MUTASI

SOMATIK

Perbandingan keragaman sekuens asam amino hadir dalam molekul antibodi dengan
yang diprediksi dari rangkaian segmen gen yang menyandi antibodi ini mengungkapkan bahwa
ada lebih banyak variasi dalam sekuens asam amino pada sambungan V-J daripada yang
diprediksi oleh sekuens nukleotida. Studi selanjutnya menunjukkan bahwa banyak dari
keragaman tambahan ini dapat dijelaskan oleh variasi di situs yang tepat dari rekombinasi
selama V-J yang bergabung acara. Contoh penggunaan situs alternatif untuk bergabung dengan
segmen gen Vk dan Jk pada mouse diilustrasikan dalam gambar 16.9. Selama bergabungnya
segmen gen Vk41 dan J5, rekombinasi telah terbukti terjadi antara empat posisi nukleotida
yang berdekatan di situs juction. Peristiwa rekombinasi ini menghasilkan empat urutan
nukleotida yang berbeda yang menyandikan tiga asam amino yang berbeda pada posisi 96
dalam rantai cahaya kappa tikus. Karena asam amino 96 terjadi di wilayah rantai antibodi yang
terlibat dalam pengikatan antigen, alternatif peristiwa bergabung V-J dari jenis ini tidak
diragukan lagi berkontribusi secara signifikan terhadap keragaman besar spesifisitas antibodi
yang diamati pada vertebrata. Peristiwa bergabung alternatif yang serupa telah
didokumentasikan untuk reaksi bergabung Vλ-Jλ dan Vh-D-Jh. Dengan demikian penggunaan
situs alternatif rekombinasi selama acara bergabung yang terlibat dalam perakitan gen antibodi
dewasa memberikan mekanisme tambahan untuk menghasilkan keragaman antibodi.

Meskipun begitu banyak keanekaragaman antibodi yang dihasilkan oleh (1)

bergabungnya keluarga besar dari segmen gen V, D, dan J dan (2) penggunaan posisi alternatif
rekombinasi selama reaksi bergabung, data yang menunjukkan bahwa masih ada mekanisme
lain yang harus terlibat dalam generasi keragaman antibodi. Ini telah ditetapkan dengan
membandingkan (1) urutan nukleotida-pasangan gen yang diekspresikan dengan urutan
segmen gen garis gen dan (2) sekuens asam amino yang sebenarnya dari rantai antibodi dengan
sekuen asam amino yang diprediksi dari sekuen nuclwotida dari gen-gen . Sebagai contoh,
ketika sekuen asam amino yang sebenarnya dari rantai λ1 tikus yang berbeda dibandingkan
dengan urutan asam amonat yang diprediksi (berdasarkan sekuens nukleotida-pasangan dari
segmen gen λ1) rantai ringan λ1, perbedaan ditemukan di daerah variabel jauh dari situs juntion.
Pengamatan serupa telah dilakukan dalam studi tentang daerah variabel rantai berat. Pada
dasarnya semua kasus, perubahan telah dihasilkan dari substitusi pasangan nukleotida tunggal.
Substitusi seperti itu dapat mewakili 1-2 persen dari pasangan nukleotida dari segmen gen yang
mengkodekan daerah variabel antibodi. Penggantian pasangan nukleotida ini dianggap terjadi
oleh beberapa mekanisme mutasi somatik yang terbatas pada urutan DNA yang mengkodekan
daerah variabel dari rantai antibodi. Karena perubahan dalam segmen variabel gen antibodi ini
terjadi pada frekuensi yang tinggi, proses yang terjadi sering disebut hypermutation somatik.
Mekanisme dimana hypermutation somatik terjadi tidak diketahui.

