1.

EKSPRESI GEN
Ekspresi gen adalah proses dimana informasi dari gen yang digunakan dalam sintesis
produk gen fungsional. Produk-produk ini seringkali protein, tetapi dalam non-protein coding
gen seperti gen rRNA atau gen tRNA, produk adalah RNA fungsional. Proses ekspresi gen
digunakan oleh semua kehidupan yang dikenal - eukariota (termasuk organisme multisel),
prokariota (bakteri dan archaea) dan virus - untuk menghasilkan mesin makromolekul untuk
hidup.
2.Proses Ekspresi Gen dalam Organisme
Dalam tubuh manusia terdapat banyak gen (unit dasar hereditas dalam kehidupan
organisme) yang nantinya akan terekspresi menjadi fenotip (sifat yang tampak), misalnya rambut
hitam, kulit sawo matang, hidung mancung, dan sebagainya. Bagaimana suatu gen yang
ukurannya sangat kecil dapat menjadikan rambut kita berwarna hitam?

Dalam istilah biologi molekuler kita kenal dengan istilah Dogma Sentral Biologi Molekuler.
Apakah itu? Dogma di sini adalah suatu kerangka kerja untuk dapat memahami urutan transfer
informasi antara biopolymer (DNA, RNA, protein) dengan cara yang paling umum dalam
organisme hidup. Sehingga secara garis besar, dogma sentral maksudnya adalah semua informasi
terdapat pada DNA, kemudian akan digunakan untuk menghasilkan molekul RNA melalui
transkripsi, dan sebagian informasi pada RNA tersebut akan digunakan untuk menghasilkan
protein melalui proses yang disebut translasi.

3.TRANSKRIPSI

Ini merupakan tahapan awal dalam proses sintesis protein yang nantinya proses tersebut
akan berlanjut pada ekspresi sifat-sifat genetik yang muncul sebagai fenotip.

Transkripsi merupakan proses sintesis molekul RNA pada DNA templat. Proses ini terjadi pada
inti sel / nukleus (Pada organisme eukariotik. Sedangkan pada organisme prokariotik berada di
sitoplasma karena tidak memiliki inti sel) tepatnya pada kromosom.

Komponen yang terlibat dalam proses transkripsi yaitu :

 DNA templat (cetakan) yang terdiri atas basa nukleotida Adenin (A), Guanin (G), Timin
(T), Sitosin (S)
 enzim RNA polimerase
  faktor-faktor transkripsi
 prekursor (bahan yang ditambahkan sebagai penginduksi).

Hasil dari proses sintesis tersebut adalah tiga macam RNA, yaitu :

 mRNA (messeger RNA)

 tRNA (transfer RNA)
 rRNA (ribosomal RNA)

Sebelum itu saya akan memaparkan terlebih dahulu bagian utama dari suatu gen. Gen terdiri atas
: promoter, bagian struktural (terdiri dari gen yang mengkode suatu sifat yang akan
diekspresikan), dan terminator.

Sedangkan struktur RNA polimerase terdiri atas : beta, beta-prime, alpha, sigma. Pada struktur
beta dan beta-prime bertindak sebagai katalisator dalam transkripsi. Struktur sigma untuk
mengarahkan agar RNA polimerase holoenzim hanya menempel pada promoter. Bagian yang
disebut core enzim terdiri atas alpha, beta, dan beta-prime.

Tahapan dalam proses transkripsi pada dasarnya terdiri dari 3 tahap, yaitu :

1. Inisiasi (pengawalan)

Transkripsi tidak dimulai di sembarang tempat pada DNA, tapi di bagian hulu (upstream)
dari gen yaitu promoter. Salah satu bagian terpenting dari promoter adalah kotak Pribnow
(TATA box). Inisiasi dimulai ketika holoenzim RNA polimerase menempel pada promoter.
Tahapannya dimulai dari pembentukan kompleks promoter tertutup, pembentukan kompleks
promoter terbuka, penggabungan beberapa nukleotida awal, dan perubahan konformasi RNA
polimerase karena struktur sigma dilepas dari kompleks holoenzim.

