Geometri molekul

Dari Wikipedia bahasa Indonesia, ensiklopedia bebas

Jump to navigationJump to search

Geometri molekul amonia

Geometri molekul adalah penataan atom yang menyusun molekul secara tiga dimensi.
Geometri molekul menentukan beberapa sifat zat termasuk reaktivitas, polaritas, wujud
zat, warna, magnetisme dan aktivitas biologisnya.[1][2][3] Sudut antara ikatan yang membentuk
atom hanya bergantung lemah pada molekul tersebut, yaitu, mereka dapat dipahami sebagai
sifat lokal dan karenanya dapat dipindahtangankan.

Daftar isi

 1Penentuan
 2Isomer
 3Tipe struktur molekul
o 3.1Tabel VSEPR
 4Representasi 3D
 5Lihat pula
 6Referensi
 7Pranala luar

Penentuan[sunting | sunting sumber]

Geometri molekuler dapat ditentukan dengan berbagai metode spektroskopi dan
metode difraksi. Spektroskopi inframerah, spektroskopi rotasi dan spektroskopi Raman dapat
memberi informasi mengenai geometri molekul dari detail absorbansi, vibrasi dan rotasi yang
terdeteksi oleh teknik ini. Kristalografi sinar-X, difraksi neutron dan difraksi elektrondapat
memberikan struktur molekul untuk padatan kristal berdasarkan jarak antara inti atom dan
konsentrasi kerapatan elektron. Metode difraksi elektron gas dapat digunakan untuk molekul
kecil dalam fase gas. Metode NMR dan FRET dapat digunakan untuk menentukan informasi
pelengkap termasuk jarak relatif,[4][5][6] sudut dihedral,[7][8] sudut, dan konektivitas. Geometri
molekul paling baik ditentukan pada suhu rendah karena pada suhu yang lebih tinggi, struktur
molekul dirata-ratakan dengan geometri yang lebih mudah diakses. Molekul yang lebih besar
sering ada dalam beberapa geometri stabil (isomerisme konformasi) yang mendekati energi
pada permukaan energi potensial. Geometri juga dapat dihitung dengan metode kimia
kuantum ab initio dengan akurasi tinggi. Geometri molekuler bisa berbeda seperti padatan,
dalam larutan, dan sebagai gas.
Posisi masing-masing atom ditentukan oleh sifat ikatan kimia yang dengannya terhubung ke
atom tetangganya. Geometri molekul dapat digambarkan oleh posisi atom-atom ini dalam ruang,
yang meningkatkan panjang ikatan dari dua atom yang bergabung, sudut ikatan dari tiga atom
yang terhubung, dan sudut torsi (sudut dihedral) dari tiga ikatan tersebut.
Isomer[sunting | sunting sumber]

Isomer struktural pada etanol dan dietil eter

Isomer adalah jenis molekul yang memiliki rumus kimia tetapi memiliki geometri yang berbeda,
menghasilkan sifat yang sangat berbeda:

 Suatu zat murni terdiri dari hanya satu jenis isomer dari molekul (semuanya memiliki
struktur geometris yang sama).
 Isomer struktural memiliki rumus kimia yang sama namun pengaturan fisiknya berbeda,
sering membentuk geometri molekul alternatif dengan sifat yang sangat berbeda. Atom tidak
terikat (terhubung) bersamaan dalam urutan yang sama.
 Isomer fungsional adalah jenis khusus isomer struktural, di mana beberapa kelompok
atom menunjukkan jenis perilaku khusus, seperti eter atau alkohol.
 Stereoisomer mungkin memiliki banyak sifat fisikokimia serupa (titik leleh, titik didih) dan
pada saat yang sama aktivitas biokimia yang sangat berbeda. Ini karena mereka
menunjukkan kiralitas yang biasa ditemukan dalam sistem kehidupan. Salah satu
manifestasi dari kiralitas ini adalah bahwa mereka memiliki kemampuan untuk memutar
cahaya terpolarisasi ke arah yang berbeda.
 Pelipatan protein menyangkut geometri kompleks dan isomer yang berbeda yang dapat
dimiliki protein.