PERATURAN TRANSKRIPSI: JARINGAN SPESIFIK ENHANCER

Telah diketahui selama beberapa tahun bahwa gen antibodi antigen galur tidak dilacak
atau dilacak pada tingkat yang sangat rendah. Namun, dalam limfosit B yang memproduksi
antibodi, 10 hingga 20 persen dari molekul mRNA adalah transkripsi gen antibodi. Lalu, apa
yang bertanggung jawab untuk aktivasi transkripsi gen antibodi yang mengalami penataan
ulang dan menjadi aktif? Dalam kasus gen rantai berat, jawabannya tampaknya adalah bahwa
proses penataan ulang membawa promosi yang terletak di hulu segmen gen Lh-Vh ke dalam
jangkauan pengaruh elemnet peningkat kuat yang terletak di intron antara segmengs gen Jh
dan ... segmen gen ,. Setiap segmen gen Lh-Vh mengandung promotor hulu. Namun, sebelum
peristiwa penataan genom yang mengarah pada sintesis rantai berat, penambah ini lebih dari
100.000 nukleotida-pasang dari promotor Lh-Vh terdekat. Agaknya, penambah ini tidak dapat
mengaktifkan transkripsi dari promotor yang terletak jauh. Namun, peristiwa penataan ulang
yang terjadi selama diferensiasi sel B memindahkan promotor dari segmen gen Lh-Vh terdekat
ke dalam kurang dari 2000 pasangan nukleotida dari peningkat. Peningkat sekarang dapat
mengaktifkan transkripsi dari promotor yang terletak di hulu dari segmen gen Lh-Vh.
Peningkat yang larut dalam aktivasinya sintesis rantai berat adalah jaringan spesifik, ia
mengaktifkan transkripsi hanya limfosit dan tidak memiliki efek pada sel yang berasal dari
jaringan lain. Agaknya, proses aktivasi membutuhkan adanya faktor pengaktif transkripsi yang
disintesis dalam limfosit, tetapi tidak pada jenis sel lainnya.

Unsur penambah yang serupa telah ditemukan di intron antara kelompok gen rantai Jk
gen ringan dan urutan pengkodean Ck. Dengan demikian, nampaknya bahwa pergerakan
promotor antibodi sinto kisaran pengaruh peningkat jaringan spesifik dapat menjadi
mekanisme umum aktivasi gen antibodi selama diferensiasi limfosit B.

PEMILIHAN CLONAL

Sampai saat ini, kami telah menghindari pertanyaan tentang bagaimana suatu
organisme memulai sintesis dari antibodi khusus untuk antigen yang sebelumnya belum pernah
ditemui. Ini dijelaskan dengan baik oleh teori seleksi klonal. Ingat bahwa antibodi yang
dihasilkan oleh limfosit B tunggal memiliki spesifisitas pengikatan antigen sam. Tetapi sel
yang berbeda dalam populasi limfosit B akan mengalami penyusunan ulang genom yang
berbeda yang mengarah ke produksi antibodi dengan kekhususan yang berbeda. Dengan
demikian, populasi limfosit B pada manusia atau tikus akan menghasilkan berbagai antibodi
yang sangat besar. Teori seleksi klonal menyatakan bahwa pengikatan antigen asing tertentu
ke antibodi pada permukaan limfosit B menstimulasi sel tersebut untuk membelah,
menghasilkan kebuntuan besar dari limfosit B tertentu (klon sel identik) dan dengan demikian
jumlah besar dari antibodi tertentu yang mengenali antigen asing.
PENGECUALIAN ALLELIK

Pertimbangkan satu titik akhir tentang kontrol genetik sintesis antibodi. Setiap limfosit B hanya
membuat satu jenis antibodi. Mengapa? Sel mamalia diploid, mereka membawa dua set
pengkodean informasi genetik untuk masing-masing rantai antibodi. Tetapi hanya satu
pengaturan ulang genom yang produktif dari rangkaian pengkodean rantai ringan dan satu
penyusunan ulang genom yang produktif dari rangkaian pengkode rantai berat terjadi di setiap
limfosit B. Fenomena ini disebut eksklusi alelik karena salah satu "alel" dikeluarkan dari
diekspresikan. Bagaimana? Mengapa? Saat ini, kita masih belum tahu. Jelas harus ada
semacam mekanisme umpan balik yang menangkap proses rekombinasi (es) yang terlibat
dalam penyusunan ulang gen antibodi ini setelah penyusunan ulang yang produktif telah terjadi
dan sel telah mulai mensintesis antibodi fungsional. Mekanisme yang paling sederhana akan
melibatkan penghambatan proses ini oleh antibodi yang matang itu sendiri. Namun, kerja lebih
lanjut akan diperlukan untuk menetapkan mekanisme dimana pengecualian alelik terjadi.