2. Elongasi (pemanjangan )
 Proses selanjutnya adalah elongasi. Pemanjangan di sini adalah pemanjangan nukleotida.
Setelah RNA polimerase menempel pada promoter maka enzim tersebut akan terus bergerak
sepanjang molekul DNA, mengurai dan meluruskan heliks. Dalam pemanjangan, nukleotida
ditambahkan secara kovalen pada ujung 3’ molekul RNA yang baru terbentuk. Misalnya
nukleotida DNA cetakan A, maka nukleotida RNA yang ditambahkan adalah U, dan seterusnya.
Laju pemanjangan maksimum molekul transkrip RNA berrkisar antara 30 – 60 nukleotida per
detik. Kecepatan elongasi tidak konstan.

3. Terminasi (pengakhiran)

Terminasi juga tidak terjadi di sembarang tempat. Transkripsi berakhir ketika menemui
nukleotida tertentu berupa STOP kodon. Selanjutnya RNA terlepas dari DNA templat menuju
ribosom.
Untuk proses selanjutnya (proses pembentukan protein) akan dijelaskan pada artikel selanjutnya.

4.TRANSLASI
Tahap selanjutnya setelah transkripsi adalah terjemahan.Penerjemahan adalah suatu
proses penerjemahan urutan nukleotida molekul mRNA yang ada dalam rangkaian asam amino
yang menyusun suatu polipeptida atau protein. Apa yang dibutuhkan dalam proses penerjemahan
adalah: mRNA, ribosom, tRNA, dan asam amino.
Sebelumnya, saya pertama akan menjelaskan tentang struktur
ribosom. Ribosom terdiri atas subunit besar dan kecil. Ketika dua subunit digabungkan untuk
membentuk sebuah monosom. subunit kecil berisi peptidil (P), dan Aminoasil (A). Sedangkan
subunit besar mengandung Exit (E), P, dan A. Kedua subunit mengandung satu atau lebih
molekul rRNA. rRNA sangat penting untuk mengidentifikasi bakteri pada tingkat biologi
molekuler, pada prokariotik dan eukariotik 16 S 18 S.
Seperti transkripsi, translasi ini juga dibagi menjadi tiga tahap:
1. Inisiasi
Pertama tRNA mengikat asam amino, dan ini menyebabkan acara diaktifkan atau tRNA
disebut asilasi-amino. Amino-asilasi proses dikatalisis oleh enzim tRNA
sintetase. Kemudian ribosom mengalami pemisahan menjadi subunit besar dan
kecil.Selanjutnya molekul mRNA subunit kecil menempel pada tongkat dengan kodon
awal: 5 ‘- AGGAGG – 3′. Situs order dimana subunit kecil disebut urutan Shine-
 Dalgarno. Subunit kecil dapat menempel pada mRNA bila IF-3. IF-3/mRNA-fMet IF-
2/tRNA-fMet pembentukan kompleks dan asam amino yang disebut N-formylmethionine
dan memerlukan banyak GTP sebagai sumber energi. tRNA-fMet, melekat pada kodon
pembuka P subunit kecil.Selanjutnya, subunit besar menempel pada subunit kecil. Dalam
proses ini IF-1 dan IF-2 dilepas dan GTP dihidrolisis terhadap GDP, dan siap untuk
perpanjangan.
2. Pemanjangan
Perbedaan dalam proses transkripsi, terjemahan dari asam amino diperpanjang. Langkah-
langkah yang diambil dalam proses perpanjangan, yang pertama adalah pengikatan tRNA
ke sisi A pada ribosom. Transportasi akan membentuk ikatan peptida.

3. Penghentian
Terjemahan akan berakhir pada satu waktu dari tiga kodon terminasi (UAA, UGA, UAG)
yang berada dalam posisi A pada mRNA mencapai ribosom. Pada E. coli ketiga sinyal
penghentian proses translasi diakui oleh protein yang disebut faktor rilis (RF).Anil RF
pada kodon terminasi mengaktifkan enzim transferase peptidil yang menghidrolisis
ikatan antara polipeptida dng tRNA pada P dan menyebabkan tRNA kosong translokasi
ke sisi memiliki E (exit).
Itulah mekanisme transkripsi dan proses penerjemahan. Proses selanjutnya adalah protein
tersebut akan diekspresikan oleh tubuh kita dalam bentuk fenotipe.

