Efek samping hebat yang memerlukan penghentian pengobatan jarang
ditemukan. Efek samping yang paling sering dikeluhkan ialah sakit kepala, mual, mulut kering, dan rasa kecap logam. Urin berwarna gelap atau merah kecoklatan. Muntah, diare, dan spasme usus jarang dialami. Lidah berselaput, glositis, dan stomatitis dapat terjadi selama pengobatan. Efek samping lain dapat berupa pusing, vertigo, ataksia, parestesia ekstremitas, urtikaria, flushing, pruritus, disuria, sistitis, rasa tekan pada pelvik, juga kering pada mulut, vagina, dan vulva (Syarif, 2007). Metronidazol adalah suatu nitroimidazol sehingga ada kemungkinan dapat menimbulkan gangguan darah. Walaupun sampai saat ini belum pernah dilaporkan adanya gangguan darah yang berat, pemberian metronidazol untuk jangka lebih dari 7 hari hendaknya disertai dengan pemeriksaan leukosit secara berkala, terutama pada pasien usia muda atau pasien dengan daya tahan rendah. Neutropenia dapat terjadi selama pengobatan dan akan kembali normal setelah pengobatan dihentikan. Pada pasien dengan riwayat penyakit darah atau dengan gangguan SSP, pemberian obat ini tidak dianjurkan. Bila ditemukan ataksia, kejang, atau gejala susunan saraf pusat yang lain, maka pemberian obat harus segera dihentikan.
Syarif A, Elysabeth. Amubisid. Dalam: Farmakologi dan Terapi. Jakarta :
.....Departemen Farmakologi dan Terapeutik Fakultas Kedokteran Universitas .....Indonesia, 2007.