VARIABILITAS RESEPTOR SEL T

Limfosit T memediasi respon imun seluler. Sel T mengenali antigen pada permukaan
sel dan kille sel yang membawa antigen. Seperti antibodi yang diproduksi oleh limfosit B, sel
T dapat mengenali dan menghancurkan sel-sel yang membawa berbagai antigen yang
menakjubkan. Dengan demikian, respon sel T juga menunjukkan tingkat spesifisitas yang
fenomenal. Bagaimana spesifisitas ini menghasilkan jawabannya adalah bahwa sel T
menghasilkan reseptor terikat membran yang sangat mirip dengan antibodi yang dihasilkan
oleh limfosit B juga, keragaman spesifisitas reseptor sel T dihasilkan oleh penyusunan ulang
genom yang analog dengan mereka yang terlibat dalam produksi antibodi (lihat bagian
sebelumnya dari bab ini). Tetapi bagaimana limfosit T menghindari interaksi dengan antigen
bebas untuk menghindari duplikasi fungsi sel B dalam respon imun? Ternyata, sel T harus
secara bersamaan mengenali antigen yang menyinggung pada permukaan sel dan protein lain
yang hanya menempel pada permukaan sel. Protein permukaan sel kedua yang harus diketahui
oleh sel T adalah hasil dari salah satu dari banyak gen pada kompleks bistokompatibilitas utama
(MHC). The MHC locus mengkodekan sekelompok protein kompleks yang hadir pada semua
sel di tubuh manusia (atau mouse). Dengan demikian, sel T mampu mengenali dan
menghancurkan sel apa pun yang menghasilkan antigen tertentu (misalnya, protein mantel
virus) di jaringan tubuh. Interaksi reseptor sel T dengan dua jenis antigen permukaan sel
(antigen yang menyinggung dan antigen histokompatibilitas).
 Reseptor sel T terdiri dari dua rantai polupeptida α dan β, masing-masing disandikan
oleh segmen gen L-V, D, J, dan C seperti rantai antibodi. The α dan β-polypeptides, seperti
rantai antibodi, mengandung daerah variabel yang membentuk situs pengikatan antigen dan
daerah konstan yang jangkar reseptor pada permukaan sel. Daerah variabel reseptor sel T
dikodekan oleh beberapa gen L-V, D DAN J segmen daerah konstan dikodekan oleh sejumlah
kecil segmen gen C. Gen reseptor sel T dirakit oleh penyusunan ulang gnomik yang terjadi
selama diferensiasi limfosit T dari sel punca seperti pada kasus gen antibodi dalam
mengembangkan limfosit B. Gambar 16.12b menunjukkan segmen dari polipeptida reseptor
sel T dan β T yang dikodekan oleh segmen gen L-V, D, J, dan C. Protein reseptor α dan β
dikodekan oleh segmen gen yang berbaris Dalam gugus-gugus pada kromosom yang mirip
dengan rantai antibodi pengkodean Pada manusia, gugus segmen gen α dan β terletak pada
kromosom 14 dan 7, masing-masing (Segmen gugus gen lainnya mengkodekan jenis ketiga
dari reseptor sel T polipeptida y yang ada pada tipe sel T. Ada beberapa tipe sel T yang berbeda
yang menjalankan fungsi yang berbeda selama respon imun).

Struktur gugus gen reseptor sel T sangat mirip pada manusia dan pada tikus. Organisasi
garis kuman dari segmen gen yang menyandikan reseptor β-polipeptida sel T ditunjukkan pada
Gambar 16.13a. Organisasi dari gen β-polipeptida fungsional yang diatur ulang ditunjukkan
pada Gambar 16.13b. urutan sinyal heptamer dan nonamer yang sangat mirip dengan yang
mengontrol penyusunan ulang gen antibodi juga hadir pada dasarnya lokasi yang sama dalam
gugus gen reseptor sel T. Kehadiran mereka di kedua jenis klaster gen menunjukkan bahwa
mekanisme yang sama dari segmen gen yang bergabung digunakan selama penataan ulang dari
kedua gen antibodi dan gen reseptor sel T. Mungkin ada variabilitas yang agak kurang total
pada reseptor sel T yang pada antibodi. Daerah variabel reseptor sel T dikodekan oleh hanya
sekitar 30 V segmen gen, sedangkan ada sekitar 300 V segmen gen untuk kedua rantai ringan
kappa dan rantai antibodi berat. Namun ada lebih banyak segmen gen J dalam gugus gen
reseptor sel T. Sebagai contoh, ada 12 segmen gen J fungsional untuk polipeptida reseptor β
(Gambar 16.13) selain itu, kita masih tidak tahu apakah segmen variabel gen reseptor sel T
mengalami hupermutasi somatik. Dalam hal apapun, jelas bahwa reseptor sel T menunjukkan
sejumlah besar keragaman dan bahwa keragaman ibis dihasilkan penyusunan ulang genom
mencoba selama diferensiasi limfosit T dengan cara yang analog dengan mereka yang terlibat
dalam produksi keragaman antibodi dalam limfosit β.

