LAPORAN PRAKTIKUM BIOLOGI DASAR

PERAN DNA DALAM MENENTUKAN

KEANEKARAGAMAN TUMBUHAN
Dosen Pengampu: Ismi Farah Syarifah, M.Sc

Nama: Nabilla Nursyifa Hadiansyah

NIM: 1207020043
Kelas: Biologi A/1
Mata Kuliah: Praktikum Biologi Dasar

JURUSAN BIOLOGI
FAKULTAS SAINS DAN TEKNOLOGI
UNIVERSITAS ISLAM NEGERI SUNAN GUNUNG DJATI
BANDUNG 2020
 BAB I
PENDAHULUAN

1.1 Tujuan
Memahami penyebab variasi pada organisma
1.2 Dasar Teori
DNA adalah sejenis asam nukleat yang mengandung materi genetik, yang berperan dalam
mengatur perkembangan biologis semua bentuk kehidupan secara seluler. DNA adalah polimer
asam nukleat yang memiliki struktur sistematis dan membawa informasi genetik dan
meneruskannya kepada keturunannya. Komponen nukleotida terdiri dari tiga bagian yaitu
gulapentosa (deoksiribosa dalam DNA), basa nitrogen dan gugus fosfat. Basa nitrogen yang
menyusun DNA adalah adenin (A), guanin (G) (purin), sitosin (C), dan timin (T) (pirimidin)
(Yuwono, 2009). Adenin akan membentuk dua ikatan hidrogen dengan timin, sedangkan guanine
membentuk tigaikatan hidrogen dengan sitosin.
DNA dapat dipelajari dengan cara mengisolasi DNA dari sel buah. Isolasi DNA merupakan
langkah awal yang harus dilakukan sebelum langkah rekayasa genetika selanjutnya. Prinsip dasar
isolasi DNA total dari jaringan adalah dengan menguraikan dan mengekstrak jaringan, kemudian
memurnikan ekstrak sel hingga diperoleh pellet sel yang mengandung DNA total. Pemisahan
DNA memiliki beberapa tahapan yaitu pemisahan sel, lisis dinding dan membran sel, ekstraksi
larutan, pemurnian dan pengendapan. Prinsip pemisahan DNA meliputi dua tahap yaitu
sentrifugasi dan pengendapan. Pemisahan sampel buah tergantung pada kadar air buah. Semakin
tinggi kandungan airnya, semakin sedikit sel terlisis dalam ekstrak dan semakin sedikit DNA yang
akan mengendap (Faatih, 2009).
Elektroforesis adalah migrasi ion di bawah aksi medan listrik Metode ini digunakan untuk
memisahkan senyawa. Molekul yang terlarut dalam medan listrik bergerak dengan kecepatan yang
ditentukan oleh rasio muatan terhadap massa. Elektroforesis gel agarosa adalah metode standar
untuk memisahkan dan memurnikan fragmen DNA. DNA bermuatan negatif melewati media
(agarosa), dan arus mengalir dari satu elektroda muatan. Aliran ke kutub lain, sehingga molekul
akan berubah dari negatif menjadi positif (Yuwono, 2005). Keberhasilan elektroforesis
dipengaruhi oleh ukuran molekul DNA, yaitu semakin kecil ukuran DNA, maka akan lebih mudah
melewati pori-pori gel, serta dipengaruhi oleh konsentrasi gel agarosa, yaitu semakin rendah
konsentrasi gel, maka matriks gel akan semakin kecil dan fragmen DNA dapat terpisah lebih jauh
berdasarkan ukuran.
DNA berkualitas tinggi yang akan didapat dalam suatu ekstraksi merupakan satu kaidah dasar
yang harus dipenuhi dalam studi molekuler terutama dalam analisis DNA. Cetyl Trimethyl
Ammonium Bromide (CTAB) merupakan metode yang umum yang digunakan dalam ekstraksi
DNA tanaman yang banyak mengandung polisakarida dan senyawa polifenol (Jose and Usha,
2000). Mengeluarkan DNA dari dalam sel memiliki teknik yang berbeda-beda sesuai dengan jenis
sel dan struktur dari sel. Untuk isolasi DNA bakteri, enzim lysozyme digunakan untuk mencerna
peptidoglikan. Untuk isolasi DNA tumbuhan, dinding sel dihancurkan dengan blender dan
dilanjutkan dengan enzim yang akan memotong polimer dinding sel menjadi monomer.
Sedangkan untuk isolasi DNA hewan, enzim digunakan untuk mendegradasi jaringan penghubung
dan pemisahan komponen intraseluler dilakukan ketika komponen intraseluler keluar dari dalam
sel. Pemisahan ini dapat dilakukan dengan sentrifugasi atau ekstraksi kimiawi. Sentrifugasi akan
memisahkan komponen berdasarkan ukuran sedangkan ekstraksi kimiawi dilakukan denga
menggunakan fenol untuk memisahkan protein dari DNA (Clark & Pazdernik, 2009).
Pemecahan sel (lisis) merupakan tahapan dari awal isolasi DNA yang bertujuan untuk
mengeluarkan isi sel (Holme dan Hazel, 1998). Tahap penghancuran sel atau jaringan memiliki
beberapa cara yakni dengan cara fisik seperti menggerus sampel dengan menggunakan mortar dan
pestle dalam nitrogen cair atau dengan menggunakan metode freezing-thawing dan iradiasi
(Giacomazzi et al., 2005). Cara lain yakni dengan menggunakan kimiawi maupun enzimatik.
Penghancuran dengan menggunakan kimiawi seperti penggunaan detergen yang dapat melarutkan
lipid pada membran sel sehingga terjadi destabilisasi membran sel (Surzycki, 2000). Sementara
cara enzimatik seperti menggunakan proteinase K seperti untuk melisiskan membran pada sel
darah (Khosravinia et al., 2007) serta mendegradasi protein globular maupun rantai polipeptida
dalam komponen sel (Surzycki, 2000).
 BAB II
METODE PENELITIAN

