ISOLASI DNA SEDERHANA

BIOTEKNOLOGI VI-A

Indah Aida Fatihah

1505116161

Program Studi Pendidikan Biologi FKIP Universitas Riau 28293

E-mail: indah.aidafatihah@student.unri.ac.id

A. Pendahuluan
DNA merupakan persenyawaan kimia paling yang paling penting pada
makhluk hidup, yang membawa keterangan genetik dari sel khususnya atau dari
makhluk dalam keseluruhannya dari satu generasi ke generasi berikutnya.
Molekul DNA terdapat pada nukleus, mitokondria, plastida, dan sentriol. Molekul
DNA pada nukleus memiliki bentuk sebagai benang lurus dan tidak bercabang,
sedangkan DNA yang terletak pada mitokondria dan plastida berbentuk lingkaran
(Suryo, 2012).
DNA pada makhluk hidup dapat diisolasi secara sederhana. Pengisolasian
DNA secara sederhana dapat dilakukan dengan memecahkan dinding sel,
membran plasma, dan membran inti baik secara mekanik maupun kimiawi. Isolasi
DNA merupakan suatu teknik yang digunakan untuk memperoleh DNA murni,
yaitu tanpa protein dan RNA dari suatu sel dalam jaringan.
Meskipun isolasi DNA dapat dilakukan dengan berbagai cara, akan tetapi
pada setiap jenis atau bagian tanaman dapat memberikan hasil yang berbeda, hal
ini dikarenakan adanya senyawa polifenol dan polisakarida dalam konsentrasi
tinggi yang dapat menghambat pemurnian DNA.

B. Bahan dan Metoda

Pada praktikum ini, bahan-bahan yang digunakan yaitu air, garam dapur,
sabun cuci piring cair, sabun fixal, sayuran atau buah, es batu, kerts saring,
alkohol, dan tusuk gigi.
Langkah pertama dalam praktikum ini yaitu menyiapkan larutan ekstraksi
dengan memasukkan 100 ml air kedalam gelas, tambahkan satu sendok makan
penuh garam dapur, satu sendok makan sabun cuci piring cair dan 10 tetes sabun
fixal (sabun untuk membersihkan flek-flek) sebagai biokatalisator/enzim untuk
menghancurkan protein. Kemudian masukkan 20 ml larutan ekstraksi ke dalam
tabung reaksi, lalu haluskan bahan-bahan sayuran atau buah, setelah itu ambil
sebanyak 3 sendok teh, masukkan ke dalam larutan ekstraksi.
Langkah selanjutnya yaitu panaskan larutan dalam air bersuhu 60o c selama
15 menit (membran sel hancur dan DNA lepas dari inti sel), kemudian dinginkan
larutan dalam es selama 10 menit. Setelah didinginkan saring larutan dengan
menggunakan kertas saring dan masukkan alkohol (etanol, lebih bagus bila ada
isopropanol) secara hati-hati melalui dinding tabung reaksi ke dalam cairan hasil
penyaringan (DNA tidak larut dalam alkohol dan mengalami presipitasi).
Kemudian DNA akan muncul ke permukaan berwarna keputihan dan bisa diambil
hati-hati dengan tusuk gigi atau pipet kaca yang ujungnya dibengkokkan.
 C. Hasil dan Pembahasan

Tabel Hasil Pengamatan Isolasi DNA :

Jenis buah Hasil pengamatan
No Perlakuan
/ sayuran Warna Bentuk Waktu Jumlah
Seperti
1 menit
1 Mangga Bening gumpalan ++
10 detik
benang
Seperti benang
2 Tomat Bening 1,5 menit +
tipis
Seperti
1 menit
3 Seledri Bening gumpalan ++++
46 detik
benang
Seperti
Isolasi
4 Selada Kuning gumpalan 5 menit ++
sederhana
benang
menggun
Seperti
akan
5 Jeruk Bening gumpalan 5 menit +++
alkohol
benang
Seperti
Daun Putih
6 gumpalan 2 menit ++
bawang keruh
benang
Seperti benang
7 Bayam Kuning 2 menit +
tipis
Gumpalan
8 Kangkung putih benang mirip 1 menit ++++
kapas

