LAPORAN PRAKTIKUM ISOLASI DNA SEDERHANA

Disusun Untuk Memenuhi Tugas Mata Kuliah Biologi Umum

Dosen Pengampu : Yuke Mardianti, S.Si.,M.Si.

Disusun Oleh :

Dwi Indriati Syahbana

11200162000036
Prodi Pendidikan Kimia

FAKULTAS ILMU TARBIYAH DAN KEGURUAN

UNIVERSITAS NEGERI SYARIF HIDAYATULLAH
JAKARTA
2020
 ISOLASI DNA SEDERHANA PADA BUAH PISANG

A. Waktu dan Tempat

Waktu : Jum`at, 23 Oktober 2020
Tempat : Rumah Dwi Indriati Syahbana
JL. H. Yusuf Rt 002/10 No: 3, Kode pos : 15153 Kamp : Pondok Lakah, Kel :
Paninggilan, Kec : Ciledug, Kota : Tangerang.

B. Tujuan
1. Mengetahui cara/tahapan untuk mengisolasi DNA dengan cara sederhana.
2. Mengisolas DNA pada buah pisang.
3. Melihat benang DNA hasil isolasi DNA pada buah pisang.

C. Pendahuluan
Deoxyribo Nucleic Acid (DNA) adalah polimer asam nukleat yang tersusun secara
sistematis dan merupakan pembawa informasi genetik yang diturunkan kepada keturunannya dari
generasi ke generasi selanjutnya. DNA terdapat pada nukleus, mitokondria pada hewan dan
terdapat juga pada kloroplas tumbuhan. Ada beberapa perbedaan antara DNA tersebut, yaitu: DNA
nukleus yang disebut juga DNA kromosomal, berbentuk benang lurus (linear) tak bercabang dan
berasosiasi sangat erat dengan protein histon, sedangkan DNA mitokondria dan kloroplas
berbentuk melingkar (sirkular) dan tidak berasosiasi dengan protein histon. DNA mitokondria dan
kloroplas memiliki ciri khas, yaitu hanya mewariskan sifat-sifat yang berasal dari ibu, sedangkan
DNA nukleus memiliki pola pewarisan sifat dari kedua orang tuanya (Raven dan Johnson, 2002).
Secara struktural, DNA merupakan polimer nukleotida, di mana setiap nukelotid tersusun
atas gula deoksiribosa, fosfat, dan basa. Polimer tersebut membentuk struktur dua untai heliks
ganda(Double Helix) yang disatukan oleh ikatan hidrogen antara basa-basa yang ada. Terdapat
empat basa dalam DNA, yaitu adenin (A), sitosin (C), guanin (G), dan timin (T). Adenin akan
membentuk dua ikatan hydrogen dengan timin, sedangkan guanin akan membentuk tiga ikatan
hidrogen dengan sitosin. Kombinasi jumlah dan susunan yang terbentuk antara ikatan-ikatan basa
ini memungkinkan setiap indvidu memiliki cetak biru genetik yang spesifik dibandingkan
organisme lain.
Isolasi DNA adalah metode untuk mendapatkan asam deoksiribonukleat dalam suatu
individu, dengan tujuan untuk memisahkan DNA dari bahan lain seperti protein, lemak, dan
karbohidrat. Isolasi DNA merupakan teknik ekstraksi dan atau purifikasi DNA dari suatu sel
 sebagai tahap awal suatu analisis genetik. Prisnsip utama dalam isolasi DNA ada tiga yakni
penghancuran (lisis), ektraksi atau pemisahan DNA dari bahan padat seperti selulosa dan protein,
serta pemurnian DNA (Corkill dan Rapley, 2008; Dolphin, 2008).
Secara umum, tahap isolasi DNA dimulai dari pengambilan sampel, pelisisan membran dan/atau
dinding sel, ekstraksi DNA, presipitasi DNA, pemurnian DNA, dan pengawetan DNA. Isolasi DNA
juga berfungsi sebagai media pembelajaran genetik, dapat mengetahui kelainan genetik yang
diderita, dapat mengetahui agen penyebab penyakit infeksi, dan lain-lain. (Yuwono, 2006.;
Soedjadi, 2008.; Maftuchah, 2014). Menurut Surzycki (2000), ada beberapa hal yang perlu
diperhatikan dalam proses isolasi DNA antara lain harus menghasilkan DNA tanpa adanya
kontaminan seperti protein dan RNA; metodenya harus efektif dan bisa dilakukan untuk semua
spesies metode yang dilakukan tidak boleh mengubah struktur dan fungsi molekul DNA; dan
metodenya harus sederhana dan cepat.