2.1 Waktu dan Tempat Pelaksanaan

Praktikum ini dilaksanakan pada hari Rabu, 30 Desember 2020. Dilaksanakan dirumah
masing-masing.
2.2 Alat dan Bahan
No Alat dan Bahan Jumlah
1 2 macam Buah 3-4 potong
2 Plastik zipper 2 buah
3 Alcohol 70% 2-4 sdm
4 Air 3 sdm
5 Garam 1 sdm
6 Deterjen cair 1 sdm
7 Gelas 2 buah

2.3 Posedur Kerja

Disiapkan Buah dipotong (3-4), 1 sdm garam, 1sdm Dimasukkan

alat dan dimasukkan ke plastik deterjen cair, diaduk lalu ke dalam
bahan dan hancurkan tambahkan 3 sdm air plastik buah

Diamkan Dialirkan alcohol Disaring ke Diaduk dan

Hasil
2-3 menit ke dinding gelas dalam gelas tunggu 1-2 menit
2-4 sdm
 BAB III

HASIL DAN PEMBAHASAN

3.1 Hasil
No Nama Buah Gambar Hasil Deskripsi
1 Mangga Terlihat kumpulan
benang-benang DNA
berwarna putih.

2 Pisang Terlihat kumpulan

benang-benang DNA
berwarna putih.

3 Nanas Terlihat kumpulan

benang-benang DNA
berwarna putih.

4 Salak Terlihat kumpulan

benang-benang DNA
berwarna putih.
 5 Stroberi Terlihat kumpulan
benang-benang DNA
berwarna putih.

6 Papaya Terlihat kumpulan

benang-benang DNA
berwarna putih.

7 Buah naga Terlihat kumpulan

benang-benang DNA
berwarna putih.

8 Jambu biji Terlihat kumpulan

benang-benang DNA
berwarna putih.