DOGMA CENTRAL GENETIKA MOLEKULER

 Yang dimaksud disini adalah Dogma central semua informasi yang terkandung dalam
DNA, kemudian akan digunakan untuk menghasilkan molekul RNA melalui transkripsi, dan
beberapa informasi pada RNA tersebut akan digunakan untuk menghasilkan protein melalui
proses yang disebut translasi.
Berikut adalah mekanisme prosesnya:
Sebenarnya dalam proses dogma central, ada beberapa referensi yang mencakup replikasi
DNA, dan ada yang tidak. Karena ada yang mengartikan dogma central adalah proses ekspresi
gen dari DNA –> RNA –> protein. Ada pula yang menyebutkan sebelum ekspresi gen
berlangsung, DNA harus dilipat gandakan dulu
■ Replikasi
Proses replikasi DNA adalah proses pengandaan DNA dimana proses ini diperlukan dalam
pembelahan sel. Sebelum proses ekspresi gen, biasanya DNA dilipatgandakan menjadi lebih
banyak. Proses replikasi DNA pada dasarnya adalah 1 double stranded DNA dicopy menjadi 2
buah, dari 2 buah akan dicopy menjadi 4 buah. Jadi berawal dari denaturasi DNA yang akan
membuka pilinan dari double stranded menjadi single stranded. Kemudian dengan bantuan
sebuah enzim yang disebut DNA polimerase, DNA akan terikat DNA polimerase kemudian copy
DNA terjadi. Melalui prinsip replikasi DNA ini lah PCR (Polymerase Chain Reaction)
dilakukan.
■ Transkripsi
Ini merupakan tahap awal dalam proses sintesis protein yang pada akhirnya proses ini akan
mengekspresi sifat-sifat genetik yang muncul sebagai fenotip. Dan untuk mempelajari biologi
molekuler tahap dasar yang perlu kita ketahui adalah bagaimana mekanisme sintesis protein
dapat dinyatakan sebagai sehingge fenotipe.
Transkripsi adalah sintesis molekul RNA dalam template DNA.Proses ini terjadi dalam inti sel
(nukleus) tepatnya pada kromosom. Komponen yang terlibat dalam proses transkripsi yaitu:
DNA template yang terdiri dari basa nukleotida Adenin (A), Guanin (G), Timin (T), Sitosin (S);
enzim polimerase RNA, faktor transkripsi, prekursor (bahan yang ditambahkan sebagai
diinduksi).
Hasil dari proses sintesis tiga jenis RNA, yaitu mRNA messeger RNA), tRNA (transfer RNA),
rRNA (RNA ribosomal).Sebelum itu saya akan menjelaskan terlebih dahulu bagian utama dari
gen. Gen terdiri atas: promoter, bagian struktural (terdiri dari gen yang mengkode sifat yang akan
diekspresikan), dan terminator
Sedangkan struktur RNA polimerase terdiri atas: beta, beta-prime, alpha, sigma. Pada
struktur beta dan beta-prime bertindak sebagai katalisator dalam transkripsi. struktur Sigma
untuk polimerase RNA holoenzim berlangsung hanya menempel promotor.Bagian yang disebut
enzim inti terdiri dari alfa, beta, dan beta-prime.
Tahapan dalam proses transkripsi pada dasarnya terdiri dari 3 tahap:
1.Inisiasi (pengawalan)
Transkripsi tidak dimulai di mana saja pada DNA, tapi di hulu (upstream) dari gen
promotor. Salah satu bagian terpenting dari promoter adalah kotak Pribnow (TATA box). Inisiasi
dimulai ketika holoenzim RNA polimerase menempel pada promotor. Tahapan dimulai dari
pembentukan kompleks promoter tertutup, pembentukan kompleks promoter terbuka,
penggabungan beberapa nukleotida awal, dan perubahan konformasi RNA polimerase karena
struktur sigma holoenzim kompleks dihapus.
2. Elongasi (pemanjangan)
Proses selanjutnya adalah perpanjangan. Berikut ini adalah pemanjangan nukleotida
perpanjangan. Setelah promotor RNA polimerase melekat pada enzim tersebut akan terus
bergerak sepanjang molekul DNA, mengurai dan meluruskan heliks tersebut. Dalam
pemanjangan, nukleotida ditambahkan secara kovalen pada ujung 3 ‘molekul RNA yang baru
dibentuk. Misalnya, DNA template nukleotida A, maka nukleotida RNA yang ditambahkan
adalah U, dan seterusnya. Pemanjangan maksimum tingkat molekul transkrip RNA berrkisar
antara 30-60 nukleotida per detik. Pemanjangan kecepatan tidak konstan.