D. Alat dan Bahan

Alat Bahan
- Timbangan - Pisang
- Pisau - Air
- Ulekan - Deterjen Bubuk
- Wadah/Gelas - Sabun cuci piring
- Cup Plastik Bekas Makanan - Alkohol 70%
- Ulekan - Garam
- Saringan

E. Langkah Kerja

1. Siapkan 3 buah buah pisang atau sekitar 100 gram, dan potong menjadi beberapa bagian.
2. Masukan potongan pisang kedalam plastik kemudian haluskan menggunakan ulekan, atau bisa
dengan blender atau media apapun.
3. Jika telah halus pindahkan ke dalam wadah kemudian tambahkan dengan air sebanyak 100 ml
dan aduk hingga tercampur semua.
4. Saring campuran pisang dengan air ke dalam wadah kosong untuk mendapatkan ekstrak buah
pisang tersebut, dan aduk perlahan atau biarkan campuran tesaring dengan sendirinya.
 5. Jika menggunakan deterjen bubuk larutkan terlebih dahhulu dengan air dan aduk perlahan agar
tidak menimbulkan banyak busa.
6. Siapkan wadah lain untuk pengujian, saya menggunakan cup plastik bekas makanan karena
bentuknya yang menyerupai tabung reaksi, tuangkan ekstrak buah pisang yang telah didapatkan
saya menggunakan takaran sendok teh sebanyak 2 sendok(10 ml)
7. Masukkan deterjen yang telah di larutkan atau sabun cuci piring sebanyak 1 sendok teh(5 ml)
kedalam cup/wadah yang beisi ekstak pisang tersbut.
8. Tambahkan garam setengah sendok(2,4 gram) lalu aduk perlahan hingga semua bahan
tercampur merata, usahakan jangan sampai timbul busa karena akan mempersulit pengamatan
nantinya.
9. Setelah semua merata, tambahkkan alcohol 70% kedalam larutan uji sebanyak 8 tetes( 8 ml ).
10. Aduk semua bahan secara perlahan dan tunggu beberapa menit, kemudian perhatikan
perubahan yang muncul.
11. Jika nampak gumpalan yang memisah dari endapan, ini menunjukan DNA telah di dapatkan.

F. Hasil Pengamatan
Hasil yang diperoleh dalam praktikum ini dapat dilihat pada tabel berikut :

Tabel 1. DNA dari buah Pisang

Bahan Warna Waktu Keterangan Jumlah Letak

Percobaan 1
Kuning pucat 5 menit Belum ada perubahan Ada DNA terlihat
Sedikit Berupa sedikit
10 menit Terlihat bidang batas yang
samar bercak putih
samar dan warna memudar
yang
seperti putih tulang.
menggumpal
15 menit Bercak dan serat putih mulai di permukaan
terlihat
30 menit Adanya gumpalan di lapisan
PISANG

atas(permukaan)
Percobaan 2
Hijau Terang 5 menit Belum terlihat perubahan Ada DNA terlihat
15 menit Warna mulai memudar ,terlihat lebih seperti serabut
( Akibat sabun bidang batas sangat jelas serta terlihat halus yang
yang digunakan ) terlihat sedikit serabut halus jelas memisahkan
diri dari
25 menit Serabut halus terlihat sangat
endapan.
jelas di lapisan tengah dan
bergerak melayang.
30 menit Serabut mulai terkumpul di
permukaan dan sedikit di
lapisan tengah.
 Tabel 2. Gambar
Percobaan 1 Percobaan 2