3.2 Pembahasan
Proses isolasi DNA diawali dengan proses ekstraksi DNA. Hal ini bertujuan untuk
memisahkan DNA dengan partikel lain yang tidak diinginkan. Proses ini harus dilakukan dengan
hati-hati, sehingga tidak menyebabkan kerusakan pada DNA. Untuk mengeluarkan DNA dari sel,
dapat dilakukan dengan memecahkan dinding sel, membran plasma dan membran inti baik dengan
cara mekanik maupun secara kimiawi. Cara mekanik bisa dilakukan dengan pemblenderan atau
penggerus. Sedangkan secara kimiawi dapat dengan pemberian yang dapat merusak membran sel
dan membran inti, salah satunya adalah deterjen. Penambahan deterjen dalam isolasi DNA dapat
dilakukan karena deterjen dapat menyebabkan rusaknya mebran sel, melalui ikatan yang dibentuk
melalui sisi hidrofobik deterjen dengan protein dan lemak pada membrane membentuk senyawa
“lipid protein-deterjen kompleks”. Senyawa tersebut dapat terbentuk karena protein dan lipid
memiliki ujung hidrofilik dan hidrofobik, demikian juga dengan deterjen, sehingga dapat
membentuk suatu ikatan kimia (Machmud, 2006).
Isolasi DNA merupakan tahap terpenting dalam analisis biologi molekuler. Teknik-teknik
isolasi DNA yang telah dikembangkan sangat mahal dan memerlukan waktu yang lama.
(Listanto,1996) DNA dapat diisolasi dari berbagai sel atau jaringan baik hewan, tumbuhan
maupun manusia. Isolasi DNA merupakan teknik awal dalam pemanfaatan DNA untuk berbagai
tujuan. Sebenarnya telah ada metode standar dalam mengisolasi DNA. Isolasi DNA dari sel
maupun jaringan eukariotik, misalnya dari jaringan tumbuhan maupun hewan dilakukan melalui
tahap penghancuran sel (lisis), penghilangan RNA dan protein serta pemurnian DNA.
Teknik/ metode isolasi DNA yang sangat sederhana adalah metode isolasi dengan
memanfaatkan bahan- bahan yang biasanya digunakan ibu rumah tangga yaitu sabun cuci cair
untuk menggantikan bahan utama yang berfungsi untuk melisis sel, garam dapur dan alcohol 70%.
Berdasarkan dari pengamatan, dengan menggunakan buah mangga, pisang, nanas, salak,
stroberi, papaya, buah naga, dan jambu biji, terlihat kumpulan benang-benang DNA berwarna
putih. Dengan menggunakan deterjen cair mempunyai daya rusak paling tinggi dalam memecah
membran sel. Karena di dalam detergen cair mengandung konsentrasi yang tinggi misalnya lauryl
sulfat yang dapat berfungsi sama dengan dodesil sulfat dan disodium EDTA, serta kandungan zat
pewarna dan zat aktif pemutih yang biasanya ada dalam detergen cair.
Faktor penambahan garam ke dalam larutan detergen pada proses isolasi DNA, garam
digunakan untuk melarutkan DNA, karena ion Na+ yang dikandung oleh garam mampu
memblokir (membentuk ikatan) dengan kutub negatif fosfat DNA, yaitu kutub yang bisa
menyebabkan molekul-molekul saling tolak menolak satu sama lain sehinggga pada saat ion Na+
membentuk ikatan dengan kutub negatif fosfat DNA, DNA akan terkumpul (Dollard, 1994, dalam
Jamilah, 2005: 21). Lapisan filtrasi buah selalu berada di bagian bawah karena filtrasi ini
cenderung untuk mengendap. Dan bagian benang-benang DNA terlihat mengapung.
 BAB IV

KESIMPULAN

Berdasarkan dari praktikum yang telah dilakukan dapat disimpulkan bahwa penyebab variasi pada
organisme adalah:

• Mutasi, merupakan perubahan urutan nukleotida DNA dari suatu organisme. Mutase hanya
dapat mempengaruhi urutan gen atau mungkin menyebabkan perubahan dalam struktur.
• Divisi meiosis, yang terjadi selama profase I tahap meiosis, rekombinasi genetik terjadi
melalui pindah silang dari lengan kromosom homolog.
• Reproduksi seksual, setiap gamet adalah sel haploid dengan hanya memiliki setengah
jumlah kromosom dengan sel somatik yang normal.
• Kesalahan dalam pemindahan kromosom, selama pembelahan sel setelah materi replikasi
materi telah direplikasi, kromosom sama tidak memisahkan dan tidak merata pada sel
anak.
• Perolehan gen horizontal, gen atau alel dapat diperoleh melalui berbagai infeksi virus dan
bakteri dalam suatu organisme.
 Daftar Pustaka

Clark, D.P. & N.J. Pazdernik. 2009. Biotechnology Applying the Genetic Revolution. New York
Academic Press
Faatih, M. 2009. Isolasi dan Digesti DNA Kromosom. Jurusan Pendidikan Biologi FKIP,
Universitas Muhammadiyah Surakarta. Jurnal Penelitian Sains dan Teknologi, Vol. 10, No. 1,
2009:61-67.
Giacomazzi, S., Lerol, F., Joffraud, J.J., 2005. Comparison of three methods of DNA extraction
from cold-smoked salmon and impact of physical treatments. Journal of Applied Microbiology
98, 1230–1238.
Holme, D. J. & Hazel P. 1998. Analytical biochemistry. England: Pearson Education Limited
Jamilah. 2005. Pengaruh Berbagai Macam Detergen, Penambahan Enzim, dan Ekstrak Nanas
(Ananas comusus (L) Merr) Terhadap Hasil Isolasi DNA Berbagai Macam Buah Sebagai Topik
Praktikum Matakuliah Genetika. Skripsitidak diterbitkan. Malang: Universitas Negeri Malang.
Khosravinia, H. & Ramesha, K. P.2007. Influence of EDTA and magnesium on DNA extraction
from blood samples and specificity of polymerase chain reaction. African Journal of
Biotechnology Vol. 6 (3), pp. 184-187
Surzycki, S. 2000. Basic techniques in molecular biology. Germany : Springer-Verlag Berlin
Heidelberg
Yuwono, T. 2005. Biologi Molekuler. Jakarta. Erlangga.