3.Penghentian (terminasi)
Penghentian juga tidak terjadi di sembarang tempat. Transkripsi berakhir ketika sebuah
nukleotida spesifik melihat kodon STOP.Selain itu, terlepas dari template DNA RNA ribosom.

REPLIKASI DNA
Proses replikasi DNA :

Pertama adanya replication origin, kemudian pembukaan local DNA helix dan adanya RNA
primer synthesis. Replikasi:> ORC menempel pada ACS (ORI) :> sehingga pilinan membuka
dengan bantuan helikase. Perlu DNA primase untuk membuat RNA primer sintesis, karena DNA
polymerase tidak bisa mensintesis tanpa ada primer.

Kemudian terjadi proses replikasi. Karena arah DNA anti parallel maka perlu Leading-strand
dan lagging strand. Dari ORI didapatkan 2 replication fork.
Ada ORI dan helikase yang membuka pilinan terus sampai terbentuk replication bubble.
Untuk replikasi perlu:
1. ORI
2. Helikase
3. Replication bubble
Selanjutnya perlu primase untuk membuka primary. Merah RNA, Biru DNA. Bubble
semakin besar, replikasi berlanjut dan 1 ORI akan membentuk 2 replication fork
Replication fork pada plasmid. Terdapat 2 parental strand (run occusite direction) yang bersifat
antiparalel: 5’-3’ dan 3’-5’. DNA polymerase hanya mensintesis/mempolimerasi dari arah 5’-3’.
Satu strain bisa secara kontinyu disintesis yaitu yang 5’-3 (leading strain). Sementara yang 3’-5’
tidak bisa dibentuk, tetapi tetap harus dibentuk dengan 5’-3’, sehingga perlu satu strain yang
terbentuk dari small discontinue peaces yang disebut sebagai lagging strain. Small peaces disebut
okazaki fragmen.
Pada leading strand karena arahnya sudah dari 5’-3’ maka tinggal menambah saja.
Sedangkan pasangannya (lagging strain) karena arahnya 3’-5’ maka hanya diam, tetapi pada titik
tertentu akan ditambahkan primase lagi dan akan mensintesis lagi dari arah 5’-3’ (okazaki
fragmen: fragmen2 potongan kecil yang terjadi pada saat replikasi pada lagging strain)-> Pada
lagging strand arahnya dari 3’-5’
Okazaki fragment: fragment potongan kecil pada saat replikasi yang terjadi pada lagging
strand template. Yang terjadi pd Okazaki fragment (OF): kita punya RNA primer sehingga di OF
ada RNA-DNA hybrid. Tetapi RNA harus dibuang oleh RNase H. Setelah itu untuk
menggantikan RNA dibutuhkan polymerase delta (delta) yang bisa bersifat exonuclease tetapi
juga bisa bersifat endonuclease, yaitu mereplace atau menempatkan dNTP. Pada saat RNA
dibuang maka akan digantikan dengan DNA polymerase delta yang baru sampai hilang sama
sekali. Tetapi masih belum lengkap karena masih ada celah sehingga perlu DNA ligase untuk
menempelkan. Akhirnya diperoleh 2 strain yang sama persis.
Protein yang dibutuhkan dalam replication fork yaitu:

- Helicase: fungsinya untuk membuka (unwinding) parental DNA

- Single-stranded DNA-binding protein: untuk menstabilisasi unwinding, untuk mencegah DNA
yang single-stranded agar tetap stabil (tidak double straded lagi).
- Topoisomerase: untuk memotong (breakage) pada tempat-tempat tertentu.
DNA Polimerase yang memiliki DNA single-strand binding protein monomer yang
bertugas untuk mencegah supaya DNA tidak hanya menempel dengan lawannya tetapi juga bisa
membentuk hairpins.
Karena sudah terbuka sehingga ada basa-basa tertentu yang saling berpasangan sehingga
terbentuk hairpins. Supaya tidak terbentuk hairpins maka didatangkan single strand binding
protein supaya tetap lurus dan tidak berbelok-belok.
Topoisomerase, cirinya memotong DNA pada tempat tertentu sehingga mudah untuk
memutar karena sudah dipotong. Tugasnya adalah memasangkan kembali DNA yang terpotong.
Protein aksesori:
Brace protein, : Replication factor C (RFC), supaya DNA polimerasenya menempelnya stabil
(tidak mudah terlepas dari DNA template).
Sliding-clamps protein, supaya kedudukannya stabil dan tidak goyang2.
Proses pada leading dan lagging strand berlangsung secara bersamaan, tetapi proses pada lagging
bertahap. Ada DNA polimerase dan sliding clamps. Sintesis terjadi pada leading strand terlebih
dahulu. Pada tahap tertentu DNA primase akan ditambahkan sehingga clamps-nya datang lagi.
Setelah proses replikasi selesai maka RNA akan segera dibuang digantikan dengan DNA yang
baru.
Perangkat untuk replikasi: DNA polimerasi, brace, clamp, DNA helicase, single-strand binding
protein, primase, topoisomerase
. Setelah direplikasi ujung DNA harus ada telomere (ujung DNA). Bila tidak ada telomere
maka kromosom akan saling menempel sehingga kromosom tidak 46 tetapi dalam bentuk
gandeng2 (tidak diketahui).
Chromosome end:
Pada lagging strand, di akhir replikasi ujungnya akan dihilangkan, RNA juga akan dihilangkan,
sehingga hasil replikasi menjadi lebih pendek. Hal ini terjadi karena menggunakan primer RNA
untuk proses replikasi, dan RNA primer setelah replikasi harus dibuang dan tidak bisa
digantikan. Untuk mengatasinya maka diadakan telomerase yang dibuat berkali-kali. (slide 76:
TTGGGGTTGGGTTGGGG). Telomer dibuat oleh enzim telomerase. Telomer: ujung yang
merupakan non coding DNA sehingga kalau memendek tidak akan menjadi masalah karena tidak
mengkode apapun. Telomer diadakan untuk mengantisipasi pada saat replikasi karena DNA akan
memendek. EXTENDS 3’ PRIMARY GENE --> TELOMERE, dan enzim yang membuatnya :
telomerase. Semua sel selain stem sel tidak punya telomere. Pada saat sel replikasi maka akan
selalu memendek. Sampai pada suatu titik tertentu yang merupakan signal bagi sel untuk
berhenti membelah. Karena kemampuan sel untuk membelah dibatasi oleh panjangnya
telomerase. Pada saat telomere memendek sampai batas tertentu maka akan memberikan sinyal
bagi sel untuk berhenti membelah. Sedangkan pada stem sel yang memiliki telomerase, maka
kemampuan membelahnya tidak terbatas karena pada saat telomere habis maka telomerase akan
membentuk telomere baru. Hal ini yang dimanfaatkan oleh sel kanker karena sel kanker
memiliki telomerase sehingga sel kanker dapat terus membelah. Manusia memiliki kemampuan
replikasi sel yang terbatas karena keterbatasan telomere, shg bila telomere habis sel akan
berhenti membelah.

KODE GENETIK ( KODON )