Menggunakan Deterjen Bubuk Menggunakan Sabun Cuci Piring

G. Pembahasan
Dalam percobaan ini saya melakukan pengujian terhadap buah pisang sebagai sampel dalam
isolasi DNA sederhana, dalam percobaanya sampel pada buah pisang diberikan dua perlakuan
berbeda yaitu percobaan pertama menggunakan deterjen bubuk sementara dalam percobaan ke dua
menggunakan sabun cuci piring sebagai spesi basa yang di berikan dalam sampel, hal ini saya
lakukan untuk mengamati apakah ada perbedaan yang telihat dan bagaimana pengaruhnya pada
masing – masing sampel uji tersebut.
Pada percobaan pertama dan kedua di lakukan beberapa tahapan yang sama, yang pertama
yakni pelisisan sel secara mekanik dengan digerus. Menurut Jamilah (2005:38) saat penghancuran,
terjadi pelepasan senyawa polifenol dan polisakarida. Plolivenol yang teroksidasi akan terikat
kovalen dengan DNA, sedang polisakarida mengalami koprespitasi dengan asam nukleat dengan
penambahan alkohol, terbentuk matriks seperti lem. Hal ini menyebabkan DNA kental.
Penghalusan yang terlalu berlebihan dan terlalu lama juga dapat mengakibatkan sel dalam dan
DNA rusak. Hal tersebut ditandai dengan warna bahan uji yang awalnya putih kekuningan menjadi
coklat.
Pelisisan sel dan membran juga dilakukan secara kimiawi dengan penambahan deterjen atau
sabun cair. Penambahan detergen menyebabkan rusaknya membran sel melalui ikatan yang
dibentuk melalui sisi hidrofobik detergen dengan protein dan lemak pada membran membentuk
senyawa “lipi protein-detergen kompleks”.Senyawa tersebut dapat terbentuk karena protein dan
lipid memiliki ujung hidrofilik dan hidrofobik, demikian juga dengan detergen sehingga dapat
membentuk ikatan kimia. Deterjen mengandung sodium dodesil sulfat (SDS) yang dapat
menyebabkan hilangnya molekul lipid pada membran sel sehingga struktur membran akan rusak
dan melisiskan isi sel (Jamilah, 2005).
Pada pecobaan pertama saya menggunakan deterjen bubuk yang sebelumnya telah dilarutkan
dengan air sementara percobaan ke dua menggunakan sabun yang biasa untuk cuci piring. Detergen
dengan sabun cuci piring memiliki kegunaan yang berbeda, dalam mengikat lemak jauh lebih
tinggi sabun cuci piring sementara untuk kekuatan mengikat air lebih tinggi detergen. Detergen
juga memiliki nilai pH lebih tinggi daripada sabun cuci piring.
Banyak faktor yang dapat dijadikan indikasi dalam penggunaan sabun, diantaranya, kekuatan
sabun, jumlah sabun yang ditambahkan, teknik pengadukan, lamanya pengendapan setelah
penmbahan sabun, jenis sabun yang digunakan.
Semakin basa sabun, maka kekuatannya untuk memecah membran yang ada pada sel semakin
besar, sehingga jumlahnya perlu dibatasi. Untuk kekuatan pengadukan, jika pengadukan dilakukan
terlalu cepat dan menimbulkan busa yang banyak, maka itu akan dapat menghambat proses
ekstraksi. Untuk lama pengendapan, tentu saja jika diendapkan terlalu lama, maka sifat basa dari
sabun akan menghancurkan organela yang ada dalam sel dan bahkan DNA yang akan diekstrak itu
sendiri.
Kemudian penambahan garam ( NaCl ) dengan takaran yang sama pada masing - masing