Seperti telah disebutkan sebelumnya, ada beberapa jenis limfosit T yang berbeda dan
mereka memainkan peran yang berbeda dalam respon imun seluler. Untuk diskusi yang sangat
baik tentang berbagai jenis sel T dan fungsinya, pembaca disebut bab 24, “Imunitas” biologi
sel molekuler oleh J. darnell, H lodish dan D Baltimore.

KOMPLEKS HISTOKOMPATIBILITAS UTAMA

Respon Immune pada mamalia adalah proses yang sangat kompleks yang melibatkan
sejumlah besar molekul makro yang berbeda dan jenis sel yang berbeda. Diskusi kami pada
poin ini dibatasi pada kontrol genetik dari sintesis rantai antibodi dan protein reseptor sel T.
Banyak komponen lain dari respon imun, seperti antigen transplantasi yang sebagian besar
bertanggung jawab atas penolakan jaringan asing dalam operasi transplantasi, dikendalikan
oleh kompleks multigene yang disebut kompleks bistokompatibilitas utama (MHC). Pada
manusia, protein MHC. Dienkode oleh HLA (untuk kompleks Human leukocyte Antigen)
lokus pada kromosom 6; pada mouse, lokus MHC ditunjuk sebagai H-2 (histocompatibility
locus 2) dan pada kromosom 17. Pada tikus dan manusia, lokus MHC sangat besar (> 2 x 106
nukleotida-pasang) dan mengandung sejumlah besar Selain gen, ada sejumlah besar alel yang
berbeda untuk banyak gen ini sehingga probabilitas dua individu yang identik untuk semua gen
MHC sangat kecil. Gen MHC dikatakan sangat polimorfik karena sejumlah besar alel gen
individu yang biasanya berpisah dalam populasi tertentu.

Gen MHC menyandikan tiga kelas protein yang berbeda yang terlibat dalam berbagai
aspek respon imun. Struktur lokus MHC (HLA) manusia dan lokasi relatif gen yang
menyandikan berbagai kelas antigen histocompatibility ditunjukkan pada Gambar. 16.14. Gen
kelas I menyandikan antigen transplantasi yang disebutkan. Protein kelas I ada sebagai
glyprotein berlabuh sebagai protein membran integral dengan determinan antigenik yang
terpapar di luar sel. Mereka hadir di semua sel organisme dan memungkinkan limfosit T untuk
membedakan "diri" dari "asing". Protein MHC kelas I adalah antigne yang biasanya
bertanggung jawab atas penolakan jaringan asing di jaringan dan transplantasi organ. Seperti
diilustrasikan pada Gambar. 16.1, antigen ini memainkan peran kunci dalam pengenalan dan
penghancuran sel yang membawa antigen asing oleh limfosit T sitotoksik. Satu reseptor sel T
dipercaya untuk mengenali antigen asing dan antigen histocompatiblility kelas I selama respon
imun sel T sitotoksik.

Gen MHC kelas II menyandikan polipeptida yang terletak terutama pada permukaan
limfosit B dan makrofag. Protein MHC kelas II menyediakan tipe khusus dari limfosit T yang
disebut “sel penolong T” dengan kapasitas untuk pengenalan diri dan memfasilitasi komunikasi
antara berbagai jenis sel yang terlibat dalam respon imun. Akhirnya, gen MHC kelas III
menyandikan protein pelengkap yang berinteraksi dengan kompleks antibodi-antigen dan
menginduksi lisis sel.

Antigen MHC Kelas I dan kelas II berlabuh di membran sel dan memiliki struktur yang
sangat mirip dengan struktur reseptor sel T (lihat Gambar 16.12). Namun, keragaman antigen
MHC jauh lebih sedikit daripada antibodi dan reseptor sel T dan sejauh yang diketahui, tidak
ada pengaturan ulang genomik yang terlibat dalam kontrol genetik dari keanekaragaman
antigen MHC. Sebaliknya, keragaman observerd hasil dari kehadiran sejumlah besar gen MHC
sangat polimorfik