Gen tertentu membawa informasi yang dibutuhkan untuk membuat protein dan informasi
itulah yang disebut sebagai kode genetik. Dengan kata lain, kode genetik adalah cara
pengkodean urutan nukleotida pada DNA atau RNA utnuk menentukan urutan asam amino pada
saat sintesis protein. Informasi pada kode genetik ditentukan oleh basa nitrogen pada rantai DNA
yang akan menentukan susunan asam amino.
Dalam tahun 1968 nirenberg, khorana dan Holley menerima hadiah nobel untuk penelitian
mereka yang sukses menciptakan kode-kode genetik yang hingga sekarang kita kenal. Seperti
kita ketahui asam amino dikenal ada 20 macam. Yang menjadi masalah bagaimana 4 basa
nitrogen ini dapat mengkode 20 macam asam amino yang diperlukan untuk mengontrol semua
aktifitas sel?
Para peneliti melakukan penelitian pada bakteri E. Coli mula mula digunakan basa nitrogen
singlet maka diper oleh 4 asam amino saja yang dapat diterjemahkan padahal ke 20 asam amino
ini harus diterjemahkan semua agar protein yang dihasilkan dapat digunakan, kemudian para
ilmuwan mencobalagi dengan kodon duplet dan baru dapat untuk menterjemahlkan 16 asam
amino ini pun belum cukup juga. Kemudian dicoba dengan triplet dan dapat menterjemahkan 64
asam amino hal ini tidak mengapa sekalipun melebihi 20 asam amino toh dari 64 asam amino
yang diterjemahkan ada yang memilii simbul/fungsi yang sama diantaranya (kodon asam
assparat(GAU dan GAS) sama dengan asam
asam tirosin(UAU,UAS) sama juga dengan triptopan(UGG) bahkan ini sangat menguntungkan
pada proses pembentukkan protein karena dapat menggantikan asam amino yang kemungkinan
rusan selain itu dari 20 asam amino diantaranya ada yang berfungsi sebagai agen pemotong gen
atau tidak dapat bersambung lagi dengan doubel helix asam amino yang berfungsi sebagai agen
pemotong gen diantaranya (UAA,UAG,UGA)
beberapa sifat dari kode triplet diantaranya :

1. kode genetik ini mempunyai banyak sinonim sehingga hampir setiap asam amino dinyatakan
oleh lebih dari sebuah kodon. Contoh semua kodon yang diawali dengan SS memperinci
prolin,(SSU,SSS,SSA dan SSG) semua kodon yang diawali dengan AS memperinci
treosin(ASU,ASS,ASA,ASG).

2. tidak tumpang tindih,artinya tiada satu basa tungggalpun yang dapat mengambil bagian
dalam pembentukan lebih dari satu kodon,sehingga 64 itu berbeda-beda nukleotidanya.

3. kode genetik dapat mempunyai dua arti yaitu kodon yang sama dapat memperinci lebih dari
satu asam amino.
4. kode genetik itu ternyata universal
Tiap triplet yang mewakili informasi bagi suatu asam amino tertentu dinyatakan sebagai
kodon.Kode genetika bersifat degeneratif dikarenakan 18 dan 20 macam asam amino ditentukan
oleh lebih dari satu kodon, yang disebut kodon sinonimus.Hanya metionin dan triptofan yang
memiliki kodon tunggal.Kodon sinonimus tidak ditempatkan secara acak, tetapi
dikelompokkan.Kodon sinnonimus memiliki perbedaan pada urutan basa ketiga.

DAFTAR PUSTAKA
1. Pearson H (2006). "Genetics: what is a gene?". Nature 441 (7092): 398–401.
doi:10.1038/441398a. PMID 16724031.
2. Elizabeth Pennisi (2007). "DNA Study Forces Rethink of What It Means to Be a Gene".
Science 316 (5831): 1556–1557. doi:10.1126/science.316.5831.1556. PMID 17569836.
3. Anthony JF Griffiths, Jeffrey H Miller, David T Suzuki, Richard C Lewontin, and William
M Gelbart (2000). An Introduction to Genetic Analysis (edisi ke-7).
4. W. H. Freeman. hlm. Genes as determinants of the inherent properties of species. ISBN 0-
7167-3520-2. Diakses pada 16 Agustus 2010.
5. Anthony JF Griffiths, Jeffrey H Miller, David T Suzuki, Richard C Lewontin, and William
M Gelbart (2000). An Introduction to Genetic Analysis (edisi ke-7). W. H. Freeman.
hlm. Figure 1-9. Generalized structure of a eukaryotic gene.. ISBN 0-7167-3520-2.
Diakses pada 16 Agustus 2010.
6. Anthony JF Griffiths, Jeffrey H Miller, David T Suzuki, Richard C Lewontin, and William
M Gelbart (2000). An Introduction to Genetic Analysis (edisi ke-7). W. H. Freeman.
hlm. Figure 11-25. The promoter region in higher eukaryotes.. ISBN 0-7167-3520-2.
Diakses pada 19 Agustus 2010.
ssss