sampel, dengan tujuan untuk menghilangkan protein dan karbohidrat karena garam dapat
menyebabkan keduanya terpresipitasi, dan bersama-sama dengan detergen berfungsi seperti halnya
lysing buffer atau melisiskan membran pada sel. Hal ini dapat terjadi karena ion Na+ yang
dikandung oleh garam mampu membentuk ikatan dengan kutub negative pada ikatan fosfat DNA.
Saat ion Na+ garam berikatan dengan fosfat, pada saat itulah DNA akan berkumpul. Garam juga
digunakan untuk melarutkan DNA, karena ion Na+ yang dikandung oleh garam mampu memblokir
(membentuk ikatan) dengan kutub negatif fosfat DNA, yaitu kutub yang bisa menyebabkan
molekul-molekul saling tolak menolak satu sama lain sehinggga pada saat ion Na+ membentuk
ikatan dengan kutub negatif fosfat DNA, DNA akan terkumpul. Jadi selain digunakan untuk
menghilangkan protein dan karbohidrat dan menjaga kesetabilan pH lysing buffer, garam juga
membantu proses pemekatan DNA.
Dan terakhir yaitu pemberian ethanol atau alkohol pada setiap sampel dengan ukuran yang
sama sehingga terjadi presipitasi DNA pada pembatasan kedua larutan. Alkohol dingin berfungsi
untuk pengikatan strand DNA yang telah terkumpul kerena pemekatan oleh garam, karena
kerapatan alkohol lebih kecil dibandingkan kerapatan air maka alkohol akan berada di bagian atas
larutan pada tabung reaksi. Strand-strand DNA yang terikat oleh alkohol akan nampak seperti
benang-benang putih yang terapung di atas filtrate.
 Pada percobaan di peroleh hasil yang menunjukan adanya benang – benang halus yang
menggumpal dan endapan berupa bercak putih pada lapisan atas, setelah di diamkan selama tiga
puluh menit. Juga terbentuk tiga lapisan yang mana di lapisan dasar atau pertama yaiu substrat dari
campuran pisang yang memiliki massa jenis lebih besar pada lapisan ke dua atau lapisan tengah
terlihat cairan alkohol dan terdapat benang – benang halus yang melayang - layang dalam cairan
tersebut, hal ini menunjukan adanya DNA yang telah terisolasi serta pada lapisan ketiga atau
lapisan permukaan paling atas di temukan gumpalan berupa bercak serta sedikit serabut halus yang
menyatu. Namun perbedaan warna diakibakan karena pengaruh deterjen dan sabun yang digunakan
serta adanya perubahan warna sedikit lebih muda setelah menit ke lima belas hal ini menunjukan
adanya pengaruh dari pengendapan dan pelepasan DNA dari senyawa lain, Semakin pekat warna
yang dihasilkan maka semakin banyak juga DNA yang terlepas dari substrat lain seperti banyaknya
protein nukleat dan spesi lainnya yang memisahkan diri dan berada di dasar endapan.dan pada
menit ke sepuluh untuk percobaan pertama proses nya lebih cepat Karena penggunaan deterjen
bubuk yang sifatnya lebih baik dalam mengikat air dibandinkan dengan sabun cuci
piring.sementara hasil yang lebih terlihat jelas adanya benang – benang halus berupa DNA yaitu
pada percobaan ke dua disebabkan pada percobaan pertama penguji merasa kesulitan membedakan
mana yang merupakan gumpalan DNA karena menyatu dengan serbuk deterjen yang kurang larut
dalam air.