Dari tabel dapat diamati bahwa dalam mengisolasi DNA dapat digunakan
berbagai bahan sebagai sumber DNA seperti dari mangga, tomat, seledri, selada,
jeruk, daun bawang, bayam, dan kangkung.
Setelah selesai melakukan prosedur kerja, akan didapatkan DNA pada
permukaan larutan yang berbentuk seperti benang-benang halus.
Jika dilihat dari tabel hasil isolasi DNA diatan dapat kita lihat ada beberapa
sumber yang menghasilkan warna serta bentuk berbeda pada DNA. Perbedaan
warna disebabkan karena waktu penggerusan bahan sumber DNA yang terlalu
lama sehingga menyebabkan warna DNA yang seharusnya bening keputih-
putihan menjadi keruh atau agak kuning. Perbedaan bentuk DNA sebagian ada
yang seperti gumpalan benang tipis dan ada yang seperti benang tipis namun tidak
menggumpal, hal tersebut dikarenakan banyak tidaknya jumlah DNA yang dapat
diisolasi.
Macam buah atau sayuran yang digunakan dalam proses pengisolasian DNA
kali ini adalah jenis buah dan sayuran yang memiliki kadar air yang tinggi. Suatu
sumber menyatakan bahwa dalam proses pembuatan sumber DNA untuk isolasi
DNA hendaknya jangan terlalu encer karena semakin encer sumber DNA, DNA
yang terpresipitasi akan semakin sedikit. Karena sel yang lisis di dalam air
tentunya lebih sedikit jika dibandingkan dengan sumber DNA yang lebih kental
(Anonim, 2005).
Cara yang digunakan untuk mengisolasi DNA yaitu mulai dari menggerus
bahan sumber DNA menggunakan mortar dan pistil, kemudian menghancurkan
membran sel dan membran inti menggunakan bahan kimia berupa sabun cuci
piring cair dan fixal yang berfungsi menghancurkan molekul lipid yang menyusun
membran sel dan membran inti.
Sabun cuci piring cair dan fixal mengandung sodium dodesilsulfat (SDS)
yang dapat menyebabkan hilangnya molekul lipid pada membran sel sehingga
struktur membran akan rusak dan melisiskan isi sel (Jamilah, 2005).
Pengisolasian DNA menggunakan garam dapur dengan tujuan untuk
memekatkan DNA. Hal ini dapat terjadi karena ion Na+ yang dikandung oleh
garam mampu membentuk ikatan dengan kutub negatif pada ikatan fosfat DNA.
Saat ion Na+ garam berikatan dengan fosfat, pada saat itulah DNA akan
berkumpul. Sedangkan penambahan alkohol pada permukaan larutan betujuan
untuk melakukan presipitasi sehingga DNA yang telah terkumpul tadi mampu
memisah dari larutan dan terbentuklah lapisan-lapisan yang dapat diidentifikasi
unsur penyusunnya.

D. Diskusi
1. Jelaskan prinsip dasar dari isolasi DNA sederhana!
Jawab : Isolasi DNA merupakan langkah yang tepat untuk mempelajari DNA.
Prinsipnya ada dua yaitu sentrifungsi dan presipitasi. Sentrifugasi
merupakan teknik untuk memisahkan campuran berdasarkan berat
molekulnya. Molekul yang mempunyai berat molekul besar akan
berada di bagian bawah tabung dan molekul ringan akan berada pada
bagian atas.Presipitasi merupakan langkah yang dilakukan untuk
mengendapkan suatu komponen dari campuran.
Proses isolasi DNA diawali dengan proses ekstraksi DNA. Hal ini
bertujuan untuk memisahkan DNA dengan partikel lain yang tidak
diinginkan. Proses ini harus dilakukan dengan hati-hati sehingga tidak
menyebabkan kerusakan DNA. Untuk mengeluarkan DNA dari sel,
dapat dilakukan dengan memecahkan dinding sel, membran plasma,
dan membran inti dengan cara mekanik maupun kimiawi.

2. Jelaskan fungsi tahapan lisis dan presipitasi DNA!

Jawab : Pada tahapan lisis dengan bantuan senyawa kimia berupa sabun cuci
piring dan fixal dapat menyebabkan hilangnya molekul lipid pada
membran sel sehingga struktur membran akan rusak dan melisiskan
isi sel.

3. Sebutkan fungsi dari garam, sabun cuci piring dan fixal dari isolasi DNA
sederhana!
Jawab : Garam memegang peranan penting yaitu untuk menghilangkan
protein dan karbohidrat karena garam dapat menyebabkan keduanya
 terpresipitasi. Pengisolasian DNA menggunakan garam dapur dengan
tujuan untuk memekatkan DNA. Hal ini dapat terjadi karena ion Na+
yang dikandung oleh garam mampu membentuk ikatan dengan kutub
negative pada ikatan fosfat DNA. Saat ion Na+ garam berikatan
dengan fosfat, pada saat itulah DNA akan berkumpul.
Sedangkan sabun cuci piring cair dan fixal mengandung sodium
dodesil sulfat (SDS) yang dapat menyebabkan hilangnya molekul
lipid pada membran sel sehingga berfungsi sebagai penghancur
membran sel dan membran inti sebagai jalur keluarnya DNA dari
dalam inti sel.