Tipe struktur molekul[sunting | sunting sumber]

Geometri molekul air

Sudut ikatan adalah sudut geometris antara dua ikatan yang berdekatan. Beberapa bentuk
umum molekul sederhana meliputi:

 Linear: Dalam model linear, atom dihubungkan dalam garis lurus. Sudut ikatan ditetapkan
pada 180 °. Misalnya, karbon dioksida dan nitrat oksida memiliki bentuk molekul linear.
 Trigonal planar: Molekul dengan bentuk planar trigonal agak segitiga dan dalam
satu bidang. Akibatnya, sudut ikatan ditetapkan pada 120°. Misalnya, boron trifluorida.
 Tekuk: Molekul menekuk atau sudutnya memiliki bentuk non linear. Misalnya, air (H2O),
yang memiliki sudut sekitar 105°. Molekul air memiliki dua pasang elektron berpasangan dan
dua pasangan elektron bebas.
 Tetrahedral: Tetra- menunjukkan empat, dan -hedral berhubungan dengan muka padatan,
sehingga "tetrahedral" berarti "memiliki empat muka". Bentuk ini ditemukan bila terdapat
empat ikatan semua pada satu atom pusat, tanpa pasangan elektron bebas. Sesuai
dengan teori VSEPR, sudut ikatan antara ikatan elektron adalah arccos(−1/3) = 109.47°.
Sebagai contoh, metana (CH4) adalah molekul tetrahedral.
 Oktahedral: Okta- menunjukkan delapan, dan -hedral berhubungan dengan muka padatan,
jadi "oktahedral" berarti "memiliki delapan muka". Sudut ikatannya adalah 90 derajat.
Contohnya, belerang heksafluorida (SF6) adalah suatu molekul oktahedral.
 Trigonal piramidal: Molekul trigonal piramidal memiliki bentuk piramida dengan dasar
segitiga. Tidak seperti bentuk planar linier dan trigonal tapi mirip dengan orientasi
tetrahedral, bentuk piramida memerlukan tiga dimensi untuk memisahkan elektron
sepenuhnya. Di sini, hanya ada tiga pasang elektron berikat, meninggalkan satu pasangan
tunggal yang tidak dapat dibagikan. Pasangan lonjakan pasang-pasangan diam mengubah
sudut ikatan dari sudut tetrahedral ke nilai yang sedikit lebih
rendah.[9] Contohnya, amonia (NH3).
Tabel VSEPR[sunting | sunting sumber]
Artikel utama untuk bagian ini adalah: Teori VSEPR#Metode AXE
Sudut ikatan pada tabel di bawah ini adalah sudut ideal dari teori teori VSEPR yang sederhana,
diikuti oleh sudut sebenarnya untuk contoh yang diberikan di kolom berikut dimana ini berbeda.
Untuk banyak kasus, seperti trigonal piramidal dan tekuk (bengkok), sudut sebenarnya untuk
contoh berbeda dari sudut ideal, namun semua contoh berbeda dengan jumlah yang berbeda.
Misalnya, sudut H2S (92°) berbeda dari sudut tetrahedral H2O (104.48°).

Sudut
Domain
Pasangan Pasangan ikatan ideal
elektron
Elektron Elektron Bentuk (sudut Contoh Gambar
(bilangan
Ikatan Bebas ikatan
sterik)
contoh)

2 0 2 linear 180° CO2

trigonal
3 0 3 120° BF3
planar

2 1 3 tekuk 120° (119°) SO2

4 0 4 tetrahedral 109.5° CH4

trigonal
3 1 4 109.5 (107.8°) NH3
piramidal
 Sudut
Domain
Pasangan Pasangan ikatan ideal
elektron
Elektron Elektron Bentuk (sudut Contoh Gambar
(bilangan
Ikatan Bebas ikatan
sterik)
contoh)

109.5°
2 2 4 tekuk H 2O
(104.48°)[10][11]

trigonal 90°, 120°,

5 0 5 PCl5
bipiramidal 180°

ax–ax 180°
(173.1°),
jungkat-
4 1 5 eq–eq 120° SF4
jungkit
(101.6°),
ax–eq 90°

90° (87.5°),
3 2 5 bentuk-T ClF3
180° (175°)