JAWABAN PERTANYAAN

1. Apakah setiap sampel menunjukkan DNA nya ?

Jawab : Saya hanya menguji satu sampel yaitu pada buah pisang dan dalam percobaan
yang saya lakukan di peroleh adanya perubahan setelah di diamkan selama 30
menit, berupa endapan yang terpisah dari substrat pada lapisan bawah dan
alkohol pada lapisan kedua, yang diduga itu merupakan DNA yang telah
terisolasi.

2. Bagaimanakah DNA yang terbentuk pada masing-masing umbi dan buah ? Sampel manakah
yang menunjukkan warna DNA paling tebal ?
Jawab : Pada buah pisang yang saya uji, ditemukan adanya gumpalan seperti bercak
halus berarna putih pada permukaan sampel yang mengunakan deterjen bubuk,
sedangkan untuk sampel yang menggunakan sabun cuci piring terlihat serabut
halus yang terpisah dari substrat dan alkohol yaitu di lapisan atas atau pada
permukaan dan sedikit melayang – layang di lapisan kedua yaitu pada alkohol.

3. Sampel manakah yang menunjukkan jumlah DNA paling banyak ?

Jawab : Saya melakukan dua kali percobaan dengan perbedaan basa yang digunakan.
 Pada percobaan pertama saya menggunakan deterjen bubuk yang telah di larutkan
dan percobaan kedua saya menggunakan sabun cuci piring sebagai penggantinya.
Dalam percobaan pertama saya sulit menemukan adanya DNA dan sangat sedikit
sekali endapan yang terlihat terpisah dari substrat mungkin dikarenakan deterjen
tidak terlalu larut dalam air sehingga sulit dibedakan antara bubuk deterjen yang
masih tegenang dengan serabut DNA yang terpisah.
Namun setelah saya mnggunakan sabun cuci piring terlihat jelas spesi yang
terbentuk memisahkan diri dari substrat. Dan adanya gumpalan serabut halus
yang menunjukan DNA terisolasi.

4. Adakah hubungannya antara perolehan warna dan jumlah DNA berdasarkan pengamatan
Anda? Jelaskan!
Jawab :Pada percobaan yang saya lakukan tidak ditemukan perubahan warna yang
signifikan setelah sampel di diamkan selama 30 menit hanya terlihat perubahan
warna dari kuning pucat berubah menjadi putih tulang pada sampel yang
menggunakan deterjen.
Hal demikian juga terjadi pada sampel yang menggunakan sabun cuci piring hanya
saja warna yang di dapat berubah menjadi hijau karena pengaruh sabun yang saya
gunakan dan warna berubah menjadi lebih muda dari sebelumnya setelah
didiamkan selama 30 menit.
Dalam hal ini perubahan warna bisa saja berpengaruh terhadap jumlah DNA yang
terlihat. Karena setelah diamati DNA terlihat seperti serabut transparan yang
menggumpal dan melayang di permukaan sementara endapan yang terdapat di
bagian dasar terlihat berubah warna menjadi lebih muda dari sebelumnya. Yang
tentunya warna dapat berpengaruh terhadap jumlah DNA yang terlepas dari zat
yang terkandung dalam sel yang telah lisis tersebut. Semakin pekat warna yang
dihasilkan maka semakin banyak juga DNA yang terlepas dari substrat lain seperti
banyaknya protein nukleat dan spesi lainnya yang memisahkan diri dan berada di
dasar endapan.

5. Bagaimanakah DNA dapat terisolasi dari sel tanaman ?

Jawab : Isolasi DNA merupakan suatu teknik yang digunakan untuk memperoleh DNA
murni yaitu tanpa protein dan RNA dari suatu sel dalam jaringan (Klug, 2008:58).
DNA yang terdapat dalam sel dapat di pisahkan dan di keluarkan dari tempatnya
di dalam inti sel, pada sampel yang telah dilakukan tahapan seperti pelisisan
dinding dan membran dalam sel baik secara mekanik yaitu dilakukan dengan
penggerusan dengan mortal atau pemblenderan, dan secara kimiawi dengan
penambahan deterjen dan garam yang membuat protein membran terdenaturasi
sehingga di dapatkan ekstrak dari sampel yang diuji kemudian dilakukan pemisahan
senyawa DNA dari protein, lipid, dan senyawa lain. Dalam tahapan presipitasi oleh
alkohol yaitu pengendapan suatu komponen pada campuran sehingga DNA dapat
terpisah dan terisolasi dari senyawa lain yang terdapat dalam inti sel.

6. Apakah setiap tahapan isolasi memiliki tujuannya ?Jelaskan !?

Jawab : Jelas terdapat tujuan dari setiap tahapan seperti yang telah di jelaskan dalam bagian
pembahasan. Diantaranya :
 1. Pelisisan sel yaitu secara mekanik dengan di lumatkan untuk menghancurkan
dinding dan membran dalam sel ataupun organ lainnya yang melindungi DNA
sehingga DNA akan keluar dari inti sel.
2. Pelisisan juga dilakukana secara kimiawi dengan penambahan deterjen karena
mengandung sodium dodesil sulfat (SDS) yang dapat menyebabkan hilangnya
molekul lipid pada membran sel sehingga struktur membran menjadi rusak dan
sel akan lisis.
3. Penambahan garam dengan tujuan untuk menghilangkan protein dan
karbohidrat karena garam dapat menyebabkan keduanya terpresipitasi, dan
dapat melisiskan membran pada sel bersama dengan detergen juga dapat
membantu proses pemekatan pada DNA karena ion Na+ pada garam bereaksi
dengan ikatan fosfat dalam DNA.
4. Tahap Presipitasi dengan pemberian ethanol sehingga membuat asam nukleat
yaitu DNA yang terdapat dalam campuran naik ke permukaan disebabkan
karena kerapatan DNA lebih kecil dengan alkohol dan air serta kerapatan alkhol
lebih kecil dibandingkan kerapatan air.