4. Jelaskan faktor-faktor yang mempengaruhi keberhasilan isolasi DNA!

Jawab :
 Penggerusan atau penghalusan sumber DNA jangan sampai terlalu
berlebihandan lama, karena saat penghancuran, terjadi pelepasan
senyawa polifenol dan polisakarida. Polivenol yang teroksidasi akan
terikat kovalen dengan DNA, sedang polisakarida mengalami
koprespitasi dengan asam nukleat dengan penambahan alkohol,
terbentuk matriks seperti lem. Hal ini menyebabkan DNA kental serta
mengakibatkan sel dalam dan DNA rusak
 Penambahan detergen atau sabun cair dimana semakin basa sabun,
maka kekuatannya untuk memecah membran yang ada pada sel pun
makin besar, sehingga jumlahnya perlu dibatasi. Untuk kekuatan
pengadukan, jika pengadukan dilakukan terlalu cepat dan
menimbulkan busa yang banyak, maka itu akan dapat menghambat
proses ekstraksi. Untuk lama pengendapan, tentu saja jika diendapkan
terlalu lama, maka sifat basa dari sabun akan menghancurkan organel
yang ada dalam sel dan bahkan DNA yang akan di ekstrak itu sendiri.
Terakhir yaitu jenis sabun. Detergen dengan sabun cuci piring tentu
saja memiliki kegunaan yang berbeda, kekuatan mengikat lemak jauh
lebih tinggi pada sabun cuci piring, tetapi kekuatan mengikat air lebih
tinggi detergen. Detergen memiliki nilai pH lebih tinggi pula daripada
sabun cuci piring.
 Penambahan larutan NaCl (air + garam) yang mana garam memegang
peranan penting yaitu untuk menghilangkan protein dan karbohidrat
karena garam dapat menyebabkan keduanya terpresipitasi, dan
bersama-sama dengan detergen, keduanya berfungsi seperti halnya
lysing buffer. Pengisolasian DNA menggunakan garam dapur dengan
tujuan untuk memekatkan DNA.
 Penambahan etanol: Setelah ion Na+ pada garam mengumpulkan,
selanjutnya lebih dipekatkan lagi oleh etanol. Pemekatan yang sering
dilakukan adalah presipitasi etanol. Dan dengan adanya garam (kation
kovalen seperti Na+) dan pada suhu di bawah 20º C atau kurang, etanol
absolut akan mempresipitasi asam nukleat polimerik dengan baik.
Pemekatan ini dilakukan dengan penambahan etanol pada lapisan atas
sampel sehingga terjadi presipitasi DNA pada pembatasan kedua
 larutan. Alkohol dingin berfungsi untuk pengikatan strand DNA yang
telah terkumpul kerena pemekatan oleh garam, karena kerapatan
alkohol lebih kecil dibandingkan kerapatan air maka alkohol akan
berada di bagian atas larutan pada tabung reaksi. Strand-strand DNA
yang terikat oleh alkohol akan nampak sebagi benang-benang putih
yang terapung di atas filtrat.

E. Kesimpulan

Proses isolasi DNA sederhana dari sel-sel buah dan sayuran dapat dilakukan
dengan 2 cara yaitu cara mekanik dan kimiawi. Cara mekanik dengan melumatkan
buah/sayur yang akan diisolasi DNA nya. Sedangkan cara kimiawi dengan
penambahan-penambahan reagen, yaitu sabun cuci piring, NaCl, dan alkohol.
Tahap-tahap isolasi DNA ada tiga yaiu yang pertama melumatkan buah yang akan
digunakan. Tahap selanjutnya melisiskan sel dengan menambahkan air garam
(NaCl) dan fixal ke dalam buah yang sudah dilumatkan, hal tersebut berfungsi
untuk membuka atau memecah membran sel (baik membran sitoplasma maupun
membran nukleus). Tahap terakhir adalah pemurnian DNA dengan menambahkan
alkohol ke dalam campuran yang berfungsi untuk memisahkan DNA dari
molekul-molekul lain seperti protein.

F. Daftar Pustaka

Albert, B., 1994. Biologi Molekuler Sel Edisi Kedua. PT. Gramedia Pustaka
Utama. Jakarta.
Campbell, Neil A. dkk. 2002. Biologi Jilid 1 Edisi 3. Jakarta: Erlangga.
Jamilah. 2005. Pengaruh Berbagai Macam Detergen, Penambahan Enzim, dan
Ekstrak Nanas (Ananas comusus (L) Merr) Terhadap Hasil Isolasi DNA
Beragai Macam Buah sebagai Topik Praktikum Matakuliah Genetika.
Malang: UNM.
Jusuf, M. 2001. Genetika 1 Struktur dan Ekspresi Gen. Jakarta : Sagung Seto.
Oswald, Nick. 2007. Ethanol Precipitation of DNA and RNA: How it works.
http://bitesizebio.com/253/the-basics-how-ethanol-precipitation-of-dna-
and-rna-works/. DiaksespadaSenin 05 Maret 2018
Pierce, A. G.et al. 2005. At A Glance Ilmu Bedah. Jakarta: Erlangga.
Raven, Peter H.et al. 2002. Biology 6th Edition. Boston: Mc Graw-Hill.
Suryo. 2012. Genetika Strata 1. Yogyakarta: UGM Press.
G. Lampiran