2 3 5 linear 180° XeF2

6 0 6 oktahedral 90°, 180° SF6

persegi
5 1 6 90° (84.8°) BrF5
piramidal

persegi
4 2 6 90°, 180° XeF4
planar

pentagonal
7 0 7 90°, 72°, 180° IF7
bipiramidal
 Sudut
Domain
Pasangan Pasangan ikatan ideal
elektron
Elektron Elektron Bentuk (sudut Contoh Gambar
(bilangan
Ikatan Bebas ikatan
sterik)
contoh)

pentagonal
6 1 7 72°, 90°, 144° XeOF5−
piramidal

pentagonal
5 2 7 72°, 144° XeF5−
planar

persegi
8 0 8 XeF82−
antiprismatik

trigonal
9 0 9 prismatik ReH92−
tricapped

Representasi 3D[sunting | sunting sumber]

 Garis atau batang (tongkat/pasak) – inti atom tidak terwakili, hanya ikatan sebagai batang
atau garis. Seperti dalam struktur molekul 2D dari jenis ini, atom tersirat pada setiap simpul.

 Plot kerapatan elektron – menunjukkan kepadatan elektron yang ditentukan

baik secara kristalografis atau menggunakan mekanika kuantum daripada atom atau
ikatan yang berbeda.
 Bola-dan-pasak – inti atom diwakili oleh bola dan ikatan sebagai pasak (batang).

 Model ruang terisi atau model CPK (juga sebuah skema pewarnaan atom dalam
representasi) – molekul diwakili oleh bidang yang tumpang tindih yang mewakili
atom.

 Kartun – Representasi yang digunakan untuk protein di mana loop, lembar

beta, heliks alfa diwakili secara diagram dan tidak ada atom atau ikatan
yang diwakili secara eksplisit hanya tulang punggung protein sebagai pipa
halus.

Semakin besar jumlah pasangan tunggal yang terkandung dalam molekul

semakin kecil sudut antara atom molekul itu. Teori VSEPR meramalkan
bahwa pasangan tunggal menolak satu sama lain, sehingga mendorong
atom yang berbeda menjauh darinya.
 Lihat pula[sunting | sunting sumber]
 Prinsip Aufbau
 Informatika kimia
 Kaidah oktet
 Kimia kuantum
 Prinsip larangan Pauli
 Pemodelan molekul
 Struktur kimia
 Struktur kristal

Referensi[sunting | sunting sumber]

1. ^ McMurry, John E. (1992), Organic Chemistry (edisi ke-3rd), Belmont:
Wadsworth, ISBN 0-534-16218-5
2. ^ Cotton, F. Albert; Wilkinson, Geoffrey; Murillo, Carlos A.; Bochmann,
Manfred (1999), Advanced Inorganic Chemistry (edisi ke-6th), New York:
Wiley-Interscience, ISBN 0-471-19957-5
3. ^ Alexandros Chremos; Jack F. Douglas (2015). "When does a branched
polymer become a particle?". J. Chem. Phys. 143:
111104. doi:10.1063/1.4931483.
4. ^ FRET description
5. ^ Hillisch, A; Lorenz, M; Diekmann, S (2001). "Recent advances in FRET:
distance determination in protein–DNA complexes". Current Opinion in
Structural Biology. 11 (2): 201–207. doi:10.1016/S0959-440X(00)00190-
1. PMID 11297928.
6. ^ FRET imaging introduction
7. ^ obtaining dihedral angles from 3J coupling constants
8. ^ Another Javascript-like NMR coupling constant to dihedral
9. ^ Miessler G.L. and Tarr D.A. Inorganic Chemistry (2nd ed., Prentice-Hall
1999), pp.57-58
10. ^ Hoy, AR; Bunker, PR (1979). "A precise solution of the rotation bending
Schrödinger equation for a triatomic molecule with application to the water
molecule". Journal of Molecular Spectroscopy. 74: 1–8. doi:10.1016/0022-
2852(79)90019-5.
11. ^ http://cccbdb.nist.gov/expangle2.asp?descript=aHOH&all=0

Pranala luar[sunting | sunting sumber]

 Visualisasi 3D Tutorial Geometri Molekul & Polaritas untuk menentukan
kepolaran.
 Visualisasi 3D Geometri Molekul menggunakan Kristal Visualisasi
struktur molekul menggunakan kristalografi.

4170383-2

00561036
Kategori:
 Geometri molekul