7. Pada tahap manakah benang-benang DNA sudah mulai terlihat ? Mengapa?

Jawab :Pada tahap setelah pemberian alkohol dan setelah sampel didiamkan selama
beberapa menit pada percobaan satu terlihat perbedaan waktu yang lebih cepat
dibandingkan dengan percobaan ke dua. Karena jenis basa yang di gunakan
berbeda, pada deterjen lebih mudah mengikat air dibandingkan dengan sabun cuci
piring sehingga proses perusakan serta pelisisan sel akan lebih cepat. Pemberian
alkohol menyebabkan proses pengendapan dalam presipitasi dan sifatnya yang
tidak larut karena memiliki massa kerapatan yang lebih ringan di bandingkan
air,sehingga tidak menyatukan campuran, dan menjadikan pemisah antara zat
dengan massa kerapatan yang berbeda sehingga DNA akan tertarik mengendap ke
permukaan sementara spesi lain yang memiliki massa lebih besar dibandingkn
dengan alkohol berada di dasar endapan.

H. Kesimpulan

Berdasarkan percobaan isolasi DNA pada buah pisang yang saya lakukan diperoleh kesimpulan
bahwa proses isolasi dapat dilakukan dengan tiga tahapan yaitu pelisisan secara mekanik dengan
di hancurkan atau di lumatkan dan secara kimiawi dengan penambahan deterjen atau sabun cair
adanya perbedaan antara penggunaan basa dalam hal ini deterjen dan sabun cuci piring
mempengaruhi hasil yang didapatkan, semakin kuat penggunaan basa maka akan semakin cepat
dalam proses perusakan dan pelisisan membran dan dinding pada sel serta semakin banyak pula
DNA yang dapat terisolasi. Serta proses presipitasi yaitu pengendapan DNA dengan pemberian
alkohol dengan prinsip perbedaan massa kerapatan, sehingga DNA akan terpisah dengan senyawa
lain yang massa kerapatannya lebih besar. Diperlukan kehati – hatian dalam setiap proses untuk
menghindari kerusakan struktur pada DNA tersebut. Serta penambahan masing – masing
komponen harus terukur dan konsisten agar hasil yang diperoleh dapat maksimal.
I. Daftar Pustaka

Nurhayati,Beti.,Darmawati,Sri.2017.Biologi Sel Dan Molekuler.Jakarta:Pusat Pendidikan Sumber

Daya Manusia Kesehaatan.Kementrian Kesehatan Republik Indonesia.

Yunwono,Trwibowo.2008.Biologi Molekuler.Jakarta:Erlangga

Furqoni,Abdul Hadi.2017.Pengaruh Rendaman Air Terhadap Kualitas DNA Pada Sperma.Jurnal

Biosains Pasca Sarjana,19(1),41-54.

Agus,Rosana.2018.Dasar – Dasar Biologi Molekuler.Penerbit:Celebes Media Perkasa.

Jamilah. 2005. Pengaruh Berbagai Macam Detergen, Penambahan Enzim, dan Ekstrak Nanas
(Ananas comusus (L) Merr) Terhadap Hasil Isolasi DNA Beragai Macam Buah sebagai Topik
Praktikum Matakuliah Genetika. Malang: UNM.

Triyas,Danik H.,Habibi,Tifli.,Nurhidayati.,Fidania,Dayu. 2014. Laporan Ekstraksi DNA.

https://www.academia.edu/12159493/Laporan_Ekstrasi_DNA. Diakses pada tanggal 25 oktober
2020.